3SNNA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg in the presence of mg2+
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3snnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3snnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3snnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3snnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3snnA03
3HO1A 1RTIA 4CEBA 1KVAA 3HT3A 1LWFA 4B8CA 3AVJA 2RKIA 3NH1A 4JLHA 4HUGA 3TAEA 4MFBA 1WSIA 4HCBA 2HVIA 1BQMA 1A5XA 1WN7A 3WNEA 1MU2A 1KFSA 3L3VA 4AH9A 2Z1IA 3P83D 3KK1A 3SPYA 4AILC 2O4IA 3SUNA 3AO1A 1JXEA 3LWMA 3OYNA 3S3OA 1ZBIA 1KVBA 1TK5A 3DMJA 1IH7A 3TARA 5HRRA 3VQBA 3OYHA 4CIGA 1KCFA 2DFEA 2Q3SA 1NKBA 4DQIA 3A2FA 5C24A 4AHSA 3WNHA 3V9SA 4N41A 4E7KA 3KLGA 4FJJA 4FJNA 4E89A 1JXBA 2OZSA 3K58A 2VG7A 3SQ2A 4KHUA 3IAYA 3AVFA 5KGWA 3ZSQA 4FLZA 4CJ4A 3OYGA 3HP6A 4E7HA 3MXIA 3QNNA 2YHAA 1DLOA 3CFRA 2A1RA 3NF8A 4CJ3A 1LW2A 1SKRA 3DYAA 4M41A 4MQ3A 4CK1A 1TL3A 4M45A 4FJLA 4CFBA 1ZBFA 1Q9YA 1ZBUA 4O44A 3DOLA 3ZSWA 5I3UA 2IDOA 2P5GA 3ZSVA 5JS1A 3VA3A 4B9LA 3ISNC 2HNDA 4FJ7A 4JS5A 4KHWA 4FJ8A 2Y1IA 1JL2A 2JLEA 4CJSA 4BE1A 4C8LA 3HVRA 1CZBA 1NJYA 1BQNA 3ASMA 5FDLA 1A5VA 1WSFA 5KI6A 3DLBA 2XRIA 2PY5A 2YV0X 2ZE2A 3F73A 3AO2A 1C0TA 3AVMA 2OPRA 3IG1A 1DTTA 1X1PA 1NK4A 4CEFA 3V9UA 1UWBA 1VRUA 3BGRA 1WLJA 3SYZA 4FW1A 3AO4A 4CJUA 4B9UA 3SUPA 2FBYA 2PYLA 1C0UA 1EXQA 3KTQA 3SJJA 4KV8A 4K8XA 5KGXA 3PX0A 5CZ2A 1T8EA 2HHVA 1ASVA 1KTQA 3TR8A 4E19A 3KLHA 3VA0A 2FBTA 1QSLA 3E01A 2DFFA 4CHZA 3MEEA 5HP1A 3SNNA 1EP4A 1UAXA 4ID5A 4HTUA 2Y1JA 5FROA 3VQ6A 3K5OA 1TVRA 3BDPA 1ASWA 1BI4B 1KFDA 2VG6A 2WONA 4H4MA 4C8MA 1U47A 1L3SA 4EP5A 1C1BA 1BISA 5D3GA 3AVLA 5DMRA 4DU4A 1RTJA 3LP1A 4FZZA 3VQ7A 3EY1A 2LSNA 1D5AA 1Y97A 1TKTA 3OYBA 4CJKA 3HK2A 4W5RA 5EU7A 3KKRA 1JLCA 1ZBLA 4AHRA 4F2SA 2E4LA 4DSJA 2D0AA 4DTNA 3UIQA 4OLAA 1I3AA 1U04A 3QINA 3SPZA 2P5OA 4CGJA 2XO7A 3DOKA 1B92A 3NBPA 4IFVA 3PV8A 2KZZA 4HHTA 4DFPA 3SI6A 1BGXT 3T1AA 3OS0A 1U4BA 3AA3A 4CERA 1VSFA 3LZJA 2OPPA 3L8BA 4CHPA 4H8KA 4CJFA 1SL0A 2HHTA 2F96A 4CEEA 1S1WA 1W0HA 4CGHA 4RW6A 3CYMA 4FZYA 3LP2A 1ASUA 4NYFA 1JKHA 3L2UA 4CF0A 4ZTJA 1HYZA 4E1MA 4KTZA 4NCAA 2ZQBA 2B4JA 4FYDA 2YKNA 3O3FA 3LPTA 1QE1A 1ZYQA 4M3UA 1JLAA 2ITGA 3JSMA 1NK0A 4ID1A 1J54A 4DG1A 4DTJA 4JS4A 4O4GA 3V9XA 4E7JA 3HM9A 2F8TA 3KD5E 3KLEA 2RPIA 4DTMA 1TV6A 3O4QA 2XY5A 4PY5A 1IKVA 4CGGA 1L5UA 1BCOA 2DY4A 3AVHA 3LZIA 4FJGA 4KI4A 5J2QA 4B9SA 2KFNA 4DMNA 4LH4A 2HHSA 2KW4A 1HMVA 2O4GA 5J1EA 3V1RA 1C1AA 3OJUA 5J2MA 2F8SA 2IAJA 2HHUA 4O0IA 1S9EA 3NGYA 4DTOA 2EHGA 1XC9A 1NOZA 1FXXA 5SWMA 3V6DA 4CJVA 1VSKA 1VRTA 3NF6A 4Y1DA 2G8VA 3V81A 2XHBA 2OZMA 1S1XA 1UA1A 2RN2A 5C25A 3OS1A 1RILA 3OYMA 3CM6A 1HQEA 2VG5A 3KJVA 4DF4A 4FZXC 5CYMA 3QNOA 4FK4A 1GOAA 3IRXA 1RDBA 3RR8A 3L2RA 2DFHA 1TKXA 4OGEA 4C8NA 3ULDA 4M3ZA 1S6QA 4XIUA 3NH0A 2QKKA 3M8PA 3KIOA 1RBSA 4N56A 2P51A 2HVHA 4TSXA 1SL2A 2X78A 1F21A 1RDCA 2Z1HA 3CFOA 3OJSA 1L3UA 1XI1A 4ELUA 4RW8A 1RDAA 4CJPA 4FJ9A 1YT3A 5J2PA 3CG7A 3ZT1A 1IKWA 3L2VA 4DQQA 3ZT3A 3K5NA 3PY8A 3NFAA 4F8RA 1QSSA 1D9DA 1X9WA 1NK5A 3SQ1A 3C94A 1Q8IA 3MXJA 3LPUA 4FLWA 5HRPA 4ELVA 1RDDA 2A1SA 4W5OA 2YKMA 1KLNA 3ALYA 1U45A 4Z4HA 4CK2A 4FLXA 5E41A 3U6FA 4FJ5A 1WAJA 3RMCA 3HL8A 4FVMA 3T3FA 3HPOA 1U49A 3HJFA 4N76A 4AHTA 3QETA 5J2NA 3LANA 3ZT4A 3TAQA 2HNYA 4CF1A 2FBXA 4FJMA 1XWLA 1HNIA 4M3RA 4CJQA 4FCYA 1GOCA 2XY7A 3HYFA 4W5TA 2XY6A 2D0CA 4BDZA 3HSTB 1QS4A 5HRNA 3DLHA 1RNHA 2BANA 3AV9A 3LDSA 3OYKA 4NCBA 1RBTA 3MEDA 2Z1JA 3NCIA 4M3TA 3HPHA 3NE6A 3WNFA 4Z4CA 2FC0A 3V1QA 3PX4A 1TK8A 1L3VA 1D9FA 3KKSA 4DSLA 1W9HA 1G15A 4CFDA 2KTQA 4DQPA 3ZSYA 2EX3A 3NF9A 4KHQA 4FLTA 4FK0A 3I0SA 3P1GA 3PUFA 3OYEA 3TAPA 4RW9A 1HQUA 2E6LA 4RG8A 2HHXA 5I42A 1VSDA 4BE0A 5CY4A 5KRSA 2WOMA 3ZCMA 1CZ9A 3TI0A 4Q0BA 4CGIA 1QHTA 1WSEA 3RRHA 1T05A 3AVNA 4KI6A 4F3OA 3EZ5A 1HRHA 4LSNA 4HVJA 2Z1GA 2G8FA 2DTUA 4KKOA 3PO5A 2QKBA 3LAKA 2G8HA 3K2PA 1UOCA 4EZ9A 1N6QA 1J5OA 3VQ4A 4B3OA 3RRGA 2P1JA 1QSYA 4J2BA 2GUIA 1K6YA 4R5PA 4BACA 4B9NA 5SZTA 4UQGA 4PUOA 3OVNA 3O4NA 5CZ1A 1B9FA 1NK6A 4IFYA 3OS2A 3QERA 3VQCA 4IDKA 5JS2A 4KTQA 5HBMA 3VQEA 4CF9A 3OYJA 4ZHRA 4FJHA 4Z4GA 4Z4IA 3DLKA 4RW7A 3AA2A 4CHNA 3TWHA 3F9KA 4Z0UA 3LALA 4CF2A 1N5YA 4F3TA 4FLYA 3S9HA 2YNIA 4CGDA 4CJLA 1VSHA 1VSLA 4C8KA 1WAFA 4OGCA 4KFBA 1CLQA 4LY7A 4CEZA 3D45A 4F4KA 1CXUA 2OA8A 4OKKA 2HMIA 1UA0A 1IO2A 3NAEA 1HYVA 3AVBA 3H08A 4I2PA 1T03A 4BE2A 1TKDA 2BGGA 1S5JA 1NJZA 4FM0A 4KHYA 2B5JA 3THVA 1I39A 4IKFA 2BE2A 3QO9A 1S1TA 3MAQA 4QOZB 3D0PA 4CE9A 4GMJB 4PWDA 1RT7A 3V4IA 1Z26A 4FXDA 5DK5A 4GVMA 1EKEA 4N5SA 2KQ2A 3DRRA 4CHYA 1KRPA 3RMAA 4O5BA 1BL3A 1RT6A 1ITGA 3IS9A 4W5QA 2HNZA 1QTMA 3VQAA 3OYLA 2HB5A 2VWKA 3M8RA 1HJRA 1VSMA 4J2DA 2IC3A 2FBVA 1RT3A 1SKSA 3G0ZA 3NGZA 4Z4FA 1NKEA 2D0BA 3PX6A 4DSIA 1RBRA 4CCHA 1EX4A 3LP0A 3MECA 3K5LA 1FKOA 1WSHA 2G8KA 4PQUA 4CJ5A 3I8DA 1D8YA 1YTUA 4J2AA 3SUQA 3AVAA 4CJWA 3TAGA 2OYQA 1O1WA 1Z25A 4G1QA 3OYFA 2AJQA 1JLFA 1IKYA 3TAMA 4RW4A 1KSPA 1HNVA 2YHBA 3CM5A 3HXMA 4JRQA 4E3SA 3VN5A 3DI6A 3DRSA 3QIOA 4E7IA 2YNFA 3WNGA 4CHOA 1HYSA 4B9VA 1YTAA 3L3UA 4E1NA 3NDKA 1LWEA 1WSJA 4AHUA 1SKWA 2BDPA 3SZ2A 4DU3A 5FRMA 1JLQA 3U3GA 2XY8A 3V1OA 4DF8A 2R7YA 4CJTA 4DTXA 3AVGA 2JGUA 2OPSA 4L8RB 1LWCA 5K14A 3NGIA 3C6TA 2HHWA 3QEWA 3SQ0A 1QQCA 4CECA 3LWLA 4O0JA 3CFPA 4M3YA 4FLUA 1RT5A 1RTDA 4DFMA 4DWIA 4FJIA 4DTPA 1VSIA 4OLBA 4CEDA 3ZSRA 2I5JA 4DQRA 1CXQA 1T7PA 4OPJA 4FM2A 3OY9A 4KPYA 3OYIA 1S1VA 1SV5A 3T19A 4DTSA 4B9MA 2X74A 3B6OA 3JYTA 3SCXA 3I0RA 5T7BA 4M3WA 1KLMA 4O55A 1JL1A 3ITHA 4Z4EA 3S3MA 3DLRA 4IBNA 4NYNA 4OJRA 1XHZA 3O3HA 1TL1A 3CQ8A 4B08A 3QLHA 4NCGA 4KREA 2RF2A 2PZSA 4OVLA 4DU1A 3SQ4A 4CESA 3KK3A 1NJWA 4K8ZA 3LP3A 4BWJA 3HP9A 3VQ9A 4FJXA 3KK2A 3AVCA 1LAWA 3RR7A 3AA4A 3AA5X 4BDPA 3VQDA 3O3GA 1NK8A 4FW2A 3C95A 3OYAA 2HW3A 1C6VA 4LSLA 4OKEA 4CJRA 4KAZA 4I7FA 4W5NA 1NKCA 2ATQA 1TGOA 4EZ6A 5HROA 1IKXA 3HVTA 3ZSXA 2G8WA 1VSEA 5FRNA 2YNGA 1RT4A 4KB0A 1LW0A 3OYDA 1HPZA 3TAFA 5KRTA 2GBZA 4CK3A 4DLEA 1RT1A 3HPGA 4J2EA 3M8QA 4DFKA 1X9SA 1TAQA 1B9DA 4CEAA 4BWMA 4FK2A 1VK0A 4CIEA 4ELTA 3VQ5A 3VQ8A 4IG0A 4KHNA 3MEGA 4C8OA 4DS4A 2G8IA 1BIUA 1KVCA 1XHXA 3AVKA 3ZSOA 5KTQA 3M8SA 1EETA 3DLEA 3QEXA 3NF7A 1X9MA 1L3TA 1S9GA 3L2WA 4YFUA 1RBVA 4I9QA 3QEIA 4CJEA 1A5WA 3K59A 3MXMA 2VWJA 4AHCA 4CIFA 3DRPA 4M42A 1BIZA 1JLBA 2W42A 4KHSA 3VQPA 4M3XA 3AO3A 1SUQA 1LV5A 2PYJA 1BCMA 4H4OA 4CHQA 4JRPA 3G10A 4CGFA 3TANA 1JLEA 3QESA 3QIPA 4PA1A 4B9TA 4B8AB 4IG3A 2OPQA 3DLGA 4OPKA 4DTRA 3RMDA 4GW6A 4QAGA 1C0MA 4I2QA 1R0AA 3S3NA 2GV9A 1S1UA 4HCCA 1C1CA 2IGIA 3B6PA 4CFCA 3PO4A 3K5MA 3VQQA 5C42A 3RWUA 3ZT0A 3AVIA 4WE1A 3OYCA 3SV4A 4ZTFA 3RMBA 4EP4A 3TABA 1LAVA 1BHLA 3C6UA 4CEQA 2YNHA 3QEVA 4ICLA 4FM1A 5HRSA 2NUBA 4DQSA 4YNQA 3ZT2A 4DLGA 3NH2A 1RT2A 3KLFA 3KLIA 4CF8A 2QK9A 2G8UA 2KFZA 2X6NA 3KD1E 1TK0A 2ETJA 4Y1CA 4AHVA 4HUFA 4I9LA 3L2QA 1YVUA 1BI4A 4LH5A 3EYZA 1U48A 4HUEA 1FK9A 4DS5A 1NK9A 3DM2A 1TAUA 1FKPA 3K57A 1SL1A 1ZBHA 1WNSA 1IG9A 1DTQA 1WSGA 5HLFA 4KB1A 4QCLA 1J9AA 1TKZA 2QXFA 2E6MA 2HHQA 4OKJA 1RCHA 1GOBA 1RTHA 5CYQA 1Q9XA 3QEPA 1NOYA 3V9ZA 3FFIA 4E7LA 1NJXA 4KRFA 3V9WA 3LAMA 3SUOA 4F2RA 3ZSZA 4DSEA 4KO0A 4FJKA 2IOCA 4BDYA 4N47A 1RBUA 2IS3A 3SV3A 4DSFA 1JLGA 2ZD1A 4KTWA 3U3YA 4DSKA 2KZMA 4Q5VA 4FLVA 4CEOA 1REVA 1S6PA 2B6AA 3P5JA 4LD0A 3RTVA 3NHGA 1NK7A 2X6SA 2D5RA 1J53A 1VSJA 4DFJA 4E0DA 4DTUA 3AO5A 4CFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4FJGA 2HHSA 3QBWA 1HMVA 3HRGA 2NZTA 2F8SA 2IAJA 4DV4K 4DR2K 4GNIA 3C6AA 5IT9O 4MDBA 3V6DA 5SWMA 1VSKA 1VRTA 3E1YA 2OZMA 5C25A 3HGKE 3OYMA 2VG5A 3UKUB 1NM1A 1OVYA 4OGEA 1XU5E 2E8AA 5HL7L 5LJWA 4WQ4A 3CCVN 4L3QA 2X78A 2Z1HA 4RW8A 4CJPA 1YT3A 2FSKA 4H0PA 1IKWA 4DQQA 3K5NA 3PY8A 3NFAA 3ULEA 2P9IB 4F8RA 5IBKB 1NK5A 3SQ1A 5HRPA 1FZHE 2QWRA 3F9MA 2ZJPL 1U45A 5E41A 4FLXA 1JCEA 1WAJA 3RMCA 1HR0K 3IFRA 1U49A 3HJFA 2G8UA 2FBXA 4FJMA 1XWLA 1HNIA 3CCJN 1GOCA 3HGLA 2IIRA 2XY7A 1GLCG 3P39A 2PFVA 4M3TA 1D9FA 4Z4CA 2WBNA 2KTQA 5M1NA 4DSLA 3KKSA 1W9HA 1G15A 4CFDA 2P1PB 1T44A 4DQPA 3MN5A 3NF9A 2P9UA 3OYEA 3TAPA 5FPDA 1I94K 1HQUA 2E6LA 2NRRA 4FVUA 3L6QA 3QDKA 4EAHD 3UE5A 5I42A 1N34K 1VSDA 5KRSA 4RNGA 4CGIA 3ID8A 1WSEA 1T05A 4F3OA 4YOXA 4PWDA 2Z1GA 4BR0A 2NNWA 4OX9K 3VPZA 4CD1A 2E2PA 2GUIA 5ADXA 1K6YA 4BACA 3R9PA 5SZTA 2JHAA 3OVNA 1KC8O 3VEYA 3FZLA 5AQXA 3C7NB 4IFYA 5A2QO 4WYBA 4IWVA 2HSTA 4CF9A 1HKCA 1VQ4N 4Z4IA 2P9KB 1RDWX 3TWHA 3LALA 4CF2A 4JKGB 4FLYA 3S9HA 5ELZA 4C8KA 1WAFA 4OGCA 3H46O 4CBUA 4CEZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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