3SNNA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite dg in the presence of mg2+
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3snnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3snnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3snnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3snnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3snnA03
3ZCMA 2G8IA 3NF8A 3MEDA 4AHTA 4NCGA 3CYMA 1GOCA 3EY1A 4ELVA 3S9HA 1Z25A 1VSEA 1B9FA 4IKFA 3SPZA 3HPOA 1J53A 1UA0A 1IKWA 2RKIA 3I0SA 3AVHA 4KHYA 3LP3A 4IFVA 5JS2A 3QIOA 1VSDA 4KHWA 4QAGA 1U4BA 4KI4A 3MXJA 3RMDA 5J2QA 3K59A 4OGEA 4M45A 1QSLA 4M3XA 4KREA 3P1GA 3RMAA 4DLEA 2P5OA 2ATQA 2PYLA 1EXQA 4E7IA 1ZBUA 4BACA 4GVMA 1TK5A 1LW0A 4E1MA 1NK9A 4FJ8A 4CK2A 3TWHA 1RTHA 3QETA 4RW6A 3O3GA 3VQCA 2X6NA 1U48A 1JLFA 3ZSOA 4DF8A 4DSFA 2QK9A 5SWMA 3HYFA 4AHRA 4OLAA 2ZQBA 4FJNA 1Z26A 3QINA 3SNNA 1BHLA 3ZSXA 3OJUA 1TL3A 3AO5A 4E7LA 2PY5A 3QEVA 1ASWA 1SV5A 4DLGA 3IRXA 2Z1HA 5C42A 1WSHA 1R0AA 1TK8A 5FROA 1CZBA 3C6TA 3HM9A 2XY5A 1S5JA 5J2NA 5I42A 3T1AA 1U49A 1VSMA 4FLZA 4J2DA 4DTXA 3MECA 2Z1IA 3QEIA 1BIUA 3HJFA 3OYEA 4LD0A 4RW8A 4B8AB 4ELUA 1GOBA 1RT6A 1DLOA 3QESA 1S1UA 2XY6A 3V9SA 3TAMA 4CF0A 1RBVA 4EZ9A 3TAGA 4KKOA 1YVUA 1VRUA 3DLBA 1JLGA 3HO1A 2BE2A 3NF9A 4W5QA 4KHNA 1JLBA 1HNVA 2YNFA 1TVRA 2YKNA 4CK3A 3VQEA 3AVIA 1N6QA 1X9MA 3U3YA 1RILA 3G10A 4CJ3A 3I8DA 2B6AA 3MAQA 4YFUA 2PYJA 4KTWA 1ZBHA 3E01A 1QQCA 1KVBA 3OS0A 3WNEA 3OS2A 4CHQA 1XI1A 4FJIA 1TAQA 4B9TA 2IS3A 5EU7A 4O5BA 3TAQA 3RMCA 1ZBLA 1L3VA 1XHZA 3AO1A 3AA5X 3DLGA 3VQQA 4HUEA 1ZYQA 1T7PA 5C25A 3M8PA 4ELTA 3HK2A 3MXIA 4N5SA 3LALA 4E89A 1JXEA 3LP0A 3KD1E 3VQ7A 1UA1A 4NCAA 4KAZA 4FLTA 1CXQA 4O44A 1S9EA 4C8LA 1J54A 4F3OA 4J2EA 4I7FA 4MFBA 4DFPA 1RT1A 3WNFA 3VQBA 2AJQA 4ZTFA 1NKEA 2OPRA 1TAUA 3AO4A 3PUFA 4CGHA 4FYDA 1RBSA 3MEEA 1JL1A 4OPKA 4OJRA 1L3TA 1D9DA 1Q9YA 3AA4A 3IG1A 4DMNA 3HXMA 4Q5VA 3VQ6A 1KRPA 3AVKA 4N47A 4C8OA 4FM1A 3NH1A 1BISA 1LW2A 2F8SA 1NJXA 3TAFA 5KGWA 4B9LA 3NDKA 3S3OA 2IGIA 3SPYA 5DK5A 5C24A 1KLNA 1D9FA 2OA8A 2YHAA 4Z0UA 4CJQA 1RT7A 1SUQA 4Z4GA 1VSJA 1KFDA 2G8VA 1HMVA 1Q8IA 3M8SA 3NAEA 1J9AA 4W5RA 3VQ8A 3RR8A 3ZT4A 4XIUA 4OGCA 4KO0A 1KCFA 2YNGA 1B92A 3IAYA 3V1QA 4AILC 1BIZA 4DSEA 1DTQA 3SUOA 1KVCA 3CM6A 4BDPA 3DRSA 1WSEA 4DTNA 3HPHA 1IG9A 3L2UA 4J2AA 1EETA 5KTQA 4E7KA 3S3NA 3LAKA 1S9GA 3ZSQA 5HBMA 2D0AA 2B4JA 5E41A 3L2QA 1SL0A 1S1TA 2EHGA 4FLVA 2Z1GA 4PQUA 3C94A 4CFBA 3OYKA 1JLEA 3AVGA 4CJ4A 1B9DA 4IBNA 4H8KA 3OYBA 3M8RA 3S3MA 2E4LA 2YNIA 4DU1A 1EX4A 1D8YA 4KTZA 1RTDA 1UWBA 4F4KA 2E6LA 1RCHA 4OKEA 1U45A 4M3TA 4OKJA 3OYFA 3ASMA 4FJHA 1HQEA 1VSFA 4LH5A 3HVTA 4CJWA 4QCLA 1VRTA 1TKZA 4HCBA 3DOLA 3QLHA 1BQNA 4LY7A 1WSGA 3VQ9A 1HQUA 1KFSA 3AA2A 1A5VA 1JLCA 4PWDA 1NOZA 4CESA 4M3YA 1XHXA 4Z4CA 1O1WA 4YNQA 4B9NA 3ZSZA 4GW6A 1RBUA 3JSMA 4DFMA 4H4MA 3V9WA 3SQ1A 3ZSRA 4JRQA 3DOKA 4CERA 3ZSVA 2X6SA 4CEDA 3KK2A 1X9WA 2X74A 4FK0A 3DM2A 4IG0A 4BWMA 4DQIA 2G8HA 3OVNA 5KGXA 3OYNA 4DSKA 1S1XA 3NCIA 3OYDA 2HHVA 4DU4A 1RDCA 1JL2A 4DFJA 4M42A 4M3UA 2XHBA 5HRNA 3KK1A 3KLEA 1DTTA 3OYLA 5SZTA 3L2VA 4HCCA 4H4OA 4KHSA 1K6YA 3L8BA 3PX6A 2ETJA 3CQ8A 5CY4A 1L5UA 4CJEA 1QSYA 3SI6A 3H08A 4AH9A 4GMJB 2KW4A 4CGDA 3CFOA 3I0RA 4DS5A 4CHOA 3LZJA 1C0UA 3QO9A 4G1QA 1NK6A 2D0CA 3K57A 2D5RA 3QNNA 3SQ0A 4CF2A 3L2WA 3KD5E 1MU2A 3SJJA 3LP1A 3B6PA 4M3WA 5HRRA 3NF6A 3K58A 5K14A 3AO3A 3F9KA 1XC9A 3KLHA 2X78A 3V9ZA 4FJGA 2KZZA 1S1VA 3U3GA 4E7JA 3AVAA 1WAFA 4DTRA 3LWMA 4CIEA 2BANA 2DFEA 3CM5A 2OPQA 3QEWA 4CECA 2XRIA 3AVBA 4E1NA 4CGFA 2OPPA 4BE0A 3KIOA 4CFCA 4DQQA 4DTUA 4DF4A 4F2SA 1FKPA 3VQDA 4CF1A 4FJ9A 4DS4A 2JLEA 4PUOA 5D3GA 4ICLA 2HHUA 3TAEA 4HTUA 4KHQA 4I2PA 3AVLA 1WSFA 1VSIA 3ALYA 3DRPA 3L3UA 4I2QA 3PX0A 3NBPA 1UOCA 5HLFA 1TKDA 3L2RA 2HNYA 5CYMA 1NJZA 4CHYA 4M3ZA 1N5YA 4PY5A 3THVA 2RPIA 2QKBA 2OZSA 1NOYA 1RT4A 3SV4A 2IDOA 3DYAA 3G0ZA 4O0JA 3RR7A 2Z1JA 1SKSA 2EX3A 4JS5A 4DTSA 4R5PA 3DRRA 4BE1A 1LV5A 4HVJA 4UQGA 3SYZA 3KKRA 1FK9A 4CEBA 3K2PA 3VQAA 4Z4HA 3NGIA 1NJYA 2BDPA 4L8RB 4DTOA 4FJMA 3ZT3A 4JS4A 2HHTA 2HNDA 3CFPA 2GV9A 1RT3A 2DFHA 3QEPA 1RT5A 4B9VA 4Z4FA 3QERA 3LPUA 2XO7A 3WNGA 1NK4A 1ZBFA 3VQ5A 4RG8A 4TSXA 5CZ1A 1RDDA 3ULDA 3C95A 3NFAA 5CYQA 4B9MA 2WOMA 4FK2A 4I9QA 4DTMA 1A5WA 3MEGA 3NGYA 3TAPA 4ID1A 3V6DA 3KTQA 4B9UA 3T19A 2DY4A 4DU3A 2Y1IA 4FLXA 4OKKA 1SKRA 2QKKA 2E6MA 1SKWA 3SUNA 4NYFA 3CFRA 4O0IA 2YNHA 3KK3A 1LWCA 3O3HA 1LWEA 4M3RA 4HUFA 1JLQA 3NE6A 3AO2A 1U47A 2G8KA 3V1RA 4DQPA 4CE9A 4HHTA 4FW1A 4CJKA 1HNIA 2BGGA 2RF2A 3NGZA 4FK4A 1FKOA 3AVNA 3K5NA 4DQSA 4AHSA 2DFFA 3KLFA 4B3OA 4RW4A 2IAJA 3D0PA 4OVLA 3DLKA 1NK7A 4KRFA 1L3UA 2HHQA 3IS9A 3VN5A 4MQ3A 3K5MA 4CCHA 4AHVA 4C8KA 2KFZA 2OYQA 1F21A 2QXFA 3AVJA 3VQPA 5J1EA 4DSLA 1VSHA 2KTQA 4QOZB 2IC3A 4FZXC 2W42A 1JLAA 1TKTA 1LAVA 1W0HA 2GBZA 3LAMA 4N56A 3CG7A 3SZ2A 1RTJA 4CJPA 1HYZA 3C6UA 3TABA 5HRPA 4FJ5A 1TV6A 3AVMA 3AVCA 4CF8A 1KLMA 4O4GA 3BGRA 4CEQA 2F96A 4CJLA 3OYGA 1T03A 4Q0BA 1FXXA 1QSSA 1JKHA 1TL1A 3O4QA 1I3AA 4IG3A 4CGGA 3RWUA 1GOAA 2KQ2A 2VWJA 3MXMA 4Y1CA 4CEOA 3AV9A 2FBXA 3HPGA 2I5JA 3SV3A 2G8UA 4W5NA 2B5JA 4F3TA 1ITGA 1S6PA 3QIPA 2KFNA 1BQMA 1HJRA 1X1PA 2VG6A 3DI6A 4Y1DA 2HVHA 4EP4A 2VWKA 4CJUA 3OYIA 4WE1A 1BL3A 3V81A 4FVMA 5J2PA 4KB0A 2HHWA 2ZE2A 5KRTA 4FM0A 2D0BA 4I9LA 3ZT0A 1IO2A 1QS4A 1IH7A 1W9HA 4O55A 1S1WA 3OS1A 3D45A 1HYSA 4KHUA 1QHTA 2P51A 4B9SA 1G15A 1WSIA 1RTIA 3L3VA 5DMRA 4C8MA 4CFDA 1TGOA 4FCYA 1J5OA 3LZIA 4CEAA 3K5LA 4CGIA 3UIQA 2RN2A 4CHNA 4CHPA 1L3SA 3PV8A 1REVA 1VSKA 3EZ5A 3HP9A 2HNZA 4IFYA 4FZYA 4FJKA 3PO5A 4OLBA 3NF7A 2NUBA 1EKEA 4DQRA 3RRHA 4M41A 4K8XA 2LSNA 1CLQA 5JS1A 1ASUA 4CJSA 1JXBA 4IDKA 1HPZA 1RT2A 1BCOA 2R7YA 3RMBA 2FC0A 3K5OA 1KTQA 4LSLA 3VQ4A 5HRSA 1QTMA 1YTUA 4B8CA 5HP1A 1HYVA 1C6VA 2P1JA 3ZT1A 4FLYA 1C0TA 2HB5A 2XY8A 4BWJA 3FFIA 1Y97A 1YTAA 2IOCA 1BI4B 5HROA 4FJJA 4FLUA 3DLEA 3SQ2A 4ZTJA 3OYJA 1BCMA 1NJWA 4HUGA 3AVFA 1BI4A 4CJRA 3P5JA 4KV8A 4EP5A 3HL8A 2JGUA 4CJTA 2HMIA 3HVRA 3LDSA 3BDPA 3HSTB 3TR8A 4RW7A 3NH0A 4LSNA 3T3FA 4RW9A 1KSPA 4N76A 4FLWA 3OY9A 1X9SA 2ITGA 3RTVA 2O4IA 3PX4A 1SL2A 4DFKA 4CEEA 4CK1A 5CZ2A 2G8FA 4FJ7A 2O4GA 4JLHA 5KI6A 4CFAA 1IKVA 4E19A 4FXDA 1Q9XA 1YT3A 3ZSYA 2KZMA 1T8EA 1CZ9A 2A1SA 4CJ5A 4BDZA 1QE1A 3LWLA 4NYNA 4W5TA 3SUQA 4FZZA 2ZD1A 3OYAA 1ASVA 2GUIA 1C1AA 4FW2A 2VG7A 4CJFA 3ZT2A 1SL1A 1NK0A 4KI6A 1ZBIA 2OZMA 3SQ4A 1S6QA 3P83D 4CEZA 3OJSA 3PO4A 4FJLA 2FBVA 4CEFA 2G8WA 3M8QA 4F2RA 4CF9A 3SUPA 1NKCA 4FJXA 4C8NA 3VA0A 4DSJA 1HRHA 1BGXT 1RDAA 3KLGA 2Y1JA 3TARA 4BE2A 3KLIA 1RDBA 3LP2A 4DTJA 4W5OA 4EZ6A 3V1OA 1WAJA 2FBTA 1NKBA 2Q3SA 4DWIA 1LAWA 1EP4A 5I3UA 4BDYA 4FM2A 1I39A 5KRSA 2HHXA 5FRNA 4ID5A 4CHZA 2YHBA 3NH2A 4NCBA 2YV0X 4LH4A 3F73A 1WSJA 4KB1A 1U04A 4ZHRA 3EYZA 3U6FA 3V4IA 3HT3A 1IKYA 1RNHA 5FRMA 1XWLA 2A1RA 3HP6A 2HVIA 1IKXA 3B6OA 1D5AA 3TANA 4KTQA 4AHCA 1WN7A 2HW3A 1C1CA 4B08A 4KPYA 1VSLA 1C1BA 1KVAA 2P5GA 3QNOA 1CXUA 1RBTA 3NHGA 1WLJA 2VG5A 2YKMA 3ISNC 3V9XA 3SCXA 3KKSA 3A2FA 4Z4IA 2PZSA 3O3FA 3RRGA 4N41A 3AA3A 3O4NA 4KFBA 5T7BA 2F8TA 3DLRA 3DMJA 2XY7A 1LWFA 3OYHA 3PY8A 4JRPA 2OPSA 3OYCA 4E7HA 3LANA 3LPTA 4PA1A 3TI0A 1UAXA 1NK5A 4CIGA 1TK0A 3ITHA 4J2BA 4E0DA 3VA3A 1NK8A 4E3SA 4OPJA 3WNHA 5J2MA 3DLHA 4CGJA 3V9UA 4AHUA 4DSIA 1A5XA 4DTPA 1WNSA 4F8RA 3OYMA 1VK0A 3KJVA 2WONA 2FBYA 2DTUA 3QEXA 4Z4EA 4K8ZA 1C0MA 1TKXA 5FDLA 3ZSWA 3JYTA 1RBRA 2HHSA 4DG1A 4CJVA 4CIFA 1T05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2G8I A;  3MED A;  4AHT A;  4CBW A;  3CCE N;  4ISG A;  3KWI A;  1GOC A;  1VSE A;  3THY B;  3MN9 A;  1UA0 A;  4ADO A;  4KHY A;  3C6H A;  3I56 N;  5JS2 A;  4QAG A;  1U4B A;  2UUA K;  2P1M B;  3RMD A;  3K59 A;  1QSL A;  4M3X A;  4KRE A;  3EKU A;  1VQL N;  2JWL A;  2HBL A;  2ATQ A;  2WTU A;  3OA9 A;  1EXQ A;  1ZBU A;  5LMU K;  4BAC A;  1TK5 A;  2F7T A;  1LW0 A;  1NK9 A;  3H1Q A;  1RTH A;  3QET A;  4RW6 A;  3EE9 A;  5AJ3 K;  1JLF A;  4DF8 A;  4ILJ A;  5C2D A;  4CW7 B;  4AHR A;  4C1N K;  4FJN A;  1Z26 A;  4E7L A;  1VQ6 N;  1NGI A;  1U2V A;  3CCQ N;  1NGF A;  1ASW A;  1SV5 A;  4IWV A;  1SZ2 A;  4BRP A;  4DLG A;  3V7D B;  2P9K A;  3C6T A;  3HM9 A;  3T1A A;  3VOV A;  4XH4 A;  3O9U A;  1GOB A;  3KK7 A;  1JJ2 M;  1YXQ A;  3TAG A;  3DLB A;  1YVU A;  1VRU A;  3VF2 A;  1NLV A;  2JHP A;  3EEQ A;  2VYP A;  4JKA A;  3ZX3 A;  2YNF A;  4CK3 A;  3C6P B;  1JCG A;  3ENH A;  5IRE A;  3T69 A;  4BR0 A;  1N6Q A;  2OVP B;  1RIL A;  2F4V K;  2FXU A;  3CJ9 A;  4AKI A;  3MAQ A;  3A0I X;  2PYJ A;  1KVB A;  1FZ8 E;  2OTL N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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