3NGIA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dttp opposite dg
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ngiA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ngiA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ngiA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ngiA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ngiA03
4ELUA 3VQ7A 4M3WA 3SUOA 3DRSA 3NAEA 4F2RA 4M3RA 1CZ9A 1RT2A 3QETA 3O3GA 1WNSA 4KKOA 3NF7A 1J53A 1S9EA 2YKMA 3U3GA 2BGGA 2JGUA 4L8RB 1S1WA 3HP9A 1JL2A 2FBTA 4CE9A 1FXXA 4H4MA 4J2EA 1S6PA 2G8UA 4F3TA 4RW6A 4NCAA 1EP4A 3I0RA 2RF2A 1SV5A 3AA3A 3KD1E 4DFKA 1I3AA 4LSLA 1Q9XA 4BDPA 3AO1A 4N47A 3JYTA 4DS4A 1LWFA 4YNQA 4EP4A 5SWMA 3ZSRA 4FZZA 3KKRA 4CIGA 4HUEA 4CHOA 4C8OA 1TK8A 3QEIA 4H4OA 3O3HA 2R7YA 1LWCA 3L3UA 2YHBA 3SQ0A 1FKOA 3KIOA 5KRSA 4UQGA 1LAWA 4M42A 1UAXA 5HRPA 1IKYA 3ZCMA 4CJKA 1JXEA 3NF9A 2ITGA 1G15A 4BE0A 2Z1HA 4CHPA 5HRSA 3OYCA 1B9FA 2LSNA 2G8HA 3QEWA 3OJUA 5HBMA 1D5AA 1TAQA 3SUNA 1RBSA 4OLBA 4IG0A 3T1AA 1N6QA 1JXBA 2YKNA 2QK9A 1Z25A 4O5BA 1CXQA 1C1CA 4CHYA 1VK0A 4RW8A 3OY9A 5SZTA 4DSEA 3PV8A 4DWIA 1NOZA 2XY6A 3SYZA 2HHWA 1SL1A 4GW6A 2XY7A 2FBYA 1HPZA 1XI1A 4K8ZA 1VSMA 4NCGA 4RW7A 1KFDA 4J2DA 4FVMA 4YFUA 1LW2A 1TV6A 3DLGA 2YHAA 4BACA 3VQAA 2OZSA 1XHXA 4ELTA 3HP6A 3PX6A 4I9QA 1JLAA 1VSEA 3NFAA 3L2RA 3L2VA 3K5MA 1RTJA 4KB1A 1T8EA 1JL1A 4OKEA 1BI4A 4I9LA 4CJPA 4E1NA 4TSXA 3RTVA 1QTMA 4B9NA 3HL8A 3QINA 3DLEA 4CF8A 4PWDA 3VA3A 2HMIA 1NK6A 1L3TA 1KVBA 2Z1JA 4LH4A 4CJ5A 3NH2A 3ZSQA 2YNHA 3CFPA 3RRGA 1CZBA 3VQEA 3KD5E 1HQUA 2QKKA 1BHLA 3NCIA 4CEOA 4DSLA 3TAEA 1ITGA 2P51A 1CXUA 1RT4A 4E89A 3VQ5A 3PY8A 4PUOA 1RBRA 1VSFA 2O4GA 2YV0X 2Y1IA 3AVIA 2OYQA 1QSYA 3QEPA 4FZXC 3QERA 1O1WA 3NF6A 3AVJA 1IH7A 1ZBHA 2DFFA 2E4LA 3L2WA 2Z1GA 3THVA 3OYEA 3K5NA 3AA4A 3K58A 4CEQA 4N41A 2OZMA 4M3XA 1QHTA 2ZQBA 3MXJA 2YNGA 2HB5A 4OJRA 3AO4A 4FM0A 1LW0A 5EU7A 4Z4CA 3CM6A 1GOAA 4CF9A 4KFBA 4Z4GA 3HPOA 4CJWA 4LH5A 1VSHA 1WSHA 3K2PA 4QCLA 1RNHA 1S1XA 2KFZA 1WSEA 4G1QA 1JLFA 3TARA 3DI6A 4CCHA 3AVKA 3VQ8A 4LSNA 4DLGA 4KV8A 3S3OA 1WLJA 3AO2A 3V1OA 4CEBA 4CIEA 4C8LA 1KSPA 1BISA 1BQMA 3AVFA 4DQPA 3I0SA 3ITHA 4Z4HA 5E41A 2Z1IA 5KGXA 4W5RA 1SKRA 1HMVA 3DM2A 1YTAA 4DTOA 4CHZA 3TAQA 4DQIA 3DLBA 3CFOA 3AVMA 4CF1A 4CGIA 3RR8A 3OYIA 5CY4A 4B9LA 4EP5A 2D0CA 2B4JA 2F96A 4FCYA 4DF4A 3KJVA 1VRTA 3NGYA 3RMBA 1TL1A 5DK5A 2DFEA 3OYDA 4E7IA 4IDKA 3DLHA 5FROA 1S5JA 3OYHA 1HJRA 2E6MA 3WNFA 1TKTA 1NK0A 1RDCA 3QEXA 3SQ2A 5CYQA 4AHVA 4CJUA 3V9SA 4CJLA 2VG6A 1RBUA 1L3SA 1TVRA 1I39A 3AVBA 3ISNC 1VSDA 1L5UA 2B5JA 1Y97A 3JSMA 4GMJB 3QESA 4C8NA 2OPRA 4CK2A 4ZHRA 1WSIA 1KTQA 3FFIA 1A5VA 1T05A 3TAFA 3ZSZA 4FJ8A 3L3VA 2XO7A 4DU3A 3AVCA 5CZ1A 3RRHA 1NK7A 3TWHA 5C42A 1NJYA 1D9FA 4ID5A 3AVLA 4NYNA 2WOMA 4CJRA 4PY5A 3ZT0A 3C95A 3V81A 1VRUA 4K8XA 4KHWA 1XHZA 1U4BA 3LAMA 2W42A 3I8DA 5J2QA 3S3NA 2XY5A 4CEAA 2IS3A 5KI6A 3T19A 4Z4FA 2HW3A 1QE1A 3LDSA 3MEEA 3KK3A 2DY4A 3VQDA 3SJJA 2JLEA 4KHSA 3V9UA 3V6DA 4QOZB 3NDKA 3V1QA 1SKWA 3OS1A 2FC0A 1SL0A 3MECA 1HYVA 1RILA 4CGDA 1CLQA 2IC3A 2BDPA 1XC9A 3SZ2A 2Y1JA 4HVJA 1ASWA 5J2PA 2ZE2A 1S1VA 1RT3A 2OA8A 4DQQA 4B8CA 3M8RA 1TAUA 1RBVA 5HROA 4OLAA 3VQBA 3PX0A 3B6OA 4FJKA 3ZSOA 1NJXA 4KTZA 1HRHA 4J2BA 3HYFA 1N5YA 4E3SA 1UWBA 4CECA 1RTHA 1DTQA 1KLNA 1YT3A 1J5OA 2F8TA 4AILC 1L3UA 3ALYA 4FJMA 4OGEA 3SV3A 1RT6A 2HHUA 4M3YA 1X9MA 3UIQA 3L8BA 4IBNA 3OJSA 3OYGA 5KGWA 4CJEA 2QKBA 4FK0A 3G0ZA 3NGZA 3MXIA 2IGIA 1RDDA 2P1JA 1JLGA 3RMAA 3SQ1A 4E7LA 3MEDA 3QIOA 3HO1A 1XWLA 1EETA 3G10A 2XHBA 3KLGA 3C6UA 4BDYA 3PX4A 2KZMA 1SL2A 4KTQA 4CEEA 2GUIA 3RMDA 4DTMA 2P5OA 4FJIA 3DYAA 1WAJA 4CIFA 3QNOA 3KLHA 3LPUA 4E7JA 4FM2A 4FJJA 1KCFA 3AVGA 3P1GA 4F2SA 4E7HA 4FYDA 4CK1A 1WAFA 2NUBA 4DMNA 5HP1A 4B9UA 2KTQA 4M3TA 1W0HA 1DTTA 4I7FA 3EZ5A 2KZZA 1ZBIA 4KHQA 4CF2A 1VSLA 3HJFA 3SI6A 4AHRA 2YNIA 2KFNA 4FJGA 2A1SA 2IDOA 4Y1DA 2QXFA 4CJTA 2OPQA 4DF8A 3VQQA 1BQNA 5DMRA 2X78A 4I2PA 3AVAA 3AA2A 4PA1A 4CGHA 4DS5A 3M8QA 2IOCA 2HHXA 4DTPA 4CEZA 1NKCA 4FLVA 4CHNA 1U49A 4GVMA 1B9DA 1EX4A 3AO3A 3DOKA 3VQ6A 5I3UA 2A1RA 1RTDA 2PYJA 1FK9A 3S9HA 1RT7A 4RW4A 1SUQA 3CFRA 2HNDA 5C24A 4WE1A 1F21A 4E0DA 3NH0A 1TL3A 3LALA 1S1TA 3SPYA 3NBPA 3L2QA 5T7BA 1NKBA 4RG8A 4B8AB 4CFCA 3KK1A 4FLWA 3AVNA 3DRRA 2X6SA 3IAYA 1C0TA 3HT3A 4DTXA 1RDAA 1T7PA 3CQ8A 1QSLA 3BDPA 1K6YA 4ID1A 4DLEA 2IAJA 1S9GA 3CM5A 4CFBA 2ZD1A 2D5RA 4FLXA 4R5PA 1GOBA 4FLUA 4W5TA 3CYMA 4FM1A 1KLMA 4OKKA 4AHSA 2G8FA 4FLZA 3O4QA 4FW1A 4KAZA 3WNHA 4DSKA 3ASMA 2BE2A 4IFVA 1KVAA 1NKEA 4CGFA 4CERA 3V1RA 3OVNA 4CJQA 3MAQA 4BDZA 4Y1CA 3VQ4A 2G8VA 2OPSA 1B92A 3OYFA 4IKFA 3NGIA 1D8YA 3TAMA 4M41A 5FRMA 3S3MA 4F4KA 5JS2A 1BIZA 4Q0BA 1BI4B 4LY7A 4CEDA 2EX3A 2HNZA 5C25A 2GBZA 3C6TA 1JLEA 4LD0A 1EXQA 3QO9A 4E1MA 2HVHA 1A5XA 3AV9A 1RCHA 4F3OA 3K5LA 3OYNA 1GOCA 3TABA 4BE2A 4ELVA 1ZBUA 1KRPA 2AJQA 2KQ2A 3AO5A 3LZJA 4FK2A 4KHUA 4KREA 4AHTA 4CHQA 4KTWA 3TAGA 4FLTA 1C0MA 3OYMA 1ZYQA 4HHTA 1TKXA 4KI4A 5HRRA 1U45A 4B3OA 1Z26A 4DTRA 1ZBLA 4CESA 3AA5X 3QLHA 3LWMA 4DQSA 3PO5A 4NCBA 2XY8A 1RT1A 4FZYA 3HSTB 4DTNA 2ATQA 4OGCA 1U47A 4DFMA 4FJ7A 3DRPA 3ZSXA 4N56A 3HK2A 3OYJA 3LANA 2HHTA 3SCXA 4OPKA 5JS1A 3B6PA 2B6AA 2DTUA 3IS9A 1U04A 2X74A 4JRQA 1TKDA 4B9MA 4HCBA 4IG3A 4XIUA 3KLEA 4DTUA 1C0UA 1UOCA 4O55A 3WNEA 1ASUA 3LZIA 1C1AA 1D9DA 1J54A 3K57A 2VWKA 1UA1A 5K14A 4ZTFA 4AHCA 3TAPA 3BGRA 2I5JA 3E01A 1TKZA 3LPTA 3M8SA 1SKSA 4HTUA 4W5NA 2WONA 2HNYA 3ZSVA 1S1UA 3QEVA 5KTQA 4AH9A 2PYLA 1C1BA 3LP0A 3KK2A 4FJXA 1BL3A 3DMJA 3KTQA 3HM9A 4CJSA 4IFYA 4FJNA 3IRXA 2DFHA 3VQ9A 3VQPA 4I2QA 3OYAA 1VSIA 4M3ZA 3LP1A 3RMCA 4JS4A 1QSSA 4KB0A 4FXDA 3ULDA 2F8SA 4FW2A 3H08A 3K5OA 1WSJA 4B08A 1JLQA 3HVRA 4KRFA 4DTJA 4JLHA 4CFAA 4RW9A 3OS2A 1W9HA 1J9AA 3QIPA 3LP2A 3O3FA 3OS0A 4B9SA 3MXMA 2EHGA 4DSFA 4PQUA 4FJ9A 5I42A 2RKIA 3SNNA 3SV4A 3MEGA 1QQCA 4CGGA 3DLRA 3U6FA 2Q3SA 2VG5A 4HUGA 2P5GA 3ZT1A 1R0AA 3SPZA 3AVHA 1NK5A 2BANA 3HXMA 4F8RA 1IKXA 3KLIA 1HYZA 4MFBA 1RTIA 3ZSYA 1EKEA 1VSKA 1REVA 3K59A 3VN5A 3VQCA 3D45A 4KPYA 4HCCA 1MU2A 2HHVA 3DOLA 4N5SA 3VA0A 2ETJA 3V9XA 4Z4IA 2E6LA 3QNNA 4C8MA 1A5WA 4OPJA 1X9SA 4DSIA 4B9VA 5FRNA 4KI6A 4B9TA 3A2FA 4CJ3A 4O44A 4JS5A 2OPPA 4EZ9A 4W5QA 3P5JA 4J2AA 4HUFA 5HLFA 1RDBA 2G8WA 4Q5VA 4FJHA 3T3FA 3V4IA 4EZ6A 4NYFA 1Q9YA 3HVTA 2KW4A 2O4IA 4DFJA 2GV9A 3SUPA 4M3UA 3P83D 3KLFA 2PY5A 1HYSA 3KKSA 4CFDA 3RWUA 3ZSWA 4BWMA 4M45A 1NJZA 4FK4A 1BGXT 3V9ZA 2G8KA 3NHGA 4ICLA 1HNVA 5CYMA 4DTSA 4ZTJA 1NK9A 4N76A 3M8PA 3RR7A 2RN2A 3ZT4A 2HHSA 3CG7A 5J2NA 2HHQA 1NOYA 4OKJA 3WNGA 5KRTA 3F73A 3V9WA 3HPHA 3OYBA 4AHUA 3NF8A 1IO2A 4E19A 2HVIA 4DQRA 1IKVA 4FJ5A 1S6QA 4H8KA 4CF0A 3U3YA 2FBVA 1ZBFA 3LWLA 1JKHA 1TGOA 4Z0UA 1LAVA 4KHYA 3PO4A 3L2UA 1FKPA 1YVUA 4DU1A 1NK4A 4O0JA 4O0IA 1X9WA 3EY1A 3EYZA 4DSJA 4BWJA 4BE1A 1C6VA 4KO0A 4C8KA 1BIUA 3TI0A 4CK3A 4DG1A 5J1EA 1WSFA 4CGJA 4QAGA 1QS4A 4CEFA 2PZSA 3OYKA 1LV5A 4KHNA 1HNIA 2X6NA 3DLKA 3TANA 4E7KA 1NJWA 1U48A 1T03A 3SQ4A 1WSGA 1X1PA 3NE6A 1Q8IA 1JLBA 1RBTA 5HRNA 3TR8A 3C94A 1TK5A 3D0PA 3ZT2A 1L3VA 3OYLA 1TK0A 4MQ3A 1IG9A 1KFSA 3NH1A 1JLCA 1IKWA 3LP3A 4DU4A 3PUFA 1YTUA 1HQEA 3LAKA 1LWEA 3O4NA 2VG7A 5D3GA 1UA0A 4CJVA 4FJLA 1VSJA 3IG1A 3ZT3A 4W5OA 4JRPA 5FDLA 1BCOA 3SUQA 4FLYA 2XRIA 2RPIA 2YNFA 1ASVA 5J2MA 4DFPA 4CJFA 2G8IA 4O4GA 1BCMA 5CZ2A 1RT5A 4Z4EA 1WN7A 3HPGA 3F9KA 2FBXA 1DLOA 4OVLA 4CJ4A 2D0BA 1KVCA 2VWJA 1NK8A 2D0AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BU6 O;  5GAH P;  1RT2 A;  5IT9 O;  3FZK A;  3QET A;  4KKO A;  1HUX A;  1YVN A;  3NF7 A;  2O8D B;  4L8R B;  1S1W A;  4CE9 A;  1DKG D;  1VHX A;  1FXX A;  2PBD A;  4A5B A;  3CCU N;  4J2E A;  4B3M K;  1Q18 A;  3I0R A;  2RF2 A;  1I94 K;  1SV5 A;  1YUW A;  1NWK A;  3KD1 E;  1GLL O;  3F2K A;  1Q9X A;  3AO1 A;  4BC3 A;  4XH1 A;  4RL5 A;  5AQP A;  5FPE A;  3FZL A;  3HZ6 A;  3VPZ A;  1DEJ A;  4H4O A;  2CH5 A;  3L3U A;  4JI7 K;  2YHB A;  3SQ0 A;  1FKO A;  3P39 A;  4C1N K;  5KRS A;  5HRP A;  1UAX A;  3IKM A;  3RVC A;  2E8A A;  1G15 A;  4MDA A;  4CHP A;  5C12 A;  3P31 A;  5DM7 L;  3QEW A;  1MMO G;  4OLB A;  3T1A A;  1Z25 A;  1HNW K;  1C1C A;  1YXQ A;  4A2B A;  3PV8 A;  3SYZ A;  5ADX H;  2FBY A;  5CHI A;  3AAQ A;  1XI1 A;  4K8Z A;  1KQS M;  4RW7 A;  2QA4 N;  4YOW A;  4BAC A;  3DLG A;  2YHA A;  3KK7 A;  3TSP A;  1XHX A;  5MLC Q;  1JLA A;  3K5M A;  4O5F A;  4OKE A;  4E1N A;  4B9N A;  2A3Z A;  3GDQ A;  3CPE A;  1XU3 E;  2Z1J A;  3R9P A;  4LH4 A;  2V7Z A;  3ZSQ A;  2YNH A;  3RRG A;  1Q81 O;  3KD5 E;  2QKK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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