The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
145
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sequence length |
456
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structure length |
450
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Chain Sequence |
NLKRDLITSLPFEISLKIFNYLQFEDIINSLGVSQNWNKIIRKSTSLWKKLLISENFVSPKGFNSLNLKLSQKYPKLSQQDRLRLSFLENIFILKNWYNPKFVPQRTTLRGHMTSVITCLQFEDNYVITGADDKMIRVYDSINKKFLLQLSGHDGGVWALKYAHGGILVSGSTDRTVRVWDIKKGCCTHVFEGHNSTVRCLDIVEYKNIKYIVTGSRDNTLHVWKLPKESSVHDYPLVFHTPEENPYFVGVLRGHMASVRTVSGHGNIVVSGSYDNTLIVWDVAQMKCLYILSGHTDRIYSTIYDHERKRCISASMDTTIRIWDLENGELMYTLQGHTALVGLLRLSDKFLVSAAADGSIRGWDANDYSRKFSYHHTNLSAITTFYVSDNILVSGSENQFNIYNLRSGKLVHANILKDADQIWSVNFKGKTLVAAVEKDGQSFLEILDFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Composite low affinity interactions dictate recognition of the cyclin-dependent kinase inhibitor Sic1 by the SCFCdc4 ubiquitin ligase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cell cycle
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Suppressor of kinetochore protein 1
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| total genus |
145
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| structure length |
450
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| sequence length |
456
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-12-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00400 | WD40 | WD domain, G-beta repeat |
| B | PF00646 | F-box | F-box domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Monooxygenase | Monooxygenase | ||
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UR4 A; 2H47 A; 2HJ4 A; 2YBA A; 5FKS A; 4CY1 A; 4O3T B; 2H6N A; 4PBZ A; 4BL0 A; 3JRP A; 5HE2 B; 3PVW B; 4CI2 A; 2AGX A; 1GP2 B; 4A09 B; 1MDA H; 4CC9 A; 4JT6 C; 1OMW B; 4J82 A; 2W18 A; 2G99 A; 4QL1 A; 5TF2 A; 2CE8 A; 4J73 A; 2P9P C; 2P9I C; 2CE9 A; 3C9C A; 1N6E A; 3IIW A; 4J77 A; 3MKQ A; 4AEZ A; 3JZG A; 4A2M A; 2PM9 B; 5IBK B; 5TDH B; 4O45 A; 2AQ5 A; 3IKO A; 4L1Q D; 4J86 A; 4A08 B; 2H3X A; 5EM2 B; 3RFG A; 3SHF A; 3EI1 A; 3VH0 A; 1U2V C; 5B4W A; 5IJ7 E; 2HJB A; 4ZOV A; 1B9X A; 2OIZ A; 2B5N A; 5HE3 B; 1GG2 B; 1JJU B; 5GSA A; 1VYH C; 3JPX A; 1L0Q A; 2H9M A; 3PXS D; 3RSE C; 5GMK n; 2P1P B; 4U1E I; 2YNN A; 2E31 A; 3W15 A; 3J80 g; 3C6P B; 3MMY A; 3C5M A; 2PM7 B; 4KFM B; 3I7O A; 4GZ8 A; 3HFQ A; 3OL2 A; 4QRJ A; 2I3T A; 2H6Q A; 3UVM A; 2H6K A; 3OKW A; 4NSX A; 2Z2O A; 4J0X A; 2XL2 A; 4XYI A; 3SBQ A; 3KRW B; 2P1O B; 4PXW A; 5GXI A; 3PVU B; 3VGZ A; 5K1C C; 5GXH A; 5AFU 3; 3OGL B; 2G9A A; 2P9U C; 1FS1 A; 4U7A A; 2OVQ B; 4D0K A; 4FWW A; 4E5Z A; 3JZN A; 2OVR B; 2P9S C; 3FRX A; 2B5L A; 4PBY A; 4CY2 A; 3GRE A; 4J0W A; 4JSV C; 3AL8 A; 4BH6 A; 2CN2 A; 2Z2P A; 5C2W B; 3AFC A; 4J8G A; 3SBP A; 4L3G D; 4JSX C; 3OKY B; 2YNO A; 2XU7 A; 4LG8 A; 1K8K C; 3SFZ A; 4J79 A; 2I0R A; 3MXX A; 1LDK E; 3UKU C; 4X61 B; 3SLE D; 5AJA A; 2H13 A; 3UVO A; 1A0R B; 3PE7 A; 2CNX A; 5FLX g; 4YVD A; 3PSC B; 3I7H A; 2P1N B; 2YNP A; 3I7L A; 2P9K C; 3EI2 A; 3V7D B; 2P9L C; 4O9D A; 4JXM A; 3IJ0 A; 4ZN4 A; 2YMU A; 3IJC A; 4XEI C; 4A0A A; 2HES X; 4J8B A; 5FKQ A; 5IT9 g; 3DXM C; 1XKS A; 2EBS A; 4ZOY A; 1Q47 A; 4CI8 A; 2I3S A; 2J56 H; 4FA5 D; 2AH0 A; 3I2N A; 2P9N C; 2OK4 A; 4CY5 A; 4PSX B; 2AGL A; 2PM6 B; 4LGN A; 3J81 g; 2GC4 A; 2OVP B; 2H14 A; 2IUR A; 3BWS A; 3SJL D; 5CXB A; 2OJY A; 3PXT D; 5EAM A; 2GNQ A; 3EI4 B; 1ERJ A; 1TBG A; 4A0B A; 3FGB A; 3SWS D; 1P22 A; 4L9O A; 3L4M D; 4CI3 A; 4GQ1 A; 2XL3 A; 2CO0 C; 4J78 A; 2HYE A; 2XYI A; 5FKR A; 1FWX A; 5IJ8 E; 5KDO B; 5FQD A; 3A0F A; 3JB9 L; 2H9L A; 4GGC A; 3OGK B; 4Z8L A; 3I8C A; 3I89 A; 4A11 A; 3SCY A; 3EI3 B; 3C99 A; 1S4U X; 2H9N A; 4A09 A; 3CIK B; 4K3I D; 3GFC A; 2OK6 A; 3I7N A; 2J55 H; 3NVQ A; 2CN3 A; 2PBI B; 2BCJ B; 4JD2 C; 1GOT B; 3MKS B; 2PM9 A; 3RMZ D; 3SVW D; 4X60 B; 4E5Z B; 3P4F A; 5TEF A; 4D6V A; 4ERY A; 1N6F A; 3IJ1 A; 5C2V B; 5HE1 B; 5EAR A; 3L4O D; 4O3U B; 3AL8 B; 3JAM g; 1GXR A; 1YFQ A; 4CZV A; 3K27 A; 2P1M B; 2J57 G; 3I8E A; 3ORV D; 2AH1 A; 2I0S A; 4QT8 A; 1SHY B; 3RN0 D; 5EAL A; 1U4C A; 4OWR A; 3BG0 A; 3SXT D; 3VA6 A; 2AGZ A; 3UVL A; 4I79 A; 5FA5 B; 4OZU A; 5CYK A; 3EI2 B; 2IUP A; 4N14 A; 4E54 A; 1B9Y A; 4A0A B; 4I6J B; 3L2O B; 4XYH A; 4GM8 A; 3I7P A; 2HXC A; 3SBR A; 5AMS A; 5TEE A; 4ERZ A; 1NR0 A; 3PXW D; 5H14 A; 5FXY A; 1R5M A; 5EAP A; 3RRM C; 3K26 A; 4JSN C; 3EMH A; 5IGO A; 4PSW B; 3NVN A; 2AGW A; 2TRC B; 3OGM B; 1MG2 A; 4ZOZ A; 3V9F A; 4ERQ A; 3JZH A; 1XHM A; 1JOF A; 2P1Q B; 3C6O B; 3OKY A; 5EMJ B; 3E0C A; 4CI1 A; 4GMB A; 5EML B; 3RFH A; 4LG9 A; 4J84 A; 3U4Y A; 3ZWL B; 4O1Q D; 4PC0 A; 4GGA A; 3EI1 B; 3UKR C; 5HE0 B; 2UZX B; 3NVX A; 2H9P A; 3F3P A; 4MK0 B; 4G56 B; 2IWF A; 2UZY B; 4EWR A; 4A11 B; 3V5W B; 3AH8 B; 3EWE A; 1TYQ C; 5CXC A; 3C6N B; 2B4E A; 3PSL A; 4FA1 D; 4Y7R A; 3UVN A; 3OTT A; 4J81 A; 1MG3 A; 2YB8 B; 4H5J A; 3DWL C; 3OL2 B; 3MZK A; 4FHL A; 4L3H D; 3IIY A; 3JRO A; 5EMM B; 1JMX B; 3F3F A; 2I0T A; 1SQ9 A; 5K19 A; 3B7F A; 4CZX A; 5H1M A; 5EMK B; 3N0E A; 1OLZ A; 3CFS B; 3EU7 A; 3N0D A; 4HDJ A; 4R7A B; 4FB1 D; 2Z2N A; 3C75 H; 2GC7 A; 4H5I A; 3EI4 A; 5I5M A; 4Y5R D; 4GQB B; 3SMR A; 3WSO A; 1SQJ A; 4X3E A; 3ODT A; 4IMM A; 3RN1 D; 4BUJ C; 3KRX B; 4CZY A; 4A08 A; 5I5I A; 4GGD A; 2BBK H; 5EM2 A; 5C9Z B; 5JWZ A; 4JT5 C; 1JMZ B; 3F3G A; 4ESG A; 3MZL A; 2IUV A; 4J87 A; 4K3J B; 5HQG A; 3EI3 A; 5THA A; 5CYK B; 4ZOX A; 3BG1 A; 4E54 B; 1QNI A; 4JSP C; 4GQ2 P; 5A2Q g; 5SXM A; 1N6D A; 4A7J A; 1K32 A; 2H68 A; 4AOW A; 5I5J A; 3I7K A; 4IA9 A; 2O9K A; 4FAV D; 2HKR A; 4ES0 A; 5IC7 A; 2Q7Q A; 2MTA H; 1XIP A; 3RLM D; 5H17 A; 4PNK B; 3AL9 A; 1RI6 A; 4FA4 D; 3ULE C; 3DM0 A; 5FKT A; 2E32 A; 3OKT A; 4FA9 D; 3EG6 A; 4A2L A; 1PBY B; 2B5M A; 2IUQ A; 3CFV A; 3DXK C; 3OW8 A; 4GM3 A; 2HKM A; 5IGQ A; 1PI6 A; 5CXB B; 2IWK A; 3FM0 A; 4CY3 A; 1NEX B; 4TZ4 A; 4A0B B; 2AGY A; 4QQE A; 4FAN D; 4UI9 R; 5HYN B; 3UVK A; 1PGU A; 2CO0 A; 1PEV A; 2QXV A; 5CXC B; 4X63 B; 2IAA A; 3DSM A; 3SN6 B; 2QC5 A; 4GM9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UOO A; 3UR4 A; 4FK2 A; 2B1E A; 3BVO A; 3N1B A; 2H47 A; 2HJ4 A; 4E4B A; 2YBA A; 5FKS A; 4CY1 A; 4O3T B; 2H6N A; 4PBZ A; 4BL0 A; 3JRP A; 5HE2 B; 5M5T A; 3O4G A; 3PVW B; 4CI2 A; 2AGX A; 1FZ5 E; 1GP2 B; 1MDA H; 4DTN A; 3J27 A; 4A09 B; 4CC9 A; 4JT6 C; 1OMW B; 4J82 A; 2W18 A; 4JRP A; 2G99 A; 4QAM A; 4QL1 A; 2CE8 A; 2JQT A; 5TF2 A; 4FJ9 A; 4FJM A; 2EIC A; 4J73 A; 3SQ2 A; 4NC4 A; 2P9P C; 3KCI A; 2P9I C; 2CE9 A; 3C9C A; 1N6E A; 5IZ7 A; 4EP9 A; 3IIW A; 3IJE A; 4J77 A; 3MKQ A; 4AEZ A; 3JZG A; 3NDK A; 4ADN A; 4A2M A; 3ZE0 A; 3TAF A; 2PM9 B; 5IBK B; 5TDH B; 4O45 A; 2JHP A; 2AQ5 A; 4NAA A; 3UO2 A; 3IKO A; 4L1Q D; 4J86 A; 4A08 B; 2H3X A; 3SPY A; 1JW2 A; 4DNV A; 5EM2 B; 3QEW A; 3FCU A; 5FFO A; 3RFG A; 3SHF A; 3EI1 A; 1XU5 E; 3VH0 A; 1U2V C; 1CLQ A; 5B4W A; 5IJ7 E; 2HJB A; 4ZOV A; 1B9X A; 2OIZ A; 2B5N A; 5HE3 B; 1GG2 B; 1JJU B; 5GSA A; 1VYH C; 3JPX A; 4ICG C; 1L0Q A; 4UM9 A; 1XMF E; 4M3T A; 2H9M A; 3PXS D; 3RSE C; 2BKL A; 5GMK n; 3L8B A; 1XL3 C; 1FZI E; 2P1P B; 1XVF E; 2YNN A; 4U1E I; 2E31 A; 3QEI A; 2RKH A; 4FK0 A; 3W15 A; 3J80 g; 3K72 A; 3C6P B; 3MMY A; 3C5M A; 3MVD K; 2QR5 A; 2PM7 B; 4KFM B; 3I7O A; 4GZ8 A; 4FVM A; 4WK4 A; 3HFQ A; 3OL2 A; 4QRJ A; 2I3T A; 2H4T A; 3E4W A; 3NCI A; 2H6Q A; 1FZ8 E; 3MUO A; 1XU3 E; 3UVM A; 2H6K A; 3OKW A; 1T2X A; 4NSX A; 2Z2O A; 4J0X A; 2XL2 A; 4M3Z A; 4XYI A; 3SBQ A; 2VJ5 A; 3KRW B; 4DNU A; 2P1O B; 4PXW A; 5GXI A; 3E4Y A; 1E8N A; 3PVU B; 3VGZ A; 2FW3 A; 1MTY G; 2VDK A; 5K1C C; 2OYQ A; 1XVE E; 1GOH A; 5AFU 3; 3OGL B; 2G9A A; 5GXH A; 2P9U C; 1FS1 A; 3K6S A; 4KHU A; 3QET A; 4U7A A; 1JV2 A; 2OVQ B; 1BPO A; 4D0K A; 1FPO A; 4FWW A; 4E5Z A; 3JZN A; 4J2D A; 2OVR B; 2P9S C; 4DU3 A; 1TYE A; 3FRX A; 4J2B A; 2B5L A; 4PBY A; 4G1E A; 3NAE A; 3TL8 B; 4CY2 A; 3GRE A; 3TAE A; 4J0W A; 1H2W A; 4JSV C; 4DTJ A; 3AL8 A; 2CN2 A; 3O4H A; 4BH6 A; 3GC3 B; 2Z2P A; 1M1X A; 5C2W B; 4AMY A; 3AFC A; 4J8G A; 3SBP A; 2DY4 A; 4L3G D; 4JSX C; 1FZ7 E; 3QI0 A; 3OKY B; 3T3P A; 3UO3 A; 4RE6 A; 2YNO A; 2XU7 A; 4LG8 A; 5M61 A; 1K8K C; 2VZ1 A; 3SFZ A; 4J79 A; 4HCB A; 2I0R A; 3MXX A; 1LDK E; 3UKU C; 3SJJ A; 4WK0 A; 3IUN A; 1XVD E; 4X61 B; 3SLE D; 5AJA A; 2H13 A; 3UVO A; 1A0R B; 3PE7 A; 2CNX A; 5FLX g; 1JTD B; 4FJI A; 1UOP A; 4YVD A; 3PSC B; 4JS5 A; 3I7H A; 3V4P A; 2JHC A; 2P1N B; 1XVB E; 2YNP A; 3I7L A; 2P9K C; 3EI2 A; 3V7D B; 2P9L C; 4O9D A; 4JXM A; 3IJ0 A; 4ZN4 A; 4FJJ A; 3NE6 A; 1C9I A; 2YMU A; 3IJC A; 2JH8 A; 2EIB A; 4M3Y A; 4XEI C; 4A0A A; 3NIF A; 2HES X; 4J8B A; 5FKQ A; 5IT9 g; 3DXM C; 1XKS A; 4Z7N A; 2JH9 A; 2EBS A; 2VDR A; 4RE5 A; 4ZOY A; 1Q47 A; 4CI8 A; 2I3S A; 2J56 H; 4FA5 D; 2AH0 A; 3I2N A; 4IT5 A; 5IRE A; 2P9N C; 2OK4 A; 4CY5 A; 2ATQ A; 1Q9Y A; 4PSX B; 2AGL A; 2PM6 B; 4LGN A; 4JHP C; 3J81 g; 3IVM A; 2GC4 A; 2OVP B; 2H14 A; 2IUR A; 3BWS A; 3LZJ A; 3SJL D; 3IUL A; 5CXB A; 2OJY A; 3PXT D; 5EAM A; 3S9H A; 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