4J2BA

Rb69 dna polymerase l415g ternary complex
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSGYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Alteration in the cavity size adjacent to the active site of RB69 DNA polymerase changes its conformational dynamics.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2bA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2bA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2bA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2bA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2bA03
4ELVA 4Z4EA 3DLRA 1GOBA 4CECA 1NKEA 3AVIA 4GW6A 3UIQA 5C24A 2QXFA 1VSHA 1Q8IA 3NGZA 3I8DA 1NKCA 3AVBA 3VQ9A 4BE1A 4QCLA 3NH1A 1J54A 1TL3A 3V1QA 3DRSA 5SZTA 1RDDA 1HYVA 1UA0A 3CFPA 1I39A 4AHUA 1Z25A 3VQ8A 1LWEA 1Q9YA 3QERA 3ASMA 4E7KA 3DRRA 3AVFA 2D0CA 1ASUA 4EP5A 5J1EA 1TKTA 4CHPA 2HHUA 3AVNA 2X6SA 1IO2A 3K57A 4W5OA 3KIOA 3L2RA 1NKBA 2F96A 3ZSWA 2OPPA 4DS4A 4CJ5A 2RF2A 1X9SA 1JXBA 4M3UA 4AHSA 1S1WA 4LH4A 5E41A 3OYLA 1HYZA 3P83D 2HB5A 4OVLA 4FJGA 4CEDA 1RT1A 2D0BA 4DS5A 1X9MA 1JKHA 3LWMA 3SYZA 2VG6A 4RW4A 1QSLA 3SI6A 1UAXA 4NYFA 2FBVA 4DMNA 4E19A 3SV3A 1RT4A 4MQ3A 4FCYA 3ZSYA 1IH7A 1ASWA 2VG7A 4B9MA 2FBXA 1Q9XA 3LAMA 1S6PA 3VQ7A 5C42A 3HXMA 4ELTA 3K58A 3RMAA 1JLBA 3TR8A 4DSEA 2I5JA 3NFAA 1WAJA 4LY7A 1NOZA 1L3TA 3SJJA 4HVJA 4FLYA 1JLEA 3ISNC 4ZHRA 5J2NA 3VQ5A 3OYKA 1BGXT 3F73A 3O3FA 3AVCA 3K5NA 4IKFA 3RTVA 2XY5A 3KD5E 2PYJA 2E6MA 4CJQA 4B9SA 3VQ4A 2D5RA 5K14A 1VK0A 4DFJA 1U49A 1X9WA 1J5OA 2GUIA 2XRIA 4JLHA 4BWJA 1JL2A 3V9SA 3PY8A 3WNHA 4BDZA 1RT3A 3HSTB 1VSJA 3SQ0A 3AV9A 3HO1A 4HUFA 4PQUA 3THVA 1JLAA 4CEAA 3OYGA 2KFNA 1J53A 1S6QA 3H08A 3TI0A 4CFCA 3PX6A 2DTUA 3DLEA 3L2UA 1NK0A 1KLNA 4DQRA 3DOKA 1TKDA 4FJ5A 3T1AA 2E4LA 1SUQA 2KQ2A 3SCXA 4KB1A 1C0UA 4YNQA 2KZZA 3QNOA 1D9DA 4FZXC 2A1SA 4FJIA 3NH2A 1NJXA 2Z1GA 2Z1HA 1XWLA 4CCHA 1S1TA 3M8RA 3JYTA 2B6AA 4LSNA 4CF1A 1WLJA 3TANA 2HMIA 5HBMA 1WNSA 3S3OA 1SKWA 3LALA 3LP1A 3VQQA 2X78A 5FROA 4J2EA 3SQ2A 2DFHA 1B92A 4B8AB 3HVRA 3V4IA 1BCMA 2G8HA 1CZ9A 1REVA 4CEQA 3NE6A 4E1NA 4CJEA 3QLHA 3TAEA 1T7PA 3VQDA 4FYDA 2Z1IA 1BIUA 5KI6A 4F4KA 3F9KA 3C6UA 4Y1DA 2VWKA 1QTMA 4W5QA 1S9EA 1KFSA 4CHQA 3AA2A 4FK2A 3KLIA 3AO3A 1D5AA 4M3ZA 3LZJA 4IG3A 2OZMA 1RBVA 2FBYA 2BE2A 3HL8A 3ZSRA 4CEBA 4KHSA 3TABA 3DYAA 1F21A 4FJLA 3ZSOA 1YVUA 4B8CA 4CJVA 3TARA 3DRPA 1W0HA 4KTZA 4QOZB 2XY7A 1LAVA 2QKKA 4E3SA 4BWMA 4FM0A 3G0ZA 1CZBA 4HHTA 4C8MA 1BQNA 2G8IA 1NK6A 1RBUA 1CXUA 2EHGA 3TAMA 1KVBA 3ALYA 4N5SA 4E7JA 4J2BA 4KHYA 3LDSA 1G15A 2KFZA 3QEXA 4CFBA 4HCBA 4FXDA 3RMBA 1NJZA 2IC3A 2DFFA 3T19A 1IKVA 4OGEA 1WSGA 2B5JA 2A1RA 4PUOA 2BGGA 1XHXA 1RDCA 3P1GA 1BIZA 4CGGA 3OYDA 3RRHA 4DTOA 2OPRA 5HRSA 2F8SA 1LAWA 2YNIA 3V9ZA 4DSFA 3PX0A 1KCFA 3V1RA 3KLEA 2RPIA 3ZT1A 1D9FA 1TVRA 4FJMA 4KI6A 3VQCA 5KRTA 3OYMA 3OYCA 4B9NA 1J9AA 4DG1A 4W5NA 4N76A 2HHQA 4M45A 4KREA 3HP6A 1JLGA 1YT3A 4DSIA 4O5BA 1JXEA 1KVAA 3NCIA 4KHUA 3I0RA 4CJ3A 3V9XA 5HP1A 2F8TA 5CZ1A 4OKJA 1DTTA 4CHNA 4KO0A 1IKWA 4CF8A 2DFEA 1WN7A 1X1PA 2WOMA 3CM6A 4W5TA 1XI1A 3CYMA 4CFDA 1FKOA 1TV6A 3S3MA 1EP4A 3LPTA 3TAQA 4CE9A 1L3UA 3HVTA 4RG8A 1LWFA 1WAFA 4MFBA 3P5JA 1ZBUA 4CJ4A 3O3GA 4OKEA 3K5MA 1WSJA 4B9UA 1WSEA 1XC9A 3K5OA 1RT5A 3OYNA 3AVGA 4FVMA 4KFBA 3VQAA 3K2PA 1U47A 3NGYA 4FJKA 4C8LA 1HPZA 3SUPA 1C1CA 1KVCA 3O4QA 4KI4A 1GOAA 4Z4FA 1W9HA 3C94A 2HVIA 2QKBA 4CGDA 2ZD1A 1RNHA 3SNNA 3S3NA 1O1WA 2XY6A 4LD0A 4OJRA 4JS5A 4DF4A 3C95A 4F3TA 1QS4A 3MEGA 3U3GA 4JRQA 1S1XA 3EY1A 3C6TA 4Q5VA 1NK9A 1ASVA 4EZ6A 2R7YA 3G10A 1WSIA 1WSFA 4UQGA 4B9LA 1IKXA 1L5UA 1FK9A 1NK5A 1UOCA 4CESA 4FLXA 1WSHA 3JSMA 1CLQA 4KKOA 3V9WA 4CF0A 3OVNA 1QHTA 4RW8A 3AO1A 3PO5A 4KHNA 3OYBA 1EXQA 3AVJA 2Q3SA 3DM2A 1T05A 1TK8A 2HW3A 4N47A 1KFDA 3BDPA 1HQUA 4PA1A 1S9GA 1NK7A 3ITHA 4CJKA 1C1AA 4O0JA 4CEOA 1C1BA 3AA4A 3IS9A 1ZBIA 1S5JA 4H4OA 1QSYA 4Q0BA 1ZBLA 2P5GA 3LP0A 4CF2A 1MU2A 1A5WA 4QAGA 3OYIA 3M8QA 2GV9A 4CK1A 4HTUA 1IG9A 4Z0UA 4NYNA 3HJFA 4AHVA 3MAQA 3LAKA 2G8FA 3DOLA 1RCHA 4OPKA 5DK5A 5FRNA 2HHXA 3ULDA 3BGRA 3VN5A 4N41A 1FKPA 3M8SA 4IFYA 3EZ5A 2OPSA 1UWBA 3AVKA 3CM5A 3AVAA 1I3AA 3AA5X 2KW4A 1KLMA 4FLVA 2WONA 3OYFA 4I7FA 4RW6A 3RMDA 1VSKA 5KGXA 3OYHA 2W42A 5HROA 4ZTJA 4KV8A 4ID5A 1NJYA 3KTQA 2KTQA 2HHSA 2G8KA 4FJXA 4CJPA 4CJTA 3EYZA 3OJUA 3VA3A 3CQ8A 4FZYA 3OYJA 2IDOA 1RTHA 3OS2A 4KTQA 4H8KA 2P1JA 4E7LA 1RBRA 4M3XA 1SKRA 3HT3A 4BE0A 1L3VA 1RTJA 4Z4HA 4CEFA 4W5RA 3SZ2A 4KHWA 4DTRA 3ZT3A 4CGIA 4DWIA 4FLUA 1ZBFA 3U6FA 3NGIA 2D0AA 3MXIA 2EX3A 3NH0A 3O3HA 4BACA 2NUBA 1TAUA 4K8ZA 3QETA 1KTQA 4Z4CA 2KZMA 2BANA 5J2MA 4KB0A 4DFKA 2DY4A 3OY9A 4M3RA 2OZSA 2O4GA 4DLEA 3OS0A 2PYLA 4OLBA 3L2VA 3V81A 4M3YA 1B9DA 4KTWA 3ZSXA 4CERA 2RN2A 3OYAA 4B9VA 1DLOA 3TAFA 1GOCA 2IGIA 1N6QA 3ZT4A 2QK9A 1FXXA 1ZYQA 3VQBA 4NCGA 1T03A 1VSEA 4JRPA 3I0SA 2GBZA 4FLWA 1VSIA 2B4JA 4CJRA 3NHGA 4I9LA 3QO9A 5I42A 5J2PA 1TAQA 2HHTA 1L3SA 5T7BA 2YKNA 1CXQA 1TK5A 4M42A 3S9HA 4DSKA 1BI4A 4OGCA 3MEEA 4BDYA 3TWHA 3PX4A 3TAPA 3OYEA 3AO2A 3DLGA 4KPYA 1SL1A 2HHVA 5HRPA 1VRTA 3QINA 2OYQA 1BHLA 4NCAA 3KLHA 4DQIA 4L8RB 3NF7A 1S1VA 4CJLA 4B3OA 4BDPA 2Z1JA 4DU3A 2G8UA 3WNFA 3CFOA 3AA3A 3RR8A 2X6NA 3CFRA 3IAYA 4RW9A 4E89A 1Y97A 1XHZA 3LPUA 1TGOA 1EX4A 3D0PA 1QSSA 4EZ9A 4F2RA 4DTJA 3KD1E 1S1UA 3RMCA 1VSMA 3NBPA 4I2QA 4O44A 4YFUA 4O0IA 1U48A 4C8KA 3TAGA 3SQ1A 1VSLA 4CIFA 4R5PA 4DQSA 4H4MA 3IG1A 3QIPA 1NK4A 4F2SA 1JL1A 5I3UA 2XY8A 4B08A 3RWUA 1U4BA 4J2DA 1LV5A 4CJUA 3LP3A 2FBTA 4F3OA 4GVMA 3AVHA 3KKRA 3QNNA 3O4NA 5JS2A 3E01A 5KRSA 1HQEA 1RT7A 3IRXA 3FFIA 3L3UA 5C25A 2JGUA 1VSDA 2YHBA 3RRGA 1N5YA 3T3FA 4DU1A 4DFPA 3SV4A 2ATQA 5CZ2A 3LZIA 2VWJA 3CG7A 3L3VA 3ZCMA 2Y1JA 1HNVA 4AH9A 4C8NA 2AJQA 4HCCA 4OPJA 1RILA 2YKMA 5J2QA 3SPZA 4FW1A 1A5VA 3D45A 4LH5A 3HP9A 2XO7A 2HNYA 3NF6A 4KAZA 1RDAA 1LW2A 3KLGA 4KRFA 3KK2A 2XHBA 1LWCA 3QIOA 1VRUA 5D3GA 4CEEA 5HRRA 2YHAA 3OJSA 3HM9A 4AHCA 3V1OA 2G8WA 2YNGA 2G8VA 2LSNA 3DI6A 3B6PA 2P51A 4IFVA 4FW2A 4CK3A 3KK3A 2JLEA 5DMRA 4DTSA 1TKZA 2X74A 4CEZA 1A5XA 2HNZA 1C0MA 3L8BA 4FLZA 2FC0A 4I2PA 5HRNA 1U45A 3LANA 4ELUA 4KHQA 4AILC 4DTMA 3KKSA 2ETJA 3SUQA 3QESA 4GMJB 3AO5A 3K59A 4FJ9A 4DTPA 1LW0A 4FJ7A 4CFAA 1EKEA 4CJFA 2OA8A 3RR7A 1SL0A 4CHYA 1KSPA 3VQEA 3K5LA 1RTIA 2YV0X 3DLKA 3V6DA 4WE1A 3L2QA 2PY5A 2ZE2A 4F8RA 5JS1A 3PUFA 1HMVA 3QEIA 1HJRA 3MECA 1BQMA 4O55A 1B9FA 3HYFA 1JLFA 4M41A 4C8OA 4DTNA 3NAEA 4N56A 4CIGA 1R0AA 3WNGA 3HPHA 2HNDA 2ZQBA 4CJWA 5SWMA 4CK2A 4PY5A 4AHTA 3DLBA 1JLCA 4NCBA 2VG5A 4FJNA 3QEWA 4M3TA 4RW7A 1UA1A 1HYSA 3QEVA 4CHZA 4DQQA 4CGFA 1IKYA 1TKXA 1YTUA 1RBSA 1RT6A 4I9QA 4Z4GA 2IOCA 1HRHA 5KTQA 1KRPA 1RDBA 1U04A 4E1MA 2IAJA 5CY4A 1K6YA 4Y1CA 3ZSQA 4DTXA 3VQ6A 3LWLA 4B9TA 4FM1A 3U3YA 1QE1A 4ICLA 3KJVA 3ZSZA 3DLHA 4E7IA 4J2AA 3SQ4A 3M8PA 4O4GA 4CHOA 4CF9A 3VA0A 4BE2A 4IG0A 4DLGA 4E7HA 5KGWA 4DSJA 2PZSA 5FRMA 1RBTA 2HHWA 5FDLA 1VSFA 3SPYA 4FK4A 1BI4B 3NF9A 4JS4A 1TL1A 2BDPA 3VQPA 4E0DA 1BCOA 4XIUA 4PWDA 4ZTFA 4OKKA 1T8EA 1SV5A 4ID1A 3AVLA 3MXMA 4HUGA 1EETA 4DQPA 3SUOA 1NOYA 4FZZA 1QQCA 3V9UA 2E6LA 3AVMA 1TK0A 3SUNA 4FJHA 4TSXA 1Z26A 4CGHA 4K8XA 1HNIA 3HPGA 3ZT2A 3HK2A 4FJ8A 3A2FA 5EU7A 3KLFA 4CIEA 1BISA 2YNFA 3DMJA 3MXJA 4HUEA 5CYQA 3OS1A 2O4IA 2ITGA 1D8YA 3PO4A 3AO4A 4FK0A 4EP4A 4FM2A 2OPQA 1SKSA 4CJSA 1C6VA 1ZBHA 4CGJA 4OLAA 2Y1IA 4M3WA 3B6OA 3PV8A 2IS3A 4Z4IA 3NF8A 5HLFA 3ZT0A 4G1QA 4AHRA 4DF8A 2P5OA 4DFMA 3HPOA 1ITGA 1DTQA 4FLTA 1JLQA 3KK1A 1NK8A 4DTUA 4IDKA 1NJWA 4IBNA 1RTDA 3ZSVA 5CYMA 4DSLA 3NDKA 3QEPA 2RKIA 3LP2A 1RT2A 3WNEA 1SL2A 2HVHA 1C0TA 1YTAA 4FJJA 3MEDA 4LSLA 4DU4A 3L2WA 2YNHA 1BL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5IT9O 1NGJA 1RBUA 2O8BB 1CXUA 1LCUA 3UKRB 2JHAA 2RCUA 1QQNA 4N5SA 5JLHA 2HF3A 3VF2A 3QEXA 2QWNA 3BEXA 1E3MA 1IKVA 2A1RA 1FZ4E 4CGGA 3PIPL 3VPZA 1LDKE 4JK9A 1KCFA 4FWPA 2RPIA 4H5WA 5KRTA 4KI6A 3VQCA 3TSQA 1VQLN 4H0XB 1HX1A 3J7ZO 3VEVA 1JLGA 4ADNA 1KVAA 4B3SK 1O13A 3I0RA 1WOQA 2O8CA 1XMQK 1WN7A 1TYQB 3CM6A 4JI2K 3CJCA 3RSEB 1TV6A 3K9JA 3S3MA 3Q7CA 4BREA 3LPTA 1VQNN 4RG8A 2RE2A 5MLCQ 4CJ4A 3LM2A 5AQLA 3AVGA 4FVMA 3QMLA 3NGYA 4FJKA 2OANA 1C1CA 3O4QA 3C94A 2EWSA 2HVIA 4JS5A 4LC9B 4DF4A 3C95A 4JHDA 2FYOA 1QS4A 4JRQA 3BF1A 1S1XA 3EY1A 3O4WA 1FS1A 1N33K 5KPRA 3K2OA 1IKXA 1FK9A 4MLEA 3HI0A 1UOCA 1WSHA 5C15A 1CLQA 2IVPA 4RW8A 1NM1A 3AO1A 4KHNA 3FE1A 3PO5A 1EXQA 3AVJA 1T05A 4KHPK 3BDPA 3WEEB 3J80O 3A5MC 4U67L 1NK7A 3CI5A 3R6MA 3AA4A 4WQ4C 1ZBIA 1S5JA 1QSYA 4Q0BA 1ZBLA 2NRZA 3FZHA 4CK1A 1T6DA 2HHXA 3FZKA 1GLFO 1KQSM 1ZBSA 5ELZA 2OPSA 1TUUA 4F9OA 3AVAA 3EKSA 4R79A 1KLMA 2KFZA 5LL6Z 3OYHA 1VSKA 2WBNA 3CCVN 2G8KA 1OH6A 4AI6A 2GX9A 4H0PA 4I6MA 1VQON 4J8FA 2P9UB 1JW2A 4E7LA 4M3XA 1SKRA 3HT3A 1VQ9N 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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