3QEPA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Hydrogen-bonding capability of a templating difluorotoluene nucleotide residue in an RB69 DNA polymerase ternary complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qepA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qepA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qepA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qepA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qepA03
3KD1E 3AO3A 2OZSA 1SL0A 1JLEA 3EY1A 4RW8A 3DLBA 1W0HA 3SYZA 4K8ZA 4PWDA 3HK2A 5KGWA 3VQPA 3VQ8A 3HM9A 1C1CA 2VG7A 1U45A 3LPUA 3MEDA 3JYTA 1LV5A 3T3FA 4Z4EA 4NCGA 3PX6A 4DTUA 4DSIA 2W42A 4CJ4A 4BWJA 1SL1A 3AV9A 2IAJA 2HNZA 4CHZA 4CJSA 3THVA 4CHYA 2ETJA 1HMVA 1JL2A 1JXBA 1Q8IA 3QLHA 4DSFA 1SKSA 4J2AA 3RTVA 2IDOA 1XHXA 2HVHA 1HQUA 3HPGA 2ZE2A 4CJVA 3C6TA 4J2BA 3L3UA 1L3SA 2HHSA 3QESA 3M8RA 1SKRA 1WAFA 5C24A 3RR8A 2HHWA 4LD0A 1N5YA 1CXQA 3HP6A 4O4GA 3QNNA 1RTHA 3VN5A 3TWHA 1U4BA 2KZMA 3D0PA 4CEBA 3TABA 1UA1A 3RMAA 2YNFA 4FJXA 1TKTA 4FLZA 3SNNA 4M3XA 1UWBA 1A5XA 4IFYA 4OKEA 2FBYA 4AH9A 4N76A 1XC9A 1RT7A 3LPTA 4HUFA 3OYJA 2RPIA 3AA3A 5KRTA 4DTNA 3QEIA 4K8XA 3SPZA 4CJFA 4C8KA 2D0AA 3K5NA 1XWLA 1UA0A 3TR8A 1U04A 1BI4A 1C0TA 1RBVA 3M8SA 1NJWA 3G10A 4KO0A 2VG6A 3NGIA 1RT6A 3ISNC 5FDLA 3V9UA 1WSHA 2KQ2A 1LW0A 4M3RA 3SI6A 4CF8A 4F3OA 4FJMA 2XY8A 2A1SA 4HUEA 5FRMA 4B3OA 3T19A 4CEFA 1X1PA 3HO1A 4DMNA 4CFBA 4CJ5A 1TGOA 4N5SA 1VSIA 1QS4A 4KTQA 1Z25A 5HRSA 3KLHA 4AILC 3VQ7A 3ZSZA 4YNQA 1RT2A 1TL1A 4DFJA 3B6PA 3ZCMA 1A5VA 2P5OA 5HROA 1X9WA 4FVMA 2VWJA 1RDAA 4E1MA 1YTUA 1ASWA 1SUQA 2HB5A 3ZSVA 1GOBA 3S3NA 3V1OA 4E89A 3K5MA 1ASUA 1EP4A 4M3ZA 4E19A 3O3FA 2AJQA 3L3VA 3P1GA 4OKJA 1HNVA 4KV8A 2O4GA 1TAQA 4Y1DA 4AHCA 3OYBA 3CYMA 4HTUA 3TI0A 1RT1A 3F73A 4E3SA 3HVTA 1RCHA 3DMJA 3ZT4A 5SZTA 3EZ5A 4C8LA 3U3YA 4MFBA 4M42A 4CJLA 1L3VA 2G8KA 3V9SA 2DY4A 3OYLA 4KTWA 3LALA 2Z1GA 1BQNA 1GOAA 3PUFA 1BL3A 5C42A 2G8FA 1ZBIA 3V9ZA 1BIZA 4PQUA 4JS4A 2I5JA 4LH4A 4BE0A 4IG3A 2YNHA 4BE1A 3CG7A 1QHTA 3AVCA 4I9QA 3O4QA 3ZSQA 3KTQA 4OGEA 4DFMA 3ALYA 1JL1A 3IS9A 5CZ2A 3TAFA 2BGGA 4FJLA 3NH2A 2YNGA 4OGCA 1S1UA 2DFHA 2HHTA 3OYGA 1N6QA 4FK2A 4DQSA 4OLAA 4CIFA 1HYSA 1S1WA 3VQQA 3BGRA 3K57A 2IOCA 3QEVA 3OYCA 4DFKA 1C6VA 1NK5A 4L8RB 4FZYA 3C94A 4KHWA 4CEEA 5I3UA 1ZBLA 3TAQA 2HHUA 3QIPA 3QIOA 4CJUA 3OJSA 3AVLA 3OYKA 4HHTA 1RNHA 2FBTA 3AVIA 4NYNA 3SQ2A 1T8EA 1WN7A 4FXDA 1JLQA 3AVKA 3MEGA 1UOCA 4QOZB 3PO5A 1KFSA 4M3WA 3QEWA 3SZ2A 3DLRA 2G8IA 3KLEA 3OYMA 3DRSA 3NHGA 1YT3A 4WE1A 1RBRA 1TKZA 3L2UA 1IKXA 2WONA 3O3GA 3OYEA 4B9MA 1BHLA 1D9DA 1HPZA 4FW1A 3I0SA 1S1TA 4ZTJA 4BDPA 3DRPA 4KRFA 4OPJA 2P51A 5DMRA 3ZT2A 4QCLA 5J2QA 2EX3A 1TAUA 3ULDA 3K5OA 1YTAA 3SPYA 4CESA 1BIUA 3S3OA 4I2PA 1DLOA 3SV3A 3LP3A 2Q3SA 3QO9A 3ASMA 4KI6A 1NK0A 2F8SA 2HVIA 4CGFA 3OYAA 3AVHA 1BISA 2QKBA 3K58A 2GUIA 3LZIA 2GV9A 3AA4A 3OY9A 2QKKA 4B9SA 3RMCA 4Z4IA 4W5NA 2XY5A 3PY8A 4O55A 4BE2A 2JLEA 3AA2A 4CIEA 4JRQA 4KPYA 1J9AA 1RT4A 1DTTA 1WSFA 1VRUA 3LWLA 3VA0A 3BDPA 2OYQA 3WNFA 5J2NA 2G8HA 1ZBHA 1TL3A 4AHRA 3VQBA 2XHBA 2OPPA 3SUPA 3P5JA 3VQDA 4IBNA 3KLGA 4RW4A 4N41A 4KAZA 3SUOA 4KREA 4DG1A 4JS5A 4CGHA 3O3HA 3MXMA 1TV6A 4CFDA 2D0BA 2Z1JA 1NK4A 1C0MA 2HW3A 4IDKA 2Z1HA 1S9GA 4CF9A 1NK6A 3KK2A 2FBXA 4E1NA 4OJRA 2YHAA 4W5TA 4FLYA 2RF2A 5CYQA 4Z4CA 3SUQA 4DF4A 3AO2A 1KTQA 5HRRA 4KHNA 3TAPA 4CJEA 3TAEA 1VSHA 3ITHA 5HLFA 5EU7A 1NJZA 2XO7A 4FLTA 1C1AA 3NF6A 3LP1A 4DFPA 3VA3A 1U47A 4CK2A 4EP4A 4CK3A 3OYFA 4LSNA 5JS1A 1KVBA 3AO4A 3NF9A 4H4MA 3NGZA 1S6PA 4C8MA 4CF0A 2P1JA 4E7HA 1YVUA 4ELVA 3OYIA 1LWFA 1TK8A 1B92A 1VSEA 1WLJA 3U6FA 1RT3A 2OA8A 1RDCA 3S3MA 4N56A 2HHQA 3CFOA 3VQ4A 2ZQBA 3DLEA 1ZYQA 2R7YA 1D9FA 2IC3A 4KFBA 4DTOA 3L2RA 4AHTA 2X78A 1WSGA 4W5QA 1IG9A 4CJWA 4W5OA 4FZXC 4CJ3A 1A5WA 1UAXA 3LAKA 4RW7A 4CEOA 1NK9A 1LW2A 2YNIA 4ID1A 1IO2A 2QXFA 1TKXA 4CECA 1SL2A 4CHOA 4CCHA 1W9HA 1NKBA 2PYLA 4CGDA 5HP1A 1XHZA 2FC0A 4CGJA 3I8DA 1T03A 4B9TA 3M8PA 2NUBA 2HHVA 3HXMA 1S1VA 4B9VA 1BCMA 3NCIA 4DU4A 2HNYA 2F96A 1WSEA 3RMDA 4CJPA 1BQMA 2O4IA 1U49A 1CLQA 4RW6A 4DQQA 3ZT0A 1T05A 3TANA 4ELTA 1HQEA 3HT3A 3CM6A 4G1QA 4Z4FA 3ZT1A 4C8OA 5KTQA 5T7BA 3ZSRA 4EZ9A 3AVJA 1D5AA 4FJ5A 2OPQA 3KK1A 2XY6A 5FROA 2XY7A 4CHQA 1SKWA 1KLNA 1QSLA 4LY7A 3DOLA 3H08A 2PYJA 4DQIA 1O1WA 3AO1A 4R5PA 1GOCA 1LAWA 3AO5A 4FLUA 4J2EA 4HUGA 1HYVA 1J53A 2D0CA 1VSDA 3V1RA 1L3TA 3K2PA 4FM0A 3OJUA 3DLGA 4DTRA 1ASVA 4I7FA 4BDZA 2VG5A 4KHQA 4IFVA 3K5LA 4B8CA 1TVRA 3L2VA 3NE6A 4CFCA 3PX4A 1IKWA 1RBUA 1HYZA 2G8WA 4UQGA 3JSMA 3E01A 3NBPA 4CIGA 1X9SA 4FK0A 2A1RA 4BWMA 1Y97A 5CY4A 3WNEA 5I42A 4DSKA 3NDKA 1VSLA 5K14A 4Q5VA 3RRGA 1EKEA 1L3UA 3CFRA 4HCBA 2Y1JA 3OS0A 4N47A 3SQ4A 3SQ1A 3O4NA 2KTQA 4OPKA 3HP9A 2BANA 4HVJA 4KB0A 1QSSA 4F2RA 1REVA 4F3TA 3HPHA 4CERA 2WOMA 2E6MA 3KD5E 4AHVA 4YFUA 3AA5X 3VQ5A 1VRTA 3SCXA 1VK0A 1MU2A 4OVLA 4Z4GA 1J54A 3LANA 3VQCA 1NOYA 3RMBA 1NKCA 1WNSA 1HJRA 4NYFA 1J5OA 2B4JA 5SWMA 4Z0UA 4CHPA 4CK1A 4CF2A 3CFPA 3D45A 3F9KA 4CFAA 4W5RA 1Z26A 3CQ8A 4DTJA 3OYHA 4ELUA 4GVMA 4OKKA 4RW9A 4FM1A 4CEQA 2YHBA 3RWUA 4KHYA 4FM2A 2OPSA 3L8BA 2RKIA 4CGGA 5JS2A 3WNGA 1T7PA 1K6YA 2Z1IA 1LWCA 2B5JA 3HPOA 2OPRA 5HBMA 4CGIA 5J2PA 3LWMA 1CXUA 1KVAA 3DM2A 2RN2A 3NF7A 2E6LA 2PZSA 1KRPA 2GBZA 3TARA 3WNHA 4J2DA 3B6OA 1RTJA 3RR7A 1CZBA 4FJGA 1NOZA 2Y1IA 2YKMA 4FJIA 1I39A 1B9FA 2B6AA 3KKRA 5FRNA 5CZ1A 4M3UA 3VQ9A 4M3YA 3SV4A 4KB1A 1RBTA 3C6UA 3V4IA 3QEXA 3KK3A 3SUNA 4FJ9A 3MEEA 3K59A 2HHXA 3AVMA 1FK9A 3KLFA 2HMIA 3C95A 4KHUA 4F2SA 1HRHA 3A2FA 1BI4B 3V9WA 1KLMA 3QNOA 3KLIA 4CJQA 3SQ0A 1NJXA 4DQPA 3IAYA 3OVNA 4RG8A 5HRNA 4FJ7A 4CF1A 4B9UA 3AVBA 1EX4A 1VSMA 4GW6A 3LZJA 4JLHA 2G8UA 3NH1A 1QSYA 1B9DA 4DQRA 4GMJB 4M45A 2P5GA 2DFEA 2IS3A 3HL8A 4DLEA 1L5UA 1FKPA 1ZBUA 4O0JA 3SJJA 3AVGA 3VQ6A 4CE9A 1VSKA 5KRSA 3T1AA 3HYFA 5E41A 4E0DA 1IKVA 1KCFA 4B9LA 2F8TA 3NH0A 4DS5A 1WAJA 4F4KA 3VQAA 4OLBA 4NCAA 3V6DA 4JRPA 3ZSWA 3ZSYA 4F8RA 4FK4A 2HNDA 4FLVA 4FLXA 1U48A 3LDSA 4QAGA 4KTZA 4MQ3A 5KI6A 3V9XA 3QEPA 4FLWA 4O44A 4IG0A 4DU1A 2E4LA 2ZD1A 3DI6A 4FZZA 3HSTB 1S5JA 3FFIA 4BDYA 1KSPA 3NF8A 5D3GA 1LWEA 4O0IA 1NK7A 3NFAA 1WSIA 4PA1A 5HRPA 4HCCA 1RDBA 1KFDA 4H4OA 4FYDA 3S9HA 3PX0A 2X6SA 3QETA 1XI1A 3ZSXA 2DTUA 3PV8A 1CZ9A 1BGXT 1EETA 1S6QA 2DFFA 3AVFA 5KGXA 3OYDA 2G8VA 4E7LA 1G15A 2PY5A 4FCYA 4DWIA 2VWKA 4ICLA 3IG1A 4FJNA 1JXEA 3OYNA 4DLGA 1JLFA 4CEDA 1IKYA 3LAMA 1X9MA 1TK0A 1Q9XA 1BCOA 1I3AA 4M3TA 1WSJA 2BE2A 1FXXA 4LSLA 2OZMA 2ATQA 1RDDA 1JLGA 3M8QA 2KFZA 3AVNA 3OS1A 1JLCA 1ITGA 1D8YA 4BACA 1S9EA 1VSFA 2XRIA 5CYMA 3MAQA 3TAGA 3V81A 3ZSOA 3RRHA 3L2QA 2ITGA 3IRXA 3P83D 4PUOA 2JGUA 4H8KA 4AHUA 1F21A 1LAVA 1S1XA 3AVAA 4FJHA 3DYAA 3LP2A 4E7IA 4ZHRA 4I2QA 4CJKA 4I9LA 2EHGA 3QINA 4KI4A 4PY5A 4B8AB 3I0RA 1VSJA 4DSJA 3MXIA 2X6NA 1RT5A 3G0ZA 3MECA 2IGIA 4XIUA 2YV0X 3U3GA 2KZZA 1HNIA 3DLKA 4B08A 4FJKA 1RTIA 4EZ6A 4DF8A 4ZTFA 3KIOA 1NJYA 3VQEA 4CEZA 1QE1A 1JLBA 3HVRA 4Q0BA 1JKHA 5C25A 2D5RA 4FW2A 3KJVA 4E7KA 4M41A 4ID5A 1RTDA 2KFNA 4DTXA 5J2MA 4Y1CA 4O5BA 3UIQA 1RBSA 3PO4A 3QERA 1EXQA 1TKDA 4FJ8A 3CM5A 1DTQA 5J1EA 4DTPA 1QTMA 4DU3A 1QQCA 1Q9YA 4DS4A 1JLAA 3L2WA 1C0UA 3DLHA 3MXJA 4IKFA 4AHSA 4C8NA 3OS2A 2X74A 4NCBA 1RILA 1FKOA 4CHNA 1KVCA 4B9NA 3KKSA 3NGYA 4KKOA 4CEAA 4CJTA 4DSEA 3LP0A 2YKNA 2BDPA 3DOKA 4DTSA 4LH5A 4DTMA 4E7JA 1ZBFA 4TSXA 1IH7A 2KW4A 2LSNA 1R0AA 2QK9A 3V1QA 4DSLA 1NKEA 3TAMA 4FJJA 3DRRA 2FBVA 3EYZA 4KHSA 1SV5A 1NK8A 1TK5A 5DK5A 4Z4HA 3HJFA 1C1BA 4EP5A 4CJRA 3NAEA 3ZT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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