3QEPA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-bonding capability of a templating difluorotoluene nucleotide residue in an RB69 DNA polymerase ternary complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qepA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qepA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qepA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qepA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qepA03
4F8RA 3OYNA 1J54A 3AVLA 3OYHA 3DLRA 1ZBHA 4CJLA 1BHLA 3JYTA 4DFJA 1VSKA 4C8NA 2XY8A 2IOCA 4ID5A 1W0HA 5CZ2A 3TR8A 4Z4IA 4PQUA 1BCOA 5FDLA 1RBRA 1SL0A 2BE2A 3K2PA 2JGUA 3HPGA 3VN5A 3L2QA 1JLQA 3AVIA 1T7PA 3SUQA 2YNIA 3PX0A 1KRPA 3NHGA 2OPSA 1RBVA 1D8YA 1U45A 4Z4FA 4QOZB 1Q9YA 4DF4A 3NF7A 3ITHA 1JL2A 2Z1JA 3DLEA 5HRSA 4DWIA 1FXXA 1Q9XA 3DRSA 5KRSA 4N56A 4J2AA 3TAMA 1EXQA 1KLMA 1O1WA 4YFUA 4CEAA 4HCCA 1DTQA 3LDSA 1G15A 1RDDA 3PUFA 4E7HA 4CJPA 4KI4A 4FW1A 1L3TA 3SQ1A 4FJHA 4AHUA 4M45A 5D3GA 3RMAA 1KVAA 4DQPA 4W5QA 4OKEA 4CJ4A 4W5OA 1NOZA 3C95A 4HTUA 5EU7A 3BDPA 3AA3A 5I3UA 3OYDA 3TANA 1D5AA 2EHGA 4O0IA 4E0DA 3LAMA 4DSEA 4KFBA 3ZSWA 4AHSA 4CF0A 4N5SA 1N6QA 4CJ5A 2D0CA 2IGIA 4DF8A 4F3OA 4KTQA 3L2VA 1RDBA 1RT1A 1X9SA 5J2MA 2ATQA 5DMRA 4KRFA 4B8AB 4DSLA 3HM9A 3AVCA 2BDPA 3VQCA 3M8RA 3DMJA 4DTOA 1JLEA 1DTTA 4CGDA 3KK3A 3PX6A 3TAPA 2IAJA 2JLEA 1WSHA 2RN2A 4OLAA 3S9HA 1RT3A 1HQUA 2RF2A 1A5WA 2YHBA 4JRQA 1SKWA 3LP3A 4FLXA 1NOYA 3AA4A 1QTMA 4DTNA 3NGIA 1Q8IA 4E7IA 3FFIA 1SKRA 1C1CA 4NYFA 1ZBIA 3SUNA 3AA2A 1X1PA 2G8WA 3LZIA 3ZSQA 1LV5A 4B9LA 1TAQA 4CCHA 2D0AA 3VQ4A 4FJJA 1ZBUA 4L8RB 1T03A 2HNZA 2IS3A 4E7JA 3QESA 3L3UA 3M8PA 3QEPA 1IKYA 4Q0BA 3RWUA 1LWFA 1L3VA 3NFAA 4H4MA 3KTQA 1WSIA 3KKSA 4W5RA 3TAEA 4J2DA 4FXDA 1RBUA 3OS2A 1WNSA 4RW6A 1TVRA 3VQ5A 3OYIA 1NK9A 4H8KA 2DFEA 3ISNC 3QIOA 3L3VA 4IG0A 3QIPA 2KFZA 3V9XA 3AO2A 3HPOA 4FVMA 4BACA 4FJ5A 3U3YA 1BI4A 2D5RA 2ZQBA 3HP9A 4CEDA 5HRPA 2P5OA 1HNIA 4QAGA 4LH4A 4DU4A 1BISA 5J2NA 1NK0A 2BGGA 1IKVA 2I5JA 4O4GA 1FKOA 1C0TA 1BGXT 2VWJA 3LWMA 1KVCA 1Y97A 4O0JA 4GMJB 3NCIA 5DK5A 3C94A 3LWLA 4IBNA 4FK2A 3RMCA 4AILC 4EZ9A 3F9KA 1RT5A 4CK1A 2Q3SA 2OZMA 3U6FA 3SNNA 3DOLA 1C0UA 4B9MA 4M3ZA 4CEEA 3KIOA 2YKNA 4LSLA 3OJUA 1CZBA 1RT4A 2D0BA 3SQ4A 3RMBA 3K5LA 3CM6A 1K6YA 3NE6A 3PO4A 1U48A 2AJQA 4ZTFA 5SWMA 4NCGA 3MECA 4LY7A 3TWHA 4F2RA 4M3YA 5HRNA 4CJEA 5HBMA 3HT3A 4E7KA 3LP1A 3DI6A 4ELTA 4JS4A 4FJ7A 4CFBA 4JS5A 2QKKA 1CXQA 3T3FA 2G8UA 4CJWA 1WSFA 1TGOA 3VQPA 5KRTA 1VSLA 2XHBA 3I0SA 3CM5A 4KTZA 3WNGA 2PYLA 3PX4A 4DTPA 1S6PA 4AHCA 1B9FA 3S3NA 2XRIA 4DSIA 3QO9A 4Z4CA 2P1JA 2E6LA 2HHUA 4RW7A 4ELUA 2F8SA 1WSGA 2WOMA 2VG5A 3KK2A 1C1BA 2YHAA 3PV8A 4KKOA 2Z1HA 4CGHA 1CZ9A 4DU1A 2HHSA 4IFYA 3L2RA 4FJMA 3V6DA 4FLUA 3RRGA 4DSJA 1A5VA 4KHQA 3AVHA 1EETA 5HP1A 1RTDA 1GOAA 1S9GA 3HL8A 4LSNA 4IKFA 1L3SA 1RDAA 3SQ0A 4AHRA 2O4IA 3V9WA 1NKEA 3L8BA 1IKWA 4O5BA 3M8QA 3V1RA 1FKPA 1KTQA 1LAVA 1RCHA 2VG6A 3K57A 1GOBA 4HUEA 1JLAA 1A5XA 4C8LA 1Z25A 4E1NA 3AVJA 4CHZA 4BDZA 3IRXA 4DTUA 3LZJA 1JL1A 1TKXA 3KLIA 4BWMA 1RTIA 3OYBA 3KK1A 1QSLA 2ITGA 1D9FA 2FBXA 4FZYA 4CHQA 4PA1A 3KJVA 3U3GA 1T8EA 3DRRA 1JLCA 1UOCA 2KZMA 4HVJA 3KLEA 3ZT4A 4CJUA 2XY5A 4DSFA 1J5OA 2DFFA 3TI0A 1WAJA 4M3RA 4Z4HA 4DTMA 1TK5A 1TV6A 1I39A 4FW2A 3SYZA 1BI4B 4NCBA 1S1UA 3HPHA 4IFVA 3HO1A 3V1QA 4CFCA 1KCFA 4ZTJA 3OS1A 4RW4A 4CGIA 2LSNA 3LPTA 3SCXA 2OPPA 3NF6A 4KTWA 3BGRA 4AHTA 3OVNA 3ZSXA 4FZZA 1X9WA 3HP6A 3RR8A 4B3OA 5J1EA 3SI6A 1J9AA 4QCLA 2YNFA 4CIFA 4AHVA 1IKXA 2YNGA 3HXMA 4FM1A 3K5MA 4M3UA 3VQ9A 1JKHA 3ZT3A 4DLEA 4MQ3A 4CJKA 4OPJA 2ZD1A 3PO5A 4KREA 2HHQA 3EY1A 4TSXA 2KW4A 1BQMA 4W5NA 4Y1CA 2IC3A 3VQBA 1HJRA 3TAFA 1TKDA 3LP0A 4I2PA 1HYZA 3TABA 1HMVA 1WAFA 4CJTA 1HRHA 4FJ8A 2G8VA 2FBYA 3LPUA 4BDYA 4KHUA 3KLFA 1LWCA 3OYEA 4FLVA 3VQDA 4CJ3A 1ASVA 4C8MA 3QEXA 4MFBA 3QNNA 1W9HA 5KTQA 3NH0A 4IDKA 5CZ1A 4CF1A 3H08A 3SUPA 3OYJA 2YV0X 1J53A 3AVMA 4CGJA 1VRUA 4CJQA 1ZYQA 2OA8A 4OVLA 4ICLA 4B9TA 1KVBA 2KZZA 1QSYA 3NGZA 3AVAA 4BWJA 4B9VA 3NDKA 1XWLA 2DY4A 2DFHA 3DYAA 2G8IA 1XC9A 3JSMA 4CHPA 1NJZA 1LAWA 1B92A 4B9NA 3VQQA 3CFOA 3AO3A 4UQGA 2F8TA 5HROA 3MAQA 3CFPA 4J2EA 1WLJA 2EX3A 5SZTA 4HUFA 2PZSA 3G0ZA 1IG9A 4M3TA 4Y1DA 4M41A 4HUGA 4DQSA 3B6PA 1L5UA 4FJXA 3HVRA 3P83D 4I9QA 3T19A 3QERA 4Z0UA 3OYKA 1QHTA 3QEWA 3B6OA 1Z26A 3LAKA 4EP5A 4C8OA 4ELVA 4I7FA 1HPZA 4WE1A 4JRPA 1SKSA 2O4GA 2VG7A 1RT2A 4KHYA 1UWBA 1IH7A 4RW8A 4N41A 3K59A 3QLHA 4Z4EA 1TK0A 5FROA 4B9SA 4CEZA 3KLHA 2FBTA 3HSTB 1VSHA 4OKJA 1S1VA 4CESA 4FJGA 1QQCA 3MEEA 3MEGA 3P5JA 3F73A 1TK8A 1QSSA 1RDCA 1IO2A 3ULDA 1RILA 3DLBA 4Z4GA 3AO5A 5T7BA 5FRNA 4YNQA 4FK0A 5KGWA 1BL3A 2HMIA 3EYZA 3NBPA 3O4QA 4LH5A 3S3MA 3WNFA 2G8KA 2OPQA 4M42A 4DS4A 4CF9A 1X9MA 4LD0A 4CJVA 4IG3A 3OYGA 4CGGA 1HYSA 3TARA 4CIGA 4OGEA 4KO0A 1N5YA 1RNHA 3VQ7A 3DRPA 1T05A 3V9SA 2HNYA 1BIZA 1SV5A 4R5PA 2YKMA 2P51A 4F3TA 2OPRA 1XI1A 3V81A 3M8SA 1GOCA 4FJNA 2R7YA 5J2PA 1VSIA 1QE1A 2PYJA 4DSKA 4HCBA 4BE0A 3E01A 1WN7A 3KKRA 1NK4A 4FJIA 1NKBA 2P5GA 5I42A 3IS9A 1YTAA 4G1QA 2HHWA 1FK9A 1RTJA 1VSJA 2X6NA 4DQRA 3DOKA 2X74A 3ZT0A 3AVGA 4GVMA 3SV3A 4PY5A 5K14A 3CFRA 3OYMA 4KHSA 1EP4A 4ID1A 4H4OA 2NUBA 1ASUA 4DMNA 3O3HA 2X6SA 4E1MA 3VA0A 3ZT1A 5HRRA 2KTQA 2VWKA 3CG7A 4O44A 5JS1A 3SPZA 3G10A 1UAXA 3VA3A 1ITGA 3L2UA 3OYCA 5JS2A 4DQIA 3AO4A 2XO7A 4FM2A 1JLBA 4FJKA 1RT6A 1VRTA 2FC0A 4E89A 1U49A 1NJXA 1JLGA 4KV8A 2A1RA 3QEVA 1REVA 3O4NA 1U04A 1TL3A 3WNEA 1KLNA 4BDPA 1HYVA 1S9EA 1RT7A 3VQ8A 3AA5X 4DFPA 4BE2A 2QKBA 4FJ9A 4NCAA 2KFNA 4CK2A 1NK6A 4KI6A 4N76A 4F2SA 4K8ZA 3MXIA 3OY9A 4PWDA 2HVHA 3ZSZA 4RW9A 4DTJA 1XHXA 3NH2A 1TKZA 3KLGA 1NJWA 2DTUA 3ASMA 1BCMA 3EZ5A 1NJYA 3SPYA 4PUOA 1JXEA 4CHYA 3I8DA 4JLHA 3K5OA 2G8HA 3ALYA 3K58A 4DFMA 3QEIA 1CLQA 1ZBLA 2HNDA 1XHZA 1UA1A 4C8KA 3SV4A 4B08A 3CQ8A 3I0RA 1VK0A 1D9DA 1C1AA 1LW2A 4XIUA 1EX4A 3QINA 2Y1JA 1JLFA 3VQAA 4KB0A 2A1SA 2QXFA 3V9UA 1BQNA 1ASWA 3HVTA 3THVA 4FCYA 2HHXA 2F96A 4E19A 3AVFA 3OYFA 1SL1A 4W5TA 4CFAA 5C24A 3OJSA 1U47A 4M3WA 4OJRA 2QK9A 3LALA 2GV9A 2E4LA 3MXMA 4FYDA 2RPIA 4DTRA 3A2FA 4N47A 2ZE2A 1YT3A 2HVIA 4AH9A 3AVNA 2G8FA 4CFDA 1C6VA 4GW6A 3QNOA 2YNHA 4I2QA 4CERA 3L2WA 2PY5A 3ZT2A 1QS4A 1B9DA 3MXJA 3IAYA 1S1WA 1L3UA 3IG1A 3ZSOA 2Z1IA 3V1OA 3LANA 4DS5A 2B6AA 1VSEA 4HHTA 1RBTA 2GBZA 3AV9A 3NF8A 1CXUA 3DLGA 1SL2A 3DM2A 4K8XA 2HB5A 3RTVA 3CYMA 3S3OA 1LWEA 1RBSA 5FRMA 1I3AA 4M3XA 3ZCMA 4E7LA 3RRHA 1JXBA 1S5JA 3AVBA 4DTXA 3RR7A 3TAGA 1ZBFA 3UIQA 3OYLA 2FBVA 2XY6A 1NKCA 1EKEA 4CEOA 4Q5VA 3MEDA 4CIEA 4CK3A 4FLTA 3K5NA 1S1TA 5CY4A 3VQEA 3QETA 1MU2A 3C6UA 5C25A 3ZSYA 3SZ2A 1TAUA 3C6TA 3SUOA 3LP2A 2XY7A 3NF9A 2ETJA 4CF8A 4KPYA 4KHWA 3SJJA 5KI6A 4KB1A 3O3GA 2HW3A 1F21A 4DU3A 3KD5E 3O3FA 3OS0A 2OZSA 1VSMA 2W42A 5CYQA 5KGXA 5J2QA 1R0AA 4FJLA 1RTHA 3RMDA 4FK4A 3ZSRA 4DLGA 4CECA 4CJSA 2RKIA 2OYQA 2Y1IA 4FZXC 3T1AA 3NGYA 4RG8A 1S1XA 4CHNA 4CJRA 1HQEA 2BANA 2KQ2A 2X78A 3NH1A 3HK2A 4FLZA 1NK8A 1KSPA 4B9UA 4O55A 2HHVA 1SUQA 3NAEA 4KHNA 4OLBA 4E3SA 3HJFA 4CEFA 3V9ZA 1U4BA 1C0MA 2B5JA 4DTSA 1TL1A 4J2BA 2IDOA 2E6MA 2GUIA 1VSDA 4CHOA 4FLWA 4ZHRA 4I9LA 4BE1A 1NK7A 4OGCA 1YVUA 3P1GA 5CYMA 4OKKA 5E41A 1VSFA 3AVKA 4DG1A 4DQQA 5HLFA 2B4JA 4CJFA 3DLHA 4OPKA 4EP4A 1BIUA 1KFDA 3ZSVA 4FLYA 4NYNA 3VQ6A 3SQ2A 3AO1A 4CE9A 1NK5A 1WSEA 4CEQA 3TAQA 1KFSA 4EZ6A 1YTUA 3PY8A 1TKTA 4B8CA 4F4KA 3OYAA 1S6QA 1HNVA 3D0PA 4DFKA 2Z1GA 1WSJA 2HHTA 3D45A 4CEBA 4CF2A 1UA0A 3HYFA 2WONA 4KAZA 1DLOA 3WNHA 5C42A 3V4IA 4FM0A 4CGFA 3DLKA 1LW0A 3KD1E
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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