3QEPA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-bonding capability of a templating difluorotoluene nucleotide residue in an RB69 DNA polymerase ternary complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qepA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qepA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qepA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qepA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qepA03
1RT4A 4KHYA 1HYSA 2VG7A 3LDSA 4CJRA 4FZZA 2KQ2A 4PUOA 4O55A 3NH2A 2R7YA 4ELUA 1GOBA 1QE1A 2FBXA 4CHOA 1LWEA 3UIQA 2OZSA 1U49A 1S1XA 1IKWA 2PYJA 1X9WA 3V1RA 3LZIA 3WNEA 4I2QA 4FZYA 4CF0A 1BHLA 5KTQA 3PO4A 3L2RA 4HUFA 1VSIA 4RW6A 4BE0A 4IG0A 1RBVA 3TAEA 1QSSA 3NH1A 1HNVA 3M8RA 4B9MA 4J2EA 3OYEA 3JYTA 3RRGA 2XHBA 4E1NA 3HPHA 1JLAA 3PUFA 4UQGA 3K5NA 3NFAA 1RTHA 4B3OA 4HCBA 5C24A 3L2WA 1GOAA 3V1OA 3IAYA 1VSJA 1NJXA 3PX0A 3OYIA 1S1VA 4FJ5A 1LW0A 3AA4A 3ZSWA 3NGYA 3HO1A 2DTUA 3G10A 1LW2A 3C94A 1IKVA 1LAVA 3M8QA 4CGDA 4FLXA 3SPYA 4O4GA 1RBSA 4FJ9A 1CLQA 4AHCA 4CEAA 3HSTB 3OYFA 4F2SA 1BISA 1C0MA 3ZSOA 1JLGA 3L3UA 4FJJA 4CJEA 4B9LA 1O1WA 4CFCA 3HPGA 4LSNA 2Z1HA 4CFBA 1CXUA 3NF8A 3TAMA 1RT6A 2G8HA 3NBPA 4H4MA 3QEIA 1JXBA 4RW9A 2PZSA 3RMBA 3AA3A 4CGJA 4W5TA 2Z1IA 3ULDA 2XY5A 2QKKA 1XHZA 1RDDA 4OPKA 1DTQA 2D5RA 1NK9A 3KIOA 3VA3A 3OS2A 4QOZB 1BI4B 1LWFA 2OPSA 4FLTA 4OLAA 4FZXC 3AVIA 4DF8A 1SL1A 1Q9YA 4B8AB 3AA5X 3KK3A 2Y1IA 3OY9A 2I5JA 1FKOA 4AHUA 3ISNC 1Q8IA 1XC9A 2WOMA 5HP1A 3HXMA 3KD1E 3S9HA 1KRPA 2EHGA 4CEFA 4C8KA 1BCOA 3TAGA 2YKMA 1KTQA 3U3YA 4FJNA 2A1SA 4DSFA 4DU4A 4KHSA 4FM2A 3AO1A 1NOYA 3RMCA 3KK2A 3NF9A 2RKIA 4RG8A 5J1EA 3OS1A 4E7IA 3SPZA 4CESA 4F3TA 1TL3A 3K2PA 1RTIA 4CJFA 4M3UA 1A5VA 1BGXT 3RMAA 2YHBA 4KB1A 4Z4FA 4M42A 2ITGA 3LZJA 4LH5A 1T8EA 3DRRA 3VN5A 2KTQA 4DQRA 3VQCA 3D45A 4MQ3A 2Y1JA 4CGIA 2IGIA 1NK4A 5D3GA 5HRPA 4Q0BA 1RT7A 2LSNA 2OPPA 1JLEA 3P5JA 1T05A 1QSYA 3TI0A 4M3RA 4ID5A 4JRQA 5CZ2A 1VSFA 3VQ4A 3RR8A 3AVGA 4KB0A 5KI6A 1JLCA 1LAWA 1RT5A 3NHGA 2GBZA 4ZHRA 4L8RB 5FRMA 4ELTA 1NK5A 1ASUA 4B08A 4ZTJA 4M3XA 4RW8A 4H8KA 3EYZA 1RBUA 3MXMA 1ZBLA 1RBTA 4PWDA 4DTPA 4W5NA 4RW7A 3QLHA 1SV5A 4HUGA 3SUPA 2IOCA 1WN7A 3AO5A 4CEDA 1D8YA 1N5YA 4DQPA 2DFFA 3DLGA 1EX4A 4CHYA 1EKEA 5SWMA 5C25A 3L8BA 3TR8A 1NK7A 4FJIA 1KVBA 4CJSA 1JKHA 1DLOA 4CGFA 1VRTA 3ZT3A 5KGXA 3OJSA 3MAQA 3QEXA 4FJXA 4KHNA 1NKEA 1LV5A 4DF4A 1NK8A 3LALA 1JLFA 4E89A 4DSJA 4M45A 4ELVA 3LP3A 1Z26A 4B9TA 3IRXA 5FROA 4FXDA 3AVNA 4CJKA 2FBYA 5DK5A 1C1AA 3NH0A 4OGCA 1YTUA 3C6UA 3VQ7A 4EP5A 4ID1A 3VQ9A 1RBRA 4BWJA 3IS9A 3K58A 2FC0A 1IO2A 3SNNA 3V1QA 3LAKA 3RMDA 4E19A 4CJLA 3SUOA 2G8KA 1NKBA 3H08A 1L3TA 3U6FA 3DLBA 2VWKA 4DTUA 1QSLA 1S1UA 4Z4GA 4M3TA 4RW4A 3HP9A 3NE6A 1JLBA 4I7FA 4DU1A 4B9VA 4FJMA 1NK0A 2F8TA 1S1TA 2P1JA 1RDCA 3VQ6A 1NJZA 1SKSA 1TV6A 1TKTA 3KD5E 2KZMA 1B9DA 1DTTA 4IG3A 3RRHA 2XY6A 2BE2A 1XHXA 1R0AA 2P51A 3AV9A 4AHTA 2HHTA 2D0BA 1CZBA 2BDPA 3OYJA 3LAMA 2VWJA 4CF8A 4CHQA 4CJTA 4DQIA 3SQ4A 3PX6A 1U48A 1JLQA 3ASMA 1KCFA 3HT3A 1W0HA 1VRUA 3C6TA 4B9NA 3CM5A 1U45A 3KLEA 5J2NA 4Z4IA 3PY8A 4PY5A 3O4QA 5E41A 4KI4A 2XRIA 3CFPA 3HP6A 1WSIA 1JL2A 4AHSA 3HJFA 2YKNA 5SZTA 3AVAA 1IKYA 3L2UA 4R5PA 3S3NA 1KLMA 5HRSA 1ZBFA 5KGWA 3OYLA 3I8DA 1TKZA 1VK0A 5KRSA 2X6NA 1VSHA 1IKXA 4FLVA 5I3UA 3V9UA 3LP2A 1WAJA 2RPIA 2ZE2A 4E7HA 3WNGA 3JSMA 1U47A 1XI1A 3M8SA 3DI6A 4CJWA 3E01A 2KZZA 5HRNA 3OYDA 4CJ3A 4DTJA 4KHUA 3LANA 4I2PA 3SQ2A 3ZT1A 1WSGA 4BWMA 4DQSA 1F21A 3MEGA 4NCAA 2QKBA 1D9FA 4WE1A 5K14A 4M41A 3ZT0A 2E6MA 4KTWA 3SJJA 1EETA 2IS3A 2NUBA 4FK2A 4M3WA 4FJ8A 4AILC 1KVCA 2X74A 4KHQA 4HTUA 4W5RA 1C1CA 2OPQA 1RTJA 4B9UA 1ZYQA 3AVMA 4DTSA 3OYMA 4HUEA 1NJWA 5CZ1A 3RTVA 3ITHA 3T19A 4QCLA 4CJVA 2D0AA 3VQDA 3WNFA 2HW3A 3P83D 3OYKA 3LP1A 4Z0UA 4CHNA 4CCHA 2Q3SA 4J2AA 3CQ8A 4M3ZA 4BDZA 3P1GA 4FLZA 2ETJA 4H4OA 2OZMA 4I9QA 1EP4A 3S3OA 4PQUA 3ZCMA 4JRPA 3U3GA 3K59A 4DSKA 3DYAA 3OJUA 4CJQA 4JS5A 4CGGA 1VSEA 3QIOA 1TAUA 1IG9A 3I0SA 4N5SA 3LPTA 4ZTFA 4FCYA 3BDPA 1HYVA 4CJUA 3B6OA 4HCCA 1TVRA 2P5GA 4N41A 3VQPA 1JL1A 3CG7A 4LSLA 2O4IA 4CE9A 4Z4EA 1RNHA 1RILA 3ALYA 4C8LA 4CF1A 5DMRA 3T1AA 2BANA 4BACA 4CGHA 3A2FA 3QEVA 2W42A 4DFKA 3HVTA 4E1MA 2Z1GA 4Y1DA 1TK5A 4F4KA 3SCXA 1CXQA 4KRFA 1REVA 1L3VA 4DLGA 4QAGA 5JS2A 3PO5A 4O0IA 1T7PA 4MFBA 3VQAA 3V6DA 5CYMA 4GVMA 4CEBA 3MECA 2ATQA 4DTRA 1BQMA 4B8CA 2X78A 3M8PA 3LPUA 4YFUA 1CZ9A 2YHAA 4LY7A 3VQEA 4CERA 2B6AA 4DTNA 4C8NA 4FJHA 4CEQA 4DWIA 3SUNA 4IBNA 3MXJA 2B4JA 4GW6A 3HL8A 4EZ9A 4FJLA 1SUQA 3AO3A 4DS5A 5I42A 3RR7A 3EZ5A 3TARA 3SQ0A 3DOLA 1TL1A 4KHWA 4CEZA 4OVLA 1HMVA 1VSDA 3SUQA 1K6YA 3IG1A 4EZ6A 2E6LA 4JS4A 1VSKA 3KJVA 4FK0A 3OYBA 2HHSA 4DTOA 1Z25A 3HYFA 2YNGA 4CF9A 1TKDA 2DFEA 4DG1A 1HPZA 5EU7A 4W5OA 3D0PA 4E7KA 2YNHA 5FDLA 3ZSQA 4DU3A 4B9SA 3CFOA 3TABA 3SZ2A 3ZSVA 1RT3A 2HB5A 3DLKA 4JLHA 1J5OA 3QNOA 4NYNA 2XY8A 4DQQA 4F2RA 2YNIA 4FJKA 1UA1A 1RDBA 1SKRA 3L3VA 4Q5VA 3QETA 1ITGA 1C1BA 3AVFA 3V4IA 2G8UA 4F3OA 3AO4A 3NCIA 4CF2A 3QEPA 3G0ZA 3T3FA 2P5OA 1U4BA 1RTDA 1Y97A 2FBTA 1KFSA 3V9WA 1W9HA 3KLFA 4E7JA 1UAXA 5KRTA 2RF2A 4BDYA 2PYLA 4OLBA 3KKRA 4KI6A 3QERA 1S6PA 4KPYA 1QS4A 4KKOA 3AO2A 4OKJA 3QNNA 4BE2A 4Z4CA 1KVAA 3VQQA 4G1QA 2DFHA 1WAFA 1S1WA 2B5JA 2HNZA 3QO9A 1SKWA 1RDAA 4TSXA 1BIUA 4AHVA 1ASWA 4FM1A 4CFAA 4E7LA 3O4NA 2JGUA 4E3SA 3DMJA 1FK9A 3ZT4A 2F96A 3SI6A 3HVRA 3AVLA 3F73A 2HNDA 2RN2A 1SL2A 4CECA 1YVUA 1G15A 2YNFA 4FK4A 1GOCA 1UOCA 1UA0A 3AA2A 1WNSA 1TK8A 4OKEA 1ZBHA 2FBVA 4NCGA 2AJQA 3VQBA 1ZBIA 4CJ4A 1YT3A 3MXIA 5J2PA 4OJRA 3MEEA 1B9FA 3EY1A 3VA0A 2G8VA 2F8SA 5J2MA 3O3HA 1BIZA 2IC3A 3FFIA 4DS4A 1X1PA 1QTMA 2HHWA 1I39A 4M3YA 1RCHA 4DFJA 1QQCA 2X6SA 4CK1A 5FRNA 4K8XA 3AVHA 3CM6A 4XIUA 3QINA 3OYGA 4FW1A 1C0UA 1TK0A 5CYQA 2BGGA 4PA1A 3NDKA 1QHTA 1WSFA 3PV8A 1D9DA 1J9AA 3DM2A 4DSEA 1TAQA 1U04A 3WNHA 1UWBA 3QEWA 1ZBUA 1HYZA 3DOKA 3DRSA 4DFMA 3AVCA 1L3SA 1JXEA 3C95A 1XWLA 2OA8A 1X9MA 4LD0A 3ZT2A 3OYNA 1WLJA 3SV3A 5C42A 4BE1A 2HHUA 3LWLA 4CEEA 3V81A 1RT2A 1VSLA 1ASVA 5HBMA 3CFRA 4CIFA 2OPRA 3DLHA 2KFNA 4DLEA 3NAEA 2JLEA 3NF7A 4I9LA 1X9SA 4C8OA 2IAJA 2VG5A 1NOZA 1J53A 3NGIA 4E0DA 3DLEA 2ZD1A 1BQNA 2XY7A 4FW2A 1IH7A 1L3UA 4J2BA 2HHXA 4O5BA 3KLIA 3O3FA 3B6PA 3OYAA 4FLUA 2HHVA 3ZSYA 4W5QA 5HLFA 5CY4A 3K5LA 4CK3A 4OKKA 4KV8A 4FLYA 1FKPA 1WSHA 4CHPA 4C8MA 3CYMA 4DSIA 1L5UA 1S6QA 4IKFA 4KFBA 5T7BA 1HNIA 1T03A 2HVIA 1BL3A 1KSPA 4IDKA 2XO7A 1WSJA 3OVNA 1VSMA 4CHZA 1NKCA 4F8RA 2WONA 4KTQA 4DMNA 2G8IA 3OYHA 3K5OA 3AVKA 4Y1CA 1KLNA 4DTXA 5HRRA 4KTZA 4FYDA 1N6QA 2PY5A 1C6VA 3MEDA 1NK6A 3TANA 3K57A 3HK2A 2KW4A 1A5WA 3QIPA 3RWUA 4CIGA 2QXFA 4CJPA 1EXQA 4N56A 3OYCA 4KAZA 3L2QA 4FM0A 4AHRA 4FLWA 3DRPA 1B92A 4O0JA 3HM9A 3I0RA 3TAFA 2GV9A 3ZSZA 5JS1A 1WSEA 3AVJA 1J54A 4FVMA 3V9SA 2EX3A 3V9XA 2QK9A 4ICLA 2OYQA 5J2QA 3LP0A 1TGOA 1HQEA 4OGEA 1HRHA 4CEOA 4CIEA 4FJGA 4NYFA 3TWHA 1D5AA 1A5XA 3O3GA 3PX4A 2Z1JA 3BGRA 2D0CA 3VQ5A 2GUIA 2VG6A 2ZQBA 3QESA 2YV0X 3KLHA 3L2VA 3LWMA 4DFPA 4HHTA 1RT1A 4OPJA 4IFVA 1HJRA 4YNQA 3TAPA 1S9GA 4BDPA 4KO0A 3NF6A 1KFDA 4CFDA 1LWCA 4N76A 2KFZA 2HHQA 1S5JA 2HNYA 2G8FA 4AH9A 4EP4A 1NJYA 4Z4HA 4LH4A 1YTAA 3SQ1A 3THVA 1HQUA 2G8WA 4CJ5A 3HPOA 3TAQA 1Q9XA 2O4GA 3SV4A 1BCMA 1FXXA 4J2DA 1I3AA 4K8ZA 2IDOA 4DSLA 4HVJA 3OS0A 5HROA 3VQ8A 4KREA 4GMJB 2HMIA 4NCBA 4N47A 3K5MA 2DY4A 3NGZA 2HVHA 1TKXA 3KTQA 3KKSA 1S9EA 2E4LA 4CK2A 4FJ7A 3KLGA 3S3MA 4DTMA 1MU2A 4O44A 3ZSXA 3V9ZA 2A1RA 1SL0A 3F9KA 3ZSRA 1BI4A 3SYZA 3DLRA 1C0TA 3KK1A 3AVBA 4IFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3O3G A;  3PX4 A;  2Z1J A;  3BGR A;  2D0C A;  3VQ5 A;  2GUI A;  2VG6 A;  2ZQB A;  3QES A;  2YV0 X;  3KLH A;  3L2V A;  3LWM A;  4DFP A;  4HHT A;  1RT1 A;  4OPJ A;  4IFV A;  1HJR A;  4YNQ A;  3TAP A;  1S9G A;  4BDP A;  4KO0 A;  3NF6 A;  1KFD A;  4CFD A;  1LWC A;  4N76 A;  2KFZ A;  2HHQ A;  1S5J A;  2HNY A;  2G8F A;  4AH9 A;  4EP4 A;  1NJY A;  4Z4H A;  4LH4 A;  1YTA A;  3SQ1 A;  3THV A;  1HQU A;  2G8W A;  4CJ5 A;  3HPO A;  3TAQ A;  1Q9X A;  2O4G A;  3SV4 A;  1BCM A;  1FXX A;  4J2D A;  1I3A A;  4K8Z A;  2IDO A;  4DSL A;  4HVJ A;  3OS0 A;  5HRO A;  3VQ8 A;  4KRE A;  4GMJ B;  2HMI A;  4NCB A;  4N47 A;  3K5M A;  2DY4 A;  3NGZ A;  2HVH A;  1TKX A;  3KTQ A;  3KKS A;  1S9E A;  2E4L A;  4CK2 A;  4FJ7 A;  3KLG A;  3S3M A;  4DTM A;  1MU2 A;  4O44 A;  3ZSX A;  3V9Z A;  2A1R A;  1SL0 A;  3F9K A;  3ZSR A;  1BI4 A;  3SYZ A;  3DLR A;  1C0T A;  3KK1 A;  3AVB A;  4IFY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CZJ A;  3CCR N;  1RT4 A;  1XVB E;  3LDS A;  4CJR A;  3P39 A;  4PUO A;  4FZZ A;  3ZYY X;  4O55 A;  1OH6 A;  4ELU A;  3P38 A;  1LWE A;  1NGI A;  1U49 A;  1S1X A;  2PYJ A;  1X9W A;  4GY2 B;  3EKS A;  1NEX B;  4EIA A;  4FZY A;  4CF0 A;  5KTQ A;  3L2R A;  4M7Y A;  3EE9 A;  1IJJ A;  4FWP A;  1ESV A;  3M8R A;  3T69 A;  2E2P A;  2XHB A;  4E1N A;  1JLA A;  3R1X A;  3SLC A;  5C24 A;  1XNQ K;  2QWO A;  1VSJ A;  1KQS M;  3OYI A;  2O8E B;  3AA4 A;  3ZSW A;  5GIN A;  2IVO A;  1N32 K;  3NGY A;  2Q97 A;  5C12 A;  4JKC A;  1LW2 A;  4CGD A;  5LMN K;  4FLX A;  5F2R A;  3QB0 A;  4AHC A;  4CEA A;  4F2S A;  1BIS A;  3ZSO A;  4B9L A;  3ULE A;  4CJE A;  1O1W A;  4CFC A;  1NGB A;  4FWL A;  4LSN A;  4CFB A;  2G8H A;  3QEI A;  1ATN A;  2PZS A;  4RW9 A;  3RMB A;  4CGJ A;  4W5T A;  3O4W A;  4OPK A;  1R59 O;  2D5R A;  3JAM O;  1LWF A;  5KPT A;  5LJW A;  1VQ4 N;  3AVI A;  1Q9Y A;  4B8A B;  3AA5 X;  1LDK E;  4KHP K;  2LF3 A;  2I5J A;  4AHU A;  3CER A;  2EHG A;  4CEF A;  4QNC A;  4BR4 A;  2YKM A;  5F1X A;  1NMD A;  2NLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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