3NDKA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite dg
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 322
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ndkA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ndkA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ndkA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ndkA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ndkA03
2AJQA 3ZSWA 3VQCA 3ULDA 4DSJA 2HHSA 1J54A 3ZT1A 4CEDA 3M8RA 3SPYA 1VK0A 1JLGA 1EETA 1RDBA 4KB0A 1C1CA 3PO4A 3OYGA 5E41A 4EZ9A 4CGJA 2HMIA 4AHUA 4IKFA 3QO9A 1ITGA 3V1QA 3HXMA 4OKJA 3LP0A 4CJRA 1SV5A 5C42A 3OYAA 4E89A 4R5PA 3NF8A 3RMDA 2P5OA 1D5AA 3K5LA 3VQ7A 4E7LA 1A5WA 5KGWA 4FJJA 4CGFA 2G8UA 2BANA 4B9VA 1BISA 3KLEA 4DF4A 4K8ZA 4CJFA 3MXJA 1YTAA 1UAXA 1F21A 3SQ0A 2Q3SA 4HCCA 3OVNA 4CHQA 2A1RA 5J2PA 4DQIA 1NJWA 2P51A 1TK5A 4RW6A 4CEFA 4DQPA 3C6UA 1JXBA 1NK5A 4CECA 3L2RA 1T03A 4QCLA 2F96A 3SUOA 4FZXC 1J9AA 4KI6A 4KTZA 4BWJA 4CIGA 3VN5A 2VG5A 4BACA 4DLGA 4KI4A 3DYAA 3LP2A 4F2SA 1KLMA 3AVLA 1X9SA 1REVA 4DFJA 4FK2A 3LP1A 3OS1A 1XC9A 3CQ8A 2XRIA 4J2DA 3V9WA 1C1AA 2HHWA 3DOLA 4C8LA 5CZ2A 5HRPA 3TANA 3RR7A 3OYLA 3K58A 1QQCA 1W9HA 4WE1A 4FLWA 1B9DA 3VQ5A 5EU7A 2HHQA 3VQPA 1RT3A 1RBUA 2NUBA 4ID5A 4Z4FA 3LWLA 2OYQA 3PO5A 2EHGA 4DQSA 1S6QA 4NYFA 1VSHA 1Z26A 1RBRA 4BE2A 1JL1A 4B9SA 1D8YA 3TABA 3TARA 4I7FA 1YTUA 4KREA 3SQ4A 3C94A 4RW8A 3LANA 3VQBA 3RMAA 2FBXA 4ZTFA 1U04A 2DFHA 3TI0A 1O1WA 4O0JA 5SZTA 3T3FA 4JS5A 1SKWA 4M3XA 1L3UA 3ZSYA 4HCBA 3QEXA 3KK1A 3K5MA 3ZSRA 4F3TA 1TGOA 1FKPA 1IKXA 4HTUA 4FJHA 2RF2A 3T19A 3AA2A 3G10A 4OKEA 3KIOA 3OS2A 3OYEA 5J2MA 1TL3A 4RG8A 1XWLA 4FJ7A 2P1JA 4CJ4A 1NK7A 3RRHA 3HSTB 4KAZA 2HW3A 4BE1A 2QKKA 4KHWA 1U45A 3TAPA 1Q9XA 4B3OA 1U49A 4E1MA 3LDSA 2YKNA 4GVMA 4I2QA 4MFBA 1BCMA 4BWMA 4CFCA 4YFUA 4N41A 2FBYA 4N56A 1RTJA 4NCAA 4C8NA 3NH2A 4E7KA 4Y1DA 1RDCA 3AVAA 3HVRA 3TAQA 3DLEA 3AO1A 4DTUA 4H4OA 4FM1A 3V9UA 4FLZA 3VQ4A 1TK0A 3VQ8A 2FC0A 2WOMA 3RRGA 4KHYA 3NH0A 4B8CA 4JRPA 4F2RA 4FJGA 4FJLA 2DFFA 1TKZA 3QETA 4CGIA 5J1EA 2KZZA 3QNOA 2OZMA 2KW4A 1SL0A 4DSIA 3CYMA 3AVJA 1W0HA 2I5JA 3JSMA 3F9KA 2D0BA 3TAEA 2Z1IA 4IDKA 4CERA 1CLQA 3AA5X 3V9SA 3PX4A 2F8TA 3NGIA 2G8IA 3SZ2A 5JS1A 1IKVA 4F3OA 2BE2A 3LAMA 2VG6A 3AVGA 1RDDA 3MEDA 1RDAA 3EZ5A 3NE6A 3QERA 1QS4A 3ITHA 3WNHA 5K14A 1NOYA 4LD0A 3KLFA 2EX3A 4OLAA 4F4KA 3ZSVA 4BDPA 3HK2A 1RBVA 1VSIA 1GOCA 2HVIA 2DY4A 3EY1A 1CZBA 1QE1A 3OYKA 1JLCA 1NJYA 4Z4IA 2RPIA 2YV0X 5CYQA 4LH4A 3ZT3A 3OYJA 1RBTA 3EYZA 4FLYA 2LSNA 4DTXA 4IG0A 3C6TA 2IOCA 3BDPA 3NGZA 4DQQA 2X6SA 3RMCA 1GOAA 3RMBA 3NBPA 3AVNA 3OYIA 2Y1IA 4GW6A 1TKTA 3V9ZA 4FW2A 3IS9A 2FBVA 2IC3A 4CHNA 1WSEA 1T8EA 4I9QA 1SUQA 3AO4A 1A5VA 1VSFA 4FXDA 1EP4A 2ZE2A 3LPUA 3O4NA 3LWMA 3LZJA 4OGCA 2YNHA 5HRRA 4CF8A 3QNNA 1S9EA 4BDYA 2KZMA 4O4GA 4B9NA 4Z4GA 4DS5A 4B9LA 4EP4A 1BIZA 3HPGA 4OPJA 3DRPA 3SV4A 1S5JA 3OJUA 3L2WA 4E7HA 4DTJA 2GBZA 4Y1CA 1QTMA 3HYFA 2XHBA 3SV3A 1NK4A 4W5RA 2X74A 2DFEA 1XI1A 3AVFA 4DMNA 3P83D 3VQEA 4E19A 4CIFA 3VA3A 1K6YA 1NK8A 1N6QA 1FK9A 3AVBA 3H08A 4L8RB 1JLQA 3SUNA 4AILC 4KPYA 4PUOA 1FXXA 3TWHA 4EP5A 4OLBA 2KFNA 4IFVA 1CXUA 1UOCA 1RT5A 2E6MA 5KI6A 4FZZA 4I2PA 4NCBA 2HNZA 1HMVA 3FFIA 4TSXA 1I39A 3TAFA 2OPPA 2YHBA 4W5QA 1KLNA 1LWCA 4UQGA 3V9XA 5CY4A 1S6PA 3CFPA 4FJKA 3KTQA 3IRXA 4OPKA 3NDKA 1ASUA 1X9MA 3OY9A 1JLBA 2E6LA 3HPHA 5C24A 3SUPA 4M45A 2P5GA 4DSLA 1BL3A 3PX0A 3VQ9A 1CXQA 3SNNA 1RT7A 4CF9A 2OA8A 3OYCA 3RR8A 1YVUA 2HNYA 3AO3A 1HRHA 4DU3A 2Z1HA 3VA0A 4KHSA 4KO0A 1NK0A 2ETJA 3BGRA 1QSSA 4J2EA 3QEIA 4M42A 1BI4B 2ZD1A 4OGEA 1RILA 1D9DA 4FJNA 4N5SA 5I42A 3LZIA 2RN2A 4CGDA 3L3UA 1DTQA 1S1VA 3AVMA 4M3TA 3CM5A 1KCFA 3HT3A 2HHUA 1FKOA 4ID1A 3RWUA 3OJSA 5DK5A 3M8SA 3QESA 1VSJA 3HP9A 4CEAA 4CJKA 4KHUA 3NCIA 1JXEA 4N47A 4KHQA 1VSEA 3I0SA 4CJ5A 4FLXA 2YNIA 3AVHA 4KTWA 1S1UA 3VQ6A 1C6VA 4CFDA 4J2BA 4MQ3A 3MXIA 4OJRA 4FK4A 2JLEA 3L8BA 3NF7A 4W5TA 1L3VA 1TKDA 1UA1A 4KKOA 2FBTA 4M3WA 1QHTA 4Z0UA 3PUFA 3K5NA 4PY5A 1IH7A 1LV5A 4CJ3A 1WSIA 3NFAA 1VRTA 1HQEA 3E01A 1WAJA 2IGIA 4CEEA 1JLEA 1J53A 1T7PA 3JYTA 4HUGA 4CEQA 2PY5A 4Z4HA 4E7IA 2W42A 1IKYA 4FZYA 3MXMA 2KTQA 3SCXA 2B6AA 1HYZA 4LH5A 4DSEA 3ZCMA 1TKXA 1WAFA 5HLFA 3DLGA 2Y1JA 3F73A 3HO1A 1B9FA 3VQQA 3TR8A 2GV9A 3OYNA 4JS4A 4HVJA 1CZ9A 4H8KA 3AVKA 4LSLA 2OPRA 3DLHA 4M41A 1RCHA 3QEPA 4AHCA 1BI4A 2ZQBA 3MEGA 4JLHA 4Q0BA 4CJEA 1X9WA 4DTOA 4M3UA 3QLHA 3DLKA 3KLHA 3NHGA 4CJVA 1TVRA 4DQRA 1VRUA 2OPSA 4DF8A 4FLVA 2G8HA 1KVAA 1Q9YA 1ZBLA 4C8OA 1ZBFA 3ZSQA 4BDZA 1N5YA 5I3UA 4DSKA 4DU4A 4CJSA 1HJRA 2O4GA 2YHAA 1JKHA 4IG3A 4CK2A 1NKBA 3M8QA 3ZT0A 4FJ5A 3KKSA 3MEEA 1L3SA 4EZ6A 3AO2A 1Q8IA 1NJZA 4FLUA 2BGGA 3KK3A 3O3FA 4CJPA 4LSNA 3MECA 5FDLA 4Q5VA 5KGXA 4HUFA 4CF1A 1RTHA 5FROA 1KSPA 3L3VA 4I9LA 1NOZA 3KJVA 3DRRA 5KTQA 4DTRA 4NCGA 4DFPA 2HB5A 4AH9A 5SWMA 3CFOA 1HNVA 3DRSA 5KRTA 4YNQA 4DFMA 3LPTA 2HHXA 1LAVA 2A1SA 5JS2A 3ZSXA 4B9UA 2G8WA 1GOBA 3AA3A 5CZ1A 4C8MA 1DTTA 5HBMA 3U6FA 4CGGA 3ZSOA 4KV8A 3UIQA 1JLAA 4DTPA 1G15A 2X6NA 3VQAA 2XY6A 2G8VA 3PY8A 1RTDA 2O4IA 3DI6A 5KRSA 3WNFA 3AV9A 1TAQA 1HPZA 4O55A 4CHOA 3K57A 3I0RA 3WNEA 3B6PA 2RKIA 1U4BA 1VSKA 3DOKA 2Z1JA 3NF9A 4DWIA 3NAEA 4RW7A 3QINA 4B8AB 4Z4EA 4FYDA 4E0DA 4AHTA 5C25A 4KHNA 3SUQA 2OPQA 1D9FA 1LAWA 3QIPA 4CEZA 4KRFA 2HVHA 1VSMA 3D0PA 4PQUA 4CCHA 2G8FA 2XY7A 2PYLA 3TAMA 4DU1A 3ISNC 3ZT4A 3S3MA 4CJLA 4CJQA 2YNFA 2HNDA 3HL8A 2YNGA 4B08A 2E4LA 4H4MA 1SL1A 3M8PA 4FM0A 3P5JA 4CFAA 4DS4A 1RT1A 4DSFA 1NK6A 2G8KA 4B9MA 2DTUA 3LALA 1RTIA 3KK2A 1NK9A 4M3ZA 3SQ2A 4AHVA 1NKEA 3ZT2A 4JRQA 2XY5A 1L5UA 3PX6A 5HROA 2ITGA 3ASMA 4CEOA 3THVA 5J2NA 1UA0A 1WSJA 3O3GA 4QOZB 4E1NA 1LWFA 3AA4A 3V1OA 1C1BA 3QEWA 3RTVA 1RT4A 1HQUA 2WONA 2Z1GA 3TAGA 3IAYA 1LWEA 2D5RA 4O5BA 2XY8A 4E7JA 1WSGA 1WN7A 4B9TA 3KLGA 3HP6A 4O44A 4F8RA 3KLIA 3HPOA 4O0IA 4PA1A 5FRNA 1ZBIA 1BQNA 3ALYA 1WNSA 4DG1A 3OYHA 1VSDA 1Z25A 2QXFA 3K59A 3AVCA 4ELTA 4FJIA 3C95A 1TL1A 1BQMA 3D45A 4GMJB 4ZHRA 2R7YA 2HHVA 3G0ZA 1HYVA 1BCOA 5HRSA 5HP1A 2PYJA 4M3RA 1S1TA 1KVCA 2B4JA 1LW0A 3L2UA 4J2AA 2YKMA 3DLRA 4C8KA 4KTQA 2VWJA 1UWBA 3SYZA 3VQDA 3SJJA 1BIUA 1U47A 1RNHA 4E3SA 5DMRA 1TAUA 2BDPA 1JL2A 1QSLA 2VG7A 3SI6A 1HNIA 2PZSA 4ICLA 3B6OA 4FJ9A 3IG1A 4Z4CA 3LP3A 4FJXA 1ASWA 4G1QA 1TK8A 2XO7A 1NJXA 1SKRA 1EKEA 4CJUA 3KKRA 4DFKA 4DLEA 3SQ1A 1ASVA 4FK0A 2D0AA 1C0MA 4DTMA 3PV8A 2IAJA 4OVLA 3T1AA 1BHLA 4CF0A 4CF2A 1Y97A 3KD1E 1IKWA 3HVTA 1KFSA 3HJFA 1HYSA 3O4QA 1I3AA 4K8XA 3OYBA 1SKSA 4N76A 3OYMA 3KD5E 3LAKA 2B5JA 1IO2A 3ZSZA 3V81A 1X1PA 1WLJA 1A5XA 4HHTA 3CM6A 3HM9A 2HHTA 1B92A 1RT6A 3WNGA 4FVMA 4CHYA 1C0TA 3NGYA 4OKKA 4IBNA 4CJWA 1KTQA 4FLTA 4CFBA 4RW9A 4CK3A 4QAGA 1WSFA 4RW4A 1QSYA 1RBSA 3QEVA 4DTSA 2X78A 3K5OA 3CFRA 2GUIA 4LY7A 4CEBA 4CESA 3L2QA 4CK1A 4IFYA 1R0AA 5FRMA 3DM2A 2QK9A 3OYDA 4DTNA 3AVIA 3A2FA 1MU2A 3DLBA 3DMJA 3U3GA 5HRNA 5T7BA 1U48A 1SL2A 4CE9A 3V1RA 3OS0A 1IG9A 2OZSA 4CJTA 4BE0A 4CIEA 2F8SA 1YT3A 3MAQA 1LW2A 3V4IA 3K2PA 1KRPA 3O3HA 1WSHA 3S3NA 3OYFA 3I8DA 1KFDA 5D3GA 4FJ8A 1EX4A 1RT2A 1XHZA 3L2VA 4ELVA 2ATQA 2JGUA 1JLFA 4AHRA 1S9GA 4CGHA 4XIUA 2QKBA 4KFBA 3SPZA 1TV6A 3S3OA 3AO5A 4W5OA 3NF6A 2VWKA 1XHXA 4FW1A 1EXQA 1ZBUA 1J5OA 3U3YA 4ZTJA 3CG7A 4CHZA 4FJMA 1VSLA 1KVBA 2KFZA 4FM2A 4KB1A 4M3YA 1C0UA 1BGXT 2IS3A 3QIOA 4FCYA 1NKCA 4CHPA 3NH1A 4ELUA 2D0CA 5J2QA 1L3TA 2IDOA 1T05A 4AHSA 1DLOA 1S1XA 4PWDA 4W5NA 1ZBHA 2KQ2A 4NYNA 5CYMA 4HUEA 3P1GA 1S1WA 3S9HA 3V6DA 1ZYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LDP A;  1J54 A;  3M8R A;  2P9S B;  5AZI A;  2VWB A;  1DEJ A;  4EZ9 A;  3ZX0 A;  2HMI A;  4IKF A;  2PBD A;  2GWK A;  3SBG A;  2WTU A;  4OKJ A;  4CJR A;  4JKE A;  5C42 A;  2G8U A;  3VQ7 A;  4CGF A;  1T44 A;  1U2V B;  3I8B A;  3DXM B;  5AQQ A;  1LOT B;  3OBW A;  5KPT A;  3OVN A;  4DQI A;  3O1W A;  1TK5 A;  3JXU A;  4CEF A;  1JXB A;  1NK5 A;  4BY9 C;  3L2R A;  1T03 A;  4DQ8 A;  4FZX C;  4KI6 A;  4CIG A;  4DLG A;  4PL8 A;  1N34 K;  4BR9 A;  3BUZ B;  3UKU A;  3AVL A;  1X9S A;  4KBO A;  4FK2 A;  1XC9 A;  3OS1 A;  4QS7 A;  3WSO A;  4J2D A;  4H0P A;  1NU0 A;  5C2F A;  3H45 C;  3J27 A;  5FPD A;  1BA1 A;  3T1H K;  1RBU A;  2NUB A;  2F7T A;  2HBJ A;  3LWL A;  2OYQ A;  3EEQ A;  2P1P B;  2YJF A;  2UYT A;  1VSH A;  1Z26 A;  1JL1 A;  4B9S A;  1D8Y A;  5AZJ B;  4KRE A;  3DAW A;  3LAN A;  3VF6 A;  5FPM A;  3KZB A;  4HCB A;  4M3X A;  3ZSY A;  3ZSR A;  1FKP A;  4FJH A;  3OYE A;  1XWL A;  1WUA A;  4CJ4 A;  2ZJR L;  4KAZ A;  2I7P A;  2QKK A;  4KHW A;  3MX2 A;  1DT9 A;  3VEX A;  3TAP A;  1XVC E;  1DKG D;  1XVB E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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