1Q9XA

Crystal structure of enterobacteria phage rb69 gp43 dna polymerase complexed with tetrahydrofuran containing dna
Total Genus 264
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
264
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
publication title Lesion (in)tolerance reveals insights into DNA replication fidelity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase,replication/dna
total genus 264
structure length 903
sequence length 903
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1q9xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1q9xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1q9xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1q9xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1q9xA03
3NFAA 1WAJA 2D0CA 4E1NA 3ZSVA 1EX4A 3OYAA 4KO0A 4MFBA 4CF1A 5I42A 1JXBA 3K5MA 1KRPA 1TV6A 3L3UA 1S1XA 1VSMA 5J2PA 5FROA 3KD1E 3VQ8A 1K6YA 4B9TA 1ASWA 4DQRA 1U04A 4HVJA 1NKCA 2PY5A 1JLFA 3PO5A 1S5JA 3SV4A 1T7PA 3HYFA 4DSLA 1VSLA 3EYZA 3TI0A 1UA0A 3S3MA 4DTJA 2FBYA 2GUIA 4CF9A 1VSDA 3VQAA 1TKXA 3L3VA 4CEEA 3V9SA 2OA8A 4ZTJA 1XHXA 4E0DA 2FBTA 2RPIA 2VG6A 1RTJA 3QEWA 4FJGA 3LP3A 3NBPA 1CLQA 5T7BA 1HYZA 2E6LA 4HUFA 2HHSA 3C6UA 3BDPA 1S9EA 4ID1A 2DY4A 2NUBA 3KLGA 3L2QA 1YTAA 3RR8A 2B6AA 1HPZA 4BWJA 4N47A 4I7FA 4CJPA 4W5QA 1RTHA 1RBRA 2D5RA 3VQ5A 3K5NA 3LDSA 3V1RA 4CK3A 3KLHA 4W5NA 1QE1A 4M45A 2OYQA 1A5XA 3HPGA 3V1QA 4I9LA 4FLUA 1T05A 4PA1A 1S1UA 3RTVA 4O5BA 1WSJA 3SUNA 2G8VA 4Z4FA 2EHGA 4FW1A 3V81A 3NH1A 4DU4A 1X9SA 1WN7A 4CHQA 3QINA 3AVIA 3HO1A 4DSJA 1KFDA 1IKXA 2IOCA 3AVJA 3AVKA 1J53A 4M3WA 4FJIA 3DLGA 3LANA 1D9DA 4Z4HA 3KTQA 4FJ5A 2X6SA 4DF8A 1W9HA 1NK5A 4E7HA 2FBVA 3G10A 1GOBA 3LP1A 4LSNA 4B9VA 1D5AA 4B8CA 1RCHA 3RMDA 1U49A 3DLEA 1U45A 4CEZA 2VWJA 3OY9A 4C8OA 5SWMA 1GOAA 3EY1A 3JSMA 2ETJA 1HNIA 3AVBA 1CXUA 1DTQA 3SNNA 1BIUA 3OYMA 3CG7A 3LALA 5C42A 4E7LA 4DWIA 3ZCMA 4GW6A 4TSXA 3PX4A 4IG0A 1RDDA 1TKTA 3ZSWA 3ZT1A 2Y1IA 2GV9A 4BDYA 4FZXC 2KZMA 1WSFA 2P51A 4I2PA 1LW2A 1J5OA 2YNFA 3QESA 3KIOA 4C8NA 3M8QA 1Q9XA 3KK1A 4YFUA 4QOZB 1RDCA 1C1CA 1U48A 3AV9A 4B3OA 4OJRA 4DTOA 3KKSA 1LAVA 3DYAA 3IAYA 3VQ6A 1IKYA 4CEAA 1KTQA 3ALYA 4EP4A 4E1MA 4CHYA 3V9WA 3K59A 3PX0A 1S1WA 1S6QA 4FJKA 4OPKA 2IAJA 2P1JA 4OKEA 1EETA 4BACA 2F8SA 2YKMA 3P5JA 1BQMA 4JS4A 3S3OA 2G8KA 3AO4A 4CEDA 3O4NA 1EP4A 3PV8A 1RTDA 4I9QA 1ZBFA 1RBSA 4ELVA 4HCBA 5D3GA 3A2FA 1JLBA 4FXDA 1LWCA 2OPQA 3MEGA 4KB1A 1J9AA 3ZSQA 1YTUA 4E89A 2ZD1A 4CJFA 4DSFA 4N76A 4O0IA 1BCMA 4KHWA 2HMIA 3IRXA 4CEBA 3EZ5A 3K57A 4KTQA 2WOMA 2P5GA 1Y97A 4CJ3A 5CYMA 1ITGA 1SL0A 4FLVA 2F8TA 4DQSA 3ZSRA 1QSSA 3TAQA 4L8RB 3L2RA 1RT3A 2BGGA 5HRSA 4JRPA 4KKOA 2ZE2A 4FJHA 3RRGA 3NF6A 3L2WA 3S9HA 2W42A 1VSEA 1JLCA 3AVGA 1B9FA 1C0MA 4H8KA 4AHTA 2XY8A 3OYHA 3KLFA 4DLEA 3DLBA 4BDPA 1L3TA 3L2VA 3MAQA 2YNGA 2KW4A 3DRRA 1NJZA 3ASMA 1HYVA 1LV5A 4KFBA 3VA0A 4KI6A 4CK2A 2E4LA 3RMCA 3DRSA 5HRNA 1NJWA 4CIGA 5HROA 1WNSA 3NF8A 1IO2A 4CJEA 4CJSA 4F3OA 1RT7A 4FJXA 2OPSA 1D9FA 2FBXA 3V9XA 3OYKA 1JL2A 3M8PA 4PQUA 1FKPA 2KQ2A 4EP5A 4PWDA 2XY5A 1BQNA 2KFZA 2AJQA 3P1GA 1F21A 3RWUA 4CJWA 1RT5A 3MECA 4DTNA 3NF7A 3QNOA 3UIQA 3THVA 2PYLA 5FRMA 1X9WA 1S9GA 3OS0A 3QLHA 4FM1A 3VQQA 2Z1HA 4CGJA 4CGIA 1NK9A 1RTIA 2X74A 4CJUA 4OLBA 4YNQA 1IH7A 1CZ9A 1S1TA 1CZBA 1RDBA 3DMJA 1BGXT 3HPHA 3PUFA 4ICLA 4OKJA 4CK1A 2OZSA 1NJXA 3TR8A 1FKOA 2QKKA 1WAFA 3RRHA 3TABA 1ZBHA 4AHCA 3PO4A 4O4GA 4DTRA 4LSLA 4M3YA 5KGWA 3T3FA 3SQ2A 2WONA 3M8SA 3HSTB 1BIZA 3V1OA 3MEDA 2KFNA 3ZT0A 3AO5A 4CGFA 1ASUA 4CFAA 4Z4CA 4E7IA 2R7YA 3LWMA 4KTWA 3AVMA 4CECA 3OYIA 2HNDA 5DK5A 3CFRA 3AO3A 4CHOA 3NGZA 2Y1JA 2HHUA 2O4IA 4KHUA 2JLEA 5J1EA 1ZYQA 3OVNA 3QEVA 2HHVA 3OS2A 4DTUA 5DMRA 4ELUA 5HLFA 3CM6A 4CE9A 4NCAA 4DTXA 3O3FA 3DRPA 3OYJA 5J2MA 4CGGA 4NCBA 4KRFA 3D45A 4QCLA 3SCXA 1RT4A 3I0SA 1R0AA 2QKBA 3CYMA 2D0AA 3DM2A 3V6DA 3NHGA 3QEIA 1SV5A 2YNHA 4DG1A 3JYTA 2PZSA 4AHRA 1WSGA 3G0ZA 4RW9A 4RG8A 4LH4A 3QEPA 5JS2A 1JL1A 2A1SA 3IS9A 4CF2A 3C94A 4IDKA 4C8MA 3U3GA 3OYFA 3ITHA 3KD5E 3AA4A 3SI6A 4Q5VA 4DSIA 4JLHA 5JS1A 1Q9YA 1KVAA 2BANA 3IG1A 1SL2A 3AVNA 3TAFA 1GOCA 3BGRA 3MXMA 3ZT3A 4F2SA 4E7JA 3C95A 2VWKA 5FDLA 4DTSA 1RNHA 3OJUA 2Z1JA 3P83D 1RBTA 3D0PA 1B92A 2QK9A 2XY7A 5C25A 4FK4A 4IG3A 1NKEA 1X9MA 1WSEA 2VG5A 3S3NA 4CCHA 4CIFA 3QERA 3LPTA 3F9KA 2YHBA 3LPUA 3O3HA 2YKNA 4E3SA 3SZ2A 1SL1A 4EZ9A 1MU2A 4M3TA 3V9ZA 1VSFA 3QIOA 3HP9A 3VQ7A 5SZTA 1JKHA 3LAMA 4FJMA 2IS3A 4M3RA 2IC3A 4BE1A 3SYZA 3VN5A 3L2UA 3I0RA 2Z1IA 1LWEA 3OYLA 3HP6A 4KV8A 2OPRA 4J2EA 2HHWA 3ZSYA 4FK0A 1WSHA 1C0TA 4OVLA 3WNFA 1XWLA 4DU3A 4J2AA 4M42A 2YNIA 3T19A 2HVHA 1HNVA 1Z25A 1VSJA 4F2RA 2X6NA 3DOKA 2GBZA 4G1QA 4N56A 3HT3A 2HNYA 4CF8A 3NH2A 1WLJA 5KGXA 4DFKA 2RF2A 4B9MA 1TK0A 1RT2A 3VQ4A 1JLQA 3NAEA 4DSEA 1NOYA 4CHZA 1IKVA 3DOLA 1SKRA 1L5UA 2DTUA 3NH0A 1D8YA 1NK7A 3MEEA 1DLOA 2HNZA 4ID5A 4NCGA 3OYDA 3OYNA 3MXJA 2RN2A 1NOZA 4OGCA 1S1VA 1C6VA 3SQ0A 4OPJA 1VSIA 4HUGA 4C8LA 4FVMA 4CEFA 4HUEA 1O1WA 3AA3A 3QIPA 4CJVA 2HHTA 2VG7A 3CFOA 4DQQA 2QXFA 4Y1DA 4CJRA 1N6QA 4N5SA 4Z4GA 1SUQA 1IG9A 3T1AA 4KREA 1I39A 1VSKA 4FJJA 3VQ9A 4MQ3A 4O44A 1KLNA 4E19A 4B9SA 4FJ8A 4LD0A 1NJYA 1WSIA 3HL8A 3V9UA 4KB0A 3VQEA 2OPPA 1UOCA 1TL1A 4AHSA 4FJLA 2OZMA 3H08A 5HP1A 1QS4A 1Z26A 1NK6A 3QO9A 4Y1CA 4W5OA 4CEQA 1FK9A 1BL3A 3WNHA 4F4KA 4DF4A 1TK5A 2FC0A 1QSYA 3TAMA 3TAPA 4Z4EA 1HYSA 1JLEA 1BISA 4LH5A 2XO7A 4K8ZA 3K5OA 4KHYA 3NGIA 4BE0A 1QTMA 3SPZA 4CHNA 4KAZA 1C0UA 1QQCA 4Q0BA 4DTPA 3NE6A 1UWBA 5K14A 1TKZA 1BI4A 3AVHA 4AHUA 3OYBA 3SPYA 4J2DA 1W0HA 3M8RA 4FM2A 4AH9A 1RBVA 1RT1A 4CEOA 4R5PA 1HMVA 4GMJB 1TK8A 3AVCA 3O3GA 4RW8A 3WNGA 1U4BA 2I5JA 3WNEA 3HVTA 4FCYA 1C1AA 2BE2A 3AVFA 2JGUA 4OKKA 5E41A 3HPOA 4IKFA 3K58A 5FRNA 3SUQA 3ZSOA 3FFIA 2D0BA 4W5TA 5HBMA 2IGIA 4XIUA 1ZBLA 1XI1A 4AHVA 3KLEA 1JLGA 3RMBA 3CFPA 1HQUA 1LWFA 4PY5A 4E7KA 3NF9A 1YVUA 1QHTA 1DTTA 1BI4B 4M3UA 1FXXA 2Z1GA 3VQDA 1N5YA 4B9UA 3HJFA 2Q3SA 1REVA 2ITGA 1UAXA 4CIEA 4FZZA 4NYFA 1RILA 2G8UA 4KHNA 2O4GA 4KI4A 1L3UA 4IFVA 1ZBIA 3TANA 2G8FA 4FK2A 4DQIA 1RT6A 1VK0A 4CFCA 3AA2A 4JRQA 4DS5A 3TARA 1TVRA 3ZSXA 1TL3A 1KCFA 3KJVA 1TKDA 4FW2A 5I3UA 1VSHA 1JLAA 3LZJA 2YV0X 4M3ZA 3AVLA 5J2NA 4F8RA 1VRUA 4JS5A 2HVIA 2XHBA 1A5VA 3K2PA 3TWHA 4DS4A 1XHZA 1NK8A 4QAGA 5J2QA 4OLAA 3O4QA 4B08A 4FZYA 4DFJA 2KTQA 3B6OA 3AVAA 1ZBUA 4K8XA 2F96A 3ZSZA 1YT3A 1JXEA 1TGOA 3U3YA 2XY6A 3OYCA 4DMNA 4M41A 3NDKA 4FLZA 1RBUA 3HVRA 3U6FA 4CJ4A 3VA3A 1UA1A 3HXMA 4PUOA 2ATQA 3AO1A 1RDAA 4FLWA 1TAQA 4RW6A 2DFFA 4KPYA 1LAWA 3ZT4A 3ZT2A 4CERA 5C24A 3B6PA 1J54A 4CJLA 3ULDA 1C1BA 2A1RA 1QSLA 4IFYA 2DFEA 4CGHA 4OGEA 3SQ1A 3LP2A 3C6TA 4KHSA 4O55A 3PY8A 2XRIA 3RMAA 1EKEA 4DFMA 4CJTA 3OJSA 4CF0A 1G15A 2HHXA 3VQPA 2IDOA 3LZIA 4I2QA 2X78A 4BWMA 3HK2A 4FJ9A 4DLGA 1HRHA 1L3VA 3NCIA 1VRTA 3CM5A 3DI6A 2G8IA 5HRRA 3DLKA 2KZZA 4FM0A 1TAUA 5CZ1A 4O0JA 1SKSA 3DLHA 5KRTA 2DFHA 4CJQA 3LWLA 3TAGA 4KHQA 4B9LA 1X1PA 1HQEA 2B5JA 2YHAA 5CZ2A 3PX6A 3VQBA 3TAEA 4CGDA 4BE2A 1BHLA 4H4OA 4BDZA 4CFBA 1A5WA 1T8EA 4F3TA 2BDPA 4B8AB 2G8WA 4UQGA 5CYQA 4KTZA 3AA5X 3ISNC 3MXIA 3NGYA 4FLTA 4HTUA 3SUOA 3KK2A 1KFSA 4DSKA 2G8HA 3SUPA 3SV3A 4AILC 3OYEA 1ASVA 2E6MA 4ELTA 1T03A 3V4IA 2HW3A 4CESA 4RW7A 5KI6A 4IBNA 2LSNA 3KKRA 3VQCA 1U47A 3KLIA 1HJRA 2HHQA 4FYDA 1NKBA 3AO2A 5KTQA 4M3XA 3DLRA 1EXQA 3OS1A 1KLMA 4Z0UA 3QETA 1KSPA 4C8KA 4CJKA 1CXQA 2HB5A 4B9NA 4Z4IA 5EU7A 3E01A 3QEXA 1S6PA 3I8DA 4LY7A 3LAKA 3HM9A 4HHTA 1NK0A 4FLYA 4CFDA 1KVCA 1LW0A 1BCOA 1Q8IA 4WE1A 1XC9A 4RW4A 1SKWA 4DQPA 1B9DA 4N41A 3LP0A 4W5RA 3CQ8A 4DTMA 2ZQBA 5KRSA 2RKIA 3K5LA 4ZTFA 3F73A 4ZHRA 1NK4A 4EZ6A 1IKWA 2B4JA 4FLXA 3L8BA 3QNNA 2P5OA 1I3AA 4H4MA 5HRPA 4CHPA 3SJJA 2PYJA 4FJ7A 2EX3A 4GVMA 4DU1A 4FJNA 4CJ5A 4J2BA 5CY4A 3KK3A 4DFPA 4NYNA 1L3SA 3RR7A 3OYGA 3SQ4A 4HCCA 1KVBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5AQJA 3DRRA 5M1NA 5C12A 3HOSA 4BR7A 1LCUA 2ASOA 4I6JB 5HRNA 4CK2A 4H0PA 4CJEA 3TL8B 4YOUA 3V9XA 3M8PA 2QI2A 4B3TK 4EP5A 1BQNA 4GAMC 4JI4K 2AJQA 3OBYA 3P1GA 5DM7L 3MECA 4DTNA 5AQUA 3RSEA 2UU9K 3VQQA 2Z1HA 2IVPA 4DR2K 1S1TA 1CZBA 4JN4A 3PUFA 2O8CA 1WAFA 3FR0A 5E26A 1RDWX 3BEXA 3SQ2A 4WQ4A 3V1OA 5DM6L 1ASUA 3VOVA 4CFAA 1NJXA 2R7YA 3OYIA 4CECA 1YIJN 4CHOA 1N34K 3CFRA 1DKGD 3AO3A 4LF9K 1KD1O 3IUCA 4KHUA 5J1EA 1Q82O 2HSTA 4ELUA 5HLFA 2E5LK 4YOTA 4NCAA 3O3FA 4JKHA 1S22A 4NCBA 5BN9A 1RT4A 1WB9A 4JK9A 3V6DA 3DM2A 3QEIA 1SV5A 4DG1A 3JYTA 2PZSA 1IG8A 3O9QA 3ATUA 1G99A 3C7NA 3MMVA 4IDKA 3OYFA 3U3GA 3ITHA 3ENHA 3OGMB 4YHHK 4DSIA 4JKGA 3IG1A 1KAXA 1ZC6A 1GOCA 3MXMA 4F2SA 3C95A 1RNHA 2Z1JA 4NXNK 3QFPA 4FK4A 4IG3A 1NKEA 2VG5A 3CCSN 3S3NA 1XNQK 1TYQB 3LPTA 2NRZA 1NGFA 3EKSA 2JH9A 1MU2A 2QW9A 3GBTA 1XVCE 1IBKK 3DXMA 2PFTA 3ZX2A 2IC3A 1DEJA 3D2EA 3DWLA 3I33A 2HHWA 3THXA 2UUCK 1C0TA 4KH4A 2AP1A 4H5RA 1T3VA 2A42A 3P38A 2WTUA 1HNVA 4F2RA 2X6NA 3DOKA 2GBZA 4H0TB 4OX9K 1BU6O 1JW2A 3THWB 4G9ZA 2UYTA 3JS6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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