1Q9XA

Crystal structure of enterobacteria phage rb69 gp43 dna polymerase complexed with tetrahydrofuran containing dna
Total Genus 264
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
264
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Lesion (in)tolerance reveals insights into DNA replication fidelity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase,replication/dna
total genus 264
structure length 903
sequence length 903
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1q9xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1q9xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1q9xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1q9xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1q9xA03
3ZSVA 1UWBA 3SZ2A 1U49A 2HHWA 1LWCA 1UOCA 1B92A 1X1PA 1BL3A 4JS4A 3SYZA 1BHLA 3B6PA 2HVHA 4IKFA 2XY8A 3LWMA 4KAZA 3HT3A 4B9SA 1RBUA 4DQQA 3NF7A 4AH9A 3KD5E 3G10A 3RWUA 3OS2A 4DQIA 4N41A 3OJSA 5KGWA 4E1MA 3PX0A 1RTHA 4H4OA 2A1RA 2VWJA 5CY4A 4O44A 1NKBA 1RT4A 5KTQA 2IDOA 5FROA 1BQMA 3DMJA 4G1QA 3K5MA 4NCBA 1MU2A 4DTNA 1U4BA 1SKWA 3C6UA 1WSJA 4IFYA 2YNHA 4I9QA 1EXQA 1DTQA 4IFVA 1T7PA 3QEIA 4RW4A 2OPRA 3KD1E 2YV0X 4BE1A 2O4IA 1IKVA 4DU3A 2XY5A 3PY8A 2YKNA 4CJEA 1BCMA 1C0TA 4OPKA 1RNHA 1CZBA 3ZSOA 1TAUA 3VQPA 3ZT1A 3SPZA 5HP1A 3DLEA 1Q9XA 2X6NA 1Z26A 4C8MA 3OYBA 1IKYA 2KW4A 4B8AB 3V81A 3HK2A 3OY9A 1VK0A 3OYCA 1VRTA 2Z1GA 3RR7A 4CGIA 4FJHA 2FBTA 3HL8A 1HYZA 2X74A 4W5RA 1GOBA 2PYLA 5FRMA 1C1CA 4DTJA 2BGGA 3SUQA 4DTXA 3NH2A 4CJVA 2PZSA 1LW2A 3PUFA 4CK1A 3OYNA 3AVMA 4CJLA 3F9KA 4CJ5A 4N56A 1QTMA 1B9FA 1VSHA 4F3OA 2HHVA 2AJQA 3DLGA 4HVJA 4CHQA 1HJRA 1TL3A 1ZBLA 4PUOA 1BISA 2FC0A 3PX6A 1YTAA 2QKKA 3AVHA 4TSXA 3TAEA 5FDLA 1TK0A 1VRUA 1ITGA 2E6MA 3KIOA 3P83D 1RT6A 3K58A 3WNHA 3HJFA 4DLEA 4NCAA 4W5NA 3NF8A 4KTWA 4EP4A 4DS4A 1X9MA 3L2UA 3TR8A 1G15A 4FLWA 3D0PA 4CCHA 3AA5X 3LALA 4LSNA 4DS5A 3AO4A 3S3NA 3BGRA 4LH4A 4LD0A 4Y1CA 3RR8A 3V9ZA 4FJ5A 1WSHA 2HHXA 3QIPA 3DRRA 1NK7A 3O4NA 5J2MA 3KLIA 3VQAA 1UAXA 4W5OA 1S9GA 2Z1HA 2XHBA 3C95A 4FJ9A 3SV4A 3NGZA 3SV3A 1BIZA 4E7HA 4KREA 1BGXT 2IGIA 3MEGA 4Q5VA 2EX3A 4RW6A 4KHQA 4YNQA 3T3FA 4CK3A 2JLEA 3RRHA 1IO2A 3TAQA 4CJRA 3V9WA 4KHWA 4C8NA 2DFHA 3AVNA 3PX4A 3OYIA 1X9SA 3V1OA 4KHUA 3QEPA 4ZTJA 1NKEA 1FKPA 4I9LA 3ALYA 4CIGA 1EKEA 3O3GA 4BACA 4DFJA 3SQ1A 3K59A 3OYLA 4KTZA 2YNFA 3EZ5A 2R7YA 3NHGA 3F73A 4CHNA 4CE9A 3LAKA 2HVIA 5SWMA 1U48A 1KVCA 4M42A 4HHTA 4ZHRA 1JLFA 5CZ2A 1RTJA 1BI4B 2F8TA 5D3GA 1WSIA 2P5OA 3VQ9A 3VQ6A 1QSLA 2VG7A 3VQ8A 2F8SA 3ZT0A 2G8KA 2RF2A 4YFUA 3VA3A 3PV8A 4RW9A 4CHPA 5HRNA 4OKJA 1BI4A 1N6QA 4FK2A 2KQ2A 1KLNA 3OYFA 2WOMA 3DLBA 4FJKA 1TVRA 3HP6A 4DU1A 1LAWA 4GMJB 4B8CA 1TKDA 2JGUA 2EHGA 3U3YA 1TKTA 3V9UA 1JKHA 1K6YA 2ZD1A 4FW1A 1IKXA 1WSGA 5HRSA 4Z4GA 2HNYA 5J2NA 3HVTA 2B6AA 1RBTA 1UA1A 3AA2A 3NGYA 4FW2A 4RW8A 3MAQA 4FLUA 1TK5A 4KPYA 1A5WA 3RMDA 1ASVA 1HPZA 3IRXA 3LP1A 3SCXA 2XO7A 4FJJA 4K8XA 2I5JA 4FJIA 3QERA 4W5TA 2F96A 3KLHA 4CF9A 3LWLA 2B5JA 1HQEA 2G8VA 3KK3A 4PQUA 4O0IA 1Z25A 1QS4A 1C0MA 2IC3A 4E7IA 2DTUA 4FZYA 2QK9A 2HHQA 3FFIA 4B9VA 3P1GA 2HHUA 1RT3A 3JYTA 3DLKA 4LH5A 4OLAA 2XRIA 1RDBA 3SI6A 3IG1A 3QLHA 4ID1A 4ZTFA 1BQNA 2QKBA 4J2EA 3OJUA 3THVA 1KTQA 1S5JA 1VSJA 1LV5A 2P51A 4DSJA 1KSPA 2G8UA 3U6FA 4KKOA 5EU7A 4BDPA 5CZ1A 1WNSA 4B08A 2FBXA 1I3AA 4FM1A 5HRRA 3MXIA 2D0BA 5KRTA 1L3SA 3TAPA 4FLVA 3I0RA 4NCGA 5HBMA 1D8YA 4DU4A 1XI1A 1JLCA 1REVA 1T03A 2E6LA 4RG8A 3S3MA 3DOLA 2XY6A 4FJNA 4AILC 3VQCA 4F2RA 3NF6A 5HLFA 1U04A 2KZMA 5E41A 3LP2A 3LDSA 1ZBFA 2RN2A 1EP4A 4OGCA 1S1XA 4I2QA 3VQ7A 2HW3A 3O4QA 4M3WA 2GV9A 4CHOA 1EX4A 3ISNC 4CEZA 1QSSA 3AO5A 1RDAA 4NYFA 1J5OA 1LAVA 4I2PA 4DG1A 5I3UA 4J2DA 4O55A 3AVFA 5KRSA 3HVRA 2XY7A 2WONA 1KCFA 3ZT3A 4IG0A 2OZMA 3K2PA 3L3VA 4BDZA 3LZJA 3OYEA 3SQ0A 3QO9A 4E1NA 1SV5A 4DF8A 4KB0A 3JSMA 4DTOA 3K5OA 5DMRA 3ZSQA 1ZBIA 3CFOA 4CJQA 3ULDA 1CLQA 1QE1A 4CGJA 1C1BA 4DFMA 3ASMA 4ICLA 1L3TA 2OZSA 2YHAA 3RMAA 3LPTA 1U45A 4CEBA 4J2AA 3HYFA 4CJ3A 3KLFA 3CFRA 4HUGA 1KVBA 2G8WA 4DWIA 4L8RB 4FJGA 1RT7A 1ZBHA 2ATQA 1NJYA 4CECA 4FJLA 1HNVA 4CFDA 1NOYA 1GOAA 4CGHA 1RTIA 3HSTB 1CXQA 4E3SA 3K5LA 3KK2A 1NK4A 3SQ2A 2D5RA 4DSLA 3AVJA 4CJWA 4Z4EA 1SKRA 1RTDA 4KB1A 4GW6A 4FYDA 1SL1A 1SL2A 1RBRA 2KFNA 3AVLA 4JS5A 3TARA 2DFFA 4HTUA 4DTSA 1YTUA 4FJ7A 1JLBA 4DSEA 4C8KA 3NGIA 3CYMA 1NK5A 4IDKA 1X9WA 2HNZA 1DLOA 1Q8IA 3S9HA 2D0AA 4OGEA 3NAEA 3KLGA 1L3UA 1JXBA 3OS1A 5J2QA 5JS1A 3SUPA 5KGXA 4M3ZA 4BWMA 2LSNA 4FCYA 1VSLA 4O0JA 1HRHA 1RILA 4CF2A 4IBNA 3UIQA 3SUNA 3SJJA 3L8BA 3IAYA 4OKEA 3QEXA 4FLYA 4AHVA 2X6SA 4MQ3A 3BDPA 2YNGA 3V6DA 3TAGA 2HHTA 4DTPA 3AO2A 5SZTA 3T19A 3AVIA 4BDYA 4AHSA 3V9XA 2P5GA 1JLAA 4AHRA 3PO5A 1FKOA 4CJPA 1NJZA 2VG5A 1JLEA 4KO0A 5HROA 4FLTA 1KFDA 3NFAA 1QHTA 2IS3A 2KFZA 1KLMA 4F4KA 2HNDA 1KFSA 1J54A 4M41A 3NDKA 2ZE2A 1WSFA 3NBPA 1XHZA 3ZSXA 3TAFA 1HQUA 3OYAA 4Z0UA 1KRPA 4UQGA 1A5VA 3O3HA 4HUEA 1WAJA 1W0HA 3AVAA 1TK8A 4PWDA 4I7FA 4M3UA 4CF8A 1QQCA 1S1UA 1UA0A 1RCHA 1SL0A 3QNOA 4B9UA 1JL2A 3DYAA 4FK0A 1D5AA 4BE0A 4FZXC 4E0DA 1RBSA 1Y97A 2VWKA 4FLZA 1Q9YA 4WE1A 4HUFA 1C6VA 2PY5A 4N76A 5JS2A 2PYJA 2B4JA 2BE2A 4FJMA 2HB5A 2IAJA 4M3XA 4FM0A 1TAQA 3DI6A 3OYKA 3KTQA 4CEFA 1S1VA 4Z4FA 3QESA 3KKSA 1IKWA 2FBYA 3OYMA 4DTMA 1IG9A 2E4LA 2RPIA 1JLQA 1VSFA 1RDCA 3DLRA 3HPGA 4RW7A 4CJSA 4F3TA 1TKXA 3HPOA 4AHCA 3QEVA 4CFBA 3RRGA 3T1AA 3PO4A 1FXXA 4FLXA 4N47A 1S1TA 3B6OA 4FJ8A 3M8QA 2HMIA 1NKCA 4Q0BA 4DQPA 4B9LA 3L2VA 3QINA 3QETA 3VQQA 4CHYA 3U3GA 1ASWA 5J2PA 1S6PA 3L2WA 3TANA 2NUBA 2Z1JA 4QAGA 3V1QA 4CHZA 3ZSWA 4E7LA 4ELUA 4DTUA 1VSEA 4CIEA 4M3RA 4NYNA 3VA0A 3WNGA 3SUOA 4F8RA 3CG7A 3SNNA 3VQEA 4XIUA 1RDDA 1XC9A 1NK0A 2GBZA 2YHBA 3C6TA 4OVLA 5J1EA 3LPUA 3LP3A 4JRPA 3HXMA 5I42A 4CJFA 3ZCMA 1F21A 1NK8A 3ITHA 4CERA 1TGOA 4CF1A 4OPJA 3HM9A 4K8ZA 1RBVA 2G8FA 5C24A 3L3UA 4M3TA 2Q3SA 3LANA 5KI6A 4ELTA 1HYSA 1S9EA 3AVBA 2G8IA 4ID5A 3ZSRA 4C8LA 3RMCA 1WSEA 1HMVA 2IOCA 3VQ5A 1ZYQA 4DTRA 4KHSA 1C0UA 1EETA 4PA1A 4CJUA 3I8DA 3EY1A 1T8EA 1SKSA 1D9DA 1GOCA 4OJRA 2RKIA 1R0AA 4CFAA 1FK9A 4O4GA 4B9MA 1VSMA 1NJWA 4Z4CA 4ELVA 4JLHA 3NE6A 4CIFA 3IS9A 1XHXA 2OPPA 4FVMA 4FZZA 1WAFA 4LY7A 3TAMA 3RTVA 1HYVA 4BWJA 4CEOA 3NH1A 4MFBA 2ITGA 3MXMA 4KHNA 4DLGA 3AV9A 3AO3A 3DM2A 4DSFA 3M8PA 4CGGA 5CYQA 4HCCA 3QIOA 3V1RA 4CEAA 4EZ6A 3L2RA 4C8OA 5HRPA 3OYHA 2P1JA 3H08A 1RT2A 3WNEA 1S1WA 3SPYA 4KI4A 4KFBA 4CGDA 4E89A 1RT1A 3CM5A 3M8SA 3K57A 4BE2A 1TKZA 4E7JA 3ZT2A 3VQBA 4E19A 3HPHA 1S6QA 1LW0A 3C94A 2Y1JA 1VSIA 4B9NA 3LZIA 3SQ4A 2BANA 4OKKA 2GUIA 1JXEA 3KK1A 1JL1A 1J9AA 1L5UA 4FJXA 3ZSYA 4HCBA 2OPQA 2DY4A 4DF4A 1LWEA 4Z4HA 3VN5A 4CJKA 3LP0A 3AA3A 5K14A 3CFPA 3RMBA 4CEQA 3EYZA 1YVUA 4W5QA 4J2BA 4DMNA 4FXDA 5DK5A 4JRQA 3TI0A 4QCLA 1C1AA 1RT5A 3V4IA 4DSKA 3AVGA 3ZSZA 4KV8A 4R5PA 2A1SA 4M45A 1B9DA 3HP9A 4EZ9A 3QEWA 3A2FA 3OVNA 4DSIA 3TABA 3G0ZA 2Y1IA 4KRFA 3CQ8A 4CF0A 1XWLA 4IG3A 1NK6A 3TWHA 1KVAA 4CESA 4OLBA 1T05A 4FK4A 3MECA 3L2QA 1NK9A 2OYQA 4N5SA 3OYJA 2G8HA 3MEEA 1NJXA 3NF9A 1TV6A 3VQDA 1NOZA 3KJVA 1N5YA 4DFPA 3AO1A 4M3YA 1I39A 2ZQBA 5C42A 2D0CA 3ZT4A 4PY5A 2VG6A 4CK2A 1W9HA 4B9TA 3AVKA 2KZZA 3VQ4A 4CJTA 1CXUA 1TL1A 4KTQA 3DOKA 1QSYA 1IH7A 4F2SA 3E01A 1HNIA 4CEDA 1SUQA 3NCIA 5T7BA 4B3OA 5C25A 3KLEA 4KHYA 3HO1A 1D9FA 3OYGA 4LSLA 2O4GA 4AHUA 4KI6A 1A5XA 3LAMA 5CYMA 3AA4A 4CGFA 1BIUA 3QNNA 2X78A 2YKMA 1VSKA 4O5BA 4Y1DA 2Z1IA 2YNIA 1DTTA 2BDPA 4CJ4A 4DFKA 3OYDA 3V9SA 3DRPA 4CEEA 3NH0A 3MXJA 3CM6A 2QXFA 2DFEA 3D45A 3P5JA 4DQSA 2ETJA 2W42A 3S3OA 4CFCA 1WLJA 3KKRA 3O3FA 2HHSA 3I0SA 1J53A 3DRSA 1L3VA 3AVCA 1VSDA 1BCOA 3OS0A 4DQRA 5FRNA 4Z4IA 4QOZB 1LWFA 4E7KA 3M8RA 2KTQA 4FM2A 1WN7A 1YT3A 1U47A 2FBVA 1JLGA 4H8KA 1O1WA 3MEDA 1ZBUA 3DLHA 3WNFA 4AHTA 4H4MA 2OA8A 4EP5A 1ASUA 3K5NA 2OPSA 1CZ9A 4GVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1FZ4E 5BPNA 4DR4K 4DU1A 2CGKA 3HZ6A 4H0XB 1TKTA 1U2VA 3E1YA 2B1EA 1MHYG 5M1NA 4PL7A 3IRXA 4K8XA 4CD1A 4ICGC 3LWLA 1HJOA 1HQEA 4PQUA 4HWIA 1XU5E 2P1MB 2IC3A 1C0MA 1RT3A 4JHDB 4RL5A 3SI6A 3UB5A 2E32A 2NLXA 1T44A 2IVPA 1VSJA 4DSJA 4KKOA 4BDPA 2QI2A 3E4YA 5HRRA 1L3SA 3I0RA 4DU4A 4ILHA 4DR3K 1T03A 4F2RA 4RG8A 1BA0A 1KD1O 3VQCA 1HNZK 3NF6A 5HLFA 3AARA 2O8DA 3N1BA 5E41A 2P1QB 3VQ7A 2HW3A 3O4QA 4CHOA 3SAGA 3N4PA 4HTLA 4LFCK 3ISNC 3AO5A 1NGJA 3HGLA 2ZGZA 4NYFA 3TSQA 4BQLA 2A40A 1LAVA 3CJBA 4C1NI 5I3UA 3DXMA 1KCFA 4H5VA 4LFAK 4KB0A 3JSMA 5DMRA 1FZ6E 2J4RA 1VQ9N 3QBXA 4CGJA 1C1BA 1VQ7N 1U6ZA 2O8FA 4CEBA 4HUGA 3HYFA 1XMFE 3LDPA 3GL1A 2HBKA 2JHAA 2ATQA 1NJYA 4CECA 4DV5K 4NB4A 4ISFA 3K5LA 1EQYA 3AVJA 3EKUA 3BEXA 5AQWA 1RTDA 1SL1A 2KFNA 2PFUA 4JS5A 4UY8O 1W97L 4HTUA 4FJ7A 4CBWA 4DSEA 5EY4A 1NK5A 4KH4A 3P4IA 2P9PB 4GY2B 1DLOA 3JS6A 3R1XA 4OGEA 5AQJA 4V19S 3DLLL 1JXBA 3OS1A 3EN9A 4RNGA 1IV0A 4CF2A 1VQ6N 2Q0RA 3QEXA 4FLYA 4NLBA 2HHTA 4A62A 3AVIA 2E31A 2P5GA 3L2OB 2VG5A 4C1NK 4WFBL 2P9LA 2HNDA 1KFSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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