3L8BA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin
Total Genus 311
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
311
sequence length
903
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 311
structure length 896
sequence length 903
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3l8bA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3l8bA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l8bA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3l8bA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3l8bA03
1SV5A 1S1UA 4CEDA 1RBUA 3TI0A 3RR8A 5SWMA 5FRMA 3TAMA 2A1RA 4E7JA 2P1JA 3S3NA 3TAEA 1XHXA 4CF9A 4DU3A 4CJQA 5C42A 2QK9A 4CJEA 3ZSQA 4DF4A 4CJKA 1U48A 4KHSA 3AVCA 1SKRA 4ELTA 2DY4A 4PWDA 3LZJA 4FLYA 2XRIA 1GOBA 4CECA 3L3VA 3RMAA 3PUFA 4CK3A 3HT3A 3HVRA 1NK7A 4CEQA 3KLGA 4AHUA 3BDPA 4B3OA 3SCXA 3O3HA 1UWBA 3V81A 4BWMA 1X9SA 4M3WA 4E19A 3NDKA 3U3GA 3MXMA 4CFDA 2A1SA 2ZE2A 2Y1IA 4FJNA 1EXQA 2IGIA 1K6YA 3HL8A 3NF7A 4KKOA 1HNVA 4HCBA 3AA2A 1IKWA 2ZD1A 1JL2A 3K2PA 1NOYA 4C8MA 4CJLA 2E4LA 4RW4A 4E89A 5T7BA 4CJ5A 3ZSYA 4DQRA 3FFIA 3SV3A 3SJJA 3V1RA 1KCFA 2PZSA 4OVLA 2IDOA 4M3UA 5FDLA 4CHYA 3OYGA 4N41A 2HHTA 1KLNA 3O4QA 4N5SA 4FK4A 3G10A 4JLHA 1TAUA 3AA4A 4RG8A 1Q9XA 1TKDA 4EP5A 1FKPA 1JLEA 5HROA 3NF8A 4J2DA 4CEEA 4M3XA 3L2UA 3V9XA 1WSHA 2HW3A 2KTQA 4I7FA 4Z4HA 2R7YA 4M3TA 4C8KA 2O4IA 4DFKA 2E6LA 1YVUA 4M3YA 3LPUA 3KKSA 5K14A 4W5TA 3IRXA 1LWFA 4CGHA 1VSJA 2PYLA 3AVBA 4E7LA 1WAFA 2DTUA 4FM0A 2EX3A 5J2PA 4GMJB 3AVAA 1ZBHA 4DSKA 3DLRA 2I5JA 3QIOA 3RRGA 2YKNA 3PV8A 3OYHA 5FROA 1JLBA 1SKSA 2HVIA 1S9GA 1QSLA 3OJSA 3SUPA 2XHBA 3AVFA 3E01A 5CY4A 4WE1A 4ID1A 4N76A 4BACA 3TAFA 1RCHA 4F4KA 4KAZA 4CF1A 3QLHA 3M8PA 3LALA 4FJIA 5JS2A 1RT1A 4FJKA 3OY9A 1GOCA 3OYIA 4IDKA 4KFBA 2G8HA 3NF6A 2HNYA 4CK1A 3AA5X 3AVGA 3CM6A 3MECA 3QNNA 2P5GA 2Z1JA 2F96A 4Z4GA 4C8NA 4DQSA 1HYSA 1MU2A 3ZT2A 4I2PA 2KFNA 2HHWA 5KTQA 4RW8A 1ZBIA 5KRTA 3V9SA 1RBRA 2NUBA 1RNHA 3LAMA 2AJQA 3VQAA 1DLOA 1S1XA 3CM5A 4CEAA 4JRQA 4OKJA 4CGDA 5SZTA 3L2VA 3IAYA 4KHWA 5HRNA 1O1WA 4FM2A 4M41A 3KJVA 3RTVA 3KD5E 4CFAA 3NGZA 1SL0A 1RDCA 1ZBUA 1NJXA 1TKTA 3SQ0A 4QOZB 3RR7A 4B9LA 4O0JA 1BCOA 1NJWA 4CGGA 1X9WA 3ALYA 4B9NA 1CLQA 1HQEA 2WOMA 3LAKA 3SQ2A 4JS4A 1NK9A 1D8YA 1NK5A 4CEBA 4DTUA 4FZXC 4HTUA 2G8VA 3NCIA 4FXDA 2EHGA 3KK3A 4NCAA 3NH0A 1LWEA 1T8EA 3AV9A 5J2MA 2D0AA 1CZ9A 1REVA 3RMCA 3DLKA 3ITHA 1KSPA 3P1GA 5J1EA 3OYFA 4FJ8A 1WSFA 1DTQA 1W0HA 4CHQA 4Q0BA 3C6TA 4JRPA 1NK0A 4IKFA 4FLZA 4OPJA 5I3UA 3NHGA 3K5MA 1XI1A 4EZ9A 2F8TA 4O0IA 5C25A 2Z1GA 4ICLA 4CJ3A 4UQGA 4PQUA 4DTMA 4KO0A 1NK4A 4RW7A 3OYMA 2BE2A 4CHNA 3ZSXA 4FJLA 4O5BA 1C6VA 4KTZA 4DWIA 1VSKA 3SQ4A 4CJVA 5C24A 2QKBA 3MEGA 1IKYA 4B8AB 3NH2A 3OYEA 3LANA 1L3VA 4B9SA 1BHLA 4DSLA 3M8SA 4Y1DA 3EY1A 3ZSRA 1HJRA 3DRPA 3VQDA 2KQ2A 3VQ4A 2BDPA 4HUGA 4IFVA 2GBZA 3B6OA 1JLCA 1UOCA 4OGCA 4CJTA 3M8RA 4B9VA 3LDSA 1GOAA 3VQ7A 1W9HA 3DRSA 1JL1A 1NKBA 4DU1A 3O3FA 1TK5A 1VK0A 4OLBA 3OYJA 4W5RA 1RTIA 4FW1A 1VSDA 1LAVA 1U47A 4GW6A 2VG6A 4KB1A 4Z4IA 2KFZA 4ZTFA 1ITGA 3LWLA 4DTXA 4CJ4A 4OKKA 3CFPA 1Y97A 3VA3A 1L3UA 4J2BA 1FKOA 4IG3A 4B08A 4DSIA 3KLHA 5JS1A 3WNGA 2Q3SA 1L3SA 4Z4CA 1TK0A 2FC0A 4XIUA 1BI4B 1LW2A 4ID5A 2HNZA 4MFBA 3QEVA 2W42A 4AHRA 3V9WA 3OVNA 4FLTA 1S9EA 4CIEA 1TK8A 2IAJA 4KHQA 1WAJA 3QNOA 4KB0A 4LSLA 1RBTA 1VSEA 5EU7A 4CGJA 3IG1A 1T03A 2ZQBA 1RDBA 1TGOA 4FZZA 1C1CA 4CJPA 1B9DA 1RILA 3U3YA 4CGIA 3PX6A 1BISA 4E0DA 2OPRA 1HPZA 1LW0A 4O55A 3V1QA 5CZ2A 3K57A 1XHZA 3VQCA 3S9HA 2QXFA 3S3MA 2G8WA 1QE1A 1BQMA 4DS5A 4I9QA 1S5JA 3OJUA 4CJFA 3BGRA 4NCBA 2HNDA 1NK8A 4DTJA 3VQEA 4K8XA 2RF2A 3CG7A 4AHCA 4BDZA 1CXQA 1RT4A 3HPOA 3WNEA 2IS3A 2G8IA 1SL2A 1VSLA 3TAGA 3LP0A 1VRUA 3LZIA 1BGXT 1NJYA 4CFBA 3OYBA 1EX4A 3HSTB 1Q9YA 4F2RA 5J2QA 3PO4A 4Z4FA 4FK2A 1I3AA 3K5NA 1EP4A 4DTPA 4H4OA 3SPZA 2GUIA 1D5AA 4DFJA 1WSJA 1SUQA 2KZMA 3KLFA 3ULDA 4OJRA 4M3ZA 1XC9A 1S1TA 4AHSA 3DLBA 3P5JA 2HHQA 5KGXA 1KVBA 1RTJA 3M8QA 3DI6A 3NGYA 3HM9A 2F8SA 3I0SA 1TV6A 3K59A 4F3TA 3TABA 5HRPA 3DLGA 1QSYA 1ASUA 1HYZA 5HP1A 3ZT4A 2XY5A 1ASVA 4BE2A 3T3FA 1L5UA 3PY8A 3ZSOA 3ZCMA 2JGUA 1LWCA 3KK1A 4FK0A 1VSIA 5HBMA 2Y1JA 2GV9A 2HHXA 4FJGA 3HP9A 3VQPA 4CHOA 2FBXA 4B9MA 4CJUA 4CERA 4HCCA 4E3SA 2HMIA 3SUQA 4DFPA 1IO2A 3AVMA 4BWJA 3ZSZA 5E41A 3OYDA 4DLEA 3TAPA 3ZT1A 4BDPA 5KRSA 1C1AA 3AVLA 4FVMA 4NYFA 1EKEA 1YTAA 4CFCA 1ZBLA 1RT6A 3SQ1A 5HRRA 1IKXA 3OS1A 4CIGA 5KI6A 3PX4A 4KTQA 2RN2A 4E7KA 3THVA 4IBNA 3AO2A 3LP3A 4KHYA 3VA0A 1TKZA 3DOLA 4OLAA 3KIOA 3VQ8A 2YHBA 4NCGA 2KZZA 2XY8A 3QERA 4IG0A 2DFEA 4DU4A 4LH4A 1DTTA 4OGEA 3JYTA 3AO4A 4R5PA 3OYCA 3SV4A 5CYMA 1ZYQA 4DTRA 1BQNA 2FBTA 2YNGA 4HVJA 4KPYA 3SNNA 4KTWA 2D0BA 1SL1A 3QEXA 1C0MA 4J2EA 2YNFA 4M45A 5I42A 2Z1HA 4C8OA 1QHTA 1YT3A 1Z26A 2X78A 3JSMA 1U4BA 4DTOA 1T7PA 3AO1A 3KKRA 1SKWA 4ZTJA 4CK2A 4H8KA 1JXBA 1QS4A 3AVJA 3H08A 3O4NA 4PA1A 5DK5A 4Y1CA 1X9MA 4M3RA 4KREA 3OYAA 1RTDA 1BL3A 4QCLA 3ZSVA 3NFAA 1D9DA 4B8CA 3V4IA 1JLFA 4PUOA 1JLGA 1NOZA 5HRSA 1ASWA 2YKMA 1S1VA 4W5NA 2KW4A 3DYAA 3WNFA 1I39A 2FBVA 3D0PA 4B9TA 2OZMA 2IOCA 3CYMA 4FCYA 4G1QA 1JLAA 1L3TA 2E6MA 4Z4EA 1WNSA 1WSIA 3AO5A 3SI6A 4RW6A 1BIZA 4F8RA 1VSMA 4KRFA 3HJFA 5J2NA 4K8ZA 4FYDA 2FBYA 3MEEA 2X6SA 3U6FA 3S3OA 4LSNA 4CJWA 1WSGA 3HPHA 3SYZA 3PX0A 1NKCA 4EZ6A 3OS2A 1A5WA 3IS9A 4IFYA 4B9UA 4CIFA 4ELVA 3NE6A 3TR8A 4Q5VA 1BCMA 4CJRA 3SZ2A 2HHUA 4QAGA 5CZ1A 3HK2A 5D3GA 4CJSA 3V9ZA 1A5XA 4N56A 3EYZA 4FJ7A 3QEWA 2HHSA 4FLVA 4YFUA 4LH5A 4AHVA 2VG7A 1YTUA 1RBSA 2BANA 3L3UA 3OYKA 4FLWA 2PY5A 3ASMA 3LP1A 4DTSA 2G8KA 4ELUA 4FM1A 3HP6A 2OA8A 3K58A 4L8RB 4CEOA 4HHTA 2PYJA 1RT2A 3KD1E 4FJXA 3K5OA 4BDYA 4TSXA 1C0TA 3G0ZA 1N6QA 1C0UA 4DFMA 4RW9A 2DFHA 2X74A 1LV5A 3T1AA 2ATQA 1LAWA 3SUOA 2HHVA 2B5JA 5DMRA 3V1OA 4E1MA 2LSNA 2ITGA 4ZHRA 4DSEA 4I2QA 2Z1IA 3AA3A 1VSFA 3MAQA 4FJMA 4CCHA 1EETA 1QQCA 3AVIA 3P83D 4CF0A 3QEIA 2RKIA 3LPTA 1NJZA 4FJHA 1JXEA 4BE0A 3CQ8A 3ZT0A 1F21A 4EP4A 4MQ3A 1S6QA 3K5LA 1IH7A 4NYNA 3I0RA 1TL3A 1JLQA 4FLUA 1KVCA 3TANA 2G8UA 3NBPA 3HYFA 3RMBA 1U04A 4CHPA 3OYNA 3SUNA 1UA0A 4PY5A 4CF8A 3DRRA 1R0AA 1NKEA 4F3OA 1QTMA 1ZBFA 2B4JA 3KK2A 4OPKA 3DM2A 4CESA 2X6NA 2BGGA 3VQ5A 4HUFA 4DG1A 2QKKA 2O4GA 1Z25A 3QESA 4DLGA 4W5QA 5CYQA 4W5OA 4DQQA 2D0CA 1TL1A 3B6PA 3V9UA 2OYQA 1TAQA 3C95A 4J2AA 4LY7A 2XY6A 4YNQA 4FJ5A 3ZT3A 4KV8A 3NF9A 2OZSA 4LD0A 1BI4A 1KLMA 3VQQA 1XWLA 4DS4A 3NAEA 1D9FA 1TVRA 1HQUA 3D45A 3NH1A 3KTQA 1RT7A 3C94A 3OYLA 1KTQA 3L2WA 4N47A 5FRNA 2OPSA 3SPYA 1J9AA 2IC3A 4FZYA 1HNIA 3OS0A 1FXXA 1IG9A 4AHTA 1UAXA 1NK6A 3LWMA 1X1PA 3DOKA 3TARA 1U49A 4E1NA 4DSJA 1WSEA 3AVNA 3VN5A 2G8FA 3RRHA 3VQ9A 4DSFA 1B9FA 3V6DA 2YV0X 3QO9A 4DQIA 2YNHA 3QINA 4Z0UA 3HXMA 5HLFA 4JS5A 3A2FA 4DF8A 4CHZA 1UA1A 3PO5A 3MEDA 3L2QA 2HVHA 1VRTA 4BE1A 3I8DA 1RBVA 1HRHA 1N5YA 3MXJA 3KLEA 4CGFA 3QEPA 3VQ6A 1J5OA 4KI4A 3RWUA 3ZSWA 1RDAA 3CFRA 3QIPA 2ETJA 1J53A 3L8BA 4DTNA 3MXIA 1CZBA 1U45A 3AVHA 3AVKA 4F2SA 3DLEA 4GVMA 1G15A 1KRPA 3HO1A 1C1BA 1VSHA 2B6AA 2D5RA 4AILC 2YNIA 4AH9A 1JKHA 4FW2A 1TKXA 2XY7A 1A5VA 2JLEA 2VG5A 4CE9A 1IKVA 4E7HA 1S6PA 3EZ5A 3F73A 4OKEA 4DQPA 5KGWA 3DLHA 1B92A 3TAQA 3WNHA 3UIQA 2VWKA 4O44A 4CF2A 4HUEA 1KFSA 4CEFA 2RPIA 3RMDA 3T19A 4C8LA 3TWHA 4O4GA 4FJJA 2P5OA 4DMNA 3QETA 1J54A 3LP2A 3CFOA 3VQBA 2VWJA 3L2RA 1FK9A 1RTHA 1HMVA 1Q8IA 3O3GA 4E7IA 3C6UA 2P51A 1KVAA 3HVTA 1T05A 4I9LA 2OPPA 4KI6A 1CXUA 4M42A 4KHUA 1RT3A 2OPQA 3AO3A 1KFDA 2YHAA 1WN7A 3ISNC 3DMJA 4H4MA 1HYVA 1RT5A 2XO7A 4FJ9A 2HB5A 1BIUA 3KLIA 3HPGA 1S1WA 1WLJA 1RDDA 1QSSA 2WONA 3NGIA 3F9KA 4FLXA 4KHNA 4CEZA 2DFFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TI0 A;  3RR8 A;  4DR1 K;  2Q31 A;  2A1R A;  4IEE A;  4CJQ A;  2GUP A;  3ENB A;  1U48 A;  4GY2 B;  4GNI A;  5CR4 A;  3VGK A;  4LFA K;  2QTD A;  2E2Q A;  2XRI A;  4OPA A;  4B3T K;  3PUF A;  3HT3 A;  4JAX A;  2QXL A;  3KLG A;  1VQL N;  3BP8 A;  4B3O A;  3D2E A;  2V7Z A;  4O5F A;  3NDK A;  2A1S A;  2E2P A;  2RE2 A;  2ZE2 A;  1EXQ A;  5AQQ A;  3HL8 A;  4FOE A;  5T7B A;  4CJ5 A;  3ZSY A;  3SV3 A;  3V1R A;  3VMF B;  2PZS A;  4CI6 A;  1KLN A;  5ADX A;  3TL8 B;  4FK4 A;  4JKA A;  5AQO A;  3AA4 A;  2A42 A;  1K8K A;  1JLE A;  3AGR A;  3SBG A;  2I7N A;  4KH5 A;  2F9T A;  4I7F A;  5IT9 O;  3J2P A;  5H37 A;  4Z4H A;  4M3T A;  1RFQ A;  3LPU A;  5K14 A;  3CPW M;  4E7L A;  1WAF A;  4EAH D;  4GMJ B;  3K9J A;  3PV8 A;  1JLB A;  1SKS A;  5AZI A;  1S9G A;  4UY8 O;  1QSL A;  2UXC K;  3SUP A;  2XHB A;  4GKJ K;  1XVC E;  4JK7 A;  1HKG A;  4KAZ A;  2D0O A;  3OY9 A;  1GOC A;  3VOV A;  3KZB A;  3O4W A;  4CK1 A;  4DV6 K;  3AVG A;  2Z1J A;  3WXK A;  4DQS A;  3NMU A;  4HWI A;  2KFN A;  4BR0 A;  4DR6 K;  2P9I A;  5GAD P; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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