3L8BA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin
Total Genus 311
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
311
sequence length
903
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 311
structure length 896
sequence length 903
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3l8bA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3l8bA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l8bA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3l8bA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3l8bA03
1UWBA 4K8ZA 4Q0BA 3RMBA 1UAXA 2P1JA 3OYFA 3NH0A 4DQRA 5EU7A 4ZHRA 1WSJA 2PZSA 4DLEA 4DSLA 1WLJA 1JLCA 4B9LA 4CHPA 1WSGA 5JS2A 3E01A 4BWJA 1U47A 1NK9A 2XY7A 4DFJA 4FLWA 3S3OA 5KRSA 3K5NA 4DU4A 1RBTA 1LW2A 1VSKA 4E7IA 1SKWA 4KB0A 4CF1A 3G10A 2OPRA 3ITHA 4CGGA 4HVJA 3V81A 4NCBA 2HHTA 3DLEA 4N5SA 1VSMA 1VSEA 3KK3A 4C8NA 2D0CA 4M45A 3LP2A 2A1RA 4QCLA 3CM6A 3ZSWA 1T8EA 4DSJA 1U49A 4OLAA 1TGOA 2EHGA 3HPOA 1SKRA 1JKHA 3TWHA 1XC9A 4OPJA 3AVCA 4FJJA 4LSNA 3M8PA 3F73A 1SL0A 4KHQA 3ZSOA 2HHUA 4FLUA 1HPZA 4PA1A 3PO5A 4MFBA 2ZD1A 4O55A 1J5OA 3IAYA 4OKJA 4CFBA 3NH2A 3PX6A 2O4IA 3OVNA 3DOLA 3WNFA 3AA3A 2FBVA 3TAPA 1D9DA 4F8RA 3WNEA 4PUOA 3BDPA 1X9MA 1VSHA 2YV0X 2X78A 4H4MA 1L3VA 1BISA 3C95A 3VQ4A 3V9UA 1NK0A 3VQCA 2HNZA 1SL1A 1LWFA 3D45A 3LP3A 4CIGA 1CLQA 3OYAA 2XY5A 1B9FA 3QIOA 1KTQA 1JLQA 4Z4HA 3ZSRA 3ZSZA 5C24A 2VWJA 1D5AA 4CK1A 4HHTA 2DFFA 1B92A 4DU3A 4FJNA 3TARA 3VQDA 1NK7A 4B9UA 3KKRA 3AO3A 4AHSA 1CZBA 3AO1A 4OPKA 4DQQA 3LZJA 1BIZA 3K5LA 3H08A 1RT5A 3EYZA 1S1TA 2IDOA 1IKWA 5CYQA 2P5OA 3QEPA 4FJ8A 1ITGA 4CERA 1T03A 5CZ1A 4Y1DA 2RN2A 4E1MA 3DLHA 3NF8A 2JGUA 3IS9A 1C0MA 3LANA 4CJ5A 4E89A 3OYKA 3V9XA 4F4KA 3WNGA 4FJXA 3DI6A 4FCYA 4F2RA 4RG8A 1IG9A 2DFEA 4OGCA 1J54A 3KD5E 1B9DA 4DS5A 2G8HA 2KZZA 1HJRA 3VQEA 1JLEA 1C1AA 3BGRA 3ZT2A 3HO1A 1NK6A 1A5VA 2F96A 3LPUA 4MQ3A 4KRFA 1NJYA 4IKFA 4CEAA 1RTHA 1RTJA 2YKMA 4CJ4A 4M3XA 4CEBA 1RILA 4N41A 2G8VA 3KTQA 4JLHA 1S1UA 4QOZB 4M3ZA 1RDCA 3DLRA 3ULDA 3V4IA 2HNDA 4L8RB 3ISNC 3O3FA 3SQ0A 3T19A 4KI4A 4FK0A 2YHBA 2QKBA 4ELTA 3CG7A 3SZ2A 4C8KA 4Z4EA 1C0TA 2KTQA 4BE1A 3LDSA 3ZSYA 4Q5VA 2W42A 4FK4A 3O4NA 1YT3A 3SI6A 4KHYA 3K5OA 3VN5A 2G8UA 5J2MA 2YKNA 4KHSA 3SQ4A 4FLYA 1RCHA 4DQSA 3HVRA 4CE9A 3K57A 4B08A 4OKEA 4E19A 2VWKA 1KVBA 4M3WA 3OYHA 1REVA 2BDPA 4CEOA 2YNGA 3VQPA 1EX4A 3NF6A 4JS4A 2I5JA 3L3UA 4KHWA 4HUFA 3V9SA 4OLBA 2YNIA 4O5BA 1G15A 2X6NA 4FW2A 4E7KA 1ZBIA 1RDDA 2OYQA 4I9LA 3AA4A 1JLBA 4FXDA 4CGIA 1X9SA 4CJVA 3RR8A 1DTTA 1TV6A 4KO0A 1D9FA 5HRRA 4M42A 3TI0A 3A2FA 2X74A 3NF7A 4CF9A 4E7JA 1TKZA 3HPHA 1SV5A 1RBVA 1RT3A 4CHNA 2GUIA 3RMDA 4GMJB 3KD1E 3MXJA 4CCHA 5HRSA 3T1AA 4RW8A 1N5YA 4W5OA 2OZMA 4IBNA 4CHQA 1Q9XA 4B9TA 4H8KA 3ZCMA 1QTMA 1Y97A 1HMVA 3TAFA 4LY7A 1KFSA 1IKVA 3P1GA 5FROA 1HYSA 4CECA 1XI1A 4PWDA 4BDPA 1L5UA 4DTRA 4DF4A 1U04A 1I39A 3SUPA 1TVRA 3OYMA 4DWIA 1JLGA 4CF0A 3SV3A 4FJ7A 3HM9A 4AHUA 4KV8A 4E7HA 3PUFA 4I2PA 3L2QA 2RKIA 4FJLA 2QKKA 3SV4A 1X9WA 2D0BA 4NCGA 4DS4A 3SPYA 1JXEA 4FJ9A 4AHVA 3QEXA 3NH1A 2HHSA 3PX0A 3LPTA 1O1WA 4GW6A 4O44A 3LWLA 2RF2A 3MECA 3VQ5A 2G8FA 3AA5X 1L3TA 1VSJA 4KHNA 5HBMA 4OJRA 2IGIA 1GOBA 3NCIA 3NDKA 3I0SA 4B9SA 5KTQA 4W5NA 3THVA 1NOYA 4W5RA 4E1NA 4IG3A 1TAUA 3RTVA 5I42A 1Q8IA 4KI6A 4CJLA 3HL8A 3DYAA 4KKOA 1A5WA 1XWLA 4K8XA 3RMAA 5DMRA 4CJKA 4YNQA 3AVGA 4B9MA 4DQPA 4M3TA 3AO2A 3G0ZA 1XHXA 4FJIA 3CFRA 1TKXA 4B9VA 3RMCA 4HCCA 3V1RA 4FLVA 3OYLA 1JL2A 3TAEA 2D5RA 3VQ7A 4YFUA 4E3SA 2XY6A 2EX3A 2HHXA 2XRIA 1TL3A 4E7LA 1RT4A 4CF8A 4DSKA 3HVTA 1ZBFA 1ZBHA 4G1QA 4F2SA 3OS2A 1ASVA 1VSIA 3OYNA 4CGDA 4FJ5A 4DTOA 3RWUA 3TANA 2G8KA 4DQIA 2G8WA 3QINA 3KLEA 4HUGA 4ID5A 1W9HA 4Y1CA 1EXQA 2HHWA 5KGWA 4F3OA 1NOZA 5J2QA 4CJQA 1WAFA 1RDAA 4AILC 3OY9A 4FLXA 1CXUA 4CJSA 1NK5A 1LWEA 3KKSA 3JSMA 1HYVA 3SQ2A 1BIUA 1Q9YA 1GOCA 3F9KA 1SUQA 2B5JA 1SL2A 4KTQA 3AVIA 1Z25A 4J2DA 2Y1IA 1UA1A 1SKSA 2HVHA 1ASWA 4IFYA 1S6QA 3KK2A 2X6SA 4J2EA 4FM2A 2KQ2A 3QEVA 3M8QA 3P83D 2OPPA 3D0PA 4KFBA 2E6MA 4Z4GA 3SUOA 1TL1A 2E4LA 4B9NA 2AJQA 1TAQA 4CESA 3NGIA 4F3TA 1TKDA 1LAWA 4DU1A 3LAKA 1IKYA 4BE0A 3V6DA 3ZT3A 1RT6A 3NFAA 4CK3A 3QNOA 2ATQA 4DTNA 5C42A 3MEDA 4RW4A 3SUNA 3C94A 4BDYA 3AVMA 1HNVA 4CK2A 1JLFA 1RBSA 3TAMA 4CEDA 3C6TA 2HHVA 4DSFA 4R5PA 2F8TA 1YVUA 1ZBLA 3DOKA 1GOAA 5D3GA 1C1BA 1WNSA 1VRTA 4HTUA 3AVKA 3DMJA 4O0IA 1LWCA 3KLFA 3IG1A 2OA8A 4HCBA 4BE2A 4DSEA 4DF8A 4JS5A 1BQNA 1D8YA 1XHZA 1NKBA 1RTDA 4FJKA 3HXMA 1RT1A 1YTUA 2DY4A 2FBYA 4CFDA 4KAZA 4DTXA 2BE2A 4ICLA 2NUBA 1QSYA 4LH5A 4KPYA 2VG6A 1T05A 5J2NA 1IH7A 4CF2A 4AH9A 4Z4IA 3ZT1A 4CGFA 1KSPA 3UIQA 4TSXA 1LW0A 2F8SA 4DTPA 2IC3A 4XIUA 1NKEA 2B4JA 2LSNA 1W0HA 5CZ2A 5HP1A 1KRPA 2VG5A 3OS0A 1S1VA 2RPIA 4KHUA 3OYBA 3L2WA 1FXXA 1IO2A 4GVMA 4EP4A 3L8BA 4Z0UA 1BGXT 4N76A 4DLGA 3VQQA 2QXFA 3IRXA 3LP1A 1WSFA 3OYDA 2B6AA 3NAEA 3O3GA 4KREA 3V1OA 3KLIA 5E41A 4BDZA 3HP9A 4DTMA 3K59A 1BL3A 2HHQA 3ASMA 2DFHA 4FW1A 4ZTJA 4IG0A 4DTJA 2KW4A 3O3HA 2XHBA 3S9HA 4IDKA 5KRTA 4NCAA 3MXIA 4RW6A 3CFPA 2FBTA 3QERA 1Z26A 3AA2A 4DFKA 3DLKA 4OVLA 4BWMA 3SNNA 1T7PA 1NJZA 3V9WA 2KFZA 3M8SA 1S9GA 4CFCA 3DLBA 3RRHA 3VQ8A 4EP5A 2BANA 4B8CA 3QEWA 1EP4A 2GBZA 3ZSXA 4CJWA 1DLOA 3QESA 5C25A 1BQMA 4PQUA 4DG1A 3JYTA 5JS1A 1ASUA 3LP0A 5HRNA 2VG7A 3OJSA 3S3NA 4FZXC 2XO7A 4LD0A 3CFOA 3AVFA 3VQAA 1RT7A 3OYJA 3TAQA 3P5JA 3TAGA 1ZYQA 2Q3SA 2YNFA 4FZZA 3SCXA 1QE1A 1RTIA 3KLHA 1C0UA 1RBRA 4CFAA 4J2AA 1JXBA 1J53A 3SPZA 1KVCA 4CGHA 4NYFA 4DSIA 4ID1A 2Y1JA 3OYCA 3HP6A 3VQ9A 4DFPA 1QS4A 3MAQA 4DTSA 2HMIA 3S3MA 2FBXA 1F21A 4FM1A 1L3SA 4N47A 4QAGA 1VSFA 3LZIA 5SZTA 1U48A 4RW9A 2OZSA 1WSIA 4CGJA 4OKKA 3NGYA 1TK0A 4CEFA 4EZ9A 4M3RA 4CJEA 1U45A 4CHZA 4I2QA 2G8IA 3AO4A 4FVMA 4BACA 3PX4A 5HROA 3MEGA 1LV5A 1BI4B 3T3FA 3ZT4A 4CJ3A 4CJUA 2R7YA 3SYZA 3PY8A 4C8LA 1JL1A 3VQBA 4AHCA 1S5JA 2PYJA 5FRMA 4O4GA 1VRUA 3ZSVA 1KVAA 2O4GA 4J2BA 2WONA 3OYIA 4JRQA 1KLMA 3B6OA 3U3YA 1NK4A 1HYZA 2Z1JA 4CJTA 3U3GA 1NJXA 1TK5A 4ZTFA 1S9EA 2ETJA 1I3AA 3HK2A 2IS3A 1RDBA 1VK0A 4W5QA 5I3UA 3L2VA 1LAVA 2JLEA 4DFMA 3DRRA 3CM5A 3AVBA 3OS1A 2HW3A 3ZT0A 4M3UA 5KGXA 4E0DA 1BCOA 1FKOA 1WSEA 4KTZA 4N56A 3OYEA 1VSDA 5DK5A 3TABA 3HYFA 4CEEA 4UQGA 1BHLA 1RNHA 4FLTA 4B3OA 1HNIA 3QIPA 4KTWA 1BCMA 2P51A 3NE6A 2DTUA 3CYMA 4C8OA 3NGZA 3EY1A 5SWMA 2A1SA 3ALYA 3TR8A 1QSSA 1X1PA 3KIOA 3K58A 4FM0A 3QEIA 3VA0A 3RRGA 4CHYA 1WN7A 2IAJA 4LSLA 4B8AB 1C1CA 2OPQA 3LAMA 1N6QA 3AVJA 1UOCA 4FYDA 4M3YA 1A5XA 2QK9A 4FJHA 1BI4A 1FKPA 1RBUA 4DMNA 4JRPA 3SJJA 1KCFA 1EETA 1MU2A 2Z1IA 2ZE2A 2HNYA 4CEQA 3KK1A 3L2RA 3DM2A 1HQUA 2D0AA 2FC0A 4CJRA 3OYGA 1QSLA 4FJGA 2BGGA 3I0RA 4O0JA 2Z1HA 5KI6A 4M41A 3MEEA 2P5GA 3QO9A 1S6PA 1WAJA 4KB1A 3V1QA 2WOMA 1RT2A 4ELVA 3NBPA 3AVAA 1TK8A 3NF9A 5K14A 3LWMA 3DLGA 4C8MA 1UA0A 3AVHA 2IOCA 4FLZA 5FDLA 4W5TA 3U6FA 3QLHA 2E6LA 1FK9A 3V9ZA 3LALA 3RR7A 1KLNA 2KFNA 4H4OA 1R0AA 3SUQA 4DTUA 3HT3A 3EZ5A 3AO5A 3DRSA 5HLFA 1NJWA 1HRHA 2PY5A 4EZ6A 2HVIA 2ITGA 3O4QA 1IKXA 3QETA 4LH4A 4ELUA 4AHTA 1NK8A 3MXMA 3I8DA 3ZSQA 3KJVA 3NHGA 3DRPA 1EKEA 3L2UA 3OJUA 1J9AA 4CJPA 1K6YA 5CY4A 5CYMA 4I9QA 1QQCA 1HQEA 1NKCA 2Z1GA 5HRPA 1S1XA 3HJFA 3PO4A 1DTQA 4Z4FA 2HB5A 4FZYA 1ZBUA 4OGEA 2ZQBA 4WE1A 5T7BA 3PV8A 1QHTA 4CIEA 4IFVA 3WNHA 3B6PA 3HPGA 1CZ9A 1VSLA 1CXQA 2YHAA 1TKTA 1YTAA 4CJFA 4CHOA 4RW7A 4HUEA 2PYLA 1C6VA 2OPSA 2XY8A 3HSTB 3AV9A 3KLGA 5FRNA 2YNHA 3C6UA 5J1EA 4NYNA 3VA3A 4AHRA 3M8RA 4PY5A 1U4BA 4I7FA 3SQ1A 1WSHA 1KFDA 4FJMA 3FFIA 3AVLA 3AVNA 1JLAA 3QNNA 2GV9A 5J2PA 4CEZA 4Z4CA 1S1WA 3L3VA 3VQ6A 3K2PA 3K5MA 1L3UA 2KZMA 3CQ8A 4CIFA 4FK2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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