3L8BA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin
Total Genus 311
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
311
sequence length
903
structure length
896
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 311
structure length 896
sequence length 903
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3l8bA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3l8bA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l8bA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3l8bA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3l8bA03
3OYFA 3LP2A 2XY7A 1T05A 4FZZA 2Z1JA 1U45A 1U4BA 2PYLA 1C0UA 5FDLA 3PY8A 1D9DA 4PY5A 1NOYA 2FBXA 1W9HA 4CJEA 4CF9A 4FLXA 4W5QA 5DMRA 4DU3A 1XI1A 2HMIA 4ID1A 4B9MA 3LAMA 4FJHA 4CHOA 2XRIA 2ZQBA 4KO0A 3AO4A 4CJVA 4IFYA 4Z4FA 5HLFA 1DTTA 4KTZA 4J2AA 1X1PA 4FJMA 2O4GA 4MQ3A 3RRHA 1JKHA 3SQ2A 2F96A 3HPGA 3VQ4A 3OJUA 4DS4A 3PX6A 3V9SA 2KZMA 4M3UA 3HPHA 1IKVA 3OYNA 3O4NA 3RTVA 2KW4A 1X9WA 4FJ8A 4FZXC 3C6UA 3VQ6A 3NH2A 5HRRA 2D5RA 1W0HA 1RT6A 4RW8A 4F4KA 1WAFA 5KGWA 3SQ4A 4E7JA 3V9WA 4OJRA 4OVLA 1T8EA 3SV3A 1C0MA 3L3UA 5J2MA 2KFZA 3OYLA 1BCOA 4H4OA 1LAWA 2FBYA 4CHPA 3OJSA 4OLBA 1DLOA 3AVNA 4DSFA 4H4MA 3AA3A 3MEEA 3JSMA 2IOCA 4YNQA 4RW9A 4JS4A 1YTUA 4O44A 4FW2A 3OYGA 4W5RA 3HJFA 1NOZA 4BE0A 2RF2A 3VA3A 2XY6A 4CGDA 4B08A 4DU1A 2I5JA 1RBUA 1IKWA 1X9MA 3DLEA 1QQCA 2YNHA 3OS1A 3AA2A 3NBPA 2HW3A 2XHBA 4KI4A 3NGIA 1SV5A 3HP9A 1NJYA 4AH9A 2VG7A 3OYIA 1KRPA 4KAZA 4FW1A 4N47A 2A1RA 1XC9A 4PUOA 1F21A 3NE6A 3NFAA 4FLWA 4C8OA 4HCCA 1QSYA 3PUFA 4KI6A 1VSDA 2HNDA 1RTIA 4CF8A 2G8FA 3KLIA 3VQBA 5SZTA 2G8KA 4ELUA 1RNHA 1S6QA 4CHQA 4Y1CA 1JXBA 3OYCA 3QESA 3SUOA 4CJTA 3TAGA 4CEQA 4E7HA 3K5NA 3LDSA 2DFFA 4M3ZA 1BL3A 4DF8A 1B92A 3G0ZA 3KIOA 4DTSA 1A5VA 4B9UA 1KVBA 2O4IA 4M41A 2RPIA 2DTUA 2ATQA 3LP1A 4K8XA 3V6DA 4FJIA 2P1JA 3HPOA 3ZT4A 4F8RA 2IGIA 3P83D 3L2WA 4FJGA 3SNNA 1ASUA 1EX4A 1S1WA 1RT4A 4DSJA 2QK9A 3NGZA 4B9TA 3AVMA 1FK9A 2HHSA 2HNYA 3KJVA 1TV6A 5HP1A 4ZTJA 3ALYA 1NKBA 3S9HA 1WLJA 2ZE2A 4DSEA 4JRPA 3ITHA 1RTJA 2AJQA 3I0RA 3DI6A 3OYJA 3QEWA 2EHGA 3MXMA 3KLGA 1IG9A 1A5WA 1A5XA 4C8KA 4I2PA 3IRXA 1REVA 3M8QA 4G1QA 4M45A 2Z1HA 3AVLA 3QINA 3VQDA 2E4LA 5HRNA 3EZ5A 4B8CA 3QEIA 3SUQA 2OPSA 2HHQA 3SPZA 1ASWA 1I39A 3AV9A 1HPZA 3KD1E 3HVRA 4BE2A 2OA8A 3E01A 3VQ9A 4N5SA 1WSHA 5DK5A 1JLCA 5KGXA 3I8DA 1DTQA 1NK0A 1S1TA 3KLHA 3PV8A 1N6QA 1S5JA 4FM1A 1HYVA 3MEGA 4CF1A 2XY5A 1NK4A 4BDYA 3MEDA 1TK0A 4IKFA 4O4GA 1S1UA 3T1AA 4CJQA 3V81A 1IKYA 1TVRA 2YNFA 3LP0A 3QLHA 4DSIA 3SI6A 1LW0A 3LP3A 4KKOA 4CESA 3HM9A 3KLFA 4O55A 1U04A 3C6TA 4CHZA 4CF0A 3V1RA 4KPYA 2XO7A 3NHGA 1KVAA 1VSJA 2QKKA 1TAUA 3AA5X 3QNOA 3AO5A 1ASVA 4EP4A 5HRPA 3MAQA 1NK7A 2GUIA 1KCFA 3C95A 2HNZA 1HNIA 3KK2A 4EZ6A 2VWKA 1C1BA 4DFJA 1VSFA 1TKDA 3RRGA 4FLZA 4Z4EA 1U48A 3DLBA 1T7PA 3M8PA 4BE1A 3ZT1A 4FM0A 2B4JA 3ZT2A 3KKRA 5J2PA 4CERA 4FM2A 1RT7A 2W42A 4Z4GA 2HB5A 2VG5A 3RMBA 4CEFA 4AILC 3THVA 1CZ9A 1GOCA 2QXFA 4NCGA 4DMNA 1WAJA 4M3XA 1JLQA 1JLAA 3KK1A 3ZSZA 2PZSA 3DRSA 4CECA 3AVFA 3OYHA 1G15A 4FLYA 3LPTA 4C8MA 1QTMA 4OKKA 1TKXA 3SUNA 3L2QA 1CXUA 5EU7A 3T19A 1C6VA 2D0BA 2ITGA 5KTQA 3V4IA 5I42A 1U49A 4FXDA 4TSXA 1TKTA 3S3NA 3CFOA 5D3GA 3MECA 1TKZA 3VQ8A 2OPQA 4CJRA 1R0AA 4E7IA 1FKPA 3O3GA 1YT3A 3WNFA 4O5BA 1KTQA 3S3MA 4E1NA 2IAJA 4KV8A 3ZSVA 1D5AA 4CEAA 4CHYA 4GMJB 4LY7A 3TR8A 1WN7A 4ZTFA 3KKSA 2X74A 4HUFA 4CIEA 1RDBA 3T3FA 2HVHA 4CGFA 3RMDA 3G10A 4LH4A 4IDKA 2G8WA 1SKSA 3L8BA 3CG7A 5KRSA 1CXQA 1KVCA 3RWUA 3DYAA 4BWMA 3V9XA 4M3WA 4DQRA 4RW6A 4KHUA 2HHWA 3ZCMA 3LAKA 2IDOA 4DLEA 1NKCA 1KFSA 3NF8A 4NCBA 1VSIA 3PX4A 4L8RB 4RG8A 1JL2A 4DTJA 1UWBA 1J54A 3TARA 2DFHA 2KTQA 2GV9A 1EETA 1XWLA 3ZT0A 1VSEA 4BDPA 2YKNA 1S9EA 2E6LA 3L2RA 3LALA 3SZ2A 3MXJA 3WNEA 1B9DA 1HNVA 2PYJA 4DQIA 4LD0A 2YHAA 4OGEA 4CGIA 4EP5A 3OS0A 3OYKA 1RTDA 3WNHA 4LH5A 4E19A 3F73A 1QSLA 2BE2A 1BHLA 4M42A 1MU2A 1UOCA 2FC0A 4JS5A 4Z4CA 3L2UA 2HHVA 2XY8A 4Z4IA 5CY4A 5CYQA 4DTOA 2B5JA 3TI0A 1KFDA 2X78A 1ZBLA 1VRTA 1Z25A 4QOZB 1U47A 3ZSQA 1JLFA 3KK3A 1JXEA 1ZBUA 4JLHA 4Q0BA 4KHYA 3V1QA 2PY5A 4HVJA 3CFRA 1NK6A 4ELVA 4OPKA 2BANA 4GVMA 5T7BA 1JLGA 3OYAA 4PQUA 1RT1A 1LW2A 4HHTA 3TAMA 3AVIA 1TL1A 3BGRA 4IG0A 4DQQA 4LSNA 3OYMA 1UAXA 3LANA 4F3OA 4F3TA 4DTUA 4B9VA 2ETJA 1QS4A 4W5NA 2RKIA 2QKBA 1SKRA 4CFCA 5C24A 3DLRA 2LSNA 3CM5A 1NJWA 1J9AA 1L3SA 2HVIA 3LZIA 3P5JA 3AVBA 2D0AA 5CZ2A 5FRMA 4PWDA 3QNNA 4CEBA 1HQEA 1B9FA 4AHRA 2F8TA 5KRTA 3ZSWA 4C8NA 4CE9A 1C1CA 3AO1A 1L3TA 1N5YA 4I2QA 3VQCA 4Q5VA 3H08A 2P5OA 1BIZA 4FK0A 4FJ5A 4BWJA 3O3FA 2HHUA 1RDAA 3HYFA 1ZBFA 1ZBIA 3LWMA 1T03A 2G8UA 2DY4A 4HUEA 3BDPA 4N41A 1TK5A 1WSGA 2FBVA 4N76A 5C42A 3F9KA 1TL3A 1C1AA 3ULDA 1GOBA 4KHQA 1RBVA 4CK1A 3RR8A 3VQAA 3EY1A 4RW4A 3QETA 4CGJA 5JS1A 5FROA 1D8YA 1RT5A 2HHXA 3C94A 3HT3A 1KSPA 3AVJA 4DFKA 1NKEA 2DFEA 2YNIA 2ZD1A 2IS3A 1O1WA 1I3AA 1VSMA 4ID5A 4KTWA 4HCBA 2GBZA 5HROA 1RBSA 5CZ1A 4CFAA 1TAQA 3O4QA 4AHVA 4E3SA 3IG1A 4CK3A 1SL2A 1D9FA 4KHSA 2OYQA 3SPYA 4I7FA 4OKEA 4CJKA 4JRQA 4ICLA 3VQ5A 1WSEA 2P5GA 5C25A 3M8SA 3L2VA 3KLEA 3NF9A 4DTNA 1KLNA 4B9LA 3SYZA 3SJJA 3KTQA 1CLQA 3L3VA 3UIQA 1KLMA 3V9ZA 3OS2A 3DLKA 4DTRA 4FK4A 2BGGA 1BQMA 5J2NA 1LWFA 3B6PA 1IO2A 1WNSA 1BIUA 4B9NA 4I9LA 2A1SA 2YNGA 4AHSA 4BDZA 4IG3A 3IS9A 4K8ZA 3D45A 4ELTA 4KHNA 3M8RA 1TGOA 1JLEA 2Y1IA 3ZSOA 3FFIA 4YFUA 5J2QA 4FJLA 2YHBA 2OZSA 3NF7A 3AVAA 4CFBA 5I3UA 5KI6A 4OPJA 3OVNA 1XHXA 2WOMA 2Z1GA 5E41A 3SQ0A 4DS5A 4DSKA 1X9SA 2X6NA 5FRNA 3ZSYA 2Q3SA 3PX0A 4FVMA 1ZBHA 1HQUA 3QIOA 4CEZA 4Z4HA 2WONA 3ASMA 5SWMA 3DMJA 4E1MA 3LZJA 3V1OA 4DTXA 1VSLA 3U3GA 4MFBA 2Y1JA 3AVHA 3CQ8A 4OGCA 4CEDA 1L5UA 3PO5A 4IBNA 4FYDA 3NCIA 4FJJA 3AVKA 3TAPA 4CCHA 4WE1A 4CJSA 3HVTA 4IFVA 4E89A 1RBTA 3WNGA 4KRFA 4AHCA 4CJ3A 2KZZA 1BGXT 3QEVA 4KB1A 3SQ1A 4GW6A 2OPPA 2G8HA 1QE1A 3TAFA 5K14A 3DLHA 1C0TA 1VK0A 1QHTA 3HSTB 4FZYA 1RCHA 3NH0A 4FLVA 4FJNA 3IAYA 1NK9A 3ZT3A 1Y97A 4CGGA 2NUBA 4C8LA 5HBMA 3SUPA 1BQNA 3DRPA 1SKWA 1K6YA 1WSJA 4I9QA 2YKMA 2G8VA 1RBRA 1J5OA 4FJKA 4DLGA 3PO4A 2YV0X 3TAQA 1Q9YA 3DOLA 1XHZA 3RMAA 4DTMA 1UA0A 1Q9XA 4R5PA 3U3YA 4FJ7A 4CF2A 4J2EA 3DLGA 4DG1A 4CGHA 3QO9A 4OKJA 4CJUA 4CIFA 1BISA 3VQ7A 3TABA 3K57A 4F2RA 1WSIA 2F8SA 4DSLA 2E6MA 4W5OA 3K58A 3SV4A 2JGUA 1SUQA 4B9SA 4J2DA 1VRUA 3K5MA 3A2FA 3QEPA 1JL1A 4O0JA 3D0PA 1ZYQA 4DWIA 4CJPA 3NH1A 2B6AA 4DTPA 2X6SA 3K5OA 4B8AB 1NK5A 3NGYA 2D0CA 3CFPA 1RDCA 4CFDA 3TAEA 3U6FA 3I0SA 3CYMA 4CJ5A 1UA1A 1NJZA 4DF4A 4W5TA 3ZSXA 1RT2A 4E7KA 1RTHA 4NCAA 3HL8A 1RDDA 1LV5A 3OYDA 3AO2A 2BDPA 1S6PA 3AVCA 4CIGA 3VQEA 3V9UA 3TANA 3NF6A 4UQGA 1HYSA 1HMVA 3SCXA 4AHUA 1L3VA 1RT3A 3AVGA 4DQPA 3JYTA 3KD5E 2KFNA 1SL0A 4H8KA 4F2SA 4FLTA 4CEEA 5JS2A 3S3OA 1JLBA 1S9GA 3AA4A 3K59A 3K2PA 1FKOA 3QIPA 4DU4A 1S1XA 3NAEA 4DFPA 3RR7A 4AHTA 2VWJA 3QERA 1HRHA 1GOAA 2RN2A 3VA0A 3MXIA 1RILA 4DFMA 3VQPA 2HHTA 4FCYA 3OYBA 2R7YA 1EP4A 1FXXA 4CJLA 1LWCA 4LSLA 2EX3A 3QEXA 4FJXA 4N56A 4O0IA 1WSFA 3HP6A 4XIUA 4E0DA 3ISNC 4HTUA 2G8IA 3VN5A 1ITGA 2P51A 4KB0A 2JLEA 3K5LA 4ZHRA 2KQ2A 4B3OA 4E7LA 3LPUA 3VQQA 4PA1A 4M3YA 1VSKA 4BACA 5CYMA 3DM2A 1HYZA 4FK2A 4J2BA 2OZMA 5HRSA 4KTQA 1J53A 1EXQA 4QCLA 3ZSRA 3NDKA 3RMCA 3TWHA 4HUGA 1LAVA 1BI4B 4FLUA 1S1VA 4M3TA 1YTAA 4KHWA 3DOKA 4KFBA 4EZ9A 4KREA 3O3HA 4DQSA 1QSSA 3EYZA 4CJFA 4OLAA 4QAGA 1YVUA 4RW7A 4M3RA 4CEOA 2Z1IA 1VSHA 3LWLA 3CM6A 2VG6A 4NYFA 1NJXA 3HK2A 1IKXA 1NK8A 1CZBA 1Q8IA 2IC3A 3HO1A 3P1GA 5J1EA 1LWEA 1BI4A 1L3UA 1SL1A 3DRRA 2OPRA 4CHNA 4FJ9A 1EKEA 1HJRA 3AO3A 4NYNA 1IH7A 4CK2A 1TK8A 4Y1DA 3B6OA 3OY9A 1Z26A 3HXMA 4CJ4A 4Z0UA 4CJWA 1BCMA 3OYEA 2FBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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