3L8BA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin
Total Genus 311
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
311
sequence length
903
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 311
structure length 896
sequence length 903
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3l8bA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3l8bA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l8bA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3l8bA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3l8bA03
1HYSA 4FZZA 3LP3A 4PY5A 3ZT2A 4KAZA 3NBPA 4F8RA 3AA5X 3LDSA 4ELTA 3K5MA 1NOYA 3SI6A 1BGXT 3HPOA 1IG9A 1WSHA 3V9XA 1TL3A 3ZT3A 3D45A 3NE6A 1ASVA 3CG7A 4GMJB 1T03A 3CM5A 4ZTJA 4M3ZA 3HPGA 1GOAA 4LSLA 4CHNA 1VSLA 4DSJA 4Y1CA 3VQBA 3SPZA 2OYQA 3L2VA 1UA0A 1TAUA 5SWMA 3K5LA 1JXEA 4KHWA 4EZ9A 3TI0A 2HHTA 4DTUA 1JLCA 4MFBA 1R0AA 3K5NA 1C6VA 3K58A 4KRFA 3L8BA 3SQ0A 1GOCA 4LY7A 5KGXA 1TK8A 4B08A 1QS4A 2GUIA 3KD5E 3TABA 5FDLA 3O4QA 1WNSA 1S9EA 3VQ8A 1L3TA 1KSPA 5DK5A 4FM2A 3HT3A 5HROA 1QE1A 5T7BA 4FVMA 1VSKA 4MQ3A 3PX4A 4E0DA 4R5PA 3O3GA 1VK0A 4ZHRA 5HRPA 3VQ5A 4HTUA 3LWMA 1TKXA 4CF1A 4PUOA 5DMRA 1SKWA 2PZSA 4FCYA 1LAWA 3B6OA 4CE9A 1BI4B 2Z1JA 4F2SA 4HUGA 4FLYA 3SJJA 4DLGA 1S1UA 1JL2A 3WNEA 4CJUA 4CFBA 4G1QA 3OYJA 1NK7A 4B9LA 3QIOA 1IH7A 1QSLA 4FLTA 3DM2A 5C24A 3H08A 1KCFA 3OVNA 1YTAA 3A2FA 2D0BA 4E7LA 3LP0A 3KLFA 5KRSA 4AHCA 4KHNA 5CY4A 3ASMA 4H4OA 2WOMA 3CFOA 1KVBA 3TARA 4CESA 4PWDA 4C8OA 4M45A 3OYIA 3HP9A 4CK1A 4ZTFA 4JLHA 2Y1JA 3TAPA 4H4MA 1LAVA 4LH4A 3QEIA 5JS2A 2HVHA 3U6FA 1IO2A 4JRQA 4FLXA 1KFSA 2O4GA 4KHUA 1FKPA 2HNDA 3AVAA 3QIPA 4DFMA 1RT6A 3AA3A 1RT4A 4KI4A 1D8YA 1RDBA 2P1JA 1J53A 3T19A 4CGFA 4DQRA 2G8KA 1NK6A 2AJQA 2RN2A 1X9MA 3KIOA 1D5AA 1S5JA 1I39A 1C1BA 1NK4A 4FLZA 1SL2A 3MEDA 2HHQA 5KRTA 1RTJA 4E1MA 3ISNC 4LSNA 4ID1A 4I2PA 4CJPA 3OS0A 1NKEA 4FZXC 1UWBA 3C6UA 3NF9A 1DTQA 4FK0A 2KQ2A 2IOCA 4CJRA 4M41A 3QETA 4M3XA 3ZT0A 4CERA 1JLGA 4DSLA 2G8HA 4OKEA 4OPJA 2G8UA 2HB5A 4B9UA 2OZSA 1REVA 1GOBA 3L2QA 4BDZA 3TAGA 3HVRA 1RBSA 5C25A 4CF0A 3DOLA 3QLHA 1RTDA 1Q8IA 2QKBA 3VQPA 4CGDA 1RT5A 2JGUA 4K8ZA 4RW9A 4CEOA 2G8VA 3KLEA 1C1CA 3U3YA 1N6QA 4DQPA 1YVUA 3QINA 4J2DA 4C8MA 4EZ6A 5K14A 2VG6A 2OA8A 3FFIA 3AVJA 3MEGA 3NHGA 4DU3A 4CJVA 4CIEA 3OYDA 4NCBA 3VQDA 3L2WA 4LD0A 2D5RA 1RTHA 4E7HA 3HJFA 4B9SA 1ZBIA 3ZSQA 1TKDA 4J2EA 2VWKA 4FJKA 1KTQA 1FK9A 2ZE2A 2W42A 3QESA 3OYFA 3NFAA 4W5QA 3AVMA 4Z4GA 3HL8A 3S3OA 4F2RA 4Q5VA 4HHTA 3ALYA 2XY6A 3SV4A 1MU2A 4LH5A 2Z1GA 3F9KA 4ELUA 3SUQA 2YNFA 3BGRA 4AHUA 2HHWA 3AVNA 1LW2A 4FZYA 3VQ6A 4E89A 2HHSA 2KTQA 1BHLA 2FBXA 4YFUA 1L3SA 4FJ7A 4CJKA 3EYZA 1BI4A 1S1XA 4CECA 1NKBA 3I0RA 3OYEA 4NCAA 1U45A 4KFBA 1KLNA 1D9DA 2PYJA 2QK9A 3T1AA 1WSIA 2YHBA 2F8TA 4M3RA 4BWJA 1NJWA 2ZQBA 4JS5A 4ICLA 1HJRA 2D0CA 3RR7A 1W0HA 4CGHA 4F3OA 3O4NA 4FLWA 3VQQA 2EX3A 2OPPA 1BQNA 4BDPA 4E7JA 3KLHA 4DS4A 4CEFA 3OYAA 1Z25A 4CHOA 3KJVA 1L3UA 3VQAA 3D0PA 1RCHA 4DFJA 2IGIA 4M3YA 4KHQA 1QSYA 3O3HA 3LP2A 4RG8A 1SKSA 1VSEA 3V4IA 3MEEA 4FJ8A 1B92A 2KW4A 2RPIA 4Z0UA 3V81A 2Y1IA 1WSEA 3KTQA 3NF6A 4AHRA 4DF4A 3MECA 4ID5A 1T05A 1BCMA 4DTMA 4DF8A 1LWFA 3SQ2A 3C94A 3M8QA 3OJSA 4CEAA 3LPTA 3SZ2A 4O4GA 3DOKA 2YKMA 1EP4A 4FLUA 3LP1A 4M3WA 3DLKA 4CK2A 5CYMA 3JYTA 4DU4A 3AA2A 4DTNA 3NGIA 4E7KA 1U48A 4N41A 4AHTA 4O0JA 3WNFA 4CF8A 1J9AA 4DFKA 1UOCA 4RW8A 3NH1A 3NCIA 2XO7A 1IKVA 3VA3A 4BACA 3VQ9A 3PX0A 1EXQA 1TVRA 4YNQA 4IBNA 4HVJA 3RMDA 3HM9A 2ETJA 3HPHA 3TAMA 4CJTA 1SKRA 1RT3A 2G8FA 3AVBA 3O3FA 1B9FA 3OYKA 3EZ5A 1YTUA 4DWIA 3KD1E 1ASWA 1VRTA 3KK3A 4HUFA 4FK4A 3UIQA 1WSGA 4DTSA 1VSHA 3ZSVA 4DTXA 1NK9A 4CF9A 4OLAA 1D9FA 4Z4EA 2XY8A 3PUFA 1C0UA 2FBYA 4IDKA 1KRPA 4B9MA 1VSMA 4M42A 3VQEA 1NJZA 4KTQA 4DLEA 1HYVA 2YV0X 3DMJA 2FBVA 1VSDA 3LAKA 4KREA 1EKEA 1HNVA 4C8KA 2YNGA 3NF7A 4C8LA 3QERA 1Q9YA 3HSTB 5KTQA 4OPKA 2RKIA 4N47A 5SZTA 4BE1A 4CEZA 4KB0A 4FJXA 3IAYA 2DFHA 1VSJA 3KKSA 2PY5A 1TL1A 4GVMA 4C8NA 3KLGA 1SL1A 3TAFA 1VSIA 3OYCA 3AVHA 3P1GA 4CIFA 1NJYA 3ZSZA 1NJXA 3ZSYA 1JLAA 3AVGA 1EX4A 4FJ9A 1LWEA 4DU1A 1CXQA 1TKZA 4CHPA 4Z4CA 3NH0A 5EU7A 1C0TA 4CFDA 4EP4A 3OY9A 3HXMA 3DLBA 4FJMA 4E1NA 3VQ7A 4AILC 3LAMA 1CXUA 4NYFA 4HCBA 3G10A 3IRXA 1X9SA 3PY8A 4E3SA 1CLQA 1FXXA 2XY7A 1KFDA 2KFZA 3P83D 1A5WA 3HP6A 3QEPA 4OGEA 1BQMA 4OJRA 3ZSOA 4FJGA 3AV9A 2X6SA 3AVCA 3MXJA 1O1WA 4FYDA 4GW6A 3WNGA 3LZJA 2P51A 3LANA 3RRGA 2IS3A 4W5NA 5J2QA 3L2UA 1NK0A 3K57A 4CGGA 1BL3A 3V9UA 4CEDA 4DTOA 4CJQA 1TKTA 2OPSA 1WAJA 2ITGA 3AO4A 1S1TA 4HUEA 3T3FA 1FKOA 1WLJA 2EHGA 3B6PA 5J2NA 2BGGA 2IAJA 4CEBA 1DLOA 4CJEA 1C0MA 1TAQA 4W5RA 3MAQA 2Z1HA 3C6TA 2XY5A 3V1QA 3V1RA 4OKKA 4KV8A 4CFCA 4UQGA 4FJ5A 4FM1A 3AO5A 4CJFA 3RTVA 3SUNA 3SPYA 1JKHA 1IKWA 2P5GA 1RT2A 1RT1A 2GBZA 3KKRA 2FBTA 1YT3A 2B4JA 3OJUA 5J2MA 1A5XA 4O55A 3S3NA 1TK5A 4KI6A 3L2RA 3F73A 4J2AA 2YNIA 2O4IA 3AVIA 2HNZA 2QXFA 3VN5A 1WSJA 2IDOA 4XIUA 3MXIA 4B8AB 1BIZA 3OYNA 1T7PA 1RBRA 2P5OA 2X78A 4NYNA 4ELVA 1XHZA 3NAEA 1W9HA 2RF2A 2E6MA 5E41A 1DTTA 2G8IA 4F3TA 2HW3A 3KLIA 1CZ9A 4N5SA 3DLHA 2HHXA 4FK2A 2I5JA 1Y97A 3M8PA 4CF2A 1C1AA 1A5VA 2B6AA 4OGCA 3JSMA 4FJJA 3NDKA 1RBVA 2OPQA 5HLFA 4DTRA 1RTIA 5I42A 4DQIA 4Q0BA 4CEQA 1HYZA 1RDCA 4O0IA 2HHVA 5J1EA 1EETA 1F21A 1HPZA 2HNYA 4CK3A 3DLEA 3VA0A 5C42A 3QEXA 4O44A 3SQ1A 3ZCMA 1BCOA 4E7IA 1QTMA 4CEEA 3CFRA 4IG3A 2X6NA 1ZYQA 4CIGA 1JLEA 1U47A 1WSFA 4I9LA 5J2PA 4KPYA 3ZSWA 2HVIA 3ZSRA 2PYLA 4FXDA 2DY4A 1TV6A 3WNHA 4DSFA 4DSEA 3HO1A 1HMVA 2YHAA 1TK0A 3TAQA 4FW1A 1IKYA 3U3GA 3S9HA 1S6QA 3TR8A 5CZ2A 5KI6A 1L3VA 2B5JA 4I7FA 3C95A 2YNHA 4AHVA 4JS4A 4DMNA 3AA4A 3TAEA 1BISA 3AO1A 4PQUA 1RDDA 4QOZB 4CHZA 4DFPA 1KLMA 2BANA 3M8SA 4F4KA 2VWJA 3OYGA 1NK5A 1SUQA 3ZT4A 4DTJA 4CJ3A 4CGIA 1JLBA 3I8DA 4BDYA 3SCXA 1QQCA 3SYZA 2KZMA 4CGJA 4K8XA 3NH2A 1L5UA 3OYBA 1S9GA 4KHSA 3SQ4A 4JRPA 3ULDA 1NKCA 4KB1A 1RT7A 1SV5A 1Q9XA 3IG1A 3S3MA 2DTUA 4Z4HA 3NGYA 4EP5A 1U04A 2Q3SA 4H8KA 2JLEA 4BWMA 3VQ4A 5I3UA 4CJ4A 1QHTA 1RNHA 4FJHA 5JS1A 4AH9A 1IKXA 1XWLA 4BE0A 3TANA 2A1RA 2G8WA 3DI6A 4B9VA 1RBUA 1RILA 4QAGA 3V6DA 3AO3A 3OS1A 4PA1A 2WONA 1J5OA 1ITGA 2D0AA 3AVLA 3G0ZA 4B9NA 3KK1A 3PV8A 3V1OA 2R7YA 2ZD1A 1Z26A 3IS9A 1XI1A 1HQEA 3EY1A 3DRRA 4DS5A 4E19A 1JXBA 4QCLA 4KTZA 1T8EA 3QNNA 1S6PA 3DLGA 4BE2A 4Z4FA 2XHBA 1U49A 1K6YA 3V9WA 4I2QA 4CHQA 5FROA 1U4BA 3PO4A 3ZT1A 5HRNA 3KK2A 4IFYA 3L3VA 1NOZA 2FC0A 2Z1IA 4W5TA 3HK2A 3OYHA 4IFVA 3DLRA 1HQUA 5HRRA 1JL1A 1RBTA 4B9TA 3K5OA 3AVFA 3OYLA 3HYFA 5HRSA 1ZBUA 3CM6A 1S1WA 4DQQA 1UAXA 1N5YA 3QEWA 4DG1A 2E4LA 4TSXA 1XC9A 1BIUA 3DYAA 3V9ZA 1NK8A 1TGOA 3CFPA 4M3TA 3K2PA 1UA1A 1RDAA 1SL0A 3RMCA 4M3UA 3LPUA 4CJSA 1G15A 2OZMA 2OPRA 2YKNA 3NGZA 4RW7A 1HNIA 4OKJA 2NUBA 3K59A 4KHYA 4J2BA 3DRSA 3AVKA 3QNOA 3PX6A 4CFAA 4I9QA 2BE2A 2GV9A 3SUOA 1KVCA 3RR8A 3QO9A 4IG0A 4KTWA 3PO5A 4Z4IA 4N56A 4CJLA 2LSNA 1WAFA 4CCHA 3LALA 3V9SA 3DRPA 1J54A 3RMAA 2ATQA 3L3UA 3HVTA 3SNNA 4FJLA 4KO0A 4DSIA 4OLBA 5FRNA 4RW4A 1ZBFA 4CJWA 2VG7A 1B9DA 1VSFA 3SUPA 1I3AA 1JLQA 1S1VA 1JLFA 4DTPA 2DFFA 2E6LA 3M8RA 3AO2A 1ZBHA 3VQCA 3LZIA 3THVA 4OVLA 3CQ8A 3OS2A 3OYMA 4DQSA 3NF8A 1HRHA 4O5BA 4DSKA 3I0SA 3RRHA 2KFNA 4FM0A 4CHYA 4RW6A 3CYMA 1ASUA 2IC3A 1VRUA 1KVAA 3ZSXA 4L8RB 1LWCA 1QSSA 5CYQA 1ZBLA 4IKFA 3BDPA 5D3GA 5HP1A 5KGWA 3RWUA 4WE1A 3TWHA 2HHUA 5FRMA 4HCCA 3E01A 1LV5A 1X9WA 2A1SA 3P5JA 1CZBA 2BDPA 1WN7A 2DFEA 3ITHA 4FW2A 5CZ1A 3MXMA 4FLVA 4CJ5A 1X1PA 3QEVA 4NCGA 4W5OA 2QKKA 3RMBA 4N76A 2HMIA 4Y1DA 4AHSA 4B3OA 2XRIA 4FJNA 2F96A 3LWLA 2F8SA 3SV3A 4B8CA 1LW0A 1XHXA 4FJIA 2VG5A 5HBMA 2KZZA 2X74A 4KKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BP8 A;  3LP3 A;  3CQX A;  1FZI E;  4E4B A;  3NBP A;  3AA5 X;  1WSH A;  4J8F A;  3O1W A;  1NG9 A;  5LMN K;  3CM5 A;  4ZTJ A;  1GOA A;  3ZX3 A;  4I6M B;  4B3S K;  4Y1C A;  5C15 A;  3CJA A;  4BRE A;  3CJ7 A;  1UA0 A;  1TAU A;  4PKH A;  2UXC K;  5SWM A;  3K5L A;  3TI0 A;  3FLC O;  4MFB A;  1R0A A;  1C6V A;  4B3T K;  4XH4 A;  4YDU C;  3CF5 L;  1HNZ K;  3KD5 E;  3TAB A;  3MWP A;  1X3M A;  3O4Q A;  1WNS A;  4FPB A;  3VQ8 A;  3D7E O;  3E1Y A;  4MQ3 A;  4R5P A;  3O3G A;  5HRP A;  5JMV A;  3LWM A;  4DR2 K;  1VQ9 N;  1XMO K;  1FZ8 E;  4IEE A;  4FCY A;  3B6O A;  4H0O A;  4XH1 A;  3SJJ A;  4CJU A;  3PIO L;  5EXW A;  2ITM A;  5C24 A;  3A2F A;  4AHC A;  5CY4 A;  1KVB A;  4M45 A;  3H1V X;  2HBK A;  3L0M A;  5M1F A;  1LAV A;  1BDG A;  3MN6 A;  5AZI B;  4BRC A;  1OVQ A;  1TUU A;  3DJC A;  1D8Y A;  2AJQ A;  1RDB A;  2G8K A;  3T19 A;  3OTO K;  3MWT A;  4MO5 A;  1NK6 A;  2RN2 A;  1S5J A;  2P9K B;  4YY3 K;  1NU0 A;  4H5R A;  1RTJ A;  1Q82 O;  4JI5 K;  4LSN A;  1QQN A;  1NKE A;  5F0X A;  1YIJ N;  2VJ4 A;  3NF9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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