3SUOA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dttp opposite 2ap (gc rich sequence)
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 321
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3suoA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3suoA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3suoA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3suoA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3suoA03
2PYLA 3TAEA 4DLEA 1TKZA 5E41A 2RKIA 2NUBA 1U49A 1RTDA 2HHWA 4RW9A 2G8IA 1QHTA 5HBMA 4Z4GA 4KO0A 3VQ4A 1ZBHA 4DF8A 4CFDA 3L2UA 3OJUA 3JYTA 5SZTA 4LSLA 1VSEA 1LWFA 2GBZA 4OJRA 3HT3A 1WSFA 4DSIA 1RILA 3SJJA 3OJSA 3ASMA 4J2AA 3AA3A 1SL1A 4CJ4A 3PO4A 1TV6A 1IKWA 4KI6A 1D9FA 4FJMA 4CJSA 1U48A 4KB1A 4FJKA 2RN2A 1WLJA 3D0PA 1LWEA 3CM5A 1LV5A 3SV4A 4M3XA 4B9VA 4NCAA 4CJWA 1N6QA 1ASUA 4CEAA 5CZ1A 4G1QA 4CJTA 3SQ1A 3SNNA 4AILC 1VSLA 3MEEA 5FDLA 2G8FA 1RT4A 4C8LA 1WSGA 1BL3A 4I2QA 3RTVA 4DS4A 4MQ3A 5HRNA 2XY5A 5FRNA 1FKOA 1YTAA 3NH0A 1NJZA 3JSMA 3T3FA 3DLRA 3V1QA 1Q9YA 2FC0A 3OY9A 1CZBA 3H08A 1S6PA 4CHNA 3OYFA 1T03A 4DQSA 4CIFA 3CQ8A 1BI4B 1XWLA 3V1OA 4CJFA 1HYSA 1F21A 5J2MA 1DTQA 2ETJA 4F8RA 4FYDA 4K8XA 1VRTA 4DS5A 4DFMA 3RMCA 1S1VA 1XHXA 2ZD1A 3M8PA 1NKEA 4B9TA 3ZSYA 1T8EA 3OYNA 3KLGA 4O0JA 4KHYA 1YT3A 3NCIA 4E7KA 1X9SA 4HCCA 2XY7A 4AHVA 1O1WA 4OPKA 1HYZA 2JLEA 3K5LA 2YNHA 1X9WA 3ZSZA 4CGHA 3FFIA 2B5JA 1NK8A 1ASWA 5HRRA 4ZHRA 4ZTJA 1EX4A 2ZE2A 3PUFA 1U04A 1BQNA 4FVMA 4FLZA 4RW6A 4LY7A 4CEEA 2YKNA 4CK3A 3OYMA 2YNIA 3MEGA 4CFBA 3HM9A 4AHUA 4AHCA 4KHSA 2HHXA 3L8BA 4E19A 1VSIA 1VSDA 3TAPA 1D8YA 4FLWA 3V81A 3DM2A 3KD5E 3NH2A 3LPTA 3DLGA 2A1SA 4Y1CA 4M3ZA 2HNDA 4H4MA 2Z1IA 3K5MA 3A2FA 1CXQA 4KTZA 1XI1A 4CJ5A 3ULDA 1FXXA 4RW7A 4W5QA 4DLGA 3KD1E 4FLXA 2F96A 3RWUA 1JLFA 1TKTA 5EU7A 3BDPA 4B9NA 2P5OA 1WAJA 4TSXA 4PY5A 3ZT4A 5C25A 1T7PA 3NDKA 3SI6A 1RTJA 4OKJA 3QINA 4DG1A 5J1EA 4M3WA 4CGDA 4DTUA 3AVFA 3S3NA 3U3GA 4CHZA 2HHTA 3EYZA 3AO2A 4FCYA 4J2EA 2G8HA 2A1RA 5JS1A 3QESA 1KVAA 4FJHA 1KVCA 4B08A 4CFCA 4FM2A 4HUEA 1L3UA 3HVTA 4RW8A 2OPRA 3OYKA 3KLEA 3LAKA 5CZ2A 1W0HA 2Q3SA 1KVBA 1RT5A 2FBVA 4FJGA 1RBTA 3C6TA 4FJ9A 3NGZA 4FJ7A 1IO2A 4IFVA 1LWCA 3ISNC 1MU2A 4CERA 1CZ9A 3O3HA 4OKKA 4DMNA 1ZYQA 3DRSA 3LAMA 3IG1A 4JRQA 4CGGA 3HL8A 4UQGA 3K57A 3OS2A 3HPHA 3NBPA 1U4BA 4CECA 2G8KA 3NF6A 3OS1A 3MXIA 3LP1A 4CJRA 4OLAA 2HNYA 3SYZA 2BGGA 4I2PA 4Y1DA 3O3FA 2W42A 4FJXA 4CEDA 3OYDA 4BACA 1JLQA 3V9WA 1TAQA 2WOMA 4LH4A 1UA1A 3B6PA 4PUOA 2IAJA 4FZXC 1HNIA 2YV0X 2QXFA 3LP0A 1RBUA 4FXDA 4C8OA 1EP4A 1KFDA 3OYHA 3KTQA 3SZ2A 2KQ2A 1A5VA 4CF1A 3KJVA 4N41A 1R0AA 1C1BA 1L3SA 1L5UA 4KAZA 1Y97A 1BIUA 4CESA 1QSLA 3HO1A 1JXEA 4CFAA 4CJUA 2FBYA 1QQCA 1BCMA 1RNHA 3CFOA 4FK2A 3HSTB 4KRFA 3ZSVA 1IG9A 2GUIA 4EP4A 3QNOA 1KSPA 1JL2A 3WNFA 1HMVA 3CFPA 1Q8IA 4KV8A 4LD0A 4O55A 3V1RA 4B9SA 1U45A 3L3UA 4E7JA 1L3TA 5KGXA 1RBVA 4M3TA 4M3YA 2IGIA 3ALYA 3IRXA 3I0SA 1WN7A 4C8MA 1XC9A 4NYNA 2HNZA 4N47A 3KLHA 1Z26A 4BE2A 3SUNA 3HPOA 2OZMA 4DTPA 1NOZA 3B6OA 4ELTA 1JLAA 4DSEA 4E89A 5KRTA 2EX3A 4KTWA 5D3GA 4R5PA 3K59A 4HUFA 1NJYA 3AVMA 3M8QA 3OS0A 1ITGA 2IS3A 1QSYA 3CYMA 4O4GA 3NH1A 4HUGA 3V6DA 2YHAA 1BQMA 3DMJA 3QNNA 1ZBLA 1KTQA 1YVUA 2DFEA 3DLEA 2GV9A 1S6QA 4BDPA 2HVIA 4IG3A 3QEIA 2KZZA 1J53A 4DSJA 3LZJA 1JLBA 4LSNA 4JS4A 4ID1A 3C6UA 1RT1A 4HVJA 3S3MA 3TAMA 3ZT1A 1TKXA 4DTNA 2BANA 2D0CA 3PV8A 1TL3A 1RTHA 3K2PA 4KPYA 3T1AA 1NK0A 4F2SA 3AA4A 1JLCA 4YNQA 3VQ9A 5JS2A 1B9FA 3RRHA 4FW2A 3VQ7A 3ZSXA 4DQQA 4BE1A 4DQRA 4ELVA 4PA1A 4B8AB 2KZMA 4B9UA 5KI6A 2XRIA 4CE9A 2E4LA 4HTUA 5T7BA 4CJQA 3KK3A 4I7FA 2Z1HA 3V9UA 3OYJA 4IG0A 4CJKA 3L2WA 1NK7A 2P1JA 4DTOA 4DU4A 4CHQA 4DWIA 3AO3A 3AVBA 2D5RA 1RCHA 1NJXA 1FKPA 1VRUA 3M8SA 1IKXA 5CY4A 3RR8A 1RT7A 4FLUA 1W9HA 3P1GA 1BCOA 3ZT0A 4DFJA 2HMIA 3PO5A 4FK4A 4J2DA 4EZ6A 4Q0BA 3K58A 1QE1A 1HJRA 1RT6A 5HP1A 2IC3A 4DQIA 4FM1A 5J2QA 2F8TA 1D5AA 4FM0A 3QO9A 2YKMA 1BIZA 1EETA 3DLKA 3BGRA 3O4NA 4AHRA 4AHTA 4CF2A 4FZYA 4CEZA 1S5JA 3MECA 4LH5A 1WSIA 4CF8A 4FW1A 4ELUA 5KTQA 1J5OA 4B9MA 3TABA 4CEQA 3HJFA 2BE2A 1KRPA 2EHGA 3SPZA 1Q9XA 1JLEA 1S1WA 4E1MA 4CHPA 2I5JA 4YFUA 4BE0A 3ZSQA 3SCXA 1IKVA 3THVA 2PZSA 1HYVA 4EZ9A 4Z4EA 3LP3A 1S1UA 3NE6A 3CM6A 1GOAA 4CJPA 1NKBA 4Z0UA 3LWLA 1LW2A 3DI6A 3L2QA 2P51A 2E6MA 1QSSA 3RRGA 4E7LA 1ZBIA 1DLOA 2OPSA 4GVMA 1REVA 1JXBA 5DMRA 3OYEA 1JLGA 2X6SA 4KTQA 2XO7A 2AJQA 3UIQA 1SV5A 3DOLA 3KK1A 2QK9A 4EP5A 4NCGA 1K6YA 3V9ZA 3TWHA 4ZTFA 1WSHA 3VN5A 1RBSA 1SUQA 3QIOA 3KLFA 2Y1JA 1TVRA 2HW3A 2O4IA 4F2RA 1RDDA 1TL1A 3ZSOA 5HROA 3QEVA 3QEPA 4O0IA 4FLVA 3VQ6A 3HVRA 4HCBA 4F4KA 3PX4A 2VG5A 5J2PA 1LW0A 3AO4A 4PWDA 4FLTA 4B8CA 1J9AA 4CIEA 2ZQBA 2BDPA 4DSLA 1NK6A 1RDCA 2VG7A 4QAGA 3QERA 1IKYA 1GOBA 3OYGA 2YHBA 4CF9A 3S3OA 1HNVA 1S9GA 1VSFA 4W5TA 4CIGA 4L8RB 2DTUA 1ASVA 5FROA 1SKWA 5K14A 3CG7A 3WNGA 4FJ5A 3DOKA 2D0BA 4KFBA 4NYFA 3NF9A 3SUPA 1RT3A 3KIOA 1QS4A 4IDKA 3VQCA 1HRHA 4RG8A 4AH9A 3TARA 4B9LA 3RMBA 2G8VA 4F3OA 2VG6A 3I0RA 3IS9A 1RDBA 3VQPA 4BWMA 4CHOA 3MEDA 3VA0A 2KFNA 3E01A 3F73A 2VWKA 1NK9A 1B92A 4IFYA 4M45A 2DFFA 3LPUA 3T19A 3TR8A 5HRPA 1B9DA 3MAQA 3KKSA 1A5WA 2OPQA 5C24A 3SQ0A 4OLBA 4H4OA 4BDZA 1GOCA 4OKEA 2DFHA 2IDOA 4KKOA 2HVHA 4OPJA 1TK0A 4QOZB 3VQEA 2B6AA 4CGJA 4KHWA 4DF4A 1IH7A 2LSNA 3C94A 3HYFA 3EY1A 2KTQA 1S1XA 4DTSA 4I9QA 4JRPA 4BWJA 4FK0A 3HK2A 3TAFA 4KB0A 3AVNA 1L3VA 1HQEA 3HP9A 1SKRA 1EKEA 1VK0A 3K5OA 4DFKA 4C8KA 1S1TA 3OYCA 3QIPA 3AO1A 3DYAA 1WSEA 4Z4HA 4W5RA 4E7HA 3PX0A 3AVKA 4WE1A 3SPYA 4DTXA 3SQ2A 4M3UA 2P5GA 1C1AA 2YNFA 1UAXA 1FK9A 3KKRA 4J2BA 2JGUA 1VSHA 2YNGA 1I3AA 3NF8A 3VQ8A 3LANA 5KGWA 1X1PA 3AVLA 3M8RA 4AHSA 1X9MA 4CK1A 1TGOA 4B3OA 3KLIA 4XIUA 4Z4FA 4DSKA 4GMJB 4W5NA 4K8ZA 1LAWA 4DU3A 3HPGA 2KW4A 4FJIA 1KFSA 3AVGA 3LALA 3QETA 3NFAA 1NKCA 3KK2A 3AA2A 3OYAA 4M42A 4CF0A 3TAGA 4JS5A 4E1NA 4DU1A 1YTUA 2XY8A 3LP2A 4Z4IA 1S9EA 2OPPA 2QKKA 3OYLA 2XY6A 4FZZA 4FJNA 5HLFA 1KLMA 1KLNA 3DLBA 4IBNA 2E6LA 4GW6A 3VQ5A 4Z4CA 3QEXA 2Y1IA 3TANA 2X74A 1UOCA 3MXJA 4KHNA 1WAFA 3O4QA 1I39A 4C8NA 2OZSA 3L2RA 3PY8A 1RDAA 5SWMA 3SUQA 4MFBA 4E7IA 3U3YA 1C0MA 3S9HA 4KREA 3EZ5A 3NHGA 4FLYA 2O4GA 3AA5X 1QTMA 3RR7A 1UWBA 4FJJA 3V4IA 3OYIA 4CJVA 2B4JA 1D9DA 2QKBA 3NGYA 4CK2A 1SKSA 3OYBA 1ZBFA 1C0TA 2HHQA 3AVIA 5I3UA 2OA8A 2OYQA 4O44A 3DRPA 2VWJA 3VA3A 3DLHA 1LAVA 3OVNA 1NK4A 4CJ3A 4M41A 1C1CA 5C42A 2XHBA 1CLQA 3V9SA 2RF2A 3LWMA 4BDYA 3I8DA 2HHUA 1NK5A 4CEFA 1BGXT 3NF7A 4N56A 4CCHA 2DY4A 4ID5A 5CYMA 3P5JA 1TK8A 4F3TA 5CYQA 3LDSA 3AVCA 1T05A 2F8SA 3C95A 1BHLA 3ZSWA 1ZBUA 3NGIA 4KHUA 3K5NA 5J2NA 4H8KA 4DSFA 1RBRA 3VQBA 2PY5A 3L3VA 3D45A 1NJWA 4CEOA 4DTRA 5KRSA 3O3GA 2D0AA 3SUOA 4QCLA 1RT2A 1CXUA 3QLHA 3V9XA 5FRMA 4PQUA 4RW4A 4I9LA 3NAEA 4IKFA 3RMAA 4E0DA 1UA0A 3QEWA 3CFRA 1WSJA 4OGCA 4CJEA 1XHZA 1SL2A 4CGIA 4CGFA 4DTMA 4DTJA 2Z1GA 3IAYA 3TI0A 4DQPA 2KFZA 3ITHA 4OGEA 4CEBA 3PX6A 5I42A 2G8UA 1BISA 1HQUA 1TKDA 2FBXA 3AVHA 5DK5A 4Q5VA 5HRSA 2PYJA 3RMDA 1A5XA 2HHVA 2ITGA 2G8WA 3U6FA 4CJLA 4JLHA 3G10A 4OVLA 2IOCA 3F9KA 1C6VA 3ZT3A 2RPIA 3P83D 2R7YA 1J54A 1KCFA 3TAQA 1VSJA 1SL0A 2FBTA 1C0UA 1JKHA 2X78A 3SQ4A 1VSMA 4FJ8A 1Z25A 3VQAA 1U47A 1NOYA 3VQDA 1DTTA 3ZT2A 3HXMA 1TAUA 1HPZA 4N76A 2HB5A 4DFPA 4M3RA 3ZSRA 3LZIA 4O5BA 1RTIA 3AO5A 4W5OA 4ICLA 1TK5A 4N5SA 3SV3A 3AVAA 1EXQA 3VQQA 4CHYA 4NCBA 1JL1A 3AV9A 1BI4A 3WNEA 4HHTA 1G15A 3G0ZA 3L2VA 4FJLA 3WNHA 3ZCMA 2ATQA 4KI4A 2HHSA 4E3SA 1N5YA 3HP6A 3DRRA 3AVJA 2Z1JA 3MXMA 1WNSA 2WONA 1VSKA 4KHQA 2X6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TAE A;  1QQO A;  1RTD A;  4DF8 A;  3L2U A;  3JYT A;  3N1E A;  4BRK A;  4OJR A;  3HT3 A;  1WSF A;  4O8U A;  3WQU A;  2O8D A;  4J2A A;  4KI6 A;  4A62 A;  1OVQ A;  1U48 A;  4KB1 A;  2RN2 A;  4CZI A;  3D7E O;  3CQX A;  1LV5 A;  3SV4 A;  4M3X A;  2P9U B;  2CH6 A;  3SNN A;  2G8F A;  4BR5 A;  1RT4 A;  4C8L A;  4RCH A;  1EWR A;  1X3N A;  3VTH A;  3T3F A;  2FC0 A;  1CZB A;  3H08 A;  1S6P A;  3M3Z A;  3HOS A;  3V1O A;  1DTQ A;  2ETJ A;  1VRT A;  3KWI A;  4DS5 A;  1NEX B;  3RMC A;  4B9T A;  3ZSY A;  4B1Z A;  3OYN A;  3CQY A;  4O0J A;  4GKJ K;  1YT3 A;  4YY3 K;  1HYZ A;  2JLE A;  3ZSZ A;  4BQZ A;  4CGH A;  4FWS A;  1ASW A;  3A5N C;  3HJF A;  3PUF A;  2ZE2 A;  1FZ7 E;  5KPZ A;  4FVM A;  1BQN A;  3C7N A;  3ZLJ A;  3NVK A;  1C0F A;  2YKN A;  4JKG A;  1S72 N;  2YNI A;  3NMU A;  4B3R K;  3UO3 A;  4AHC A;  2O8F A;  5AQW A;  1VSI A;  3U9Z A;  3KVG A;  4B1V A;  3DM2 A;  3NH2 A;  3LPT A;  4DV7 K;  4M3Z A;  1GLB G;  2HND A;  1VQ9 N;  5BN8 A;  5ADX H;  3A2F A;  1CXQ A;  3ATU A;  4BR2 A;  3ULD A;  4W5Q A;  4A61 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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