3QEIA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dctp opposite difluorotoluene nucleoside
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Basis for Differential Insertion Kinetics of dNMPs Opposite a Difluorotoluene Nucleotide Residue.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qeiA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qeiA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qeiA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qeiA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qeiA03
4B9NA 3QEPA 3OYJA 4Y1DA 3VQ7A 4E89A 1ZBLA 2DTUA 1RBTA 2HHUA 3SQ2A 4LH5A 1RTIA 3OYDA 1KLMA 1JLQA 4CF8A 4AHUA 3KK3A 1TK5A 1J5OA 1T8EA 1LWFA 5EU7A 4HTUA 3HPOA 2WONA 4Q5VA 4XIUA 2VG5A 1L5UA 2XY7A 3LP2A 5DK5A 2KZZA 5HP1A 3RRGA 1EP4A 3NDKA 3ZSZA 1CZ9A 3ALYA 4KO0A 3D0PA 4BE2A 5I3UA 4B9LA 3VQAA 4FJNA 3OYEA 2OA8A 3K5OA 3NFAA 2AJQA 3SUPA 1HPZA 4CFAA 1JLFA 5KRTA 1QHTA 4FYDA 3MECA 4DFKA 3RWUA 3O4NA 1T7PA 4W5OA 4CIFA 3O3HA 1RBRA 3VQ6A 4KHSA 2HHXA 4CGHA 3ZCMA 1NK5A 1BGXT 5C24A 4W5NA 3RMDA 1NJXA 4OKKA 3QESA 2X6SA 1EXQA 3OYMA 3HSTB 3S9HA 1S1UA 1U45A 3WNEA 3SZ2A 3AVMA 4LD0A 3KD1E 2Z1JA 2Z1HA 4IFVA 4LSLA 2ZQBA 4WE1A 3VQBA 1WLJA 4BWMA 4C8MA 1DTTA 4CJ3A 3V9SA 5KRSA 1KVCA 3NHGA 1LV5A 1Y97A 2FC0A 2DFFA 4FXDA 2XY5A 2OYQA 4YNQA 1NK0A 2OPQA 1VSFA 4CHQA 2HNZA 3KK2A 2PYLA 2F8TA 2OZSA 1SKSA 3SUNA 3G10A 4CHZA 2F8SA 5JS1A 3SQ0A 4O4GA 1QE1A 4CJWA 3L2UA 2QKBA 3AVHA 3LAKA 1RT2A 5J2NA 2HB5A 4CJTA 3VA0A 2BE2A 3P5JA 3HK2A 4LY7A 3TARA 1UA0A 1QSLA 4IFYA 2D0AA 3HJFA 4B3OA 3QNOA 2HHVA 2YV0X 2RKIA 1WSHA 1C6VA 1XHXA 3PO5A 4NCBA 3NAEA 2YKNA 3DLHA 4F3TA 3SQ1A 3B6PA 2KW4A 3RMAA 3K58A 1YTUA 3EYZA 2OPRA 4AILC 3TI0A 4DTJA 1B9DA 3S3MA 2JGUA 3DRSA 4HHTA 3AO2A 4DTPA 3V1RA 1IKXA 4FK4A 1BIZA 2YHBA 2P5GA 4CK3A 4IBNA 4HVJA 1TL3A 4BWJA 4CHNA 1A5VA 2HMIA 2RF2A 1RDAA 2Z1IA 3QETA 4PUOA 4PA1A 5HRRA 2FBTA 4M3RA 3L2VA 3SV4A 4DU4A 1RDBA 3AVLA 4CCHA 4KHWA 1RNHA 3OYGA 4CHOA 3MXJA 3K57A 3S3OA 1NKBA 3L3VA 2OZMA 1J9AA 1SV5A 1TKTA 4QAGA 4O0IA 1IKVA 4W5TA 1VSMA 2VG7A 4CHPA 1EETA 4DS5A 3I0SA 4BE0A 3HPHA 4ZHRA 2G8WA 3HXMA 3BDPA 4I7FA 4ELTA 3SI6A 5HRPA 2Y1IA 3KLGA 1YT3A 3VQQA 4KTQA 5HROA 4FJ5A 1XHZA 2KFNA 3MAQA 3ZT4A 4QOZB 4O44A 3V6DA 1FKOA 4CJ5A 3VQ4A 1J54A 3LWMA 3IAYA 4JS4A 1IO2A 4M3WA 4G1QA 4FJMA 1U04A 4GMJB 4IKFA 3HO1A 3LPTA 3OYFA 4CF1A 4Z4FA 4FJXA 4FJLA 4CJPA 1HYVA 4FK2A 3VN5A 3ZSXA 3EY1A 2BANA 2KTQA 4HUFA 3SYZA 4AH9A 4EP5A 2P1JA 3AO1A 4FCYA 1NJYA 1HNIA 1QSSA 4UQGA 3K5MA 1LWCA 2IOCA 1WSGA 5FROA 4BDYA 3M8QA 1RDDA 1TKDA 3M8PA 5KGXA 4I9QA 2KZMA 3NE6A 5CYQA 4E1MA 3KLEA 4H4MA 3QIOA 3T19A 1R0AA 2E6LA 3U3GA 1S5JA 1N5YA 3KIOA 2HNYA 2G8KA 4CEFA 1X9WA 1L3UA 4N56A 1DLOA 4Z4CA 4DFPA 2XO7A 4CFDA 4CECA 1C1BA 2X78A 4DSEA 3L2WA 4DWIA 3SCXA 3A2FA 1NOYA 1ASUA 2GBZA 1SL0A 2G8VA 4AHVA 3MXIA 3NGIA 4OKJA 4E19A 4J2BA 3AVKA 5K14A 4DFMA 3AO3A 2IGIA 3KLFA 4CEBA 4EZ9A 1O1WA 3IRXA 4KB1A 1QSYA 3AVAA 3LALA 1BHLA 3KKRA 4PWDA 3L8BA 1RBVA 4OPKA 4N76A 4NCAA 1Q9XA 3VQ9A 4FJGA 5KI6A 1NJZA 2VG6A 4CF0A 3LP3A 3V81A 1KCFA 4I2QA 4FLWA 2D0BA 3L3UA 4RG8A 4C8LA 3DYAA 2LSNA 4N41A 2FBXA 3L2QA 1HNVA 4AHCA 4ZTFA 1W9HA 5CZ2A 3MXMA 1REVA 3M8RA 4JLHA 4FZXC 1C0TA 4CJQA 3THVA 4FW2A 4J2DA 2GUIA 2HHWA 1NK4A 3MEDA 4OLAA 1N6QA 1Z25A 4RW6A 1BQNA 4CJSA 1Q9YA 1FK9A 3RR7A 3T1AA 2DFEA 1RBUA 2B4JA 1VRUA 2YNFA 4KHNA 3NGYA 4ICLA 2FBVA 3AA5X 4E7LA 4CEDA 4DTSA 2XY6A 4HCBA 1CLQA 5KGWA 1T03A 1WSJA 3SQ4A 3WNGA 1KLNA 2G8UA 4DQIA 2QXFA 4C8NA 4CJFA 5HBMA 5J2MA 4OJRA 2Z1GA 3AA2A 3CM6A 3K59A 4ELVA 1QS4A 3TAMA 1VRTA 2IDOA 3CQ8A 4Y1CA 3NF8A 1HRHA 2QKKA 3CFOA 4DQRA 5J2QA 3C94A 3G0ZA 4IDKA 4JS5A 4FW1A 3WNHA 3D45A 3KK1A 4DTRA 3OJUA 1YTAA 1K6YA 4M45A 1UOCA 1HQUA 3OYNA 1JL1A 3AVJA 4MQ3A 3TAQA 3K2PA 4B08A 3ZSWA 1JXEA 3OYBA 1TVRA 3TAPA 4OGEA 3SV3A 4CGGA 4DFJA 3AVIA 1UWBA 3DLEA 4TSXA 3OY9A 2YNGA 1NKCA 1NJWA 4KI6A 1NK7A 1ZBUA 4M41A 1IKYA 4LH4A 1U4BA 1TV6A 1EKEA 4KI4A 4N47A 4OKEA 1BL3A 3V9XA 3FFIA 4M3TA 4ID5A 1X9SA 2XRIA 3ISNC 1A5WA 3ZT0A 3U3YA 2HHQA 4QCLA 3CFPA 1ZBFA 3P1GA 1S1TA 4F8RA 1RBSA 4RW7A 4KAZA 1VK0A 3RRHA 4ZTJA 2D0CA 2KFZA 4Z4HA 2ATQA 1NK6A 4K8ZA 1WN7A 1WSIA 1KSPA 1ZBIA 3V1QA 4LSNA 4HCCA 3M8SA 4YFUA 1TK0A 4CJUA 3LZIA 4E7JA 2VWJA 4DTMA 4I2PA 4PQUA 3VA3A 1WAFA 2A1SA 4B9VA 4Z4EA 4NCGA 4FK0A 3PUFA 3ZSVA 3B6OA 1VSKA 4CGFA 2YNHA 4CJEA 3HVTA 1FXXA 1EX4A 1BI4A 5HRSA 3OJSA 3VQ8A 4B9MA 1X9MA 3RMBA 1TGOA 1GOBA 3KTQA 2E4LA 4B9UA 3LANA 3DRRA 3ZT3A 4CE9A 4DTXA 1TAQA 3KJVA 4N5SA 1T05A 2YHAA 3I0RA 5FDLA 3LDSA 2D5RA 4B9SA 4DTOA 3DM2A 3F73A 4JRPA 2DY4A 4DSFA 1KFDA 4E0DA 1LW0A 1IG9A 2JLEA 4DSKA 2HW3A 3JYTA 3NF7A 4MFBA 3OYCA 1KRPA 4FJ8A 3LPUA 3OS2A 3C6UA 1RDCA 4CK1A 5KTQA 3DMJA 4CGDA 3AA3A 3NF9A 2G8HA 4F3OA 4CEOA 4H4OA 3QINA 2ZE2A 4O5BA 4DG1A 4NYFA 5E41A 1S1WA 4HUGA 1S9EA 4BDPA 1L3TA 4DSJA 4ELUA 3QERA 4W5QA 3NH1A 1RT4A 4BE1A 1B9FA 4CJLA 1BIUA 4I9LA 4Z0UA 4CESA 2I5JA 4DLGA 4FJ7A 1S1VA 4CFCA 4DQSA 1W0HA 1LWEA 1JLBA 1CXQA 3RMCA 1Z26A 5C25A 1NKEA 2EX3A 1HMVA 1JXBA 3SJJA 1HJRA 3MEEA 5T7BA 1S1XA 1SUQA 4KRFA 1A5XA 3PX0A 1D8YA 1HYZA 2A1RA 5I42A 4M3ZA 2YNIA 5DMRA 4CIEA 3OYKA 3HP9A 3DOKA 4Z4IA 4F4KA 2HVIA 2O4IA 3NF6A 2HHSA 1WAJA 4H8KA 3VQEA 4KB0A 3SPZA 4EP4A 3V9UA 2G8FA 1BISA 2ZD1A 3JSMA 1JLGA 4HUEA 4KPYA 1S6PA 5CYMA 1S9GA 1JLEA 3IG1A 3OYAA 3AO4A 3TR8A 4EZ6A 3SUQA 5CZ1A 1BCOA 3AVGA 3C6TA 1LAWA 4FLTA 1S6QA 3QLHA 5D3GA 2BGGA 3DOLA 1U47A 1WNSA 3HYFA 4F2RA 1B92A 4K8XA 1JL2A 1HQEA 4GVMA 1KVBA 3CFRA 5C42A 3OS0A 4OGCA 4FJIA 1X1PA 3ZSRA 1RCHA 2P51A 4IG0A 1GOAA 1QTMA 4R5PA 1IKWA 4DF8A 4FJHA 4FZZA 2EHGA 4M3XA 4ID1A 1RT6A 1TK8A 1ASVA 4CK2A 3ITHA 4FLVA 1C0MA 3DLRA 3T3FA 2DFHA 3ASMA 3DLBA 2ITGA 1FKPA 2P5OA 3HL8A 4CGJA 2W42A 2ETJA 3ZSQA 1NK9A 2PYJA 4OVLA 4E7KA 3S3NA 3WNFA 1RTDA 1HYSA 3TAEA 3PX6A 4J2AA 3CG7A 1QQCA 1D9DA 1RTJA 2QK9A 2VWKA 4E1NA 3K5NA 4FM0A 1I39A 3LWLA 4FZYA 3QO9A 1ZYQA 1G15A 1TKZA 4C8KA 4DTUA 3QEIA 1VSJA 1WSFA 3LZJA 2X74A 3F9KA 3AV9A 3NBPA 2B5JA 1ZBHA 4AHSA 3HM9A 4CGIA 2R7YA 4RW9A 4CEQA 3VQ5A 2RN2A 1U48A 4J2EA 1SL2A 3K5LA 4JRQA 3C95A 1D9FA 4FM2A 3U6FA 4AHTA 1SL1A 5JS2A 3IS9A 1MU2A 4CJRA 4FLXA 1VSLA 3O3GA 3OYLA 2YKMA 3OYIA 4PY5A 2OPSA 4RW4A 3RTVA 2HHTA 1BQMA 3DLKA 1XC9A 4B8CA 3O4QA 3KLHA 3PX4A 3ZT2A 5FRNA 3P83D 2IC3A 1JLAA 1TKXA 2WOMA 3ZSYA 1VSEA 1DTQA 4CF9A 5J2PA 1L3SA 4DSIA 1YVUA 4KV8A 4O0JA 2XY8A 3SNNA 4CERA 4CJKA 4KREA 4KHUA 1BI4B 4F2SA 1C0UA 1JLCA 4FLZA 2FBYA 1KFSA 3ZSOA 1BCMA 1RT7A 1C1CA 3E01A 4CEZA 3VQDA 4KHQA 2E6MA 4DQQA 1RT1A 4FLYA 3DRPA 1UAXA 3QIPA 3CYMA 4AHRA 1NOZA 4RW8A 4DMNA 4DLEA 1I3AA 1ITGA 3SUOA 1LW2A 3AVNA 4CFBA 1L3VA 1RT5A 4NYNA 3TABA 1NK8A 3PV8A 3V1OA 4FJ9A 3VQPA 1GOCA 3HVRA 3KKSA 3PO4A 4FLUA 4L8RB 2NUBA 2IS3A 3SPYA 1XI1A 3QEXA 4CHYA 3NH2A 3ULDA 4B9TA 1KVAA 3V9ZA 2Q3SA 4DQPA 4CEAA 1ASWA 5J1EA 4KFBA 5SZTA 4KKOA 4FJJA 3CM5A 5HLFA 4DS4A 4FJKA 4M3UA 4DSLA 1UA1A 3L2RA 4Z4GA 1C1AA 4Q0BA 2X6NA 3HPGA 4DU1A 2Y1JA 3OVNA 4KHYA 1Q8IA 1F21A 3AO5A 2O4GA 1IH7A 4FVMA 3AA4A 4OLBA 3MEGA 4DTNA 3DLGA 3QNNA 3AVBA 3OYHA 4CIGA 3V4IA 4CJ4A 1SKRA 2BDPA 4E3SA 4KTZA 2PZSA 3VQCA 1SKWA 3OS1A 4BACA 3QEWA 3TAFA 1J53A 1VSIA 4OPJA 2HVHA 4B8AB 3NCIA 4IG3A 3KLIA 3LP1A 3EZ5A 3ZT1A 3H08A 4E7HA 3NGZA 3NH0A 2GV9A 2IAJA 4FM1A 3AVCA 4C8OA 3TANA 1TAUA 3TAGA 3LAMA 5SWMA 1VSDA 1RTHA 1CZBA 1JKHA 1TL1A 2F96A 3HP6A 4KTWA 4W5RA 4M3YA 1U49A 3RR8A 4CJVA 1LAVA 3V9WA 3AVFA 1KTQA 4M42A 4BDZA 5HRNA 2G8IA 3LP0A 2OPPA 4GW6A 3BGRA 1VSHA 5CY4A 2RPIA 3O3FA 3KD5E 2KQ2A 1RT3A 4DU3A 4O55A 3UIQA 4DF4A 2HNDA 2B6AA 4CF2A 3I8DA 1CXUA 3PY8A 1RILA 1XWLA 1D5AA 3DI6A 4E7IA 3TWHA 3QEVA 4CEEA 2PY5A 5FRMA 2XHBA 3HT3A 1WSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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