4HCCA

The zinc ion bound form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
470
structure length
465
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 165
structure length 465
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hccA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hccA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hccA01
3NGIA 1SL1A 1JL2A 3AO5A 4DWIA 1TKXA 3CM6A 1NK8A 1S1WA 4QCLA 1VSLA 4NCAA 4KRFA 1WSGA 4AILC 4DTOA 1L5UA 2VG7A 3VQ7A 3AO2A 4CGDA 3WNHA 2P51A 1WAFA 4CERA 4CEQA 4CJEA 4CJUA 3KLFA 4N76A 2ZQBA 3DOLA 2ATQA 1RDAA 3OYLA 3ZCMA 4CGFA 3OYNA 2OZSA 2IDOA 3OYAA 3ZSWA 3OYGA 1NK6A 4JS4A 3VQ5A 4DQQA 3OYMA 1VSKA 2YKNA 5I42A 2P5GA 4CEAA 5FDLA 3PV8A 3VQ9A 4OKKA 1QSLA 4RG8A 3QEIA 5HBMA 2E6MA 2ZD1A 3NDKA 4C8LA 3ASMA 3O3FA 4CEFA 1RT1A 4B08A 2F96A 1S1UA 4KO0A 1RT2A 1IKWA 5C42A 5KRTA 2G8FA 4CGGA 3QNOA 3QEWA 4Q5VA 1SL0A 4M3RA 4FYDA 1KTQA 4Z4CA 1IKVA 3SQ2A 4CEBA 2YNGA 3B6OA 4OGCA 4F8RA 3PO4A 3MAQA 4ELTA 4PY5A 1RT3A 4LSLA 4CJ4A 3IAYA 1SKRA 4I2QA 1L3TA 1I39A 1Z25A 1TV6A 4F4KA 4CF2A 4FZXC 2Z1HA 2RF2A 4AHSA 3SQ0A 1VSEA 4E7IA 4MFBA 1BL3A 2DFEA 3VQQA 4E7KA 3HPOA 3A2FA 3AO4A 3KKSA 4NCBA 1TK0A 5CY4A 2HHVA 1C0UA 5CZ2A 1BCOA 4RW8A 4FJGA 1XWLA 1L3SA 3V1QA 4IKFA 1EP4A 3HPGA 4LD0A 2IOCA 2WOMA 3KK2A 3K58A 3F9KA 2BDPA 2Z1GA 1FKPA 3O4QA 3V9ZA 4CHYA 3V9WA 3HO1A 3FFIA 4BDPA 1Y97A 1YT3A 3TAMA 4HTUA 5HRPA 3CFPA 5DK5A 4E3SA 4UQGA 2PY5A 1KCFA 3QEPA 3SUPA 4CEZA 2X6NA 2QK9A 4FLXA 4LY7A 4KB1A 3AA3A 1BI4B 1RT7A 5CYMA 3NF8A 3VQAA 1TK8A 4CFBA 4PUOA 2QKBA 4DSLA 4FJIA 4CHQA 1CZBA 1S1TA 5J2PA 3NE6A 3KIOA 4DTPA 4DFJA 1T8EA 2VG6A 3AVBA 3V4IA 3K5OA 2OZMA 4B9LA 1U04A 1WSEA 3ITHA 1NK5A 1SKWA 3AVJA 3RRGA 4CECA 3OYFA 2Q3SA 5KRSA 3AVMA 4M3XA 4PWDA 1YTAA 4DFPA 1ZYQA 2QXFA 3CM5A 3LALA 1WSJA 5HRSA 3RTVA 2KFNA 2IAJA 3LWLA 4CGHA 4PQUA 1LW2A 3IG1A 1KVCA 1TK5A 2X78A 2XRIA 1RT6A 4CHZA 4EP5A 2YNHA 2OPSA 4CHNA 1TKZA 4CEOA 4OPJA 2HHXA 4FJJA 4JRPA 1DTTA 3SNNA 3TAFA 3LPUA 4CF8A 3OS1A 1VK0A 1KVAA 4ZTFA 1HPZA 3V1RA 4I9QA 1LWEA 4DLGA 4FM1A 3NH2A 2F8SA 1DTQA 1NKBA 2BGGA 4B8AB 4IG0A 3KK3A 3MEDA 4HUEA 3KTQA 3H08A 1RTIA 3NAEA 3NFAA 3F73A 1KSPA 3DRPA 4KFBA 3D0PA 4FM2A 3DRSA 4IFYA 2ITGA 3RR8A 4CJWA 5KI6A 1LWFA 1RDCA 3CYMA 3LDSA 4IBNA 2XY5A 3DMJA 3M8QA 3QO9A 3AVAA 3NGYA 5J2MA 2D0BA 3G10A 2HHTA 4BE0A 1U47A 3HSTB 1U48A 4CK2A 3VQDA 4FJ7A 4FJ8A 4DS4A 1W9HA 2OPPA 4KHSA 2RKIA 1C1AA 3LAKA 1SKSA 2Y1JA 2XY7A 2Z1JA 4FJ9A 3LP2A 1BISA 2HHSA 4CHOA 4E19A 4BWMA 3M8SA 1VSDA 4CJTA 1WNSA 2W42A 1IG9A 4CIGA 3HK2A 4H8KA 1NJXA 2PYJA 2KQ2A 4KTZA 3QLHA 3EYZA 3OYHA 1D8YA 1RBVA 3DLGA 3DYAA 5D3GA 3OYEA 3L2RA 1C0MA 2G8VA 2B5JA 2DTUA 3HYFA 3QIOA 4N47A 3V9UA 2IS3A 1BHLA 1BGXT 1TKTA 4HHTA 4DTMA 1ZBHA 3HL8A 3KKRA 1KFSA 2YNFA 3OVNA 2D5RA 4CK3A 3KLHA 1RCHA 3ISNC 4LSNA 1D5AA 1S6PA 4ZHRA 1S9GA 1L3UA 1CLQA 2FBTA 5CZ1A 3L2UA 3TI0A 4FJKA 1ASWA 4CEEA 3HM9A 2VG5A 3L2VA 3SV3A 1RBUA 2YHBA 4DF8A 1IKYA 2ETJA 1U45A 1REVA 4DQIA 3SI6A 4KI4A 4ZTJA 4KI6A 4KHWA 3V9XA 2BANA 2Y1IA 1NKEA 5K14A 4Z4EA 2B6AA 1ZBFA 4O55A 4M41A 5FRNA 3LPTA 1UA1A 1UAXA 3DI6A 4CF0A 4M3TA 5J2QA 4PA1A 1X1PA 3RWUA 1RDDA 3ZT4A 4DFKA 3TAQA 3HP9A 4FK0A 4FXDA 4TSXA 3OJSA 3AVIA 3BDPA 1HQEA 5HP1A 3RMCA 4CF1A 1XHZA 3LANA 4Z0UA 4RW4A 2KZMA 4JRQA 2F8TA 1D9FA 3SUOA 3NH0A 1RNHA 3RRHA 2HW3A 3AA5X 3C6UA 1GOAA 1TL3A 3P5JA 3VQBA 3L8BA 2PYLA 3QIPA 1EXQA 4B9VA 4CF9A 1YTUA 3ZSZA 1JLEA 1K6YA 4KB0A 3V81A 2KW4A 3SJJA 4KHUA 4OLBA 1JLAA 1RT5A 3QEXA 3MEGA 3ZT0A 1RTHA 1TVRA 3CG7A 3P1GA 1T05A 1NK9A 4C8OA 3KK1A 1IH7A 1T7PA 4H4MA 1Q9YA 3TABA 4FZZA 2XHBA 1WSFA 3DRRA 1NKCA 3U6FA 4KAZA 4FJ5A 1ZBIA 3TANA 1B9FA 1Q8IA 3G0ZA 5C24A 1XHXA 1BCMA 1C6VA 1JLBA 1JLQA 2LSNA 3TR8A 4Z4HA 2XY6A 1CZ9A 3MXJA 4Z4GA 4J2EA 3SCXA 3ALYA 3SV4A 4W5NA 4DQPA 4OLAA 3O3GA 3V6DA 4L8RB 2X74A 3DLBA 1RTJA 4NYNA 4HCCA 3PX4A 3HT3A 4FJNA 1HNIA 1LWCA 3OS2A 4KTWA 3VA0A 4E7HA 4DSEA 3RMAA 3O3HA 3V9SA 3PO5A 3KLGA 1JL1A 1UOCA 3HP6A 4DTRA 2KFZA 2FBVA 1A5WA 4EZ9A 4K8XA 1S6QA 3KD1E 3ZSQA 1QSYA 3O4NA 1MU2A 4FCYA 3K5NA 3M8PA 3LP3A 2XY8A 5EU7A 3D45A 3LZIA 4K8ZA 1ASVA 3DOKA 5T7BA 3C94A 5KGWA 2G8IA 4IG3A 1HYSA 4M42A 4W5QA 4AHTA 3TWHA 4CK1A 4FJMA 3AVNA 4QAGA 2HNDA 4HUGA 4FLWA 3ZT3A 4HVJA 1UA0A 3AO1A 4QOZB 4KPYA 2O4IA 5I3UA 2HHQA 3OYIA 2X6SA 3AVLA 4N56A 4E1MA 5FRMA 1B92A 3I0SA 4CIFA 1CXUA 1QS4A 4I9LA 4O0JA 4OKEA 3VA3A 2AJQA 4RW7A 3QEVA 1J54A 4YNQA 3NCIA 3C95A 1GOCA 3RMBA 4KTQA 1S5JA 4GW6A 1BIZA 4KREA 2EX3A 2DFHA 2VWKA 2E6LA 5DMRA 4C8NA 4FZYA 4M3UA 4KHNA 4DU1A 4E1NA 3I8DA 4W5RA 1VSHA 2R7YA 3AVHA 4GMJB 4O0IA 3JYTA 3HPHA 3DLHA 3SQ4A 3HJFA 4JS5A 2RPIA 4DSIA 4CEDA 1UWBA 1C0TA 4DF4A 1S1VA 1IO2A 3IRXA 3KLEA 4BE1A 1RBRA 3NF7A 1HQUA 4WE1A 5HRRA 2G8UA 4FJHA 1KFDA 3AA2A 3OS0A 4HCBA 4YFUA 1TKDA 1BQNA 2HVHA 2KZZA 5JS1A 4OVLA 2GV9A 1NK4A 4N5SA 1HNVA 2G8WA 4XIUA 1WSHA 4ELUA 3ZSVA 3U3YA 4M3YA 4CCHA 1EX4A 5E41A 3SQ1A 4DLEA 1VSMA 2B4JA 1ASUA 2HNZA 1QSSA 4E7LA 2HVIA 4DTSA 1KLMA 4F2RA 1VSFA 3OYDA 1W0HA 3BGRA 4CJ5A 4W5OA 3VQ8A 3VQ6A 2O4GA 1NK7A 2OPQA 3EY1A 4AHUA 1S1XA 3OJUA 3HVRA 4B9UA 1LAWA 5J2NA 4DMNA 1BI4A 1X9WA 3SPYA 2NUBA 3L3VA 3THVA 2ZE2A 2I5JA 1JLFA 1JXEA 3VN5A 2D0CA 3OY9A 3NGZA 1X9MA 4Q0BA 1VSIA 3SUQA 3SPZA 4B9NA 1EKEA 4NYFA 3K5LA 3ZSRA 3DLRA 1TAUA 2XO7A 3TAPA 3HXMA 1NJZA 3L2WA 1IKXA 3ULDA 2HMIA 2YNIA 3CQ8A 4ELVA 4BDZA 1FKOA 1C1CA 4G1QA 1S9EA 4ID5A 4FLZA 4IFVA 2P5OA 4AHCA 1QE1A 3JSMA 2OYQA 4DS5A 4DSKA 3NF9A 4ID1A 3VQEA 1DLOA 3ZT2A 3M8RA 3SUNA 1WAJA 1ZBLA 2GBZA 4HUFA 5KGXA 2IGIA 4F3TA 3CFRA 5FROA 4CHPA 4DU3A 1HYZA 1BIUA 4C8KA 4AHVA 1QTMA 4DU4A 2HNYA 4H4OA 4W5TA 1B9DA 4DSJA 1HJRA 4BACA 2HHUA 3LP0A 1TAQA 4CJ3A 5J1EA 4AH9A 4CJQA 3EZ5A 2OPRA 4IDKA 3LZJA 1SL2A 4LH5A 4OKJA 4DSFA 4B9MA 4FJLA 1TL1A 5SWMA 4M3WA 3TARA 3PUFA 3LWMA 4FW1A 4FM0A 3S3OA 3LAMA 3LP1A 3VQ4A 3AVGA 2YKMA 5KTQA 4CFCA 4FK4A 2P1JA 1WN7A 2FBYA 4I2PA 1T03A 4Z4IA 4FLUA 3WNEA 3OYCA 3WNFA 3K57A 1WSIA 2DFFA 3P83D 4E7JA 2D0AA 3ZSOA 1HRHA 3NH1A 4ICLA 3T1AA 3L2QA 3NHGA 4DTJA 3PX6A 1KVBA 2GUIA 2RN2A 3PY8A 1XC9A 2JGUA 4J2AA 4I7FA 4FLTA 1GOBA 4Z4FA 4FW2A 1U4BA 1QQCA 5HRNA 1J5OA 1FXXA 1NOYA 4OGEA 4DG1A 3QESA 4R5PA 1RBTA 3KJVA 1LW0A 4CE9A 3WNGA 4F3OA 4OPKA 4DQSA 3QERA 3AVCA 4CJSA 4E89A 4O5BA 4CGJA 3OYKA 3B6PA 4DTUA 4NCGA 4CESA 1HMVA 4KV8A 3U3GA 3MXMA 3S3NA 4CFAA 3DLEA 4CJLA 4FLVA 1LV5A 2QKKA 1VRUA 3V1OA 2VWJA 4CJRA 3S9HA 4F2SA 4J2DA 1L3VA 2FC0A 1RILA 3L3UA 4BDYA 3ZT1A 1JLCA 4J2BA 1NJWA 3AV9A 3S3MA 4CGIA 1C1BA 3MXIA 3QNNA 1J53A 3VQCA 1A5VA 1SUQA 2EHGA 3SZ2A 1N5YA 3QINA 4JLHA 4EZ6A 2KTQA 2DY4A 3OYJA 4B9SA 4M45A 4B9TA 3KD5E 1EETA 4EP4A 4GVMA 4BE2A 4CJKA 4KHQA 1VRTA 5CYQA 1G15A 3ZSXA 1LAVA 1O1WA 4KKOA 3QETA 1CXQA 3IS9A 1I3AA 4E0DA 3RMDA 4FVMA 1TGOA 1YVUA 1D9DA 3UIQA 4C8MA 4RW9A 4FLYA 1A5XA 3C6TA 4CJVA 1N6QA 4LH4A 1JLGA 5JS2A 1X9SA 3E01A 1J9AA 3K2PA 3NBPA 1KLNA 1JKHA 4CJPA 1NJYA 3NF6A 4M3ZA 3AVKA 2HB5A 2FBXA 3AO3A 4DQRA 2PZSA 1FK9A 4Y1CA 1ZBUA 4DTNA 1RBSA 2E4LA 4O4GA 4Y1DA 1SV5A 3CFOA 3T19A 4B8CA 4FK2A 4B3OA 3TAEA 4KHYA 1WLJA 2WONA 4CJFA 1JXBA 1R0AA 5HROA 5SZTA 1U49A 3AA4A 2IC3A 2JLEA 4RW6A 3AVFA 3K5MA 4AHRA 1RT4A 1RDBA 1HYVA 3RR7A 4CFDA 1XI1A 1Q9XA 3ZSYA 3SYZA 1VSJA 2YV0X 3TAGA 1NK0A 4BWJA 3MEEA 4MQ3A 2A1SA 3VQPA 4DTXA 2YHAA 2Z1IA 1Z26A 3DM2A 3KLIA 1BQMA 3MECA 1QHTA 3OYBA 3K59A 3T3FA 5HLFA 1NOZA 2A1RA 2G8KA 2G8HA 1ITGA 4OJRA 1F21A 1KRPA 2HHWA 3HVTA 4O44A 5C25A 4DFMA 4N41A 4CIEA 3I0RA 1RTDA 2BE2A 2OA8A 3DLKA 3PX0A 4FJXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E7OA 1JL2A 1NPPA 1XNRK 3CM6A 3KK7A 1NK8A 2JMAA 3CIPA 1VSLA 5A0LA 1ZBXA 2QA4N 4IUPA 1YHQQ 3CCRA 1E4FT 3X20B 3AO2A 3JCMV 1VQ9N 2JNGA 2P9PB 1NGAA 3LH0A 2NUTB 1NYFA 2K79A 2RJFA 3OYLA 4CGFA 5KYYB 2NRZA 3QJYA 2OZSA 1OULA 3QPHA 2IDOA 3OYGA 4RL5A 2C06A 2OTLA 2OTJA 3LX7A 3OYMA 3LDQA 3FE1A 3P4IA 4CEAA 3N1BA 4RTFD 3VQ9A 4ICGC 3QEIA 3QFPA 2E6MA 1WHGA 1WHLA 3BE3A 1NGJA 1NLOC 1I07A 4B08A 3GP8A 1NGIA 2IIMA 3ZEUA 3H6ZA 2XI9A 3PVLA 1RT2A 4DSFA 1IKWA 1LOTB 1NLVA 5KRTA 2VASA 3OSVA 2FO0A 4FYDA 2NRRA 2VWFA 2DTOA 4CC7A 5C6SA 2QWNA 2W6KA 4J6XA 2QWOA 4Z4CA 2A0FB 3LDOA 3B6OA 1EQYA 3CCRQ 3UKUA 4ELTA 2JM9A 1RT3A 1WHMA 4QQ6A 3SBGA 4I2QA 2KYBA 3SWNB 3ME9A 2AK5A 2ESWA 4LFCK 2V26A 2OTLQ 2OTJQ 2E64A 2JXBA 2RI2A 3SQ0A 4F17A 4AHSA 2VXFA 4E7IA 2J7IA 4HCZA 3HPOA 1D3BA 3AO4A 1M4ZA 1GCQC 1BDGA 3JCMd 2YUOA 3UE5A 3HPGA 3KK2A 4C5HA 3VS0A 3K58A 4JJBA 4UC4A 3O4QA 4PKCC 3VF6A 4CHYA 1YT3A 2NUZA 3CFPA 5DK5A 4E3SA 2PY5A 3SD4A 3VPZA 5CR2A 3DB4A 4RUGA 3CCEN 2QK9A 3SVIA 4LY7A 1XTDA 5A0GA 4JZ3A 4XH1A 4IEIA 1CZBA 3EGDA 4AKIA 4N0AC 3LDNA 4H0XB 4DTPA 1G83A 4CVNE 1T8EA 1WQWA 2O8EA 1WZOA 2GTOA 3VS3A 4ISFA 3RRGA 3AVJA 3HRSA 5KPTA 1ABQA 5AQXA 4M7DE 1YTAA 1ATRA 1WGSA 5GAOn 2QXFA 5HRSA 2NUPB 5CCAA 3LWLA 2KFNA 2QQ9A 5AR0A 1LW2A 3U9ZA 2OAUA 1NJIC 4ISGA 1Q7YR 2O88A 2DD4A 4OMNA 1TKZA 2O8DA 2ZGWA 2CH4W 3FC3A 1DTTA 3LPUA 1U6ZA 5KE3A 4I6JB 4J9BA 4I9QA 1X69A 5GMKj 1W70A 1VQ7A 4LDXA 2DL7A 2EFIA 1VQMN 1X6BA 3HHTB 2BGGA 1JXOA 1BU1A 3UKRA 2DF6A 4BRQA 3NAEA 1KSPA 3PIPL 1SAZA 2P0PA 3DRSA 2HD0A 2ITGA 3FJPA 4H5WA 1MV3A 3NFCA 3G4SN 5KI6A 3S41A 3DMJA 4FIBA 1QVFS 1YIJN 2D0BA 1ARKA 4DOWA 5AQPA 2GEMA 2HHTA 5BR9A 3OW2S 3HSTB 2F5KA 3OQ5A 2CT4A 3VQDA 3GNGA 1W9HA 4KHSA 2IG0A 3CPWA 3LAKA 3CD6N 5FWBA 4M7AB 3A8HB 2XY7A 1AEYA 1N27A 2DJZA 2EWNA 2HBPA 2HHSA 2P4RA 1YITT 2W0ZA 4KGVB 4JKBA 4JKGB 1Y64A 4F14A 3TSPA 1VQ7Q 1YJWA 3HK2A 5DM7L 3PIPA 4J83A 4IXCA 3EYZA 3QLHA 3GBQA 1YF5L 2VJ4A 4LUDA 1BKBA 2EYXA 4JI3K 3O9QA 4WCEL 3HYFA 3V9UA 3E66A 2WACA 1WXBA 5HK0A 1KFSA 2D5RA 2GELA 4CK3A 1RCHA 2EQMA 5KYWA 5GAMf 3O4WA 3T7ZA 4OMMA 3HPWA 3C0CA 2D1XA 3L2UA 2V1RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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