4KHNA

Crystal structure of the ternary complex of the d714a mutant of rb69 dna polymerase
Total Genus 314
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
314
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWAMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title A Remote Palm Domain Residue of RB69 DNA Polymerase Is Critical for Enzyme Activity and Influences the Conformation of the Active Site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase, transferase/dna
total genus 314
structure length 901
sequence length 901
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khnA03
1YTAA 4CHNA 4BWMA 4FLZA 4RG8A 3O4QA 4G1QA 4ZTFA 3LWMA 2G8HA 2BANA 4FJLA 4CJ4A 3QERA 3QNNA 1S5JA 2IOCA 3QETA 3AVHA 4AHSA 4AHVA 3ULDA 5HRNA 4AHCA 2B4JA 1W9HA 4HUFA 2FC0A 3ZSRA 3LWLA 4HTUA 4DQQA 3CFOA 4KHWA 1I3AA 1SUQA 3K5MA 4M3WA 4RW7A 3RTVA 3V9ZA 4FJ8A 3RMCA 4M42A 1J53A 2ZQBA 1BIZA 1HRHA 1TKXA 1B9FA 4E19A 3AVAA 1BGXT 3QEIA 3O3GA 2G8FA 1UWBA 4CGGA 1HNVA 4DSKA 1NKCA 4ID5A 3AO1A 3TAPA 3L2RA 3SUNA 3SUPA 1TL3A 1XHZA 4CJEA 3V9XA 2OA8A 1U45A 3LP1A 3QIOA 3S9HA 4CGJA 3WNGA 3HK2A 1DTQA 4OJRA 1JKHA 3VQ8A 1Q8IA 3SUQA 1A5VA 4CJQA 2G8VA 5SWMA 4H4MA 4E0DA 4F2SA 1KLMA 4CEFA 4CESA 4J2EA 3OYMA 2DFEA 2XY6A 4OLBA 5FROA 1Z25A 1TV6A 2QK9A 2IGIA 1JL2A 1VSKA 4DSJA 3OJSA 3SYZA 4CE9A 3LZIA 3TANA 3AA3A 2G8KA 4CHQA 4FJKA 4PQUA 3THVA 4C8KA 3OS0A 1L3SA 2VG5A 2IAJA 4CFDA 2KQ2A 3AA4A 1X9SA 3WNHA 5KGXA 3HPOA 1BI4B 2KFZA 2FBVA 2FBYA 4E7HA 2PY5A 3MEGA 4CJPA 2ZD1A 3VQEA 3OYLA 4JRQA 1HYVA 4TSXA 4OPKA 4W5RA 1RBUA 4FJJA 3I8DA 1VSJA 4BWJA 1IKVA 2YKNA 3QEWA 2JGUA 1A5XA 1C0TA 2VG6A 5CYQA 3HPHA 4B08A 5SZTA 3KJVA 4B9VA 3ZT4A 1J5OA 3UIQA 4DSLA 1EX4A 4BE2A 1O1WA 2HHUA 1DLOA 4DTRA 4DQRA 3F9KA 3O3HA 1SKSA 4CJUA 3MEDA 4F4KA 1BL3A 1JLEA 4O5BA 2DFFA 4N47A 5KTQA 1NJYA 1IH7A 4KTZA 3SQ1A 3L3UA 1X9WA 4PY5A 4DQSA 2G8WA 5I42A 3L2WA 3WNFA 3QIPA 1F21A 1XHXA 3DLKA 4AHTA 1Y97A 4CJLA 2F96A 4FJ7A 1ZYQA 4KHYA 3M8SA 2HMIA 3RMBA 4CF2A 3HXMA 4B9SA 5HRPA 4FLYA 3ZSZA 1WAJA 1NOYA 4B9LA 1BISA 4E3SA 2RN2A 4C8OA 1X9MA 1JL1A 4CEZA 1NK5A 4CK2A 3K58A 3I0SA 4BDZA 3ZSWA 4FCYA 5HBMA 1KFDA 4M45A 2X78A 4O44A 4CJ3A 2RPIA 3MEEA 5FDLA 3NF9A 4MQ3A 1CXQA 2GBZA 3QESA 1VK0A 4B9TA 1VSLA 3K57A 4RW6A 2XY8A 3KKSA 4N76A 2EX3A 3DMJA 4CJWA 3JSMA 4Z4IA 3MAQA 1TKDA 2E4LA 4KAZA 3L2QA 5HP1A 4KHSA 4FM1A 1L3TA 3KKRA 4W5TA 4OGEA 2BGGA 3QEXA 4CEOA 1RBRA 4KB0A 4ELVA 3AVMA 2QKBA 4QCLA 3CFRA 2HHSA 3DLHA 4L8RB 4MFBA 4FZYA 2PYLA 4FLWA 4KB1A 1BCOA 5C24A 3IS9A 4CF0A 4JLHA 1GOBA 4PA1A 3ZSQA 4CEAA 4KHNA 1EETA 4BDPA 2YV0X 4CK1A 3DOKA 4DWIA 3L2VA 1CXUA 4N41A 3ZCMA 2OPPA 1C1AA 4Z4HA 4KO0A 4CHYA 2P51A 1RT5A 2HHXA 1ITGA 3VQ4A 4FLXA 1BIUA 3D45A 4DTNA 3V4IA 1SL0A 4KPYA 2HHQA 4IFYA 1N5YA 3AVNA 1Z26A 3NF6A 1U47A 1ASWA 4FJNA 4CIFA 4BACA 3LAMA 4FJ9A 1C0UA 2FBTA 3SPYA 1RTIA 3SJJA 5C42A 1LW2A 1RT2A 1RDDA 1K6YA 4Z4FA 2KZMA 3PY8A 3T3FA 1SL2A 1RBVA 4OPJA 4OKKA 1C1CA 2D0BA 3AA5X 3IRXA 4UQGA 5HLFA 5J1EA 1RNHA 2Q3SA 1UOCA 4ZHRA 3KD5E 4NCBA 2IC3A 3M8RA 1WSEA 3G0ZA 2RKIA 4CERA 2ETJA 4N5SA 3AVCA 1QSLA 3HP9A 4DG1A 1FXXA 2R7YA 1RDAA 3KD1E 2D0AA 2X6SA 3NH1A 1GOCA 3TAEA 3SUOA 2YKMA 3K2PA 1NJZA 4DF4A 2HHVA 1GOAA 4YNQA 4FJMA 3CQ8A 4O4GA 4Z0UA 3AVGA 1HQUA 3L2UA 3DLRA 1ZBIA 3SNNA 3ZSOA 3HPGA 4HVJA 3U6FA 4BE0A 3VQPA 1VSIA 2PZSA 3KLIA 3OS1A 4M3ZA 3DOLA 3VQ5A 3C6UA 3VQCA 3NFAA 1YT3A 4CEBA 4CEQA 3MXMA 2KZZA 3LPTA 3VQDA 3VQQA 4CJVA 4FJIA 4KHQA 3T19A 4CF8A 4E1MA 4E7JA 1NK0A 2F8TA 4ELUA 1JLFA 3V6DA 4HHTA 4ZTJA 1S1VA 2OZMA 4FLVA 4JRPA 2HHWA 5KRSA 4EZ9A 2YNGA 4I7FA 5HRRA 3HM9A 2YHBA 4CJFA 1D9DA 2BDPA 5KGWA 1HJRA 1QHTA 3KK3A 5FRNA 4IBNA 1CZBA 4B9UA 1ASUA 4CGIA 1NKEA 5HROA 4CFCA 3ALYA 4KTQA 3M8QA 4CGDA 4Q5VA 3NGZA 3HSTB 4DFMA 1B9DA 2AJQA 1B92A 2KFNA 2PYJA 1R0AA 1QS4A 3NHGA 1DTTA 3ZT2A 4RW4A 3KLHA 1S6QA 3KK1A 3PO4A 4HCCA 1T05A 5D3GA 4RW8A 4H4OA 3PX6A 2VG7A 5JS1A 2Z1GA 3CYMA 3ISNC 3MXJA 3V1RA 4CHZA 3TARA 3RMAA 4DFJA 1L3UA 4RW9A 3LP2A 3AVKA 3V81A 1U48A 4I2PA 3DM2A 4Z4GA 1WNSA 3DLGA 2FBXA 1HQEA 1C1BA 1JLQA 4FYDA 3TWHA 2WONA 3EZ5A 1NK6A 3V9SA 4IKFA 3HT3A 4LH4A 3AO4A 2DFHA 4R5PA 5J2QA 3VQAA 4LSLA 5CZ1A 2LSNA 4LD0A 4NCGA 4J2DA 4DLGA 3SCXA 1RBSA 1HNIA 1UAXA 1RT3A 2X6NA 2Z1HA 1WSFA 1XC9A 2YNHA 3DRPA 1U04A 3SQ4A 3LP0A 3NGYA 2DTUA 1D5AA 4FW2A 4IDKA 1Q9XA 1S9GA 3FFIA 1IKXA 2Y1IA 1VRUA 4CHPA 3OVNA 3OYFA 4CEDA 1S1XA 3LZJA 3RWUA 3C95A 4EP5A 4WE1A 1L5UA 4F8RA 4M3RA 2OPRA 2X74A 4OKJA 3CFPA 1QQCA 3KK2A 1J54A 3DLBA 3KTQA 1KLNA 1VSMA 4AHUA 1LWCA 4M3TA 5E41A 3OYCA 1ZBHA 1SV5A 3MECA 3OY9A 1RTHA 1RT4A 2I5JA 3SV4A 4IG3A 1FK9A 5FRMA 4CF1A 1U49A 4W5QA 1LAVA 4CHOA 2GUIA 1BI4A 3RRHA 3OJUA 1JLGA 3S3NA 4FJHA 3LPUA 4CIEA 2GV9A 2HVIA 3HL8A 4FK2A 4DSFA 1RCHA 3IG1A 5CY4A 4H8KA 3LANA 4OVLA 1RBTA 2NUBA 3M8PA 4KI6A 3RRGA 2D5RA 4K8ZA 4EZ6A 4IFVA 1L3VA 4B8AB 1ZBFA 1RILA 5C25A 3V1QA 4Z4EA 4KFBA 2VWJA 3HVTA 3VQ7A 3S3MA 1REVA 3DI6A 2YHAA 3OYNA 1IG9A 4YFUA 4J2BA 1WAFA 4CJSA 2P1JA 3TAMA 4LSNA 4DSIA 2E6LA 1TAUA 3KLEA 1HPZA 1LW0A 4CFAA 5J2MA 3ZSVA 3NDKA 4I9LA 2IS3A 3JYTA 1HYZA 4AHRA 1SL1A 3C6TA 1XI1A 4OLAA 1W0HA 4M3YA 4DS4A 1C6VA 2QXFA 2G8IA 3TAFA 2OZSA 1WN7A 4OGCA 3D0PA 1QSSA 4DMNA 4E89A 1Q9YA 1WSHA 2HNDA 4HUEA 1NJWA 3SZ2A 4NYNA 4FK0A 1FKOA 5T7BA 4FW1A 3G10A 4ELTA 4F3TA 3TAGA 3VA0A 1RTJA 3NAEA 1VRTA 3AVIA 3OS2A 4JS4A 3DRRA 4DTMA 3SV3A 1TK5A 2EHGA 1LAWA 3ASMA 4O55A 3VQ9A 3NCIA 3AO2A 4FJGA 2P5GA 2KTQA 1KVAA 3OYGA 1TK8A 3PX0A 1X1PA 4M3XA 2IDOA 1KSPA 1JLAA 3P5JA 1LV5A 4W5NA 4DTJA 1T03A 3AO5A 3DLEA 1NK4A 3P83D 4O0JA 4FZZA 1VSHA 4M41A 5JS2A 1TKTA 3LDSA 4O0IA 3K5OA 4DTSA 1RT1A 2ATQA 4AILC 1IO2A 4CJ5A 4FXDA 3HJFA 3RMDA 1BQMA 4JS5A 3AA2A 3VQ6A 3HVRA 4Q0BA 4BE1A 4AH9A 3DRSA 3ZSYA 4C8MA 4KREA 2F8SA 3CM5A 1CZ9A 3PUFA 4K8XA 4GMJB 5KRTA 4DS5A 2HNYA 4FM0A 3NH0A 2KW4A 1TAQA 3TAQA 4QAGA 3L3VA 1YTUA 1HMVA 2YNIA 2D0CA 4KTWA 2DY4A 4DU3A 1BHLA 4C8LA 4Y1CA 3CG7A 4E7IA 1JLBA 1KCFA 2XY7A 4J2AA 4NCAA 3OYDA 1EP4A 3SI6A 3H08A 2W42A 1A5WA 1WSGA 1YVUA 3AV9A 3PV8A 5KI6A 1WSJA 3SQ0A 3ZT1A 3VQBA 4DLEA 4DTOA 1VSDA 3RR8A 2A1RA 2B6AA 1C0MA 4CJKA 5J2PA 3WNEA 4DFPA 3MXIA 1D8YA 4KHUA 1NK7A 2A1SA 2OYQA 1D9FA 4CF9A 1EKEA 2XHBA 4E7LA 4KI4A 3IAYA 1NKBA 3F73A 4E7KA 4N56A 1NK8A 3TR8A 2Y1JA 3O3FA 4E1NA 1JXBA 4I9QA 4KKOA 4GW6A 3A2FA 3KIOA 4FLUA 4XIUA 1ASVA 2OPQA 3QEPA 3NBPA 5CYMA 3V1OA 4PUOA 2HHTA 4Y1DA 3LP3A 3EYZA 1WSIA 1JLCA 4DTXA 3U3GA 1I39A 4CECA 3VA3A 4FZXC 1IKYA 4Z4CA 1BCMA 1NOZA 3AVJA 1JXEA 3O4NA 3C94A 2O4GA 5HRSA 3DYAA 1TKZA 1KRPA 4F3OA 3OYHA 3AVBA 3I0RA 1TVRA 1BQNA 2WOMA 3NF7A 3QLHA 4LH5A 4CFBA 4CJTA 4EP4A 1SKWA 4B9MA 4KV8A 2BE2A 3ITHA 5CZ2A 1TGOA 3LALA 3QINA 1XWLA 4CJRA 3V9WA 4C8NA 3HO1A 5EU7A 1S9EA 3KLGA 4DU4A 4CEEA 4QOZB 3NF8A 1KFSA 3BGRA 1MU2A 5DMRA 4FVMA 3ZT0A 3K5LA 4BDYA 1S1TA 3P1GA 1N6QA 1QTMA 2YNFA 1U4BA 2HW3A 3QEVA 1LWEA 1S1WA 3TABA 2ZE2A 3V9UA 1VSEA 1KVCA 4IG0A 3EY1A 2HVHA 4DTUA 1LWFA 4FLTA 1EXQA 1RDBA 2JLEA 3RR7A 1T8EA 1FKPA 3ZSXA 1UA1A 1RTDA 1T7PA 3BDPA 5J2NA 3PX4A 2HB5A 3ZT3A 4KRFA 1CLQA 1S6PA 3OYBA 4FJXA 4DF8A 3SQ2A 1QE1A 2ITGA 3LAKA 4CGHA 3OYAA 4DQPA 4CIGA 3S3OA 1KTQA 3OYEA 2HNZA 3K59A 3NH2A 5I3UA 2QKKA 1VSFA 3U3YA 2XO7A 2B5JA 3NE6A 4HCBA 3T1AA 4DQIA 2OPSA 1UA0A 1J9AA 2P5OA 3AVLA 5DK5A 1NK9A 1QSYA 4F2RA 4CCHA 5K14A 2E6MA 3QO9A 2XY5A 3HYFA 1TK0A 2G8UA 4GVMA 3K5NA 4B3OA 3AVFA 4CK3A 1WLJA 1RDCA 3NGIA 3E01A 4FJ5A 3KLFA 4M3UA 3HP6A 3TI0A 2VWKA 3CM6A 3AO3A 2Z1IA 1IKWA 4DFKA 1ZBUA 4LY7A 4HUGA 3B6PA 4DU1A 4ICLA 1SKRA 3PO5A 1RT7A 4DTPA 3OYKA 1HYSA 4I2QA 4CGFA 1NJXA 4NYFA 3L8BA 4ID1A 4DSEA 1ZBLA 4FM2A 1TL1A 3QNOA 3OYJA 4W5OA 4B9NA 4PWDA 3SPZA 2Z1JA 4B8CA 2RF2A 4OKEA 3VN5A 3OYIA 3B6OA 1RT6A 1G15A 1KVBA 2XRIA 4FK4A 2O4IA 1S1UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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