The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
207
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structure length |
199
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Chain Sequence |
VDINPARALVYQLLSSLFAREVDEQRLKELTSEAAQQFWEQLSLEANFTQSVDKIRSTLNGIKDDEALLELAADYCGLFLVGTSASPYASLYLLLFGEQHQQMSEFLHQSKLQVQSHFPEPADHLAVMLAYMAHLCCHSENSVQLSFLQTCVNSWLAKFINHLTQCNKNGFYSAVATLTLAWVKQDIAQLEPAVAIISL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Novel Protein Fold and Extreme Domain Swapping in the Dimeric TorD Chaperone from Shewanella massilia
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TorA specific chaperone
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| molecule tags |
Chaperone
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| source organism |
Shewanella massilia
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| total genus |
70
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| structure length |
199
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| sequence length |
207
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02613 | Nitrate_red_del | Nitrate reductase delta subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Monooxygenase | HscB, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BVO A; 2RKH A; 1N1C A; 3UO3 A; 4IT5 A; 1FPO A; 3UO2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1EI7 A; 1FZ4 E; 1U6H A; 2LFF A; 2L9J A; 3KL4 A; 4U9D A; 1NSG B; 4XQ1 A; 5T1D B; 3T4R A; 2GDC A; 5JP7 A; 3SVI A; 1ZVZ A; 3HL8 A; 4JS4 A; 2WZF A; 2CCY A; 4U5B E; 1Z7Q c; 4M3W A; 3CSK A; 4YL0 A; 3QVY A; 1L3P A; 5DS4 A; 2PBE A; 2DI3 A; 2TMV P; 4OD4 A; 2D5R B; 1VTM P; 2GFH A; 4NY3 A; 4W8K A; 1CPR A; 2Q9A A; 4MQ9 F; 4DTP A; 3GM1 A; 5L0G A; 1Q0M A; 4P9T A; 3V7D B; 3NAE A; 1JPJ A; 1OCR C; 3B9Q A; 1YLM A; 3K1I C; 3IPM O; 4IT5 A; 4FJ9 A; 3HNJ A; 5L3V A; 3QVZ A; 4OIP F; 2A0U A; 4CJG A; 3JT1 A; 3SUO A; 3KPH A; 4Z9J A; 5AC5 A; 3NDB B; 1H9T A; 3QET A; 4KC9 A; 1YJG A; 5CIV A; 2EPL X; 4DU4 A; 1A0B A; 2OKU A; 4JE9 A; 4I9Q A; 2JH9 A; 4E7S A; 3RVZ A; 1E83 A; 4NQF A; 2WZL A; 1CGM E; 1WTY A; 4U5C E; 4DU1 A; 2YL1 A; 3KYJ A; 3K7D A; 2XXA A; 3UO3 A; 2MZW B; 4BJ6 C; 4M3Z A; 2QNL A; 2DEB A; 4FK4 A; 3SYN A; 1FFT C; 4GYT A; 2EIK C; 1NEX B; 2XS8 A; 1FZI E; 3DMD A; 3UO2 A; 5A6K A; 2KC3 A; 3PHF 2; 4DTN A; 4MND A; 5B1A C; 1TWH A; 2EIN C; 2ATQ A; 4OIN F; 4BJ5 C; 1JOG A; 4CDV A; 1D1C A; 4JJF A; 4U9E A; 3TAB A; 1HE9 A; 3AQC A; 4MW3 A; 1YVI A; 1J8M F; 4O6N A; 3AOU A; 2OZS A; 1SR2 A; 2AU5 A; 4JKV A; 4QI0 A; 2I8B A; 3QTH A; 1H9G A; 2JQT A; 1XVG E; 2Z15 A; 2XLW A; 3LJB A; 2ZD9 A; 1OKK A; 2B0H A; 1LS4 A; 4LAC B; 1FZ7 E; 3L34 A; 3QEX A; 3RWU A; 1RCP A; 2HSQ A; 2ZXR A; 4KBL A; 4M3R A; 1BDJ B; 1EQ1 A; 1LKX A; 3QZC A; 3SNH A; 3E70 C; 4WGZ A; 1V54 C; 3X2Q C; 1G5Z A; 2I15 A; 2GAQ A; 2PFD A; 2IYL D; 5A6B A; 2FGY A; 2YRF A; 4E0H A; 2Y3B A; 2OZM A; 5L0J A; 3EGX A; 5F5F A; 1APC A; 2EPN A; 4D4N A; 3SQ1 A; 1OW7 A; 2W4B A; 1QSP A; 2IBF A; 2XSE A; 3V7O A; 2QXF A; 4PR9 A; 1C17 M; 2CDQ A; 3C8Z A; 3VAY A; 3VF0 A; 1E86 A; 3C6O B; 5DS5 A; 2JX0 A; 3SXZ A; 2UUI A; 3NKD A; 4PFO A; 4M42 A; 2P5G A; 3L8J A; 2ZXW C; 3EG9 B; 4MVM A; 4JCH A; 5EGY A; 3N1E A; 3VYW A; 3RQE A; 1M6T A; 2J0W A; 1LIH A; 5E3C A; 3JSZ A; 5T3W A; 3ZTM A; 3RFY A; 2C03 A; 4R32 A; 2R7S A; 3NMK A; 2KSF A; 3SJJ A; 3U3F A; 4U5H A; 5IY5 C; 4PJJ A; 5IRE A; 1TWC A; 1FZ8 E; 4CDA A; 2HV6 A; 2LFD A; 2A68 F; 2OJQ A; 4K7B A; 3O10 A; 4JRZ A; 4J2E A; 3JZ0 A; 3RYL A; 3C95 A; 1I5N A; 3NGI A; 1K04 A; 4I6J B; 4OIR F; 1J8Y F; 3B71 A; 3ABL C; 3FMS A; 3SXY A; 4DXW A; 4JZA A; 3US6 A; 3DJU B; 3GWL A; 3UGP A; 4RDA A; 3WG7 C; 1JR8 A; 2ICW G; 2JHP A; 4MVS A; 3AGT A; 5KYW A; 2BL2 A; 4ZLD A; 2G62 A; 1MNE A; 5JS5 A; 4JC7 A; 5KYX B; 1Q0K A; 2OVQ B; 2HV7 A; 3OGM B; 2M64 A; 4N6C A; 4DTR A; 1TFK B; 2A0B A; 2F22 A; 4KI4 A; 1FMW A; 5BQH A; 5HV9 A; 3EH2 A; 4LDR A; 3TJY A; 1ZW2 A; 3TOM A; 4GEH A; 5L0F A; 1FZ3 E; 4CS9 A; 2P7V A; 2OU6 A; 3SNN A; 3E4Y A; 2H4T A; 3ZC4 A; 2KK1 A; 4EBB A; 1LM3 B; 4M3Y A; 4CSA A; 2LF6 A; 1LVK A; 2HMQ A; 4MW8 A; 3U2L A; 1ORJ A; 3ZIB A; 4FK0 A; 4QI2 A; 1XMH E; 1TWG A; 3CEX A; 4YWQ A; 3EQL F; 4G7Z F; 4Q4Z F; 2YL7 A; 3LZI A; 3FHD A; 3G4X A; 3ZDL A; 1V55 C; 3C8G A; 3KH2 A; 3TAG A; 3I5P A; 1JMW A; 4U5E E; 2AWC A; 2VCA A; 2Q9B A; 4M45 A; 4JS5 A; 1MMN A; 3GM2 A; 3NMJ A; 4AK9 A; 1ZHT A; 4NTA A; 1ZHW A; 1HW2 A; 3B0P A; 1MMA A; 4JTD B; 3M1C B; 2H7V C; 3T6G B; 1FTS A; 1FNT c; 1TQG A; 4YN0 B; 3DKA A; 3NHG A; 1SF8 A; 1OR2 A; 2A6H F; 1VMA A; 1AEP A; 1WN0 A; 1PD0 A; 2QY9 A; 3B0V C; 2P61 A; 2H8A A; 3LNM B; 4FK2 A; 2Q9C A; 4FJN A; 3W2V A; 1E85 A; 3MFN A; 3H2V A; 5IZ7 A; 2VB6 A; 4G7H F; 5KYN A; 2YQY A; 3EGD A; 2JHA A; 1NFN A; 5TJ5 E; 5H37 A; 3MBG A; 3J2P A; 2YL3 A; 1ZW3 A; 1IH7 A; 2EIL C; 3LZJ A; 4ANJ A; 3LUT B; 4ULV A; 3L8B A; 4AKH A; 2HS5 A; 2YLD A; 4QDL A; 4RBN A; 4EHP A; 1D1B A; 4JTC B; 3C94 A; 3AGU A; 2L6H A; 3UMH A; 5B3S C; 1XZQ A; 3C7J A; 3SQ2 A; 4RG8 A; 3OEO A; 3DZA A; 4FJH A; 1HY5 A; 4WJ0 A; 4KI6 A; 1SYQ A; 3GOD A; 4CDY A; 1LI5 A; 2GA0 A; 3AG3 C; 2Y39 A; 4M3T A; 1OKK D; 4KHN A; 3UIQ A; 1T5O A; 3K66 A; 4P9F A; 2KNH A; 5BUO A; 2NSF A; 4C3E A; 4DBR A; 3T6J A; 1KU2 A; 4MTO A; 5EHH A; 2MMB A; 4X5N A; 1KNY A; 2AP3 A; 3X1O A; 3FOO A; 4ICG C; 5A6A A; 1NZE A; 5A6B D; 5T3T A; 4EBJ A; 3EZI A; 2R9R B; 2P1O B; 3CFP A; 3QEP A; 1PCX A; 2UUH A; 1FS1 A; 3ASO C; 3JYY A; 3G4Z A; 1HMD A; 2HZ8 A; 1Z63 A; 3W8I A; 1RKC A; 2PX3 A; 3K1H A; 2DGJ A; 1FMV A; 3L1N A; 2H7B A; 3Q7G A; 4KNW A; 3DM5 A; 4JVS A; 1E84 A; 1K05 A; 3DAG A; 4PJL A; 2XLM A; 2J45 A; 3S29 A; 2ETS A; 1K40 A; 2L7A A; 3N24 A; 4MVU A; 1ZHY A; 4CSA C; 1OXK A; 4A4A A; 4JW1 A; 1OR3 A; 1YYX A; 2DB4 A; 1V74 B; 2IXP A; 1XVF E; 3QER A; 1A41 A; 4AKG A; 2NG1 A; 3LDB A; 4FJG A; 2HD0 A; 4GQH A; 4JEB A; 3HGK E; 1UG7 A; 4C7O B; 1CLQ A; 1YDI A; 2IXO A; 4XEV A; 3W2W A; 4JRQ A; 4HFK B; 3CFR A; 1Y6D A; 1AUE A; 1NFO A; 3ZVR A; 1SZI A; 3O39 A; 3IQC A; 4N4W A; 3QEI A; 1WGW A; 2MWQ A; 4FX5 A; 4E18 A; 2R7R A; 1BBH A; 3C18 A; 5JVE A; 4LER A; 3KMI A; 1FXX A; 1XMG E; 3U5S A; 3O55 A; 4O6Y A; 3MX3 A; 4J2B A; 3IQ5 A; 1CPQ A; 4KNV A; 5L0D A; 1GGQ A; 4J30 B; 2JH8 A; 3HGL A; 2P1N B; 3DWW A; 4YL1 A; 2XL4 A; 1LE4 A; 2VJ5 A; 3S90 A; 1OCC C; 4D4X A; 2PFT A; 2FYO A; 1Q0D A; 2EPK X; 2A1D D; 1YAU O; 4HCC A; 3JRT A; 5COF A; 3N1B A; 3HNK A; 3SQ4 A; 3QEV A; 2JPN A; 2XM0 A; 2OVR B; 1B68 A; 3WHN A; 3EZH A; 3R2P A; 1YZC A; 1NBB A; 2PFV A; 4H4K C; 1XVE E; 3NRH A; 4RNG A; 2BE5 F; 4U5D E; 4DRI B; 2R7X A; 2YEV A; 2A69 F; 3SUN A; 4FJK A; 1FZ5 E; 1I4Z A; 3OA1 A; 3FAJ A; 3MLG A; 1ORY A; 2P6V A; 2OVP B; 1QLE C; 2RSE B; 3FAP B; 3RVY A; 4KI2 A; 3QMK A; 5A6J A; 4IWB A; 4I1O B; 2WVO A; 2Y69 C; 1YAR O; 3I5Q A; 4KHU A; 1IG9 A; 1M2V B; 5AC4 A; 1E2X A; 4YT2 A; 4I3M A; 3OWT A; 2P1A A; 1T9K A; 2QE9 A; 4AE4 B; 1T01 A; 4MVQ A; 2RD9 A; 5BQI A; 3WAQ A; 2V3C C; 1WWP A; 1L7C A; 3BVO A; 4FJ8 A; 4KHY A; 3C8G D; 3M15 A; 4MS2 A; 4HFF B; 3AG2 C; 1T6U A; 3RMA A; 3CZ6 A; 1VLS A; 3PMR A; 2J9U A; 3NCI A; 2VJ4 A; 2ZXO A; 3HNI A; 3W8H A; 1XVD E; 2J9V A; 2NUP B; 1I4Y A; 4JEA A; 3L0I A; 4I44 A; 4W8P A; 3U0C A; 3C63 A; 3EG9 A; 4AL0 A; 4XPY A; 2WVN A; 3TD7 A; 1MMD A; 2P1M B; 3ITF A; 3NYJ A; 4U5G A; 5HSW A; 2Q3T A; 3N0T A; 4K1O A; 4DU3 A; 3R7C A; 2HMZ A; 3ECS A; 3H65 A; 1XVC E; 1CGN A; 3EFO B; 1V4A A; 1D0Y A; 3TK0 A; 4PJN A; 1R4T A; 2Q00 A; 3DAF A; 2CGE A; 3EPV A; 4LLE A; 3K33 A; 3U8V A; 1GQA A; 3MYF A; 4XPX A; 4CIH A; 1Q9Y A; 3S9H A; 1PV3 A; 3HLZ A; 2LSE A; 4JCZ A; 2NPU A; 3B29 A; 1XU3 E; 1HW1 A; 3EHM A; 3TOL A; 3QES A; 1F1M A; 3GOR A; 1YYJ A; 5KYY B; 1FFH A; 4I1M A; 3S27 A; 3TQO A; 3U9M A; 1FPO A; 3RMC A; 2R02 A; 2RKH A; 2R7U A; 2G3K A; 4N06 A; 2YL0 A; 1OXB A; 5KYY A; 4JRP A; 3K2O A; 1BR1 A; 1LDK E; 2XRH A; 2J8W A; 2VCB A; 3AQB A; 4LLC A; 4XPW A; 2XLO A; 1TWA A; 5CI8 A; 4XLN F; 1QKR A; 2PP4 A; 2LD6 A; 4G0H A; 2CW0 F; 5KYX A; 1YA9 A; 2J46 A; 3B0U X; 3MKS B; 3M79 A; 4Z9I A; 4M3U A; 2W9Y A; 3C6N B; 2E31 A; 3GEE A; 4XEK A; 3U3B A; 3F47 A; 2YWA A; 2XLV A; 4AL1 A; 4NTB A; 3SUQ A; 4BJ1 A; 4CS8 A; 3HP9 A; 3EH1 A; 4EKW A; 2L6F A; 2LF3 A; 4EWC A; 4NTF A; 1OCO C; 2OYQ A; 2WVQ A; 3EHN A; 3Q6N A; 4KHQ A; 4DTO A; 3SXK A; 1XWJ A; 4ADN A; 1P22 A; 2R7V A; 2B1E A; 1GS9 A; 3ASN C; 1S05 A; 2P1P B; 4ER9 A; 2MYS A; 1LI7 A; 4EP9 A; 4MVR A; 1NG1 A; 3RQF A; 2PNO A; 4Q7C A; 3L0M A; 2YVK A; 4DOZ A; 1WAJ A; 1ZHZ A; 2WB7 A; 4FJL A; 1QZX A; 3AG4 C; 1MMO G; 4RD9 A; 1MMG A; 1C02 A; 3KD1 E; 5KYU B; 2M4E A; 3JTL O; 4DBQ A; 4FAP B; 3NE6 A; 4FJM A; 1W2W A; 4EBK A; 2HJM A; 3SI6 A; 2DY4 A; 2VAS A; 2H7O A; 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