4DU3A

Rb69 dna polymerase ternary complex with ddtp opposite dt with 3-deaza-adenine at the n-1 position of template strand
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 322
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du3A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du3A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du3A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du3A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du3A03
1S1VA 2HHWA 3RR8A 2F8SA 4FJ5A 4FJNA 4KKOA 1G15A 1RTHA 3AVFA 1K6YA 1O1WA 4LH4A 3F9KA 1RBRA 1RDCA 4B9NA 2OZMA 4KV8A 4DFMA 3VQBA 3ZSWA 5FRNA 2O4IA 4UQGA 3NGZA 1NK6A 2RF2A 4B3OA 1CXUA 3QEPA 1WN7A 1HYVA 5HRRA 1W9HA 3ZT0A 1SKRA 3QINA 2XRIA 4KHNA 3LP2A 4E1NA 3MAQA 3SUNA 1JKHA 3AO5A 4CF0A 2KTQA 5T7BA 4NCBA 2XY8A 3AVNA 3HJFA 4CJKA 1EP4A 4FK0A 2IS3A 1VRTA 5SZTA 4RG8A 4CHPA 4N5SA 4E7KA 1D9FA 4DSKA 5FRMA 3L2WA 2F8TA 4YNQA 3DLRA 1TKZA 4M42A 1RDDA 4BWMA 4BE2A 1U47A 3SUOA 4NYNA 4CGGA 1U45A 5D3GA 4FJ8A 5J1EA 2E6LA 3VQEA 4KI6A 3NF9A 3OYLA 4LSNA 4HCCA 4DQSA 3OS1A 1WSEA 5SWMA 3SUPA 3OYAA 3SZ2A 1WSJA 3PUFA 4CJTA 4GVMA 1S9EA 1YVUA 3DLGA 4OPKA 4R5PA 4Q5VA 4ICLA 1VSHA 1S9GA 4CEBA 1VSDA 2ETJA 1RT3A 3ZSRA 3HT3A 4CGFA 1S1WA 1KLNA 2OA8A 4DTUA 4FK4A 4H4MA 2BDPA 2PYJA 3C6TA 3KKRA 5CZ2A 3O4QA 3O3FA 1RDAA 3L2VA 2IAJA 1NJYA 2HVIA 2DY4A 5J2NA 4Y1CA 4CFAA 1RBUA 1D9DA 3SQ2A 2HVHA 1N6QA 3AO4A 4RW6A 3EZ5A 3VQ4A 2GBZA 3VQ6A 1L5UA 4N41A 3DI6A 4QCLA 4DU3A 4M41A 4BE0A 4MQ3A 4DF4A 1XC9A 2BANA 3SI6A 4FJLA 3LZIA 4J2DA 1C1BA 2WONA 3IS9A 4DTNA 4FJXA 1CLQA 1BCOA 3NBPA 4G1QA 1NK5A 3NF7A 1WLJA 5KI6A 4DLGA 4E7JA 4KB0A 5CZ1A 3SJJA 4ELTA 3K2PA 3LWLA 3CFOA 3G0ZA 1QSLA 1HNVA 4CJ4A 1YTUA 2HHVA 2YV0X 1RT7A 1U04A 3AVLA 5DMRA 4CJRA 4C8NA 3P1GA 4CJWA 1HPZA 2KQ2A 3NH1A 4N47A 4IDKA 1KTQA 1U48A 1TKDA 1QE1A 3OYIA 1XHZA 1Z25A 3QIPA 1S5JA 2R7YA 3LP1A 1TAUA 2A1RA 1FK9A 4FZZA 3QESA 5J2PA 4IFVA 5HRNA 4MFBA 3DLEA 1GOBA 1UA1A 3V4IA 4CF8A 1BHLA 1RTJA 2DTUA 1WAJA 3BGRA 2OPPA 1FKPA 1BGXT 1MU2A 3K5NA 3CFRA 4Z4EA 1LV5A 2KFNA 4KHQA 4CHYA 1RDBA 4KRFA 3LWMA 4JRQA 2G8KA 4CHZA 4ZTFA 3SQ0A 4DMNA 4PY5A 3L2QA 1RT2A 2DFHA 2XY7A 4NYFA 3ZSZA 4ELUA 2P51A 4DS4A 1SL1A 4DSJA 4FW2A 3VA0A 4PQUA 3T19A 3KK3A 4N76A 4FVMA 1LAWA 3NGYA 3O4NA 3AVBA 4Y1DA 4CEQA 4E89A 3VA3A 3CM5A 1J54A 2JLEA 3OYMA 4CHQA 1VSJA 3WNEA 4AH9A 3ZT1A 4CGIA 5E41A 4W5TA 4FJGA 1LAVA 1RBSA 2YKNA 2Y1JA 4DG1A 1LW0A 2YHAA 4CGJA 4M3WA 3RTVA 4FJ7A 4W5QA 3HPGA 4W5NA 1BIUA 1HMVA 1TL1A 4RW7A 2ITGA 1WSHA 1WAFA 3VQAA 1IH7A 4FM1A 2X6SA 3VQ8A 4J2AA 4EP4A 4Z4FA 1T7PA 3IAYA 4DTOA 2YNFA 1ZYQA 2IDOA 1WSGA 1KVAA 1YTAA 2VG5A 4B9TA 1KVCA 4F3TA 5KRSA 1JL1A 2X74A 1L3VA 4HVJA 4FJKA 1SL0A 3DOLA 1CZBA 3M8SA 4CECA 3IG1A 1D8YA 3CG7A 3LPTA 4Z4GA 4B08A 3HXMA 4FLVA 3RRGA 4FLWA 3AVMA 4AHCA 3M8PA 3SV3A 2ATQA 1EETA 4DQRA 3DLBA 3ZCMA 3BDPA 3M8QA 1N5YA 4N56A 3V6DA 2HHQA 3G10A 4DQIA 3RMCA 4CK3A 3K59A 2YNGA 4Z4IA 4KREA 2OZSA 3JYTA 4IKFA 3CM6A 5HLFA 1BQMA 3U3GA 3S3NA 4AHRA 1T03A 4PWDA 4M3TA 2X6NA 2QXFA 4JS5A 3SQ4A 2YNIA 2HB5A 4FLYA 3AVCA 3L3VA 2FC0A 3WNHA 3OYJA 4E0DA 1QSYA 2EX3A 2IC3A 3ZSQA 3RMBA 1KFSA 3DLHA 2KFZA 3QNOA 4I7FA 4C8LA 2PY5A 4C8KA 3SUQA 4ID1A 3RR7A 1HQUA 1Q9XA 4FLXA 4CGDA 3OYCA 2G8VA 1ASUA 1HYZA 1HNIA 4LSLA 3V9ZA 1I39A 2FBTA 1TK0A 4E1MA 4CK1A 1J9AA 3OS0A 1TK5A 4EZ9A 3NDKA 3HP6A 3NE6A 4M3XA 1CXQA 3QO9A 1CZ9A 1JLAA 4CF2A 3L3UA 1WSIA 2XO7A 3MXMA 2ZQBA 4NCAA 1HYSA 4K8ZA 1FXXA 4ID5A 4RW4A 4KB1A 2VWKA 4OPJA 4FM2A 3B6OA 1A5VA 4BWJA 5FROA 5K14A 1ZBUA 2Z1JA 4TSXA 1LWEA 2YKMA 4FYDA 3NGIA 1NK0A 1J5OA 1S6PA 1RT1A 1KCFA 4HTUA 3ASMA 4EP5A 2FBVA 3MECA 3T1AA 2OPSA 1QSSA 2D0BA 4B9MA 4M3RA 3SYZA 1SKSA 3ZT4A 2PZSA 3K5MA 1XI1A 4LH5A 4CJPA 1SUQA 3RRHA 1REVA 1HJRA 4CEOA 4B8AB 4IG3A 3V9XA 1BISA 4CIEA 4DSFA 5FDLA 1J53A 4CFDA 3AVJA 4HUFA 3DLKA 4F3OA 3AO2A 2IGIA 3DOKA 3DYAA 4KFBA 3C94A 3LALA 4CJFA 4Z0UA 1ASVA 2B5JA 1RCHA 4OJRA 4OLAA 3AVHA 3C95A 1ZBHA 3C6UA 4FLTA 1TVRA 1JL2A 4CEFA 4LY7A 4I2PA 3HVRA 1SV5A 1RT6A 1S1XA 5CY4A 1JLQA 3OYDA 3S9HA 2VG7A 2Y1IA 1S6QA 3KK2A 4DQPA 3CQ8A 2O4GA 3ITHA 3FFIA 3I0RA 2XY6A 2HW3A 3V1QA 3RWUA 3DRSA 3M8RA 1I3AA 3AVKA 2HHXA 1VSEA 5KGWA 3VQ7A 3ZSVA 3TAGA 5HRPA 4XIUA 3AV9A 1JLEA 3MXIA 4BE1A 4CJ3A 4KHWA 4FZYA 3V1RA 4Q0BA 4B9LA 3KJVA 1BQNA 1VSFA 4DTPA 3THVA 4CJ5A 1IKWA 1XWLA 3SPZA 4KTWA 3PO5A 3PV8A 1B9DA 4DTSA 1TKTA 4E19A 4QOZB 2Q3SA 3QETA 2BE2A 3T3FA 4AHUA 3O3GA 4FK2A 5JS2A 1X9WA 4YFUA 4KHYA 4M45A 4B9UA 3U6FA 3OYGA 2I5JA 2BGGA 2HHUA 3SQ1A 2OPRA 4J2BA 1TK8A 4E7IA 4DSEA 4CEZA 3KD5E 1C1AA 2RPIA 3K5LA 3ZSXA 1NKCA 4DU1A 3LZJA 3NCIA 3HPHA 4RW9A 4FCYA 1X9MA 4GW6A 4DSIA 4FZXC 1NOYA 3NAEA 1C0UA 2KZMA 2D5RA 3WNGA 3HSTB 4CJSA 1X9SA 1UOCA 4DTMA 3L2UA 1A5XA 2QKBA 1EKEA 1WNSA 3AA2A 3WNFA 4CFCA 1L3UA 1JXEA 2D0CA 1VRUA 4WE1A 4B8CA 1KRPA 4KAZA 3P5JA 1IKXA 3TANA 2GUIA 4IG0A 2X78A 3OY9A 1QTMA 5KTQA 5HBMA 1TKXA 3A2FA 3TAEA 4CK2A 4ELVA 1JXBA 1TV6A 1L3SA 1QHTA 3MEGA 1VSMA 2XY5A 3DM2A 4DLEA 3VQPA 2B4JA 4DU4A 2OYQA 2HNYA 2FBXA 4FJHA 5C25A 4BDZA 4M3YA 1C0MA 3VQDA 1VSIA 3SCXA 2DFEA 5I3UA 3HL8A 3OYKA 1RTDA 4O55A 1C0TA 3UIQA 5I42A 3O3HA 1ZBLA 1NK7A 3KKSA 1KLMA 4C8MA 1RT4A 4O0IA 3LAKA 1D5AA 4OGCA 1SKWA 4E3SA 3OYEA 3LDSA 4J2EA 4DQQA 4KHSA 2KW4A 5C42A 1U49A 2G8IA 3AVIA 4OKJA 3B6PA 5CYQA 4IFYA 1F21A 4Z4HA 3ZSOA 3JSMA 3KLHA 4E7LA 4DWIA 4F2RA 2QKKA 2WOMA 1KVBA 3HM9A 3V9WA 3S3MA 3KLFA 4OKKA 1NKBA 3EYZA 1NJZA 4F8RA 3PX0A 4DTJA 4HUGA 1IKYA 3TARA 4M3ZA 3L2RA 1GOAA 4FJIA 1RBVA 3E01A 4CJLA 3HVTA 3AVAA 1YT3A 2E4LA 2OPQA 1B92A 2EHGA 3QEIA 1JLGA 2HHSA 4AHTA 3L8BA 3OYBA 3AO1A 2QK9A 4FM0A 1RT5A 2Z1GA 2Z1IA 4Z4CA 4CCHA 3TAQA 4OLBA 1DTQA 4HHTA 5HROA 3NHGA 4KPYA 1B9FA 1BIZA 4OGEA 1R0AA 1ZBFA 3OS2A 2AJQA 2IOCA 5KRTA 4JRPA 4CFBA 3PO4A 1SL2A 3CYMA 3VQ5A 1JLCA 3TI0A 1U4BA 3TABA 2Z1HA 2HHTA 3V81A 3H08A 2VG6A 3MXJA 1ASWA 3AA5X 3NF6A 3S3OA 3OVNA 3ULDA 3QEWA 4PA1A 1QQCA 1LW2A 1DLOA 2G8FA 1NJWA 4CERA 4LD0A 1Q8IA 1RILA 3NF8A 3OJUA 1EX4A 3LP3A 4H8KA 5J2MA 4FLZA 3QEXA 1QS4A 1BCMA 1WSFA 3AA3A 4B9SA 3AO3A 3AA4A 4I9LA 4I2QA 3TAMA 1BI4A 3VQCA 4KI4A 4CE9A 4DFKA 1T8EA 3AVGA 4DFJA 5HP1A 4CIFA 2JGUA 3QIOA 3VQ9A 3HYFA 3I8DA 4CJQA 4F2SA 4FJ9A 3QERA 3OYFA 2PYLA 3HK2A 2A1SA 3DMJA 4CEDA 1IG9A 1A5WA 4AHSA 3KLGA 3V9UA 4DS5A 5DK5A 1UA0A 1L3TA 3KIOA 4FW1A 4HUEA 3SV4A 2ZD1A 1LWCA 4OKEA 4DF8A 4NCGA 2E6MA 1LWFA 3OYHA 4HCBA 2YNHA 2B6AA 4CESA 4K8XA 1TL3A 4O44A 2DFFA 3I0SA 1W0HA 4CHOA 2G8HA 1BL3A 5HRSA 3ZSYA 2YHBA 1TAQA 1JLBA 4FJMA 1BI4B 3D45A 5C24A 1EXQA 3TAFA 1RBTA 5CYMA 3SPYA 2RKIA 4RW8A 1S1TA 2RN2A 1ITGA 1NOZA 4JLHA 2P1JA 4IBNA 3V9SA 5JS1A 4EZ6A 1VSKA 2P5OA 4CGHA 2HMIA 3HO1A 1NKEA 1S1UA 3V1OA 3SNNA 1C6VA 3LAMA 4O5BA 3IRXA 2G8UA 4M3UA 3KLEA 2D0AA 3EY1A 3DRPA 4CJEA 3ZT2A 2KZZA 3K58A 3NFAA 4AHVA 4DTRA 3TR8A 3VN5A 1UWBA 2W42A 4FJJA 4O0JA 3P83D 4KO0A 3ZT3A 1T05A 2FBYA 2LSNA 1TGOA 3HP9A 3K57A 3QNNA 4FXDA 4CF1A 3MEDA 3PY8A 4PUOA 3NH2A 5EU7A 4C8OA 2NUBA 3KK1A 3D0PA 4QAGA 3KLIA 3K5OA 1KSPA 4KTQA 3CFPA 4KTZA 2XHBA 4BDPA 1UAXA 1C1CA 1KFDA 3OYNA 1NK4A 1Y97A 3TAPA 1HRHA 4ZHRA 4GMJB 3PX6A 1NJXA 3F73A 1RTIA 1JLFA 3KTQA 5KGXA 1HQEA 2ZE2A 3LPUA 4B9VA 1GOCA 1NK9A 2G8WA 3ISNC 4I9QA 4CJVA 2HNDA 4ZTJA 4OVLA 1X1PA 3PX4A 4KHUA 3MEEA 3HPOA 4DFPA 4CHNA 2HNZA 2VWJA 1IKVA 4W5RA 3U3YA 4L8RB 1NK8A 5J2QA 4H4OA 3TWHA 1VSLA 1RNHA 4FLUA 2F96A 4W5OA 3OJSA 4BDYA 4DSLA 3KD1E 3LANA 4JS4A 4AILC 1ZBIA 4DTXA 3RMAA 4O4GA 1VK0A 3NH0A 3VQQA 3DRRA 3ALYA 1IO2A 1XHXA 3LP0A 4CEEA 4CIGA 3QEVA 4BACA 1Q9YA 3RMDA 1Z26A 2P5GA 4E7HA 3QLHA 4CEAA 2GV9A 1FKOA 4CF9A 1DTTA 4CJUA 4F4KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1E4FT 3L2QA 3ATVA 3U8XA 1RT2A 3ZSZA 2P51A 2F9WA 4NB4A 3HTVA 2VQFK 3O4NA 3VA3A 4I6MA 1YHQN 4X65K 5AQNA 3CM5A 2UYTA 2JLEA 1GLLO 3FZKA 1VSJA 4BRLA 1YJWN 3J7AP 2YKNA 3PLAA 3ID8A 3E66A 4BRMA 1HMVA 4FPAA 4RW7A 3CCJN 1QQMA 1IH7A 4FM1A 2WFBA 4Z4FA 2HBJA 1T7PA 3IAYA 3VENA 2IDOA 1WSGA 4B9TA 5KRSA 3J80O 2JHPA 1D8YA 1OH7A 1NEXB 4JD2A 4FLVA 4FLWA 3EKSA 2P9IA 1XMQK 4GV6A 4DQRA 1FZ0E 3BDPA 1X3NA 1N5YA 4N56A 2HHQA 4JNEA 2OZSA 5HLFA 4FO0A 1FZHE 2YHXA 5F2RA 4FLYA 3OYJA 4E0DA 1QSYA 2FLOA 4DR3K 1N1CA 2WC9A 1JCFA 4FLXA 3OYCA 2OVQB 5JVGL 3PSIA 5AR0A 1XMHE 1ASUA 1HYZA 2FSNA 3KHYA 2GTDA 3FE1A 1TK0A 4CK1A 1NMDA 3NDKA 4M3XA 3MN5A 3VOVA 4CF2A 2O8DB 1JLAA 3L3UA 4C1NI 1WSIA 4HWIA 4NCAA 4KB1A 4OPJA 4FOIA 2ITMA 4JN4A 3A5LC 4JKAA 4F9OA 4YY3K 3QICA 1FZ1E 4TSXA 4B3MK 4OX9K 5GIPA 4YDUA 1J5OA 3C6NB 4EP5A 2FBVA 1QZ5A 4B9MA 4M3RA 1SKSA 1XI1A 4CJPA 4IJAA 4F3OA 1NLVA 5F0XA 5BREA 3DYAA 1XNQK 1MTYG 3C94A 4WCEL 1YJ9N 1HNWK 5M1FA 1W7AA 1ASVA 3G71N 5FLXO 2QW9A 1R59O 3TSQA 2E5LK 1TVRA 1SV5A 3THWA 1HPMA 1S6QA 4EYWA 3KK2A 4GKJK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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