4DU3A

Rb69 dna polymerase ternary complex with ddtp opposite dt with 3-deaza-adenine at the n-1 position of template strand
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 322
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du3A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du3A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du3A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du3A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du3A03
3WNFA 1FKPA 1VSFA 3LP2A 1GOAA 3AA5X 3AO3A 4G1QA 3OYMA 3SCXA 1X1PA 2YHAA 1RNHA 3JYTA 3LZJA 3B6OA 4DSKA 3OYHA 1SUQA 5C25A 1DLOA 4I9LA 4K8ZA 1Q8IA 1RDAA 4GMJB 2IGIA 4LY7A 1LV5A 2G8KA 3NGYA 4CFDA 4FVMA 5KGWA 3KK2A 2E4LA 3S3NA 4DTRA 3AVIA 3KD1E 3IG1A 4ID5A 1HYZA 3ZSQA 1LWCA 4CEEA 5FDLA 1KFSA 1BCOA 3ZT1A 3MEDA 4DLEA 2YKNA 3TABA 2EX3A 4M3TA 3SNNA 3UIQA 3KLFA 3QNNA 3QINA 4L8RB 3NF9A 1KCFA 1LW0A 1SL2A 4DTXA 1J54A 3HJFA 4O4GA 3BGRA 3P83D 4QOZB 3QETA 1EKEA 4FJGA 3SZ2A 1A5WA 3KK3A 5I3UA 2GUIA 4DTPA 3VQ6A 3HM9A 3SQ0A 2WONA 4O5BA 1D9FA 4DSJA 1VSHA 4ICLA 3P5JA 3DRRA 3AVCA 4CJVA 3DLHA 4Y1CA 2IDOA 3RMCA 4KTZA 5KRSA 4FM0A 1BGXT 1X9SA 5DMRA 5FRNA 1S1WA 4F3TA 5KGXA 3VQCA 4CEDA 1HYVA 5HRNA 1SKRA 4HHTA 3HO1A 4CJLA 2W42A 3RWUA 2Z1IA 3CYMA 3M8PA 5SZTA 1ZBUA 1BISA 3OS0A 1N6QA 4NCGA 3TARA 3A2FA 1D8YA 4F3OA 4CJKA 3NBPA 3DLBA 4OKKA 4CJEA 1TVRA 1VSMA 1RT5A 3AVBA 4AH9A 4IKFA 4FM2A 3LAKA 3SI6A 3PX6A 3OYNA 5JS2A 1C1CA 1ITGA 2RKIA 2XY6A 1C0UA 4N41A 2IOCA 3LALA 4CFBA 1C1BA 2HW3A 4IFVA 4M3XA 3L2WA 3MXJA 5J2PA 1VK0A 3S3MA 1NK4A 3VQPA 5CYQA 1KVBA 3VQ7A 4H4MA 3RRGA 2HHSA 3NGIA 2OZMA 2RPIA 3LWMA 4KB1A 3KKRA 3LP1A 3TI0A 1FXXA 1UWBA 3DOKA 3HSTB 4FK4A 3LZIA 4J2BA 4FLUA 2OPPA 4CIEA 3U6FA 4OLBA 4KB0A 1JLFA 1GOCA 1JLQA 2ZD1A 3ASMA 3ULDA 4DQIA 3RRHA 1C6VA 2X6SA 4GVMA 1LAVA 4DTSA 1TKZA 4GW6A 4CF8A 4I7FA 2KFNA 3S3OA 1YTUA 3AVKA 5KI6A 2ZQBA 1RBUA 4W5NA 4ID1A 3JSMA 3VA0A 4LSNA 3P1GA 4FLXA 1TL3A 1L5UA 4OGEA 3VQAA 1DTQA 3U3YA 3ZT4A 3K5LA 1S6QA 1N5YA 1LW2A 5CZ2A 3LWLA 4CGHA 2VG6A 4R5PA 4KRFA 1NOYA 1R0AA 3F9KA 4CE9A 1UA1A 2E6MA 4FCYA 4E7JA 1XHZA 3OVNA 2P51A 1T7PA 3K5NA 5E41A 3E01A 4CJPA 1TK5A 4ELUA 4MQ3A 4O0IA 4RW4A 3VA3A 1CXUA 4PA1A 4B9MA 2D0CA 4I2PA 4CJ5A 1VSKA 1F21A 3QEWA 2DY4A 4XIUA 1RBRA 2WOMA 4CJSA 1SL1A 5J2MA 4I9QA 4NYNA 4CHOA 3V9UA 4CGJA 1VRUA 3SJJA 1S1XA 4E7KA 4Z0UA 2ATQA 3SV3A 3O3GA 1Q9XA 1WSIA 2PY5A 4CJTA 4CHYA 3CQ8A 4DSEA 3LP0A 4KHQA 3ISNC 1VSDA 3DM2A 3V1OA 3HT3A 1L3UA 1KRPA 1K6YA 5CYMA 2BE2A 3H08A 2QK9A 3C6UA 3T1AA 1QSLA 3QEXA 2RN2A 3OYIA 2OZSA 3VQQA 4W5OA 1RILA 1J9AA 3HPGA 4BE1A 3QEVA 3M8SA 2Y1JA 1X9WA 4BDPA 4EZ9A 1KLNA 1TAUA 3OYFA 3EY1A 5HROA 1TK0A 4FJ8A 5J1EA 4CEFA 4AHRA 3TAGA 4DG1A 1IKVA 4NCAA 1B92A 3OS1A 3HP9A 3EYZA 4FJJA 2EHGA 1UAXA 3AV9A 4KV8A 4JRQA 4M3ZA 1TK8A 4CEZA 1WSFA 2KW4A 4E7LA 2HHXA 4B08A 1DTTA 2E6LA 3SPZA 4O55A 1IKXA 1VSEA 2VG5A 1BQMA 1NK9A 1TL1A 2YNHA 3VQ8A 4B9SA 4PQUA 3QESA 3WNEA 2VWJA 1NK8A 1RTDA 2KTQA 1NOZA 4CEAA 5HLFA 4FW1A 4Q0BA 4ELTA 1KLMA 3ZSVA 2HNZA 3V1QA 3RR8A 2YNGA 4CJWA 3OYCA 3TAQA 1TGOA 1ZBLA 1WSEA 3ZSRA 2ITGA 3LPTA 2Y1IA 1WNSA 4DSIA 3L2VA 1JLAA 1T05A 2GV9A 5K14A 4E19A 4DFJA 1IG9A 3ZSXA 4AILC 1VRTA 2FC0A 1RDCA 4H8KA 4F2SA 3M8QA 3PY8A 1JLGA 3O3HA 1UOCA 4J2DA 2HNDA 2I5JA 4QAGA 4HUEA 1REVA 3TAFA 1RBSA 2O4GA 3AA2A 3SYZA 1U49A 4CJQA 2DTUA 4DU1A 2Z1JA 2YV0X 3AVLA 1XWLA 3PUFA 3WNHA 4KHUA 4CHPA 2A1SA 1ZBIA 4M3WA 3OY9A 3HK2A 1BHLA 4AHVA 4CEBA 1XC9A 2OYQA 3KLIA 3LDSA 4HCBA 5C42A 3ZSZA 4FZXC 1QSYA 1S1VA 2D0BA 1O1WA 3KK1A 1FKOA 4B3OA 2JGUA 4C8NA 4M42A 3QIPA 1WN7A 4FW2A 3O4NA 3QNOA 1RTIA 1S1TA 1U48A 2HVHA 1NJYA 1RDDA 3DRSA 4BWJA 3KJVA 1TAQA 3K5OA 1WAFA 3AVMA 4J2AA 4OJRA 3CM5A 3VQDA 2VG7A 4DLGA 3RTVA 4FYDA 1QS4A 4KHWA 3HL8A 4FLVA 2G8WA 2G8FA 3SUOA 5D3GA 4DTUA 1C0TA 4FJKA 1BIUA 1HJRA 3QEPA 3MECA 4FJLA 1Y97A 5KTQA 1KSPA 4B9UA 2BANA 1LAWA 4O44A 1ASWA 2FBTA 4FK0A 1VSIA 1JLCA 3L3VA 3OJUA 3TR8A 4CHQA 4OLAA 4Z4FA 2YNIA 3IRXA 4CJRA 5FRMA 2FBXA 1RCHA 3OYAA 4RW9A 4ZTFA 2B4JA 3QIOA 4OKJA 4NYFA 3NF8A 4CIGA 3NH2A 4DQSA 3TAPA 4IG3A 3VN5A 4N5SA 4KKOA 1NK7A 3V9XA 3AVJA 3RMDA 3ITHA 4FJ5A 1A5VA 4JS4A 1HNVA 4LSLA 4KHYA 4QCLA 2XY8A 3V6DA 1B9DA 1JL1A 2B5JA 4FXDA 2HHTA 4W5QA 2G8IA 3K5MA 4Z4CA 5KRTA 2X74A 1CXQA 4DTNA 4ELVA 3AO1A 4M41A 3B6PA 1SL0A 5HRPA 5HRRA 4M3UA 4EP4A 5HRSA 3THVA 1QHTA 1HNIA 5EU7A 4YFUA 1NKBA 3BDPA 1RT4A 4DFPA 1IKWA 1W9HA 2BGGA 3OYGA 1NK0A 3TAMA 4Z4HA 1IKYA 2HHVA 4BWMA 1I39A 3NH0A 3WNGA 1RTJA 4E3SA 3DLGA 4FLZA 3VQ4A 1XI1A 4C8KA 1WSJA 2XO7A 2P1JA 3DLKA 4AHUA 2F8SA 1TKXA 5T7BA 2X78A 3HPOA 2A1RA 3OYEA 4ZTJA 4DTMA 4C8OA 1EETA 4FJMA 3I0RA 3K2PA 1KFDA 4MFBA 4PWDA 4E7HA 2X6NA 1GOBA 3AA4A 1RDBA 2OPRA 2Z1HA 3VQBA 3T3FA 5J2NA 1BIZA 3PO4A 3MEGA 4OPJA 4DMNA 1C0MA 3G0ZA 4KHSA 4C8LA 3I0SA 4CESA 3SQ4A 2FBVA 1LWFA 4RW7A 3HXMA 4DS4A 2AJQA 4FJNA 4HCCA 4CHZA 1RT3A 4EP5A 1WSGA 4IG0A 3DRPA 4CERA 1SKSA 5CY4A 2QKKA 4FLYA 2G8VA 1EX4A 2XHBA 4CHNA 3HVTA 1JL2A 4CECA 4DQQA 1NJWA 3SUQA 3RMAA 2F8TA 4CK2A 3EZ5A 3AVNA 2HB5A 4ZHRA 4HUFA 4CGGA 4BE2A 4M3YA 1NK5A 4DFKA 2KQ2A 3LPUA 4OGCA 3CG7A 4TSXA 1WSHA 1S9GA 3K58A 4FLTA 4CEQA 4CIFA 3SQ1A 3MXMA 1D9DA 1BQNA 4CK1A 3L2UA 2OPSA 1SV5A 4CGIA 2VWKA 4CF9A 3TANA 2HVIA 3PV8A 4CF0A 4F8RA 2O4IA 3L8BA 4F2RA 1RT6A 2D5RA 4FJ7A 3C95A 4EZ6A 4J2EA 4W5TA 3SPYA 1HPZA 3V1RA 3V4IA 1T03A 2XRIA 3DMJA 4BACA 4CGDA 4E7IA 1JXEA 4DSLA 4B9VA 2Z1GA 1KTQA 4KTQA 4DQPA 3HPHA 1C1AA 3ZSOA 3VQ5A 2ZE2A 3T19A 3KLHA 1L3VA 4JRPA 1QQCA 4Y1DA 1NJZA 1EXQA 2LSNA 3AVAA 3KD5E 1U4BA 3OYKA 3SQ2A 3KLEA 2XY7A 4KI6A 4IFYA 3AVFA 1NJXA 1RT1A 4JLHA 2DFFA 4IDKA 1EP4A 5CZ1A 1ZBHA 3L2RA 3K57A 1CZ9A 3CFOA 4CJ3A 2KZMA 1SKWA 4Z4IA 1JLBA 3AO4A 3O3FA 3TWHA 3AO5A 3V9ZA 1TKDA 3NF7A 1JKHA 3NE6A 3OYDA 1RTHA 5C24A 4JS5A 1BL3A 1YT3A 4N47A 2HNYA 4W5RA 4NCBA 2HHWA 2P5GA 1S6PA 2Q3SA 4OKEA 3CFPA 4KO0A 3D45A 3SUNA 4M45A 1NK6A 4CJUA 3PX0A 2IS3A 1CLQA 1QTMA 2PZSA 2QKBA 4HTUA 1T8EA 2OPQA 4KAZA 4CFAA 5JS1A 3HYFA 1QE1A 3SV4A 4KHNA 3CFRA 1QSSA 4FJXA 1YVUA 3ZT3A 4DF4A 1W0HA 5HBMA 3DYAA 1ZYQA 1HQUA 4FLWA 2G8UA 2RF2A 1LWEA 4B9NA 4LH4A 3NGZA 3OYJA 4DFMA 4FK2A 3C6TA 2YHBA 3NFAA 3I8DA 3DI6A 4CCHA 3RMBA 5I42A 4CGFA 1G15A 4PY5A 3MAQA 4UQGA 3K59A 4FJ9A 4CK3A 4DU4A 4K8XA 3O4QA 1J53A 4OVLA 3SUPA 3TAEA 2HHQA 3QEIA 1TV6A 3MEEA 1I3AA 3NAEA 3DLEA 4O0JA 3V9WA 1NKCA 2HHUA 4FM1A 1WLJA 4B9LA 4OPKA 1VSJA 1RT7A 5HP1A 1VSLA 3L2QA 1XHXA 2YNFA 3G10A 3DOLA 3AVHA 4E1NA 4YNQA 3FFIA 1B9FA 4I2QA 1BCMA 3HVRA 2OA8A 1JXBA 1RBTA 3S9HA 3U3GA 3D0PA 4KI4A 2B6AA 4CF1A 2FBYA 4FJIA 4HUGA 4BE0A 1X9MA 2D0AA 2G8HA 1YTAA 3AA3A 3ALYA 3KTQA 2PYLA 4DWIA 3AO2A 2PYJA 3RR7A 1HYSA 1Z26A 4CJ4A 3KLGA 4DTJA 4DS5A 1ASUA 2NUBA 4E1MA 1UA0A 1KVAA 4DU3A 4DTOA 1RT2A 3VQEA 4E0DA 3LP3A 4KFBA 4Q5VA 1A5XA 4KPYA 3V81A 2KFZA 1HMVA 4PUOA 1JLEA 4F4KA 3IAYA 4N76A 2KZZA 2F96A 4BDZA 3AVGA 4DSFA 1KVCA 2XY5A 3CM6A 3NH1A 2BDPA 1S9EA 4RG8A 1TKTA 3OYLA 2GBZA 1Z25A 3NF6A 1J5OA 1U04A 5SWMA 1S1UA 4LH5A 2DFHA 4DQRA 2IC3A 4H4OA 1Q9YA 3QO9A 3VQ9A 4B8CA 3C94A 3HP6A 2DFEA 4AHTA 1HRHA 4HVJA 3OJSA 4FZZA 1WAJA 3KKSA 1IO2A 1CZBA 3ZSYA 3ZSWA 3L3UA 4CFCA 4Z4GA 4B8AB 1MU2A 1U45A 4M3RA 2QXFA 1L3TA 3NCIA 2R7YA 4CF2A 4FJHA 1IH7A 1D5AA 3NDKA 3OYBA 3LANA 3ZT2A 4KTWA 5DK5A 3PO5A 1U47A 4IBNA 4FZYA 1FK9A 3KIOA 2YKMA 4N56A 1S5JA 3DLRA 2JLEA 3QLHA 2IAJA 3M8RA 3F73A 3QERA 1BI4A 3PX4A 2P5OA 4RW8A 4KREA 3NHGA 1ZBFA 3ZCMA 4CJFA 1ASVA 4RW6A 4AHSA 3V9SA 4DF8A 4AHCA 3MXIA 3ZT0A 2ETJA 2HMIA 4LD0A 4E89A 1RBVA 5J2QA 1NKEA 4Z4EA 4WE1A 1L3SA 4CEOA 4C8MA 3LAMA 4BDYA 1HQEA 4B9TA 1BI4B 3IS9A 3OS2A 5FROA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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