4DU3A

Rb69 dna polymerase ternary complex with ddtp opposite dt with 3-deaza-adenine at the n-1 position of template strand
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 322
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du3A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du3A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du3A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du3A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du3A03
2QXFA 3SV4A 4DTOA 2RKIA 3AVBA 3ISNC 3OYBA 3C6UA 4DF4A 4KB0A 4GVMA 3TAMA 2XO7A 3VA3A 1VSLA 4B3OA 4DSKA 4QAGA 4E7LA 4FLUA 1EX4A 4DTMA 4I9QA 2EX3A 3AVLA 4DG1A 1KCFA 2IS3A 1T7PA 4CGHA 4CGFA 3QIPA 1ZBHA 3CFPA 3OYDA 3CM5A 3OYLA 2A1SA 1U4BA 1BIUA 4DU1A 4KKOA 3K5NA 1L3SA 3G10A 1YVUA 4KI4A 3VQPA 1WSGA 4DTJA 3DRPA 3OYCA 3V9ZA 4FM1A 2HMIA 2F8SA 2O4IA 2Z1IA 4H4MA 1NKCA 1VSFA 3ZSOA 4HUGA 1RCHA 2BE2A 1NK0A 4M45A 2HB5A 5CZ1A 4E0DA 3SUNA 1WAFA 3DOLA 3V81A 2LSNA 1T8EA 1LWFA 3SQ0A 3NH1A 2FBXA 3OYMA 2R7YA 3DOKA 3LP3A 1RTHA 4F2SA 3L2WA 3SQ2A 4FLWA 3MEDA 3QESA 2KQ2A 3LPTA 2I5JA 1ZBFA 3AV9A 5DK5A 4CJLA 5HRNA 4Z4EA 4Y1DA 4RW9A 1S6QA 4RW4A 3QIOA 4BDPA 3AVNA 3T19A 2HHWA 5J2QA 4F3OA 2DFEA 4RG8A 3KLFA 5FRNA 2HVIA 3O3GA 4DFKA 3IAYA 1S6PA 2P1JA 1EETA 3SPZA 4ID1A 4E19A 4CE9A 3O3HA 4IG3A 4DQRA 1SL0A 3KTQA 3AVGA 1HQUA 1NK9A 1HNIA 1WNSA 4BWJA 1HJRA 1NK5A 3C95A 1W9HA 4CFCA 3LWMA 4DWIA 4CHZA 1CZBA 4FYDA 1JLAA 4FJXA 3DRSA 3C94A 4O44A 4MFBA 4NCGA 2B5JA 1REVA 1HPZA 4IBNA 4KHQA 3TAEA 1RT3A 3ZSVA 4CIEA 2F8TA 1IKWA 2F96A 4OKEA 2A1RA 3DLGA 4FLZA 3ZSXA 1N6QA 3MEEA 1QE1A 4DQPA 3NH0A 2XHBA 1VK0A 3AA4A 3DM2A 1L3TA 1RILA 5FRMA 1EXQA 1KTQA 1U45A 3DLBA 3LAMA 4FZXC 1SL2A 4PQUA 3LPUA 3TARA 3WNGA 3RR8A 3AO5A 1K6YA 3C6TA 2E6LA 3MXMA 3RR7A 4ELUA 1C0MA 4O5BA 3KK1A 1NOZA 4WE1A 4CEFA 2ZD1A 1NK4A 2G8UA 4FJLA 2HNYA 3OYIA 4J2AA 3HPOA 3P5JA 1JL1A 1L3VA 5HRPA 4DSEA 1C1BA 1Y97A 3NDKA 3LP2A 4CFAA 4DFPA 3PO4A 4F4KA 4HCBA 3DRRA 1IG9A 2YNGA 4RW8A 2P51A 4FVMA 4N56A 4UQGA 3L2QA 4DF8A 2DY4A 3PUFA 1TKDA 4B08A 2X6NA 1ZBLA 3VA0A 3L2RA 3OJSA 4FJMA 3OYKA 3SQ1A 1B9DA 2OZSA 1XHXA 4E7HA 1RBSA 1Q8IA 3SUQA 3HPGA 4NCAA 4DLGA 3OYJA 3HT3A 4FJKA 2Z1HA 4DQIA 1TAUA 4M3UA 3F73A 1JLEA 1B92A 1TL1A 2RN2A 4TSXA 3QO9A 4CK2A 1SL1A 1IKVA 1EKEA 5J2NA 3VQQA 1T05A 2JLEA 3SPYA 3VQDA 3NHGA 4CECA 3KKSA 3MEGA 2BGGA 4DTNA 4DTRA 1KVCA 2FC0A 5I3UA 3V1RA 3QERA 3D45A 3KKRA 3RMAA 4GMJB 4IG0A 1RDBA 3ZSQA 3O3FA 1RTDA 4LH4A 3KLEA 3HSTB 4IFVA 2ZE2A 4DTXA 1LAWA 4OKKA 3U3YA 2QK9A 1JLQA 2D5RA 5C25A 5KRSA 3OYFA 4FJ8A 3ALYA 4C8LA 5SZTA 3WNFA 4DFJA 4Z0UA 5HLFA 2HHXA 3NF8A 4EZ9A 2YHBA 4B8AB 2IGIA 1BQNA 1VSHA 2WONA 4BACA 4FJ7A 2YKMA 3IRXA 3PV8A 1TKTA 1TL3A 1RNHA 5T7BA 4E89A 2YKNA 2X6SA 4JRPA 2XY6A 5FDLA 3G0ZA 2OPPA 4DFMA 2OA8A 3BDPA 4CEZA 2KFNA 5JS1A 4H8KA 5HROA 4FJ9A 4JRQA 1MU2A 4NCBA 4I7FA 3O4QA 1LW2A 4E1MA 2E4LA 3HXMA 1U47A 1IKXA 3S3MA 1BCMA 4M3TA 1VRTA 4RW6A 1LAVA 1NOYA 1KLNA 4CJWA 4FCYA 1J54A 4ZTJA 3ZSRA 5I42A 3PX4A 3LZIA 3AVFA 3DLKA 2VG5A 3SJJA 1UAXA 4CFBA 3QLHA 1CLQA 4KO0A 3VQBA 4CGJA 4Q0BA 3AA3A 1HRHA 4FK2A 1VRUA 4DLEA 3FFIA 2PY5A 3DLRA 2XY7A 4EZ6A 2XRIA 4DSLA 3HJFA 3RMBA 1LW0A 3NAEA 1S1XA 3O4NA 4KPYA 4I9LA 4OLAA 1JXEA 1HMVA 4ICLA 2OPRA 3THVA 4ID5A 1QSYA 1FK9A 4RW7A 2Z1GA 4M3XA 4DS5A 2RF2A 4CCHA 3RRHA 5HRRA 1S1WA 3OYNA 3KK3A 3S9HA 4CF1A 2JGUA 3JYTA 3LWLA 1XC9A 3NE6A 2NUBA 3AVAA 4CJRA 4CJUA 3T3FA 3HP9A 1IH7A 3VQ9A 1KVBA 1TK5A 3ASMA 3VQEA 2G8IA 1RT4A 1Z25A 1A5XA 3M8RA 1ZYQA 1A5VA 1C1AA 3TAGA 1BHLA 1BISA 3VQ7A 3T1AA 4CEOA 1JL2A 1DLOA 3V9SA 4B9VA 1HYZA 2Q3SA 1N5YA 1RBUA 3ULDA 1XI1A 1G15A 4KHUA 3HPHA 4F2RA 1HYSA 2YNIA 4OKJA 1ASVA 3ZSYA 2G8FA 4M3ZA 3OVNA 2XY5A 4DTSA 3AO2A 4ZTFA 3SV3A 4O0JA 4DQSA 4CF2A 3S3NA 3EYZA 3MXIA 1C6VA 1RT1A 1VSJA 1NKBA 4KV8A 3VQ5A 2P5GA 1Z26A 1S1TA 3NF6A 4E1NA 4Z4GA 4CJVA 4CEAA 1RDCA 4CF8A 3PX6A 2HHUA 1ASUA 1I39A 5K14A 1D9FA 1WSHA 3LDSA 3TI0A 2GUIA 3ZSZA 3OYGA 2GV9A 3HVRA 4FLTA 2RPIA 3KD5E 2FBVA 4B9LA 1UWBA 4B9TA 1RTIA 4CERA 3LP1A 1RT2A 3V9WA 3NH2A 4Z4CA 1KFDA 3KK2A 3SUPA 2YV0X 4QCLA 2YNHA 1YT3A 4AHSA 1D8YA 3AVKA 3ZT2A 1BL3A 3CFRA 4LSNA 3QINA 4CIGA 3ITHA 3A2FA 3QEIA 4HCCA 1BQMA 5E41A 2QKKA 5C24A 3E01A 4JS5A 5KGXA 1RT7A 4NYNA 4CJKA 3I0RA 1SUQA 4JLHA 4F8RA 4J2EA 4NYFA 3ZCMA 1KLMA 3AO4A 3CFOA 1RBTA 4EP5A 3OS0A 3AO1A 2VG6A 2DFHA 1JXBA 4B9MA 1NK8A 2YHAA 3HL8A 3V9UA 3SI6A 3EZ5A 2G8WA 4DU4A 4KHYA 3L2VA 4AHRA 4CGGA 1RTJA 1RBRA 3SCXA 2GBZA 1NJXA 1BGXT 1C0UA 3CQ8A 4FJHA 1JKHA 3AVJA 4FM0A 1W0HA 4PY5A 1RT5A 1QHTA 3U6FA 4FJNA 4CESA 2OYQA 3SZ2A 1QQCA 4PWDA 1YTUA 1O1WA 1S1UA 4CJ4A 2PZSA 3CM6A 1UA1A 1FKOA 2KZMA 2XY8A 1IO2A 1SKWA 3AVMA 1TVRA 4OJRA 5FROA 4BE0A 2B4JA 1GOAA 3RMCA 4CK3A 1XHZA 1TV6A 3VQAA 1WN7A 5HP1A 4Z4HA 3V1OA 1B9FA 4FJ5A 2VWKA 4MQ3A 4AILC 4AHCA 3QETA 3RWUA 2KZZA 4CJPA 1JLBA 4W5TA 4CF9A 1ZBIA 3UIQA 4M41A 1HYVA 3AO3A 3L3VA 2W42A 3HVTA 4E7IA 3TAPA 1NK7A 4C8OA 4FK0A 4YFUA 3HP6A 2IOCA 2HNDA 1TKZA 3TAQA 1X1PA 2OZMA 4M3RA 4KHNA 1WSIA 4LY7A 4DSJA 1QS4A 1D9DA 3DYAA 3DLEA 4KAZA 3U3GA 3I8DA 2AJQA 1EP4A 4W5QA 3S3OA 3TWHA 3LP0A 3NGYA 5JS2A 4CJ5A 1RBVA 4CHQA 1QSSA 4N76A 3LAKA 3K2PA 3VN5A 3ZT4A 3DLHA 1FXXA 3V6DA 1SKSA 5KTQA 2VG7A 4IFYA 4M42A 1VSIA 3TABA 1VSDA 3K5LA 4HUFA 3OYAA 2HW3A 1I3AA 4LD0A 3ZSWA 1Q9XA 1NJWA 1SV5A 1YTAA 4CIFA 1T03A 4CGDA 5HBMA 4I2QA 4AHUA 1S1VA 1WLJA 4BE1A 1J53A 2D0BA 4LH5A 4CJEA 3VQCA 1JLFA 4FZZA 4DU3A 3OY9A 4OPJA 3JSMA 1JLGA 4HUEA 1KSPA 3WNEA 3MAQA 1L5UA 2YNFA 3KLGA 3AVHA 5KRTA 4FW1A 4CFDA 4KTZA 1S9GA 3K5OA 4LSLA 2FBTA 4C8NA 4CJTA 1C0TA 4ZHRA 1NJZA 3NF9A 1U48A 1TK0A 3HM9A 3K58A 2B6AA 3ZT3A 4BE2A 3NGIA 3B6OA 4OPKA 2ITGA 3NBPA 1BI4A 4E3SA 5CY4A 1TAQA 4G1QA 1S5JA 4FW2A 1TKXA 1WSEA 2D0CA 4CHOA 5J1EA 1KFSA 4FXDA 3ZT0A 4KTWA 1CZ9A 5HRSA 4K8ZA 4H4OA 4B9NA 3LALA 1DTTA 3NFAA 4CEEA 1CXQA 1L3UA 3HK2A 4I2PA 1KRPA 3M8QA 1CXUA 3AVIA 3MXJA 4GW6A 4CF0A 2WOMA 4ELTA 4QOZB 1C1CA 3OJUA 3QEVA 5KI6A 3OS2A 4KTQA 2G8HA 1U49A 1HNVA 3SYZA 1LV5A 4N41A 4KHWA 4E7JA 2D0AA 3P1GA 1VSMA 4M3WA 4XIUA 4PA1A 3OYHA 4FM2A 1R0AA 2Y1JA 3QEWA 3NGZA 2KW4A 4CHYA 3SQ4A 3OYEA 3KLHA 3TAFA 3CG7A 1WSFA 1UOCA 4OGCA 4KHSA 5KGWA 4EP4A 1UA0A 2HVHA 1LWCA 1S9EA 3DI6A 1NK6A 1WSJA 1WAJA 3SNNA 3P83D 3NCIA 3VQ6A 2Y1IA 4CJSA 4OVLA 2FBYA 3CYMA 2PYLA 1KVAA 3PY8A 3KD1E 1GOCA 3L2UA 4DS4A 4HTUA 4AHTA 2Z1JA 5DMRA 4B9UA 2PYJA 2ZQBA 4E7KA 1NKEA 2IDOA 2KFZA 4HVJA 3DMJA 4DMNA 3ZT1A 4N47A 1BIZA 4W5NA 2ETJA 4CEBA 1A5WA 2O4GA 1F21A 4Y1CA 2EHGA 3RMDA 2HHVA 1IKYA 3SUOA 4CGIA 2VWJA 4N5SA 4DSFA 1JLCA 2HHTA 3KJVA 4OGEA 4PUOA 1J5OA 3HO1A 3M8SA 2BANA 2BDPA 4KREA 3BGRA 4BWMA 2OPQA 2HNZA 3PO5A 4AHVA 4YNQA 5CYMA 4FZYA 3K59A 4CJQA 4O0IA 4J2BA 3V4IA 3TANA 4K8XA 3QEPA 4AH9A 3AA5X 3L3UA 3H08A 4FJIA 4Q5VA 4C8KA 3QNOA 4FLYA 2P5OA 2X78A 3AA2A 3NF7A 5CZ2A 3TR8A 2HHSA 3M8PA 1FKPA 1HQEA 1U04A 3LANA 4B9SA 1X9MA 4HHTA 5J2MA 3QEXA 3WNHA 4CK1A 4C8MA 1TGOA 1VSKA 3KIOA 4O4GA 3KLIA 4W5RA 3B6PA 4FJGA 4M3YA 3IG1A 1NJYA 4KB1A 1RDAA 4B8CA 3AVCA 5SWMA 1QTMA 1Q9YA 4DTUA 1X9WA 1LWEA 3VQ8A 4DSIA 5CYQA 4BDYA 4CEQA 2G8KA 4IDKA 4KI6A 3HYFA 3EY1A 4CJFA 2DFFA 4CEDA 3PX0A 4FJJA 3LZJA 3OS1A 1ASWA 4W5OA 4DTPA 3V9XA 5D3GA 2QKBA 2KTQA 1XWLA 1TK8A 4OLBA 3RRGA 3K5MA 4J2DA 1GOBA 2X74A 4CHPA 5C42A 4DQQA 2G8VA 2ATQA 1X9SA 3VQ4A 2OPSA 4KRFA 2E6MA 1BCOA 5J2PA 3V1QA 4L8RB 4FLXA 1VSEA 3RTVA 5EU7A 4O55A 4BDZA 3F9KA 1J9AA 2IAJA 3IS9A 4Z4IA 3I0SA 1BI4B 4CHNA 4R5PA 4IKFA 4Z4FA 3QNNA 3D0PA 3K57A 1D5AA 3MECA 4FLVA 1QSLA 4F3TA 1ZBUA 4JS4A 3L8BA 4FK4A 2HHQA 1RDDA 4ELVA 1RT6A 1SKRA 4KFBA 2IC3A 2DTUA 1DTQA 1ITGA 4CJ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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