2OZSA

Crystal structure of rb69 gp43 in complex with dna with datp opposite dtmp
Total Genus 299
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
299
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords Template DNA
publication title Caught bending the a-rule: crystal structures of translesion DNA synthesis with a non-natural nucleotide.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 299
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2ozsA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2ozsA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2ozsA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2ozsA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2ozsA03
1RTDA 4J2EA 5K14A 4O4GA 4CJEA 3IS9A 3S3MA 1KFSA 3MXIA 4N56A 4B9NA 4DTOA 1B9FA 1BQNA 4RG8A 2P5OA 4KHSA 3I0SA 4BDZA 3C94A 2HMIA 4W5RA 3VQ5A 3NH1A 3LPTA 3AVCA 4FZZA 3ITHA 2Z1GA 1QHTA 4I7FA 5HRNA 1XHZA 5DMRA 3DLHA 3OYDA 4NCBA 1FXXA 2R7YA 1S1UA 4QOZB 2XHBA 4IFYA 4K8ZA 1VRTA 2YV0X 3SPYA 1DLOA 3OYLA 5C24A 3VQEA 3ZSVA 2YHAA 4DSEA 1SKRA 2HNDA 2IAJA 1WSJA 3NF8A 4AHSA 3NF6A 4DU1A 4DTJA 2G8KA 2PY5A 4E7HA 4LY7A 3WNHA 3OVNA 4DMNA 1S6PA 2YKMA 3AV9A 3WNGA 3OJSA 2PYJA 4KREA 3F9KA 2EX3A 3KLGA 3S3NA 1QE1A 5JS2A 1Z25A 1NKBA 3AA2A 3SUQA 3B6OA 1SUQA 2VG6A 5T7BA 3NH2A 4CEAA 3L2WA 3V9XA 1RT1A 4CHYA 3NF7A 3OYFA 1KRPA 2PZSA 5KTQA 4E1MA 1KVCA 1BHLA 4FVMA 1W9HA 4B9UA 4DU4A 4NYFA 1J5OA 1WSGA 3DRSA 4CESA 1BCMA 3OYEA 1BGXT 4OLAA 2GV9A 1J53A 4CEBA 3V81A 1NJYA 4RW8A 3MEGA 3QIPA 4M3UA 4I9LA 4FLYA 1ITGA 1DTTA 4IG3A 4LSNA 4RW6A 5KGWA 3VQ8A 3K58A 3G10A 2BE2A 1RBTA 1VSIA 1RNHA 3P1GA 4O44A 1WN7A 3HP6A 4HCBA 3V9WA 1U45A 2YNFA 2FBYA 3ZSWA 2DFFA 4CGDA 3NF9A 4CJTA 1NKEA 1D9FA 4IDKA 2RF2A 1TK8A 3NGIA 4OJRA 1NJWA 1WAJA 1Q9XA 1GOAA 4GVMA 4OPJA 1NK8A 1NK5A 2OPRA 3L2VA 5J2MA 1SKSA 1HYSA 4DSJA 4B3OA 1S6QA 4DQPA 1TK0A 1JLEA 1L3UA 1N5YA 1C0TA 5HRRA 5J1EA 4FLTA 3AO4A 5KRSA 3KLEA 3ZT3A 3JSMA 1N6QA 4TSXA 5E41A 2HHSA 1NJZA 3WNFA 3HM9A 2FC0A 5SWMA 1EKEA 4CF0A 4C8OA 4DQQA 1VSMA 3A2FA 4Y1DA 1GOBA 1J54A 1KLNA 3DOLA 3HVTA 3ZSYA 2OZMA 2RKIA 3LDSA 3AVAA 3ZT0A 4RW4A 2F96A 2IC3A 4OKJA 2HHXA 1LAVA 4FJMA 3AA4A 4DG1A 1LV5A 2HW3A 2FBVA 1QSYA 3TI0A 3AVHA 3DLRA 1JLGA 1CXUA 2YHBA 1X9SA 4FYDA 2KQ2A 1Q8IA 3QEIA 1S1XA 2P5GA 2VG7A 4B9MA 3C6TA 1ASUA 3HYFA 3AA5X 1ASWA 4KTQA 4C8KA 1RT6A 3LZIA 2HB5A 3EYZA 3K2PA 4E7JA 1WNSA 1T8EA 1RDBA 2Q3SA 3O3FA 4ZHRA 1IH7A 4DS4A 1L3SA 3ZSZA 2OPPA 3QESA 1REVA 4KTWA 3QINA 4DU3A 3K5LA 3RRHA 3PX4A 1RDDA 3ZSXA 4M3RA 4DQRA 4AHCA 3QLHA 3OYAA 4Q0BA 5KI6A 1JXBA 4ELUA 3SUNA 4EP5A 4KHYA 3C95A 3QIOA 2IDOA 1EETA 3KD1E 1TL3A 2A1SA 2YNGA 1RT3A 4EZ9A 4Z4FA 1S1TA 1RILA 3HP9A 3K5MA 3LP3A 1QQCA 2XY7A 2HNZA 2G8UA 4H4OA 1LWFA 4N76A 3SQ1A 3QEVA 3T3FA 2BGGA 1QS4A 2HVHA 1C1AA 1JLBA 4FW1A 3HXMA 4JS4A 4HCCA 4ID5A 4N41A 4FJ7A 4FLVA 1TKXA 3ZCMA 4XIUA 2VWJA 2VG5A 3O3GA 3VQAA 3OYGA 1JLCA 4BWJA 4CF2A 1U47A 1F21A 3V6DA 1HYVA 1FKPA 1JKHA 1VSFA 4E3SA 2D5RA 3OY9A 1IKXA 3V9ZA 1IKYA 4DTXA 4FJ5A 2Z1IA 3CG7A 3RMDA 3T1AA 3VQPA 2IGIA 4NCGA 4KPYA 2HHUA 1Y97A 3SJJA 1A5WA 3DMJA 4FLZA 1JLAA 4Q5VA 3DLBA 4JRQA 3KJVA 4FK0A 1VSDA 2GBZA 3V1RA 3MECA 1XHXA 3KK2A 4BACA 3PX6A 3ZT2A 2DTUA 4CEEA 4MQ3A 3AVMA 4LH5A 1VK0A 3V1QA 4DFPA 4FZXC 2QKKA 2F8TA 2HNYA 3LWLA 5FRMA 1NJXA 2BDPA 4B9VA 4RW7A 4Y1CA 3VQBA 4CK3A 1L3VA 2KZZA 4LD0A 5D3GA 3S3OA 4KHNA 1HPZA 2ZQBA 1TKZA 4HUFA 4NCAA 4YFUA 4DTNA 2XRIA 3L8BA 1RT4A 3TAMA 4PA1A 1ZBFA 5JS1A 1Z26A 2YNIA 2D0CA 1C0MA 3QETA 1U49A 4AHRA 1SL0A 1KTQA 3DRPA 1TK5A 2QK9A 5FDLA 3QNOA 4DSIA 4DTRA 4DQIA 3O3HA 1EX4A 2AJQA 3VA3A 5J2QA 4E19A 3V4IA 1BCOA 3VQCA 1TV6A 1BI4A 3P83D 1TVRA 2YKNA 4CHPA 3OYNA 4C8LA 2HHQA 1KCFA 1TL1A 3L3UA 3SPZA 3VQQA 3PV8A 2BANA 2X74A 1LAWA 1J9AA 2F8SA 4E1NA 1T05A 3NFAA 4CJSA 3TAFA 1X9WA 3NCIA 3RTVA 2DFHA 4CEOA 1NK6A 4J2BA 2XY8A 5DK5A 4CERA 1CZBA 1C0UA 4FJGA 1RCHA 4AHVA 1KVAA 4AHTA 4KO0A 1QSSA 2G8WA 4J2DA 4CIGA 4Z4GA 1RT7A 2X6NA 3CFOA 5HBMA 4CFBA 2OA8A 1RTHA 3CFPA 3KLIA 3VQ4A 2HHTA 1D9DA 4E7KA 4M3ZA 1BISA 3QEXA 2OZSA 4FK2A 4M45A 4LSLA 4FJNA 4DTUA 2ZE2A 3ZSQA 3SV3A 4CGJA 5HP1A 3PY8A 4FK4A 3QEPA 1C6VA 3M8SA 1QSLA 1LWEA 4CJPA 3D0PA 1NK7A 2DY4A 2HHVA 4C8MA 3SUOA 3M8RA 3AVGA 4F2RA 2EHGA 4GMJB 4NYNA 4DS5A 3DLGA 1VSHA 4IG0A 4CGIA 1KVBA 3KKSA 5HROA 4CJLA 4FJLA 2Y1IA 3E01A 1CXQA 4BDYA 1CZ9A 1UOCA 1RTIA 1Q9YA 2B5JA 3EZ5A 3DLKA 3TAQA 1ZYQA 1RBSA 4CGFA 4QCLA 3KTQA 3MEEA 1U04A 3FFIA 2FBTA 3ISNC 2KTQA 3OYBA 3ZT4A 4CK2A 4CHNA 4CJ5A 4ZTFA 1NOYA 4CFCA 3F73A 1FKOA 3AO1A 4FLXA 4FLWA 3OYKA 2G8IA 1ASVA 4CF8A 3SYZA 3ASMA 3TAEA 3MXMA 4JRPA 2WOMA 1RBUA 2XY5A 1D5AA 4CJUA 5EU7A 3K59A 1U48A 2XO7A 3VQ6A 2W42A 4QAGA 2G8HA 4ICLA 3HPOA 1WSEA 1S5JA 4FJ9A 1WSIA 3I8DA 4J2AA 4RW9A 3KD5E 3DYAA 4B9TA 4CJFA 4ELTA 4KB0A 4B8CA 3L2UA 4BE1A 1MU2A 5FROA 2B4JA 1LW0A 4ELVA 1JL1A 3MAQA 3HJFA 1NOZA 3TABA 2GUIA 3TWHA 3PX0A 4PWDA 3IRXA 4O0IA 3NGYA 3SQ0A 4FM2A 4CGGA 3VA0A 3THVA 2OPSA 1T03A 1D8YA 4F8RA 2PYLA 1S9EA 4CJQA 1KLMA 3KIOA 3KLFA 1NK9A 3M8PA 3NGZA 3EY1A 4M3TA 2DFEA 4HUEA 3VQ7A 4Z4IA 4CHOA 2JGUA 3OYMA 2OPQA 3H08A 4CCHA 3K5OA 4PUOA 3NHGA 3SUPA 4KKOA 4IKFA 3HO1A 1YVUA 4E7LA 1ZBUA 4FLUA 1YT3A 3WNEA 1RDAA 4F4KA 3NAEA 3ZSOA 1TAQA 1XC9A 3MXJA 4FJJA 3DI6A 4CEZA 4DTPA 2E6LA 1B92A 3LPUA 4BDPA 1HRHA 1A5XA 3SZ2A 1ZBIA 3LP2A 4Z0UA 4CJRA 4B8AB 1WLJA 3B6PA 4AILC 5KGXA 1HNIA 4N5SA 4OPKA 4DSKA 4M3WA 1XI1A 4ZTJA 4K8XA 3HSTB 4W5OA 4OLBA 1VSEA 3LALA 3QERA 3IG1A 3SCXA 1BIZA 3RR8A 4CFAA 4HTUA 2OYQA 3RRGA 2B6AA 1UWBA 5SZTA 4FXDA 3ALYA 3RMBA 1CLQA 3TR8A 4ID1A 4KI4A 2IOCA 4FW2A 4CIEA 1SKWA 4BE2A 3BGRA 4CJKA 3P5JA 5I3UA 3K5NA 3OS0A 4HHTA 2Y1JA 4Z4EA 4Z4CA 1VSJA 3RR7A 1GOCA 2E4LA 2YNHA 4O0JA 2KFNA 4FJ8A 3LAKA 1EXQA 1HQUA 4DFMA 1KSPA 3DLEA 4FJIA 3ZT1A 1ZBLA 4M42A 3CM6A 1BI4B 3NBPA 2QKBA 1IG9A 3C6UA 1WSHA 4KHUA 2X6SA 4CECA 4KHQA 3CFRA 5HRSA 4BE0A 3AO3A 3ULDA 4DLGA 4DFKA 2RN2A 1O1WA 3AVIA 3HT3A 5I42A 4KRFA 4FM1A 4H8KA 2IS3A 5KRTA 3KKRA 5CZ2A 2FBXA 3V1OA 3TANA 1YTUA 2KW4A 4OGCA 3AA3A 3LWMA 1S1VA 3LAMA 3LZJA 4E7IA 1JXEA 5FRNA 3I0RA 4KB1A 4FM0A 3KK1A 2VWKA 4M41A 4KHWA 3RMCA 4CJ4A 4EP4A 3AVJA 4KAZA 4O5BA 2O4IA 4UQGA 4DF8A 5C42A 3TAGA 4FJXA 1RDCA 1WSFA 3PUFA 3L2QA 5HRPA 1UA0A 3CM5A 1A5VA 1G15A 3JYTA 2D0BA 2G8FA 4CHQA 4CF1A 4FZYA 5CYQA 4CGHA 5HLFA 1I3AA 4OKEA 2KZMA 1K6YA 1HJRA 3AO2A 2LSNA 3OYIA 3OJUA 3OS1A 1LW2A 4KFBA 1C1BA 2WONA 3U3YA 1X1PA 3D45A 1LWCA 3DOKA 1QTMA 4OVLA 3NH0A 4R5PA 1BIUA 1HNVA 2D0AA 4GW6A 3HL8A 3G0ZA 4B9LA 3DM2A 2Z1JA 3HPGA 2HVIA 1KFDA 4CIFA 2HHWA 2X78A 4HVJA 2QXFA 1C1CA 1W0HA 4OGEA 3VN5A 4B08A 3L3VA 1RBVA 4I2QA 4KV8A 4CE9A 4OKKA 3M8QA 1HMVA 1U4BA 3BDPA 3OYCA 3NE6A 2KFZA 4F2SA 4G1QA 1XWLA 4C8NA 1VSKA 1S9GA 3V9SA 4KI6A 1TAUA 4O55A 3CYMA 3SQ2A 4KTZA 3T19A 4YNQA 1JL2A 2P51A 5J2PA 4F3OA 5CZ1A 1RTJA 4EZ6A 3SNNA 4L8RB 4E89A 4E0DA 1JLFA 1T7PA 2Z1HA 2G8VA 4FJHA 3AO5A 3HVRA 4HUGA 4PY5A 3SQ4A 4CJWA 4DTSA 2ITGA 3OYJA 1TKDA 3OYHA 3CQ8A 4IFVA 3KK3A 3L2RA 3O4NA 1S1WA 4F3TA 3SI6A 3DRRA 3SV4A 1TKTA 4B9SA 3V9UA 2ZD1A 4DWIA 4CHZA 1RBRA 3IAYA 3VQDA 4CK1A 3LP0A 4CF9A 1UAXA 4N47A 1B9DA 3QEWA 1VRUA 4Z4HA 3OS2A 3K57A 4FCYA 3AVFA 1NK0A 1IO2A 4JS5A 3NDKA 4CFDA 1WAFA 3TARA 3ZSRA 3QO9A 5CYMA 4WE1A 3UIQA 4M3YA 4CEQA 1NK4A 4M3XA 2NUBA 1UA1A 4PQUA 1EP4A 3AVLA 3RWUA 3AVNA 1NKCA 3AVKA 2RPIA 3QNNA 4AHUA 3LANA 4H4MA 2O4GA 4W5NA 1BL3A 3AVBA 4CJVA 4W5TA 1R0AA 4DTMA 3LP1A 3U3GA 2E6MA 3O4QA 2P1JA 1FK9A 4DFJA 2JLEA 5J2NA 1HQEA 4MFBA 4LH4A 4CJ3A 1VSLA 4DSLA 5C25A 1RT2A 1X9MA 1IKWA 3VQ9A 4DSFA 1IKVA 1TGOA 4I9QA 1ZBHA 3U6FA 4W5QA 3PO5A 4CEDA 3S9HA 3RMAA 1JLQA 1L3TA 2ETJA 4AH9A 1L5UA 1SL2A 4JLHA 3HPHA 1I39A 4DQSA 1YTAA 5CY4A 3KLHA 1BQMA 4FJKA 4DF4A 3HK2A 2I5JA 1SL1A 1HYZA 1SV5A 1DTQA 4I2PA 4DLEA 3TAPA 3MEDA 2ATQA 4BWMA 4IBNA 3PO4A 4CEFA 2A1RA 1RT5A 2XY6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IBKB 4N56A 1B9FA 3K0SA 2BTFA 3SBGA 2HMIA 3N1BA 2ZGYA 4JK9A 4FZZA 5GAHP 1QHTA 3U9DA 5HRNA 4DR2K 1FXXA 2XHBA 5KPTA 4K8ZA 2HHHK 4WFBL 3VQEA 2YHAA 1NMDA 3EZWA 3T69A 3NF8A 4IOAL 5M1NA 3MKSB 4QS7A 3DJCA 2G8KA 2PY5A 3ZYYX 3WEEA 4E7HA 1S6PA 2YKMA 1V4TA 3AV9A 3OJSA 2PYJA 5GIOA 1W7AA 2EX3A 1EQYA 3DWLA 5AQOA 5T7BA 3CD6N 2UXDK 3L2WA 2PZSA 4JKBA 5KTQA 1MHZG 1BHLA 4GKKK 4DU4A 4NYFA 4DCHA 5AQMA 3OYEA 4CEBA 3V81A 1Z6RA 4M3UA 4FLYA 3K58A 1VSIA 4B1XB 4O44A 3M3ZA 1WN7A 1KD1O 1NGCA 4HCBA 3V9WA 2DFFA 1X9JA 3TSQA 4DKWA 4U7BA 1TK8A 2YHXA 4UY8O 4IEEA 3PSIA 3VF2A 1Q9XA 3ATVA 2AP1A 1NK8A 4DSJA 2Q31A 4DQPA 1N5YA 4FOEA 2A5XA 1LOTB 4FLTA 3KLEA 5AFUH 2HHSA 4TSXA 3HM9A 4WQ5C 3G25A 4CF0A 1GOBA 2ZF5O 4AKGA 2WUSA 2QA4N 1JW2A 1R59O 2JH9A 3ZT0A 4GV6A 2F96A 3E9LA 1LAVA 4FJMA 4BQZA 3TI0A 1NGBA 3ENHA 2YJEA 4KH6A 1EWRA 3C6TA 1GLLO 2V51B 1X3MA 3CCMN 4C8KA 5BPNA 3EYZA 3NMUA 1T8EA 3O3FA 3ZSZA 3PX4A 4M3RA 4AHCA 4EP5A 4KHYA 5IZ7A 1TL3A 2YNGA 2V7YA 1RT3A 4EZ9A 3JXUA 3K5MA 3OW2M 1XL3C 3O1WA 1XVFE 2PFUA 3QEVA 4BRMA 2HVHA 4FW1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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