3LDSA

Crystal structure of rb69 gp43 with dna and datp opposite 8-oxog
Total Genus 286
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
286
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords DNA polymerase
publication title Kinetics of mismatch formation opposite lesions by the replicative DNA polymerase from bacteriophage RB69.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 286
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3ldsA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3ldsA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ldsA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3ldsA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3ldsA03
4ZTJA 1RT7A 1S1WA 2E6LA 4CFAA 1S6PA 3OJSA 3SQ4A 1J9AA 1TAUA 4MQ3A 2Z1JA 2ETJA 4M3WA 5CZ2A 4HUEA 3OYJA 3G10A 3QIOA 3VQPA 1L5UA 4KHNA 3NGZA 3AVJA 2QXFA 2VG7A 1SL1A 4BWMA 4CFBA 1D5AA 2HHXA 4FK2A 4FJ5A 3PY8A 2A1SA 4B9LA 1S9EA 3I0RA 3U3YA 4NCAA 1BIZA 1ZBUA 3AVMA 3KK2A 2IC3A 1B9FA 3K58A 4CK2A 2FBYA 3ITHA 4CJKA 3HT3A 3KIOA 1JL1A 1WSIA 5J2QA 4Z4FA 4W5NA 3P83D 4OVLA 1RCHA 4CERA 1JLAA 3TAEA 1TVRA 3SQ0A 1J53A 4B9VA 4F2RA 2DY4A 2YNIA 3IS9A 1XHXA 4K8ZA 3VQ7A 1RT6A 1S9GA 1LWEA 3DLEA 1LV5A 1QSLA 3LZIA 2YV0X 4FJXA 3HP9A 5CYQA 4FJGA 4KTZA 3WNHA 4B08A 4KRFA 3NH2A 1U47A 3VA3A 1WAJA 4FM1A 3LP0A 4C8KA 4RW4A 4CGIA 4Y1CA 1FXXA 3B6PA 4BE2A 3EY1A 4HHTA 4CHZA 4M41A 1VRUA 3M8RA 3TARA 1VSIA 4O55A 2XO7A 4KREA 3OYEA 2OZMA 2FC0A 1VRTA 3ZT4A 2OPPA 4HUGA 4DSJA 4KTQA 4J2AA 1BCOA 3LWLA 1HPZA 4J2EA 4E1NA 1X9WA 4CJVA 4OLAA 1Q9XA 2B5JA 3F73A 2OA8A 1TL3A 4NYNA 3V9WA 4N76A 4EP4A 3KD1E 2YKMA 3DI6A 3DLRA 3PX6A 4BDPA 3CFOA 2KTQA 1DLOA 3LP1A 4KPYA 2JGUA 3AO1A 4FJMA 1XWLA 1A5XA 4CJRA 3ZSOA 1HYSA 3LZJA 2HNZA 3SPYA 3TAQA 1C1CA 3ZSWA 3O3FA 2BANA 1NJXA 1RTIA 4PQUA 3SUPA 3QLHA 4CHNA 3RMBA 4KHYA 1ITGA 2D0AA 1QTMA 1D8YA 2HW3A 1J54A 3SQ1A 1UA1A 2XHBA 3OYIA 1CXUA 4FZZA 4KHUA 4DU3A 3HJFA 1RDAA 4KHSA 1ASWA 1CXQA 4IBNA 1U49A 3SV3A 4PA1A 3SJJA 1GOCA 1KSPA 1NKCA 2YHBA 4G1QA 5JS2A 3LDSA 4LH5A 3O4NA 3CQ8A 4LSNA 5K14A 3QEIA 4CEFA 4E7IA 4B9SA 4KB1A 2XY5A 4CJWA 1O1WA 4LH4A 3ZCMA 1ASUA 4DTXA 3SPZA 2WONA 5J2NA 4FLUA 3CFRA 2Z1HA 2RF2A 2VWJA 1KVBA 3IAYA 3AVFA 2P5OA 3QIPA 3ALYA 3L3UA 4DS5A 4OPKA 2OPSA 4JS4A 5I42A 3JSMA 1RT3A 3ZSVA 1XHZA 4CHYA 3NF6A 3SCXA 1BHLA 1RT1A 4DFJA 2YNFA 3KKSA 3D0PA 4DU1A 3U6FA 4CJUA 4B3OA 4C8LA 4DSKA 1QQCA 4PY5A 4YNQA 4RG8A 1Z25A 1S6QA 4CHPA 3OY9A 3HK2A 1UWBA 2G8UA 3DLGA 3DOKA 4DU4A 3C6TA 1D9DA 4CEZA 3K5NA 1LWFA 2F8TA 2Z1IA 4EP5A 1T03A 1L3TA 2G8KA 1KTQA 3KTQA 3CM5A 4FJNA 1HQEA 2P1JA 5FROA 4O4GA 4E89A 4HCBA 1BQNA 2EHGA 3S3MA 1JLBA 3HP6A 1Q9YA 5KTQA 4LY7A 2DFEA 4FCYA 1VSKA 3L3VA 3V1OA 4BDYA 3V9SA 1TK0A 2KZMA 1A5WA 1NK6A 3OYGA 4Y1DA 1MU2A 4E7JA 4H8KA 1Q8IA 1SKSA 3AVHA 3P1GA 3MXIA 3MEEA 3WNGA 1SL2A 1LAWA 4M3RA 2P51A 5FDLA 1S1XA 4DQPA 4KAZA 1CZBA 4OKEA 4N41A 3NFAA 3RRGA 4BE0A 4CEQA 1ZBLA 3RR7A 4FJJA 3T3FA 4DMNA 1U4BA 1FKOA 4FXDA 1RTJA 1HYZA 2ZD1A 1WNSA 1ZBHA 3KKRA 3AVCA 1KLNA 3KLHA 3DLBA 1X9MA 4IG3A 4FLVA 3IRXA 2IGIA 1NJZA 2F8SA 3LAMA 1NKEA 2Y1JA 1C0TA 3DOLA 1BI4B 3ZSXA 3QNNA 1EETA 3T1AA 1CLQA 4CGJA 4UQGA 3PO5A 4F8RA 3VQAA 2YHAA 4FJIA 2YKNA 4Z4IA 4ID5A 3RTVA 1QS4A 4M45A 4Q0BA 1ZBIA 4W5TA 3NH0A 1IKWA 2DFFA 2IDOA 3U3GA 3QNOA 1WSHA 4FLWA 2G8HA 4E3SA 2HHTA 2ATQA 1C0UA 1JKHA 2OPRA 4KKOA 4B8CA 4KHWA 2O4GA 3VA0A 2BDPA 1JLFA 4CJEA 4O0JA 3LANA 3AA5X 3OYLA 2D5RA 4OKKA 5EU7A 3VQQA 4B9UA 4FLTA 1U04A 4B9TA 4DSIA 1YTUA 3LP3A 3OYCA 4Z4EA 3OYKA 3I0SA 4AH9A 2VG6A 4DQQA 2QKBA 1NOZA 3TANA 3KD5E 1S1UA 3QEXA 4E7KA 1TV6A 1SV5A 1HQUA 4DTRA 1QE1A 3MEDA 4E0DA 4BDZA 1KLMA 1IKVA 4Z4HA 2XY6A 3RRHA 1EX4A 2GV9A 4FJHA 3AA2A 3VQCA 3FFIA 4Z0UA 3QETA 3B6OA 4BWJA 4HTUA 3DRRA 5DK5A 4FZXC 4GMJB 1VSLA 2EX3A 3RR8A 2ZE2A 5C25A 3OVNA 5J2MA 2KZZA 4CECA 3H08A 3RMDA 2F96A 4E7LA 1KCFA 2KFZA 3KLGA 2GBZA 4WE1A 4JLHA 3EZ5A 4J2DA 4CEEA 1N5YA 4O5BA 4CHQA 3KJVA 3AO3A 4O44A 1DTTA 4KV8A 2ZQBA 2O4IA 2DFHA 3NH1A 4CJLA 4FYDA 4CJTA 3ZT0A 3AVAA 4DFMA 4I9LA 5T7BA 2BGGA 3SZ2A 4R5PA 1YVUA 3NF8A 4FZYA 3MAQA 1IKXA 1R0AA 4CCHA 1RBTA 3E01A 3VQ9A 2FBXA 3PX0A 1RBRA 3NGIA 4KTWA 3LAKA 3V1QA 3HXMA 4CJPA 1BGXT 3TWHA 4XIUA 4KO0A 2Z1GA 3ZT3A 1RDCA 3HPHA 4DFKA 1WLJA 2D0CA 1SL0A 3VQ4A 5J2PA 5FRMA 4CJ4A 2OPQA 3SV4A 3ISNC 1WSFA 1L3SA 4ELTA 5JS1A 3S3NA 1WSGA 2AJQA 1TAQA 4M3ZA 4FLYA 2HNDA 2HNYA 4IG0A 3QINA 1KRPA 1EXQA 1K6YA 4LSLA 1HNIA 3NGYA 3AO2A 4DSEA 3ZSYA 4RW8A 3SI6A 4CJFA 2HHWA 3KLEA 1BI4A 3V1RA 3L2VA 4KI4A 1VSEA 1NJYA 3AA4A 3QESA 2XY8A 4HVJA 1FKPA 3K2PA 3HVRA 4DQIA 1RT4A 2HHVA 2P5GA 1A5VA 3OS0A 1W0HA 2KW4A 4BE1A 4B9NA 4ELUA 3OS1A 3V9UA 4F4KA 4CF8A 4Z4GA 1ZYQA 1UAXA 3HO1A 1NK4A 1L3UA 4QCLA 4AILC 4E1MA 1WSEA 4IFYA 3SQ2A 2X74A 3M8PA 3QEVA 3P5JA 3KK1A 5KGWA 4OJRA 4B8AB 4ID1A 3SNNA 2DTUA 1C1AA 1Y97A 4J2BA 1S5JA 1I3AA 4CEOA 1IH7A 3L2QA 4CE9A 1RBSA 1JXEA 3BDPA 1DTQA 1WSJA 5I3UA 3OYFA 4FK4A 3CYMA 4I2PA 3UIQA 3TAGA 2OZSA 4CF2A 3MXJA 1XC9A 1LWCA 5D3GA 4C8OA 3SYZA 3O4QA 4OPJA 4AHVA 1RBUA 3L2WA 3VQ8A 4YFUA 3S9HA 1KFSA 3M8SA 1YTAA 4DWIA 4JS5A 4CK1A 1RTHA 4AHCA 1RBVA 2JLEA 2XRIA 3DLHA 1GOAA 3SUOA 1RT2A 2KQ2A 3NF9A 5CY4A 4CFCA 2E4LA 3VQBA 4HUFA 3KK3A 4HCCA 4FK0A 1TGOA 4QAGA 4I7FA 2NUBA 3RWUA 3D45A 4CF0A 4DF4A 4FM2A 2VG5A 3C95A 2A1RA 4DQSA 1LW2A 1G15A 4DFPA 3NHGA 5J1EA 3OYDA 4RW9A 4CGDA 1D9FA 1UA0A 1U45A 1NJWA 4M42A 4OGCA 4I9QA 5HLFA 3ZSZA 3AVKA 1BIUA 3DRPA 3MECA 3A2FA 3AVBA 4JRPA 4DTJA 1QSSA 2ITGA 1REVA 5KGXA 3QEWA 4CGGA 4CK3A 5HP1A 3TAMA 4DTNA 1X1PA 2HHQA 3G0ZA 4CF1A 4F2SA 4LD0A 3V4IA 4DQRA 3TAFA 2G8FA 3ZT2A 1S1VA 1NK5A 4CJSA 3LWMA 1B9DA 3HL8A 3THVA 4FLXA 3K5LA 3AA3A 1RDDA 1RT5A 3KLIA 4CIGA 1JL2A 1N6QA 2PYJA 3K5OA 1W9HA 3SUQA 3NBPA 1T7PA 3WNFA 3K5MA 5SZTA 4F3OA 1VSJA 1BISA 1S1TA 2X78A 4FW2A 3T19A 4CGFA 4PUOA 1JLGA 1HRHA 3QO9A 4RW6A 3VQEA 1IO2A 3F9KA 5HRRA 4DG1A 4W5QA 4N5SA 3OYBA 3TAPA 2QKKA 3ULDA 1IG9A 2IS3A 4IFVA 3K59A 2KFNA 5HRPA 3O3HA 1UOCA 3CG7A 3OYHA 4BACA 4GW6A 4GVMA 4KHQA 1HYVA 1VSHA 2YNGA 2GUIA 3V9XA 3V81A 5DMRA 2OYQA 4Z4CA 3OJUA 1VSMA 3EYZA 3AVIA 4CJQA 4CIFA 1ASVA 4CEDA 3JYTA 1LW0A 2I5JA 3QERA 3NF7A 4C8NA 3OYAA 2VWKA 1TKZA 3V6DA 1U48A 4DSLA 2HHUA 1JLCA 4ZTFA 1XI1A 3HM9A 4ELVA 4OLBA 4EZ9A 4K8XA 4NYFA 3TI0A 3AV9A 4NCBA 3PV8A 3NE6A 1VSFA 4OGEA 4E19A 3RMAA 2X6NA 1TK5A 1J5OA 4FW1A 3S3OA 4CF9A 3BGRA 1QSYA 4FJLA 4EZ6A 1BQMA 5HBMA 2XY7A 3MXMA 4B9MA 1IKYA 3ZSRA 4CEAA 2B4JA 3OYNA 3HPOA 3NAEA 4DTUA 2RN2A 1KVAA 3IG1A 4DF8A 3AO5A 1I39A 3PO4A 1TL1A 1NKBA 1NK8A 2YNHA 1JLEA 4FJ8A 3VQ5A 3OYMA 1BL3A 2Y1IA 3RMCA 1T8EA 2G8IA 4AHUA 1BCMA 3VN5A 3VQDA 1JXBA 3DRSA 3LPUA 4AHSA 4E7HA 1T05A 2PZSA 4M3UA 4DTSA 3PX4A 2X6SA 4CFDA 1RILA 1L3VA 3NDKA 4W5RA 4FLZA 3I8DA 4IDKA 2WOMA 2FBTA 4M3TA 5KRTA 1VK0A 2IAJA 3MEGA 2E6MA 3NCIA 1YT3A 1NK7A 1QHTA 3KLFA 3ZSQA 3PUFA 1TKDA 1B92A 3WNEA 4F3TA 5FRNA 3OS2A 2HVHA 4M3XA 3O3GA 1WAFA 2HHSA 4DTPA 4KFBA 3CFPA 3ZT1A 4CJ5A 1CZ9A 3AO4A 3LALA 1NOYA 3C94A 4C8MA 1SUQA 4CJ3A 2IOCA 5HRSA 2FBVA 3K57A 3L8BA 3SUNA 4FJKA 3LPTA 1F21A 1KVCA 1RDBA 3HPGA 4NCGA 1VSDA 4CEBA 5CZ1A 4DLGA 1WN7A 1RNHA 3DM2A 2B6AA 2Q3SA 4CHOA 3V9ZA 3HVTA 4DTOA 1C6VA 4H4OA 4MFBA 3DYAA 4CESA 4H4MA 4OKJA 2G8WA 1KFDA 4ZHRA 4FVMA 4AHTA 2PYLA 5HROA 1TKXA 2PY5A 1X9SA 4TSXA 3ASMA 3DMJA 4CIEA 2QK9A 4DTMA 1GOBA 3C6UA 4AHRA 5KRSA 2BE2A 3M8QA 4JRQA 5KI6A 3AVLA 3VQ6A 3TABA 3L2RA 1C1BA 1ZBFA 4DLEA 2HMIA 1NK0A 4PWDA 5HRNA 4IKFA 2LSNA 2RPIA 3HSTB 4FJ9A 5E41A 1SKRA 4L8RB 4M3YA 1JLQA 4W5OA 4QOZB 1HJRA 1HMVA 2D0BA 5C42A 1EKEA 4ICLA 5SWMA 4DS4A 2R7YA 3L2UA 4O0IA 2W42A 1SKWA 3CM6A 4FM0A 5C24A 1TK8A 1LAVA 2HVIA 4I2QA 2RKIA 1EP4A 4N56A 1RTDA 4KI6A 4N47A 1NK9A 2G8VA 2HB5A 3TR8A 5CYMA 4KB0A 3AVNA 1FK9A 1TKTA 4FJ7A 3DLKA 4CGHA 3QEPA 4RW7A 3LP2A 1Z26A 1HNVA 4Q5VA 3AVGA 1C0MA 3HYFA 4DSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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