3CFPA

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase, ternary complex 1
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
source organism Bacteriophage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 316
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfpA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfpA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfpA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfpA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfpA03
3QEPA 4IFVA 3M8PA 3G0ZA 3NF8A 3QIPA 3ZT2A 2A1RA 3TAQA 4KREA 3ZT4A 4Z4FA 1RDDA 4E1MA 1MU2A 4DTOA 3HT3A 4DSKA 4OKKA 1NJWA 5KGWA 4B3OA 4DQPA 4DTSA 1HRHA 4FCYA 1X9MA 4F8RA 4DF4A 2OPRA 4H4MA 3V9ZA 3DRRA 1LWFA 3L2WA 3C94A 5HLFA 1SKWA 2P5GA 3LP3A 3D0PA 2DTUA 1HPZA 1RT5A 3DOKA 4M3ZA 3AO1A 5EU7A 1EP4A 1YTUA 1KCFA 3AA4A 1ASUA 1W9HA 2FBTA 4OGEA 3CM6A 4QAGA 3PX6A 3HP9A 1S6QA 4DFKA 4E7KA 3S3OA 1IO2A 1WAFA 1SL2A 4DQSA 3QIOA 4CJFA 2B4JA 2E6LA 4HUGA 4EZ9A 1RDCA 2HNYA 2IS3A 3L2QA 2JLEA 1T03A 4KTQA 1BIZA 3SI6A 2YKNA 3OY9A 4H8KA 4CECA 2HW3A 1JLGA 3VQ6A 1L3VA 3NF9A 5SZTA 4AHVA 2Z1GA 1ASVA 1HMVA 3TR8A 3WNFA 3OYCA 2DFHA 3DLEA 1WAJA 1S5JA 1B9FA 4DTUA 3MAQA 4KB0A 4HUEA 3S3NA 4Z4GA 2HVHA 3QERA 4FLXA 1LWEA 3M8QA 3LDSA 3VQEA 1TK0A 3S9HA 3KD5E 1CXQA 2BANA 3PY8A 1HYVA 4DSFA 2F8TA 1BI4B 1JLQA 3NBPA 3P1GA 4CGFA 2D0AA 4CJEA 3DLBA 4DFPA 4OPJA 1XC9A 3MECA 4BDYA 1RTHA 4OJRA 4DG1A 1RT7A 2G8FA 3NHGA 5FRMA 1RT2A 4FJ5A 3V1OA 1YT3A 1YTAA 3OYAA 3LZJA 4AH9A 3VQPA 2FBYA 3VQ4A 1R0AA 1TKDA 2EX3A 4FZYA 4I2PA 3QEIA 3V9UA 2OA8A 1NK5A 1BIUA 2GUIA 2OPPA 1WLJA 1CZBA 4F3OA 4CGIA 4FZZA 3KK2A 4FJJA 3VQBA 3TAEA 3LAMA 3MEGA 2WOMA 1K6YA 2QK9A 3LWLA 4FK4A 4KHSA 1A5VA 1KVAA 5C25A 4QOZB 2G8IA 3ZT3A 3E01A 3ZSVA 3KLGA 3A2FA 4KFBA 4BE2A 3M8SA 1RCHA 3S3MA 1TK5A 2IC3A 3RMBA 2RN2A 4KTWA 4ZTJA 4FJXA 1QSLA 1KSPA 4M3UA 4YFUA 4FLVA 4CFCA 3HP6A 1ITGA 3T1AA 3HL8A 1ZBFA 1ZBUA 1T7PA 1VSJA 4IG3A 2VWJA 4DTPA 4MQ3A 4CEBA 3HYFA 3OYIA 3EZ5A 3TWHA 4G1QA 3AVHA 3V9WA 1Z26A 1L3UA 4OLBA 5I3UA 3NAEA 3AVCA 3B6OA 4DSJA 4CIGA 3SUOA 3LANA 4LH5A 4Z4HA 2X78A 3K57A 4DLEA 1VSEA 1U49A 3MXJA 4BACA 1BCOA 3AVKA 3D45A 4JS4A 5KRSA 2R7YA 4KI6A 3ZCMA 4FK0A 3RR8A 4FVMA 4Z0UA 2XO7A 4PY5A 3LZIA 2ITGA 1F21A 3LALA 4KHUA 3KLIA 1C0TA 1FKOA 3RR7A 4LSLA 4DQIA 2P5OA 4CCHA 2WONA 2YNHA 1JLBA 2Z1IA 3NF6A 3AA3A 4KB1A 4CHPA 3M8RA 1U47A 4KHQA 1S1WA 3SUNA 1WSJA 4FJGA 2YV0X 4KO0A 3MXMA 3O3FA 1HNVA 4B9LA 1BISA 4HCCA 4FW1A 2D0CA 1C0UA 3OYEA 3PX0A 4NYNA 4CJ3A 2IGIA 3OYNA 3K59A 2HNZA 3U3GA 1D9DA 1QQCA 1RBUA 5CYMA 4CE9A 1KTQA 4CFBA 2VG5A 3NH2A 3OYFA 1JLCA 2VWKA 4CJLA 4M3XA 1JL2A 3WNEA 4B8CA 4N41A 4FJMA 5HRNA 1U48A 4OLAA 1BL3A 3IG1A 3KKSA 4BWMA 1NK8A 2ATQA 4FLZA 3ZSOA 4C8LA 2KZMA 1U4BA 4FJLA 4PWDA 4KKOA 1IG9A 4FW2A 4R5PA 4FZXC 2E6MA 2FBVA 5JS1A 3TAMA 2G8VA 4KAZA 4N76A 4OKJA 1IKXA 3KIOA 4AHSA 4CEZA 1UA1A 3SPYA 1C1AA 2D5RA 2RKIA 3G10A 4NYFA 3LPTA 5I42A 2GBZA 3OYGA 1S1VA 3IRXA 5J2MA 3MXIA 4DS5A 1NJZA 3KKRA 4B9MA 1I39A 3QO9A 1RT3A 2XY5A 2ZD1A 1TV6A 4O0JA 1J54A 4W5NA 4J2EA 1LW2A 3P83D 4DTNA 4W5TA 4OGCA 1NK4A 3OYKA 4DMNA 1X9WA 4L8RB 1IKYA 4RW8A 3ISNC 4CJWA 2Y1IA 3RTVA 5DMRA 3VQQA 2IAJA 4Y1DA 3ZT0A 4FJKA 2IDOA 2BDPA 2ZE2A 2HB5A 3IS9A 4CFDA 4CHYA 4BE1A 1NOZA 3FFIA 3U6FA 4CF9A 2G8UA 3SQ0A 5HP1A 2BE2A 1Q9YA 1NK9A 4CK1A 3QNNA 1UOCA 5HRPA 2YHBA 3DRPA 3LP1A 3SZ2A 1RT1A 5KRTA 3OYLA 3HPHA 1BHLA 5J1EA 4W5RA 4M41A 3SQ4A 1RBSA 3OS1A 3SNNA 2Z1HA 2JGUA 3OJSA 1BCMA 4E7IA 3BGRA 2HHUA 4KI4A 5E41A 4E0DA 4OKEA 4FYDA 1JLFA 3AO4A 1L5UA 4RW9A 3LAKA 4M42A 2YNFA 4NCBA 1Z25A 1NK7A 2G8HA 1VRUA 2HVIA 3KLHA 2HHSA 3L8BA 4N5SA 3SUQA 3V9XA 5CY4A 4PA1A 3QEXA 4GMJB 4RW4A 4EP5A 4B9VA 4FJIA 4CJ4A 3O4NA 4PQUA 2D0BA 3ULDA 4DSEA 3L3UA 3P5JA 4FLWA 4C8MA 5J2PA 4M3TA 4DWIA 4CJKA 3OS0A 1TL1A 3ALYA 2NUBA 1T8EA 4CERA 4CEAA 2QKKA 4KHYA 2YHAA 4O5BA 3EYZA 1LWCA 3TARA 1VSLA 3T19A 4DFMA 4ELUA 3QNOA 2PY5A 1RBRA 3SPZA 4OVLA 1VSKA 3L2VA 2W42A 3ITHA 2IOCA 2KFNA 1EXQA 5T7BA 1TGOA 3SCXA 1WNSA 2FBXA 4J2DA 3PX4A 4CK2A 4CEFA 4EZ6A 3AV9A 4M3YA 2OYQA 4ELTA 2OPSA 3DLRA 3OYJA 3AO5A 4AHUA 1J9AA 4IG0A 4CGHA 4I2QA 4CGGA 2XY7A 1FK9A 1TKTA 1G15A 3VQDA 5J2NA 4F3TA 1S1TA 3L2UA 1HYSA 1D9FA 3KTQA 1S9EA 2QXFA 1JLAA 3K5NA 3K5OA 4CF1A 1LAVA 5KI6A 1HYZA 4HVJA 3NH1A 3CM5A 5KTQA 3HPOA 3V9SA 1HJRA 4AHRA 4CIFA 1JKHA 5JS2A 4DTJA 1KRPA 4ZHRA 4B9SA 3LP2A 4FLUA 3QEVA 1BGXT 4GVMA 5DK5A 4CHNA 3OYDA 3HVRA 4DQRA 4Z4CA 1N5YA 2BGGA 1Q8IA 1RTDA 1CLQA 3AVJA 4CJTA 4DLGA 5SWMA 3AO3A 3KK3A 4KPYA 1KVCA 4DQQA 3L3VA 5K14A 3PV8A 1UAXA 4FJ7A 4M3RA 4YNQA 3SYZA 4CF0A 4DSLA 2G8WA 3C95A 1HNIA 2YKMA 3I0RA 2XY6A 4N47A 5D3GA 1IH7A 2LSNA 1SKRA 4CJ5A 3KK1A 3V6DA 3DOLA 3K5LA 3NGYA 4O4GA 3AVFA 3ZSYA 4RW7A 2O4GA 3VQ8A 1XHZA 4J2AA 3O3GA 1U45A 3ZSZA 1TL3A 1UA0A 1LAWA 1BI4A 4DTRA 3PO5A 2B5JA 4O55A 1RTIA 1EETA 1UWBA 3ZSXA 4XIUA 3TAPA 1NKBA 4B9TA 5HRSA 4FXDA 1TVRA 3THVA 3TABA 1EKEA 1DLOA 3AO2A 4BDZA 1C0MA 1D8YA 1KFSA 4ELVA 1REVA 2FC0A 2Z1JA 1C1BA 5CZ2A 1HQEA 4C8NA 3CG7A 4CHOA 3LPUA 1A5XA 4FJNA 1JL1A 3V1RA 1HQUA 3ZSWA 4O0IA 1TAQA 3K5MA 1ZBIA 2HHXA 4IDKA 1RNHA 4LSNA 1GOBA 3ASMA 4FM0A 1X9SA 4RW6A 1ZYQA 1U04A 2ETJA 1VSFA 3NF7A 4CEQA 3HO1A 4W5OA 1CZ9A 4B9UA 4ID5A 1XWLA 3L2RA 1RILA 3NGIA 1YVUA 3MEDA 4CIEA 1NK0A 3TAFA 1DTQA 5HBMA 3JSMA 4DF8A 3HXMA 3NE6A 2X6SA 5KGXA 3VQ5A 1RDAA 3NDKA 4DU4A 1B92A 2F96A 4JS5A 4FJ8A 3B6PA 1VSIA 3KLFA 2PYLA 1TKXA 3MEEA 1VSMA 2RF2A 2OZSA 3VN5A 1WSIA 4N56A 1FKPA 2Q3SA 4E7LA 3QETA 1X1PA 3PUFA 4OPKA 4NCGA 2KW4A 4J2BA 4IFYA 5FDLA 3VA0A 3HJFA 1S9GA 3VQCA 1L3TA 1BQMA 1CXUA 1WSEA 2GV9A 3VA3A 5J2QA 4CESA 4DFJA 2YNIA 3SQ2A 1VK0A 1XHXA 3DLGA 1A5WA 4MFBA 4KTZA 3V4IA 1VSDA 4I9QA 1J53A 3ZSQA 1TK8A 3WNGA 1L3SA 4F2RA 2KFZA 1GOCA 1W0HA 5HROA 4Q0BA 2AJQA 4ICLA 2HHQA 2XHBA 3KD1E 3I0SA 3RMCA 3AVAA 4LY7A 1C1CA 4O44A 4TSXA 1RTJA 4CK3A 3TANA 1QSSA 4F2SA 4AILC 1TKZA 2HHWA 2QKBA 4FM1A 4CF8A 3DLKA 1NJYA 3OYMA 3IAYA 4CJQA 4IKFA 3O4QA 5CZ1A 2PYJA 4BDPA 2OPQA 3K2PA 4EP4A 2P51A 2E4LA 3DYAA 1RBTA 4KHWA 4E1NA 5C42A 3NGZA 4HHTA 3VQ9A 3TI0A 2ZQBA 4ZTFA 1KLNA 3TAGA 3VQAA 2G8KA 1NK6A 5C24A 4WE1A 1JLEA 3HVTA 4UQGA 1LW0A 2HMIA 4Z4IA 2A1SA 1SL1A 3HPGA 1WN7A 3NCIA 3LP0A 4CJSA 4CF2A 4FLTA 4C8OA 2DFEA 3WNHA 3JYTA 1RT4A 1RBVA 3K58A 3UIQA 1JXBA 3I8DA 1RT6A 2HNDA 4CEDA 4HTUA 3AVMA 4H4OA 3SQ1A 3O3HA 4DSIA 4W5QA 4DU1A 1LV5A 1T05A 1B9DA 1NKCA 4LH4A 4Z4EA 3OJUA 3BDPA 1KFDA 4KRFA 1QHTA 2EHGA 3T3FA 3ZT1A 2P1JA 3QINA 4JLHA 4DTMA 3AVNA 1EX4A 1ASWA 1S1XA 2DFFA 2X74A 4FLYA 2X6NA 3C6TA 4BWJA 4B8AB 3RMAA 1Q9XA 2OZMA 3H08A 5CYQA 2YNGA 2XRIA 3HM9A 3F73A 1XI1A 4KHNA 3RRHA 1FXXA 4Q5VA 3OVNA 3OYHA 4DS4A 4CGJA 4B08A 4CJPA 2RPIA 1VSHA 3VQ7A 1IKWA 1QTMA 4CHQA 2B6AA 4DU3A 3EY1A 1J5OA 5HRRA 1IKVA 3KJVA 4K8ZA 1VRTA 3CFPA 4KV8A 4JRQA 2HHTA 4B9NA 3F9KA 1GOAA 1WSFA 4QCLA 3SUPA 4M45A 1TAUA 1DTTA 4DTXA 3SJJA 3V1QA 3AA2A 3CYMA 3DI6A 4CJVA 4FM2A 1KLMA 3DMJA 3DRSA 5FROA 3RMDA 2XY8A 1SUQA 4CFAA 4FK2A 3AVGA 3AVIA 3NFAA 4K8XA 1O1WA 1C6VA 1QE1A 3V81A 4GW6A 3OYBA 1WSGA 3SV4A 1NKEA 4F4KA 1BQNA 3PO4A 2HHVA 4E19A 4M3WA 4E89A 4BE0A 3CFRA 1SL0A 3CQ8A 1D5AA 3LWMA 4CGDA 4FJHA 3HSTB 2KQ2A 4RG8A 4NCAA 1QSYA 1SKSA 2PZSA 5FRNA 3HK2A 3OS2A 3QLHA 2Y1JA 1I3AA 3AVLA 3RWUA 1JXEA 2KTQA 3NH0A 1KVBA 3QESA 2VG7A 1QS4A 3U3YA 4IBNA 1NJXA 4CJRA 4AHTA 4AHCA 2I5JA 4CJUA 1NOYA 4E7JA 3QEWA 1S1UA 2VG6A 3ZSRA 3AA5X 1N6QA 4Y1CA 3KLEA 4CEOA 3AVBA 1S6PA 1ZBLA 2DY4A 3DLHA 4E3SA 3DM2A 2KZZA 4CHZA 4JRPA 4ID1A 4C8KA 4E7HA 1SV5A 4I7FA 4HCBA 4LD0A 4FJ9A 2O4IA 4CEEA 3CFOA 1RDBA 4HUFA 1Y97A 3SV3A 1ZBHA 2F8SA 4PUOA 1WSHA 3RRGA 3C6UA 4I9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A5O C;  3WT0 A;  4QND A;  3QEP A;  2WTU A;  3NF8 A;  3G0Z A;  3ZT2 A;  3TAQ A;  3ZT4 A;  2NRT A;  3HT3 A;  3IMX A;  2BUP A;  4IOC L;  4FCY A;  4O8K A;  2OPR A;  2VYP A;  3L2W A;  4BRH A;  1YI2 N;  3AO1 A;  2ZJP L;  1FYZ E;  3S3O A;  1S6Q A;  4E7K A;  4DQS A;  4HUG A;  1RDC A;  2HNY A;  5BR8 K;  4X5M A;  2IS3 A;  1T03 A;  5BRE A;  2HW3 A;  2RKH A;  4CEC A;  1HNZ K;  3NF9 A;  1BWF O;  4AHV A;  1ASV A;  3WNF A;  3WQT A;  4YHH K;  4RL5 A;  4A2B A;  1XL3 C;  3DLE A;  5AQW A;  2UYT A;  3MAQ A;  3S3N A;  4FLX A;  2V7Y A;  4EZ6 A;  3OTO K;  1TK0 A;  2P9P A;  3CJC A;  2BAN A;  4DSF A;  1JLQ A;  4H0O A;  4C23 A;  4CGF A;  4FWL A;  4DFP A;  1XC9 A;  3VMF B;  2FSK A;  4FWS A;  4YOY A;  4JI3 K;  4X65 K;  1R0A A;  4YOX A;  2A6A A;  3V9U A;  1JJ2 M;  1RDU A;  2OPP A;  1WLJ A;  4F3O A;  5IT9 O;  3VQB A;  4YY3 K;  3CER A;  2WOM A;  2QK9 A;  3GL1 A;  3G71 N;  4KHS A;  3R1X A;  4L3Q A;  4YOR A;  3QBX A;  3E01 A;  3ZSV A;  3AGK A;  4BE2 A;  1RCH A;  2IC3 A;  1QSL A;  4CFC A;  3HL8 A;  2VWJ A;  4MQ3 A;  5BPN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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