3CFPA

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase, ternary complex 1
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
source organism Bacteriophage rb69
total genus 316
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfpA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfpA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfpA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfpA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfpA03
1TAUA 1C1CA 3SV3A 4ID1A 4TSXA 4DF4A 1T8EA 1JLFA 1EETA 1VSFA 3ALYA 3KD5E 2BGGA 3LWLA 3LP1A 3RRHA 3DYAA 1ASWA 3O4QA 2EHGA 5CY4A 5HRPA 1ZYQA 1Y97A 4FK0A 5DK5A 4OPJA 1EXQA 3SUNA 5HROA 2FC0A 4I2QA 5HP1A 2KZZA 2X74A 3OYHA 3KLHA 1HYZA 3OYBA 3TAEA 5C24A 3T19A 3VQ7A 3ZT2A 1WSJA 1L3TA 3F73A 1JLEA 3T3FA 3SPZA 4KHNA 2D0AA 4AHCA 1RT5A 1FK9A 3SI6A 3VQBA 3ISNC 3VQCA 3OYEA 4NCAA 1VSEA 2O4GA 1G15A 3VQ5A 1U47A 4C8KA 4Z4EA 4F2SA 2X6NA 5I42A 4CJQA 1NKEA 4OLAA 4O5BA 1HYSA 3C94A 4Y1DA 4YNQA 1DTTA 4B9TA 2F8SA 4MFBA 5KRSA 1RT2A 1RDDA 2VWKA 2LSNA 5I3UA 2F8TA 2ZQBA 4IFYA 3L2RA 1ASVA 3NGYA 1KFDA 3ZSXA 4FCYA 3TANA 3PUFA 1NJZA 4ELTA 4F3OA 4DTOA 3ZSOA 5CZ1A 4CEBA 3CG7A 4DSEA 4HUEA 1XC9A 1TK5A 4AHSA 4J2BA 1BCMA 1CXQA 4OPKA 3NF7A 4CF9A 2B4JA 3QNOA 3IRXA 4CEZA 1X9WA 1TAQA 1T03A 4F3TA 4M3UA 3AA3A 4FZYA 4CJLA 1JXBA 4IKFA 4KB0A 4DTJA 3DI6A 3JSMA 1IKYA 4B9SA 3RR8A 4CHOA 4YFUA 5SZTA 3MXIA 1BL3A 1QSSA 3LPTA 4FM0A 1JLQA 3QESA 1RTIA 1YVUA 3T1AA 4CF8A 3OYJA 2A1RA 4EP4A 3HYFA 2ZE2A 4Z4GA 3AA2A 1S5JA 3AA5X 3PX6A 2WOMA 3DRRA 1JLGA 3LP0A 3SUPA 1QSYA 1REVA 4E7HA 4KO0A 4CJVA 1TVRA 4CHNA 1S1XA 3AVKA 4CFDA 4CHZA 4E7KA 5JS1A 3AVNA 2OPSA 1A5VA 5CYQA 2YNGA 2OZSA 3FFIA 4Z4IA 2IS3A 2FBYA 2Q3SA 4KRFA 1QS4A 4NCGA 2DTUA 1RILA 3NH2A 4JLHA 1NK8A 1QHTA 4KHWA 1R0AA 2FBVA 3F9KA 4DS4A 4CJTA 2DY4A 2G8KA 5C25A 4N5SA 4DG1A 4M42A 4EZ9A 5C42A 4CEAA 3QINA 3DLGA 3QEVA 3NF6A 4DU4A 3TABA 1RTDA 3V9UA 1RDAA 3LP3A 4RW9A 4CIGA 4CJKA 4E19A 3L2WA 2FBTA 5KGWA 3L3VA 3CM5A 4CJEA 5J2QA 2HHWA 1W0HA 3RMAA 4XIUA 3ZSZA 2HB5A 1FKOA 3V9WA 4L8RB 2XO7A 3QNNA 1UOCA 3K5LA 4DU1A 3OVNA 1FXXA 4DTMA 4OKEA 5EU7A 3OY9A 4KI4A 4KHUA 3KK1A 3K5MA 2VG6A 2IDOA 1RT3A 3HT3A 1ZBLA 4W5OA 2QKKA 2GBZA 3G10A 3CFRA 3P1GA 4M3ZA 3KK2A 4FJHA 3MECA 1TGOA 1BQNA 1QE1A 3AO3A 2XY5A 3QIOA 1S6PA 4RW6A 1KVCA 2PYLA 1LAVA 3V81A 3NGIA 3HP9A 3HK2A 1RDCA 3AVFA 4BDPA 3AO5A 3ZT3A 3NDKA 4CERA 3LALA 4FM1A 1TKXA 3DLHA 4FLYA 1LWEA 1XHXA 1KLMA 5KGXA 1JKHA 1RT7A 4C8NA 3M8SA 4DQPA 2D0CA 1RBSA 4FJ5A 1CXUA 3HVTA 4PA1A 3S9HA 4ICLA 1TKDA 4BE0A 2G8IA 1NOYA 4W5NA 1S9EA 1L3VA 3V1RA 3OYGA 1HNVA 4CFBA 3SYZA 3OYIA 4ID5A 1EKEA 4CEDA 1QQCA 3CFOA 3CQ8A 1D9DA 3HL8A 2YKMA 4CCHA 5FRMA 2FBXA 4H4MA 4Z4HA 4E3SA 4DSFA 2OZMA 4DFMA 4FLXA 3NFAA 4FJMA 1WN7A 4Z0UA 1J53A 1KLNA 4DTPA 1IG9A 1CZBA 4M3TA 2HNYA 4RG8A 4AHRA 4CHQA 4F4KA 1XI1A 4BE1A 4JS4A 1NJWA 5FDLA 3L2VA 4DSLA 4LD0A 1U4BA 2HHQA 3CYMA 4OGEA 2YNHA 4RW4A 3OYMA 1QTMA 1J54A 1NK5A 3V9ZA 4DLGA 4DFKA 3C6UA 4PWDA 4NYNA 3I0SA 4HCBA 4KREA 1S1TA 3LANA 3NHGA 1NK9A 3HPOA 1VSKA 3PX4A 5HLFA 1RTJA 1WSIA 3NH0A 3LDSA 4CJRA 3QLHA 4Q0BA 1BI4B 3DM2A 3ITHA 3ZSQA 5DMRA 1FKPA 2Z1HA 4FZXC 1VK0A 3C95A 1K6YA 4IDKA 1VRTA 4CJ3A 5FRNA 1X1PA 4IBNA 1Q9XA 3AA4A 2P1JA 1LW2A 1HJRA 2Z1GA 4FW1A 3OS1A 3K59A 1NJYA 5J2PA 4CEEA 4HCCA 3ZSRA 4CEQA 3NF8A 1S9GA 5HBMA 3PV8A 2W42A 3ZSVA 4OJRA 3SV4A 3U6FA 2QXFA 4AHTA 1T7PA 1YT3A 1UA1A 3LZJA 2HMIA 3I0RA 2KFNA 4FK4A 1Z26A 3OYDA 4BE2A 1N6QA 4DSIA 3KJVA 1UAXA 1U04A 3TARA 3HVRA 4QOZB 4CGFA 1DTQA 3D0PA 2P5GA 4E1MA 3CFPA 4CIEA 1RBTA 4J2AA 1UWBA 3AVHA 1VRUA 3AO1A 1LWFA 3HPHA 4CK3A 5T7BA 3TI0A 2RKIA 3TR8A 1SL2A 4DFPA 3A2FA 1NK7A 1SV5A 1JL2A 4I9LA 2JLEA 1LW0A 2G8WA 4FJGA 1RCHA 4C8OA 4GW6A 4F8RA 3AVMA 1ZBFA 3WNHA 2VG5A 3V9XA 1S1VA 5JS2A 1MU2A 3LZIA 2EX3A 3ASMA 2HHXA 4JRPA 1BHLA 1WNSA 3VA3A 4E7LA 4M45A 1DLOA 1LAWA 3TAGA 4J2DA 3SPYA 2D5RA 2F96A 3HPGA 1TL1A 2ZD1A 4OGCA 4QAGA 4DLEA 4DS5A 4KB1A 3LWMA 3K57A 1SUQA 4FK2A 1Q8IA 4KAZA 3ZT4A 1S6QA 1KFSA 3SQ2A 4CE9A 1D8YA 3AVJA 2Y1JA 1JL1A 2WONA 3LPUA 1LV5A 1UA0A 5KRTA 1TL3A 3NGZA 2KW4A 4N41A 1SL1A 3HJFA 3AVBA 3OJUA 1GOCA 4CF2A 3QO9A 5HRSA 4AILC 1U49A 1IKVA 3HP6A 4PY5A 4E1NA 4K8ZA 3LAMA 4DQQA 1KRPA 4IG0A 3K2PA 1RBVA 4CJFA 3TWHA 4DFJA 4KTQA 4DTUA 4NCBA 4BACA 3KLGA 3OYLA 1U45A 1NOZA 1TKZA 4AHUA 4B9NA 3AO4A 3M8PA 3MEDA 3O4NA 4OLBA 1BI4A 2VWJA 3I8DA 2G8UA 1VSDA 3HO1A 3L2UA 3QEIA 3PY8A 1A5WA 3RMBA 1IO2A 1JLCA 2YKNA 3AVAA 3C6TA 3VN5A 4CFCA 3OYFA 3MXMA 1GOBA 4W5QA 2RPIA 2G8HA 4E0DA 4O0JA 4B9VA 3KKSA 4KV8A 3P83D 5KI6A 3O3FA 1B9DA 3VA0A 4H4OA 2OPPA 1KTQA 1JLAA 2YNIA 1J5OA 1NK4A 2XHBA 1I39A 4I7FA 5HRRA 4GVMA 3DLBA 2QK9A 3SQ1A 4KHSA 3AVGA 2KTQA 3EZ5A 5D3GA 1WAFA 4QCLA 2DFHA 4OKKA 3MAQA 3SUOA 4K8XA 4AHVA 1HYVA 2XY6A 4DSJA 4CJ5A 4UQGA 3KKRA 4B9UA 1VSLA 4IFVA 1KSPA 1NKCA 1C1AA 4M3RA 3AVLA 4F2RA 4FLUA 4FJ9A 2R7YA 3ZT0A 1B9FA 4JRQA 2P51A 4CJPA 4Z4CA 3QIPA 3DLRA 4B8CA 4FZZA 4CGHA 3HM9A 2GV9A 3L2QA 2ITGA 4B8AB 1N5YA 3HSTB 1HQEA 5FROA 1ZBUA 3U3GA 4FJXA 5KTQA 5CYMA 3L3UA 2VG7A 1C0MA 4CEOA 2YV0X 3ZSYA 4CJ4A 4M41A 4KHQA 2IAJA 2HW3A 2NUBA 4ZTJA 3NBPA 4ELVA 4KI6A 4CF1A 3AVCA 3OYKA 4FJLA 3IG1A 1RDBA 3KLIA 4CK1A 2HHUA 4CGJA 4HTUA 4FLZA 1RBRA 3NH1A 4RW7A 3JYTA 1C0UA 1WAJA 4FM2A 2RF2A 3O3HA 3SJJA 2B6AA 5CZ2A 4FJ7A 1I3AA 3TAQA 3M8QA 1NK0A 4G1QA 4BDZA 4B9LA 4C8LA 3KIOA 2YHAA 4HVJA 3S3OA 1YTAA 4MQ3A 3ZCMA 2O4IA 2X78A 4LY7A 2HHTA 4LH4A 1D9FA 3MEGA 4BWMA 1SKSA 1D5AA 1WLJA 3L8BA 3V9SA 1BGXT 1F21A 2A1SA 4FW2A 4CECA 3SZ2A 4E7IA 4W5TA 1WSGA 3ULDA 3V4IA 3PX0A 1IH7A 2DFFA 2Y1IA 3NAEA 4FJ8A 3UIQA 3OYAA 3DOKA 1GOAA 4ELUA 1W9HA 3LAKA 3WNFA 3SUQA 1RBUA 3MEEA 3EYZA 5E41A 4DTSA 2XY8A 4Y1CA 1ZBHA 4O4GA 2QKBA 1IKXA 3H08A 3V1OA 1C1BA 3O3GA 4DQRA 4DF8A 4B9MA 1WSEA 1CZ9A 4Z4FA 1VSHA 2DFEA 4M3WA 3OYNA 2HHSA 1TK0A 3WNEA 4CFAA 3U3YA 4J2EA 3THVA 2OYQA 3M8RA 1L5UA 1B92A 3QEXA 3NF9A 2PYJA 4HUGA 2PZSA 4LSLA 4CIFA 3VQ9A 4CK2A 3LP2A 3S3NA 3K5OA 2P5OA 3K58A 1A5XA 2E4LA 2HNZA 3OS0A 4H8KA 3NE6A 3TAFA 5SWMA 1X9SA 3BGRA 3DRSA 3DRPA 4IG3A 1BCOA 4FJNA 2OPQA 4OKJA 3MXJA 2G8VA 3OS2A 3VQAA 4KKOA 4DQIA 1SL0A 3RRGA 3ZT1A 4DTNA 3VQPA 1NK6A 3SNNA 1QSLA 1SKRA 4FJJA 3IS9A 4FJIA 4CEFA 1L3UA 3QERA 3S3MA 4FXDA 2HVIA 1VSJA 4O55A 2KFZA 1BIUA 4OVLA 1TK8A 1IKWA 1JXEA 4BWJA 2XY7A 4CGGA 2Z1JA 1BQMA 1X9MA 1NKBA 4RW8A 1WSHA 4I2PA 3PO5A 4CHPA 4DTXA 3EY1A 4BDYA 1S1UA 2YNFA 1BIZA 1C0TA 3B6PA 3VQEA 3RWUA 4FJKA 4O0IA 2D0BA 5J1EA 3KK3A 4E89A 3QEPA 1S1WA 1HQUA 3DOLA 1YTUA 1RT4A 4KHYA 1RTHA 2BANA 1ASUA 4ZTFA 5J2NA 3KTQA 1C6VA 3SCXA 2IC3A 4B3OA 4KTZA 1NJXA 3ZSWA 1Q9YA 1RT1A 3VQ4A 4CGDA 3BDPA 4KPYA 1ITGA 3SQ4A 4E7JA 4CJWA 2E6LA 1EX4A 1KVAA 1VSMA 2OPRA 3VQQA 3AO2A 2JGUA 3OJSA 4JS5A 4W5RA 4FLTA 3HXMA 3P5JA 3RR7A 4PUOA 1VSIA 1J9AA 4LH5A 4CHYA 4KFBA 1T05A 4Q5VA 4CF0A 2HHVA 3KLEA 4HUFA 2OA8A 2PY5A 1XHZA 3VQ6A 2KZMA 4DQSA 1RNHA 4FLVA 4DTRA 2GUIA 5HRNA 4LSNA 1LWCA 2IGIA 4I9QA 3D45A 1HRHA 3PO4A 1CLQA 3K5NA 2HNDA 3NCIA 1BISA 3TAMA 2I5JA 1KVBA 4M3XA 1XWLA 2B5JA 2BE2A 3CM6A 4AH9A 2ATQA 3KLFA 4N76A 5K14A 3AVIA 1U48A 3DMJA 3E01A 4PQUA 4C8MA 4N47A 3DLKA 1WSFA 4FVMA 3V6DA 4ZHRA 1ZBIA 3AV9A 3QETA 1RT6A 4CJSA 4HHTA 4WE1A 3KD1E 3IAYA 1HPZA 4B08A 2KQ2A 4KTWA 2HVHA 4CJUA 1HNIA 1TV6A 3B6OA 1SKWA 2IOCA 2G8FA 2BDPA 4O44A 3VQDA 4FYDA 4DU3A 3WNGA 1TKTA 4M3YA 5J2MA 3TAPA 2AJQA 3SQ0A 2RN2A 4DWIA 3QEWA 2Z1IA 3DLEA 4NYFA 1KCFA 4DMNA 4N56A 1Z25A 2E6MA 4EZ6A 1EP4A 3RMDA 4CESA 3RMCA 3G0ZA 3V1QA 1HMVA 1L3SA 4DSKA 3VQ8A 4FLWA 2ETJA 2XRIA 3OYCA 3RTVA 4EP5A 1O1WA 4CGIA 1JLBA 4R5PA 2YHBA 2X6SA 4GMJB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3O9QA 1YJWN 1LAVA 3DWLA 1T3VA 3O1WA 4GKKK 4FWQA 3LALA 4A57A 3DLHA 4FLYA 1RT7A 4LFAK 1NGDA 2D0CA 1L3VA 3DXMB 4CFBA 1FZ0E 1MWKA 1QQCA 3HL8A 5FRMA 2FBXA 4Z4HA 4DSFA 4DFMA 3FLCO 4AHRA 2HNYA 4M7XA 4IFEA 1XI1A 4JS4A 5FPEA 4YDUA 1GLAG 1BWFO 1U4BA 1OVYA 5AZJB 4RW4A 3MX2A 1QTMA 3V9ZA 4NLBA 4FWOA 4BR0A 3PX4A 5HLFA 2O8FB 3NH0A 5AQXA 4KHPK 3HBTA 4PKIA 2Z1HA 3VEXA 4A5BA 1GLEG 4LFCK 4BRQA 5FRNA 4IBNA 3OS1A 3AA4A 2P1JA 2D1KA 3ZSRA 3OHRA 4LC9B 5HBMA 2W42A 3ZSVA 4OJRA 4RCHA 3VF2A 2KFNA 1UA1A 3LZJA 3I0RA 4DSIA 2IVOA 1NLVA 1N6QA 3KJVA 1UAXA 1U04A 3TARA 4QOZB 2P9LB 1RFQA 4J2AA 3HI0A 1VRUA 3AO1A 1LWFA 4CK3A 2QWLA 2WC9A 4CBUA 4DFPA 5C0YA 2JLEA 2P9PA 5F2RA 3AVMA 1ZBFA 1YJNN 3E9OA 3THXA 1MU2A 1BHLA 1WNSA 4E7LA 4PUOA 3SPYA 4JKCA 1GLCG 1S72N 1NU0A 3LWMA 2ZJQL 1SUQA 1FZ4E 1DGKN 1Q8IA 1K8AO 4JYAK 3ZT4A 1S6QA 3SQ2A 4JI4K 2WONA 3G6EN 5KRTA 1TL3A 2NNWA 2KLAA 4CF2A 3N1EA 4K8ZA 4DQQA 4KTQA 2E8AA 4DFJA 4H0VB 4NCBA 1U45A 5BRDA 4BR7A 1YITN 2O8CA 3NVKA 2ZGYA 3MEDA 2VWJA 3CC2N 1VSDA 4IT5A 2YKNA 3C6TA 4E0DA 1GOBA 4W5QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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