3TAFA

5-fluorocytosine paired with ddgmp in rb69 gp43
Total Genus 264
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
264
sequence length
904
structure length
904
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Bacteriophage rb69
publication title The miscoding potential of 5-hydroxycytosine arises due to template instability in the replicative polymerase active site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 264
structure length 904
sequence length 904
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3tafA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3tafA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3tafA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3tafA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3tafA03
1TGOA 2IS3A 1IKXA 3AA2A 4FLXA 2VG6A 1XHXA 3TANA 5J2NA 5FRNA 4FLUA 3LP1A 4FLTA 4CK3A 2ETJA 3AVGA 3ZSOA 1SKSA 3ULDA 1RTJA 4XIUA 1XI1A 1B92A 3CM6A 3L3UA 4FK0A 4E19A 1UA1A 4KREA 3HVRA 4KB1A 3ZSRA 3QEIA 1D5AA 3OY9A 1JLGA 3IS9A 4I9LA 3HSTB 4HUGA 1LWFA 4BDYA 2XHBA 3K5LA 4DFMA 3QEWA 3V9WA 2KW4A 1WSJA 1WSHA 3MXMA 3PO4A 3SUNA 4CF0A 2RF2A 4F4KA 5KRTA 5KRSA 1BL3A 3CG7A 3MECA 3DRSA 3ZSZA 4CEEA 3ZT1A 3WNGA 3V1OA 1IG9A 3NH2A 1NKBA 4F2RA 3M8RA 4DSEA 3KLFA 2X74A 1VSDA 1VSFA 4KFBA 1S9GA 3LPUA 1VSEA 2HW3A 2AJQA 2G8UA 1BQNA 1S5JA 1IKWA 1NJWA 4DQIA 3RR7A 3KLEA 4FLWA 4GMJB 4DTSA 4CERA 4CESA 3RRHA 3V4IA 2HHVA 2DFFA 1ASUA 4BWJA 3IRXA 1JKHA 2JLEA 1CLQA 4O55A 3M8QA 2B4JA 2HNYA 3OJUA 3VQ7A 3K59A 4F2SA 4Z4HA 4I2PA 4M42A 1QSLA 4HVJA 2ATQA 4OGEA 1HNVA 2R7YA 4HCCA 4FZZA 3LZJA 4F3OA 1EETA 1RTIA 2Z1GA 3AVFA 2KQ2A 1KVAA 1GOBA 1NKEA 1SKRA 4O0IA 4CJ5A 1KRPA 3S9HA 5I42A 3NCIA 4KHWA 3SI6A 4NCBA 5FROA 3AVAA 4BACA 1XC9A 5I3UA 2G8VA 2XRIA 1SKWA 1TV6A 4DQSA 3OYEA 5HROA 3KK2A 3NF7A 2FBXA 2ZD1A 4NYNA 3D45A 4ELUA 4CF1A 4KHNA 4DLEA 2A1RA 1RBSA 2E6MA 3HM9A 2G8WA 1VSLA 3NF9A 3HYFA 1KFDA 1EXQA 4ZHRA 4J2DA 3EY1A 3K5OA 3NF8A 1UOCA 1UA0A 4CJPA 4OKJA 4M41A 2BGGA 1FKPA 1ITGA 1S1XA 1RCHA 1RT1A 4B9TA 1RT4A 2E4LA 3NH1A 3F73A 2G8IA 1S1TA 1DTQA 1BIUA 1S9EA 2GBZA 1T8EA 1JL2A 1WAJA 4PA1A 3QIOA 1GOAA 3T3FA 4E7LA 1BHLA 1HYSA 3A2FA 5J2PA 1RT2A 3AVJA 4DFJA 3AVNA 2QXFA 4OGCA 5HRSA 1IKYA 2OPQA 3NDKA 1NK5A 1RDAA 2ZQBA 5C24A 2HHSA 3ZSYA 3K58A 2ZE2A 3AVCA 2DTUA 4DTRA 1TVRA 3RR8A 4IKFA 3AO2A 2B5JA 2IC3A 4B9VA 4LD0A 3IAYA 1X1PA 4CEQA 3HPGA 4CJVA 4LH5A 3KIOA 1WSIA 4AH9A 4RW7A 2DFHA 4BWMA 1G15A 2XY7A 3ISNC 2HHTA 4H4OA 4KTZA 4NCAA 3P83D 1U45A 1ZBHA 3WNFA 3QNOA 3KLHA 2F8TA 3AVMA 3NAEA 3SYZA 4FK4A 4W5NA 4O44A 3OS2A 3SUQA 3LPTA 4W5QA 4KV8A 5KI6A 3DLKA 3ZT2A 3AVKA 4CJKA 4CIEA 3DRPA 2D0AA 3EZ5A 3U3YA 2PY5A 3VQ4A 4UQGA 1U48A 3TARA 3HXMA 4CGFA 1LV5A 2HB5A 2Y1JA 5HRRA 4ICLA 4O4GA 4BE1A 3KKSA 1I3AA 2P5GA 1RDCA 4E1MA 4KHSA 4Z4FA 3DM2A 4YFUA 3ZSXA 3CQ8A 3OYBA 1D9FA 2OA8A 1A5XA 2FBVA 2PYLA 2YNFA 4EZ6A 2HHQA 3VQ5A 1ZYQA 2BDPA 4Q0BA 4DSIA 1VRUA 3V9SA 2YHBA 1F21A 4KHQA 1CXUA 3TAMA 5T7BA 4HUEA 1HMVA 3IG1A 3LAKA 1ASVA 3JSMA 4BE0A 4FZXC 1ZBIA 1LWEA 4CEDA 1QE1A 5KGXA 3SV3A 1SL0A 3DLBA 3TR8A 2QKKA 5HBMA 1C0MA 4DTNA 5HP1A 4OLBA 3I0SA 3HK2A 1SUQA 5J2MA 1RT7A 3VQQA 4FLYA 3QNNA 1C0UA 3LALA 2Y1IA 4H8KA 3WNEA 2IOCA 4CHZA 4FJXA 3NH0A 3PX4A 4DTPA 5J1EA 5KGWA 4CHNA 3VQ9A 4JRPA 3QEXA 3DOLA 2P5OA 1B9FA 4CF8A 4FM0A 1DTTA 4RW6A 2PZSA 1T7PA 4IFYA 4DU3A 1J54A 3TABA 1WAFA 1BQMA 4HUFA 4CF2A 2XY8A 4AHTA 1Q9YA 2HHUA 1CZBA 2XY5A 3ZSQA 4M3RA 3AA4A 5HLFA 1L5UA 2G8HA 4FVMA 2GUIA 1S6QA 5CZ1A 3DMJA 3ZT3A 3RWUA 4DSLA 2KZZA 1ASWA 3NF6A 3U6FA 3E01A 3DLEA 3O3FA 1YTUA 3P1GA 2IDOA 4WE1A 1TKDA 1NOYA 1J53A 1ZBUA 3TWHA 3BGRA 3PUFA 4DQQA 1K6YA 3T19A 1TK8A 4B9UA 2G8FA 2O4GA 3SQ0A 4AHRA 4HCBA 3QINA 1JXBA 1LW0A 4FJ8A 3QLHA 3NGIA 4QAGA 2W42A 4FCYA 4FM1A 4DS4A 4DQPA 4DSKA 4M3ZA 1TL3A 3NBPA 4M3XA 3QESA 3G0ZA 1JLBA 4CK1A 4CHQA 1QSSA 3OYJA 2A1SA 3OS1A 5CZ2A 3F9KA 1JLFA 2VWJA 2NUBA 1RDDA 4DMNA 3SPYA 2OPRA 3UIQA 3B6OA 4FJIA 1VRTA 2DFEA 1SL1A 1TKTA 1C0TA 3SV4A 1JLQA 2Z1JA 2JGUA 4M3UA 4FLZA 1JLCA 4AHSA 1BIZA 3C94A 4I2QA 1CXQA 4B8CA 3HL8A 4IBNA 4ZTJA 3QO9A 1HRHA 3KK3A 4C8OA 4C8MA 1EKEA 2YKMA 1I39A 4EP4A 1IH7A 1U47A 3K5NA 4CGJA 3D0PA 3HP6A 1UAXA 4KHUA 4DF8A 1RNHA 3ZSVA 3S3OA 4E7HA 4B9LA 1U04A 4F8RA 2D0BA 2HVIA 4ID1A 3RMBA 3SPZA 4H4MA 2FBTA 4CFBA 2RKIA 1QHTA 4GW6A 1NJXA 3ITHA 2EX3A 4B3OA 4OLAA 3KTQA 1S1WA 3BDPA 3K5MA 3QIPA 4FJNA 4FYDA 4DSFA 1NKCA 1TKXA 1FK9A 4E1NA 4CCHA 3SQ2A 2Z1IA 4BE2A 5FDLA 3TI0A 3DLRA 3OYMA 1LWCA 1JXEA 4KAZA 1VSHA 3H08A 2Z1HA 3HP9A 3RTVA 4KB0A 4DS5A 4QCLA 3V1RA 3PO5A 3HPHA 3SQ1A 2XY6A 3U3GA 3NHGA 3AVIA 1S1UA 3B6PA 4JS5A 4JRQA 1EX4A 1HYZA 4CEAA 4E89A 3V9XA 2HNZA 4Z4IA 3THVA 3TAEA 4DG1A 3LZIA 4DQRA 4M3TA 2X78A 3I0RA 4LSLA 3CFRA 1KVCA 5C25A 2G8KA 2HMIA 4FLVA 2VG5A 4Z4GA 4AHCA 4ID5A 1Z26A 4IG0A 3LP2A 4DWIA 2HHXA 4FJLA 2YNIA 4KKOA 1T05A 4B9MA 4B9NA 4FJ9A 3NFAA 1BISA 1NK6A 4FJJA 4J2BA 4B08A 3L2WA 4K8ZA 3AO4A 4Q5VA 4MFBA 4LH4A 1CZ9A 3OVNA 3VQ6A 3L2RA 3QEVA 1L3UA 1UWBA 4N5SA 1FXXA 4CJTA 1WSGA 3AO5A 2IGIA 1HYVA 1SV5A 1HNIA 2B6AA 3NGZA 1HPZA 4CIGA 2KFZA 1RDBA 4N56A 4N47A 1Y97A 2LSNA 4CJUA 1RBVA 1KLMA 5CYQA 4CJQA 5HRPA 4N76A 1S1VA 2HVHA 1W0HA 4J2EA 3FFIA 3OYNA 3VQBA 2YNHA 3SJJA 1RBRA 3VN5A 4W5RA 2OPSA 3O3HA 3OYIA 3RMCA 1C1AA 3K57A 3ZSWA 4CJRA 4DFPA 4CHYA 4ELVA 3KD5E 1REVA 2FBYA 4FXDA 4I9QA 4EP5A 4FJKA 3DYAA 4JLHA 4IG3A 4E3SA 3O3GA 2I5JA 3M8SA 2HHWA 1A5WA 3KD1E 4NCGA 2D5RA 4O0JA 3RMAA 4C8LA 3V9ZA 3KK1A 3VQAA 1BGXT 3C6UA 3KLGA 1VSIA 1NJYA 4C8KA 4EZ9A 3CFOA 1D8YA 4O5BA 4ZTFA 3SNNA 3T1AA 4CJFA 3MXIA 2X6NA 4IFVA 4DFKA 4DU1A 3QETA 4I7FA 3ZCMA 4Z4CA 4CGGA 2P1JA 3ASMA 4E7KA 3TAGA 3LP0A 1W9HA 3WNHA 4G1QA 3TAPA 1KTQA 3MEGA 2IAJA 3AV9A 3HVTA 1NK8A 4FJGA 4LSNA 4OKKA 4OPJA 1RBUA 4OPKA 1JLAA 1XWLA 3AO1A 3L2VA 2PYJA 2BE2A 3RRGA 4DSJA 4CFDA 4KTQA 3L8BA 1U49A 4RW4A 1LW2A 1WLJA 4DTOA 3V6DA 2O4IA 1T03A 1TAUA 1LAVA 1JL1A 4CHOA 1R0AA 4KTWA 3V9UA 4Z4EA 3VQDA 4HTUA 3CFPA 1TK5A 4BDPA 5DMRA 3MAQA 1D9DA 2RPIA 3SCXA 3AVHA 3DLHA 2RN2A 2GV9A 2VG7A 3LANA 4FK2A 3LP3A 1RT5A 3VQPA 1WN7A 3C95A 4YNQA 3LWMA 4JS4A 4Y1DA 3RMDA 1WSFA 2E6LA 3DRRA 4CECA 4CFAA 5DK5A 3OYGA 4FJ7A 4TSXA 4CJLA 3S3MA 1X9MA 4FJMA 3JYTA 1FKOA 3QERA 1WSEA 3AA5X 1ZBLA 1XHZA 4KI4A 1HQUA 3SUOA 1VK0A 1YT3A 4AHUA 5SWMA 3EYZA 3DOKA 4IDKA 1L3SA 2BANA 3VQ8A 4HHTA 1N6QA 4LY7A 1J5OA 3PY8A 1WNSA 5C42A 3LDSA 4E0DA 4CK2A 4CJ3A 2VWKA 2Q3SA 3HPOA 4PWDA 1BI4A 4KO0A 4CGHA 4CGIA 3OYFA 3PV8A 3VQCA 3OJSA 1RT3A 4M3WA 2D0CA 1S6PA 4RG8A 4OKEA 3OYAA 1NJZA 4DTXA 4KI6A 3CYMA 4OJRA 1TAQA 3CM5A 4RW9A 4C8NA 4E7IA 3SZ2A 4RW8A 1QSYA 2P51A 5CY4A 1KFSA 1QTMA 4BDZA 1O1WA 5JS1A 1RTDA 2EHGA 4W5OA 3KJVA 3DI6A 4CJ4A 1J9AA 5SZTA 4PUOA 1QQCA 4CIFA 3MXJA 1N5YA 4ELTA 1VSKA 3PX0A 4R5PA 1ZBFA 1HJRA 5E41A 1X9WA 2F96A 4FW2A 4FM2A 4Y1CA 3PX6A 1KCFA 1NK4A 5D3GA 1RT6A 2YHAA 4OVLA 3OYLA 1RTHA 1TL1A 3SUPA 3AA3A 4CEOA 4CJSA 1QS4A 1NOZA 3V81A 3KKRA 1Q8IA 2HNDA 4B8AB 4CF9A 3L2UA 4KRFA 2OZMA 1VSJA 4MQ3A 1A5VA 3ZT4A 4DF4A 3QEPA 2WOMA 3VQEA 3L3VA 3P5JA 1TKZA 4DTMA 2YV0X 5CYMA 3VA3A 3O4NA 4FJ5A 2KFNA 4GVMA 1GOCA 3MEEA 1KSPA 1HQEA 3G10A 4M3YA 1DLOA 4N41A 4CFCA 1JLEA 1NK7A 1IO2A 3OYHA 2X6SA 2KZMA 5HRNA 2YKNA 4CEFA 2DY4A 3TAFA 3S3NA 4PY5A 3HO1A 4DU4A 4M45A 5FRMA 4J2AA 2OZSA 3M8PA 4B9SA 1KLNA 4CGDA 2XO7A 1TK0A 4DTUA 4K8XA 5K14A 3KLIA 1Q9XA 4KPYA 4CHPA 3OYKA 5JS2A 4W5TA 1L3TA 4FZYA 4FJHA 5KTQA 1U4BA 4KHYA 2F8SA 4CEZA 3C6TA 3OS0A 4PQUA 1YVUA 3LAMA 1IKVA 2KTQA 4DLGA 2ITGA 1BI4B 4CEBA 3O4QA 1YTAA 1RBTA 2OPPA 3NE6A 3SQ4A 1L3VA 1C6VA 1VSMA 3NGYA 4AILC 2YNGA 2WONA 4AHVA 3L2QA 3LWLA 4F3TA 3AO3A 1BCMA 4L8RB 3K2PA 1SL2A 3HJFA 3I8DA 3MEDA 3AVLA 3AVBA 1X9SA 3ZT0A 3OYCA 5J2QA 4DTJA 4CE9A 3OYDA 4CJEA 1LAWA 1C1BA 4E7JA 4NYFA 3TAQA 2QK9A 1KVBA 2FC0A 1C1CA 1RILA 3VA0A 3ALYA 5EU7A 1MU2A 2OYQA 3DLGA 4Z0UA 1BCOA 4QOZB 2QKBA 3HT3A 4FW1A 3V1QA 1NK0A 1EP4A 1Z25A 1B9DA 1NK9A 4CJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5M1PA 2RHKA 2BDPA 1F21A 4KHQA 1CXUA 1GLLO 1RFQA 1KAXA 3J7AP 3SV3A 3DLBA 1XMHE 2QKKA 4DTNA 1J5EK 4A5BA 4MLEA 3VQQA 3BZCA 3L4QA 2IOCA 4JKHA 3NH0A 3PX4A 5J1EA 5KGWA 4CHNA 3VQ9A 3CC4N 4FM0A 3AY9A 4RW6A 1T7PA 3TABA 1BQMA 4CF2A 2HHUA 2JWLA 5BR8K 1CZBA 4IWVA 3ZT3A 3FZFA 3RWUA 5GAEP 3E01A 5KQDA 3Q7BA 3DLEA 2IDOA 2ZF5O 2P1MB 1NOYA 1J53A 3GG4A 3TWHA 3PUFA 4AKHA 4DQQA 1TK8A 3O08A 2G8FA 4AHRA 3E4WA 5TKYA 1TUUA 5C15A 3VEZA 3THYB 3NBPA 4CHQA 4M3XA 1JLBA 4CK1A 4K42A 1K8KA 2QA4N 1D4XA 2NUBA 3E9LA 1RDDA 2MMBA 3MK6A 3B6OA 4FJIA 1JCEA 2D0OA 3MMVA 1FZ5E 5KQ8A 1JLQA 3C94A 4FL9A 2UUBK 4ZTJA 3CJ7A 5M1OA 2HMPA 2QEXN 4C8OA 1U47A 4X66K 3K5NA 1EWRA 1HPMA 1K8AO 3HP6A 5BRHA 3S3OA 2FF3B 2D0BA 4ID1A 4FWPA 2FBTA 5KPTA 2RKIA 1QHTA 2HBKA 1NJXA 2P1PB 3KTQA 3BDPA 3CQXA 3QIPA 4EAHD 4K0KK 3DXKA 5IT9O 1NKCA 3NVMA 5BPLA 4BE2A 1JCFA 5FDLA 3OYMA 4YOVA 3PIOL 4JI4K 4IO9L 4KAZA 3H08A 4QCLA 4DS5A 4FO0A 3PO5A 3HPHA 2MW2A 2XY6A 1EO1A 3U3GA 4JS5A 4JRQA 1FZ2E 3V9XA 2QWQA 2I7PA 3I0RA 2X78A 1DKGD 4K25A 1KVCA 1KD1O 2G8KA 2HMIA 4IO8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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