4J2AA

Rb69 dna polymerase l415a ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Alteration in the cavity size adjacent to the active site of RB69 DNA polymerase changes its conformational dynamics.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2aA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2aA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2aA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2aA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2aA03
1JLEA 3JSMA 3AO1A 3SUPA 4ICLA 2YHBA 4Y1CA 3DMJA 3NH2A 1SKWA 4B9NA 2YNIA 5KI6A 2HVIA 1RT7A 4B9SA 5SZTA 4O0IA 1RTHA 2VG7A 4CERA 3K5MA 1IH7A 3OYEA 1NK9A 4CJFA 4FLZA 1BISA 1WSFA 1IKXA 3P83D 3NF9A 4LSLA 3HO1A 1JL2A 1TKZA 4CHNA 4IKFA 4CFBA 3ZT3A 4YNQA 4YFUA 2F8SA 2Z1JA 4DG1A 1J53A 3SZ2A 4DSEA 4C8OA 1T7PA 1WNSA 2ITGA 3OJUA 3HM9A 2HW3A 4GW6A 1X9MA 5CY4A 2YNFA 2BANA 1HRHA 4CJTA 1RILA 1VK0A 2HNDA 1C6VA 1Z25A 1Q8IA 3WNHA 4FCYA 1U49A 3KTQA 1I39A 3OYFA 4Z4GA 1TVRA 4OGEA 3QEPA 4E7LA 1VSLA 3AA5X 1WLJA 4N5SA 3PX4A 4KTQA 4AILC 1EXQA 3KD5E 4O0JA 4FLVA 4FJLA 3ISNC 3VQ9A 3SPYA 3DLHA 3EY1A 3SYZA 3QIOA 4JLHA 3AVBA 3DOLA 1LWEA 5FRNA 2XY8A 3CM5A 3ITHA 4JRPA 1C1BA 1TAUA 4I9LA 1JLAA 3HK2A 1NK0A 2YKNA 3IS9A 3TABA 1RTJA 4HUEA 3TANA 1SKSA 4B9TA 3RMAA 4CFCA 4FYDA 4F2SA 4KTZA 4CHQA 2KTQA 4O5BA 1LWFA 3KK1A 3QEVA 3CYMA 1IG9A 3KD1E 3IAYA 1RDBA 1VRTA 1YT3A 4CEDA 3L2RA 1UA1A 2Z1HA 4PWDA 4CHPA 4FJIA 4OJRA 4CIEA 3NE6A 1IKVA 1O1WA 1RCHA 3B6PA 3ZSYA 1JLGA 3PY8A 3M8PA 1HYSA 3RRHA 4HUFA 3CFPA 1KVCA 2QKBA 2DFHA 2YHAA 3SJJA 4DU1A 3SNNA 1HQUA 3OYKA 1GOBA 1WSGA 1WAJA 3V9WA 3PX6A 3TAGA 2HNYA 1Q9XA 1D8YA 4H4MA 4J2AA 1RTIA 4DQPA 3MXIA 4FJ7A 4RW7A 3ZSWA 4CJUA 4ZHRA 4NCBA 1G15A 3RTVA 2HHWA 2VG5A 3DI6A 1VSFA 4R5PA 3V4IA 4DQRA 4AHSA 1YTUA 4KHQA 5JS1A 3DLGA 2WONA 3KIOA 3VQ6A 4CJWA 1CXQA 2XO7A 1LAWA 2Z1GA 3L2WA 1F21A 1SV5A 1S6QA 2Y1JA 1RT6A 4B8AB 1L3UA 4FVMA 4KO0A 3UIQA 2F96A 2IOCA 3NF6A 3ASMA 1ITGA 5HP1A 1Q9YA 3FFIA 4G1QA 4DF8A 3AVKA 4F8RA 3OS0A 3V81A 4E0DA 1EX4A 4HUGA 2YV0X 3LP1A 1BHLA 4DFJA 4QAGA 1K6YA 3PO4A 4DTSA 3NH1A 4ID1A 4DTJA 3PUFA 3C6TA 1GOCA 2RN2A 4BE2A 4E7KA 2IS3A 3NF7A 3I0RA 1R0AA 2F8TA 1IO2A 3P1GA 3V9UA 1NJXA 4E7IA 3VQQA 2G8KA 4CJ5A 5I3UA 2E6LA 3AVMA 3QESA 2LSNA 3IRXA 4M3WA 2Q3SA 2X78A 4RW4A 1SKRA 4UQGA 3T3FA 3RRGA 2PYLA 4OGCA 3OYAA 4Q0BA 2W42A 4N47A 2R7YA 1L3SA 1TL1A 4DTMA 1SUQA 4W5QA 2HMIA 4FJHA 2P5OA 4BWMA 3RMBA 1S9EA 2ZQBA 4KRFA 1JLQA 4IFYA 3VQPA 5FRMA 1RT5A 4GVMA 3O3HA 1RBUA 4CHZA 1VSIA 3VQBA 2D0CA 1L3TA 1WSIA 3CFRA 3DRPA 4XIUA 3D0PA 3K59A 3HL8A 1KCFA 4DTXA 2YNGA 3K5OA 3AO3A 3AVLA 4OKKA 1C1AA 5C25A 2YNHA 3ALYA 3KJVA 1ASVA 1ZBLA 4KV8A 3NBPA 4OKEA 4BWJA 3TR8A 4CF2A 3KK2A 1ZBHA 3OYCA 4C8NA 2A1SA 1D5AA 2DY4A 1VSJA 3G10A 1XI1A 4KHSA 2AJQA 4CJ3A 3KK3A 3HXMA 3KLEA 4F3TA 4DTOA 2E4LA 3EZ5A 3ZT2A 4FJJA 4W5RA 4M3ZA 3M8SA 3I0SA 3TAQA 3SUNA 4CK3A 3RWUA 5KGXA 4MFBA 2I5JA 2X74A 3LP0A 4K8ZA 3RMDA 3QERA 3QNOA 1MU2A 3LALA 2HHTA 2D0AA 4E89A 4E7JA 3HP6A 4CIGA 1QE1A 4DFMA 3HSTB 4H8KA 1B9FA 3OYBA 1TK5A 3OYLA 3NH0A 1JLBA 1NK8A 3O4NA 3CQ8A 1XWLA 4PQUA 2KZZA 4KI4A 3LZJA 1Z26A 2O4GA 4FXDA 2EHGA 1KFSA 1VSDA 4NYFA 4OPJA 3TAPA 1BIUA 4E3SA 4CJLA 4Z4FA 4DTPA 3DLRA 4M45A 1RT3A 3HYFA 4L8RB 2QXFA 1D9FA 4CJ4A 4OLBA 5J2MA 1N6QA 2ATQA 4DQQA 1TKTA 2ETJA 2ZE2A 1RNHA 4JRQA 3SQ2A 2VWKA 1C0UA 3QO9A 4W5OA 4F2RA 5D3GA 4M3UA 3QEXA 2G8IA 1B92A 3AV9A 3S9HA 1NOZA 3M8QA 5HRSA 3F9KA 3L2VA 4C8KA 2B6AA 3RR8A 3OS2A 1U48A 3M8RA 3VQCA 4M3XA 1BI4B 4I2QA 1D9DA 4B3OA 2BDPA 2KFNA 2XY7A 4CHYA 1QSYA 1J9AA 4DFKA 1C0TA 2FC0A 4F4KA 2O4IA 2QK9A 3LDSA 4FM1A 2B5JA 2GBZA 3SQ1A 2DTUA 1HNVA 2OYQA 3KLIA 4B8CA 4ZTFA 1TK8A 4DMNA 3DLBA 4DSLA 5KRTA 1HQEA 1QSSA 1SL2A 3NF8A 4C8MA 2DFEA 1KLMA 4LH5A 1UAXA 3HPGA 3LP2A 3ZCMA 4CGGA 4CF9A 3KKSA 2IDOA 4CEZA 3KLFA 3SV3A 3MEEA 3BDPA 3P5JA 5HROA 4CGDA 5J2PA 4BDZA 4DS4A 4M3TA 4AHRA 3VQ5A 1J5OA 2Y1IA 5T7BA 1RT1A 3OYMA 3SUOA 4DU3A 1BQNA 2VG6A 3TAFA 1CXUA 1T8EA 3MECA 3ULDA 4KB0A 1HYVA 3K5NA 1X9SA 4O55A 4CJSA 4M42A 5DK5A 5HRNA 3AVFA 3SQ0A 1RBSA 4CEQA 3H08A 2ZD1A 4DTUA 3LZIA 4JS5A 4TSXA 1A5WA 5C42A 1BGXT 4KFBA 4CEBA 1SL0A 4KPYA 2IAJA 4FM2A 4KHUA 5SWMA 4CJPA 5HRPA 2XY6A 4CEOA 2GV9A 3AO4A 3C94A 4E1MA 4Z4HA 3E01A 4CGIA 4QOZB 4DSJA 2OZSA 4BDPA 2D0BA 5E41A 3TARA 4J2EA 3L3VA 3QNNA 1LWCA 3O3GA 3NCIA 4NCGA 1UA0A 4AHTA 3OJSA 3WNEA 1NOYA 3ZT0A 5HBMA 4Q5VA 3DYAA 3S3NA 1BI4A 4FK0A 3TWHA 1QSLA 5J1EA 4KKOA 4FLUA 1Y97A 3JYTA 4HCBA 2FBXA 4O4GA 2OPQA 4CJEA 2A1RA 4N41A 4DTNA 2JGUA 2PZSA 3PX0A 4DQSA 4FZZA 4O44A 3CM6A 1W9HA 4HHTA 1RDDA 3I8DA 1DTQA 4CJKA 2BGGA 1KFDA 3LPUA 5CYQA 3LAMA 1WN7A 1UOCA 3AA4A 3DRRA 3VQ7A 3U6FA 2RF2A 3KLHA 4IBNA 5FDLA 4EZ9A 4KTWA 4LSNA 3EYZA 4ZTJA 5KTQA 2HHSA 4I9QA 4CFDA 1RBTA 1REVA 1TKDA 3OYIA 2PYJA 4DS5A 2GUIA 3L2UA 1U04A 3L2QA 4M3YA 3MAQA 3AVIA 3OYDA 4FLYA 4IG3A 4FJ8A 3QIPA 3PO5A 4I2PA 1QTMA 2HHUA 1BCOA 4CGFA 4FLXA 3QEIA 2XRIA 1ZBUA 3C6UA 4HVJA 1YVUA 1QQCA 4DWIA 1LAVA 1KVBA 3KKRA 1U45A 4M3RA 4HTUA 4N76A 1S1VA 4CEEA 3AVAA 2WOMA 2NUBA 1S9GA 4W5TA 4FK2A 1JXBA 1VRUA 4DSFA 2G8WA 3SPZA 4Z4CA 4F3OA 4Y1DA 4AHCA 4ELTA 5HLFA 3LWMA 1JLFA 2P1JA 3SUQA 4FM0A 1NKEA 2RPIA 2PY5A 2OPRA 3NFAA 1RT2A 3ZSRA 3HVTA 3V1OA 2EX3A 4J2DA 1U4BA 3S3MA 1SL1A 4B9UA 1EP4A 1RT4A 4FJKA 1NJYA 3L8BA 4EP4A 3MEDA 4CHOA 1XHZA 4KAZA 1TL3A 4RW6A 3HP9A 2QKKA 5FROA 4CECA 3G0ZA 1WAFA 1TKXA 2P51A 1NJZA 4CCHA 3NGIA 2D5RA 4QCLA 5CZ1A 1WSHA 1VSMA 4CESA 1X9WA 1QS4A 2P5GA 3ZSVA 2HHVA 1C0MA 2KW4A 4KHNA 1FKOA 5DMRA 4WE1A 4KREA 4AHVA 3OVNA 4N56A 3ZT1A 1NK6A 4NCAA 4B08A 1BQMA 3K58A 3VA3A 4B9MA 5J2QA 4FJ9A 1BL3A 5KRSA 2HVHA 3QINA 1EKEA 3AVNA 3K2PA 4FLWA 4CEAA 1T05A 1ASUA 3LAKA 3AO2A 4FJ5A 4MQ3A 2HNZA 1ASWA 5EU7A 1S5JA 1FKPA 1LW0A 2YKMA 4B9VA 5CYMA 1W0HA 3ZSQA 1XHXA 4CE9A 1HPZA 1T03A 1RTDA 3OS1A 4EZ6A 4OPKA 4I7FA 3V9SA 1IKYA 1RBRA 3K57A 4DU4A 3MEGA 4PY5A 3QETA 3HJFA 1TK0A 3LP3A 4IDKA 3NGYA 3OYJA 1ZBIA 1JXEA 1VSHA 4GMJB 1HYZA 3ZSXA 3AA3A 4CF1A 2X6NA 4CFAA 3V6DA 3DOKA 4DQIA 4NYNA 4B9LA 4FJNA 3MXMA 1EETA 3F73A 4KB1A 2FBVA 1JL1A 3RMCA 1QHTA 5J2NA 2BE2A 3NHGA 1ZYQA 4RW8A 3HPHA 4IFVA 3VQAA 3OYNA 2XY5A 1RBVA 3O4QA 4IG0A 4CJRA 5C24A 1NJWA 3ZT4A 1U47A 4OLAA 3A2FA 4DF4A 5KGWA 3HT3A 4CIFA 1S1WA 1A5XA 1VSEA 4RG8A 3VQ8A 1LV5A 2HB5A 1S1TA 2KFZA 1TAQA 1TGOA 1VSKA 4CEFA 5CZ2A 1KRPA 1CLQA 4KHYA 2RKIA 2IC3A 2DFFA 3AA2A 1A5VA 3VQEA 2IGIA 3DRSA 1NK7A 3LANA 1LW2A 1NKBA 3SCXA 3U3GA 4CGJA 3O3FA 3HVRA 2HHXA 4BACA 4DSIA 4M41A 1L5UA 4FW1A 1B9DA 3DLKA 4CK2A 1JKHA 1NK5A 4FJMA 4FZYA 3MXJA 3VN5A 3NAEA 2HHQA 2XHBA 2OA8A 1CZ9A 4OVLA 3L3UA 3AVHA 4OKJA 2Z1IA 3SI6A 4H4OA 1S1XA 5HRRA 4CK1A 4JS4A 4LD0A 4HCCA 2G8FA 1BIZA 2KZMA 4FJXA 3D45A 4E1NA 3PV8A 2X6SA 4CGHA 1S6PA 2G8HA 3LPTA 4J2BA 1C1CA 1JLCA 1NKCA 4Z4EA 3OYHA 2E6MA 3T1AA 4CJQA 3TI0A 3TAMA 4FK4A 4FZXC 4FW2A 2FBTA 2VWJA 3SV4A 3RR7A 1BCMA 1X1PA 3T19A 3CG7A 3B6OA 4E7HA 3V9ZA 4E19A 3HPOA 3KLGA 4BDYA 3U3YA 3LWLA 3NGZA 4C8LA 4PA1A 4DFPA 1FK9A 1WSJA 1ZBFA 3DLEA 4RW9A 1NK4A 1L3VA 1TV6A 3CFOA 4Z0UA 1KTQA 3QEWA 3VQ4A 4ELUA 4DLGA 3VQDA 1KLNA 1UWBA 4Z4IA 1HNIA 2G8VA 5K14A 3ZSOA 4ID5A 3AVGA 3NDKA 1YTAA 3V1RA 3SQ4A 4LH4A 3ZSZA 4AH9A 4CF0A 3VA0A 1DLOA 3AVJA 4AHUA 1N5YA 3WNFA 3TAEA 1I3AA 3V1QA 2FBYA 2B4JA 4KI6A 1HJRA 3AVCA 5JS2A 1KSPA 1S1UA 1WSEA 2KQ2A 4CJVA 1FXXA 4DTRA 1RDAA 2JLEA 1GOAA 1XC9A 1DTTA 3C95A 3OYGA 4DLEA 3S3OA 3WNGA 2G8UA 3BGRA 1J54A 2OZMA 3QLHA 2OPSA 3IG1A 4KHWA 4CF8A 3K5LA 3V9XA 5I42A 4DSKA 1KVAA 2OPPA 4FJGA 1RDCA 4ELVA 4EP5A 1HMVA 3DM2A 3OY9A 4PUOA 4W5NA 3THVA 4BE1A 1CZBA 3AO5A 4FLTA 4BE0A 4LY7A 1IKWA 4K8XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FZ1E 3CERA 1KXPA 3DMJA 1SKWA 2YNIA 5KI6A 3VTHA 3CMAN 4B9SA 3VERA 1NK9A 3ID6A 4FLZA 4LSLA 1JL2A 4YNQA 4YFUA 2ASOA 1J53A 3SZ2A 3J7ZO 4C8OA 3BF3A 2OANA 1ILYA 3HM9A 2HW3A 1X9MA 5CY4A 3CMEN 1YAGA 5GIPA 3C6PB 3CHWA 5LMUK 3HTVA 3QEPA 3FZFA 3FZKA 4O0JA 4FLVA 1XL3C 1I94K 3CJ9A 3AVBA 5AQVA 4DV6K 3CM5A 3T1YK 3ZEUB 1C1BA 2ZF5O 4H5WA 1JLAA 4ILJA 5BR8K 4IOCL 1SKSA 1Q18A 4FYDA 4CFCA 4F2SA 4CHQA 4QS7A 4JNEA 4O5BA 3QEVA 5ADXA 1UA1A 4MO4A 2A41A 1RCHA 4DR2K 1JLGA 3CFPA 2FXUA 1ZC6A 2AP1A 2OVQB 3SNNA 1HQUA 1GOBA 1D8YA 1WAJA 4K41A 1XMHE 3TAGA 4DUZK 4H4MA 4CJUA 1G15A 5AQFA 1YXQA 3O8MA 4JI3K 3V4IA 4JK9A 3P4IA 4RL5A 4A62A 1K73O 3H45C 3KIOA 3VQ6A 1SZ2A 5AQOA 3VEYA 1F21A 1SV5A 1QQOA 1XC3A 1RT6A 4B8AB 5GIOA 4JK7A 4KO0A 3UIQA 3SAGA 3FFIA 4A5AA 4F8RA 3OS0A 4E4BA 3C7NA 4H5VA 3V81A 3VF4A 1XVFE 3ATUA 4DFJA 3PO4A 2V52B 4BC4A 4CBXA 3PUFA 4WQ5A 5BRFA 5GINA 5JLFA 2IVOA 3V9UA 1NJXA 2P1NB 3VQQA 4IOXA 1S3XA 2P9NA 1FZHE 2LSNA 1KAYA 2X78A 3N4PA 3T3FA 2PYLA 4EPHA 2W42A 3L1NA 4N47A 2B7MA 4QNDA 3GL1A 5A2QO 4W5QA 2HMIA 1S9EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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