4J2AA

Rb69 dna polymerase l415a ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Alteration in the cavity size adjacent to the active site of RB69 DNA polymerase changes its conformational dynamics.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2aA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2aA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2aA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2aA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2aA03
2I5JA 1HYZA 3QO9A 4J2DA 3SUNA 4KHYA 1CXQA 3LP0A 3QESA 4PY5A 3KK3A 4HCBA 4B9NA 3TAGA 2ZD1A 4CJ4A 3SV3A 1WLJA 1RBUA 1SKRA 3WNHA 4CFBA 4EZ6A 4B8CA 1TGOA 1VRTA 3L3VA 4IG0A 2RF2A 1GOAA 4KV8A 5KGXA 1VSEA 5I42A 4CEZA 3BDPA 1L3TA 1ZBHA 4BE1A 1I3AA 4DFKA 4CJQA 5I3UA 2OPRA 3L2VA 4OLAA 2QKKA 1LW2A 4CGDA 2EX3A 5J1EA 2ZQBA 1WN7A 1RTDA 4E1NA 1U47A 5JS1A 3PO4A 3SZ2A 3M8SA 1Q9XA 3P1GA 3AVBA 4CEDA 1SUQA 1JLAA 3AVKA 4KO0A 4CGJA 2YNFA 5HRNA 1UA0A 2HHSA 1QE1A 4B8AB 4B9UA 4I7FA 5T7BA 1BCOA 1IKVA 3NGZA 4DS5A 4CECA 2HHXA 4Z4EA 1JXBA 3LPUA 4IG3A 1IH7A 4ZHRA 2OYQA 4O55A 3LALA 4FJHA 4M45A 4DFJA 3ZSQA 1HYVA 3V1QA 3VQPA 1Y97A 4JLHA 3SNNA 1YT3A 3TAPA 1LAWA 4IKFA 3ZCMA 3IAYA 1DTTA 1F21A 3V1RA 4LSLA 1HQUA 3O3FA 3MXMA 1NOZA 4ID5A 4PA1A 3HVTA 3OYJA 3ZSXA 1RT6A 3AA5X 1BCMA 2G8UA 4EZ9A 4KHQA 3ZT2A 4KB1A 4CGGA 3OYEA 5CZ1A 3OYCA 2OA8A 1XHXA 3V6DA 4FLWA 2GBZA 4W5TA 3TAFA 5E41A 2GV9A 1VSLA 2X6NA 3AO5A 1UOCA 3VQ8A 4CJ3A 1C0MA 1QSLA 3HO1A 4UQGA 4FJ9A 4M3RA 1KLMA 1TKXA 3LWMA 4NCAA 1SKWA 2YKNA 2F96A 3LP2A 5K14A 3HT3A 1X9WA 4FLXA 5C24A 4FJIA 4KKOA 5HP1A 1TAQA 4CJLA 3I8DA 4CJPA 3TABA 4CESA 3S3NA 4RW7A 3ZSYA 5D3GA 4DQSA 4BDPA 2QK9A 3HK2A 1NK0A 2QXFA 4DQRA 4W5NA 3KLEA 3VQ7A 3DLKA 2YKMA 3PX6A 1J9AA 1VSMA 4JRPA 1TAUA 3DRRA 4E7LA 1NKBA 2IAJA 3ZT1A 4CGIA 3VA0A 2PY5A 3NE6A 1O1WA 4W5OA 2HHWA 3ZT0A 1C1BA 4DTMA 1HYSA 1LW0A 3T3FA 1TKZA 4N41A 4KAZA 4NCBA 2BANA 1ITGA 2Z1IA 1Z26A 1S1UA 4Q5VA 4FLUA 1L5UA 3KD5E 3NHGA 2FC0A 2YNGA 1KRPA 3ZSWA 2D5RA 1NK6A 4DU4A 4DTNA 4KHUA 3CG7A 1WAJA 1TL3A 3NCIA 1S1VA 4CERA 1NJZA 1QSYA 1ZBIA 1HJRA 1RNHA 1HQEA 3DLRA 3HPGA 4RW8A 2D0AA 1NJYA 1LWEA 3ZSOA 4F2SA 3HPOA 3HJFA 4F3TA 1WSHA 2Z1HA 1WSIA 2RN2A 4FJKA 2O4GA 3ISNC 4YNQA 4DS4A 4ELUA 4CJKA 4Z4HA 3DLHA 3HSTB 3CFRA 4DSFA 3OY9A 3KLHA 4GW6A 2VG6A 3AVNA 4AHUA 3DOLA 1RT4A 3V4IA 4OLBA 1YTUA 1JLGA 4L8RB 4HUEA 1VSHA 1ZBLA 4I9LA 4HTUA 2FBVA 1EETA 1QTMA 4FW2A 2HMIA 4DF8A 3P83D 4KI6A 2BGGA 1L3VA 2P51A 3QIPA 3QEWA 3TWHA 2G8WA 4KREA 4YFUA 3SI6A 1C6VA 3WNFA 2P5OA 4CEAA 4CJ5A 4O0IA 4E89A 2FBXA 3OYBA 3OYLA 2G8FA 3AVGA 2BDPA 2RPIA 4FYDA 4PUOA 1U45A 3QETA 3SPYA 4E3SA 2VWKA 4CJVA 3TANA 2P5GA 1JL2A 1RTJA 2HVIA 3SUQA 1D5AA 4QAGA 4KHWA 4E7KA 2IC3A 3KD1E 2W42A 2DY4A 1VK0A 3ZSRA 3P5JA 1U49A 5FRMA 4CEBA 1S1WA 2B4JA 3OYHA 2KFZA 3AV9A 3NGIA 4CFCA 3KLIA 3DOKA 3MEEA 2XY5A 1FK9A 3NH0A 1IKYA 4BWJA 4N56A 1FKOA 4IBNA 1BISA 3AVIA 4Z4CA 2AJQA 3AA3A 3SCXA 4MFBA 3QEPA 1QHTA 2FBYA 3HVRA 2JGUA 4DFMA 3SYZA 1S5JA 1VSIA 4LH5A 4FXDA 3SQ1A 3AVFA 2Y1IA 4DSLA 4F8RA 4Y1CA 2OPQA 3ALYA 3OS2A 1TV6A 3K57A 1SV5A 1LAVA 3T19A 4FZYA 5KTQA 4FZXC 4J2BA 3A2FA 3DLEA 4FJ8A 3DI6A 1WAFA 2KZZA 5KRSA 2XY7A 4KHNA 2YNIA 4OGEA 2OZSA 1L3UA 3AVHA 3MAQA 1YVUA 3SJJA 1KSPA 4DTRA 3SUOA 4M3WA 3AVJA 3F73A 1GOBA 3RR8A 4KRFA 3TAMA 3RR7A 4OPKA 4CCHA 3RMDA 1RBTA 3O4NA 2B6AA 3NGYA 4CEEA 4J2AA 3K5MA 3NH1A 1SL0A 2KW4A 1NJWA 3HYFA 1CLQA 1B9DA 1TK0A 1NKCA 1D9FA 3NF6A 3LAKA 4FJGA 4AHCA 1EP4A 3AVMA 3LP3A 3OYGA 3S3MA 1KLNA 4CJTA 4CEFA 4OPJA 3TI0A 1FXXA 3K58A 4KTQA 3ITHA 2HHQA 3BGRA 1A5XA 4AH9A 4CJRA 1JLBA 2QKBA 3NF7A 3LPTA 2G8VA 1KVAA 3DYAA 4OKKA 4HUFA 5KRTA 3OJUA 4RW6A 2IDOA 1X9SA 3SQ4A 2OZMA 1T05A 4M3XA 3ZSZA 1JLFA 4F4KA 4FW1A 2D0BA 4BACA 1BIUA 4C8KA 1VRUA 4B9MA 4NYNA 3AO4A 1TK5A 3VQBA 4CHQA 2ITGA 2G8HA 2HW3A 1LWFA 1JKHA 4IDKA 4C8LA 1W0HA 2KFNA 1U4BA 1RT7A 4FM2A 3HXMA 1W9HA 3SV4A 2XO7A 4HUGA 1A5VA 1S6PA 1ZYQA 3QLHA 4K8XA 4FJNA 3I0SA 5SWMA 3LDSA 3TAEA 1WNSA 4KTWA 1WSJA 3WNEA 1JLCA 1C1AA 3L2WA 4FJ5A 1KVBA 1EKEA 2BE2A 2XY8A 2R7YA 3SQ0A 2PYLA 1XWLA 4DWIA 3KIOA 4DQQA 1JLEA 3S3OA 1SL1A 3DLBA 4Y1DA 4FJXA 3B6OA 5JS2A 3OS0A 4DFPA 1TKTA 2NUBA 3CFOA 2WOMA 4E1MA 4FM1A 3H08A 4DQIA 4I2PA 1T7PA 1JXEA 3HP6A 2KTQA 3VQ9A 3WNGA 4EP4A 3I0RA 3AVCA 3KJVA 1BQMA 4M41A 4FJLA 3EZ5A 3L3UA 2DFFA 4OVLA 3VQ6A 3FFIA 1TVRA 5DMRA 3ULDA 4H8KA 1RDAA 3C95A 4NCGA 3AO3A 3IG1A 3NH2A 4KB0A 2G8KA 3RRGA 2O4IA 4FVMA 2P1JA 3CM5A 1QS4A 1RBRA 2E6LA 1RT2A 3F9KA 1DTQA 3PX4A 3QNNA 3TAQA 4CK3A 4PQUA 4M3ZA 3AVAA 2HNDA 3KTQA 4W5RA 1B92A 1D8YA 4QCLA 3KLGA 4FLVA 3G10A 1NK8A 4DTSA 1RT5A 2FBTA 3NBPA 4E7JA 1C0UA 5EU7A 2YNHA 3MXJA 4OKEA 1C0TA 3TARA 1RT1A 4F2RA 4XIUA 1U48A 1BI4A 4RW4A 1CZBA 1S9GA 4JRQA 4N76A 2HVHA 3ZT4A 3K5NA 1A5WA 1RTHA 3QINA 1IKXA 3NAEA 1FKPA 1RTIA 2D0CA 1LV5A 1Q9YA 4RW9A 5CYQA 1JLQA 1C1CA 3LWLA 3SUPA 1HPZA 4C8MA 4FK4A 5HRSA 3OYAA 2HHVA 2VWJA 4IFYA 4FJJA 1B9FA 1X1PA 3VQ5A 4E7IA 2HNYA 3ZSVA 4CGHA 3K59A 5FRNA 1XHZA 1BQNA 4J2EA 5KI6A 1R0AA 1KCFA 2B5JA 3VQAA 3THVA 1YTAA 4ICLA 3ZT3A 3OYNA 4DU3A 1BGXT 3K5LA 4AHRA 3VA3A 1NJXA 1RDCA 2VG5A 4IFVA 3S9HA 1ASWA 4AILC 3IS9A 1SKSA 2OPPA 1NK5A 3KLFA 1J53A 4E7HA 1IKWA 1RDDA 2RKIA 1TKDA 1VSKA 2OPSA 4B3OA 3CFPA 1TL1A 3TR8A 3VQQA 1S1XA 3L2UA 4KHSA 1ASVA 5J2NA 1N6QA 2IS3A 4DMNA 4M3UA 4DTPA 4CJEA 4JS5A 4FM0A 2F8SA 5FROA 4CF2A 4GMJB 1KVCA 2A1SA 1J54A 1NKEA 4O4GA 1QQCA 4FJ7A 1RBSA 2DTUA 3RMCA 1ZBUA 2ZE2A 3HP9A 4LSNA 1S1TA 5DK5A 3KK1A 3KKSA 4KFBA 4DTJA 2PYJA 3M8RA 3JYTA 4C8NA 3OJSA 4F3OA 4N5SA 4CHZA 2YHAA 4CFAA 3L8BA 3IRXA 4TSXA 3V9WA 3U3YA 3QERA 3LZIA 1EX4A 4DTOA 4RG8A 4OGCA 3NF8A 2E6MA 4FCYA 4CJFA 5CY4A 3LANA 3C6UA 3V81A 4ELTA 1U04A 4H4OA 4BDYA 1IO2A 4CEOA 4CJUA 3RRHA 5HRRA 3G0ZA 5J2PA 3QIOA 5HLFA 4H4MA 4DU1A 3VQ4A 4CIGA 4B08A 4DG1A 2X6SA 5HROA 3QNOA 1HMVA 1MU2A 4KI4A 4ELVA 3AA4A 4GVMA 3OYKA 4CF0A 3QEXA 3U6FA 4E0DA 1BIZA 4Z4IA 3L2RA 3D0PA 3DRPA 4DSJA 1HNIA 2YHBA 1XI1A 2WONA 4CK2A 4FLZA 5CYMA 4BE0A 5CZ2A 4DF4A 3HM9A 1CZ9A 3V1OA 1NK4A 1ZBFA 3NF9A 5HBMA 1UAXA 4CFDA 3O3HA 2KZMA 1HNVA 3AO2A 1VSJA 1Z25A 2DFEA 2XRIA 3K5OA 4MQ3A 4CF1A 4DLEA 3V9XA 3KK2A 2X78A 4ZTFA 2HHUA 3RTVA 1NK7A 4O5BA 4AHTA 1S6QA 4CK1A 3SQ2A 3MEGA 4NYFA 3CQ8A 1EXQA 1CXUA 1GOCA 2G8IA 1BI4B 4DSKA 4M3TA 3OVNA 1WSEA 4KTZA 5KGWA 1DLOA 4DLGA 4HVJA 3PO5A 4CF8A 4I9QA 4BE2A 4HHTA 1RT3A 3MEDA 1WSGA 4CHOA 4PWDA 3RMBA 2HNZA 4Z4FA 2KQ2A 5FDLA 4HCCA 4ZTJA 3K2PA 3V9SA 3VQCA 2EHGA 1J5OA 4C8OA 3LZJA 1T03A 3T1AA 3LAMA 1IG9A 4LH4A 4BWMA 1K6YA 3EY1A 4B9TA 4N47A 2Y1JA 3PV8A 4DTUA 3VQDA 2DFHA 4Z4GA 3OYIA 4QOZB 3JSMA 1UA1A 1RILA 4W5QA 3AVLA 3PUFA 4E19A 1UWBA 3E01A 2YV0X 3B6PA 4LY7A 2HB5A 3KKRA 1SL2A 2GUIA 3OS1A 2X74A 3CYMA 3DLGA 2XY6A 2XHBA 1X9MA 3M8QA 4AHVA 4CGFA 3NFAA 3AO1A 3U3GA 4BDZA 3SPZA 1G15A 4FLTA 1RCHA 5C25A 4WE1A 2ATQA 4AHSA 5C42A 1KFSA 2Z1GA 2Z1JA 1NOYA 1RBVA 4B9LA 1BHLA 4LD0A 2ETJA 3C94A 3CM6A 2IOCA 3DM2A 3PY8A 4DSIA 3RWUA 3V9ZA 3MXIA 4K8ZA 3HL8A 4FZZA 3OYMA 3NDKA 4EP5A 2Q3SA 3EYZA 4FLYA 1JL1A 1S9EA 1VSDA 4CE9A 4CIEA 3QEVA 1ASUA 1XC9A 4B9SA 4CHPA 4OJRA 3O3GA 4DSEA 5J2QA 4CIFA 3C6TA 3OYDA 1BL3A 4FJMA 4CJSA 2VG7A 4Z0UA 3HPHA 3VN5A 1RDBA 3LP1A 3M8PA 4CHNA 2IGIA 3MECA 1Q8IA 3VQEA 4O44A 2LSNA 2F8TA 1NK9A 1VSFA 3AA2A 2HHTA 1KFDA 1WSFA 3V9UA 1LWCA 5SZTA 3DRSA 3QEIA 3RMAA 2E4LA 4DQPA 1D9DA 3L2QA 4Q0BA 3UIQA 4KPYA 3OYFA 1L3SA 5J2MA 4O0JA 4M42A 4M3YA 3DMJA 4JS4A 4FK0A 1REVA 1QSSA 4CJWA 3ASMA 3PX0A 1N5YA 4DTXA 1HRHA 4CEQA 4CHYA 1TK8A 1KTQA 4R5PA 3D45A 3O4QA 1T8EA 2PZSA 4B9VA 2JLEA 5HRPA 4CF9A 4FK2A 4OKJA 4ID1A 2A1RA 4I2QA 4G1QA 1I39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2HMIA 3P83D 4KI6A 3FFKB 4A5BA 4CEAA 4E89A 2FBXA 2G8FA 3LDLA 3O9QA 5FLXO 1U45A 5TKWA 3CIPA 3TANA 1CZAN 1RTJA 4PKGA 3KD1E 1VK0A 1U49A 1S1WA 2KFZA 4CD1A 1XVGE 3NH0A 1X3MA 1IKYA 3LM9A 2P9IA 3AVIA 4Z4CA 3SCXA 2O8BA 4GKJK 3PSFA 4DFMA 2JH9A 4BG9A 3G71N 1FZ7E 3SQ1A 3AVFA 1XMQK 2E5LK 4F8RA 2A41A 3AAQA 4IOAL 1X3NA 1SV5A 4FZYA 1QQOA 3GDQA 5KTQA 2KHOA 4J2BA 3DLEA 5KRSA 2XY7A 5IREA 4JKFA 2P9PA 5AQWA 4M3WA 3RR8A 3F73A 1GOBA 2ZJPL 4OPKA 4CCHA 3O4NA 3UO3A 3O80A 4I6JB 3K5MA 3NH1A 4DR5K 1NJWA 3HYFA 1B9DA 3NF6A 3LAKA 1EP4A 1N32K 3VEOA 3UB5A 3CCQN 1W7AA 4CEFA 1P8ZA 4EPHA 3K58A 4KTQA 1MWMA 1NJIO 4KH6A 5AQPA 1A5XA 4DV0K 1JLBA 4QS7A 1BO5O 3DYAA 3SQ4A 3ZSZA 4BACA 1BIUA 3A5OC 1XMFE 2JWLA 3AO4A 1TK5A 3VQBA 2G8HA 5AZIB 4IDKA 1QVFM 4C8LA 1W0HA 4KH5A 5ADXH 1GLCG 3P31A 1S6PA 3UKRB 4K8XA 1QVGM 3LDSA 4JI5K 1WSJA 4JKGA 5F2RA 4AM6A 2R7YA 1EKEA 3J81O 4O8UA 1XWLA 3MMVA 3VGMA 4DR7K 5ADXA 1SL1A 2VIXA 4Y1DA 4DHYA 4FM1A 3H08A 2KKZA 1JXEA 4ILJA 3G6EN 1GLFO 2KTQA 1P90A 3VQ9A 3A0IX 3WNGA 3AVCA 1BQMA 2HF3A 4WQ4A 3EZ5A 3L3UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WTU A;  1RDW X;  3WXM B;  4GKK K;  4MDB A;  3QES A;  3KK3 A;  4B9N A;  3TAG A;  2ZD1 A;  4B1Y B;  5KPT A;  3WNH A;  2FYO A;  1NG9 A;  1YI2 N;  2Q2R A;  2EWS A;  3O8M A;  3G25 A;  5KGX A;  4CJQ A;  1MHY G;  3K9J A;  3O9S A;  5J1E A;  2EX3 A;  1WN7 A;  1VQK N;  4BVO A;  4E1N A;  2GWK A;  5C12 A;  1Q9X A;  3WXI A;  3AVB A;  3CJ7 A;  3PIP L;  1YIJ N;  3VF6 A;  3F9M A;  1QE1 A;  1MWK A;  2A6A A;  4I7F A;  1W97 L;  1IKV A;  4FWO A;  3EL2 A;  3NGZ A;  2FF6 A;  1SAZ A;  5FPN A;  4FJH A;  1YJW N;  1ZBS A;  2E20 A;  3VQP A;  4JLH A;  1GLA G;  1NGC A;  4A5A A;  3IAY A;  1S3X A;  5AR0 A;  3SLC A;  5GIP A;  1HQU A;  4GNI A;  3OYJ A;  1RT6 A;  3AA5 X;  4KHQ A;  4CVN E;  5H37 A;  1HNW K;  1EWQ A;  3BUZ B;  4WYB A;  2GV9 A;  1VSL A;  3H1V X;  3WUH A;  4CJ3 A;  2Q0R A;  3T69 A;  4RL5 A;  3L6Q A;  4NCA A;  1SKW A;  2YKN A;  1FZ0 E;  5B8H A;  3F5T A;  4RTF D;  4R79 A;  2D0O A;  1DKG D;  4CJP A;  5AQM A;  4RW7 A;  1LOT B;  2QK9 A;  4A59 A;  2P1N B;  2QXF A;  3WQU A;  4W5N A;  3KLE A;  2YKM A;  3CC7 N;  3WXK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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