3LZJA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine
Total Genus 315
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
315
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Substitution of Ala for Tyr567 in RB69 DNA polymerase allows dAMP to be inserted opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine .
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 315
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3lzjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3lzjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lzjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3lzjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3lzjA03
1BQNA 3SQ1A 1J54A 1WLJA 4CFDA 1RT7A 3MXMA 3QETA 4HVJA 2VG6A 1T03A 4KTZA 2KFZA 3LZJA 4DSLA 1BL3A 4B3OA 4CFCA 3AVFA 1HQEA 1R0AA 3PO5A 3F73A 2DTUA 1TGOA 3QERA 5HRRA 2QKBA 1IKWA 3TANA 1HYSA 3KLIA 3LAKA 4FJ5A 4K8ZA 1WAFA 4HUGA 1ZBUA 3EZ5A 1SL0A 4NYFA 4PWDA 3TI0A 4Y1DA 3OYEA 2FBXA 3CYMA 3KTQA 4GVMA 1X9WA 4CF8A 3V1RA 1S6QA 4E7KA 1RCHA 4KI4A 1EETA 4K8XA 3VQ6A 3VQ9A 3SYZA 3DOLA 2XY7A 1NJXA 1KVBA 4TSXA 1FKOA 3LP3A 4N5SA 2B6AA 1SKSA 1RTHA 3NFAA 3L2UA 4DTJA 3L3VA 3QINA 3OYGA 1EXQA 3D45A 2P51A 3U6FA 1UA1A 4CJQA 5CZ2A 5EU7A 3VA0A 4ZTJA 4DTPA 4CJPA 3JYTA 1BIUA 2FBYA 3O3GA 4HHTA 5J2NA 1HQUA 3C6UA 4AH9A 2Z1GA 3QIOA 2LSNA 4CFAA 1C1AA 3SQ4A 4O4GA 4CEQA 3AVJA 4NYNA 4YFUA 3ULDA 1C0TA 1HJRA 2E6MA 4CK1A 1U04A 1LAVA 4G1QA 4FVMA 1IO2A 3AA3A 3NF8A 4CEAA 4M3WA 1QS4A 4FLVA 1BI4B 1HNIA 4CHZA 3O3FA 3S3OA 1C0MA 4FK0A 1LWFA 3TR8A 4KB0A 4OKKA 2ITGA 4CEOA 2XY6A 4DF8A 1TKTA 1CXUA 1RT4A 1TAUA 1BIZA 1T7PA 4B9NA 4FJHA 1K6YA 3MEEA 3I0SA 2Z1IA 3ZSXA 1TK0A 2D5RA 3ZSOA 3KLFA 1S1UA 4M41A 4IBNA 4DLGA 3H08A 2IGIA 3P83D 3ZSRA 3AVIA 2X74A 4RW8A 3LP2A 4E7HA 4DTMA 2XY5A 2DFEA 4FLTA 4NCGA 5CYMA 3TAFA 1NOZA 1JKHA 4FCYA 3OVNA 3AVLA 3AO2A 4KHYA 4KHQA 2BGGA 4XIUA 1RBVA 3TWHA 2P5OA 3HPHA 1QSYA 3SV4A 1RBSA 4E19A 2KZZA 3VQ4A 2R7YA 3LPUA 3P5JA 2F8TA 4AHVA 3DLGA 4PUOA 2YHAA 4CEZA 1QHTA 2G8VA 4PQUA 1JXBA 3CQ8A 4AILC 4EZ6A 3DRSA 1L3TA 4O5BA 1ASVA 4WE1A 1JLEA 3U3GA 3V81A 4DFJA 4DMNA 4HUFA 2X6NA 2Y1JA 3S3NA 3G10A 4RW7A 2JGUA 3VQ5A 4CFBA 1W9HA 2HB5A 3AA5X 2G8FA 1TL1A 1UA0A 4FJ8A 1O1WA 4C8LA 4CF9A 1XHXA 4PY5A 4CEBA 1I39A 1VK0A 3TABA 3PUFA 2HHTA 4FJIA 3DLRA 3MECA 4CIEA 2E6LA 4QAGA 3NAEA 1N6QA 4IFVA 4RW9A 4Z4CA 4FXDA 1X9SA 3OYDA 2QKKA 3V6DA 4EZ9A 3SQ0A 1LAWA 3VQ7A 3KK3A 4H8KA 4B9VA 4DFPA 1RTIA 2GV9A 1D8YA 4IDKA 3M8SA 3V4IA 2YKMA 5KRTA 3F9KA 3T19A 4B08A 4CGHA 3NDKA 1IKXA 4KO0A 4ELVA 1NK7A 1D9DA 2IAJA 3O3HA 3SUNA 5FROA 4DSFA 4JRPA 3ZT0A 3ALYA 3RTVA 2W42A 2XRIA 3L8BA 4FM0A 1B9DA 1RBRA 3CM5A 3DLEA 2HW3A 4BACA 3MXIA 1IG9A 2KW4A 1JXEA 1JLBA 4ZTFA 3PX0A 2VWKA 1JL2A 3OJUA 4B9LA 1RILA 3L3UA 3SUOA 3TAPA 4QOZB 1HPZA 4CE9A 4LSLA 3NGIA 3K5LA 3ZT1A 4BWJA 2OPRA 4I9QA 3L2RA 5J2MA 4AHSA 1G15A 1N5YA 3MXJA 2XY8A 2HMIA 2EHGA 4I7FA 4IG3A 4HCCA 5HRPA 4F2RA 1DTQA 1NJWA 3O4QA 4CCHA 3RMCA 2BANA 3AVHA 4OKJA 3HPOA 5KGWA 2F8SA 5HRNA 3ZT3A 4CGJA 3DRRA 4DS4A 3NBPA 4DF4A 4B9TA 4MFBA 3DM2A 1RDCA 3QEVA 4N47A 1VSEA 4KB1A 3OYCA 3QNOA 1NK5A 3KLGA 3OYKA 2FC0A 1A5WA 3OYBA 2YV0X 2JLEA 3OS0A 3V9WA 4AHRA 1ZBLA 3M8QA 4CIGA 2BDPA 3AVGA 2BE2A 1S9GA 1HNVA 4OGCA 3SZ2A 1SL1A 5E41A 3LWMA 3NGZA 2PY5A 4FZZA 2A1RA 3ZSWA 1VSFA 4BE2A 1ZBIA 4FLXA 1RDBA 4J2DA 4DTOA 4Z4HA 1KSPA 3HP9A 4AHTA 1S1WA 4FJXA 3PX6A 4B9MA 2YNHA 1VSMA 3RMAA 1XI1A 1RTDA 1JLCA 1S9EA 1EX4A 5FDLA 3AV9A 1ASUA 2X6SA 4M3UA 2YKNA 5CZ1A 3DLBA 2Z1HA 4KHNA 2G8WA 3DMJA 4PA1A 5KTQA 1D9FA 3HO1A 4RG8A 1S1VA 5FRNA 3E01A 3LPTA 3OS1A 1B9FA 3M8PA 4CJ5A 4FZXC 5HRSA 4NCBA 2D0AA 1A5XA 3DRPA 4M45A 1BCOA 3QO9A 3HSTB 3L2QA 3PX4A 4ELUA 3KK2A 4KHSA 3VQ8A 1L3UA 3HK2A 3VQQA 3KKSA 4F8RA 2OZMA 3K5MA 4GW6A 3K2PA 4CJWA 3OJSA 4DSKA 3LZIA 4L8RB 1RBTA 1CZBA 1HYVA 4KREA 4KTQA 3OYLA 1JLGA 4OLAA 4R5PA 4CJLA 4M3RA 4FLWA 4CGDA 4IKFA 1S5JA 4KRFA 2OPQA 1NK9A 4CJ4A 4F4KA 4DWIA 3RRHA 4C8OA 1TKDA 5KRSA 1KRPA 2VG7A 2OZSA 3DYAA 2Y1IA 3CFPA 3V9XA 2A1SA 4J2AA 1VSHA 1J5OA 1RNHA 5FRMA 4DQSA 3V1OA 1JLFA 1C0UA 1LW0A 3AVNA 3NH1A 2Q3SA 3PO4A 2F96A 3IS9A 3OYJA 3D0PA 4Z4FA 1Y97A 2HNDA 5C25A 1TKZA 5KGXA 4DSEA 4E89A 4CJSA 1Q9YA 3NE6A 1NKCA 5J2QA 1C6VA 1KLNA 4O0IA 2O4GA 1KFDA 3HP6A 1KLMA 3AVCA 4LD0A 3AO4A 4OVLA 3ZSZA 4KHWA 3AO5A 3SQ2A 4AHUA 4YNQA 4LY7A 1VRUA 4W5TA 3AVKA 3PY8A 3C94A 4FLYA 4DTSA 5HLFA 4DFKA 1QSLA 1XWLA 5KI6A 2EX3A 2RKIA 3NF9A 1SKRA 1XC9A 1L3VA 5J1EA 1BQMA 1WSFA 4FW1A 5C42A 4CIFA 2OYQA 5HP1A 1NK8A 3RMBA 3UIQA 2P1JA 2RF2A 3V9SA 4CJTA 1WNSA 4F3TA 1L3SA 3QEIA 2HHXA 4CK2A 3OYMA 3RR7A 1SL2A 1CXQA 1U49A 4OPKA 1VSDA 3LDSA 3S9HA 1TK8A 1Z25A 4E0DA 4Y1CA 3QLHA 1ASWA 4FJLA 3VQEA 1NJZA 4BDPA 2G8IA 2AJQA 1F21A 3G0ZA 4CJRA 2HNZA 1NK0A 1RDDA 1LV5A 3SNNA 4CJFA 3SJJA 4W5QA 3OY9A 4DS5A 3DLHA 4J2BA 1YT3A 4M42A 4N41A 3MEDA 4CEEA 4BDYA 3ZSQA 2O4IA 4E3SA 3RMDA 4NCAA 1S1TA 3ISNC 4DTNA 2I5JA 3TAEA 3V9ZA 2OA8A 4F2SA 4RW4A 1LWCA 1BISA 2YNGA 4Z0UA 1X9MA 4FYDA 3RRGA 2ZD1A 3QIPA 3CFOA 4FJKA 2WOMA 4CESA 2KZMA 2B4JA 2DFHA 2KTQA 4CHNA 4GMJB 4CJEA 1GOCA 1T8EA 4FM1A 4FLZA 1Q8IA 2XO7A 2OPPA 3DLKA 4CGGA 2IS3A 5I3UA 2RN2A 3SUPA 3VQPA 1JLAA 3CM6A 1WSJA 4CJUA 1TVRA 1RBUA 4Q0BA 4O44A 1QSSA 4CF2A 4OPJA 3SPZA 1RDAA 1RTJA 2IOCA 2OPSA 3KKRA 4FJNA 3CG7A 4BE0A 3KK1A 1HRHA 2E4LA 1Z26A 4EP5A 3TAGA 1D5AA 2YNFA 3O4NA 1NK6A 1VSJA 3ZSYA 3HYFA 1TL3A 3KLEA 4FK2A 3HVRA 4OLBA 2YNIA 4CERA 4M3TA 3V1QA 1BI4A 2D0BA 1YVUA 2HNYA 3WNEA 3QEPA 5CYQA 1SV5A 3AA2A 2G8HA 4BE1A 3DOKA 3MAQA 1U45A 5K14A 5JS2A 4N76A 1UAXA 1WSEA 3L2WA 2PZSA 2DY4A 2VWJA 5HROA 3SCXA 3NGYA 4HTUA 4KV8A 4DQIA 2P5GA 1CLQA 3WNHA 4E7IA 1VSIA 3NCIA 1Q9XA 4DG1A 1IKVA 2KQ2A 3AVBA 4CECA 1JLQA 2ATQA 3ASMA 4CJKA 3OYFA 3K5NA 3K58A 4O0JA 4OGEA 1EP4A 4FJGA 3OYIA 4KPYA 1TAQA 4FLUA 2XHBA 3M8RA 1T05A 1NKEA 1NK4A 3WNGA 4Q5VA 4KAZA 1NKBA 3LP1A 1GOBA 1NOYA 2HHQA 1DLOA 1KVAA 3HL8A 3THVA 3QEWA 4E1MA 4I2QA 3QNNA 3EY1A 4CEFA 3RR8A 3HM9A 1YTUA 2QXFA 4LH4A 1GOAA 3AO3A 4EP4A 3BDPA 2YHBA 3NF6A 1BHLA 4CGFA 1UWBA 4F3OA 1ZYQA 4M3ZA 4CEDA 4B8AB 3SPYA 4KI6A 1WSHA 1VSKA 4DU4A 4OKEA 4LSNA 3HPGA 3ZT2A 3OYAA 1IH7A 1QE1A 3NF7A 4E7JA 1ZBFA 1A5VA 4DQQA 2G8KA 1ITGA 1BCMA 4C8NA 4LH5A 1WSGA 3KJVA 3VA3A 1S1XA 1FXXA 4MQ3A 3C6TA 2G8UA 2PYLA 2ZE2A 4DU3A 1ZBHA 1CZ9A 2QK9A 3L2VA 2DFFA 1REVA 1TKXA 2VG5A 4JS5A 3ITHA 3V9UA 4CGIA 4ZHRA 1VSLA 4DSJA 2X78A 1RT5A 3NH2A 3LP0A 4JLHA 4JS4A 4I2PA 3T1AA 5DMRA 2ETJA 3ZT4A 3IAYA 2Z1JA 4KHUA 4I9LA 4CHYA 4CHOA 2KFNA 1RT2A 5SZTA 1L5UA 1UOCA 4CF1A 1HMVA 3WNFA 4B8CA 4FZYA 2IDOA 3T3FA 5D3GA 1QQCA 3IG1A 4FJMA 4C8MA 4Z4IA 4J2EA 1B92A 1WN7A 3KIOA 3S3MA 3VQCA 2HVHA 1YTAA 4W5OA 1C1BA 1DTTA 3AA4A 3MEGA 4AHCA 3AO1A 4Z4EA 3HJFA 4CK3A 2D0CA 2PYJA 3HVTA 1JL1A 4HUEA 1RT1A 3CFRA 3AVMA 3IRXA 1MU2A 3VQAA 4FM2A 4ID5A 1LWEA 3K57A 4BWMA 1NJYA 2HHSA 3TARA 4DTRA 1FKPA 2ZQBA 4H4MA 1KVCA 1W0HA 1RT6A 5J2PA 4DLEA 4CJ3A 2HHVA 1TK5A 3LAMA 4CF0A 1J53A 1KCFA 4FJ7A 3LWLA 3TAMA 4W5NA 2GBZA 1SUQA 1IKYA 4UQGA 4KTWA 4CHQA 3VN5A 2HVIA 4JRQA 4ID1A 4FW2A 4FK4A 3ZCMA 2HHUA 1C1CA 1QTMA 2FBVA 1XHZA 4CHPA 4DTXA 4QCLA 3OS2A 1LW2A 2WONA 3QESA 3OYNA 4Z4GA 3SUQA 1HYZA 1U4BA 3P1GA 4DQRA 1RT3A 2GUIA 4KFBA 2NUBA 3NH0A 3K59A 1SKWA 1S6PA 3LALA 4ICLA 3AVAA 1FK9A 3U3YA 3HT3A 1J9AA 3K5OA 3ZSVA 4OJRA 4KKOA 2B5JA 3LANA 4DTUA 4FJJA 1EKEA 4IG0A 3BGRA 3I8DA 4B9UA 4HCBA 3RWUA 4M3XA 1TV6A 3A2FA 1BGXT 3DI6A 5SWMA 4N56A 3C95A 3JSMA 3HXMA 1U48A 4DU1A 4M3YA 1U47A 1I3AA 3KD1E 1WAJA 3SI6A 4DQPA 5JS1A 2RPIA 3KLHA 3NHGA 3I0RA 5T7BA 5I42A 4ELTA 3VQDA 5CY4A 4IFYA 4C8KA 3B6OA 5C24A 4DFMA 3OYHA 4B9SA 4E7LA 5DK5A 1X1PA 4E1NA 4FJ9A 2FBTA 1WSIA 2IC3A 4H4OA 5HBMA 1KFSA 2HHWA 4DSIA 3VQBA 3FFIA 3QEXA 3KD5E 1KTQA 4O55A 4W5RA 4BDZA 3EYZA 3B6PA 3SV3A 3PV8A 4RW6A 3TAQA 1VRTA 4CJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4DQR A;  1RT3 A;  2GUI A;  4KFB A;  2NUB A;  3NH0 A;  3K59 A;  1SKW A;  1S6P A;  3LAL A;  4ICL A;  3AVA A;  1FK9 A;  3U3Y A;  3HT3 A;  1J9A A;  3K5O A;  3ZSV A;  4OJR A;  4KKO A;  2B5J A;  3LAN A;  4DTU A;  4FJJ A;  1EKE A;  4IG0 A;  3BGR A;  3I8D A;  4B9U A;  4HCB A;  3RWU A;  4M3X A;  1TV6 A;  3A2F A;  1BGX T;  3DI6 A;  5SWM A;  4N56 A;  3C95 A;  3JSM A;  3HXM A;  1U48 A;  4DU1 A;  4M3Y A;  1U47 A;  1I3A A;  3KD1 E;  1WAJ A;  3SI6 A;  4DQP A;  5JS1 A;  2RPI A;  3KLH A;  3NHG A;  3I0R A;  5T7B A;  5I42 A;  4ELT A;  3VQD A;  5CY4 A;  4IFY A;  4C8K A;  3B6O A;  5C24 A;  4DFM A;  3OYH A;  4B9S A;  4E7L A;  5DK5 A;  1X1P A;  4E1N A;  4FJ9 A;  2FBT A;  1WSI A;  2IC3 A;  4H4O A;  5HBM A;  1KFS A;  2HHW A;  4DSI A;  3VQB A;  3FFI A;  3QEX A;  3KD5 E;  1KTQ A;  4O55 A;  4W5R A;  4BDZ A;  3EYZ A;  3B6P A;  3SV3 A;  3PV8 A;  4RW6 A;  3TAQ A;  1VRT A;  4CJV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KWI A;  3CCL N;  1RT7 A;  4HVJ A;  2P1P B;  5AQV A;  3LZJ A;  3EO3 A;  4B3O A;  4CFC A;  3AVF A;  3N4Q A;  1R0A A;  3PO5 A;  2GWJ A;  1VQL N;  4BRK A;  3B8A X;  2KKZ A;  5M1F A;  4JKE A;  1NU0 A;  3ZX2 A;  5LJV A;  3OYE A;  5JLF A;  4GVM A;  3KTQ A;  4CF8 A;  2FF3 B;  3HGK E;  4KI4 A;  4FWN A;  3VQ6 A;  3J7A P;  4TSX A;  4N5S A;  1FKO A;  4FO0 A;  1RTH A;  4DTJ A;  4BRF A;  5EU7 A;  4CJQ A;  4DTP A;  1GLE G;  1BIU A;  2Z1G A;  1D4X A;  3QIO A;  4MLH A;  3JAM O;  2KLA A;  4CEQ A;  1RDU A;  1YVN A;  2QWM A;  2JH9 A;  3SLC A;  1YUW A;  1QS4 A;  4CHZ A;  1BI4 B;  3D7E O;  3O3F A;  1LWF A;  3TR8 A;  3A0I X;  1MTY G;  2QWR A;  1TAU A;  3MK6 A;  1K6Y A;  3CJ9 A;  4FWP A;  1Q18 A;  1S1U A;  1R59 O;  2ZM6 K;  4DLG A;  3VGL A;  1NLV A;  3CET A;  3VEO A;  2XY5 A;  4NCG A;  4FLT A;  2BH1 A;  5CYM A;  3TAF A;  3LDB A;  4CZG A;  3OVN A;  2E88 A;  4KHY A;  3CC2 N;  2QWL A;  4XH1 A;  2P5O A;  4LF9 K;  3ULE B;  4E19 A;  2KZZ A;  3GE1 A;  5FPD A;  3ID6 A;  3LM2 A;  3P5J A;  2F8T A;  4AHV A;  3DLG A;  4CEZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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