3LZJA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine
Total Genus 315
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
315
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Substitution of Ala for Tyr567 in RB69 DNA polymerase allows dAMP to be inserted opposite 7,8-dihydro-8-oxoguanine .
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 315
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3lzjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3lzjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lzjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3lzjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3lzjA03
3LWMA 4B9UA 2GUIA 4CJTA 1CZ9A 1BISA 2YHAA 3KK2A 2KTQA 1JL2A 3KIOA 1JXBA 1RBVA 3PUFA 3AVIA 4CJSA 1KFSA 2G8IA 5T7BA 1WSEA 4RW9A 3CFRA 3CM6A 3NE6A 5SZTA 1S1VA 4F4KA 2DTUA 1DLOA 3ALYA 3MECA 4HTUA 4Y1DA 1TK5A 4CK2A 4BE0A 3MXIA 4ZTFA 3MXJA 3VQ5A 4CJ3A 4AILC 4DFMA 4CJRA 1FKPA 4E7IA 3U6FA 4RW4A 5FROA 5FRNA 1S9GA 5KGXA 4W5RA 4GW6A 1U04A 4IBNA 3OYKA 1VSJA 1RT5A 2XY5A 2OPSA 4OKEA 4BDZA 1IG9A 4BWJA 4M3YA 3D45A 3SUPA 2Z1IA 4O0IA 3LPUA 4FLXA 2IC3A 3KLHA 3EZ5A 4CCHA 1UA0A 5HRPA 3AVMA 3OYFA 3KLGA 1BQNA 5J1EA 3DLGA 3ZT1A 3V4IA 4B9LA 4DTPA 4C8KA 3PX6A 2Z1HA 3V1QA 3QEPA 4KB0A 4BWMA 1L3TA 4BDPA 3C95A 4H8KA 1L5UA 3WNEA 1TGOA 4JLHA 4JS5A 3IG1A 4DFJA 4I7FA 3MAQA 4DMNA 1XHZA 4H4MA 1MU2A 3L8BA 3RMDA 4FJLA 4K8XA 1JLCA 1HQUA 2B6AA 3ZSOA 1TKTA 4CJLA 3K5MA 1L3UA 2JLEA 3IS9A 4RW7A 4L8RB 3IRXA 4LSNA 1QSYA 4DU3A 4ID1A 1CXUA 4M45A 1W9HA 2G8KA 4PWDA 4CJ5A 4AHVA 4CGGA 1IH7A 4EZ6A 2HHQA 4PQUA 1TAQA 1VRTA 3DI6A 3DRSA 1C0UA 4E1NA 1RT1A 1S6QA 4F8RA 1EETA 4RG8A 3OS2A 3HPOA 1LW2A 3LZIA 4DFKA 1O1WA 3SZ2A 4DLGA 4KHUA 3TABA 1D5AA 2EX3A 2YHBA 3ZSWA 4PY5A 5CYMA 2P5GA 1WAJA 2HNZA 1RDDA 3I0SA 4CK1A 4OPKA 1J54A 3K57A 3C6TA 1T05A 4B9TA 2IGIA 4DTRA 3OYGA 1ZYQA 4R5PA 2HMIA 3RRGA 2VWKA 1JL1A 3DRPA 5HBMA 1EP4A 4O55A 2P51A 3PO4A 4FZZA 4KHNA 3HM9A 1N6QA 5HLFA 3DOKA 1TK8A 3KLIA 4DS5A 4CGJA 4CIGA 2OPPA 3VQDA 4Z4FA 3HK2A 4W5TA 2WOMA 4CESA 1WN7A 1U49A 3LDSA 2D5RA 2E4LA 2HHXA 1Q8IA 4DSEA 3AA3A 4CF9A 4DQSA 4B08A 3QETA 4FJ8A 3VQ7A 3NH1A 4FW2A 4FW1A 3EYZA 4FJNA 2HNYA 3O4NA 1DTQA 4CFBA 3K59A 4Z4EA 4IDKA 1XI1A 1LV5A 4IKFA 4F3TA 1S5JA 1HYVA 1QQCA 2D0CA 2HNDA 5DK5A 3M8QA 3V9ZA 4FCYA 4OLAA 4FXDA 1VRUA 4GVMA 3VQQA 3OYIA 3HO1A 3SCXA 4FJ9A 2YNHA 4DTUA 2Z1JA 5CZ2A 1ITGA 4JRPA 3L3UA 4CJEA 4M3ZA 4M3TA 3LP3A 4DG1A 4W5OA 4FK4A 4JRQA 4Q5VA 1BQMA 1KLMA 1HNIA 3M8PA 3OJSA 2ATQA 1VSFA 4FYDA 3OS0A 4J2EA 2OPRA 3P5JA 1Z26A 4E1MA 4TSXA 3NGYA 4F3OA 4BE2A 4DSJA 2QXFA 3M8SA 2HVHA 2RN2A 2G8HA 1Z25A 3OYAA 3ITHA 3S9HA 1TL3A 3K5OA 4AHRA 1CLQA 1HQEA 2PY5A 2ITGA 1ASUA 4PA1A 1SL0A 1NK6A 5FRMA 2KZMA 4HHTA 1WAFA 4KHSA 4CJKA 4FLYA 3OYMA 3SQ4A 4DF4A 4CEBA 1RTDA 1RBTA 1S1WA 3AA4A 4CFDA 4DF8A 3F9KA 4M42A 3NF7A 4FJ5A 3SQ0A 4DU4A 4HCBA 3P83D 3DLBA 4B8AB 4CEEA 3HJFA 5J2PA 3NH0A 2G8UA 4M3XA 3L3VA 3VQAA 2D0BA 2E6LA 3LP1A 4IG3A 2O4GA 1BCOA 4N56A 4CECA 2R7YA 2YNIA 4KTWA 3HSTB 5HRSA 3NH2A 3CFOA 1C1BA 4FJKA 1C0MA 1HRHA 1KVBA 1KFDA 2X6NA 3THVA 4E3SA 2OZSA 4FJXA 2FBXA 2ZE2A 1NJZA 4KHWA 3OYHA 3V9XA 1X9WA 4KPYA 4E0DA 2DFEA 3LP2A 4LH5A 4DTOA 3AO5A 1VSMA 1XC9A 3RMCA 1L3SA 3HVRA 4IG0A 3QESA 4CGHA 2QKKA 1UWBA 4OLBA 4FZXC 4E7LA 3SUNA 1BI4B 3L2QA 3L2VA 1F21A 4O0JA 3KD1E 1QHTA 1WSHA 4CFAA 4HUGA 4GMJB 3L2UA 3B6OA 1QE1A 4CGFA 1BGXT 3VQ9A 4CJ4A 2W42A 5E41A 3NGZA 4DQPA 4Z4GA 1KCFA 1J53A 5JS1A 1JLGA 3NAEA 3RMAA 3AVNA 3HVTA 4N5SA 4DTJA 5KGWA 4DSKA 1TKZA 3L2WA 4N76A 3QIOA 2ZQBA 1WNSA 3O3HA 4W5NA 2E6MA 3QNNA 1X9SA 3LAMA 4CIEA 3D0PA 4EP5A 1XWLA 1RDBA 4FK0A 1GOBA 1WLJA 4CEAA 2XO7A 4DWIA 3SNNA 4FJ7A 1EKEA 3AVFA 1U48A 2QKBA 2F96A 3C6UA 2RKIA 2D0AA 3SUOA 4QAGA 3HXMA 4AHCA 1HYZA 4DSFA 5J2MA 1SL1A 2KZZA 3DLKA 1BIUA 1A5WA 2GV9A 4CJQA 1VSDA 3JYTA 3K2PA 2HHVA 3T1AA 1C6VA 4CJFA 3T19A 1BIZA 3AVLA 3SYZA 1SKWA 2RF2A 2YKNA 3SV4A 4DFPA 4OKJA 4YNQA 4JS4A 1LAVA 1IKYA 1QS4A 1VK0A 1ZBFA 1YT3A 2OZMA 4CF8A 4CK3A 3O3GA 4CHOA 4J2BA 1K6YA 1JLQA 4H4OA 4ELTA 2F8SA 1NJWA 4OPJA 3TANA 3AVHA 3I0RA 4CGDA 3HT3A 2NUBA 3KK1A 3DYAA 5I42A 3AO3A 4F2RA 2YKMA 4DTSA 4NCGA 3AVAA 2VG6A 1A5XA 3QEWA 3MXMA 4MFBA 1ZBUA 3OY9A 3B6PA 3QEXA 4J2AA 4KO0A 2HHUA 1DTTA 1TKDA 5HP1A 1NKCA 1FK9A 2HHSA 1NK9A 2KFZA 3NGIA 3TARA 2OYQA 1YTAA 2DFFA 2FBVA 3ISNC 4CIFA 2B4JA 4ZHRA 3O3FA 1G15A 4J2DA 3UIQA 1SKSA 4FJIA 4OJRA 3ZT2A 5SWMA 1NK7A 3HL8A 2JGUA 4CHPA 3RRHA 3E01A 1W0HA 3ZT3A 4C8MA 1T03A 4OKKA 4E89A 4C8LA 3TAEA 4CF2A 3KD5E 4CERA 2VG7A 3TR8A 3VQBA 1XHXA 3DMJA 3ZCMA 1NK5A 4LY7A 1I3AA 4E7HA 4KREA 3P1GA 1BL3A 1JXEA 4AHTA 4XIUA 4N41A 3U3YA 2B5JA 4CJPA 1LW0A 3LANA 3PY8A 2DFHA 3V1OA 2HHTA 2FC0A 2X6SA 4FJMA 4OGEA 4CEZA 5C25A 3K58A 3SI6A 2BE2A 1BHLA 4Z4CA 3PV8A 4B3OA 4Q0BA 3AVKA 4CHZA 1RT7A 1HYSA 3LZJA 4CEFA 2G8FA 3V9UA 1D9DA 5C42A 4E7KA 2A1SA 2VWJA 2IAJA 3PO5A 5JS2A 1UA1A 3ZT0A 4CE9A 2OA8A 4PUOA 1WSJA 4ZTJA 3TWHA 4LH4A 3S3OA 2IDOA 4FM1A 2VG5A 2X78A 1ZBHA 3I8DA 1JKHA 3HP6A 3T3FA 3WNGA 5DMRA 3KLFA 1D9FA 3OYNA 3L2RA 3H08A 1JLAA 4WE1A 5HRNA 3KLEA 3V6DA 1NK8A 2KQ2A 4KFBA 3LP0A 3QEVA 3QLHA 1CXQA 2BDPA 2ETJA 2PYJA 1HMVA 1U45A 4CF0A 2G8VA 3KJVA 1NOYA 4HCCA 4YFUA 1GOAA 3DM2A 1REVA 4DSIA 3AVJA 4OGCA 3RTVA 3EY1A 1VSHA 2PZSA 2I5JA 1NJXA 1TL1A 2DY4A 3SQ1A 1ASWA 2AJQA 1RBUA 2HB5A 3ZSYA 4M3RA 1HPZA 1BI4A 1NK0A 2XHBA 3KK3A 1RILA 1B92A 1U4BA 4CF1A 4FZYA 3QNOA 1RT4A 3AA5X 2O4IA 1GOCA 3OJUA 4FLWA 3LWLA 3SPZA 4FLVA 4DTXA 3MEDA 1TK0A 4B9NA 3FFIA 3RR8A 1RT3A 1RBRA 3CYMA 3HYFA 4FK2A 2XY8A 4K8ZA 3V1RA 5I3UA 2OPQA 1ZBIA 1B9DA 4HUFA 3ZT4A 3C94A 2QK9A 3NDKA 4B9MA 5FDLA 1NJYA 3BGRA 4AHSA 1FXXA 4I2PA 4ICLA 1S6PA 4NYNA 3S3NA 1LAWA 1KVAA 3G0ZA 1SUQA 4M41A 3A2FA 1FKOA 3TI0A 1RT6A 4FLTA 1Y97A 4I2QA 3OS1A 4DQRA 1VSKA 4IFVA 3AVGA 3LALA 3HP9A 3VA3A 1KTQA 1KSPA 1X1PA 2KW4A 1HNVA 3AO4A 4IFYA 1RNHA 1I39A 2XRIA 4CEOA 1R0AA 4NCAA 4RW6A 2XY6A 3QERA 2X74A 4CGIA 4HVJA 2F8TA 3NCIA 1RTIA 2ZD1A 4CJVA 4QOZB 4Z4HA 3SQ2A 3VQ8A 4KHYA 4W5QA 4DLEA 1KLNA 1TVRA 3BDPA 1IKWA 1Q9YA 2P5OA 3ZSXA 4CJWA 4DTNA 2A1RA 3RR7A 4RW8A 4KI6A 4LD0A 4CHQA 4C8NA 4HUEA 3OYJA 3QO9A 1NOZA 1S9EA 3OVNA 4N47A 2LSNA 1TKXA 1C0TA 4Z0UA 4FJJA 5D3GA 3SJJA 4O4GA 3AVCA 3AO1A 4CHNA 4FM2A 4BACA 4ELUA 3SPYA 3KKRA 3ULDA 3G10A 1LWFA 4O44A 1LWCA 4Z4IA 3OYEA 3ZSZA 5CZ1A 1RBSA 3LAKA 5EU7A 1TAUA 3HPHA 1J5OA 3CQ8A 3TAFA 4I9LA 3AO2A 3SV3A 1RT2A 4KTZA 1N5YA 1UAXA 5K14A 4O5BA 2YNGA 1YTUA 1IKVA 3OYLA 3V9WA 1L3VA 1VSLA 1S1TA 1LWEA 4CEDA 3TAQA 1SV5A 2XY7A 2Q3SA 2HW3A 3U3GA 4MQ3A 4CHYA 1QTMA 1RTJA 4CJUA 3ZSVA 3PX4A 2KFNA 1IKXA 1RDCA 3S3MA 1NK4A 3VQPA 3CFPA 2P1JA 4KHQA 4UQGA 5KRSA 2HVIA 1YVUA 2IS3A 1NKBA 4E7JA 4DSLA 3NF9A 1EX4A 1JLFA 4C8OA 2HHWA 1RTHA 1WSGA 2GBZA 4G1QA 3VN5A 5KI6A 3F73A 4FLUA 4M3WA 1BCMA 1T7PA 3NFAA 1T8EA 3ZSRA 1KVCA 3NF6A 3AA2A 4CEQA 1ZBLA 3NF8A 3K5LA 3MEEA 4FJHA 1VSEA 4OVLA 1TV6A 1J9AA 3DLEA 3VQ4A 3KTQA 1HJRA 2BANA 3TAGA 1UOCA 2EHGA 2FBYA 5J2NA 2Y1IA 4F2SA 3DOLA 3OYCA 3V81A 3ZSQA 4FVMA 4B8CA 4EP4A 3TAMA 3OYBA 4E19A 1RCHA 3WNHA 4QCLA 3IAYA 1A5VA 4KV8A 4NCBA 1QSLA 4LSLA 3RMBA 5C24A 4AHUA 4B9SA 4KTQA 4FJGA 2PYLA 5KTQA 1NKEA 2FBTA 1B9FA 4BE1A 3V9SA 1ASVA 1VSIA 1X9MA 4CFCA 1WSIA 3DLHA 4B9VA 3KKSA 4KAZA 1U47A 2IOCA 3WNFA 4DQQA 4I9QA 3CG7A 4KKOA 3PX0A 3OYDA 3VQ6A 1S1UA 5KRTA 4FM0A 1C1AA 5HRRA 2Y1JA 2YV0X 4ELVA 2WONA 3LPTA 3HPGA 3NBPA 1C1CA 1D8YA 1CZBA 3AV9A 2BGGA 3NHGA 1JLEA 4DTMA 3CM5A 3VQCA 3K5NA 1IO2A 3M8RA 4KB1A 5CYQA 3JSMA 1QSSA 2RPIA 1Q9XA 3QEIA 4DQIA 2G8WA 4BDYA 4DU1A 4DS4A 3SUQA 4AH9A 4FLZA 2YNFA 4KRFA 1EXQA 4NYFA 3TAPA 3MEGA 3QIPA 4KI4A 4ID5A 5J2QA 3O4QA 1S1XA 1WSFA 3RWUA 3VA0A 4M3UA 4EZ9A 3DRRA 1JLBA 3AVBA 1RDAA 3QINA 3VQEA 5HROA 1SKRA 4Y1CA 5CY4A 3DLRA 1KRPA 1SL2A 3ASMA 2Z1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2QM1A 2P1QB 2HVHA 2G8HA 3OGLB 1Z25A 2AA4A 3S9HA 2P9IA 3K5OA 1CLQA 3LDBA 4IT5A 1HQEA 4JI6K 5FRMA 3UKRB 2KZMA 4NLBA 3SQ4A 2UU9K 1S1WA 4FPBA 1YF5L 4DF8A 3WT0A 3SQ0A 1NGAA 3P83D 4BVPA 3KWGA 4M3XA 2G8UA 2ASMA 3VQAA 2E6LA 2P1MB 4IG3A 2HD0A 2CGKA 2YNIA 4IEEA 3NH2A 3E66A 5AQGA 1NJZA 4BQZA 4EFHA 3OYHA 1FZ7E 1X9WA 2ZGYA 2W6KA 1V4SA 1GLFO 4CGHA 4OLBA 3L4IA 4E7LA 3HM8A 1BI4B 3BEXA 4M7YA 5IT9O 4O0JA 4HUGA 1YHQN 2V7ZA 4QS7A 4CGFA 1FZ2E 3VQ9A 1TYQA 3NGZA 5JS1A 1KCFA 4O8UA 3NAEA 3J80O 1LDKE 2P9LA 3O4WA 3QNNA 3DXKB 3LAMA 3D0PA 3JAMO 1MDUB 3IKMA 4CEAA 4A5AA 1GLJO 1EKEA 4FOIA 5KPZA 4JKGB 3SUOA 4DR2K 3UO2A 3AVLA 4DFPA 3R3LA 2O8FA 4LC9B 4OKJA 1LAVA 2RE2A 3AY9A 1ZBFA 3PIPL 3O3GA 3O5BA 1JLQA 5C2DA 3AVHA 4CGDA 3HT3A 5I42A 3DYAA 4DTSA 4CZHA 2VG6A 4FO0A 4UY8O 3A5MC 3KHYA 1M1KO 4IFEA 1QVFM 1XVCE 3DXMA 4BR9A 1YXQA 3WXJA 2HHSA 5FLXO 1YTAA 2DFFA 4CZJA 4ZHRA 2EWSA 3O3FA 2QEXN 4J2DA 5AQKA 1U2VA 4B1VA 2KHOA 2NRTA 4GNIA 4BRKA 1NK7A 3HL8A 2JGUA 4K43A 3RRHA 5H37A 4C8MA 3KZBA 1T6CA 3SAFA 3TAEA 3LDPA 1KAZA 2FW3A 2FLOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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