4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
3L2UA 4CHYA 4DF8A 3S3NA 3NGZA 2IAJA 2Y1JA 1XHZA 4EZ9A 2HHQA 1CZBA 4K8ZA 4AHUA 1HQEA 4W5OA 3AVCA 3V9WA 4HHTA 1L5UA 3OYIA 3ZCMA 4FM2A 1RBRA 1NKBA 2KFZA 4KB0A 3QNOA 1RT5A 1TL1A 2GBZA 4LH5A 4DLGA 2YKNA 2PY5A 4DSKA 1GOCA 1T8EA 4J2BA 1X9SA 1K6YA 3K5OA 4KRFA 3LP0A 4IKFA 4EP4A 5K14A 4BDYA 2VWJA 1S1UA 4DQRA 4FXDA 4FLVA 3AO1A 4FLXA 3AVNA 1HJRA 1WSFA 2YNGA 4M42A 3VA0A 4DSFA 5DMRA 3JYTA 4FJNA 1S9GA 1SKRA 1ITGA 5J2MA 3NCIA 4M45A 2OZSA 3NF9A 4CFDA 4UQGA 4E89A 5I42A 5FRMA 3CYMA 3C95A 2BDPA 3VN5A 3AVFA 4CEAA 1ZBLA 2NUBA 1TAQA 4E1NA 1REVA 4W5NA 4KHWA 3SCXA 3OYEA 2IS3A 1KFDA 4DSEA 4W5TA 1CXQA 3HPGA 4E7LA 3S9HA 3NBPA 3U3YA 2XY8A 2ZE2A 1S1WA 4CECA 4KREA 4CEDA 4IFYA 3AA4A 3VQ7A 4CJLA 3IS9A 3A2FA 3VQ9A 4HCCA 4CEQA 2XO7A 1NJZA 2G8UA 3CFOA 2W42A 2F8TA 4OGEA 4KB1A 4C8MA 4FJGA 4DTRA 4DSLA 1KLNA 4Z4GA 3VQCA 5J2PA 4DU1A 2A1SA 3RMAA 4CE9A 1ZBIA 1BGXT 2X6NA 4FJ5A 4BE0A 3O4NA 3KLEA 3OS1A 4RW7A 4I2PA 4BDPA 5KGXA 4C8LA 1Y97A 3EZ5A 3LPUA 4O0IA 4G1QA 3NAEA 5HRPA 1NJXA 2HNZA 3OJUA 4CK2A 4F4KA 2HHVA 3HT3A 3DOLA 4N5SA 2YNHA 4M3ZA 1L3UA 1C0MA 2D5RA 4OPJA 1QHTA 3KLGA 4M3TA 4E3SA 4EP5A 3HPOA 3SQ0A 2LSNA 3DYAA 3O4QA 3RRGA 4OLAA 2BGGA 1JXEA 2KW4A 3QETA 4PUOA 1JL2A 2DFFA 3HPHA 4J2DA 5E41A 4FJ7A 1LAWA 4GW6A 4CESA 1UA0A 1TKZA 4FJ8A 3KK3A 4KTZA 1RT3A 1FKOA 3NF6A 1JKHA 3I0RA 1VSIA 2O4GA 3LDSA 1J53A 4B9SA 1BISA 1WAFA 1VRUA 1X9MA 2Y1IA 2YV0X 3OYCA 5HLFA 4CHQA 1D9DA 3ZT2A 4B8CA 1D8YA 1TGOA 4E7JA 1JLCA 3TAMA 4BWMA 2I5JA 2Z1HA 1LW0A 3MEEA 4Z4HA 1BIZA 4DF4A 4CJRA 4DLEA 1B92A 1JL1A 4XIUA 4O5BA 1R0AA 4CERA 3OYHA 1JXBA 4H4OA 3K2PA 4FW1A 4R5PA 5HP1A 3VQAA 4F8RA 1WAJA 1JLFA 4CF1A 3P5JA 2HHWA 4LD0A 4I9QA 1VSEA 5T7BA 1EETA 4E7HA 1RBUA 1GOAA 3P1GA 1NK8A 3BGRA 1RT7A 3VQEA 4CFCA 4FJJA 3ZSWA 1YTAA 4MQ3A 1RBSA 3PX6A 1TAUA 4FLUA 1B9DA 1BQNA 3AO2A 4HTUA 2KTQA 3MXJA 4CHOA 1RTDA 4ID1A 3TABA 4AHSA 3C94A 5D3GA 1T03A 4I7FA 2B4JA 3L8BA 3MECA 4K8XA 4CIEA 1G15A 1J54A 2P1JA 3DI6A 4HUGA 3K58A 4FLWA 3QO9A 4CFBA 4BDZA 1RBTA 4CGHA 2A1RA 4KHUA 4N47A 2P5GA 3OJSA 1N5YA 2HHXA 2DFEA 4E7IA 3V9ZA 4DU4A 1NOYA 4CGGA 3LP3A 3O3FA 4DQIA 1A5WA 3RMBA 4PQUA 3SPZA 4FK2A 4CJFA 1SL1A 3ZT4A 3OYDA 1U48A 2Q3SA 3HXMA 3KLFA 1KCFA 3OYGA 4KHNA 1SKWA 1QE1A 3KKRA 3NH1A 2KQ2A 1QSSA 4FK4A 1VSMA 2EHGA 2OPPA 3OYKA 1HPZA 4FZZA 1WNSA 4DMNA 5HRRA 4KAZA 1UOCA 1RTIA 3C6TA 2Z1GA 3AVLA 3L2WA 1RCHA 4B3OA 3VQBA 3AA5X 4FJ9A 1IKXA 4H8KA 2FC0A 3DLEA 3IG1A 5HRSA 4NCGA 4DFKA 2X74A 3KD5E 2Z1IA 4H4MA 3HVTA 4DU3A 1Q9YA 3DLBA 3HL8A 3KK1A 3K59A 1DTTA 4KHSA 3VQ6A 4KHYA 2Z1JA 4NYNA 3DMJA 1UWBA 2RKIA 2XY7A 4M3WA 3PX0A 4OPKA 4L8RB 1JLGA 1HYZA 1O1WA 1XI1A 4FCYA 3MEGA 3V1OA 3D45A 4AHTA 2RPIA 2YHBA 4AILC 3JSMA 3D0PA 4E0DA 1KLMA 5CZ2A 1KTQA 3QEWA 1VSKA 2OA8A 1VSHA 3ZT1A 1TL3A 1YT3A 4DTPA 3QEPA 1ZBFA 3AA2A 1JLEA 4ELUA 4MFBA 3KIOA 3F73A 1BCOA 1NK5A 2QKBA 1HNIA 3TAGA 4DQQA 1TK0A 3ZSOA 4FW2A 1TKTA 3SUQA 4WE1A 4FZXC 4KHQA 3L3VA 1DTQA 1FK9A 1FXXA 4AHVA 1C6VA 1S1TA 4CJ5A 4CJQA 3THVA 2ZD1A 3M8PA 2FBTA 4M3XA 2X6SA 4CCHA 1S9EA 4B9TA 1KRPA 1YVUA 2IDOA 3ZSRA 4CEFA 3V9SA 3QINA 4CGFA 4CHPA 3RRHA 1NKCA 3PO5A 4CEEA 1TK5A 3ALYA 3HJFA 4DTJA 1RNHA 3OVNA 4BWJA 4DFPA 1ZBUA 1CXUA 2HNDA 3SUNA 3LPTA 4B8AB 1S1VA 4ID5A 5KGWA 3NGIA 4DSJA 3AVAA 1NK4A 2HMIA 5C25A 3NE6A 3KK2A 1WSHA 4YNQA 4NCBA 3HK2A 1TV6A 3TAEA 3ULDA 3LZJA 3PX4A 1YTUA 4JRQA 3AV9A 3NDKA 4DQSA 4DTOA 4O4GA 1BHLA 1SV5A 3FFIA 2XHBA 1GOBA 3U3GA 2EX3A 4E19A 1IG9A 4JS5A 1KVAA 4CK1A 3OYNA 3ZSZA 1TK8A 2OYQA 3NH2A 1SL0A 4CJEA 1WN7A 2ITGA 2IOCA 3HP9A 4N76A 2IC3A 2YKMA 3BDPA 1WSGA 3ZSYA 1KSPA 4FLYA 1Q9XA 1TVRA 2KZMA 1C1CA 3ZT3A 3TAPA 2G8KA 4O0JA 4FJKA 1F21A 3QIPA 2DTUA 3DOKA 5EU7A 3ZSQA 1S6QA 3L2QA 3LWMA 1T7PA 4FJIA 4FK0A 4IBNA 3KTQA 4CGIA 3RMDA 4KI6A 1SL2A 3AO4A 3DRRA 2B6AA 3DM2A 3HSTB 4PY5A 1IH7A 2P51A 3AVIA 3E01A 4F3TA 4C8OA 3RMCA 3LWLA 1T05A 3AVHA 2G8FA 4YFUA 1BI4A 3M8QA 4M3YA 3V1QA 4CEBA 2ATQA 4CJWA 3LALA 4F3OA 1U49A 4QCLA 3AA3A 2OZMA 3TARA 3NF7A 4ELTA 4IDKA 4RW9A 3HVRA 1HMVA 3ITHA 1EXQA 4IG3A 4RW8A 3PUFA 3NF8A 4IFVA 3RR8A 3NH0A 3SV3A 3NGYA 1Z26A 4OKJA 3C6UA 3V81A 3K5MA 1VSDA 3QEXA 3QERA 4CJSA 4NCAA 1I39A 1C1AA 1UAXA 3VQ5A 5HROA 4FLZA 4CGJA 4FLTA 4Z4CA 4EZ6A 1KVBA 1BL3A 3SYZA 1NK9A 4FZYA 2BE2A 3ZT0A 4DS5A 1C1BA 1U45A 1TKDA 2AJQA 5J1EA 3T1AA 2ETJA 1BI4B 3OYMA 3VQ8A 2YNFA 3M8RA 3O3HA 4Z4IA 4DFMA 5I3UA 1DLOA 3DLGA 3V6DA 1L3SA 3CM5A 4OLBA 3P83D 4PA1A 1U04A 3DLKA 1IKYA 2B5JA 3K5LA 4FVMA 3PV8A 3HP6A 4OVLA 5CY4A 3O3GA 4W5QA 1RTHA 4CIGA 1J9AA 4DG1A 1CLQA 4I2QA 4Q5VA 3EYZA 1VRTA 1IO2A 4KFBA 1QSYA 1HQUA 4CHZA 3SV4A 1VSLA 4Y1CA 3TR8A 3DRPA 4LH4A 3WNEA 4CJ3A 1RDAA 4BE1A 3U6FA 1A5VA 4GVMA 3VQ4A 3UIQA 4CFAA 2VWKA 1ASVA 1QS4A 3MAQA 2PYLA 3OYAA 4E7KA 1X9WA 1HYSA 4OJRA 4B9LA 4ICLA 1QTMA 2ZQBA 4CHNA 1KFSA 2PYJA 2GUIA 1ZBHA 3SPYA 4FJHA 5CYMA 4F2RA 4KTWA 4AHCA 2D0CA 5FRNA 4FM1A 3LAKA 1QQCA 1LWCA 3WNGA 3IAYA 3ASMA 3SJJA 5FROA 2XY6A 1EP4A 2RN2A 3OS0A 1S6PA 4CJTA 1BCMA 2IGIA 3V1RA 3MXMA 2HHTA 5CZ1A 3L2VA 3IRXA 1HYVA 1I3AA 4CF8A 4B9UA 3RWUA 1IKVA 1WSEA 2KZZA 4IG0A 4FJLA 4B08A 3MXIA 3TANA 4DTUA 3AO3A 4BACA 4CF2A 2XRIA 3ZSXA 4N41A 3KD1E 3DLRA 1HRHA 3VQQA 5KRSA 2VG7A 4CF0A 4Z4FA 2F8SA 1J5OA 2G8IA 4QOZB 3AVKA 3OYJA 3OYLA 3RTVA 4JLHA 4AH9A 4JRPA 1B9FA 1HNVA 1S5JA 4FJMA 5SWMA 1IKWA 3SUPA 3SQ2A 2PZSA 1BIUA 4M3UA 4DTNA 3PY8A 1VSJA 5KTQA 4KV8A 4LSLA 2G8HA 4CJKA 2FBYA 4CK3A 4C8KA 1WLJA 4OKEA 1EKEA 3KJVA 5KRTA 4RW4A 2HW3A 3K57A 1SKSA 1FKPA 4LY7A 4Z0UA 4DS4A 4CIFA 5HRNA 1D5AA 5FDLA 4Q0BA 4CEOA 1VSFA 2R7YA 3NFAA 3QIOA 3G10A 2KFNA 3EY1A 3AVBA 1TKXA 1VK0A 5DK5A 1L3TA 1D9FA 5C42A 1NK7A 2HB5A 3TWHA 3WNFA 1A5XA 5KI6A 2JLEA 4C8NA 1U47A 3VA3A 1RT1A 3AVGA 3V9XA 1LV5A 1U4BA 2HVIA 1UA1A 4DSIA 3KLIA 1ZYQA 4LSNA 2RF2A 4HCBA 2P5OA 3SI6A 1L3VA 3OYFA 1KVCA 2QXFA 1Z25A 3HYFA 2X78A 2D0BA 2QK9A 3L2RA 1NJYA 1ASWA 4B9NA 4O55A 4CEZA 2OPQA 3SNNA 2F96A 3TI0A 4KTQA 1ASUA 5JS2A 4FJXA 3T19A 5SZTA 4J2AA 3V4IA 4HUEA 3HO1A 2DFHA 3SQ1A 4CJUA 4B9MA 4RW6A 4CGDA 3K5NA 4Z4EA 2E4LA 4OGCA 2WONA 3HM9A 2D0AA 3QLHA 4GMJB 4NYFA 4RG8A 4ZTFA 3SQ4A 4OKKA 4M3RA 3OS2A 4DTXA 3DRSA 1SUQA 3B6OA 3S3MA 1JLQA 4AHRA 4N56A 3KLHA 1RTJA 4TSXA 3AVMA 1S1XA 3LZIA 4CF9A 4KPYA 2GV9A 1W9HA 4CJPA 1XWLA 4M41A 2DY4A 1BQMA 1NK0A 5JS1A 3I0SA 1LWFA 4DWIA 2WOMA 3B6PA 4CJ4A 3ISNC 2HHSA 3QESA 4QAGA 1CZ9A 2BANA 4PWDA 2G8WA 3MEDA 3AVJA 4F2SA 1RDCA 2QKKA 3CQ8A 1LWEA 1NK6A 3SZ2A 4JS4A 3S3OA 4B9VA 2FBXA 1JLAA 3PO4A 1RILA 4KKOA 2XY5A 4J2EA 3I8DA 3OY9A 4O44A 3OYBA 4Y1DA 3LAMA 1XHXA 1RT2A 4ZHRA 5J2QA 3M8SA 1C0UA 5CYQA 5C24A 3DLHA 1C0TA 3F9KA 2FBVA 1LAVA 1XC9A 1RDDA 4DTSA 4DQPA 5J2NA 3KKSA 3QEVA 4DFJA 2YNIA 2OPRA 3VQDA 1EX4A 2HHUA 4FYDA 3QEIA 1MU2A 2VG6A 2YHAA 3CFRA 4ELVA 4I9LA 2E6LA 3H08A 1W0HA 3RR7A 3T3FA 2HVHA 4HUFA 4KI4A 3TAFA 5HBMA 2OPSA 1QSLA 4BE2A 1X1PA 3AO5A 4DTMA 1RT6A 1WSIA 3CG7A 4ZTJA 1NKEA 3SUOA 4W5RA 3NHGA 3LP1A 4FM0A 3VQPA 1RT4A 2O4IA 1NOZA 3L3UA 3CM6A 2HNYA 1RBVA 4KO0A 3ZSVA 4CJVA 1N6QA 3V9UA 3WNHA 3CFPA 1LW2A 1WSJA 3G0ZA 1JLBA 4E1MA 2G8VA 1NJWA 3TAQA 1Q8IA 2E6MA 3LP2A 2VG5A 2JGUA 3LANA 3QNNA 4HVJA 1RDBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A61 A;  4X62 K;  2IAJ A;  2Y1J A;  2BUP A;  1YJW N;  3UKR A;  3L1N A;  3ZCM A;  3OYI A;  5BPN A;  1RBR A;  4KB0 A;  4MDB A;  4LH5 A;  4BR0 A;  5AQO A;  4A59 A;  1T8E A;  1MHZ G;  4JV5 K;  4FWS A;  4KRF A;  4EP4 A;  1S1U A;  4FXD A;  4FLV A;  3AVN A;  3B8A X;  4HWI A;  2YNG A;  5IT9 O;  4FJN A;  5J2M A;  4UQG A;  2OZS A;  4CFD A;  4B3S K;  1BOT O;  3VN5 A;  3OGM B;  2NUB A;  4UY8 O;  4BC2 A;  4KHW A;  4JN4 A;  1C0F A;  2IS3 A;  1KFD A;  5FPN A;  4DSE A;  1YHQ N;  3MX5 A;  3HPG A;  4EIA A;  4IOX A;  3NBP A;  3U3Y A;  2A5X A;  1S1W A;  1VQ7 N;  2QI2 A;  4CED A;  3VQ7 A;  3VEV A;  3IS9 A;  2IVN A;  3A2F A;  3C6N B;  1NJZ A;  4OGE A;  4KB1 A;  5AQK A;  4FJG A;  3CQX A;  1YIT N;  4BR5 A;  4X64 K;  3HTV A;  4CE9 A;  4EP9 A;  5CR4 A;  3OS1 A;  4I2P A;  4CJ7 A;  2CGL A;  5KGX A;  4C8L A;  4JI8 K;  2JWK A;  1BU6 O;  2HHV A;  2YNH A;  3SAG A;  3MMV A;  4M3T A;  4E3S A;  2Q0U A;  3AY9 A;  1NGF A;  2GEL A;  3HPH A;  4J2D A;  4JKH A;  4GW6 A;  1OH5 A;  5HL7 L;  2PFT A;  3CQY A;  3OYC A;  5HLF A;  4CHQ A; 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