4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
3M8RA 1U45A 2G8WA 1SKWA 1RTDA 4CJKA 2B5JA 1EKEA 3KJVA 1JLEA 1L3UA 4OKEA 3L2WA 4RW4A 2X78A 3VQQA 4OKJA 4CK1A 4CJSA 1NK8A 2Y1JA 4MFBA 4CF9A 1RT1A 3DOLA 4BWJA 2IS3A 5KTQA 3OYNA 4E7IA 2E6MA 4ID1A 3NCIA 3M8SA 4N41A 1FXXA 3KLIA 4FJLA 3DLEA 3RTVA 3THVA 1JXEA 4E7JA 3ISNC 1HNVA 4DSEA 3L3VA 3KK1A 3DI6A 4B9LA 4RG8A 4FZXC 3LP2A 1N6QA 1T03A 3NHGA 1G15A 3V4IA 3LDSA 4AHRA 2HHUA 3MEGA 5HRSA 3SQ1A 3TAFA 2HNDA 3OYGA 5KGXA 3OS2A 4CGIA 4Y1CA 1DTQA 4DU4A 1LWEA 1VSDA 4GMJB 1RBUA 5JS1A 1BL3A 3DLHA 2IAJA 4KTQA 4FK0A 3AO3A 4DTRA 2YNGA 1Q9XA 2BE2A 1BQMA 3B6OA 3SNNA 3SQ4A 4CHQA 4MQ3A 4EZ6A 1RT2A 1S6QA 3QESA 3AVKA 1UAXA 4M3UA 3WNFA 4M3WA 3MAQA 4ELTA 2QK9A 3AVNA 1VSJA 1S1TA 3OJSA 1JL1A 4IFVA 4N76A 3DYAA 5J2NA 4RW6A 4QAGA 5JS2A 3U3YA 3HO1A 4QOZB 4QCLA 3O3GA 4DQRA 4FJIA 2ZE2A 2XY7A 4FM2A 2EX3A 4B8AB 4O4GA 1RT4A 3DMJA 3CQ8A 2XRIA 2QXFA 4O55A 3LP3A 2HB5A 3WNEA 3SCXA 4CEZA 4E7HA 1RNHA 2E4LA 3ZT3A 4BE0A 2WOMA 5J2MA 2BGGA 3DLKA 3LPUA 4BE1A 1SKRA 4AHTA 3AVMA 1NK9A 2OPPA 4E3SA 4DWIA 4CEAA 1HNIA 4Z4IA 1VSHA 4LY7A 1RBSA 3ZSQA 3WNGA 4CF8A 3IRXA 3L8BA 3JYTA 1REVA 1Q8IA 1WAJA 3MXIA 3LP0A 3QEPA 3OYAA 4JS4A 1WN7A 1VSEA 3AVBA 4Q5VA 3ULDA 1C1AA 4W5TA 1WNSA 1T7PA 5FROA 5C25A 4E7LA 2HHVA 1QE1A 3SQ2A 4FLXA 4DSKA 2I5JA 5KI6A 3NF9A 1VSMA 2F96A 2G8KA 4KB0A 4YNQA 5J2PA 3OS0A 4TSXA 3SI6A 1FK9A 3OYIA 1CZBA 3SZ2A 2YV0X 2IDOA 5HRRA 1B92A 1Z25A 1HRHA 1JKHA 3HYFA 3MECA 4B9VA 3KLEA 5SWMA 1B9FA 2G8FA 1RTHA 1LAVA 1VRTA 1YVUA 3M8QA 1RDBA 3ZSOA 2G8VA 3I0SA 4CIGA 1EP4A 4J2AA 2HNYA 4CHPA 3P5JA 4G1QA 1XHZA 2X6NA 4M3RA 2ZQBA 3U6FA 2KZMA 4J2DA 4BACA 2OA8A 4FVMA 3LALA 3OYDA 2QKKA 5D3GA 4OJRA 2VG7A 4KHYA 3PO4A 3RR8A 4DLGA 1KFSA 2FBVA 4ZTJA 3QEIA 5C42A 4CFBA 4Z4HA 1LV5A 3HSTB 3JSMA 4M41A 4FZYA 1LWCA 3EZ5A 4AHVA 1UA1A 4FLVA 3NH0A 3NFAA 1JLBA 1LWFA 2PYJA 4DSLA 3HJFA 4KO0A 4B9NA 4FK4A 5HBMA 3S3MA 4CJWA 1T05A 3NBPA 4CEOA 3HK2A 4CEBA 1JLGA 3NF7A 4CJEA 4CHOA 1JXBA 4F2SA 4LSLA 3PO5A 4KAZA 4DTNA 3C6UA 1EX4A 3HL8A 4B9UA 4FM1A 4CESA 3RMDA 2VWJA 4IKFA 3ZSYA 3AVIA 3V6DA 3T3FA 4F3OA 3ZT4A 3D0PA 4CJRA 3HM9A 4FM0A 4J2BA 1RDAA 1TAQA 3CFRA 1C1BA 1IKXA 4Z4CA 3HVRA 4PQUA 4FJKA 4CFAA 3VQDA 1O1WA 4OKKA 3KLHA 4B8CA 2X6SA 4CJQA 1C0TA 4AILC 1HQUA 1YTAA 4IG0A 2YKMA 4LH5A 2PY5A 3ITHA 4C8MA 3IS9A 3I0RA 4FJ5A 1C6VA 3LANA 3VQBA 4CJTA 4FK2A 5K14A 3IG1A 3K58A 5DK5A 3VN5A 3L2VA 2PZSA 1LW0A 4CGHA 1S1UA 4CGFA 1MU2A 4OGCA 3ZSRA 1BHLA 1S1VA 4E89A 4CF2A 1NJYA 1XWLA 3TAGA 2E6LA 3S3NA 4DTUA 3AA2A 5KGWA 4LD0A 4CGGA 4CFDA 1NJZA 4E1MA 3CFOA 1ZBLA 3AVFA 3VQ9A 2YHBA 3QNNA 3VQ5A 1J54A 4R5PA 4FJJA 1IKVA 4BWMA 3TAEA 2Q3SA 5SZTA 4OPKA 5J2QA 4CEDA 3NGIA 3DLRA 4ELUA 3TARA 1SL2A 1KSPA 3DLGA 1VSFA 2KW4A 4GVMA 4DS5A 3LP1A 3OYMA 4CHYA 1CLQA 2HVHA 4O0JA 4DTMA 2XY8A 2FBXA 4JLHA 3H08A 3C6TA 3VA0A 1WSGA 1NOZA 4DTJA 1BISA 2FBTA 1LW2A 3T1AA 1JLCA 1W9HA 4CGJA 4CJ3A 3V1RA 4O0IA 2FC0A 3ZT2A 3V9ZA 1ASUA 2YHAA 3K2PA 3RMAA 3ZT0A 1TKDA 1XI1A 1KRPA 3DRSA 4AHCA 3K5NA 3DLBA 1JLAA 4W5NA 4CE9A 4LH4A 3LWMA 1RCHA 1UWBA 3K5LA 2OYQA 4ID5A 4EZ9A 3V9SA 1U47A 3ZSVA 3TAMA 3TWHA 3HPHA 3OYLA 4WE1A 4DQPA 4I7FA 1X1PA 5I42A 3UIQA 1J9AA 3E01A 2KTQA 1CXQA 1IKYA 4CEQA 4OPJA 4HTUA 2LSNA 3QNOA 1A5VA 1ASWA 1VK0A 5CY4A 3L2RA 1NK7A 2DFEA 4DTOA 4RW8A 4KPYA 5FRMA 4H8KA 3VQ6A 3OYFA 4AH9A 3EY1A 4DQQA 1NKEA 4PA1A 4O5BA 1L3TA 1FKPA 1QTMA 2NUBA 2BANA 3G10A 4DSIA 3K59A 3AV9A 4KHUA 3LWLA 4NCBA 4KHQA 2ETJA 4CECA 4FW2A 3ZSZA 4OLAA 2XY5A 3EYZA 1J5OA 1GOBA 4DSJA 4PWDA 4KV8A 4FJGA 4KHNA 3LZJA 3ZSWA 3TAQA 3SQ0A 3AA3A 4I9QA 2Z1IA 2ITGA 3PX6A 1TKTA 4F8RA 5FRNA 2DFHA 4CJ4A 4E19A 4CIFA 3KIOA 3OYCA 1SV5A 1S9GA 2YNFA 3O4NA 3VQEA 4C8NA 3V81A 3AA4A 1XC9A 4FLUA 1I3AA 1WSJA 3DRPA 4FXDA 4K8XA 5T7BA 1RT7A 3SUPA 4NYNA 5DMRA 4FZZA 1U04A 3NGZA 3NE6A 4B9SA 3QEXA 1ZBFA 2OZMA 1JLFA 2D5RA 1QSYA 4O44A 1RBTA 2OPQA 2G8IA 1TGOA 2VG5A 4DTXA 2GUIA 4W5QA 3NDKA 2IGIA 4KI6A 2B6AA 3MEDA 4IFYA 3WNHA 4CIEA 3SV4A 4B9TA 3PX4A 4FLWA 3HVTA 4HCBA 4DFKA 2IC3A 3KKSA 3RRHA 1L3VA 4F4KA 3V9WA 2WONA 1KCFA 3NF6A 4M45A 3PY8A 1ZBUA 2OPSA 5CYQA 1BCOA 3O3HA 1WSHA 3QEWA 3RWUA 4OVLA 3KD1E 1VSLA 3TABA 3P1GA 4CK2A 1TK0A 4H4MA 4KHWA 1WAFA 1TKZA 1I39A 3VA3A 4N47A 1NKBA 2Z1JA 4HHTA 1FKOA 2X74A 3CM5A 1ZBIA 4K8ZA 2G8HA 1BQNA 1RT5A 3IAYA 3VQAA 3QLHA 3HP6A 3SUQA 3PV8A 1VSIA 4N5SA 3L2QA 3VQ7A 4CJPA 2KFNA 1B9DA 3P83D 4KKOA 4KI4A 5CZ1A 1U4BA 2YKNA 4PY5A 3LAMA 3SPZA 1S1XA 5HRPA 4E7KA 1T8EA 3NAEA 4Z4FA 4FJ7A 1C0UA 1HPZA 4UQGA 2HHSA 1ITGA 2Z1HA 5HP1A 4FJ8A 4ICLA 1R0AA 3K5OA 1D5AA 3SJJA 3FFIA 4ELVA 3QIPA 3RR7A 4L8RB 3F73A 3I8DA 2VWKA 4Z4GA 2P1JA 2GBZA 1L3SA 1D8YA 4CERA 1RDDA 4M3TA 3PX0A 1TL3A 4ZTFA 1BGXT 4I9LA 1RDCA 3QERA 4FLTA 3AO2A 4YFUA 3AO4A 2QKBA 1YT3A 4CGDA 1HYSA 3AVAA 3DM2A 4HUFA 4DU3A 1HYVA 1KVAA 4BDYA 3RMBA 2FBYA 1Q9YA 3CG7A 3C95A 3AVGA 4IDKA 5CZ2A 1NK4A 1S1WA 3OVNA 3V1OA 1TVRA 4FLZA 1NK5A 1JLQA 3AA5X 2HNZA 1YTUA 1TV6A 3VQ8A 2F8SA 1A5WA 1XHXA 4CEEA 1WSIA 4NYFA 4W5OA 4F2RA 1X9MA 4DF4A 4Z4EA 1SL0A 3QO9A 4AHUA 3BGRA 4W5RA 2D0CA 1RILA 3HPGA 5HLFA 4CJLA 4KHSA 3RMCA 3SPYA 4M3XA 4EP4A 4Z0UA 3AO1A 4FJNA 1LAWA 3DRRA 4LSNA 5EU7A 1N5YA 3B6PA 4CHNA 3OJUA 4OLBA 4CJFA 1EXQA 2HHQA 1HJRA 1J53A 2A1SA 4FYDA 2DY4A 3CYMA 3OYBA 1GOCA 3TR8A 3MEEA 2W42A 4FCYA 2D0AA 5HROA 1WSFA 4DF8A 1U49A 1NK0A 4NCGA 4CJVA 2BDPA 5CYMA 1UA0A 5KRTA 4NCAA 1ZYQA 3QIOA 3VQ4A 2ATQA 1GOAA 2Y1IA 3ZT1A 5KRSA 2YNIA 3V9XA 2RF2A 4FJMA 2Z1GA 4DFMA 4ZHRA 4CHZA 4BE2A 2O4IA 4KB1A 2JGUA 4RW7A 1KTQA 1X9SA 4E0DA 4CEFA 4C8OA 1ZBHA 4Q0BA 2HW3A 3VQCA 4H4OA 4KTWA 4CF1A 4EP5A 1S6PA 4CFCA 1C0MA 1C1CA 4HCCA 2RN2A 5FDLA 3L2UA 1BIUA 2HVIA 1SUQA 1RT6A 4GW6A 3O4QA 1QS4A 1QSLA 3HPOA 2HHWA 3S9HA 2IOCA 4OGEA 2OPRA 1HMVA 3AVJA 3CFPA 1UOCA 1WLJA 4I2QA 2B4JA 3AVCA 4M3ZA 1IKWA 4Y1DA 4CK3A 4JRQA 1NJXA 4KREA 3SUNA 4IBNA 3O3FA 1TK8A 3NH1A 3C94A 5J1EA 3SYZA 4B9MA 1JL2A 4KFBA 2EHGA 3HP9A 1NK6A 4JRPA 1KLNA 3NGYA 3QEVA 4CJUA 1F21A 5HRNA 4JS5A 1KLMA 4XIUA 1NOYA 2HHTA 2AJQA 3G0ZA 3LPTA 4RW9A 1VSKA 4HVJA 4FJ9A 1TKXA 4I2PA 3D45A 3F9KA 4DTPA 2ZD1A 1S9EA 2JLEA 2XY6A 2KZZA 1D9DA 4B08A 1RBVA 1RT3A 4KTZA 3ZCMA 3K57A 3OYJA 5C24A 1DTTA 4BDPA 4DS4A 4N56A 4FJHA 2D0BA 3VQPA 3K5MA 3MXMA 3OYEA 1S5JA 2XHBA 2R7YA 1L5UA 3QETA 3KTQA 4KRFA 1Z26A 3LZIA 2DFFA 2A1RA 1TAUA 1BCMA 3KK2A 3TI0A 3BDPA 1HQEA 2RKIA 4HUGA 1SKSA 3ASMA 4CJ5A 1EETA 4DLEA 3NF8A 4J2EA 2RPIA 3V1QA 1IH7A 3OYHA 4CCHA 2KFZA 1TK5A 1CZ9A 4E1NA 2XO7A 4DFJA 4C8LA 4PUOA 1A5XA 3AVHA 4IG3A 3PUFA 2O4GA 3ZSXA 4F3TA 3OY9A 1DLOA 2F8TA 1D9FA 2YNHA 4DQIA 2HHXA 3M8PA 1IO2A 1QSSA 3L3UA 3U3GA 2P5OA 1RTJA 4DQSA 4FLYA 4DU1A 1TL1A 4CF0A 2HMIA 3A2FA 2PYLA 4B3OA 3QINA 1WSEA 3T19A 3DOKA 1BIZA 3NH2A 5I3UA 4FJXA 3SUOA 1ASVA 3AO5A 4HUEA 2P5GA 3HT3A 3OYKA 1RBRA 3MXJA 4FW1A 2DTUA 3KLGA 1KVBA 3CM6A 3TAPA 3KKRA 3TANA 1BI4A 1QHTA 3SV3A 4C8KA 1K6YA 3LAKA 4DMNA 4M3YA 3V9UA 1NJWA 3RRGA 3HXMA 3OS1A 3KLFA 4M42A 1VRUA 2G8UA 1CXUA 1Y97A 2P51A 2KQ2A 3AVLA 4AHSA 5E41A 4BDZA 1QQCA 3S3OA 1RTIA 1HYZA 3ALYA 4DG1A 2OZSA 1BI4B 1KFDA 1NKCA 1IG9A 1U48A 4DSFA 2GV9A 2VG6A 3KD5E 1KVCA 1SL1A 3KK3A 4DTSA 4DFPA 1X9WA 1W0HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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