4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
1NOYA 2F8TA 1RT2A 4CJUA 1FXXA 2RF2A 5E41A 1KLMA 3OYNA 4B9SA 1L3UA 3LZJA 3THVA 1A5XA 2WOMA 1JXEA 4CF2A 5C25A 4LSNA 3SUNA 2EHGA 3C6TA 3KD1E 4RW8A 4QCLA 1N5YA 3CYMA 4CJRA 1TGOA 1BHLA 1WSFA 3QNOA 1VSJA 2ZE2A 3HSTB 1S6PA 3CG7A 4KO0A 3LWMA 1W9HA 2OA8A 4B3OA 2KZMA 1S1XA 4J2DA 2YHAA 3ZSWA 4M3TA 2JGUA 3KLEA 4OGCA 4Z4HA 3K59A 4JRQA 1NKBA 2E6MA 3KIOA 4FXDA 1T05A 1VSHA 4FLYA 2VG7A 3VQCA 4F3OA 1I39A 4XIUA 3RTVA 1NK8A 1N6QA 1NK6A 3MXIA 4O55A 2GUIA 3OY9A 4BDZA 3AA3A 5CY4A 2BE2A 1YT3A 3HO1A 3C94A 2O4GA 1NJYA 3VQ6A 3L2VA 3V9XA 2KZZA 1ZBHA 1TK5A 3BGRA 1TKZA 2RPIA 1XHZA 2R7YA 3ZSXA 4HHTA 2OPSA 4CFCA 3TAGA 3LAKA 4WE1A 1IKXA 3OS2A 1DTQA 1X9MA 5HRSA 2ZQBA 3K5MA 4ZTJA 4DSIA 4JS5A 3OYMA 1WAJA 2PY5A 3HPGA 3DLKA 2XHBA 4CJ5A 4CFAA 4FVMA 4CGGA 4CJPA 3PX0A 3TAFA 1IKYA 1XWLA 5KRTA 1WLJA 3NGYA 3OVNA 4DU1A 4M42A 3IG1A 2HNZA 3H08A 4FYDA 4RG8A 3NE6A 4J2BA 3SI6A 4RW7A 4CGHA 4HUFA 3TWHA 3RR8A 1WSIA 4I9QA 3DYAA 4E7KA 3M8QA 3L8BA 1BI4A 3L3UA 2P5OA 1GOCA 3KLIA 3DLGA 4MFBA 2A1SA 3S9HA 4OGEA 4Z4GA 3WNFA 4OPJA 2IOCA 1RBUA 3DOKA 2O4IA 4W5NA 1X1PA 3NAEA 2RN2A 2A1RA 4KB1A 3SQ2A 1HQUA 2HHWA 4E1NA 1S9EA 3VA3A 1VSMA 3L2QA 4DSJA 3QEVA 2I5JA 2KQ2A 2D0CA 4HTUA 4FJGA 4DTXA 4PUOA 4CK3A 5FROA 3OYAA 1C1CA 1GOBA 1SL0A 4KI4A 2FBVA 4KTQA 4FW2A 4G1QA 5FRNA 1S9GA 2D0BA 3VQEA 1T03A 2FBYA 3AVIA 4B8AB 1UA0A 4ID5A 1F21A 3KD5E 1VRUA 5HBMA 2E4LA 3DOLA 4OKEA 4Z4EA 5KGWA 4DMNA 1IH7A 4EZ9A 4AILC 4I7FA 3VQBA 4CJ3A 1JLAA 1XHXA 3P83D 3ZT2A 1LWEA 1WSJA 4Q5VA 4FJLA 3O4QA 3TAMA 3O4NA 3ZSOA 4E1MA 4CEZA 4DSKA 4R5PA 5KI6A 3K5NA 2IAJA 1DLOA 3TAQA 2YKNA 3AO2A 3AO1A 1WNSA 1JL2A 4CJVA 4O0IA 3OS0A 3ULDA 4HUEA 2KFZA 4ELTA 3JSMA 3SUOA 3AO5A 3TANA 3QETA 4J2EA 2P1JA 3TARA 3AVKA 1D8YA 1DTTA 2QK9A 1TV6A 3QEWA 1QS4A 2ETJA 1J9AA 4FK4A 4OJRA 4AHRA 1EKEA 4FJJA 3VQ7A 3O3FA 4FJ8A 1RBTA 4CJTA 3DRSA 3KLHA 3IRXA 4DTRA 2XO7A 4FM1A 2OZMA 3QEPA 3DLEA 1IG9A 4TSXA 5EU7A 3L3VA 4E19A 4B9UA 1KSPA 4DTOA 4F8RA 3O3HA 3PV8A 2OZSA 1LWFA 5DMRA 3AO4A 2HVHA 1Q9YA 4CERA 3WNGA 3OYCA 4E7HA 1NK4A 4FLVA 1KVAA 3NH0A 1YTAA 1KFDA 4CEEA 1TL1A 4FJ7A 2E6LA 2XY6A 4GMJB 2VWJA 3VQQA 4KAZA 5HRRA 2HHQA 4CHOA 2FBXA 4CIEA 3PX6A 2P51A 4EZ6A 4F2RA 1QQCA 1ZBFA 5FDLA 1LWCA 1JXBA 2B6AA 4EP5A 3HPOA 3SQ1A 1XC9A 3AVMA 3L2WA 4K8ZA 1BL3A 4ID1A 4DQIA 2HHVA 3AVCA 4CHQA 2ATQA 3VQ9A 1ZBLA 3LPTA 4CEBA 1T7PA 3QESA 3RR7A 4NYFA 4CJEA 2G8IA 4IKFA 1JLCA 5C24A 4DWIA 3K5OA 3V9ZA 2Z1IA 3ALYA 4FZYA 4KFBA 5K14A 1IKWA 3V1RA 1NKCA 4M3YA 1BIZA 2DFFA 1RBSA 4AHVA 4Z4FA 1S1WA 2W42A 5HRNA 3TAEA 2YNGA 4M41A 4CK1A 3SPZA 3KK1A 1VSEA 4FJNA 4M3RA 2IGIA 5D3GA 3C6UA 4FK0A 4DLGA 1TKTA 1TKDA 3KTQA 3HP6A 5J1EA 3AA4A 3QO9A 4CGIA 4DS5A 1LAWA 3I8DA 2D0AA 4PY5A 4IFYA 4DS4A 2QXFA 1K6YA 2ZD1A 3LZIA 1RILA 1WSEA 5CYQA 1Z26A 1LW2A 4CHZA 3V6DA 3EYZA 1NK5A 3TR8A 4CJ4A 5CYMA 1KVBA 1HYSA 3OYIA 3NGIA 4DTJA 4OPKA 3HT3A 1JL1A 2X78A 3D45A 3OYGA 4F4KA 4YFUA 3RWUA 5I42A 1ASUA 4CK2A 2GV9A 3RMBA 3VA0A 4H8KA 3AVFA 1U04A 4J2AA 3RMDA 2KW4A 4RW4A 3LWLA 3SPYA 2FC0A 4FW1A 4BWMA 3OYFA 4E7IA 4I2QA 4IG0A 1RT4A 4W5QA 1NK7A 3ZSRA 4L8RB 3DMJA 1C1AA 1TAUA 2LSNA 4CFBA 4M45A 4KRFA 2IS3A 1QE1A 3HXMA 4CEOA 1REVA 4DFPA 5HLFA 4AHTA 4DF4A 3MAQA 1KLNA 1KFSA 1D9DA 3LANA 4C8KA 1VRTA 1J54A 4HUGA 3ASMA 3RRGA 1HJRA 3RRHA 4FLWA 1JLBA 1UAXA 1VSIA 3B6OA 5KGXA 1C0TA 3DM2A 1FKOA 3V81A 4B9MA 3QIPA 1UWBA 5CZ1A 3OYHA 3K2PA 3SUPA 1ZBUA 4CJLA 3L2UA 3AVJA 1NJZA 1NKEA 1SKWA 4KHUA 1VK0A 2BDPA 5JS2A 2PYLA 3NH1A 5JS1A 3T19A 3QNNA 3KK3A 1BIUA 4FLXA 2YNIA 3LALA 4CHNA 4DSFA 4C8LA 5J2PA 4ELVA 3DLRA 4EP4A 3AA5X 3B6PA 4O0JA 1L3TA 4DG1A 4KHYA 1TL3A 4UQGA 1J5OA 5HRPA 2EX3A 3RMAA 1EX4A 1ZYQA 1RT5A 4OKKA 3SCXA 3ISNC 2G8KA 2XRIA 5KTQA 4M3ZA 1JLQA 4CF0A 4N76A 1QHTA 3K5LA 2Z1JA 2VWKA 4FM2A 3IAYA 2ITGA 2VG6A 4BE2A 1VSKA 3HPHA 3G10A 3NH2A 1HYVA 4H4OA 1QTMA 1WSHA 1TKXA 1RCHA 4W5TA 4E7LA 2HMIA 4H4MA 4OVLA 5SZTA 1G15A 1IKVA 5J2NA 1LAVA 1Y97A 4O4GA 3SYZA 4CFDA 4B9TA 3AA2A 4CF1A 1RT1A 4E89A 4BE1A 3L2RA 2X6NA 4CIGA 4CHYA 2JLEA 1S6QA 2XY8A 3VN5A 3OJUA 2OPRA 4CF8A 1TK0A 3LP3A 1D9FA 1BISA 2BGGA 4B9LA 4K8XA 3G0ZA 3ZSZA 5T7BA 3S3MA 4B8CA 3FFIA 4FCYA 2HHXA 4KI6A 4CJSA 3OYLA 4BDPA 4FJ9A 4FLZA 1J53A 2HHUA 4FJIA 1NK9A 2X74A 4N56A 3NF7A 4O44A 3SQ0A 2IDOA 2RKIA 3CM6A 2HW3A 2YNHA 4FLTA 3M8RA 1U45A 1JLEA 4KHQA 3AO3A 2DY4A 1Q8IA 4LY7A 3HVRA 4DTNA 1TK8A 2G8VA 2YHBA 4KTWA 4AHSA 3PUFA 3S3NA 3AV9A 1JKHA 2GBZA 5J2MA 1KCFA 4ZTFA 1YVUA 4PQUA 1HYZA 2VG5A 4FJMA 4CECA 3LAMA 1CXQA 2HB5A 1BI4B 3DI6A 1HQEA 1BCOA 1S1VA 3KK2A 4DFJA 3PO5A 4KTZA 2DFEA 1CZ9A 4NYNA 3AVBA 1ITGA 3NF6A 2QKKA 1HPZA 3ZCMA 3CM5A 3ZT1A 1SV5A 1WAFA 4KHWA 2PYJA 3V9SA 3PX4A 4AH9A 3RMCA 3K57A 3NCIA 4Q0BA 3MECA 1SUQA 1UA1A 3ZSQA 3A2FA 4B08A 1TVRA 1C0MA 3MEGA 4E0DA 4BE0A 1L3SA 4KKOA 4ICLA 3KKSA 3E01A 2D5RA 4C8OA 2HVIA 3LP1A 2YV0X 2AJQA 2B5JA 1RTJA 3U3GA 1LV5A 1RT6A 3S3OA 1A5VA 4CF9A 1RBVA 4LH4A 4HVJA 1RDAA 3ZT0A 1QSYA 4KPYA 4FM0A 5SWMA 1O1WA 2BANA 3V9WA 4YNQA 4M3WA 1Q9XA 3MXMA 4I9LA 1SL2A 1C1BA 1LW0A 4I2PA 3SV3A 3VQAA 2G8FA 4FJHA 3HM9A 2G8WA 3DLBA 3QLHA 2Q3SA 3IS9A 1CZBA 3VQ4A 4DFKA 1U48A 3QIOA 3VQPA 1TAQA 4CCHA 3VQ5A 4F3TA 2PZSA 3PY8A 2WONA 2HHTA 4Y1DA 4OKJA 3EZ5A 3AVNA 2QKBA 4GVMA 4NCBA 1RTHA 1HMVA 3T3FA 2Y1JA 4B9NA 3U6FA 3AVGA 1MU2A 3MXJA 3HL8A 3NF8A 1X9SA 1C0UA 4FZXC 3TABA 3AVAA 1YTUA 3QEIA 3CFPA 2HNYA 1RDBA 3MEEA 1VSLA 1Z25A 4DQPA 4DSLA 1BQMA 1HNIA 4BACA 4RW6A 3AVHA 3NBPA 1CLQA 5FRMA 1C6VA 4LH5A 1VSFA 4N47A 3U3YA 2F8SA 4DU4A 4CGDA 4F2SA 2KFNA 4AHCA 4OLBA 4GW6A 2G8UA 1RNHA 1JLGA 1RT7A 3KJVA 1GOAA 4NCAA 2OPPA 4B9VA 3EY1A 1RT3A 2YNFA 3M8SA 4E7JA 1B92A 1L3VA 3OYJA 3C95A 3HVTA 3ZT4A 1W0HA 3TAPA 1NJXA 3VQDA 4M3UA 4DQQA 1WN7A 2FBTA 4LSLA 5DK5A 3LP0A 3KLGA 3M8PA 4O5BA 2B4JA 3UIQA 3QEXA 2HNDA 3CFOA 2G8HA 4M3XA 4JS4A 4FJKA 1B9DA 2OPQA 3O3GA 2IC3A 4MQ3A 5I3UA 4HCCA 1RDCA 3ITHA 4CGJA 3AVLA 4DFMA 1I3AA 3SJJA 2F96A 1HRHA 4ZHRA 4AHUA 4BDYA 4IDKA 1ASVA 3TI0A 4RW9A 3ZT3A 5KRSA 4FZZA 4Z4IA 2XY7A 1SL1A 4CJFA 1ZBIA 3OJSA 5HP1A 3NDKA 1HNVA 1R0AA 2KTQA 4DLEA 1VSDA 1IO2A 4KB0A 1X9WA 4FK2A 1BCMA 3V4IA 1QSLA 4DTPA 3HYFA 3QINA 4CJQA 1UOCA 3NGZA 3OYEA 4JRPA 1BGXT 4W5RA 1KTQA 4DF8A 1QSSA 4CESA 4C8MA 4IBNA 4KREA 4FJ5A 1U4BA 3CFRA 4DTMA 4CEAA 2DFHA 1SKSA 1T8EA 1EETA 4KHNA 4CE9A 3SV4A 4E3SA 4Z0UA 3F73A 4IFVA 4N5SA 4N41A 3HK2A 2Z1GA 2YKMA 2Z1HA 3QERA 4KV8A 4CIFA 4DQRA 4CEFA 3OYBA 4KHSA 4BWJA 4FLUA 2X6SA 1FKPA 3HP9A 4DSEA 2XY5A 4PWDA 3OYKA 1FK9A 1KVCA 1RTIA 3LPUA 3K58A 1U47A 4C8NA 4QOZB 4JLHA 1RBRA 3WNEA 1SKRA 4QAGA 2DTUA 2NUBA 1RTDA 5C42A 1KRPA 3V9UA 4DU3A 3SQ4A 1NK0A 4CHPA 3HJFA 1S5JA 3V1OA 3DRRA 3SNNA 3NF9A 3MEDA 3CQ8A 2P5GA 3BDPA 3SZ2A 1RDDA 3KKRA 1A5WA 2HHSA 4CGFA 4CEDA 3NFAA 5CZ2A 3T1AA 1D5AA 3OYDA 3SUQA 3OS1A 3ZSVA 1JLFA 1NJWA 1XI1A 4W5OA 2Y1IA 1EXQA 1EP4A 3V1QA 1S1TA 4HCBA 4DTUA 3I0RA 3DLHA 4IG3A 4PA1A 2OYQA 4DTSA 4CJWA 3JYTA 3P5JA 1CXUA 1NOZA 1BQNA 1B9FA 1S1UA 3F9KA 3LP2A 4DQSA 5HROA 3PO4A 4LD0A 5J2QA 1U49A 4NCGA 3WNHA 4CEQA 3D0PA 4OLAA 3DRPA 3ZSYA 1WSGA 3P1GA 1ASWA 4CJKA 3LDSA 4Z4CA 3I0SA 4Y1CA 3NHGA 4FJXA 3KLFA 4ELUA 1L5UA 3VQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WT0 A;  1RT2 A;  2RF2 A;  1KLM A;  4BR2 A;  3HZ6 A;  4B9S A;  4IOA L;  1BOT O;  4CF2 A;  2FYO A;  1VQ7 N;  1GLB G;  3SUN A;  2EHG A;  4IO9 L;  2KZM A;  1HKB A;  1MTY G;  5AQM A;  4B3O A;  2FLO A;  3QB0 A;  1S1X A;  4M3T A;  2JGU A;  4JRQ A;  2IVO A;  4XEI A;  4WQ4 A;  2E1Y A;  4JK9 A;  4FLY A;  2VG7 A;  3VQC A;  3THY A;  4XIU A;  4X66 K;  1JW2 A;  4NLC A;  1YXQ A;  4IOC L;  3OY9 A;  2VYP A;  3HOS A;  5AQV A;  3L2V A;  5CHI A;  2JHC A;  1NGI A;  3BGR A;  2RPI A;  2H4T A;  2R7Y A;  4EHU A;  4WQ5 C;  2YHY A;  5TKY A;  1GLL O;  5LJV A;  5CE3 A;  3LAK A;  4Y0W A;  1XMF E;  2GUP A;  3AAR A;  1DTQ A;  5HRS A;  2ZQB A;  4JS5 A;  1OKJ A;  3WQT A;  1WAJ A;  3HPG A;  5AQL A;  4CVN E;  2O8F B;  4JKB A;  4CJP A;  4BC3 A;  1IKY A;  3LL3 A;  2NZT A;  1GLC G;  4JN4 A;  3TWH A;  3SI6 A;  1RDW X;  4HUF A;  3M8Q A;  1FZ1 E;  2WUS A;  1P8Z A;  1EWQ A;  2P5O A;  2WFB A;  3KLI A;  4MFB A;  2IOC A;  2QWR A;  2O4I A;  3NAE A;  4E1N A;  2OVQ B;  3ZLJ A;  2I5J A;  2KQ2 A;  3L4Q A;  2D0C A;  3NMU A;  2VJ5 A;  4FJG A; 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