4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
4B8CA 3T1AA 3B6OA 1TKXA 1HMVA 4AHVA 4HUEA 1RCHA 3ZCMA 3OYLA 3NH0A 3ZSXA 1RT2A 2DFEA 1QE1A 4O4GA 5CY4A 1N6QA 3NDKA 1SL1A 4YFUA 1RTIA 1BQMA 5HRSA 4DLEA 1BGXT 1KRPA 1ZBFA 4DQPA 2OYQA 1LW2A 3OY9A 4AHCA 4E7LA 4DFPA 4Z4EA 4KHNA 3WNFA 3I8DA 4EP5A 4CGIA 1LWCA 3F9KA 1U47A 2F96A 1C0MA 3HP9A 4C8MA 4OKEA 4C8KA 4DU1A 2HVHA 4IG3A 4DF8A 3C95A 3PV8A 3LDSA 4ELUA 3SI6A 1TK0A 4CEQA 1RT1A 4PQUA 3SQ0A 3AVAA 4LH5A 3QETA 4N56A 4FJKA 3G10A 1QSLA 1LV5A 1F21A 2D0CA 4DTSA 4BE0A 3HPHA 2HW3A 1IH7A 1LWFA 1WAJA 1T8EA 2HVIA 2OZMA 3M8QA 5KTQA 4B9UA 1O1WA 3CFRA 1TVRA 2IGIA 4OJRA 3WNHA 1TAUA 4M3WA 3AO3A 4JS4A 1JLGA 1SV5A 1WN7A 3LAKA 2FBVA 3AA4A 3L3UA 3ZT3A 3D0PA 4DFMA 4CESA 1FXXA 1S1WA 4I7FA 1JLFA 1S1VA 1S1XA 4FLYA 1UOCA 1B9DA 1YTUA 2XY5A 3M8SA 2R7YA 3C6TA 1C0TA 3RMDA 1W0HA 4Z4CA 1NK4A 4J2EA 2G8UA 1WSIA 4DG1A 4K8XA 4IBNA 1DLOA 3RTVA 3SV3A 3LWLA 5KGXA 2PYJA 3P5JA 3OVNA 4CF9A 3A2FA 1Q8IA 4W5TA 4LD0A 2Z1HA 3MXIA 3KKSA 4QCLA 4DTNA 1RBSA 4M3TA 4FYDA 4OKKA 1Z26A 3THVA 4RG8A 2XY7A 4FJXA 1TV6A 4OPJA 3E01A 1JLAA 2X78A 1BIZA 3OYKA 4E7JA 3ITHA 2W42A 4BDZA 4ZTFA 1NKCA 3VQ6A 1RTDA 3DLBA 3MXJA 2B6AA 4AHRA 3U3GA 2HNYA 4DTXA 3KLFA 1QTMA 1DTQA 4CHQA 2OPSA 3KLGA 4J2BA 3BDPA 4CK1A 4ELTA 3OYIA 3L2VA 1YVUA 4FJ7A 4CF1A 4CEZA 5KRTA 3B6PA 1BI4B 4QAGA 4CGHA 2VG5A 3FFIA 3VA0A 3SJJA 4Z4IA 4DSLA 1QQCA 1BISA 5T7BA 3KIOA 3LP2A 1CXQA 3ZT4A 1SUQA 1TL1A 2YNHA 3NF9A 3NF6A 2Y1JA 3HL8A 4FK4A 4EP4A 4EZ9A 4FJLA 4CE9A 3QEXA 3QIPA 3ZSRA 4FJIA 4CJ5A 3NGIA 3TARA 2YNGA 4E19A 4KRFA 4N41A 4CK2A 2BANA 4HCCA 2G8IA 1QSYA 3QIOA 3QEWA 2KFNA 1L3TA 4I2PA 5J2NA 1KLNA 4FJJA 4E7IA 3NGZA 3RMCA 5D3GA 3HK2A 3LPTA 1KLMA 4OLBA 2YHAA 3OYCA 3K5OA 5HROA 3U3YA 4FK2A 2RN2A 1J5OA 1YT3A 1WSHA 1R0AA 3HVTA 3SUPA 4FLUA 2X74A 4CJWA 1W9HA 1NJZA 1J54A 4OLAA 3DLHA 2IOCA 4KTZA 3PO5A 3QESA 1C1BA 2QXFA 4RW9A 5J2QA 3TAQA 1VK0A 3S3MA 2KTQA 4RW6A 3V9ZA 2RPIA 3EYZA 4M3XA 3CQ8A 3HO1A 1IKYA 4DSFA 4N5SA 1NJXA 3S9HA 1B92A 4F2SA 4FJGA 1L3SA 4CIGA 1N5YA 4DS4A 2HHQA 4H4OA 3V9WA 1BCOA 1S9GA 3MECA 2P5GA 4CHNA 4R5PA 2I5JA 4CJLA 1CXUA 1VSHA 3OYDA 3ZT1A 3TANA 4B9VA 5FRMA 4CJQA 4GW6A 1VRUA 3L2RA 1BI4A 5KGWA 4CJPA 4CJ4A 3SQ1A 3HVRA 3K5NA 4CFCA 5EU7A 4DSJA 1GOBA 2FBXA 1KTQA 3ALYA 3DLEA 1WSJA 3NF8A 4B9SA 3RMAA 3VQEA 5J1EA 4CJFA 3K2PA 4M3ZA 1RBTA 3K58A 2Z1IA 4C8LA 3IRXA 1NK5A 4PWDA 4M41A 4HCBA 4KFBA 3ZSQA 1TGOA 1LAVA 3V81A 4MQ3A 1ITGA 2EX3A 3AVKA 3VQCA 3AA3A 5HRNA 4H8KA 1LWEA 4BWMA 4CF0A 1RDAA 5KI6A 1EETA 1WSGA 3RR8A 4HUGA 4Z4HA 3AVBA 3P83D 4O0IA 2P5OA 1K6YA 4FW1A 1ASWA 3H08A 4XIUA 3L2UA 4IFYA 3EY1A 4DTPA 4RW7A 3G0ZA 3TAPA 4AHUA 2Y1IA 2KZZA 4W5NA 1Q9XA 3OYHA 4FLZA 2PYLA 4FJMA 1FKOA 4FM1A 4BDPA 4KHYA 1Y97A 4B9LA 3O4QA 3V6DA 4KB0A 4N76A 3OYAA 3QO9A 3IS9A 1JXBA 1NK9A 4CJEA 4FM2A 1A5VA 1CZBA 1KCFA 4BWJA 2EHGA 3KLIA 3HM9A 1ZYQA 2Q3SA 3KK2A 3ZSVA 4IKFA 4O55A 4KHWA 4DFJA 2XRIA 2F8SA 3DRSA 4CIFA 4DTMA 2LSNA 3PUFA 1UA1A 4ELVA 1S6PA 4OKJA 4E1MA 2IDOA 3SQ4A 4F3OA 5SZTA 4JLHA 4AILC 1RBVA 3NF7A 4B9MA 1QHTA 3DLKA 3O4NA 1NK6A 1RDCA 1JL1A 3L2QA 1IO2A 1JLCA 2HNDA 4FZZA 4DTJA 1J9AA 1I3AA 3K5MA 5J2PA 3AA2A 4KTWA 3RR7A 4IG0A 1ZBHA 4HVJA 3QEPA 3DMJA 2G8HA 5SWMA 2E6MA 1EKEA 1HYVA 4DU3A 4RW4A 1TL3A 4E3SA 4MFBA 3TABA 1RT6A 4CFAA 3S3OA 3RWUA 3KTQA 1WSFA 3V4IA 3M8PA 5E41A 3QNNA 3OYNA 2B4JA 1TKZA 1D8YA 1D9DA 4NCAA 4KREA 4HHTA 1T03A 3I0RA 4KHQA 2XY8A 1B9FA 1RBRA 3PX6A 1SKSA 4E1NA 1FKPA 1SKWA 1EP4A 2OPQA 3HXMA 1RT3A 3AVHA 3OJSA 1Z25A 5C24A 4H4MA 4PA1A 3M8RA 4FZXC 4QOZB 4F3TA 1S5JA 3VQ5A 1RILA 1BIUA 4KKOA 3T19A 3CFOA 4FLTA 1RT7A 3LAMA 3TAMA 3LWMA 4HTUA 4CEEA 1X9WA 1QSSA 4CEAA 1ZBUA 4AHTA 5CYMA 3CM5A 1KFDA 4PY5A 2YKNA 2ZD1A 5JS1A 1BHLA 1RT5A 4FJHA 4JRQA 3SYZA 1L5UA 1NK7A 2P51A 3OS0A 2IAJA 3L8BA 4KO0A 3HSTB 5HRPA 4GMJB 3ZT2A 2A1SA 3ZSWA 3HT3A 4CIEA 3CYMA 2YKMA 4GVMA 4KI6A 3VQBA 4DTOA 4DQQA 4FJ9A 2FBYA 4L8RB 1X9SA 1NK0A 1D9FA 3RRHA 4LSLA 4OGCA 1JKHA 1X9MA 4DMNA 3CFPA 3NCIA 4DFKA 3NH1A 4UQGA 4DWIA 3SQ2A 4DU4A 1VSEA 3SZ2A 4I2QA 4M45A 3K5LA 3ZSZA 4CF2A 2VG7A 3VA3A 2KW4A 3VQPA 4M3UA 5JS2A 2QKKA 1EX4A 3AVFA 4E7KA 2Z1JA 1UAXA 3TWHA 2DTUA 4NYNA 5I3UA 3OYBA 3DOLA 3RRGA 2YV0X 4EZ6A 3KD5E 3TAFA 4CHYA 1TKDA 2G8KA 3DI6A 4W5OA 3AVCA 4AH9A 3O3HA 3AA5X 4E89A 3O3FA 3ASMA 5CZ1A 4DQRA 4DQSA 1XHZA 1NJYA 4BACA 3BGRA 2IS3A 1TK8A 4YNQA 1Q9YA 1HYZA 3OS2A 5C25A 2AJQA 2E4LA 1IKWA 2OPPA 4CEFA 1NJWA 2HHVA 5HRRA 5FDLA 2XHBA 1BL3A 1HJRA 2OPRA 3HP6A 4CHPA 3V9XA 1JLQA 4DSKA 2HHUA 3VQ9A 4KHUA 1QS4A 3AVNA 4OPKA 3NE6A 2JGUA 3AVIA 3DRPA 3VQQA 2HHSA 1RNHA 4CF8A 4BDYA 3HPOA 3VN5A 4Z4GA 4KB1A 2HHTA 3AO5A 2VWKA 4FJNA 4FK0A 1U04A 4W5RA 2G8VA 1MU2A 1WNSA 2YNIA 4F4KA 4KHSA 4PUOA 3RMBA 4CJKA 2HHXA 2G8WA 1XI1A 5C42A 2IC3A 4ID1A 4DTRA 4ICLA 4RW8A 3KLEA 1I39A 4M3YA 4CGFA 1RDBA 2RKIA 3NFAA 1NKEA 3LPUA 3LALA 2F8TA 2DFFA 3KJVA 4JRPA 1HNVA 3OYJA 4FLVA 1ZBIA 1VSLA 1S1TA 2QK9A 3ZSYA 2KFZA 3VQ4A 1CLQA 1EXQA 3MEGA 4O0JA 2YHBA 4IFVA 4Z0UA 1YTAA 3AVMA 1ASVA 1GOAA 4BE1A 3PX0A 4B9NA 1TKTA 3ZSOA 2DY4A 3D45A 4FZYA 1S1UA 4CJVA 3OS1A 2D0AA 3AV9A 2O4GA 2Z1GA 4K8ZA 1RDDA 1S9EA 3WNGA 4B08A 3LP1A 5J2MA 1UA0A 4C8OA 3SNNA 3P1GA 3HYFA 3TAGA 1RBUA 1S6QA 3AO4A 1VSJA 4JS5A 4LSNA 4LH4A 4CERA 1IKVA 4M3RA 3SPZA 3AVGA 2XY6A 3VQ7A 4FXDA 1TK5A 3PO4A 1C6VA 3LP3A 3V1RA 1T05A 1D5AA 4KPYA 3LZJA 1C1CA 5KRSA 5FROA 4N47A 4TSXA 2XO7A 5CZ2A 4J2DA 4NCGA 1A5WA 3C94A 5DMRA 2WONA 4ID5A 3VQDA 3ULDA 1KVCA 4CK3A 5I42A 4CCHA 4FM0A 3ZT0A 3DYAA 3CG7A 1GOCA 3HPGA 4LY7A 1BQNA 1WAFA 3OYEA 2PZSA 4OGEA 2BGGA 4CJ3A 3NH2A 4B8AB 3VQ8A 3IAYA 2RF2A 3VQAA 4CHZA 4CJSA 2D0BA 3TR8A 3I0SA 3NAEA 1UWBA 3AO2A 1HQUA 4CEDA 1HPZA 2X6NA 4E7HA 1XHXA 4DF4A 1CZ9A 1RT4A 4CEBA 4CJTA 3PX4A 3DLGA 3AO1A 3SPYA 2HMIA 2QKBA 4DQIA 1VSMA 4KTQA 2O4IA 1DTTA 1RTHA 1KVBA 3OYFA 2YNFA 1SKRA 3QINA 4HUFA 2A1RA 4ZHRA 1ASUA 1HRHA 1VSKA 2JLEA 4G1QA 3U6FA 4FLWA 4DSEA 1ZBLA 3PY8A 1JLBA 1WLJA 4CJUA 2GBZA 4B3OA 1T7PA 2ZQBA 3SV4A 1VSFA 1KVAA 1VRTA 4CGGA 1VSDA 1JXEA 4CFBA 1U49A 2DFHA 3S3NA 1U45A 3T3FA 3TAEA 3SCXA 3MXMA 3KKRA 1U48A 3SUNA 3TI0A 3WNEA 2G8FA 1HQEA 4Z4FA 1RTJA 3MAQA 3V9UA 1KSPA 4M42A 1C0UA 1KFSA 4NCBA 3IG1A 3KD1E 1G15A 3EZ5A 4O44A 4ZTJA 4Q0BA 2ATQA 3QERA 2E6LA 1IG9A 4KV8A 4DS5A 5HLFA 3K59A 4FVMA 2GUIA 3F73A 3QEVA 3AVJA 3MEDA 4WE1A 3UIQA 3QLHA 3ISNC 3V9SA 3OJUA 4CECA 1U4BA 3JSMA 1NOZA 4Q5VA 2WOMA 3LANA 4FW2A 2OA8A 4CEOA 3HJFA 4C8NA 1WSEA 3NHGA 1NOYA 3DRRA 4F8RA 1FK9A 3KLHA 3AVLA 3C6UA 2VG6A 1L3VA 2OZSA 3LZIA 4I9LA 3DOKA 1BCMA 3NBPA 4BE2A 1NK8A 4FLXA 1VSIA 4DTUA 1IKXA 2BDPA 3QEIA 2GV9A 2NUBA 3K57A 4KAZA 1LAWA 1JLEA 1J53A 4FJ5A 2X6SA 3V1QA 4Y1CA 4KI4A 3V1OA 4AHSA 3O3GA 4CJRA 3OYGA 4O5BA 4I9QA 3JYTA 3SUQA 3KK3A 5FRNA 1NKBA 1TAQA 2KZMA 4CFDA 2D5RA 2P1JA 1XWLA 2HB5A 3CM6A 5HBMA 4W5QA 1SL2A 1LW0A 3NGYA 2PY5A 1C1AA 2BE2A 4IDKA 5DK5A 1X1PA 1HYSA 4CGDA 2ZE2A 1REVA 1JL2A 4NYFA 4OVLA 1A5XA 5K14A 5CYQA 4CGJA 3L2WA 4CHOA 2VWJA 1XC9A 4J2AA 3QNOA 2HNZA 1HNIA 3L3VA 1SL0A 3LP0A 2B5JA 2FBTA 4FCYA 5HP1A 3DM2A 4E0DA 4DSIA 2ITGA 2FC0A 4Y1DA 4F2RA 2ETJA 2HHWA 3DLRA 4B9TA 3MEEA 3SUOA 3KK1A 1L3UA 3OYMA 2KQ2A 4FJ8A 4DLGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4BE2 A;  1NK8 A;  4FLX A;  1VSI A;  4DTU A;  1IKX A;  2BDP A;  3QEI A;  2GV9 A;  2NUB A;  3K57 A;  4KAZ A;  1LAW A;  1JLE A;  1J53 A;  4FJ5 A;  2X6S A;  3V1Q A;  4Y1C A;  4KI4 A;  3V1O A;  4AHS A;  3O3G A;  4CJR A;  3OYG A;  4O5B A;  4I9Q A;  3JYT A;  3SUQ A;  3KK3 A;  5FRN A;  1NKB A;  1TAQ A;  2KZM A;  4CFD A;  2D5R A;  2P1J A;  1XWL A;  2HB5 A;  3CM6 A;  5HBM A;  4W5Q A;  1SL2 A;  1LW0 A;  3NGY A;  2PY5 A;  1C1A A;  2BE2 A;  4IDK A;  5DK5 A;  1X1P A;  1HYS A;  4CGD A;  2ZE2 A;  1REV A;  1JL2 A;  4NYF A;  4OVL A;  1A5X A;  5K14 A;  5CYQ A;  4CGJ A;  3L2W A;  4CHO A;  2VWJ A;  1XC9 A;  4J2A A;  3QNO A;  2HNZ A;  1HNI A;  3L3V A;  1SL0 A;  3LP0 A;  2B5J A;  2FBT A;  4FCY A;  5HP1 A;  3DM2 A;  4E0D A;  4DSI A;  2ITG A;  2FC0 A;  4Y1D A;  4F2R A;  2ETJ A;  2HHW A;  3DLR A;  4B9T A;  3MEE A;  3SUO A;  3KK1 A;  1L3U A;  3OYM A;  2KQ2 A;  4FJ8 A;  4DLG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B8C A;  4JD2 B;  4DR2 K;  2PFT A;  1ZXO A;  3ZSX A;  4O4G A;  5CY4 A;  2P9S B;  1SL1 A;  1RTI A;  1ZBF A;  1JCE A;  2OYQ A;  2OTJ N;  3HI0 A;  3WT0 A;  3OY9 A;  4DFP A;  3R1X A;  4K41 A;  4KHN A;  4F9O A;  4FPA A;  4CGI A;  4C8K A;  3PIO L;  2P9L B;  3N1B A;  4CVN E;  3A8Y A;  2NRV A;  4JV5 K;  1TK0 A;  1VAZ A;  1QQM A;  1QVG M;  1EWQ A;  3CMA N;  3BY5 A;  1HKC A;  1T8E A;  4I6J B;  2MMB A;  4ADN A;  1YI2 N;  3ID8 A;  5AR0 A;  1TVR A;  3TTF A;  2IGI A;  1TAU A;  3WNH A;  3CJ1 A;  4M3W A;  3AO3 A;  1SV5 A;  3LAK A;  5GAG P;  3L3U A;  3AA4 A;  1BA1 A;  1FXX A;  1S1X A;  2DPN A;  1UOC A;  2XY5 A;  1C0T A;  3MN5 A;  3SLC A;  1W0H A;  3KWG A;  1NK4 A;  4JKD A;  4K8X A;  4IBN A;  5M1F A;  5AQM A;  3RTV A;  3W0L A;  5KGX A;  3LWL A;  3BEX A;  3DWL A;  3HM8 A;  4W5T A;  4JKG B;  3MXI A;  3P31 A;  1YJN N;  3M1F A;  3ID6 A;  4OKK A;  3A0I X;  2XY7 A;  1W97 L;  3KK7 A;  2QWP A;  2W42 A;  4BDZ A;  4AKH A;  3NVM A;  2HD0 A;  3CIP A;  3CCQ N;  3KLF A;  1QTM A;  4J2B A;  3BDP A;  3PSF A;  3OHR A;  4CF1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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