4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
3ZSZA 1WSEA 4I9LA 4DFKA 4JLHA 4F2SA 4M3ZA 1QQCA 1IKVA 2IC3A 4J2AA 4DSFA 1TAQA 1KRPA 1JLEA 2KFNA 1BCMA 2DFEA 4Y1CA 4TSXA 4B08A 1RDDA 3NH1A 3TARA 1SUQA 2OPPA 4CEEA 1RT6A 4O0JA 3VN5A 4FXDA 3SV4A 4J2DA 2YNIA 3ITHA 2ZQBA 3MXJA 2VG5A 1L5UA 3KLEA 4NCGA 3T19A 3ZSWA 3VQCA 4J2EA 3S9HA 1D9DA 4B9SA 2OZSA 3MAQA 3AVFA 3DMJA 3QINA 4CFDA 1UA0A 4J2BA 1B9FA 1LV5A 4F8RA 1HNIA 3QIPA 3KD5E 1NKBA 2E4LA 2F8TA 2HB5A 2WOMA 2A1SA 3ZSOA 1HPZA 4IBNA 1LAVA 3NGZA 4CJPA 1U49A 4DMNA 4OLBA 3IS9A 1KFSA 3IRXA 1WAFA 4I9QA 3P5JA 2VG6A 3NFAA 1WNSA 1RT3A 4CK3A 3LZJA 3M8QA 4EP5A 4PUOA 1S5JA 3AA4A 2JLEA 4O5BA 4O44A 3WNGA 3OYMA 3O4QA 3RR7A 2VWKA 1NKEA 2B5JA 2HNZA 4QAGA 3HP9A 1VK0A 4CEAA 3AVKA 3ZCMA 4BE1A 4CK2A 1TK5A 4FK4A 3ULDA 1JXBA 3SYZA 3DLBA 2P5OA 1S6PA 4DTJA 2RF2A 1RTJA 1ZBFA 3V9ZA 1LW0A 3VQ5A 1QSYA 4LH4A 3BGRA 4FLUA 3PV8A 5KTQA 4Z4FA 4OVLA 3DRSA 4CEFA 4CHYA 3MEDA 3ZT3A 3OYBA 4F3OA 1TAUA 1A5VA 1T7PA 4F3TA 3SZ2A 3HVTA 3QEIA 4BE2A 2XY6A 4PQUA 4FK2A 1BQMA 2Z1JA 2O4GA 3G10A 4WE1A 4AHSA 3SQ4A 1BISA 4AHVA 3AO5A 3IG1A 4LD0A 3LZIA 4DSIA 4M3RA 3SQ0A 4E7JA 1I39A 3OJUA 3RTVA 3SUQA 3HM9A 4E7LA 1UAXA 1FKPA 4KREA 3OJSA 3TWHA 3KLIA 3M8PA 1JKHA 3L2UA 4CESA 4FJKA 4F2RA 4N47A 4FM0A 1HMVA 1IH7A 3VA3A 1S1TA 4B9TA 4KO0A 1LWEA 4I2PA 3K5NA 4FLYA 3ZSRA 4OJRA 4DWIA 1KVBA 1S6QA 1UOCA 4CGJA 3DLKA 1EX4A 1HNVA 4CHZA 3OYAA 4PA1A 1WSJA 4BWJA 4Q5VA 4N5SA 4LSLA 5HRRA 3RR8A 3LANA 4EZ6A 3CFRA 4KHQA 3OYGA 4DLEA 3JYTA 3MEGA 4H8KA 5FRNA 1WN7A 1LWFA 1RNHA 1L3SA 4KAZA 5KRSA 1SKRA 2X74A 3IAYA 1RT4A 1VSKA 3PX0A 3QO9A 1TL1A 2D0AA 3KKRA 3LP3A 3O3FA 4KHWA 1C6VA 1ITGA 4Z0UA 3ZSXA 4JS5A 1BGXT 5HRSA 4DFMA 4CF8A 3MECA 1BCOA 1Q9YA 2G8FA 4FM2A 3AVHA 4Z4HA 4M45A 3HYFA 4CF9A 2XY5A 1TK0A 3AO1A 4UQGA 1VSMA 4LY7A 4RW7A 3TAEA 1GOCA 2VG7A 4FJJA 3BDPA 1MU2A 3T1AA 4FJXA 4E1NA 1S1WA 4CJQA 3M8SA 4DS4A 1KCFA 3MEEA 1KLNA 4FW2A 4FZYA 3ZSQA 4W5TA 2DY4A 2XRIA 2YNGA 2KZZA 1RT5A 5FROA 1TVRA 5HBMA 4B9NA 3NHGA 3RRGA 4IFYA 1N6QA 2PZSA 4DTXA 3OY9A 4OGCA 3SCXA 1QS4A 3QESA 2DFHA 1RTDA 4KTQA 1ZBHA 3OVNA 4CGDA 1KTQA 1A5XA 1QSSA 4CJ3A 1NK9A 3DOKA 1C0TA 3QNNA 2KW4A 1ZBLA 1RT7A 1R0AA 3LP1A 2HHWA 2E6LA 5CZ2A 4CF0A 3PY8A 3K5LA 1S1VA 3OYKA 3L2WA 1IKWA 4ZTJA 2ITGA 2VWJA 4FZZA 4W5NA 3ZT2A 1S9GA 1T05A 2PYLA 3FFIA 3NCIA 1A5WA 4W5RA 4FCYA 3KLGA 1TK8A 3VQ8A 1JL1A 1TKZA 3C95A 4CHPA 3HP6A 4DF8A 4FJ7A 4CHNA 1SL0A 4B9MA 2KZMA 4M3WA 1QE1A 3KK1A 4ELUA 3V1OA 3KK2A 5HLFA 1W0HA 3CFOA 1CLQA 3LPTA 5CY4A 1ZYQA 1VSLA 2IDOA 3ZT4A 5JS1A 1RCHA 2IAJA 4OKKA 4RG8A 2HHTA 2Z1GA 3DRRA 1YTAA 4C8MA 1SKSA 5EU7A 3QEWA 4CFCA 4AHUA 2HHVA 3P1GA 4OKEA 1FK9A 4CFBA 2EHGA 5J1EA 1L3VA 4MQ3A 3U6FA 1IO2A 1HYVA 1X9WA 3QLHA 3WNEA 1NK5A 4F4KA 4DQRA 3HPHA 1JLBA 4PY5A 3RMCA 1FXXA 1VRUA 2JGUA 1QTMA 1S1UA 3VQ4A 4CJFA 3UIQA 1RILA 4FLVA 3SV3A 1CXUA 4Z4IA 3HXMA 1NKCA 4CJKA 5KRTA 1CXQA 4BACA 3G0ZA 1BIZA 3NAEA 3NBPA 4OLAA 1JLQA 3HL8A 5DMRA 5J2QA 3NGYA 1J54A 3O4NA 4M3UA 4HCCA 3VQQA 2PYJA 4JRQA 4HCBA 2XY8A 2HMIA 2P51A 1DLOA 3NE6A 3KIOA 4ID1A 4RW4A 5HRPA 4CEQA 2I5JA 4CIGA 4CGFA 3AA2A 3WNHA 2HNYA 5CYMA 5DK5A 3L8BA 4FK0A 2X6SA 1T8EA 2RKIA 2F8SA 2GUIA 2IS3A 3CFPA 3LAMA 2ETJA 3SUPA 1YVUA 2FC0A 3NF8A 3VA0A 2IOCA 3LWMA 4IDKA 4Z4EA 3LPUA 5C25A 4FLWA 1HRHA 2YHAA 3EZ5A 3VQBA 1JLFA 3AVNA 4M3XA 2DFFA 2OPQA 4NCBA 4CJVA 1EKEA 1C1CA 5C42A 1UA1A 4Q0BA 1VSIA 4GW6A 4FW1A 1JLAA 3SPYA 3I0SA 5KI6A 4W5QA 4O55A 3OYHA 4DLGA 3PX6A 1NK8A 4KPYA 1XWLA 1N5YA 3AVIA 2B6AA 2RN2A 2D5RA 4DU1A 4FJ9A 4I2QA 2XHBA 4HHTA 4DSJA 1BQNA 1ZBIA 1ASWA 3OYLA 3SUOA 4FJ8A 3AA3A 4CF2A 2NUBA 1LWCA 3SQ1A 4GMJB 2D0BA 4CHQA 5SZTA 5KGXA 4FLXA 4XIUA 3K5MA 3SI6A 5K14A 1BL3A 4M42A 4L8RB 3PO5A 1RBVA 3F9KA 3NF7A 1S1XA 3VQPA 3QNOA 3QIOA 4HUGA 2BANA 3K59A 4DTOA 1WAJA 4DU4A 3SPZA 4KHSA 1KVCA 1L3UA 3LAKA 4FJGA 3NH0A 2Q3SA 2ZD1A 4FLZA 4NYFA 4ELTA 1HQUA 4CJTA 4DSEA 1TL3A 1NK7A 4R5PA 1TV6A 3V1RA 4CEBA 5JS2A 1XHXA 1BI4B 1RDCA 2X78A 1IKXA 3TAGA 3ALYA 2PY5A 4FJLA 4JRPA 3QERA 2XY7A 3QEPA 2YNFA 3VQEA 2P1JA 2G8UA 2XO7A 3LP0A 3AO2A 4DSKA 4FZXC 1HJRA 3V1QA 3OYDA 3MXMA 3KLHA 3S3NA 4B8AB 2HNDA 3M8RA 3V9XA 1Z26A 4LSNA 3RMBA 3KTQA 3HO1A 1G15A 5T7BA 4AH9A 3EYZA 2ZE2A 1WSHA 2X6NA 1C0UA 3K57A 1KFDA 3TAFA 5HRNA 5J2MA 4CCHA 5CZ1A 2HW3A 4E3SA 4CJLA 4DS5A 4JS4A 1X1PA 4DTMA 3TR8A 5I42A 3L2RA 3E01A 1WSGA 3ZT1A 5E41A 4OKJA 3THVA 3LDSA 3QEXA 1WSFA 1J5OA 4QCLA 3WNFA 1RT2A 1YTUA 4PWDA 3A2FA 4CJ5A 1CZ9A 3OS1A 2G8VA 4DSLA 3HSTB 4CIEA 2BGGA 4DU3A 1C0MA 1SKWA 3KD1E 1RTIA 4OPJA 2B4JA 4E19A 1NJZA 4N41A 1VSJA 5J2PA 4NCAA 3OYFA 3DLGA 3OYIA 2DTUA 1X9SA 2YKMA 1B9DA 1RBUA 4LH5A 2KTQA 3D0PA 1D9FA 1U04A 2QKBA 3ZSYA 2OYQA 4IG3A 2F96A 3OS0A 1ASUA 3RMDA 4FVMA 4DFJA 3S3MA 1RBTA 1JXEA 1JL2A 3B6PA 1NJYA 1X9MA 3RWUA 1RDAA 2YKNA 4FJMA 1Z25A 2Z1HA 5KGWA 4CK1A 2HVIA 1BIUA 3AA5X 3AO4A 3TABA 5SWMA 3OYEA 3OYCA 4B9VA 1QHTA 3HJFA 1TKDA 1L3TA 3DLEA 1T03A 4Z4GA 1NOYA 1F21A 3AVBA 4AHTA 4CJ4A 3I8DA 1S9EA 3HPOA 4YFUA 3VQAA 3ISNC 4FJIA 1EETA 3PO4A 4DQSA 4CJUA 2FBXA 1Q8IA 3CYMA 1IKYA 1U45A 4C8OA 1XC9A 5J2NA 1RTHA 1Q9XA 2LSNA 2R7YA 3SNNA 3QETA 2GV9A 1NK4A 3LALA 1WLJA 1SL2A 4CE9A 3DLHA 4N76A 4KKOA 4KHNA 1IG9A 1W9HA 1WSIA 1HYZA 4KHUA 2G8HA 4CEZA 1KLMA 3U3YA 4ELVA 4BDPA 2AJQA 4C8KA 3C6UA 4OGEA 2G8IA 1BHLA 1REVA 4H4OA 4HUEA 5HP1A 1Y97A 4B9UA 3OYNA 1VSEA 4BE0A 3V9UA 2QXFA 3AVCA 2W42A 4CERA 4DQPA 1YT3A 4Y1DA 4E89A 1HQEA 4ICLA 4CGHA 1D5AA 4HVJA 1LW2A 2BE2A 4KFBA 3SJJA 4KI6A 1JLCA 3DM2A 3O3GA 2Z1IA 3DYAA 1NJWA 2G8KA 4NYNA 4RW8A 3TAQA 1VRTA 4AHCA 3NDKA 2FBVA 4BDZA 4DQQA 3SQ2A 2QK9A 3V4IA 3KKSA 2GBZA 4CF1A 4KHYA 4KTZA 4CHOA 4M3YA 4FM1A 4DFPA 2QKKA 2HHXA 3OS2A 3HT3A 1TKTA 1CZBA 2FBYA 3H08A 4DTPA 4E7IA 2OPSA 3PX4A 4E0DA 1LAWA 1RBRA 4O0IA 4B9LA 3NF6A 3L2VA 3KLFA 4E1MA 4YNQA 1FKOA 3ZSVA 2Y1JA 3ASMA 4BWMA 3K58A 3D45A 3K5OA 3AVAA 3U3GA 1KSPA 4KRFA 2HHQA 2HHSA 2ATQA 5CYQA 3V81A 3HPGA 4IG0A 4ZTFA 4MFBA 1SL1A 4ID5A 2YHBA 1RT1A 3V9SA 4G1QA 4EZ9A 3CG7A 4C8NA 4QOZB 4FLTA 3I0RA 4GVMA 2YV0X 3TANA 1BI4A 1D8YA 4DF4A 2P5GA 3S3OA 4OPKA 3KJVA 3VQ6A 2WONA 4M41A 1SV5A 1NK0A 3DI6A 4K8XA 1VSFA 3C94A 3V6DA 4W5OA 3CQ8A 3NF9A 1U48A 1QSLA 4ZHRA 4M3TA 3DRPA 3TI0A 4HTUA 4E7HA 3T3FA 3TAMA 4K8ZA 2RPIA 4RW6A 3L2QA 2IGIA 1B92A 4FJNA 4CJSA 4N56A 1XI1A 2E6MA 2D0CA 3CM6A 3L3UA 4CECA 4DG1A 3JSMA 1C1BA 1J53A 3PUFA 1XHZA 5FDLA 4CEOA 1UWBA 1U4BA 2Y1IA 4CEDA 1K6YA 2G8WA 4FYDA 1C1AA 3SUNA 4DTUA 1J9AA 3LP2A 4IFVA 4AHRA 1I3AA 1GOAA 3VQDA 1O1WA 4CJEA 2KQ2A 2OZMA 2KFZA 3AV9A 1EXQA 3VQ7A 4CIFA 2FBTA 2OPRA 3HK2A 4B3OA 3V9WA 4CGIA 1NJXA 5FRMA 4B8CA 3VQ9A 4KB0A 2O4IA 3F73A 2BDPA 2HHUA 3O3HA 4HUFA 4O4GA 3RMAA 4FJHA 3KK3A 1JLGA 1TKXA 3QEVA 3AVJA 3AVMA 3CM5A 4CFAA 2A1RA 3AVGA 3RRHA 1NK6A 2OA8A 1VSHA 1ZBUA 3AVLA 2EX3A 3P83D 1KVAA 1VSDA 4I7FA 4CJRA 4BDYA 3C6TA 1NOZA 3L3VA 1HYSA 4DQIA 4FJ5A 3K2PA 1DTTA 4IKFA 4KTWA 1EP4A 3NH2A 3EY1A 4C8LA 4E7KA 4DTRA 4KI4A 1TGOA 4Z4CA 1RBSA 3HVRA 2HVHA 1DTQA 4KB1A 3TAPA 3AO3A 4KV8A 4DTSA 1ASVA 3OYJA 1GOBA 3DOLA 4CGGA 4DTNA 4RW9A 3DLRA 5D3GA 1RDBA 3MXIA 3B6OA 2YNHA 5I3UA 4EP4A 3LWLA 4CJWA 4H4MA 5C24A 5HROA 4AILC 1U47A 3ZT0A 3NGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3TTFA 2HHWA 4CF0A 2BUPA 3PY8A 1IKWA 4ZTJA 2UUCK 4W5NA 2E1YA 3ZT2A 3FFIA 4W5RA 4FCYA 1TK8A 5M1NA 4CHPA 3HP6A 4FJ7A 4CHNA 1MHYG 3KK1A 4R79A 1CLQA 1ZYQA 3ZT4A 5JS1A 3CCUN 2IAJA 4OKKA 2Z1GA 2UXBK 4C8MA 3OGMB 3P1GA 2KKZA 1FK9A 2EHGA 3LDLA 3TSPA 3QLHA 3WNEA 4F4KA 4Q0BA 3C6PB 3RMCA 5AQTA 1S1UA 2E2PA 4FOIA 4JKHA 3D2FA 1RILA 4EP9A 4YOXA 3SV3A 1Q86O 3S41A 4BACA 2Q0RA 3G0ZA 4FPBA 3NAEA 3NBPA 3NGYA 1J54A 4CI6A 2PYJA 4JRQA 1QQMA 2HMIA 1SAZA 1DLOA 3KIOA 5LJWA 4BR5A 4H5VA 4CGFA 3AA2A 2QWPA 4MDBA 5DK5A 3L8BA 4IJNA 2X6SA 3CFPA 3LAMA 2ETJA 3VA0A 1YVUA 4IDKA 3CCJN 3EZ5A 4DR6K 3FZLA 4M3XA 5AQZA 4NCBA 3FR0A 4CJVA 1VQON 1EKEA 2Q36A 5C42A 4WYBA 4BRIA 4FW1A 2EWSA 4DLGA 3LDNA 4IOAL 3EN9A 1XC3A 2RN2A 3CERA 4FJ9A 2FSKA 3UKRB 1BQNA 4FJ8A 4JV5K 2FYOA 2NUBA 3SQ1A 1XU3E 4DV1K 4FLXA 1YJWN 2W41A 2KLAA 2O8DA 4DTOA 4WQ4A 3FZMA 4J8FA 4FJGA 2B8IA 3NVKA 5H1SQ 4DSEA 1TL3A 2B7MA 1TV6A 3K0SA 5JS2A 1XVDE 4WF9L 2X78A 3VF4A 1JJ2M 5E26A 2YNFA 3VQEA 2IVPA 1HJRA 4XEIA 3KLHA 2HNDA 1Z26A 3RMBA 3KTQA 1G15A 1C0UA 3CCSN 5M1PA 4XH1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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