4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
1CZ9A 4CF9A 4KTQA 4CJFA 3WNHA 3C6UA 3PV8A 3PY8A 2JGUA 1R0AA 1KSPA 1BL3A 1YTUA 1JL1A 1A5WA 3OYGA 3THVA 2QK9A 2YNIA 4E1MA 3JYTA 4FLUA 4GVMA 1ASVA 4FJGA 4CJUA 3NH2A 5HBMA 3NF9A 3TANA 1Q9YA 2EX3A 3EYZA 3ZCMA 2GUIA 3HP6A 3V9ZA 1JLQA 1X9MA 3OS0A 2AJQA 1HJRA 2XY6A 3TR8A 5T7BA 4E7IA 1NK9A 1S1TA 3RR7A 1RT7A 4LSNA 3F73A 4W5NA 5K14A 3NDKA 1GOBA 4EP4A 4KHUA 1BIZA 2QXFA 5DMRA 4CEDA 2OZMA 2E6LA 3LWLA 3SUNA 2D0BA 1SV5A 1WSFA 4HTUA 4JS5A 4XIUA 4RW4A 2Q3SA 4KFBA 3TAPA 3QETA 4FK4A 3DRSA 1C0UA 3IS9A 2G8FA 3OYDA 3QEWA 3VQAA 3RMAA 4AHRA 4C8NA 1S5JA 4E89A 1RT2A 3LALA 1J53A 3KLFA 4AHTA 4FM0A 3KIOA 2Y1IA 4CIFA 4FJ7A 4F4KA 3K2PA 2B6AA 4FJHA 4F3OA 1BQMA 4EP5A 3RRGA 3ALYA 1NKCA 3KLGA 3TABA 1VSFA 4BWJA 3V1RA 4HHTA 3SUPA 2ATQA 4F2SA 3LAKA 2X6SA 3OYHA 2KFNA 3QEXA 3L2WA 4I7FA 4KB0A 5I3UA 3LWMA 1HNVA 3NGYA 3K58A 4J2AA 5C24A 4CHNA 2VG6A 3AVBA 3OYCA 3AA3A 1HQUA 1LW0A 3TAEA 1DTQA 3L2VA 3TARA 4ZTFA 2G8VA 4CF8A 4CHQA 3ZSVA 2HW3A 1IKVA 1B9DA 3NF6A 4DSLA 3VQ9A 1RBUA 4O5BA 4O0IA 3RWUA 4W5OA 4DFMA 4DTOA 4OKEA 3TWHA 1UA1A 4LSLA 1SL0A 4CEZA 1L3UA 3IRXA 1X1PA 2YHAA 2BGGA 1C0TA 4E3SA 2KZZA 4CHYA 3RTVA 3D45A 1BISA 3RMCA 3E01A 4BDZA 3LP0A 1WAFA 4CECA 4YNQA 3LPTA 4AH9A 3KJVA 4HUFA 1NJWA 4ELUA 2YNGA 2HHUA 3AVGA 4M3WA 1TAQA 2HNDA 2FBTA 3SQ4A 4I9QA 3P1GA 4MFBA 3SUQA 2XY7A 3TI0A 1RTHA 1VSLA 1HYSA 5CZ2A 3L2QA 4FLWA 4OLBA 1GOAA 4W5TA 4CJRA 3T3FA 2IS3A 4CGHA 2G8UA 3OYAA 2W42A 3TAMA 4FLYA 4M3TA 1ZBHA 3AO1A 4KB1A 4CEAA 3I0RA 3HPGA 3K59A 4H4MA 4DU4A 4FLXA 3OJUA 1TKZA 4M42A 3KKRA 3ZSYA 1XHXA 4DS5A 1C1CA 1TKXA 4ID1A 1NK0A 1WSJA 3AVIA 3BGRA 3OYLA 4DTPA 4E7KA 3B6PA 3O4NA 1KFDA 3VQ6A 1KLNA 1S1VA 3NCIA 4DU1A 4FZYA 4F8RA 1N5YA 1QSLA 2Y1JA 3HJFA 4H8KA 3L2RA 1BI4B 4KHSA 4Z4GA 3AO5A 1Q9XA 3LP3A 5CZ1A 4CEFA 4Z4EA 1WNSA 5C42A 4KREA 2WONA 1L3VA 3NF7A 5KGWA 3UIQA 2YHBA 4CEOA 1NKEA 1L3SA 1LV5A 4C8OA 2DY4A 4FZXC 4N5SA 4DTRA 3DRPA 3QEIA 1ASWA 3G10A 3OJSA 5HROA 1XHZA 4KI4A 1S1UA 3DRRA 3AVMA 3HPHA 3L8BA 4E19A 2RPIA 1YVUA 4OJRA 2G8IA 4CGJA 3RRHA 3DMJA 1BCMA 3HSTB 4KHNA 3M8PA 2BDPA 1U49A 5FRNA 1A5XA 1IKYA 1Q8IA 3V9XA 3SCXA 1JXBA 4DLGA 3P83D 4DF8A 4I2PA 4FJJA 4Y1CA 3PO5A 4KKOA 1ASUA 1F21A 3AVKA 3MAQA 1TK5A 2DFEA 4HVJA 3HT3A 4CCHA 1X9SA 3AA5X 1ZBFA 3C94A 1S6QA 3OY9A 4DSIA 4QOZB 1VSIA 3ZT4A 1U45A 2FC0A 3M8SA 4B9TA 4PUOA 1W0HA 4FJMA 1QS4A 2R7YA 3ITHA 2FBVA 3ZSZA 1RT3A 4CJWA 1KCFA 3NH0A 4EZ6A 1YTAA 1EETA 4OKJA 1EP4A 4DTMA 4FLVA 3AO3A 3S3NA 1S1XA 3QNNA 1RT6A 1EKEA 4DQRA 3AVHA 1CZBA 4DTXA 4M3ZA 1RT1A 2B4JA 4PA1A 4DFPA 1TAUA 3OYEA 4C8KA 2HB5A 3KKSA 4DQPA 2Z1GA 3SPZA 3PUFA 3WNGA 4DTJA 3EY1A 1B92A 1KTQA 3DLRA 4BDPA 3AVCA 3SV4A 3QEPA 3LPUA 2HHTA 4BWMA 5FRMA 1D9DA 3DLKA 1U47A 2OPSA 3QLHA 3OYBA 3TAQA 4FLZA 2FBYA 3HYFA 1D8YA 4CJTA 5CYQA 3SJJA 2ITGA 4DU3A 4LH5A 3K5NA 4BE2A 1ZYQA 3VN5A 4UQGA 3OYIA 1LWEA 1C6VA 4DTUA 1RDBA 4FZZA 2HHQA 3ZT3A 1WSIA 4CJLA 3K5MA 3QIPA 3ZT1A 3PO4A 4CGIA 1NK6A 3HVTA 4GMJB 4NCBA 3K57A 3CFPA 1S1WA 1WN7A 4N56A 1XC9A 4B9NA 2DFHA 3OS2A 3KLEA 3CFRA 3DLHA 2IGIA 2BANA 4FJLA 1QHTA 3O4QA 3QESA 1IG9A 4BDYA 1L5UA 1RDAA 4CHPA 4HCBA 1VSEA 1B9FA 4JS4A 3ISNC 1D9FA 4KHQA 3VQQA 4ZTJA 3ZSOA 5J1EA 4NCAA 2ZE2A 2QKKA 4CESA 1I39A 2ETJA 1J5OA 3NGIA 4CEQA 3KK2A 3MEGA 3HXMA 4DSKA 2HVIA 2XHBA 4PY5A 3A2FA 3OYFA 4J2BA 2GBZA 2F8TA 3L3UA 1FKPA 1KLMA 1CXUA 3AO4A 4F3TA 4QCLA 5J2PA 1SKSA 4CJ5A 1LW2A 3DI6A 5SWMA 3CQ8A 2D0CA 1SKWA 4FJNA 2RF2A 4LY7A 1BIUA 4BACA 1RILA 3VQ4A 5KTQA 4IFVA 4W5QA 4Q5VA 3U6FA 4IFYA 1MU2A 4WE1A 1Y97A 3HM9A 4FM1A 3QINA 3AO2A 1G15A 3MEEA 1L3TA 1KVAA 2G8HA 1TKDA 1VK0A 3ZSWA 1VSHA 4DFJA 2A1SA 3K5LA 4DQIA 2IOCA 3ZT2A 4I9LA 2YKMA 4OGEA 5JS1A 3TAFA 4FJ9A 4CGGA 3NGZA 4CEBA 3B6OA 4NYFA 4L8RB 1CXQA 4C8LA 1QQCA 2G8WA 2YNHA 3KD1E 4N41A 2RKIA 3CFOA 1TL1A 2OPQA 4NCGA 1NJYA 4CJPA 1J54A 4B9SA 1YT3A 1D5AA 4BE0A 4M45A 4KTZA 3VQCA 3SUOA 1SL2A 1UOCA 1NK7A 1SL1A 4ELVA 2HHSA 4CHZA 3DOLA 4E1NA 3VA0A 4B9LA 2FBXA 3SPYA 4K8XA 4JLHA 1IH7A 4TSXA 2VWJA 2PYJA 3T19A 2VG5A 3SQ0A 1TVRA 4ICLA 1T8EA 4M41A 1K6YA 4W5RA 1BQNA 4CJ4A 4KV8A 3D0PA 3LZIA 5J2MA 4KAZA 3L2UA 2G8KA 4O55A 3SQ1A 3AVNA 3FFIA 4Q0BA 1TK8A 3QNOA 4AHUA 1Z25A 4IDKA 2LSNA 4O44A 3VQEA 4CJEA 4CIEA 2PY5A 1KVCA 3OYNA 4RW7A 2IDOA 3HK2A 1ZBLA 4O4GA 1XWLA 4CJKA 3O3HA 4OPJA 4CFDA 3F9KA 4B9UA 2RN2A 2X78A 3MXMA 1KVBA 3AVAA 3U3YA 4HUGA 2OYQA 1CLQA 4ID5A 1W9HA 2OPRA 3MECA 3VQDA 4Z4CA 3M8QA 1IKWA 3K5OA 4O0JA 1C1AA 1JXEA 2NUBA 3WNFA 3NBPA 3QERA 1U04A 4FW2A 4FJ8A 3DM2A 3OVNA 4E7JA 3VQPA 2D5RA 3CM6A 2YKNA 4CGFA 1T7PA 4Y1DA 3NF8A 3SV3A 1VSDA 1NKBA 1TGOA 1HYZA 3CYMA 4HUEA 3VQ7A 1ZBIA 3VA3A 4M3XA 1JLFA 1VRTA 5HRNA 1NK4A 4FXDA 3HP9A 4CF1A 2HHXA 1S9EA 1N6QA 4N47A 1RTDA 1JLEA 3V9WA 3KK1A 1JKHA 3ASMA 3QEVA 2KTQA 3RR8A 2HMIA 2XY8A 1SKRA 4CF0A 4DG1A 3KLHA 1RTJA 2O4GA 4OVLA 3SNNA 4FK0A 4FM2A 4DTSA 1LAVA 4RW9A 4KRFA 3V4IA 4DF4A 1UWBA 4CK1A 1ZBUA 1KRPA 4PWDA 1A5VA 1BGXT 4YFUA 3M8RA 2OA8A 2OZSA 4AHCA 1BI4A 1RTIA 1WSEA 3CM5A 4H4OA 4B9MA 2A1RA 4N76A 3L3VA 1QTMA 4OGCA 1BHLA 2HHWA 3NFAA 1U48A 3T1AA 3KLIA 3NE6A 3I8DA 4ZHRA 4DQQA 3LP2A 4CFCA 1LWFA 2Z1HA 2Z1JA 1SUQA 5KI6A 3U3GA 1JLCA 4Z4IA 4J2DA 1NJXA 5HP1A 3MEDA 2HHVA 3PX0A 4DSJA 4G1QA 5FDLA 4DQSA 3S9HA 2IAJA 3LANA 5D3GA 5E41A 1REVA 1WSGA 4FJ5A 4IG3A 1S9GA 4AILC 5J2NA 4MQ3A 1XI1A 3DLGA 1HQEA 1GOCA 3AVJA 3OYKA 1EX4A 3C6TA 3V6DA 4KI6A 3LDSA 2EHGA 2P51A 3ZSXA 3TAGA 4OLAA 1T03A 4CJVA 4QAGA 3VQ5A 3QO9A 4FW1A 1HNIA 4F2RA 1UAXA 3AVLA 4E7LA 2B5JA 4PQUA 4DLEA 3KK3A 2ZD1A 4FLTA 1HRHA 4KHYA 1I3AA 2DTUA 3HL8A 5CY4A 1NJZA 4E7HA 3BDPA 2KFZA 5CYMA 3OS1A 5KGXA 4RW6A 4IKFA 4B9VA 3LZJA 5HLFA 1J9AA 2I5JA 3HVRA 3WNEA 3SZ2A 4ELTA 3AA2A 1WAJA 2BE2A 3C95A 3NAEA 1RT5A 4DS4A 2X74A 1RBTA 5FROA 4DSFA 2IC3A 4CJQA 1UA0A 3I0SA 4LH4A 1HPZA 1RNHA 4NYNA 1TKTA 3G0ZA 4EZ9A 2F96A 4K8ZA 4FJXA 3PX6A 3KTQA 3KD5E 4FK2A 3V1OA 3V9UA 4CJSA 5SZTA 3IG1A 3OYJA 3DOKA 4Z4FA 4HCCA 4JRPA 1NK5A 3VQBA 4DFKA 1QE1A 3PX4A 4DTNA 1NOYA 3DLBA 1JLGA 2PYLA 5J2QA 4AHSA 1LWCA 1NK8A 1FK9A 1U4BA 1DLOA 4FVMA 3P5JA 2E6MA 4CFAA 2XO7A 4B3OA 1EXQA 1C0MA 2O4IA 2KQ2A 1RDDA 4I2QA 1LAWA 4Z0UA 1JLAA 2Z1IA 5DK5A 3AA4A 3V9SA 2XY5A 3S3MA 1C1BA 1RBSA 1WSHA 4B08A 4IBNA 2HVHA 3SQ2A 3V1QA 3ZSQA 3O3FA 2VG7A 1TK0A 4B8CA 3QIOA 5EU7A 4C8MA 4B8AB 3RMDA 4CJ3A 3SI6A 4CK3A 4M3UA 2DFFA 4Z4HA 5I42A 1BCOA 4OPKA 1O1WA 5C25A 3O3GA 3ULDA 1IO2A 3S3OA 2GV9A 3MXIA 3ZT0A 1VSMA 4IG0A 2YNFA 3CG7A 5HRSA 3OYMA 1IKXA 3RMBA 2P5GA 1VSJA 2HNZA 4RG8A 4R5PA 1TV6A 4JRQA 4M3RA 1JLBA 3LP1A 2HNYA 3JSMA 3AV9A 3MXJA 5JS2A 5HRPA 4J2EA 1QSYA 4DSEA 4E0DA 4FJKA 4CEEA 1S6PA 2ZQBA 4FCYA 3HO1A 4LD0A 1RCHA 2P5OA 2XRIA 2X6NA 5HRRA 4CE9A 1WLJA 1RBRA 2KW4A 3VQ8A 1RT4A 4CFBA 3NHGA 2D0AA 4KO0A 1QSSA 3V81A 1KFSA 4KPYA 4DWIA 2JLEA 1VRUA 3H08A 4CK2A 1HMVA 4AHVA 4CHOA 2E4LA 2P1JA 2WOMA 4RW8A 2KZMA 2VWKA 3NH1A 3HPOA 2PZSA 4M3YA 1FXXA 1Z26A 4DMNA 1NOZA 4KHWA 3EZ5A 1T05A 4KTWA 2YV0X 3DLEA 4CIGA 1RBVA 1X9WA 4FYDA 2QKBA 2OPPA 1VSKA 4GW6A 1FKOA 1HYVA 4CERA 3IAYA 3SYZA 1RDCA 4FJIA 3LAMA 4CF2A 4BE1A 3DYAA 1DTTA 3AVFA 5KRSA 1ITGA 2F8SA 1JL2A 4OKKA 4CGDA 1TL3A 5KRTA 3ZSRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1GLEG 1Q8IA 2E1YA 4DF8A 3N1BA 1JXBA 3P83D 3CD6N 4CZLA 3MAQA 4JI2K 1X9SA 3C94A 2Q97A 3WQUA 3OY9A 1BUPA 1VSIA 1U45A 2VJ5A 4M7XA 5C15A 1QS4A 3FE1A 1C0GA 3ZSZA 2R7YA 2JHCA 1BO5O 1RT6A 1EKEA 3T1HK 1TAUA 3K9KA 1KTQA 1N8RO 3VEOA 1R59O 4BVOA 1U47A 2OPSA 2FXUA 3OYBA 3TAQA 1XUPO 4U67L 1D8YA 4CJTA 5CYQA 3SJJA 2ITGA 3C7NA 4LH5A 4BE2A 4UQGA 3CPWM 3CJCA 4FZZA 4DTUA 5KQDA 3ZT3A 1WSIA 3QIPA 5F2RA 1P22A 3K57A 1S1WA 1WN7A 2OVPB 3OS2A 3NVMA 3KLEA 2QTDA 2IGIA 4CZMA 4FJLA 4BRAA 1RDAA 4JS4A 3HBTA 4K25A 1HNZK 1D9FA 3VQQA 5KPZA 4CESA 4IJAA 4EAHD 1J5OA 3WEEB 3A2FA 3WUHA 3OYFA 2UUCK 2HSTA 1P8ZA 1YJ9N 1NMNA 3L3UA 3K2OA 4AM6A 1S22A 3K0SA 4IEEA 3CQ8A 1SKWA 4LY7A 4BACA 1RILA 4JKFA 1MU2A 4BRFA 4JI0K 1G15A 3FZKA 2G8HA 3J7ZO 4DV1K 3K5LA 3ZT2A 3I8BA 2NLXA 4FJ9A 5BREA 4CGGA 3BF3A 4CEBA 3NGZA 1CXQA 4C8LA 1GLCG 2YNHA 5BRHA 1SS6A 2RKIA 4CJPA 1J54A 3N4QA 3C6OB 1UOCA 2HHSA 4ELVA 3DJCA 4B9LA 2QWNA 3IKMA 4JLHA 5AQOA 2MMBA 1T8EA 4M41A 1K6YA 4KV8A 4CZKA 3L2UA 4O55A 4Q0BA 4E1JA 2WFBA 1TK8A 3QNOA 1BWFO 2LSNA 3VQEA 1KVCA 2D4WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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