4JRQA

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a 5cy-da13 oligonucleotide
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
468
structure length
460
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEATPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5cy-dA13
total genus 143
structure length 460
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4jrqA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4jrqA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jrqA01
4FJLA 3AVJA 3KLFA 4OVLA 3ZSQA 4R5PA 3OYMA 2PYLA 1RT5A 4KFBA 4H4OA 3KJVA 3VN5A 2XO7A 1WAFA 3SUOA 2AJQA 1RDAA 1HYVA 3OYFA 3QEPA 1ASVA 3OYCA 4HTUA 4C8OA 1VSMA 3M8SA 4DF8A 4FLZA 1L5UA 3TAPA 1RT3A 3F9KA 4CJEA 1S9EA 5J2MA 3VQ9A 3TANA 2BDPA 3WNEA 3D0PA 4FJIA 3LAKA 1BIZA 4KHYA 1JKHA 3IG1A 3ZSZA 3PY8A 2HHTA 1NK5A 3WNGA 4W5QA 1I39A 1QS4A 2FBVA 4CJ3A 3QLHA 3OS2A 3QNNA 3C94A 3M8QA 3ZCMA 3OYLA 3AVGA 1YT3A 4OPKA 5J2QA 1D9DA 1JLQA 4CK3A 3U3GA 3AVNA 1JLCA 4BWMA 2KZZA 1SKSA 3DLRA 1KLNA 5KRSA 4BDZA 1VRTA 3DI6A 1LAVA 2ZD1A 3NF9A 4AHVA 1XC9A 1QE1A 3K57A 1X9WA 1VSFA 4CIGA 3SCXA 2HMIA 1Z26A 1NK7A 4TSXA 1LV5A 4CF8A 1VSIA 1RTHA 2FBXA 4KO0A 4DLEA 3VA3A 4J2BA 1JXEA 1RT2A 1BI4B 4CE9A 2Y1JA 2IS3A 1B9DA 3KIOA 4AHUA 4DQPA 5CY4A 3JSMA 4CGHA 1QSSA 1S6PA 1YVUA 4Z4FA 2XY5A 4PWDA 2HHUA 4CFBA 5CZ1A 4AHRA 4AH9A 4EZ6A 4LH4A 3QO9A 3PO4A 3KD1E 5FROA 3LP3A 4CJVA 1C6VA 4E19A 3LPUA 4I9LA 1J5OA 2HHQA 3C95A 2XY6A 4FJGA 1GOBA 1HQEA 1ZBHA 1JLGA 2Z1HA 3P1GA 3T19A 4KB0A 4DTRA 2FBTA 3KLIA 4E3SA 3QESA 4FK4A 4RG8A 1RT1A 3TWHA 3DLBA 2WOMA 1VSEA 3LP2A 2ZQBA 3L2WA 1J53A 3PUFA 2HW3A 1HNVA 3DLGA 4NYFA 4YFUA 4BE1A 5D3GA 2XRIA 3AVLA 1R0AA 4HVJA 4FJHA 3MEGA 3B6OA 5SZTA 1FKPA 4L8RB 4Y1CA 5KI6A 1VSKA 4E0DA 3VQPA 1RDDA 4CJTA 5C25A 2A1RA 4Z4EA 3K5OA 3MEEA 3QEXA 3RMDA 4KTZA 3ALYA 1KSPA 3V9WA 4DTOA 3LALA 4C8NA 2RPIA 4DWIA 4C8MA 5J2NA 4FJKA 3ZT0A 1CLQA 4FK2A 1TAUA 5I3UA 3QEVA 4RW8A 4N56A 3I8DA 4FJ8A 1RBTA 1W9HA 4ZHRA 3CQ8A 3SPZA 2WONA 4CEDA 4B9UA 5KGXA 4IKFA 2HNZA 4M3YA 1VSDA 1JLAA 3TAEA 1ZBLA 3V4IA 3K5LA 4CEFA 3K5MA 4F4KA 2XHBA 1T7PA 1QTMA 2HNDA 1L3TA 4CJSA 4CGIA 1KFDA 4FLUA 5FRMA 2KFNA 3IS9A 4ZTFA 3WNHA 4M42A 4Z4CA 1O1WA 1Q9YA 3C6TA 4FJJA 4HUGA 5FRNA 4OLBA 4MFBA 3WNFA 1KRPA 5JS1A 4DU1A 1ZBUA 3DLEA 1VSLA 3DRRA 3LWLA 3B6PA 4M45A 4FLTA 4DQQA 4O0IA 4HUEA 3SQ4A 3SJJA 5HP1A 2DFHA 1BIUA 3AVFA 1BCOA 1WSJA 3VQQA 4CJ4A 2YKMA 3SPYA 2KZMA 4E89A 4FXDA 2B5JA 4I2PA 1K6YA 1TAQA 3VQDA 3HYFA 3OYKA 3TARA 4E1MA 3RR7A 2P5GA 1X9SA 3LZJA 2IDOA 3VQ7A 1BI4A 4GMJB 3DLHA 1C1CA 2F96A 3ZT2A 3S3MA 4UQGA 1U47A 1D9FA 1IO2A 2P51A 3SUPA 1C1AA 4CF1A 3AVMA 3NF7A 4E1NA 3AO5A 3I0RA 3NAEA 4E7HA 1I3AA 2OPRA 4QOZB 1KVAA 3F73A 1JLFA 2D0BA 3QINA 3VQ6A 1A5WA 1U49A 1T03A 1JLEA 2G8KA 3DOKA 2FC0A 4FM0A 5DMRA 1A5VA 1S5JA 4H8KA 4CHYA 2IGIA 4CHZA 5HRNA 1ITGA 4CCHA 3MXJA 4OGCA 4AHSA 3NH1A 3L2UA 2R7YA 4PA1A 3O3FA 1GOAA 3G10A 4O0JA 3LPTA 3I0SA 3VQEA 4CJQA 3ZSYA 3NGIA 3HPOA 1TK0A 4Z4HA 3IRXA 4CJRA 4CGDA 4AHTA 1Q8IA 3OS1A 4NCGA 1BL3A 4CEQA 3NGZA 1TKDA 3TAMA 4ELTA 4PQUA 3OYGA 2KFZA 3RMBA 3SNNA 4EP4A 1YTUA 3AO2A 3HVTA 4DTNA 1S1UA 2OPSA 3L2QA 4E7LA 4EP5A 4DFMA 4CJKA 3KLEA 2NUBA 3CM5A 4FLXA 2FBYA 2YV0X 1ASUA 3L2RA 5EU7A 3SUNA 4Q5VA 3THVA 1WLJA 3DLKA 4LH5A 3KKSA 4CHNA 4CJFA 4OJRA 4W5TA 1NOZA 3LZIA 4DQSA 4CF2A 4HCBA 3MECA 5KGWA 1WSGA 2IAJA 1UAXA 4E7JA 2PZSA 1B92A 3DM2A 4ID1A 3VQAA 2G8UA 1LW2A 1VRUA 4YNQA 1NK0A 4F2RA 4NCAA 3AVAA 4CERA 3S3OA 4BDYA 4M41A 3M8PA 4CEZA 1LAWA 5CZ2A 3RR8A 1CXQA 1RBUA 2HB5A 4E7KA 4C8KA 3T1AA 3HK2A 2D0AA 4AILC 5HLFA 1ZBIA 3RWUA 3NH2A 2F8TA 3LP0A 2YKNA 1HQUA 1NKCA 1WSFA 4N76A 3VQCA 4FCYA 4M3TA 1S1WA 1TV6A 3V9UA 4BDPA 2QKBA 2HHWA 4C8LA 3NHGA 2KW4A 1RDBA 2B6AA 3L3VA 1UA1A 1MU2A 4KREA 1REVA 4M3XA 1RBSA 2DY4A 5KRTA 3KK2A 1CXUA 2VG7A 4B9MA 2YNGA 2PYJA 4HCCA 4I9QA 3RRHA 3T3FA 3CM6A 4IBNA 2D0CA 2YNFA 4WE1A 4N41A 3OJUA 1JL1A 4FJXA 3PV8A 3ZSOA 3AVIA 4F2SA 4W5NA 2OZSA 4F3OA 2ZE2A 3AVHA 3G0ZA 3MXIA 3AO1A 4CFAA 3KK3A 4KI4A 3SV4A 2BANA 2I5JA 2OPPA 3OY9A 3NF8A 4FZXC 4DU4A 5J2PA 1TKTA 3KLHA 3CFRA 4CJPA 1KVCA 3SUQA 4DG1A 3RMCA 1A5XA 2KTQA 1C0TA 4QAGA 3PX6A 3HPHA 4ID5A 3AA2A 4DFPA 4LY7A 4CJUA 1IH7A 1N5YA 3U6FA 2G8HA 3CFOA 3K58A 4ELUA 4KHSA 2DFFA 4W5OA 3OVNA 3RMAA 3KK1A 1SL2A 4KB1A 4I2QA 1X9MA 1RT6A 3ISNC 4FJ9A 4QCLA 4KV8A 1WSEA 4HHTA 2YNHA 5E41A 1GOCA 2JLEA 1J54A 4O44A 4CJLA 3LP1A 1NK6A 3KKRA 1BGXT 2ATQA 1JLBA 1LWFA 1KTQA 1U04A 4DTJA 5T7BA 2OA8A 1RILA 4RW7A 1C0UA 4CEAA 4FLVA 3DYAA 4DSEA 3HPGA 2VG6A 4CF0A 1RBRA 1U48A 1BHLA 5FDLA 2Z1IA 3RTVA 3V6DA 3HM9A 2ITGA 4J2EA 4M3UA 1QQCA 1WN7A 1JL2A 3QEWA 1DTTA 2XY8A 2E6LA 3AVKA 3BGRA 3OYBA 4FZYA 2HHVA 4CHOA 3L3UA 3PX0A 1HMVA 2Z1GA 1QSYA 5C42A 1NK4A 4O5BA 3P83D 2RN2A 3K59A 4FW2A 3ZT4A 4DTXA 3AV9A 3V81A 1SV5A 1SKRA 1ASWA 4KHWA 4CIEA 3DMJA 4B9NA 4M3RA 1S1XA 4B9SA 3TABA 3NFAA 4DLGA 3NE6A 1EXQA 3HJFA 3OYEA 1DTQA 1S1VA 1RTIA 4CF9A 4KHNA 1SL0A 3E01A 1KLMA 3NF6A 1HPZA 1RDCA 4KKOA 1EX4A 1RBVA 1L3SA 4CJ5A 1QSLA 1D5AA 4EZ9A 5DK5A 5HRSA 3OYAA 4IG0A 4KHUA 3QIOA 1WSHA 4AHCA 1SKWA 3HVRA 1TKZA 2XY7A 2E4LA 3HXMA 1NJYA 4CJWA 2RKIA 4KHQA 1UA0A 4I7FA 4Z0UA 3V1QA 4OGEA 2QXFA 1C0MA 4KAZA 4KI6A 2QK9A 3AA5X 4W5RA 3O3HA 2W42A 1C1BA 2EHGA 4RW6A 3VA0A 2BGGA 3SQ1A 1TKXA 1VSHA 2EX3A 3ASMA 3OYNA 3SZ2A 1NJXA 4KTQA 1KCFA 4KTWA 3L2VA 3KTQA 1BISA 4O55A 2HVIA 2LSNA 5I42A 2GUIA 2OZMA 4FJ7A 1NJZA 3IAYA 3EY1A 4JS5A 4MQ3A 2DFEA 1DLOA 3ULDA 1IKYA 3VQ5A 3OYDA 1IKVA 1TGOA 2BE2A 3LAMA 2YHAA 4XIUA 1FXXA 1FK9A 4F8RA 4M3WA 4FM1A 4KPYA 1L3VA 1WNSA 4IG3A 4DTSA 4B8CA 3TI0A 4B9LA 3AVBA 4CFDA 2O4IA 1EP4A 1G15A 1TL3A 1WAJA 4CEBA 4OPJA 3SYZA 2YNIA 3AO4A 3OYIA 1CZ9A 2GBZA 3S3NA 1T8EA 4B08A 3EZ5A 3JYTA 4CGJA 5J1EA 4PY5A 4GVMA 4B3OA 1EKEA 4M3ZA 1BCMA 3MAQA 3PO5A 2IOCA 4F3TA 2A1SA 1U4BA 3HT3A 2Y1IA 3SQ2A 4FYDA 2IC3A 4LSNA 3EYZA 3U3YA 2VWJA 1D8YA 1S9GA 4CHQA 3AA4A 4DTMA 3KLGA 1ZYQA 2P5OA 1EETA 3UIQA 4PUOA 3A2FA 1NK8A 1SL1A 1ZBFA 4ZTJA 3HP9A 4Z4GA 3SQ0A 1XWLA 1IKXA 4DF4A 4B9VA 3P5JA 4CEEA 3CFPA 1F21A 1HYZA 4CHPA 1BQNA 1BQMA 5KTQA 1TK5A 4CECA 4FJNA 3ZSVA 2OYQA 3DRSA 4NYNA 2G8IA 4JRPA 4N5SA 3QNOA 2F8SA 1UWBA 1RCHA 2PY5A 1XHXA 4H4MA 3M8RA 2D5RA 3TAGA 1WSIA 3OJSA 2HHXA 4CGGA 4IFYA 4DSJA 4LSLA 3L8BA 1Q9XA 4OLAA 2HHSA 1X1PA 5CYQA 1FKOA 3LWMA 3TAFA 4BE0A 3QETA 3NH0A 4NCBA 3VQ8A 3BDPA 4BWJA 4CFCA 1KFSA 4JLHA 4Y1DA 2G8WA 4OKJA 3ZT1A 3OYJA 3ITHA 2ETJA 4FLYA 4FK0A 4DSIA 3HSTB 3O4NA 4J2AA 1QHTA 3AO3A 4ICLA 5HRRA 3LDSA 1W0HA 2B4JA 3K5NA 2X6SA 1J9AA 1HJRA 4DFKA 2KQ2A 3HL8A 4E7IA 3PX4A 3SI6A 3O4QA 4FLWA 2G8VA 1NJWA 4DSFA 2Z1JA 2HNYA 4FW1A 1S1TA 3ZSWA 4J2DA 3ZSRA 1KVBA 1RNHA 3C6UA 4RW9A 3VQ4A 4CK1A 3NCIA 4DQRA 4DQIA 4HUFA 2G8FA 5JS2A 3MXMA 3NGYA 3VQBA 3CYMA 4B9TA 3V9SA 1RT7A 4CK2A 4JS4A 2VG5A 4DTPA 1IG9A 2DTUA 2HVHA 4G1QA 3LANA 1HYSA 1Z25A 4BACA 2Q3SA 3CG7A 2X78A 3AVCA 4LD0A 4DS5A 3HO1A 1UOCA 1CZBA 4OKKA 3OS0A 1LW0A 4DU3A 5HROA 4DSLA 3V1OA 4KRFA 3OYHA 2OPQA 3K2PA 4IDKA 4CESA 2X6NA 4DTUA 3KD5E 4K8XA 2YHBA 1TVRA 3QIPA 1NKBA 4FJ5A 5CYMA 1TK8A 4RW4A 3QEIA 1TL1A 3S9HA 4N47A 4CEOA 4FJMA 1XHZA 3AA3A 1IKWA 1NKEA 4IFVA 3D45A 1NK9A 1LWCA 4FM2A 2E6MA 1RT4A 4GW6A 4O4GA 4DFJA 5HBMA 1N6QA 2QKKA 3O3GA 3HP6A 5C24A 4CGFA 1U45A 3DOLA 3V9ZA 3NDKA 3V1RA 3ZSXA 5HRPA 4BE2A 1RTJA 4CIFA 2VWKA 4Q0BA 1Y97A 3DRPA 2RF2A 4JRQA 1VK0A 1HNIA 3H08A 5SWMA 1SUQA 3RRGA 4FVMA 3SV3A 1HRHA 4Z4IA 1XI1A 2O4GA 3TR8A 1B9FA 4DS4A 4ELVA 4K8ZA 2JGUA 2X74A 4OKEA 2GV9A 4B8AB 4FZZA 1S6QA 3V9XA 1RTDA 4DMNA 1T05A 1L3UA 1VSJA 1YTAA 3QERA 3FFIA 5K14A 1LWEA 4DSKA 3ZT3A 3MEDA 1NOYA 1JXBA 3NBPA 3TAQA 2P1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJLA 2W10A 4R5PA 2PYLA 4PKCC 4LFAK 4A4KA 4F7UE 3C7NA 1AWOA 3KJVA 2WSCE 2AJQA 4ZN1A 1HYVA 3OYFA 2CH4A 1ASVA 2J6FA 2HHHK 3BE3A 4JPBW 3G6ET 1YJNQ 1U1TA 3TANA 3QB0A 5J2MA 4BY6C 3VQ9A 2HBKA 3D0PA 4DR6K 2LTOA 3WNGA 4MDWA 1I39A 2FBVA 3QNNA 1AHJB 1WPYA 3C94A 3JCMh 3QLHA 4EP9A 3AARA 1OX9A 3ZCMA 3CHWA 3PIPL 3OYLA 3VENA 5ADXA 4OPKA 1UDLA 3NMZC 2RE2A 3AVNA 2M9UA 2RMOA 2K79A 3UE5A 3UKUA 3DLRA 3ZLJA 9ATCB 2XG8D 1G3SA 2ZD1A 4IEEA 3E9LA 1QE1A 4PKIA 1G3TA 2D8JA 1NK7A 2LF3A 4DV2K 2CS7A 1SQKA 1BI2A 1OI1A 2ZPFB 1PD0A 1WHKA 4ORZA 4J2BA 2E6NA 1DGKN 1RT2A 4F7UF 4KO0A 4WQ5A 2IS3A 3KIOA 4DQPA 1N8RU 4DV3K 3TEEA 5IH2A 3E9GA 2DPNA 1ZUYA 1PC0A 3VUZA 1R0BG 4ATOA 2XY5A 2HHUA 5LJ5h 4CFBA 4BY6B 5CZ1A 3H8ZA 1X6BA 3VS6A 1MHZG 3H0IA 5FROA 2VYPA 2YJFA 4A62A 1SPKA 1UGVA 4C23A 4GAMC 4FJGA 2K2MA 3T19A 2Z1HA 2CP3A 3PTAA 3JCMe 1NJIR 4QQGA 4IJAA 4WFAL 4FWNA 4KB0A 2D6FA 3O6WA 3IUCA 4Y28E 4GLKA 1VSEA 3I55N 1VQMA 2DM1A 3PUFA 3ENOA 4NXNK 1HNVA 2UXCK 4BE1A 1D1CA 3G1JA 2GWJA 1VQ4N 4JUVA 1Q86R 1S72N 5A0DA 4HVJA 5SZTA 1FJGK 5GAN6 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3KD5 E;  4K8X A;  2YHB A;  1TVR A;  3QIP A;  1NKB A;  4FJ5 A;  5CYM A;  1TK8 A;  4RW4 A;  3QEI A;  1TL1 A;  3S9H A;  4N47 A;  4CEO A;  4FJM A;  1XHZ A;  3AA3 A;  1IKW A;  1NKE A;  4IFV A;  3D45 A;  1NK9 A;  1LWC A;  4FM2 A;  2E6M A;  1RT4 A;  4GW6 A;  4O4G A;  4DFJ A;  5HBM A;  1N6Q A;  2QKK A;  3O3G A;  3HP6 A;  5C24 A;  4CGF A;  1U45 A;  3DOL A;  3V9Z A;  3NDK A;  3V1R A;  3ZSX A;  5HRP A;  4BE2 A;  1RTJ A;  4CIF A;  2VWK A;  4Q0B A;  1Y97 A;  3DRP A;  2RF2 A;  4JRQ A;  1VK0 A;  1HNI A;  3H08 A;  5SWM A;  1SUQ A;  3RRG A;  4FVM A;  3SV3 A;  1HRH A;  4Z4I A;  1XI1 A;  2O4G A;  3TR8 A;  1B9F A;  4DS4 A;  4ELV A;  4K8Z A;  2JGU A;  2X74 A;  4OKE A;  2GV9 A;  4B8A B;  4FZZ A;  1S6Q A;  3V9X A;  1RTD A;  4DMN A;  1T05 A;  1L3U A;  1VSJ A;  1YTA A;  3QER A;  3FFI A;  5K14 A;  1LWE A;  4DSK A;  3ZT3 A;  3MED A;  1NOY A;  1JXB A;  3NBP A;  3TAQ A;  2P1J A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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