The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
292
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structure length |
272
|
Chain Sequence |
SGLVPRGSHMSQERILDGEEDEINHIFDLRTLDNLPLDRDFIDRLRYFDPSDQVLALRELLNEDLTAEQVELLTIINEIISGSESVNAGINSAIQALFGNMLEPQLLRACYRGFIMGNISTTDQYIEWLGNFGFNHRHTIVNFVEQSLIVDMDSEPSCNAYEFGFVLSLIAIMIRTSDVIFMLESSSLLDGSLSAEQLLLTLLYIFQYPSESEQILTSVIEVSRASHEDSVVYQTYLSSVNESPHDIFSESEREIAINILRELVTSAYELSR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structures of the Shigella Flexneri Type 3 Secretion System Protein Mxic Reveal Conformational Variability Amongst Homologues.
pubmed doi rcsb |
source organism |
Shigella flexneri
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molecule tags |
Transport protein
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molecule keywords |
PROTEIN MXIC
|
total genus |
87
|
structure length |
272
|
sequence length |
292
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2007-12-06 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Monooxygenase | Monooxygenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VJ4 A; 2VIX A; 2VJ5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NK9 A; 3GIM A; 2YML A; 5IBK B; 3H40 A; 4DSJ A; 2QCO A; 3CMM A; 1WKM A; 2K4J A; 4BBS J; 2Y0S C; 2OZS A; 3T0Y A; 3BTI A; 2ISY A; 5E79 U; 4M47 A; 5KAF U; 5J2C A; 4L9J A; 2AQ0 A; 1R4N B; 1IDY A; 5ILS A; 1MBF A; 2H6C A; 4CSW A; 4M3F A; 4YMO A; 1P6R A; 3CNH A; 4J9K A; 1OR7 C; 3LNQ A; 4HYE A; 4J01 A; 3EYI A; 4A3C J; 3HT3 A; 4YR2 A; 4FX4 A; 3PW5 A; 1W7P B; 4G8X A; 4M04 A; 3HOW J; 4KT5 C; 4F4K A; 3QPL A; 5KG6 A; 5KG2 A; 2A61 A; 3O6B B; 5DGB A; 2PXI A; 4RQ4 A; 2IOF A; 3WK6 A; 4NM2 A; 2HYF A; 2V9W A; 4CF4 A; 3IH4 A; 3CCS I; 1FYK A; 1F4K A; 1GV5 A; 4XR6 A; 4DF4 A; 4ED7 A; 2IA2 A; 4O3N A; 3WTS C; 2UWM A; 2GZW A; 3BQ7 A; 1IG6 A; 3BG7 A; 4KDP A; 3SQ1 A; 4ZYD A; 3M7G A; 1N1C A; 5FFZ A; 4PL1 A; 2JWT A; 3THV A; 2Y9U A; 4EEL A; 4Q5S F; 3HJE A; 3TW7 A; 2VL8 A; 4WXD A; 1RR7 A; 4DBR A; 3OYG A; 5KG1 A; 2P1O B; 4RGS A; 3GU3 A; 2RCU A; 3LA2 A; 2XAH A; 4WXH A; 1WG8 A; 4B9V A; 4ECV A; 4ECY A; 5FJ8 J; 3IRQ A; 3H4B A; 1KRP A; 5BOX A; 1IRG A; 7ICJ A; 9ICJ A; 4Y4R A; 3C2G A; 2X6Y A; 2EIL H; 4PFO A; 5H6Q A; 3CLO A; 4DQ2 A; 5J40 A; 3FXL A; 1O3Q A; 3U1K A; 4DW6 A; 5LHI A; 4OJL A; 5ICG A; 3K9T A; 3WOD F; 1RKT A; 3AFH A; 3S93 A; 1ZQW A; 5J2A A; 4ZYE A; 1CGP A; 4DOC A; 3S2W A; 4KN7 X; 2K5S A; 5JVG F; 4CGZ A; 1FZ9 E; 4QWE A; 4I01 A; 2KIM A; 3EQL F; 4E7L A; 5TJJ A; 3RB3 A; 4IL6 C; 4NBQ A; 1S7O A; 2R7W A; 7ICT A; 4XM3 A; 2KOB A; 3AG4 H; 1IGN A; 3L9F A; 4E7H A; 2JA2 A; 3BWG A; 4P1W A; 1SFX A; 1ZRD A; 3I4P A; 1LB2 A; 2L5Q A; 2ZUD A; 4DOB A; 3RRH A; 9ICI A; 2Z33 A; 3NAU A; 5DYM A; 3S2D J; 4YVZ A; 2IGK A; 2LSO A; 5LD2 C; 2PKE A; 3RKQ A; 1SMT A; 1SIJ A; 4AVP A; 1TW2 A; 4XUS A; 3W6K B; 1UFM A; 2JSP A; 1NK0 A; 2K86 A; 5D5U B; 4RT3 A; 2XB0 X; 3SJM A; 2F6C A; 1WI9 A; 4UAV A; 5IRE A; 1G59 A; 2OCE A; 3LSG A; 1X6J A; 1PZN A; 4DSF A; 1BW6 A; 4F93 B; 2OVP B; 3SEQ A; 4EV0 A; 1LEA A; 1IG7 A; 2IGO A; 3S16 J; 3MGH A; 2FJ6 A; 4O5C A; 2H8R A; 1A04 A; 1J2M A; 1X9M A; 1P22 A; 5ALL A; 4F5P A; 1Z3X A; 4OIQ F; 4LVS A; 1SV0 A; 2JPN A; 3ABT A; 1TLH B; 1YO5 C; 4UBC A; 1N75 A; 2Y48 A; 2FPK A; 1W5T A; 3H0L B; 3MFH A; 2I6X A; 1OYY A; 1BBY A; 1ZQH A; 1R4M B; 2G7H A; 5B66 C; 2COM A; 3HHG A; 4DTN A; 1ZTR A; 3W2A A; 4I2A A; 4GYG A; 4OOI A; 4BAY A; 3FMS A; 3N05 A; 4DCC A; 3MBY A; 4HNV A; 5E3M A; 1I39 A; 4CCJ A; 1QLN A; 3RMD A; 4BE2 A; 3DXJ F; 4GXO A; 4XRS A; 2XRN A; 2ATL A; 4FJ7 A; 3K4C A; 4CDG A; 3BZC A; 2R8K A; 2C28 A; 1VQP I; 4K4G A; 3SVI A; 3SPY A; 3U9G A; 3QOD A; 2VJ5 A; 5AK4 A; 1X9W A; 2ETH A; 2FJ1 A; 3RIR A; 1NKC A; 5E1Z B; 2G07 A; 2ZJ5 A; 2P1M B; 3S3M A; 4NC7 A; 3B6A A; 3WGH A; 1L0O C; 4OIO F; 2IGM A; 2KJC A; 1BI1 A; 5CKT A; 1VQ8 I; 3UXP A; 3OYH A; 4FX0 A; 4A3M J; 4FBT A; 2XIG A; 3K75 D; 8ICY A; 4DQI A; 2XVC A; 3K2Z A; 9ICB A; 2CRG A; 5ILV A; 3KFU F; 4II2 A; 4YFX F; 1SMY F; 3FKJ A; 1L3V A; 1FMW A; 3Q8L A; 1U2W A; 2GXA A; 4DNC A; 1Q9Y A; 1IN4 A; 4ETS A; 3RH4 A; 5L3C A; 3KLN A; 4E7I A; 5JVT A; 4CCH A; 2LYC A; 3D2Q A; 8ICS A; 3VYT B; 2P6S A; 5TZV A; 2ZJR F; 2BCR A; 1MSW D; 2P1P B; 1N5W A; 2A1J A; 2K4B A; 1OCO H; 1TNS A; 2KQR A; 3K1P A; 5E79 C; 1ZQY A; 1GHC A; 1I5Z A; 2W9B A; 2NVT J; 3BQ1 A; 1R9T J; 4UB2 A; 2ZSH B; 3HOX J; 5L3E A; 2JMG A; 5J0Q A; 3V7K A; 4B9U A; 3F8N A; 1QRY A; 2VKH A; 3I59 A; 4XN3 A; 1SZP A; 1L7M A; 3HYI A; 2A6H F; 5HDK A; 5FD5 A; 1QPM A; 1XGN A; 4ACO A; 3SDG A; 2EDU A; 3RQI A; 3MFI A; 2XHK A; 2DPJ A; 3J81 Z; 4XQF A; 3J2P A; 2DCE A; 4EEN A; 2NRZ A; 1YW9 A; 8ICW A; 3M07 A; 1MMD A; 2E8N A; 4FJ9 A; 1HDP A; 4RUA A; 1XVG E; 5IIM A; 5ALG A; 3OOP A; 2WB1 A; 2FXA A; 1UHW A; 3SFZ A; 9ICC A; 3WHC A; 4PH5 A; 4F5Q A; 3BR3 A; 1LVH A; 4Z6E A; 1XGS A; 2LMD A; 4HLY A; 2EZL A; 1ZJN A; 1P7J A; 5CPR B; 1QSS A; 2H4T A; 4KNY A; 5HNF A; 4S0H B; 1WZ2 A; 2PMZ C; 2XPU A; 1KTQ A; 2LRD A; 2EAO A; 1BPE A; 5HDG A; 1SFO J; 3EWA A; 5L9X A; 4PGQ A; 3TED A; 4CF5 A; 4ED6 A; 2PFB A; 1HIW A; 2FE3 A; 2K40 A; 1A36 A; 1ZQI A; 2M34 A; 2BCV A; 3AEV A; 3FMQ A; 4KHY A; 1HST A; 3LA3 A; 1JT0 A; 2DQN B; 5J0S A; 1KU2 A; 2DA6 A; 3FIW A; 3AL0 B; 1HJP A; 4BDP A; 3OYI A; 2EJR A; 3S32 A; 1XO1 A; 4Q8F A; 2PN6 A; 4B8X A; 4BAC A; 1XO0 A; 1ZQR A; 9ICK A; 1X2N A; 2BDU A; 3ZDC A; 8ICZ A; 1MJA A; 3OS0 A; 1DGR M; 5IY5 H; 2DPU A; 3S1M J; 5CQE A; 3N97 B; 2BVL A; 4ITV A; 4XKW A; 5KFG A; 4L5J A; 4RQ2 A; 1FEX A; 1U78 A; 2DUY A; 4TV7 A; 3C1Z A; 4RUC A; 3RJG A; 4FJM A; 5AM4 A; 4OWR B; 4HZF A; 5F08 A; 1FIA A; 3LD8 A; 2D1V A; 1RES A; 4KA4 A; 2VAS A; 5B1B H; 5J8C A; 4WK8 F; 2LP0 A; 5HS9 A; 1XMG E; 2FEZ A; 5DQI A; 4BXU A; 3G1O A; 2OV7 A; 4ABZ A; 3LMM A; 2RV8 A; 4YCX A; 2DYS H; 5AKL A; 1JW2 A; 3WGG A; 2GOL A; 4UBB A; 1VQK I; 2CWE A; 2QQA A; 4TQS A; 3QEP A; 3PNV A; 3L2O B; 4AKI A; 1MC8 A; 4GC7 A; 4IQW A; 2FF4 A; 3NTU A; 1A31 A; 1WJD A; 5E17 F; 2HBL A; 3OSN A; 5C44 J; 2V6E A; 3N7S C; 4G7O F; 2CW7 A; 1O3R A; 4MF2 A; 1N78 A; 1W7P D; 1LB2 B; 1UA1 A; 1ZLJ A; 4YG2 A; 3DBL B; 4P0Q A; 4DL2 A; 3C5G A; 3RPQ A; 4YEJ A; 4HRI A; 4FE7 A; 4XLP F; 4C7Y A; 2CXY A; 2JN6 A; 4O3S A; 4A93 J; 2DGZ A; 3J7Y J; 4N9H A; 2BY3 A; 4AYB C; 3H5A A; 5DLF A; 1TT0 A; 3QYE A; 5KFA A; 2VC1 A; 4PJ0 C; 1X2I A; 3WKB A; 4GAM C; 3FIS A; 3KZY A; 4YMM A; 3ONN A; 2AGP A; 2J5O A; 1VF9 A; 4Z6Y A; 1SFE A; 1HXD A; 2F5C A; 1BNP A; 4JV0 A; 2PFO A; 2M45 A; 1UMQ A; 4MHG A; 2NO4 A; 4NUB A; 3WTU C; 3G6V A; 1MBG A; 4DL5 A; 4IHY A; 4QZC A; 2DWQ A; 3HSR A; 5DDG A; 4EX7 A; 1M1E B; 2DT7 B; 3FDY A; 5M3M J; 2IS1 A; 1QQ7 A; 1QQ5 A; 4BDY A; 3KYD B; 4AM3 A; 3NRZ A; 3X2Q H; 2YB5 A; 2V9P A; 2XID A; 1D8Y A; 4M3Y A; 2W4S A; 2KD1 A; 1TV9 A; 3QP5 A; 2BY2 A; 3BTC A; 3LL7 A; 3PQK A; 5E8I A; 3TAR A; 2V1N A; 3LWL A; 2JUC A; 5JHU A; 1F0M A; 2DF4 B; 2HHS A; 3WK4 A; 1T95 A; 2L01 A; 2K9M A; 3ZQQ A; 1F36 A; 8ICV A; 3K0L A; 3UXO A; 2E36 A; 3FHZ A; 3K70 D; 2GIZ A; 5CVU A; 1FZI E; 1XVD E; 5D8L B; 4C2U A; 4M2Y A; 1IRZ A; 2FMQ A; 3LZJ A; 1NG6 A; 2ESE A; 4AID A; 5AKJ A; 1XMK A; 5CVR A; 4UAU A; 3G3Z A; 4IQT A; 4FJN A; 4IC9 A; 2YU9 J; 3N4M A; 4ZDP A; 5D49 A; 1QSY A; 1O08 A; 4RQM A; 4M72 A; 1V3F A; 2L7K A; 3MAB A; 3LA7 A; 2K27 A; 5EZG A; 2ODG A; 2L4A A; 4TUR A; 3K69 A; 2HKO A; 1RI7 A; 3BCA A; 3H0G J; 2ISP A; 3LK9 A; 4UUS A; 3BPX A; 3CCQ I; 1KEJ A; 4C8M A; 3S3O A; 5EGO A; 3I28 A; 3NEU A; 2OVR B; 2D8C A; 4A0Z A; 3N1B A; 1ZG5 A; 4DTU A; 1VLB A; 5DLG A; 2I8D A; 4P96 A; 2H3I A; 1GLN A; 3CMY A; 3EZ5 A; 2E8P A; 3CES A; 1ZQF A; 2EAP A; 2ZXH A; 2JA5 J; 1D5Y A; 5IIK A; 4MLO A; 2VJ4 A; 1RPW A; 2DFH A; 1B43 A; 3PV8 A; 1FMV A; 3RJE A; 2DFI A; 1KQ8 A; 5IIN A; 2YR2 A; 3IRR A; 1B59 A; 4ZDL A; 5KFT A; 4J9O A; 3PO2 J; 3OSF A; 1ECW A; 1FZ7 E; 4HNT A; 4DTO A; 5J47 A; 2AXT C; 4A3B J; 3PIP F; 4UQG A; 4PSW A; 1RXV A; 2QBY A; 1TQM A; 4EQQ A; 1ZXI A; 3ESW B; 1VQ6 I; 3SHF A; 3MKW B; 2E2J J; 4A3K J; 1ZN2 A; 2MLG A; 2KDZ A; 1Z6R A; 5K7F A; 3BY6 A; 4DYQ A; 1ZRE A; 3JAM Z; 1I1G A; 4R1H A; 1AU7 A; 1BOB A; 1QHH D; 4LOC A; 3KP6 A; 4KN7 A; 5B5E C; 5ALH A; 3N7P D; 4YG2 F; 1B4F A; 3RB6 A; 1V97 A; 1WJF A; 3S15 J; 4XK4 A; 1TFR A; 4QPQ A; 2R7Q A; 2CV2 A; 1QO0 D; 4A3I J; 4RDU A; 4PGG A; 3PMN A; 1K79 A; 2WAD A; 4Y2P A; 4J9M A; 3RAX A; 2AJQ A; 4PHA A; 4QND A; 5DBA A; 2PFT A; 3D5S C; 4P55 A; 4HF0 A; 3LSJ A; 1L3L A; 1JKP C; 1KFD A; 2H3Z A; 2NRT A; 3QEB Z; 2E1M C; 2JEI A; 1ENH A; 2MU2 A; 4P4O A; 8ICO A; 2DA2 A; 5K5O A; 1H0M A; 3MC1 A; 3DBR B; 3BP8 A; 1BW5 A; 4F92 B; 1ZG1 A; 5ALY A; 3F2D A; 4I2E A; 3CFO A; 4DU3 A; 1KU9 A; 3GLL A; 2B21 A; 1V5F A; 4NLG A; 3JAM K; 4Z6F A; 1U9L A; 5J0W A; 3C2L A; 3JRB A; 1XVC E; 4F52 A; 2DT6 A; 4UXN A; 1XCV A; 3WTT C; 4W97 A; 4ECZ A; 1MQ3 A; 1EKE A; 3DV9 A; 4M0A A; 4C3I J; 1NZB A; 3E1S A; 2M7A A; 3C6N B; 8ICC A; 4EM1 A; 1YRN B; 4EBC A; 1RYU A; 2WB1 F; 3VYS B; 2LFB A; 4KJZ A; 3ICX A; 4DL4 A; 5CHG A; 3DPL C; 5DBB A; 3GF2 A; 2KVC A; 1J9I A; 3DQV C; 1Q9X A; 2N8G A; 1IAW A; 4YFK F; 1UEL B; 4PDK A; 3W6J B; 2EV0 A; 4ZYH A; 4F91 B; 1AWC A; 5IT9 Z; 4QNC A; 4EM0 B; 8ICF A; 5LRR A; 4B9S A; 4EJO A; 3BJA A; 1JI7 A; 3BPV A; 3T5L A; 1E17 A; 3CTA A; 4NQW A; 3FAH A; 4UB4 A; 2A19 A; 3SPZ A; 4ZH4 A; 1J75 A; 2IP2 A; 2F48 A; 4BEH B; 4Y15 A; 2VXD A; 2QB0 B; 2AXL A; 2E7W A; 2D3D A; 4KLJ A; 3C21 A; 4BBR J; 5GAG J; 5KFU A; 2JEF A; 2OH2 A; 2E7X A; 4RQ5 A; 1R6R A; 5F64 A; 1A0P A; 3KYL A; 3BQT A; 3MDC A; 1JKR C; 1NOM A; 3H0D A; 4C9Y A; 5AM0 A; 2CJJ A; 2H94 A; 4QWA A; 2YQE A; 4E4H A; 4O3O A; 5J2G A; 2I5U A; 3KLO A; 2L3D A; 4FET A; 3RJP A; 1X1D A; 5J1Y A; 4I98 B; 5AON A; 3OYN A; 3ZOB A; 2EIK H; 3G71 I; 3OTQ A; 3N1E A; 1MBH A; 1SC7 A; 3HXL A; 3J7A Y; 5KFC A; 1XGO A; 1S8O A; 1V55 H; 1T7P A; 2XDV A; 4DTP A; 5HS7 A; 4QW8 A; 3HRS A; 4RLF A; 1AKH A; 2UXN A; 2KN7 A; 3I4N J; 2X51 A; 3ZR8 X; 3PL8 A; 1JE8 A; 5F04 A; 4WX9 A; 5D5W B; 2A6E F; 4MTD A; 4QW9 A; 1K5O A; 2DQL A; 4GCV A; 4I6Z A; 1UAA A; 4XIC A; 4DFJ A; 4KI4 A; 3S3N A; 3GVA A; 3A01 B; 3Q0V A; 2NAZ A; 3I53 A; 2K8B B; 4RNG A; 2JA6 J; 1Q3V A; 1FZH E; 4P0P A; 3N7R C; 2R18 A; 3ZQF A; 7ICU A; 2FUG 2; 4ZOH C; 1LVK A; 4KLE A; 5HR6 A; 2XB5 A; 4PZN A; 1L5U A; 2OU2 A; 2HYJ A; 1FXX A; 3BZ6 A; 2M3A A; 2OF7 A; 1IN6 A; 3K1M A; 1WGX A; 2OJE D; 2XV4 S; 2E3T A; 3HP9 A; 5B3S H; 2H1K A; 4L9T A; 2VOO A; 3AG3 H; 1BVS A; 1ZQM A; 2QYO A; 4EJT A; 1X2M A; 4EJW A; 3KHG A; 2LOO A; 3TFR A; 9ICT A; 4IX7 A; 3GIL A; 4A6E A; 1CQT A; 1OCC H; 3L4P A; 1JKQ C; 2CGP A; 4Y17 A; 3PW4 A; 2ME6 A; 2W7P A; 1N56 A; 1DUX C; 3V6H A; 2O5R A; 2W24 A; 4DTJ A; 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