3QEXA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qexA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qexA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qexA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qexA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qexA03
2OPPA 3L2WA 4HHTA 3HPOA 4BE1A 4L8RB 4CJWA 1KCFA 1WSHA 2FC0A 4GW6A 1T05A 4E7IA 3SQ2A 1C0MA 2G8UA 2G8WA 1EKEA 3DOLA 2Z1JA 2IC3A 4C8OA 1RBTA 4FCYA 4ELVA 2XY7A 2Z1GA 3ASMA 4KREA 4FJNA 4PA1A 3OJSA 3SCXA 2X78A 4O55A 4E1MA 1JLCA 2XHBA 4N56A 4FXDA 5CZ1A 1NKEA 4C8MA 3L2RA 1VSHA 1T03A 2VG5A 4CK1A 3NCIA 1RT6A 3NH2A 1WSIA 4DTMA 4DSFA 4CJVA 1NJWA 4E7JA 2X6SA 2OPRA 4DSLA 1D9DA 3WNGA 1LWFA 2D0AA 1BIUA 3DLBA 4N41A 1U45A 2HHTA 4HUFA 3SUPA 3RTVA 3NGZA 2R7YA 5I42A 1VSIA 4OPJA 1J9AA 4OKKA 5FDLA 4DU3A 3V9ZA 2RKIA 1FXXA 5CY4A 5C42A 1NK6A 4F8RA 3OS0A 2E6MA 1GOCA 4CEOA 3OS2A 3F73A 3K58A 3PX0A 4O4GA 3V81A 3MEGA 4Z4EA 3DRRA 4DS4A 3T19A 3LAKA 3OYHA 1ASVA 3HPHA 4E0DA 2EHGA 4GMJB 4CGDA 4CGFA 3E01A 4AHTA 3K59A 1NJZA 4FM2A 3B6PA 2XY8A 4I7FA 3TAMA 3M8SA 5EU7A 4F4KA 4HUGA 4E89A 4BACA 3OYIA 1Q9YA 4ZHRA 1QS4A 1QSSA 2HNDA 4DS5A 1I3AA 3AVHA 4IG0A 4FYDA 4DTSA 3OYKA 1WLJA 2F96A 3AA3A 1B9DA 1L3VA 3QESA 1JLGA 3RMBA 4CIEA 5I3UA 5HRPA 4N5SA 3TANA 3QERA 4B08A 3ITHA 4EP5A 3KLFA 3HO1A 1NK7A 3M8RA 1RDAA 1S5JA 3LP1A 4O5BA 2HHWA 3L2UA 4YFUA 2X6NA 1QSLA 4CJUA 3U3GA 4FZXC 2QK9A 3PUFA 3DRPA 1UA1A 4ELUA 3JSMA 3TI0A 1B92A 4J2BA 3LP0A 1RT3A 3VQAA 5HLFA 3RR8A 1BI4B 2P5GA 1BL3A 4KO0A 3KK1A 4TSXA 1KRPA 4RW4A 4W5NA 3V1QA 2BGGA 3T1AA 4RG8A 3AVLA 4DQPA 1NK4A 3F9KA 1NK8A 3TR8A 1BISA 1BCMA 1LW2A 3H08A 4B9SA 4FLTA 1N6QA 1HQEA 5KRSA 3CFRA 2YKNA 3O3GA 2OPSA 3NGIA 4DFJA 4KI6A 4EZ9A 1VSDA 3ZSZA 2KZMA 3OYDA 4O44A 3A2FA 4NYNA 4B9VA 1L3SA 3AVBA 4M3WA 3G10A 1CXQA 3NF8A 3DLRA 3SYZA 5HROA 1IKYA 3CQ8A 1JKHA 4ICLA 4HCCA 5HRSA 1HYZA 1VSFA 4CHZA 3HL8A 3P1GA 1RDDA 3KIOA 4FVMA 4OLBA 1NKBA 3CM6A 3KKSA 1VSKA 2X74A 4DSIA 1SL0A 2G8IA 3UIQA 1YTUA 1KVAA 3QIPA 3O4QA 4G1QA 1NK5A 3LANA 2ZE2A 1JL1A 4FJGA 4KHWA 3MEEA 2HVHA 3ZSOA 1RT7A 4H4OA 4W5OA 4FW1A 4IFVA 2IOCA 2OZMA 4OPKA 3FFIA 3MEDA 3K57A 1GOAA 4I2QA 2P51A 3EZ5A 1MU2A 4KPYA 4J2DA 3G0ZA 3IS9A 2YHAA 4BDYA 2WONA 5K14A 5JS1A 4KB0A 3PO5A 3PX4A 3L3VA 4KTZA 3PV8A 4OGCA 4CERA 4FJJA 4M3UA 3C94A 3IG1A 1J53A 3DLEA 2IAJA 4CF2A 3HVRA 1QTMA 4FLZA 1HRHA 2BDPA 4BDPA 1LW0A 2PY5A 2HW3A 4CFDA 4I9LA 1S6QA 3VQ6A 4F2RA 4DSJA 1KVCA 1RT1A 3NBPA 4FJ5A 3QEPA 2HHSA 4H8KA 3CFOA 1ASUA 1S1WA 2VWKA 4MQ3A 1NKCA 2IDOA 1RBSA 4O0JA 1Q8IA 4CF8A 3SPZA 1HMVA 4FJKA 2PYJA 4CGJA 2HHVA 4Y1CA 2KQ2A 3NFAA 3TARA 1ZBHA 3HSTB 4GVMA 4FM0A 3V9SA 2Q3SA 3SV3A 2YNGA 2Y1IA 4DFKA 4OLAA 4RW6A 1C6VA 3TWHA 2QXFA 4BWJA 2XO7A 3BGRA 4KHYA 1C1AA 3I0RA 2DFEA 1S1XA 4N47A 4Z4CA 1ZYQA 1JXEA 1CXUA 3HPGA 3TAGA 1SUQA 3HT3A 1BCOA 1LAVA 3V1OA 1YVUA 3NF9A 1QHTA 2G8KA 4Z4FA 1S9GA 1TKXA 3P83D 4CEZA 1NOYA 3I8DA 4Z4HA 1GOBA 5FROA 5T7BA 3OYFA 4BWMA 1SL2A 4MFBA 1BGXT 4AHUA 3AO2A 3V1RA 3KTQA 2DFHA 3MECA 4CEQA 4QCLA 4C8LA 5HP1A 1C0TA 3OVNA 5KRTA 3WNEA 1ASWA 3AVJA 4FZZA 1RTDA 3L3UA 3QETA 3AV9A 3ZSYA 4FLXA 2FBTA 2HHQA 1ZBUA 2B5JA 1VSMA 4I9QA 1KVBA 3NF7A 2HHXA 4J2AA 3MXJA 4CF0A 4Q5VA 5JS2A 3AO3A 1S1TA 2KTQA 1BQMA 4EZ6A 4KV8A 2P5OA 3LPTA 2YNFA 3L8BA 3SQ4A 4FJMA 4CJLA 3RMCA 1WN7A 1RBUA 5CYQA 1UWBA 4FJXA 3DLGA 3U6FA 4DG1A 3JYTA 3OYJA 4FJHA 1D9FA 1RBRA 3VQ7A 2DTUA 2G8VA 3HP9A 4OKEA 1HYVA 4QAGA 3OS1A 3LP2A 3THVA 2ZD1A 4DLGA 4FK0A 4FJ8A 5DMRA 3VQQA 3I0SA 1RBVA 4DF4A 3NGYA 4CK3A 3NF6A 1LV5A 4Q0BA 1L5UA 4B9NA 1HQUA 4CHPA 4E7HA 4IG3A 4IBNA 4HTUA 1UAXA 1JXBA 4KHUA 1IH7A 3SPYA 1WSGA 3HVTA 3QEVA 2B4JA 1TL1A 3VQEA 4CJ3A 4DTNA 3ZT1A 4B9MA 4B9TA 2KFNA 2JGUA 1Y97A 3K5OA 4OJRA 4CJRA 1WSEA 4CCHA 4FLVA 4DSKA 3LP3A 1VRTA 4AHRA 4Z4GA 3NE6A 4CEEA 3OYCA 1TAQA 4CHOA 2PZSA 1DTTA 4FW2A 4DTPA 1LWEA 2YHBA 3QNNA 3AO1A 4LH4A 4DTUA 3SQ1A 3ZSRA 4Z4IA 4CJ5A 3KD5E 4FM1A 1TKDA 1CZ9A 4KB1A 2GBZA 4CF1A 4UQGA 3V6DA 3EYZA 4J2EA 1VSJA 1KFSA 3V9XA 3MXIA 4JLHA 4KFBA 3ALYA 4CK2A 4NYFA 1KSPA 4FLWA 4DMNA 5C25A 3SV4A 3AVNA 4FLYA 2A1RA 3IRXA 3CM5A 4AHSA 4FJLA 1QQCA 2OPQA 2B6AA 3O4NA 4M3XA 1TKZA 3EY1A 3AA5X 4BDZA 1RT5A 1ITGA 4OKJA 1J5OA 4PQUA 2VG6A 4DTXA 3AVIA 4DQIA 1VSEA 2Z1HA 1FK9A 1FKPA 1W0HA 2OA8A 1RTJA 1T8EA 1KFDA 2PYLA 4DSEA 2VWJA 3DLKA 4KTWA 1S1UA 3DRSA 3K5LA 1UA0A 4FJIA 3LZJA 2D5RA 4RW9A 1SV5A 1WNSA 1NJXA 3K5NA 2RN2A 3PY8A 2LSNA 4KTQA 1BI4A 1Q9XA 1QSYA 4NCAA 1LWCA 3RMAA 3AVMA 4HVJA 2KFZA 3QINA 4JS5A 4W5RA 4KHQA 4M42A 3C95A 3M8QA 1C0UA 1KTQA 4CJTA 2O4IA 3ZSVA 1LAWA 4LY7A 3QIOA 3VN5A 3KLIA 3ZSWA 3V4IA 2HMIA 3AVKA 5KGWA 3O3HA 4M3TA 3U3YA 4W5QA 5HBMA 1T7PA 3BDPA 1VRUA 3S3OA 2KW4A 2OZSA 4FK4A 3HYFA 1G15A 2A1SA 2YNHA 1L3UA 2FBYA 4KHSA 1RDBA 5KTQA 4DFPA 4BE2A 1JLAA 1D5AA 3IAYA 4C8KA 3LPUA 2ETJA 1K6YA 3DMJA 4DFMA 4PWDA 2GV9A 3KLEA 4JRPA 5D3GA 3RRGA 3SUOA 4ID1A 1REVA 3DOKA 4OVLA 1RCHA 3NH1A 3T3FA 4DQSA 5KI6A 1TKTA 1SL1A 2QKBA 3VQPA 2I5JA 3HK2A 2XY5A 1XHXA 4AH9A 5E41A 3OY9A 1X1PA 4DWIA 4LSLA 3HM9A 3SZ2A 1SKRA 3AA4A 3VA0A 1EP4A 4DTRA 1ZBIA 3LZIA 2GUIA 4CJKA 3ZT3A 3ZCMA 3K2PA 3KK3A 1WAJA 4CEDA 4R5PA 4B3OA 4AHCA 3VQ8A 2Y1JA 1JLQA 3DI6A 2E6LA 3OYLA 4H4MA 1U49A 3KLGA 4KI4A 5HRRA 4CGIA 4CF9A 4XIUA 4CJ4A 1RNHA 1U4BA 4F3TA 4CEAA 2IGIA 1UOCA 4DTJA 3KKRA 2IS3A 4KKOA 1ZBFA 4ZTJA 4LSNA 4FJ9A 2P1JA 4ID5A 4DLEA 5FRNA 4FLUA 4M45A 1BQNA 3CYMA 3L2VA 1IKWA 4IFYA 1U48A 2HNYA 3DLHA 3RR7A 4N76A 4CJPA 2HVIA 1TK5A 5J1EA 3LWMA 1HNVA 4KHNA 2D0BA 1XWLA 2FBVA 3SI6A 3ULDA 4NCGA 4DTOA 1KLNA 4E3SA 4B9UA 1TVRA 3AVFA 3M8PA 4OGEA 3AVCA 1IG9A 3VQBA 1IKVA 3LAMA 3HXMA 1TL3A 1NK9A 2BE2A 4K8XA 4DU4A 3SJJA 2E4LA 4E1NA 3VQ5A 4DF8A 2KZZA 4BE0A 1RDCA 1YT3A 3AA2A 3PO4A 1HPZA 4F3OA 1HJRA 1X9MA 3KD1E 1J54A 3OJUA 1W9HA 4M3ZA 2VG7A 3OYNA 1SKSA 3ISNC 2HHUA 2HB5A 4Y1DA 3OYGA 4JS4A 3TABA 3C6UA 3S3MA 2QKKA 2ITGA 4CEBA 1TK8A 1EX4A 3B6OA 3VA3A 1DTQA 1A5WA 3VQ4A 4M41A 1XHZA 4CEFA 5FRMA 1S9EA 4CECA 3KK2A 3QEIA 4AHVA 2AJQA 4FJ7A 4FK2A 1JLFA 3WNHA 2FBXA 1C1CA 4ELTA 4EP4A 4CHNA 1BIZA 5HRNA 1S1VA 3SNNA 3QNOA 3O3FA 1EETA 1QE1A 3C6TA 4B8AB 3LDSA 4ZTFA 1I39A 1HNIA 4YNQA 3ZT0A 1NOZA 4O0IA 2G8FA 4CGGA 3V9UA 4JRQA 4B8CA 3QLHA 1A5VA 1WSFA 4CE9A 1RTIA 5J2PA 4B9LA 4DU1A 4CIFA 4IDKA 4E7LA 1RT4A 2XRIA 3P5JA 3DM2A 4C8NA 4HUEA 2ZQBA 4HCBA 3QEXA 1IO2A 3CFPA 3AO4A 4CHYA 4F2SA 1U47A 3K5MA 4CHQA 4FZYA 1U04A 4KAZA 2EX3A 1RILA 4RW7A 4CJEA 1R0AA 3VQDA 3ZT4A 1D8YA 1TK0A 1TGOA 1ZBLA 3QO9A 4CGHA 1VSLA 3OYMA 4AILC 2Z1IA 4LH5A 2YKMA 4DQRA 3MXMA 1XC9A 1TV6A 2XY6A 1WAFA 1RTHA 3V9WA 5J2NA 1NJYA 3RMDA 1WSJA 4K8ZA 3D45A 3ZSQA 5CYMA 3PX6A 1VK0A 1RT2A 4WE1A 4CJFA 1BHLA 3ZSXA 1SKWA 4CFBA 4W5TA 3AO5A 4PUOA 3HJFA 2DFFA 3NDKA 2NUBA 3AVAA 4M3YA 2JLEA 4CFAA 1CLQA 1C1BA 3QEWA 4CESA 4CJSA 1X9WA 3NH0A 4KRFA 3WNFA 1HYSA 3SUQA 1B9FA 4Z0UA 4CIGA 3MAQA 2F8TA 3CG7A 1F21A 3OYAA 4CFCA 4NCBA 1Z25A 3TAPA 2HNZA 5J2MA 3OYEA 3NHGA 1YTAA 3VQ9A 1KLMA 3KLHA 3LWLA 3AVGA 3SUNA 3RRHA 4RW8A 5CZ2A 2OYQA 5SZTA 3TAQA 3LALA 5KGXA 1TAUA 3S3NA 4I2PA 3L2QA 2DY4A 3TAEA 1JLEA 4QOZB 2RF2A 2ATQA 2BANA 1S6PA 3KJVA 4E7KA 1JLBA 2YV0X 1IKXA 3HP6A 3RWUA 4DQQA 1X9SA 1NK0A 1A5XA 1N5YA 2G8HA 2W42A 2F8SA 5SWMA 1CZBA 3DYAA 5C24A 1L3TA 2WOMA 1Z26A 2D0CA 3ZT2A 4CJQA 2O4GA 4IKFA 2RPIA 3VQCA 3S9HA 3TAFA 1DLOA 5J2QA 1XI1A 3NAEA 4PY5A 1JL2A 1FKOA 1O1WA 1EXQA 4LD0A 3SQ0A 2YNIA 4M3RA 5DK5A 3OYBA 4E19A 3D0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3L2W A;  4BR9 A;  4K0K K;  1OH7 A;  4CJW A;  1T05 A;  4DQ8 A;  2G8U A;  5LY3 A;  2G8W A;  5AQZ A;  3H46 O;  1RBT A;  4ELV A;  3PLA A;  5LL6 Z;  2Z1G A;  3ASM A;  4JKH A;  2X78 A;  5A2Q O;  4BRE A;  1JLC A;  3L2R A;  2HBJ A;  4FSV A;  1VQK N;  1WSI A;  3VES A;  3QML A;  4RCH A;  2OPR A;  2K5S A;  3C6H A;  3CET A;  3G25 A;  3O9U A;  3WNG A;  3ZLJ A;  2UUB K;  2OVR B;  1U45 A;  3UKU B;  4H0X B;  3U9D A;  2R7Y A;  5I42 A;  1J9A A;  4DU3 A;  4F8R A;  4DR5 K;  3OS0 A;  2VYP A;  2A41 A;  2AP1 A;  3OS2 A;  1OVY A;  3PX0 A;  3E9L A;  3MEG A;  3JAM O;  3OYH A;  4BRH A;  2EHG A;  1FZ7 E;  4GMJ B;  4CGD A;  3K2O A;  4I7F A;  4AM7 A;  4HUG A;  3OW2 M;  4BAC A;  1Q9Y A;  1QSS A;  3N4Q A;  2HND A;  1IBK K;  2YHW A;  2P9U B;  4IG0 A;  1EWQ A;  1WLJ A;  3AA3 A;  1NNE A;  3E9P A;  4KH4 A;  5I9E B;  4CIE A;  3TAN A;  4IOA L;  3O9R A;  3TSP A;  1GLA G;  3CIP A;  1NK7 A;  2FF3 B;  3L2U A;  4FZX C;  3U3G A;  3CCR N;  2QWO A;  4ELU A;  1VQ9 N;  4JYA K;  5FPN A;  3VQA A;  4F9O A;  4OX9 K;  2O8C B;  1MHZ G;  2P5G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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