3QEXA

Rb69 dna polymerase (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dgtp opposite dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Hydrogen-Bonding Capability of Difluorotoluene Nucleoside in Replication Complexes
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3qexA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3qexA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3qexA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3qexA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3qexA03
5HRRA 1J53A 3V1RA 3ZT0A 2Z1HA 4E7HA 4DSFA 4NYFA 2HVIA 4KTWA 5KTQA 1NK9A 3DLGA 1ZBLA 2G8VA 4KI6A 4FM1A 1VK0A 3ISNC 4M3UA 3MECA 4CEEA 4KHSA 4CEOA 3OYEA 3SYZA 2KTQA 3LZIA 4CJFA 3LZJA 3DLEA 3V9WA 2BANA 3PV8A 4ZTJA 4CFAA 3TI0A 4GMJB 1KLNA 4CF9A 4NYNA 2X6SA 3AO2A 4E19A 3HO1A 4I9LA 4BDPA 4KREA 3K59A 3HVRA 1RNHA 2BDPA 1IKXA 1BIUA 3K2PA 1RBTA 1S1XA 2FC0A 1EP4A 4O55A 1C6VA 2KFNA 2IDOA 5HP1A 1RTIA 4M41A 1VRUA 3PX6A 5I42A 5EU7A 4FLTA 4DMNA 4YNQA 3H08A 4M45A 5E41A 1VSKA 3QNOA 2G8WA 1T7PA 4ID1A 3NE6A 1TL1A 1XI1A 1A5XA 1HPZA 1I39A 2RKIA 2ETJA 4C8LA 3RMBA 3LAMA 1YTUA 3C94A 5JS1A 1C1BA 1HMVA 1Q8IA 4IFVA 1GOAA 4OPJA 4FJ9A 3S3MA 1RT7A 4M3WA 1SKWA 3QETA 3ULDA 1K6YA 4IFYA 3THVA 3S3OA 3TAGA 1RT4A 1J9AA 1KVBA 2OPQA 3ALYA 5J2QA 4FJGA 3AA3A 1KTQA 2X78A 3KK1A 4ELUA 4FLYA 1WSHA 3KLFA 3C6TA 3NGZA 3ZT1A 3HPOA 4DSLA 4QAGA 1VSEA 1TK5A 4E7JA 4F2RA 4ZTFA 1TK0A 1J5OA 4FZZA 2JGUA 2XY5A 3F73A 1TGOA 4RG8A 3C95A 2D0AA 3U6FA 1LAWA 1HRHA 4K8XA 1RT1A 3V9ZA 4E0DA 2HHSA 3AA5X 1WAFA 4DSJA 3DLRA 3NH0A 1TKZA 2GUIA 3FFIA 4GVMA 4R5PA 3SJJA 3K5NA 3SUNA 1RTHA 3KK3A 3AVMA 4CF1A 3LWLA 3PUFA 1EXQA 3LPTA 3ZSYA 3TAQA 5FRNA 3NGYA 3K58A 4CECA 4FJIA 1EETA 1LAVA 2KW4A 2OPRA 3OJSA 2AJQA 4J2EA 4AHCA 1ZBIA 3HK2A 4Z4IA 1DLOA 2ITGA 5CY4A 3TAEA 4KHWA 5HROA 1WNSA 4W5RA 2VWJA 4CF0A 1RDBA 2P5GA 5J2PA 5SZTA 3S3NA 1HYVA 5FROA 4FJHA 1S6PA 1EKEA 2HHUA 3OYLA 2D5RA 3QO9A 3TAFA 1LW0A 2ZQBA 3NGIA 3NHGA 4J2DA 1C1CA 1JKHA 4RW8A 4C8OA 4FM0A 4F4KA 3RR7A 3F9KA 3VQ9A 5KGXA 3PX4A 1HYSA 4DU4A 1SL0A 4KPYA 3A2FA 4DTOA 1IO2A 1U47A 1VSFA 3AA2A 2LSNA 3MXIA 1O1WA 1RBSA 3OYDA 4MFBA 1NJXA 4IKFA 2HW3A 3L2WA 4DLEA 1QSSA 1IKWA 4DSIA 1CXQA 1RDCA 4DF8A 1VSIA 1HQUA 2P51A 2QK9A 3U3GA 1UWBA 1F21A 1VSMA 2ZD1A 4Q5VA 3QEWA 1U04A 1RCHA 2PYLA 4FXDA 3DM2A 3RR8A 4B8CA 2DFFA 3U3YA 4W5OA 5CZ2A 2BGGA 3DI6A 4KV8A 1TVRA 3AA4A 3NBPA 4HCCA 2WOMA 1YT3A 3O4NA 4FJMA 3L3VA 3CYMA 2Y1JA 4FVMA 1WSIA 3NH1A 3KKRA 1UOCA 4FZXC 4KO0A 4FLWA 3KLEA 3OYAA 4DQRA 5I3UA 3SZ2A 3AVFA 4N41A 3NF8A 3AVCA 1Y97A 2F96A 2Z1IA 3AVIA 1W9HA 3TANA 1BI4A 3VQPA 4FJLA 4WE1A 3ZSXA 4B9VA 4K8ZA 3MEGA 4KFBA 4KHYA 3LDSA 4CJ4A 4E7KA 5FDLA 4F8RA 4Z4FA 3WNGA 4Z4EA 3VQBA 2XY6A 3OYIA 3JSMA 2HHTA 3IG1A 3SCXA 1NK7A 3AVAA 4RW9A 3QESA 1CLQA 1T05A 1RT2A 1D9FA 4AHSA 1TV6A 1U45A 1IKVA 2A1SA 4CJRA 2JLEA 3V9SA 3M8QA 4IG0A 3JYTA 1TAQA 4HUEA 4CGIA 4KHNA 2O4GA 3HSTB 2P5OA 3B6PA 4F3OA 1T03A 1VSLA 4DQPA 2D0CA 2Y1IA 3KTQA 4EZ6A 3L8BA 4DWIA 1RBRA 4Y1DA 3K5MA 3OYCA 4OKKA 4DFKA 4CE9A 4CIEA 4DSEA 4OKJA 3DLBA 3CG7A 1LV5A 5D3GA 4CCHA 1KFDA 3ZSQA 2OZMA 2YNIA 3V9UA 2OPPA 1QE1A 3VQEA 3SQ4A 4O5BA 5T7BA 3TAPA 2XRIA 4FJKA 2HNYA 4CF2A 1RILA 3DLKA 1ITGA 1JXBA 3K5OA 4KHUA 2G8IA 1BIZA 4AHVA 1ZYQA 1R0AA 4DU1A 4CJQA 1JLGA 4DTJA 4PWDA 4H8KA 3IAYA 3QINA 5C24A 2W42A 4OPKA 4B9NA 3SUQA 2B6AA 2OZSA 4J2BA 2RPIA 1IH7A 4FLXA 3LP3A 3O4QA 5CYMA 4UQGA 4W5QA 1SUQA 4BDZA 3QLHA 4FJNA 5SWMA 1JL1A 4FLUA 1Z25A 1NOZA 1ASWA 4FJ8A 3ZT4A 4HUFA 5HLFA 1VRTA 4BACA 2QXFA 4CJUA 2RN2A 3OYGA 2QKKA 5J1EA 3SPYA 3D45A 3MXMA 1QSYA 1D5AA 1VSHA 1Q9YA 4DTRA 5HRSA 3ZSRA 4CGFA 1X9WA 4L8RB 3HP9A 1YVUA 1KLMA 3AVNA 1JLEA 1L3TA 1RTDA 4JRPA 3AVKA 1GOCA 3I8DA 2F8SA 2HB5A 4B9UA 1BHLA 4I2PA 2QKBA 2P1JA 3O3GA 1KFSA 4F3TA 3HM9A 2B4JA 4AHRA 3SNNA 2Z1GA 2I5JA 1VSDA 4KTZA 3TAMA 4QOZB 1KRPA 1TL3A 3AVLA 3V81A 2ATQA 2OA8A 3V1QA 2FBYA 5DMRA 4C8MA 1VSJA 4CIGA 3OYKA 2G8HA 3PO4A 2VWKA 3KLIA 4LH5A 1W0HA 3VQQA 2IOCA 2HHQA 4N47A 1J54A 4CJ5A 2PYJA 3EYZA 3OVNA 4QCLA 3BDPA 4LSNA 3G10A 3CQ8A 3DRRA 2GV9A 4C8KA 4FJJA 4BWJA 4PQUA 3DOLA 2YV0X 1ZBHA 1SL1A 3HVTA 2HNDA 3AO3A 4OKEA 4CHNA 2NUBA 3QEIA 4CEQA 1UA0A 3E01A 1JLBA 4AILC 4O4GA 3P1GA 5FRMA 4HHTA 4KI4A 3NFAA 1S1TA 1LWCA 1WSFA 1WAJA 3CFRA 3AVHA 4JLHA 1S1VA 4LY7A 4CHYA 4N76A 3LP2A 4FK2A 4FCYA 1XHXA 3NCIA 1L3VA 2VG7A 2X74A 1KVCA 3T19A 5KRTA 4IBNA 3NAEA 3DOKA 3QIPA 1S6QA 3V6DA 4W5NA 4CJKA 2DTUA 4ICLA 4CHOA 4CJWA 4BE2A 4KRFA 1QS4A 3ZT2A 4DG1A 1NK0A 4B9TA 4HCBA 5CZ1A 2HHXA 3VQCA 1B92A 3EZ5A 1WSEA 4DTNA 1N6QA 1RTJA 1HNIA 1C1AA 1XWLA 4CF8A 4RW6A 1U48A 1IKYA 4CEFA 4EP4A 3WNHA 3OJUA 4CGJA 2IGIA 3SQ1A 4FLVA 1CZBA 4DS5A 3PX0A 1N5YA 5KI6A 3HT3A 4FW1A 1JXEA 1GOBA 3G0ZA 4DSKA 1KCFA 4CGGA 4TSXA 3VA3A 3V1OA 1SL2A 1KSPA 4CK1A 1B9DA 1RT5A 3P83D 3LP0A 3OYBA 4NCBA 3ZT3A 4N5SA 3TABA 2XO7A 3ZCMA 1NKBA 1DTTA 1EX4A 4LSLA 1X9MA 3OS0A 4BDYA 3KD5E 3VQ4A 3VQ8A 4DF4A 4Z4CA 4CHPA 1SKSA 4JS5A 1BQNA 2XY8A 3ITHA 3ZSWA 1SKRA 1X1PA 2ZE2A 3L2RA 3RMAA 4PY5A 4CGDA 4DFPA 3LALA 1Q9XA 2G8FA 3TR8A 3ZSOA 4E1NA 4O0JA 4DFJA 3V4IA 1HQEA 3VQ7A 2XHBA 3CFOA 1JL2A 4CEAA 4DTPA 4CFBA 5J2MA 4KB0A 2X6NA 3V9XA 1NK4A 3AO5A 1NOYA 4OLBA 1RDDA 3QEXA 1QSLA 2YHBA 2G8KA 3CM6A 3MEDA 4O44A 4CEDA 5DK5A 1HYZA 3K5LA 3PO5A 2YHAA 4EZ9A 3AVBA 2DFHA 4I9QA 4H4MA 3OYMA 1RT6A 1JLFA 4DFMA 1NJZA 2HNZA 5K14A 4Z4HA 4CJTA 1RDAA 2FBXA 3RWUA 3DMJA 2PY5A 1FK9A 1NK6A 3SQ0A 3QERA 4KTQA 4CEZA 5HRNA 3BGRA 4FZYA 2VG6A 4CFDA 4DQQA 4NCAA 4M42A 2VG5A 4OGCA 5C42A 3VQDA 4OJRA 1FKOA 3LAKA 3KIOA 1KVAA 4E7IA 4MQ3A 3ZSVA 3LPUA 3KLGA 4EP5A 2IAJA 2G8UA 4OGEA 1WLJA 2F8TA 1B9FA 1JLCA 3KKSA 4CIFA 1FXXA 4AHUA 3S9HA 4M3ZA 3HL8A 4LD0A 3K57A 3O3FA 3P5JA 2YKMA 3OYNA 1MU2A 3L2VA 1WSJA 3HPHA 2PZSA 2HHWA 4B08A 4HVJA 4OLAA 1NK8A 5KRSA 2E6MA 3M8RA 4JS4A 2IC3A 3TWHA 4CEBA 3AVJA 3OYJA 3M8PA 3AVGA 4M3TA 1BCOA 3IRXA 1D8YA 3I0SA 4Z0UA 1BI4B 3OS2A 3NDKA 1WN7A 1C0MA 1DTQA 1TKTA 1LWEA 3CM5A 1C0UA 4KB1A 1C0TA 3OYFA 3CFPA 3HYFA 3HXMA 4J2AA 3OYHA 3SUOA 4HTUA 4AHTA 1L3SA 3AO4A 2A1RA 3NF7A 2KZZA 4PA1A 1HNVA 3T3FA 4CFCA 3MXJA 4OVLA 4M3XA 4CHZA 4BE0A 3VQ6A 4B8AB 3LANA 4XIUA 4DLGA 4Z4GA 4DTXA 1Z26A 2R7YA 3MAQA 1XHZA 3NF9A 2KZMA 4FLZA 1QTMA 1A5VA 2RF2A 4CJPA 1SV5A 4CESA 2YNFA 4PUOA 1S9GA 4CERA 3OY9A 4E7LA 4E3SA 4IDKA 4FJXA 1S1UA 1YTAA 3IS9A 3ASMA 3KLHA 3KK2A 1BQMA 3VN5A 4B9SA 4H4OA 3KJVA 3EY1A 1NJWA 4I2QA 4DU3A 4CJVA 4E89A 3LWMA 4CJEA 4KKOA 4W5TA 4KHQA 3C6UA 1XC9A 1BISA 3AV9A 3SV4A 4FJ7A 2HMIA 1TK8A 3SQ2A 2DY4A 3T1AA 1LWFA 1U4BA 4GW6A 2WONA 1TAUA 4FW2A 3LP1A 4NCGA 3QNNA 1JLAA 1S9EA 3WNFA 4CJ3A 4E1MA 3RTVA 1NJYA 4ZHRA 1REVA 3SV3A 1L5UA 3L2QA 1ZBUA 4FYDA 4DTMA 3VQ5A 3SUPA 3MEEA 3UIQA 4FK0A 1QQCA 3DRSA 3DYAA 3OS1A 3D0PA 3RRHA 1JLQA 4B9MA 3NH2A 3TARA 3HPGA 3SPZA 1X9SA 2YKNA 1RT3A 2OYQA 3HJFA 4CK3A 3RMCA 1FKPA 4RW4A 3WNEA 4CHQA 4F2SA 5JS2A 2KFZA 4I7FA 1TKXA 5CYQA 1RBVA 4AH9A 1S5JA 3VQAA 3I0RA 4FJ5A 2EX3A 2YNGA 1UAXA 1U49A 3RRGA 1T8EA 3SI6A 3AO1A 4FK4A 1L3UA 3KD1E 1LW2A 4O0IA 2YNHA 4YFUA 1ZBFA 4ID5A 3O3HA 3HP6A 1CZ9A 4HUGA 4B9LA 1ASUA 2Q3SA 1G15A 1BCMA 1BGXT 2GBZA 5HRPA 1QHTA 4FM2A 2BE2A 2O4IA 4CK2A 1ASVA 2KQ2A 2HHVA 4CJSA 4ELTA 4JRQA 1D9DA 3L2UA 1RBUA 1NKEA 1TKDA 1UA1A 4BE1A 4DQSA 4B3OA 2FBTA 2HVHA 3QEVA 4RW7A 3ZSZA 4M3RA 1HJRA 5KGWA 1I3AA 4G1QA 3PY8A 1WSGA 4CJLA 4BWMA 2OPSA 2E6LA 2IS3A 3RMDA 4DTUA 2B5JA 3B6OA 5HBMA 4DTSA 2E4LA 1IG9A 4LH4A 3M8SA 3DLHA 4ELVA 3DRPA 1A5WA 3NF6A 4M3YA 4Y1CA 4CGHA 4DS4A 3QIOA 2XY7A 4C8NA 4KAZA 4DQIA 3VA0A 1CXUA 2FBVA 2EHGA 1BL3A 2D0BA 2DFEA 2Z1JA 3L3UA 4IG3A 5J2NA 4N56A 1S1WA 1NKCA 4Q0BA 5C25A 1NK5A 3QEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HRRA 4FPBA 1VQ9N 1NGDA 2HVIA 1NK9A 3DLGA 3SYZA 4KHSA 5M1QA 4CJFA 3H6EA 3NVMA 4GMJB 4YOTA 4CF9A 3HO1A 4BDPA 1XUPO 3K59A 2BDPA 3BEXA 4BY9C 1OKJA 1S1XA 2HMPA 4BRPA 5HP1A 4FWSA 1RTIA 2P9SA 3WSOA 1X3NA 4QS8A 2P9LA 4CZFA 5I42A 1LDKE 4YNQA 3H08A 2G8WA 1VSKA 3QNOA 4H0YB 1T7PA 4ID1A 3NE6A 1HKBA 1A5XA 1HPZA 1I39A 5M1PA 3UKUB 5KPZA 1NGHA 3RMBA 1C1BA 1HMVA 2RHKA 1GOAA 1RT7A 1SKWA 4BC2A 3F9MA 3ULDA 1FZ8E 1J9AA 4FJGA 4ISFA 2UUBK 3O9SA 4DSLA 2A5XA 5KQ8A 4ZTFA 2KLAA 1J5OA 1W7AA 3F73A 2QI2A 4RG8A 2P9KB 3U6FA 2I7PA 3SJJA 3KK3A 4CF1A 1XVGE 4IOCL 3TU5A 1EETA 1LAVA 2OPRA 3OJSA 1T44A 4J2EA 3H45C 1ZBIA 2F7TA 1HR0K 3UKRB 3THXA 3OGKB 4KHWA 5HROA 4W5RA 2P9UB 2VWJA 4CF0A 3CCLN 3CJCA 3KHYA 5SZTA 3S3NA 1P22A 1HYVA 4FJHA 1S6PA 1EKEA 3OYLA 3D2EA 2B1EA 4C8OA 5AQVA 1YJNN 4F4KA 3RR7A 3DXMA 3VQ9A 1HYSA 3BY5A 3PX4A 3A8YA 2P9PB 2LSNA 4K42A 2NRHA 1WBDA 1QSSA 2YI1A 4BR0A 1CXQA 1RDCA 1K73O 1ATRA 1HQUA 1UWBA 3HGLA 3QEWA 1RCHA 2PYLA 4KV8A 3NBPA 2FSJA 3A5LC 3O4NA 4LFBK 4FVMA 2MMBA 4H5VA 1W2BM 4FLWA 2ASMA 3O1WA 1Y97A 2F96A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HRR A;  4FPB A;  1VQ9 N;  1NGD A;  2HVI A;  1NK9 A;  3DLG A;  3SYZ A;  4KHS A;  5M1Q A;  4CJF A;  3H6E A;  3NVM A;  4GMJ B;  4YOT A;  4CF9 A;  3HO1 A;  4BDP A;  1XUP O;  3K59 A;  2BDP A;  3BEX A;  4BY9 C;  1OKJ A;  1S1X A;  2HMP A;  4BRP A;  5HP1 A;  4FWS A;  1RTI A;  2P9S A;  3WSO A;  1X3N A;  4QS8 A;  2P9L A;  4CZF A;  5I42 A;  1LDK E;  4YNQ A;  3H08 A;  2G8W A;  1VSK A;  3QNO A;  4H0Y B;  1T7P A;  4ID1 A;  3NE6 A;  1HKB A;  1A5X A;  1HPZ A;  1I39 A;  5M1P A;  3UKU B;  5KPZ A;  1NGH A;  3RMB A;  1C1B A;  1HMV A;  2RHK A;  1GOA A;  1RT7 A;  1SKW A;  4BC2 A;  3F9M A;  3ULD A;  1FZ8 E;  1J9A A;  4FJG A;  4ISF A;  2UUB K;  3O9S A;  4DSL A;  2A5X A;  5KQ8 A;  4ZTF A;  2KLA A;  1J5O A;  1W7A A;  3F73 A;  2QI2 A;  4RG8 A;  2P9K B;  3U6F A;  2I7P A;  3SJJ A;  3KK3 A;  4CF1 A;  1XVG E;  4IOC L;  3TU5 A;  1EET A;  1LAV A;  2OPR A;  3OJS A;  1T44 A;  4J2E A;  3H45 C;  1ZBI A;  2F7T A;  1HR0 K;  3UKR B;  3THX A;  3OGK B;  4KHW A;  5HRO A;  4W5R A;  2P9U B;  2VWJ A;  4CF0 A;  3CCL N;  3CJC A;  3KHY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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