4DTRA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 322
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtrA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtrA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtrA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtrA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtrA03
4FJLA 3LWMA 3KLGA 2YHAA 1WSJA 2OPPA 3L2VA 1RTIA 4B9VA 1A5XA 1JLGA 1XHXA 4FK4A 4IDKA 4AH9A 4KHSA 3V81A 1LW2A 1GOAA 1T8EA 1WSFA 5I42A 1S6QA 3OYDA 4L8RB 4AHUA 4CJTA 3WNEA 1B9DA 1WSIA 3QETA 4CJLA 3V4IA 1L3SA 3SQ4A 2BGGA 2HHTA 2IAJA 4C8MA 3ZSXA 1HQUA 3S9HA 3AV9A 3LP2A 4FYDA 3K5NA 4OGEA 1C6VA 2OA8A 1NK7A 2G8WA 1CXUA 3E01A 3MXIA 4DSKA 3U3GA 2B6AA 5KGXA 1KVCA 1MU2A 1TKXA 3T3FA 4DSIA 1IKXA 3L3VA 4RG8A 3NH2A 3IRXA 4E7IA 3V6DA 4CJPA 4MFBA 3AA4A 1RTHA 3JSMA 1RCHA 1N6QA 4DS4A 2QKBA 1CZ9A 5EU7A 3C6UA 4HVJA 1HRHA 5FROA 3ZT2A 3P5JA 1BCOA 3HO1A 4M3WA 3L3UA 2E6LA 5KRSA 4DWIA 1IKWA 1YT3A 1J9AA 4DU3A 5CYQA 4Y1DA 4B8AB 3K58A 5C25A 4F8RA 1SKSA 4EZ6A 3D45A 2HHSA 3SJJA 3DI6A 1ASWA 3SUNA 3AVCA 4KFBA 3KKSA 4CK2A 2D5RA 3H08A 4FCYA 3RRHA 4FW1A 1NJWA 1WNSA 4JS4A 2RPIA 1S1TA 4E19A 4W5OA 4FLTA 3NF9A 3DYAA 3A2FA 1QS4A 3K5MA 3RR7A 5J2MA 3NE6A 4C8KA 2YNHA 1SV5A 2KFZA 3I8DA 4CF8A 1BHLA 2BANA 1LWEA 4I2QA 1BGXT 4BDPA 4O5BA 2HHVA 3CM5A 1S6PA 3VA3A 1S1WA 2X6NA 3AVIA 2KFNA 3CFRA 4CESA 3F9KA 4CJ5A 3HP9A 4MQ3A 1JLEA 3I0RA 4CEZA 4BACA 4BDYA 3NCIA 4H4MA 1HNIA 3OYKA 1Q8IA 4C8LA 4N76A 4BE2A 3AVNA 3VQBA 1C0MA 2HB5A 4KB1A 2B5JA 3ZSOA 1SL1A 2Y1JA 2HMIA 2IOCA 3MXMA 3LP3A 2IGIA 1WLJA 3QERA 4HUFA 1RT4A 2D0AA 4CHOA 5I3UA 1NKBA 1QHTA 3KLIA 2ITGA 1QSLA 5FRNA 4DTOA 4M41A 4FJ7A 4DTSA 2D0BA 2VWJA 1ZYQA 4F4KA 4O4GA 4KTZA 3DOLA 2G8IA 1R0AA 1RT2A 1UOCA 3DMJA 4LH4A 3SPYA 4HCCA 3S3NA 3LAMA 2Z1GA 5D3GA 3T1AA 2I5JA 1BL3A 4CEBA 3RMCA 4B8CA 1KRPA 1TK0A 4CJVA 1D8YA 3KJVA 2P5OA 3SUOA 3VQCA 2G8FA 1G15A 2HNDA 1HYSA 3NF6A 3V9UA 4LSNA 2E4LA 3V9XA 1A5WA 4F2SA 4LH5A 1TVRA 3QIOA 4O0JA 3WNHA 3V9SA 3DRSA 3KLHA 3CFPA 1BISA 2ZQBA 1UAXA 4CJEA 1VRUA 1BI4A 4CFDA 2G8HA 4B9NA 3LPTA 4CHZA 2XHBA 3BDPA 2Z1HA 4KREA 1RILA 4W5RA 5CZ1A 2YKMA 3QNNA 1U45A 1RT3A 3PUFA 1Q9XA 4OKEA 4E89A 4KHNA 1WAFA 1ZBFA 3NGYA 4Q5VA 2D0CA 4I7FA 4M3RA 1JLCA 4CFBA 2XY7A 1JLAA 4YFUA 3M8RA 4M3UA 1RT1A 4CJUA 4PY5A 4KTQA 4M45A 2G8KA 2HHWA 3VA0A 4CEOA 3PX0A 5K14A 3NBPA 2P51A 4DF8A 1ITGA 1RNHA 1YVUA 3ZT4A 1A5VA 1W9HA 4ID5A 4CFCA 5CZ2A 2VG5A 3KIOA 4ZTJA 4WE1A 4BE0A 4FJGA 1QQCA 1VSKA 3LANA 1JKHA 4KO0A 4DFKA 3EZ5A 4BWMA 4Z4CA 4CGFA 4OPKA 4C8NA 1JL1A 1TK8A 1B92A 4DTJA 3PX4A 2KTQA 1VSEA 3DLEA 1SUQA 4BDZA 4CGGA 3ZSRA 2XY5A 1FKPA 4CJQA 1BCMA 2FBXA 3DRPA 1KLNA 1XWLA 3VQDA 4Y1CA 2JGUA 1Z26A 4NCAA 1HYZA 1NK0A 1L5UA 1JLQA 5HRSA 4ID1A 3AO1A 3PY8A 2OPSA 3LPUA 4DU1A 3OYCA 3SI6A 1X9SA 3NGZA 3PV8A 3DM2A 4FJNA 1RBSA 1IKYA 3IG1A 5SWMA 4I9QA 4B9MA 3KK3A 3ASMA 4OJRA 5HRPA 2HHQA 2GV9A 1IH7A 3SV4A 4CF1A 4E7KA 4NYFA 3KLFA 1ZBLA 4E7JA 5CY4A 3WNFA 4DF4A 1C1CA 4DFMA 4B9LA 1BIUA 3U3YA 3OYGA 1T7PA 3HVTA 3HJFA 4OKJA 3CG7A 1LAVA 4EP4A 4DTUA 1J54A 3HXMA 1TV6A 5C24A 3L2QA 4Z4EA 4RW4A 2RF2A 4N56A 4CJWA 3OS2A 4JS5A 2YNFA 3SPZA 5HRNA 4JRPA 4CF2A 1NJZA 3RMBA 4FJXA 1X9MA 4DTPA 4FZYA 3K59A 4CF9A 4FJIA 3G0ZA 4QAGA 3U6FA 1I3AA 3HL8A 3KTQA 2NUBA 4RW9A 3L2UA 4BWJA 1TKDA 3ZSYA 4FM0A 1EETA 4IFVA 3TAPA 1D5AA 2VG7A 4FJHA 3M8QA 4LD0A 3HPHA 2Y1IA 3AA2A 3QEIA 4O44A 1NOYA 4DTNA 3K5OA 3O3GA 3HT3A 2IC3A 2QK9A 4ICLA 3AVBA 4CERA 3NF7A 3VQ9A 3RMDA 4Z4IA 3LWLA 3MECA 1NK9A 3ZSWA 4FJ8A 1RBTA 4UQGA 4CEQA 5J2PA 1JXEA 2HHUA 3B6OA 1RTDA 1VRTA 1U04A 1HYVA 2HVHA 2HNYA 1T03A 1HJRA 4ELUA 3QEWA 3OS1A 4PUOA 1CZBA 3JYTA 3THVA 1HMVA 1U49A 1Q9YA 5DK5A 3QEXA 2KW4A 3NH0A 3LP0A 1ASVA 3SUQA 1IG9A 1RBVA 3C6TA 4DTXA 5FDLA 3OYEA 2FBVA 4N47A 3TWHA 2HW3A 4DFJA 2YKNA 1GOCA 1DLOA 3LDSA 3LZJA 4B08A 1VSDA 1S1UA 4FLWA 3OJUA 1XHZA 1J5OA 2YNGA 3TAEA 2RN2A 1QTMA 1ZBUA 1RT7A 4NCGA 1ZBHA 4CGDA 4B3OA 2W42A 2IS3A 1SKRA 2HVIA 4M3TA 3LALA 3AVFA 4Z4HA 2BE2A 5J1EA 2FBTA 4AHTA 2R7YA 4AHVA 4HHTA 4OVLA 3V9WA 1QSSA 3RWUA 3SQ0A 4GVMA 3TAMA 4CEAA 1D9FA 1C1AA 4O0IA 1Y97A 2DFHA 2FBYA 5KTQA 4RW7A 1L3VA 4DTMA 4OKKA 4AHRA 5SZTA 1YTUA 4DQPA 4CJSA 5E41A 3AVGA 4E3SA 4KTWA 1EXQA 4W5TA 3EY1A 3ITHA 3WNGA 3MEEA 5HRRA 4E1MA 3VQ8A 1JLFA 2XRIA 3DLGA 5J2NA 2KQ2A 4FW2A 3NF8A 5FRMA 5KI6A 4DSLA 4CCHA 3AVKA 1T05A 4PWDA 3TAFA 1TKZA 4DSJA 3TAQA 3MXJA 1LWCA 1NK4A 4JRQA 1BQNA 1NK6A 4Z4GA 4J2DA 4KKOA 1LV5A 3ZT0A 4I9LA 1QSYA 2KZZA 1KVAA 1C1BA 4CECA 1TAUA 1EP4A 3QNOA 4CJFA 4G1QA 2A1SA 1KVBA 1FK9A 4NCBA 3CQ8A 4E1NA 5JS1A 2LSNA 1JLBA 1WSEA 1RDCA 2WONA 3T19A 1KSPA 2X78A 1VSJA 4E0DA 1EKEA 1KFDA 4KHWA 1YTAA 3O4QA 4O55A 4F3OA 2YNIA 4DU4A 4M3YA 1VSHA 2HHXA 5CYMA 4QCLA 2DFEA 4CGHA 3ZSZA 3RMAA 4J2BA 3VQ6A 1TGOA 3KKRA 4FLUA 5JS2A 4DQQA 2OPQA 4FJMA 3SV3A 1U4BA 4CEEA 1IKVA 2BDPA 4CEFA 2F96A 2RKIA 3OYAA 4YNQA 3K57A 1REVA 3MEDA 4Q0BA 1WAJA 1RDBA 2JLEA 3DRRA 4OPJA 3K5LA 1C0TA 4EZ9A 4KPYA 5HROA 2X6SA 4CJ3A 3V9ZA 4KHYA 2DTUA 2Q3SA 4DFPA 4OGCA 2EHGA 4BE1A 3AVLA 2PYLA 3AO5A 2XY6A 3ZT3A 2FC0A 1TL1A 4GW6A 4DMNA 1XI1A 1NKEA 3TABA 4AHSA 3RR8A 1TAQA 2PY5A 3ALYA 3VQ4A 1KLMA 4E7LA 4PQUA 4CF0A 1KCFA 3MEGA 3VQPA 4CE9A 4RW6A 4N5SA 3HM9A 1UA1A 4W5QA 4CFAA 3QINA 1X9WA 3UIQA 3L8BA 1RBUA 3AO2A 4CHYA 4RW8A 5KRTA 3OY9A 3L2RA 3TANA 3V1QA 4DQSA 2PZSA 2F8TA 4FLXA 4CJ4A 4F3TA 4ELTA 3OYBA 4DLEA 3F73A 1RTJA 4ELVA 2XO7A 4DSEA 1SL2A 3ZSQA 3DLKA 4K8XA 3PO5A 1BQMA 3QEPA 1BI4B 1XC9A 3HYFA 4CIEA 3S3MA 4KV8A 3DLRA 4H4OA 2ATQA 1N5YA 3AVMA 3PX6A 1CXQA 4TSXA 1JXBA 3M8PA 1HNVA 3AVJA 4CHNA 2P5GA 3KD1E 3VN5A 4FLZA 1HPZA 3EYZA 4B9TA 3OYNA 3OYLA 3SCXA 4C8OA 1FXXA 1LW0A 1S5JA 1C0UA 4J2AA 3OS0A 4DTRA 1L3TA 2HNZA 4CHPA 3SUPA 3O3HA 1SKWA 3VQQA 4CIFA 3QESA 1TL3A 1KFSA 2Z1IA 4J2EA 4B9UA 1TK5A 2P1JA 3DOKA 3HP6A 2XY8A 1ASUA 4JLHA 4F2RA 1VSLA 1ZBIA 2O4IA 4DQIA 2O4GA 4H8KA 1S1VA 3NHGA 1FKOA 4FK0A 4FLVA 1VSIA 2QKKA 4OLAA 4R5PA 4K8ZA 3QO9A 1EX4A 3NAEA 1TKTA 3CYMA 3ULDA 4FXDA 2YHBA 3OYMA 4CHQA 1J53A 3ZT1A 4KRFA 5C42A 4Z4FA 5HLFA 4FZZA 1RT5A 1S9EA 2X74A 4CJRA 4FK2A 4AHCA 4HTUA 2GBZA 3V1OA 4FJ9A 4XIUA 4M3ZA 1WN7A 3C95A 2DFFA 3B6PA 4KI4A 3TR8A 3AVHA 3HK2A 3OYHA 1B9FA 3NH1A 4DQRA 3NFAA 4E7HA 4ZTFA 3OYJA 1RDDA 1RT6A 4I2PA 3KK1A 3LZIA 1WSHA 3SNNA 3OVNA 3AA5X 5DMRA 1L3UA 4DSFA 3SYZA 3QEVA 3HPGA 1VK0A 1JL2A 4IKFA 4IG3A 1S1XA 4EP5A 2OZSA 2IDOA 4CGIA 4KI6A 1LWFA 3P1GA 4CIGA 2WOMA 4CK1A 5KGWA 2ETJA 1LAWA 3VQ7A 1VSFA 3O3FA 4B9SA 3OYFA 3FFIA 2KZMA 3DLBA 1WSGA 4KHQA 3BGRA 2VWKA 3CM6A 3O4NA 2PYJA 4M3XA 3AA3A 5T7BA 3HPOA 2Z1JA 4FJKA 2A1RA 4DLGA 2OZMA 4IBNA 4KB0A 3I0SA 3KK2A 3V1RA 2G8UA 4N41A 2AJQA 5J2QA 3C94A 3QIPA 4NYNA 2B4JA 3IAYA 2VG6A 3ZSVA 3VQEA 3KLEA 3HSTB 1DTQA 4DS5A 4CJKA 4CGJA 1X1PA 2ZE2A 1NJXA 4W5NA 4CK3A 3TARA 1CLQA 1UA0A 4HCBA 1RBRA 1O1WA 3OJSA 1I39A 3L2WA 1S9GA 2E6MA 4GMJB 4IFYA 4Z0UA 3ZCMA 3SQ2A 1HQEA 2EX3A 2OPRA 3ISNC 3M8SA 3DLHA 3MAQA 4PA1A 4HUGA 2F8SA 1IO2A 1GOBA 2G8VA 1K6YA 4FM1A 1KTQA 2GUIA 1VSMA 4KAZA 1U47A 1BIZA 3AO3A 4CEDA 4LY7A 3VQ5A 5HP1A 2DY4A 4FVMA 3SZ2A 4M42A 3S3OA 3K2PA 4HUEA 3P83D 3NGIA 1NKCA 4KHUA 1Z25A 1SL0A 3CFOA 4LSLA 1F21A 1UWBA 4FJJA 1D9DA 2OYQA 3LAKA 3D0PA 4OLBA 3QLHA 4FM2A 2YV0X 1U48A 4FZXC 4IG0A 3TI0A 1RDAA 3SQ1A 3AVAA 1NK8A 2QXFA 3LP1A 4QOZB 3AO4A 4AILC 1DTTA 3IS9A 3PO4A 1QE1A 3KD5E 4ZHRA 3OYIA 3RRGA 3TAGA 1NJYA 3RTVA 4FJ5A 3HVRA 1NK5A 4FLYA 2ZD1A 3NDKA 3G10A 3VQAA 1NOZA 4DG1A 5HBMA 1W0HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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