4DTRA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 322
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtrA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtrA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtrA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtrA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtrA03
1BI4B 3O4NA 4CHOA 1KLNA 4NYNA 1WNSA 1IKXA 1CLQA 3NHGA 2P1JA 3AVGA 3CYMA 3VQ9A 3F9KA 4DG1A 3VQ8A 2YV0X 3M8PA 2HHVA 4FZZA 1T05A 3SI6A 1RBSA 4CFAA 4KHSA 3KIOA 4OVLA 4DLEA 3V9XA 1RBVA 1VSLA 2Q3SA 1RDBA 3NH1A 1SKSA 3HVTA 4FJGA 2FBVA 3AVCA 3ZT0A 1TKXA 5HRNA 1GOAA 1ASVA 4W5RA 4CJRA 1IH7A 4OKJA 1WLJA 1REVA 1XWLA 3VQ5A 3QEPA 2BGGA 4DWIA 3MEDA 4MFBA 2DTUA 2IAJA 1RT2A 3NF6A 1K6YA 4I7FA 1LW0A 4DSIA 3SQ0A 2ZQBA 5JS1A 4O55A 5J2MA 4ZHRA 3P83D 1QSLA 4FM2A 1HMVA 1D5AA 3I0SA 4EP5A 4CIFA 3RRHA 4KPYA 3ZSYA 3QO9A 1VSMA 3HYFA 2DFFA 2DY4A 1DTTA 3NAEA 1S6PA 2F96A 1KLMA 3VQ6A 3OYDA 2W42A 4DSLA 4FM0A 3ISNC 4M3WA 5CYMA 1ZYQA 1VSIA 3O3FA 2YKNA 2YNGA 3HJFA 1TGOA 1JKHA 5FRNA 1UOCA 1JXBA 3QNNA 1RT1A 3AVIA 3HL8A 4N41A 5J2QA 3VQQA 4MQ3A 2D0AA 1F21A 1D8YA 4B9TA 3AO3A 3NBPA 3SUOA 3QIPA 2ZD1A 4CJWA 3NH2A 3CFOA 4RW6A 4DS4A 2NUBA 4FJHA 3PX6A 3V9ZA 1HQUA 4IKFA 1Q8IA 2Z1HA 4DU3A 1A5WA 1B92A 1LWEA 2OPSA 4CIGA 3DRRA 3OYNA 1NK5A 2IS3A 2G8UA 4B9VA 4FLXA 1T8EA 3SQ1A 1JL2A 3KLGA 3KK1A 3HXMA 1L3TA 3E01A 3JYTA 4LY7A 4C8MA 3AA4A 4NCBA 4M42A 4LSLA 1DTQA 1FXXA 1NKCA 2E4LA 4CGGA 1JLCA 4YFUA 3SJJA 2YHAA 4FLVA 3O4QA 4E1NA 1NK9A 2D0CA 4CK3A 3OYKA 4CJVA 2G8HA 4Z4GA 1FK9A 1ZBHA 4EP4A 1C1BA 4KTWA 3AVLA 3V1OA 3OYJA 3DLHA 4FVMA 4CJQA 4DS5A 2YNHA 3NDKA 1WAJA 4DTMA 3QESA 4CESA 1BHLA 5CY4A 3RRGA 1RT3A 3DMJA 1VSKA 4CJFA 4Z0UA 4QAGA 3BGRA 4FLTA 4CF1A 4FLWA 3DI6A 3H08A 4QOZB 2BE2A 2HNZA 4CEBA 3HK2A 3OJSA 3KLIA 3ASMA 3CM6A 2Y1JA 5C25A 4ELTA 3DLEA 4CGHA 1NK6A 4FJKA 1NJXA 3CQ8A 3KJVA 4FJIA 1X9MA 1LV5A 1KTQA 2HHXA 3LPTA 4CEDA 4XIUA 3MXIA 1U47A 4F8RA 2WONA 1B9DA 5CYQA 4I2QA 3VQPA 1QQCA 1C0UA 2ZE2A 3I0RA 4OGCA 5HBMA 4KV8A 4CGJA 3HM9A 3ZSWA 2Z1GA 4KHNA 3KK2A 2EHGA 3LZJA 4FXDA 4ID5A 3ITHA 4O5BA 2QK9A 2KZZA 4B8AB 1RDAA 3L2VA 4CF0A 3RR7A 4BWMA 1KCFA 1U49A 3SUQA 3KK3A 4W5TA 2XY7A 1RNHA 4IFVA 3NF8A 4Q0BA 5HP1A 4DSKA 1UAXA 1VSDA 2KW4A 4CGDA 3AVBA 3RMDA 3OYMA 4KHYA 1Z25A 1BIUA 4CE9A 4IG3A 2XHBA 3MEGA 1U45A 4DLGA 3TAMA 4E7JA 3OS0A 2P51A 5KRTA 4HUEA 1TAUA 4FJXA 1NJZA 3QEIA 4CHQA 4DFPA 3AVHA 1RBUA 4DMNA 4DSEA 1S6QA 3QEVA 1YVUA 1L3SA 2OPPA 4ID1A 2D0BA 4B3OA 1RT7A 4CEZA 2XY5A 4FZYA 2QKBA 3SUNA 3SQ2A 1ZBUA 3VQDA 5JS2A 1L3UA 1IO2A 3I8DA 3OYEA 1WSHA 1ZBFA 4CJ5A 3HPOA 1JLQA 5CZ2A 1DLOA 3O3GA 1BL3A 3D0PA 3EYZA 1UA0A 3V1QA 4ZTFA 2F8TA 2IDOA 1NK7A 4CK2A 4C8KA 4E89A 2HVIA 4ELUA 4GW6A 4I9LA 4OKKA 4AHRA 1CZBA 4K8XA 3PX4A 1KSPA 1ZBIA 1WSIA 1YT3A 4M3ZA 3DOKA 4DQQA 1TK0A 1O1WA 3ZSVA 3L3VA 3ZSXA 4DTUA 3HSTB 4PA1A 4B9LA 3HP9A 1XI1A 3PY8A 2RN2A 4DSFA 2KQ2A 1VRTA 2G8IA 3DYAA 4FJNA 4M3XA 3PUFA 4JRPA 4FK2A 1J54A 4RW8A 4BDZA 1U48A 2VWJA 4CFCA 3DLBA 3RWUA 3NGIA 3KLEA 3TI0A 2BDPA 2KTQA 3AVMA 3T1AA 4W5OA 1Q9YA 4CGFA 1LAVA 1LAWA 1SV5A 5E41A 5HROA 3EZ5A 1VSEA 3M8QA 4OPJA 3EY1A 3LDSA 2RKIA 4FK4A 1QSYA 1QS4A 4DQIA 4J2BA 1RILA 2XO7A 3LP0A 1TL1A 4CJUA 4AILC 2BANA 4HCBA 1UWBA 4LD0A 4O0IA 4DQPA 3OS2A 3KLHA 1S1TA 4DTJA 4KFBA 2LSNA 2XY8A 3WNFA 5J2NA 4N56A 4PY5A 1EP4A 2HHTA 1NK0A 2I5JA 3AO5A 4NYFA 1XHXA 1LWCA 4M3RA 5HLFA 2OA8A 1FKOA 3FFIA 3ZSQA 3U6FA 1ZBLA 3S3NA 4EZ6A 3DRPA 3AO2A 3ZT3A 2XRIA 2X6SA 4FJLA 2B4JA 4WE1A 1CXQA 5KTQA 4DF4A 3ALYA 1BCMA 1IKVA 4C8NA 2HNDA 3VQEA 2X74A 4IG0A 3QNOA 4FW2A 4CJ4A 3RTVA 3V4IA 2PZSA 2KFZA 3MEEA 2QXFA 4CJLA 1RTHA 1S1XA 4CJKA 2WOMA 3HT3A 2OPRA 1EETA 4CJSA 5FDLA 3T3FA 2JGUA 1EKEA 5C24A 3LALA 4PUOA 1BCOA 4DU1A 5HRRA 4HVJA 2IC3A 4BE0A 4HCCA 1N6QA 3KD5E 3ZT4A 4DFJA 3L2QA 4N5SA 3S3OA 2HHWA 4HTUA 4DFKA 4NCGA 4W5QA 5DK5A 2A1SA 4CCHA 4FJ7A 1SKRA 2GUIA 2GV9A 3LAKA 1J53A 1VSJA 4AHTA 4R5PA 1RT4A 1Q9XA 3K5LA 1A5XA 1A5VA 4FYDA 4M41A 2GBZA 3LWMA 4IFYA 3KKSA 1NK4A 4F2SA 2PY5A 3AV9A 2FC0A 4CECA 2VWKA 4I2PA 1SL2A 3RR8A 1S9GA 4PQUA 4H8KA 3NE6A 4Z4FA 3VQCA 4M3UA 4FJMA 3DLKA 3K5MA 3CFPA 3M8SA 4AHUA 3OYBA 1NK8A 3OYGA 4CEOA 2X78A 1X9SA 4LH5A 3CG7A 2OPQA 4DF8A 3SV4A 3TAEA 4AHSA 1RDCA 1TKTA 3DLRA 4HHTA 4OGEA 2G8KA 3K58A 1S1VA 4IBNA 4JLHA 4BE1A 4ELVA 1Z26A 3RMBA 2FBYA 1ASWA 1RBRA 1WSFA 4J2EA 5SZTA 4BACA 2Y1IA 1XC9A 3MAQA 1T7PA 4KB1A 4FM1A 3PO5A 1GOBA 3ZSOA 1WSGA 4CHYA 4FW1A 4ICLA 4Y1DA 4FLZA 1JXEA 3LAMA 4E3SA 1KRPA 2PYLA 2VG7A 3QIOA 3K57A 4C8OA 4F3OA 1SKWA 4Q5VA 1HYSA 3V9SA 1KVAA 3DLGA 1QHTA 2Z1JA 4RW9A 3SYZA 3KTQA 1RCHA 4KHWA 3F73A 3PO4A 1RTJA 3L8BA 2O4GA 4FJ8A 3A2FA 1KVBA 4Z4HA 3AA5X 3ZT1A 3MXMA 3ZT2A 1BIZA 4G1QA 3VA0A 4CF9A 1J5OA 4DTRA 4B9SA 2HB5A 4B8CA 3L2RA 3OVNA 3HPGA 3L2UA 4CJ3A 3OS1A 1RDDA 3NH0A 4CHPA 4DTPA 3TARA 1JLEA 3PX0A 3IS9A 4O0JA 4O44A 4RG8A 4FCYA 4DFMA 4FLUA 1RT5A 3V6DA 1C0MA 4DTNA 1C1CA 1JLGA 2E6LA 3SZ2A 4JRQA 1N5YA 5EU7A 1WSEA 3LANA 2A1RA 1HYVA 1W9HA 3VA3A 4CHNA 4BDPA 3TABA 3SNNA 4BWJA 3P5JA 2G8VA 3NCIA 3G10A 3ZCMA 2P5OA 3OYFA 4E7LA 1G15A 3SQ4A 4KTZA 3QETA 4E1MA 1Y97A 1RBTA 5CZ1A 1I3AA 4N76A 1TL3A 4Z4EA 1YTUA 3QEXA 3OYAA 1NJWA 3VN5A 2XY6A 2B5JA 4CERA 3K59A 3ULDA 1JLBA 3G0ZA 4CF8A 4UQGA 5KGWA 1C6VA 3C94A 1BGXT 4DSJA 1NKBA 1WN7A 3RMCA 1BQMA 4AH9A 4OKEA 1BQNA 3V81A 2KFNA 2IGIA 1NJYA 4KI4A 1QTMA 1RT6A 4PWDA 2HHSA 3U3GA 2F8SA 3AVNA 2JLEA 4CGIA 3TWHA 2OZSA 2HNYA 4E7IA 4CIEA 3OYLA 1SL1A 4C8LA 1HPZA 3HPHA 3OYIA 3NF9A 4CF2A 5T7BA 3LWLA 4DQSA 1NKEA 2HMIA 3AVKA 5J1EA 4L8RB 2RF2A 1KFDA 3NFAA 4CFBA 1QE1A 2RPIA 3O3HA 1TK8A 4F2RA 4KKOA 4CJTA 1C0TA 4CHZA 3L2WA 1HYZA 3HP6A 1KFSA 4J2AA 4GVMA 4KREA 1TV6A 1C1AA 3OY9A 1J9AA 1TK5A 1L5UA 2KZMA 3TAGA 4H4OA 3S3MA 1GOCA 4CEEA 4CJPA 3WNGA 2PYJA 1CZ9A 2HHUA 3LPUA 3IG1A 4AHVA 5KRSA 3QERA 3VQ7A 3TAQA 3K5NA 5FRMA 1HQEA 1S5JA 1TAQA 3NGYA 5C42A 1HRHA 4KI6A 4QCLA 4EZ9A 3K5OA 1SL0A 4IDKA 4CEQA 4KB0A 3VQAA 4M3TA 4OPKA 3DOLA 3TR8A 3OJUA 4B9NA 5FROA 4KO0A 4M45A 2HW3A 3DM2A 2X6NA 3AVFA 1IKWA 2DFEA 4NCAA 3V1RA 4J2DA 1BI4A 1X1PA 1IKYA 1I39A 4YNQA 4LH4A 1QSSA 3LP2A 4E7HA 3NF7A 2IOCA 5HRPA 1L3VA 5HRSA 1S1WA 1TVRA 3MXJA 4F4KA 3IAYA 3BDPA 4AHCA 2B6AA 2P5GA 1YTAA 4M3YA 2ATQA 4LSNA 3WNEA 3SV3A 3AVJA 2OYQA 3THVA 3LP3A 3KKRA 5SWMA 2EX3A 3AA2A 3T19A 1NOYA 3S9HA 1VRUA 3CM5A 4H4MA 3VQ4A 1MU2A 2YNFA 3CFRA 2E6MA 4KRFA 1D9FA 4O4GA 3QEWA 3OYHA 3MECA 1U04A 4BE2A 4FK0A 1RTIA 3C95A 4CEFA 1JLFA 3TAPA 1SUQA 3VQBA 3V9UA 3M8RA 5J2PA 2R7YA 2HHQA 2FBTA 4OLBA 4W5NA 4DQRA 3TANA 3C6TA 4E0DA 4E7KA 1VSHA 3ZSZA 1LWFA 1XHZA 5I42A 3D45A 3SPZA 4N47A 4Z4IA 2YNIA 3L3UA 4RW7A 5DMRA 2OZMA 4DTOA 3UIQA 1ASUA 1X9WA 1S9EA 1WAFA 3TAFA 1HNVA 3DRSA 3QLHA 4Y1CA 1RTDA 1VSFA 3K2PA 2D5RA 4CEAA 2VG6A 4K8ZA 4FLYA 1JLAA 1U4BA 2AJQA 3SPYA 4DTXA 3RMAA 3B6OA 1R0AA 3NGZA 4FJ9A 4TSXA 3SUPA 4FJ5A 4KTQA 2YHBA 3AO4A 4CJEA 5D3GA 4CFDA 4HUGA 4ZTJA 4FJJA 3AVAA 4KHQA 3P1GA 4OJRA 1WSJA 4BDYA 2DFHA 3JSMA 4DTSA 3ZSRA 1HJRA 1TKZA 4CK1A 4B9UA 3LP1A 1ITGA 2HVHA 1TKDA 2FBXA 4KHUA 3KD1E 3PV8A 2Z1IA 3U3YA 1IG9A 1D9DA 1KVCA 1CXUA 4OLAA 3WNHA 2ITGA 4I9QA 4F3TA 2G8FA 4Z4CA 4B9MA 1B9FA 4GMJB 1FKPA 3QINA 2O4IA 1JL1A 4E19A 5KI6A 1VK0A 4RW4A 3LZIA 4DU4A 2ETJA 3AO1A 3SCXA 1BISA 3HVRA 3AA3A 4JS4A 5K14A 1NOZA 3B6PA 3KLFA 1LW2A 3IRXA 1S1UA 2VG5A 1UA1A 1T03A 1EXQA 5KGXA 2QKKA 3C6UA 1HNIA 3OYCA 4B08A 4JS5A 1W0HA 4HUFA 4KAZA 1EX4A 4FZXC 5I3UA 2YKMA 3V9WA 2G8WA 3HO1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O4NA 4NYNA 1IKXA 1CLQA 4FPAA 4DG1A 3M8PA 4FZZA 3SI6A 1RBSA 5B8HA 1VHXA 3KIOA 4OVLA 3U9DA 1YI2N 1NBWA 1VSLA 2Q3SA 3K9KA 3PIOL 4Y0WA 3AVCA 1I94K 2O8BB 1GOAA 4FOIA 1XWLA 3QEPA 3WXLA 3AGKA 3MEDA 2IAJA 1XU5E 1Q18A 4ZHRA 1KAXA 4M7YA 1VQON 4FM2A 4EP5A 3R3LA 3HM8A 4CIFA 5JVHL 3CJ9A 3ZSYA 3HYFA 4B9QA 1FJGK 2DY4A 1S6PA 4WF9L 4DSLA 2PFVA 4Z4FA 1E3MA 3CI5A 1VSIA 3CC7N 1T6DA 3CCQN 4N41A 3QNNA 4DR2K 3LDQA 3V7DB 4B9TA 2HMPA 1R59O 4XH4A 3SUOA 4DS4A 2ZD1A 4RW6A 4FJHA 3PX6A 1HQUA 3EE8A 1LWEA 4FLXA 3SQ1A 4FL9A 2E88A 3AAPA 3JYTA 1K8AO 1QZ6A 1BWFO 3LL3A 4C8MA 3AA4A 4NCBA 3PLAA 2A5XA 2O8BA 4XEIA 4YFUA 3O4QA 4E1NA 2D0CA 4CK3A 2Q31A 2G8HA 4BQZA 4KTWA 4CZEA 4FVMA 4BR2A 4LF6K 3R9PA 4GY2B 4X65K 2YNHA 4DS5A 2MZWB 1WAJA 4DTMA 2NZTA 4CESA 4DR6K 3RRGA 1RT3A 5EXWA 4QAGA 2F7TA 3BGRA 4CF1A 3H08A 3OGLB 5C15A 4HTLA 3VEXA 2ZJPL 3F2KA 2QWNA 3C0BA 4CGHA 2GX9A 1NJXA 3ULEB 1Q81O 3MKSB 5BN8A 2QI2A 1GLCG 1BG3A 3G4SN 2ASPA 3C65A 4I2QA 3E1YA 1QQCA 2ZE2A 4BVPA 3HM9A 4KV8A 2HBMA 3D6RA 3D2FA 2E2OA 5M1NA 4B3RK 4JKFA 4YOUA 3L2VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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