2QXFA

Product bound structure of exonuclease i at 1.5 angstrom resolution
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
468
structure length
432
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Structure of Escherichia coli exonuclease I in complex with thymidine 5'-monophosphate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 151
structure length 432
sequence length 468
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2007-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2qxfA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 2qxfA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qxfA01
1U04A 5KRSA 2YHBA 1A5VA 1RBUA 1HNIA 1RT7A 2P1JA 3PX0A 4ID1A 3MXIA 3TAMA 1KCFA 3V1OA 4O0IA 4ELVA 1WSHA 3I0RA 4CESA 1KLMA 4Q0BA 3LP3A 2HHQA 2XY8A 4C8KA 3AVHA 4FCYA 1LW0A 1RILA 2JGUA 2IAJA 3ZT0A 4DS5A 2IDOA 1C1BA 4ID5A 4O4GA 1EXQA 4AHSA 4KHYA 1RDBA 3NF9A 3NGZA 4DSLA 3QNNA 3CYMA 1RT2A 1C1AA 4MQ3A 1SKRA 5J2MA 4YNQA 2FBYA 1RCHA 2YNGA 2RPIA 3C6UA 3O3FA 2OZSA 5SWMA 3T3FA 1WAFA 4CF9A 3V81A 2IOCA 3VA3A 1FKPA 2VG5A 4CJQA 3DOLA 1VSJA 3V9ZA 3OYBA 1Z26A 4KTZA 4EP4A 4BWMA 4CIEA 4BDYA 3QIOA 4BE2A 4Z4CA 2Y1JA 1QS4A 3HVRA 3C94A 2OPQA 1G15A 2YV0X 1YVUA 1HQUA 4OPJA 1J9AA 4DTNA 1HPZA 5KRTA 1A5XA 1U47A 1EX4A 1JL1A 1QSLA 1NJXA 4FM0A 3O3HA 2G8WA 3OY9A 1HQEA 2BANA 1JKHA 4E19A 2X6NA 1S1WA 3MAQA 4CHPA 2EHGA 4PWDA 3RRGA 2KFNA 4W5OA 3D0PA 4F2RA 4O44A 2A1RA 4FJIA 4CJPA 1VSKA 4M3YA 1QE1A 1RTIA 1W9HA 1B9FA 3VQAA 2WONA 3KLFA 5JS2A 4BE1A 4BWJA 3RR7A 3PX6A 4CEFA 4B9SA 3QLHA 4JS4A 4OVLA 4AHCA 3OYCA 4FLVA 1ZBHA 1T7PA 4FZYA 1REVA 4OLAA 4CEEA 4CF1A 4E7LA 1QHTA 3E01A 4R5PA 3SQ0A 4W5RA 3K57A 1RDDA 1WN7A 4M3TA 2KFZA 4DFJA 3HSTB 3DLEA 4I2PA 3DOKA 1T05A 1KFSA 1YT3A 2D0CA 4JLHA 3TAGA 1LWCA 3THVA 2Z1HA 2B5JA 1KLNA 4E7HA 3AO5A 5J2QA 1WSIA 2HHTA 3HP6A 4L8RB 4Z4FA 3LWMA 4AHVA 4DQSA 3SQ1A 3LALA 3NE6A 4ZTJA 1TK8A 2OZMA 1ZBFA 4J2EA 5FROA 1QTMA 1J53A 4CF2A 4DFKA 4WE1A 1TK5A 4M3XA 1JLFA 2KTQA 3VQ4A 4GMJB 3NHGA 4CJWA 1Y97A 3KLIA 1RT4A 3ZSOA 4DSEA 4H4MA 1RDAA 2JLEA 4I7FA 1TKZA 5J1EA 5E41A 2HNDA 3OYJA 4N41A 2QK9A 3DYAA 2B4JA 1ZYQA 4FJ9A 2G8IA 3DMJA 4OLBA 1JLAA 3ISNC 3PUFA 1SL2A 3PO4A 4B9TA 4OKJA 3SPYA 2VG6A 1ZBIA 4FW2A 1WSFA 4AH9A 4CEAA 3NAEA 3WNFA 1LAWA 3DRRA 1B92A 3DRPA 4NYFA 3HP9A 2BGGA 1IKYA 4HUEA 3TAQA 4FK2A 1BISA 3NF6A 4O5BA 1TL3A 1TV6A 4DQIA 3H08A 4KTQA 3B6PA 4DSKA 4DTPA 1HYVA 3C95A 3AVKA 4BACA 3SNNA 2QKBA 4AILC 4KREA 1BGXT 2DFHA 1CXQA 3K2PA 4DQRA 4Z4EA 4K8XA 2ZE2A 2HHWA 3LP1A 3V1RA 3AV9A 3DM2A 2P5OA 3OJUA 1GOCA 1RTJA 3G10A 1NJWA 2IGIA 2F8TA 3LWLA 3L3UA 3L2RA 3KTQA 4J2AA 2O4GA 2G8FA 4CECA 4IG0A 5CYQA 1FKOA 4CJSA 4DQPA 4NCAA 3ZSQA 1ZBLA 3AA3A 4XIUA 4CJLA 4PA1A 3VQEA 1RTDA 2HNYA 3AVGA 3LP2A 4KB1A 4DTOA 1QSSA 1JLBA 1IH7A 4FXDA 3ZCMA 4CJRA 3L2UA 1SUQA 4OKKA 3TAEA 2G8VA 1IKXA 4KPYA 3OS2A 1SKSA 3CQ8A 1RBVA 4DS4A 5HRSA 3C6TA 2YHAA 3L2QA 3K5LA 2YNIA 2HB5A 4FJ5A 3NBPA 3OYIA 1WLJA 2VWKA 1NK9A 4I2QA 4M3RA 4FJGA 3LPTA 2PYLA 3MXMA 4N56A 2Z1GA 3K59A 4IFVA 4B9MA 5K14A 1S6QA 4ELTA 2Z1JA 1WSJA 4FW1A 3DRSA 1TGOA 4DTRA 3S3OA 2PZSA 3M8QA 1QSYA 1VSDA 2OPSA 3SCXA 4CFCA 3B6OA 3ZT3A 3LP0A 2FC0A 4FYDA 2ETJA 4CHZA 4ZHRA 4KHNA 4FJHA 1RT1A 4QCLA 1S1XA 2HVIA 3M8PA 5HRNA 1EP4A 2YNHA 1NJZA 3T19A 4M45A 3OYGA 2X6SA 2FBXA 1UAXA 4CCHA 3VQ8A 4M3ZA 5CZ2A 2BE2A 2W42A 3LAMA 3ASMA 1TK0A 1VSMA 1A5WA 3TAPA 4YFUA 4W5QA 4DSIA 4DTSA 4I9QA 1YTUA 3UIQA 4F2SA 3WNGA 3NDKA 5D3GA 4CHOA 1KVCA 4E3SA 1N5YA 5C42A 4EZ9A 2X74A 3AVJA 3VQCA 4FM1A 2DFFA 4CGGA 4DFPA 2OPRA 3SQ2A 3SUOA 1U4BA 4FJ8A 2P51A 3AO3A 2KZMA 1C0MA 1ASVA 3O4NA 1RBSA 4CJ4A 5J2PA 4C8MA 4FM2A 5I3UA 2XY7A 4KRFA 3HPOA 3DLGA 3TABA 1NJYA 2XY5A 1U45A 2G8HA 3RMDA 4OPKA 1S5JA 4DFMA 4QOZB 3AO2A 3NCIA 3SUQA 3AVMA 3IRXA 3EY1A 4N76A 4FZZA 2YKNA 4M3UA 4RW7A 3SUPA 3OS1A 4CJ3A 4CFDA 4J2BA 4JRQA 3ZSXA 5KI6A 3KD5E 1DTTA 4CJVA 1BQMA 3LZJA 4CIFA 4CEQA 3KD1E 1S1UA 4IKFA 4CEOA 1L3UA 4DLGA 5JS1A 2RKIA 4FLXA 3U6FA 3ZT2A 4DWIA 4IBNA 1SL0A 3HPGA 3LANA 4CGDA 4EP5A 3AO1A 4CIGA 3OYFA 1KTQA 1R0AA 1SL1A 3PO5A 4CE9A 3NF8A 2VG7A 3QO9A 2OPPA 3AVCA 3QIPA 2YKMA 3SV4A 2PY5A 1S1VA 3ZSVA 2G8UA 1DTQA 3OYAA 1GOBA 3TARA 2F8SA 3OYLA 4Z4GA 3RMBA 2XO7A 1WSGA 3CM6A 4N5SA 1JLGA 3U3YA 1L3SA 4CHYA 4Y1CA 1TVRA 3NGYA 3BGRA 1HMVA 2D0BA 4J2DA 5FRMA 2RN2A 4EZ6A 3AA5X 2QXFA 4OGCA 1NOYA 1BL3A 3HO1A 1TKTA 5FRNA 5HRPA 4CHQA 3AVFA 3NH0A 3OS0A 4CK1A 1HNVA 1J54A 1NK0A 3F73A 4RG8A 4B9NA 4CEDA 4OGEA 1W0HA 2ZD1A 3VQPA 1X9SA 4FLWA 2ZQBA 4AHUA 2OYQA 2ATQA 1FXXA 3HVTA 3VQ7A 1DLOA 3SV3A 1CZ9A 3OVNA 5CY4A 3RTVA 1RT5A 1CXUA 4B8AB 2OA8A 3AVAA 3LDSA 2HMIA 4O55A 3DLHA 3NH2A 4HTUA 4HVJA 2P5GA 3RMCA 4ICLA 3DI6A 1EKEA 1RT3A 1VSIA 1LV5A 4CJUA 4E7JA 4KAZA 1ASUA 3QERA 3QESA 3SPZA 2A1SA 1SV5A 2I5JA 3QEVA 3DLKA 3VQQA 4DTJA 3HJFA 1UWBA 1HRHA 1Z25A 4Q5VA 1CLQA 3TANA 4FJJA 3TWHA 3IG1A 4DLEA 4FLTA 1L5UA 2HHUA 2WOMA 4Z0UA 3QNOA 3V6DA 2NUBA 3HM9A 1NK8A 4FK4A 4W5NA 4CGHA 3QEIA 3SQ4A 2F96A 4DTUA 3ALYA 4LD0A 3V9SA 4E7IA 4B9UA 1UA1A 1IO2A 2HNZA 4TSXA 3NH1A 3K5NA 5HP1A 4DSFA 4LH4A 3NFAA 3VA0A 4DSJA 2QKKA 4KI6A 3SJJA 4B3OA 4F3OA 1D9FA 4PY5A 3M8SA 2E4LA 3JYTA 3SI6A 3L3VA 3M8RA 2FBTA 3PV8A 5KGWA 3KLHA 4LSNA 3HT3A 1TAQA 3KKSA 3SZ2A 3O4QA 3TAFA 2XY6A 3K58A 3CFPA 1JLCA 1QQCA 1S6PA 4F8RA 1C0UA 3DLRA 3MEGA 3I8DA 4KFBA 3L8BA 3K5MA 1LWFA 1WAJA 3HPHA 2PYJA 1VK0A 1XHXA 4FLZA 4KHQA 3A2FA 3SUNA 4CK3A 1MU2A 1Q9YA 3WNHA 1NOZA 4CJEA 2Y1IA 3OYHA 5I42A 4C8NA 2Q3SA 5KGXA 1KRPA 3D45A 2BDPA 4HHTA 2HHVA 4GVMA 4CF8A 3NF7A 3EYZA 3IAYA 3RR8A 3QEXA 5J2NA 2KZZA 3ITHA 4BDZA 4FLYA 4DTXA 1B9DA 5SZTA 1HYZA 1L3VA 1X9WA 3ZSYA 4FJKA 1JL2A 1U48A 4KO0A 1BCMA 3AVIA 4CJTA 3L2VA 3T1AA 4H4OA 3O3GA 4RW6A 4DMNA 2AJQA 3LAKA 1HJRA 3ZT4A 1Q9XA 1BIZA 1RNHA 3QEPA 2FBVA 4N47A 1N6QA 3BDPA 4H8KA 4PUOA 4Y1DA 2RF2A 4CHNA 4DF4A 4B9VA 1VSLA 5CZ1A 3RWUA 4LSLA 1D5AA 4B8CA 3CFRA 1LAVA 3I0SA 4DU3A 3OJSA 4HCBA 4UQGA 4CF0A 1SKWA 4FJLA 3JSMA 4FLUA 1LW2A 3RMAA 4FK0A 1KFDA 5HLFA 1NKCA 1JXEA 3ZSRA 2D0AA 4I9LA 4LY7A 2IC3A 1KVAA 4DU1A 2KQ2A 3MECA 3P5JA 4FVMA 3K5OA 4CJ5A 4E0DA 2VWJA 3LPUA 3OYDA 1JLEA 3V9XA 4Z4IA 1BI4A 4BDPA 4C8LA 3CG7A 4F4KA 3WNEA 4ELUA 3MEDA 1GOAA 1JLQA 1X9MA 4FJ7A 5EU7A 3PY8A 2E6LA 4MFBA 1UOCA 3P83D 3EZ5A 3HXMA 1I3AA 2HHXA 3OYEA 3MXJA 3S9HA 2B6AA 4CGFA 5HRRA 3VQ9A 1ZBUA 1HYSA 1F21A 4QAGA 1I39A 4W5TA 1NK7A 1VSFA 3QEWA 3AVLA 1S1TA 3KK3A 4NCBA 4KHUA 5T7BA 4B9LA 3DLBA 4B08A 4F3TA 2GUIA 1BCOA 1VRTA 3VQ6A 4HUGA 5FDLA 1XC9A 4RW4A 5C24A 1TAUA 3AA4A 5HBMA 3NGIA 4DF8A 4HUFA 3SYZA 2LSNA 1IKVA 3AA2A 3AO4A 3HK2A 1BIUA 4DTMA 1RTHA 1WNSA 1BI4B 3LZIA 4M3WA 3ZSWA 1FK9A 3VQDA 4DG1A 1BQNA 3V9UA 1NK4A 3OYKA 4LH5A 4CJFA 4M42A 5DMRA 1VSEA 4KI4A 3TI0A 3MEEA 4E1MA 2XRIA 1RDCA 2IS3A 4IDKA 1C6VA 4M41A 3V1QA 1U49A 3CFOA 1D8YA 2HHSA 2YNFA 4E89A 3VQ5A 3KLEA 3P1GA 4C8OA 4IG3A 1K6YA 5CYMA 4HCCA 4CEZA 4E1NA 5DK5A 4CFBA 2KW4A 5C25A 3OYNA 1TKXA 3ZSZA 1XHZA 3G0ZA 1T03A 1NK6A 1YTAA 4AHRA 1S9EA 1S9GA 4RW9A 1T8EA 2GV9A 4FJNA 4CJKA 2HW3A 1NKBA 4JRPA 2E6MA 1EETA 1RBRA 1ITGA 1JXBA 2XHBA 1KVBA 1RBTA 1RT6A 3KIOA 1J5OA 1UA0A 4CGJA 3L2WA 1C0TA 4CERA 3V9WA 4CGIA 2ITGA 3VN5A 3KK2A 3VQBA 1XI1A 1NKEA 2R7YA 1NK5A 4E7KA 3IS9A 3TR8A 1L3TA 4NCGA 3QETA 4OKEA 1IKWA 4BE0A 2D5RA 1C1CA 4ZTFA 4FZXC 2X78A 4IFYA 4RW8A 4NYNA 4CEBA 3KKRA 3U3GA 3S3MA 5HROA 3KJVA 4OJRA 1X1PA 4CK2A 1KSPA 1Q8IA 3AVNA 3PX4A 4FJMA 4FJXA 1VRUA 2EX3A 1VSHA 4G1QA 4CFAA 3KK1A 2DTUA 3V4IA 5KTQA 3AVBA 1WSEA 3FFIA 3RRHA 3ZT1A 1TKDA 1D9DA 2G8KA 2DY4A 1CZBA 4AHTA 3OYMA 4KB0A 4KV8A 2HVHA 1IG9A 1O1WA 4KKOA 4Z4HA 4KHWA 1LWEA 3QINA 4DQQA 4K8ZA 2O4IA 4DU4A 2GBZA 1TL1A 2Z1IA 3HYFA 3KLGA 3S3NA 1XWLA 4GW6A 3CM5A 4KTWA 4PQUA 3HL8A 4JS5A 2DFEA 3F9KA 1BHLA 4KHSA 4O0JA 3ULDA 1ASWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MWOA 2HBWA 1U04A 2HQEA 2CH4W 1NJIO 1AHJB 4K43A 2YHBA 4C8QA 2NRRA 4BUGA 3PX0A 2M0YA 1H3HA 3UT1A 4ELVA 4C5IA 4O0IA 2DZCA 3I0RA 2AKLA 4CESA 3LP3A 3VETA 1G3WA 1X3NA 3AVHA 4FCYA 1VQOT 1YJ9A 1LW0A 1G5VA 2IDOA 4CRIA 4H5TA 3T69A 2ENMA 4NXMK 3JCMV 3QNNA 1G3SA 5KQDA 3CYMA 2H3JA 3HSBA 4MQ3A 3CD6Q 1SKRA 5J2MA 2XU8A 2LDMA 3CCRN 3X20B 2FBYA 2YNGA 1RABB 5GAMj 1IBLK 2DRMA 3ZX2A 2L0AA 1X6OA 3J7AP 1BU6O 1TYQA 3VA3A 1FKPA 2X35A 2EKOA 2OJ2A 1DGKN 2DIQA 2DJQA 2HBJA 3VS2A 3SAHA 1NG2A 3THXA 3UA7A 4Z4CA 3J80E 1V4TA 5HY6A 3C94A 1ZUKA 1NLOC 1G15A 3UKUA 1HQUA 4OPJA 1HK9A 1YI2A 3CCMQ 1I1JA 2P9IB 4JRKA 5D6YA 4C8QB 1FYNA 1QSLA 4JYAK 2E5LK 2G8WA 2YJFA 3E19A 1JKHA 4FWNA 4C0DC 5IHNA 5CO7A 4PWDA 4BB7A 4NXNK 2ROLA 3RIRA 3EGDA 2JN0A 3TREA 3D0PA 4GKKK 4FJIA 4O44A 4F2RA 1JEGA 4M7YA 4M3YA 1VSKA 2A5XA 3KLFA 1JJ2S 2WONA 2MPXC 3CMAT 5JS2A 3RR7A 3CCUT 2OTJN 1P22A 4M78C 4B9SA 3QLHA 1I94K 3OYCA 1TYQB 2GQIA 1ZBHA 4OLAA 1REVA 3CERA 1S72T 4CEEA 2JZ2A 3GOIA 1QHTA 2GX9A 3SQ0A 4YTLA 1RDDA 3K57A 3THXB 2CGLA 2DL3A 3THVA 1KLNA 4L59A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4CGI A;  2ITG A;  3VN5 A;  3KK2 A;  3VQB A;  1XI1 A;  1NKE A;  2R7Y A;  1NK5 A;  4E7K A;  3IS9 A;  3TR8 A;  1L3T A;  4NCG A;  3QET A;  4OKE A;  1IKW A;  4BE0 A;  2D5R A;  1C1C A;  4ZTF A;  4FZX C;  2X78 A;  4IFY A;  4RW8 A;  4NYN A;  4CEB A;  3KKR A;  3U3G A;  3S3M A;  5HRO A;  3KJV A;  4OJR A;  1X1P A;  4CK2 A;  1KSP A;  1Q8I A;  3AVN A;  3PX4 A;  4FJM A;  4FJX A;  1VRU A;  2EX3 A;  1VSH A;  4G1Q A;  4CFA A;  3KK1 A;  2DTU A;  3V4I A;  5KTQ A;  3AVB A;  1WSE A;  3FFI A;  3RRH A;  3ZT1 A;  1TKD A;  1D9D A;  2G8K A;  2DY4 A;  1CZB A;  4AHT A;  3OYM A;  4KB0 A;  4KV8 A;  2HVH A;  1IG9 A;  1O1W A;  4KKO A;  4Z4H A;  4KHW A;  1LWE A;  3QIN A;  4DQQ A;  4K8Z A;  2O4I A;  4DU4 A;  2GBZ A;  1TL1 A;  2Z1I A;  3HYF A;  3KLG A;  3S3N A;  1XWL A;  4GW6 A;  3CM5 A;  4KTW A;  4PQU A;  3HL8 A;  4JS5 A;  2DFE A;  3F9K A;  1BHL A;  4KHS A;  4O0J A;  3ULD A;  1ASW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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