3SUPA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dctp opposite 2ap (gc rich sequence)
Total Genus 313
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
313
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 313
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3supA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3supA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3supA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3supA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3supA03
3SCXA 3DRPA 1J53A 5CZ2A 1A5VA 4MFBA 4BWMA 3HT3A 1TK5A 4BE2A 2D0AA 3RRGA 3S3OA 4DTJA 3I0SA 1UOCA 4ELTA 4FXDA 4KREA 3M8SA 4AHSA 3SPYA 3L2UA 3AVMA 2PZSA 2HB5A 1LWCA 5KTQA 3V9XA 1IG9A 1J54A 1VSFA 1LWFA 3AV9A 4Z4EA 1BQMA 3O3FA 3HK2A 4DF8A 1HYSA 4FJKA 1GOBA 1EP4A 4QOZB 4KKOA 4Z4GA 1RBUA 4LD0A 4RW8A 1RT5A 1NKCA 4M3RA 4HVJA 3OYBA 4DQRA 2KZZA 3SUPA 3WNEA 4RW4A 4HUEA 1RCHA 3QEXA 4JS5A 3L2VA 1WAJA 3SV4A 1S1XA 2F96A 3RMBA 4C8MA 3NF7A 5HROA 4F8RA 3PUFA 3L3VA 4DF4A 2X74A 3DYAA 3FFIA 3AVKA 1Q8IA 3CQ8A 3L8BA 4JS4A 1K6YA 3QEVA 4FJ9A 4N5SA 4UQGA 4DLEA 1LV5A 4KPYA 3U3GA 1L3SA 1UWBA 3HJFA 4CF8A 1LAVA 4F3OA 2DFEA 4F2SA 4KHSA 2ZD1A 3H08A 3NH0A 5DMRA 2HHTA 1XI1A 4CFAA 4E1NA 1S1VA 4YFUA 1KTQA 4F4KA 5CYMA 1JLQA 4OVLA 3VQCA 4FK0A 1WSIA 2RPIA 2IC3A 4DTPA 3SNNA 3L2WA 1WSJA 5I3UA 2HVIA 3CM5A 1FK9A 3HL8A 3LDSA 1C0TA 1WSHA 2WOMA 4I7FA 1Z26A 3KKRA 4BACA 4E19A 1RTHA 3NAEA 4ID5A 4IFYA 4DMNA 3AO1A 4FW2A 1KFSA 2HHUA 1S5JA 3IAYA 1HNIA 1BGXT 4CK3A 4FM0A 4R5PA 3P83D 2RN2A 3K5LA 4B3OA 4OLAA 3P1GA 4KB1A 4DTXA 3A2FA 4O44A 3BDPA 5J2PA 4G1QA 3KLEA 4GMJB 4N47A 4XIUA 3KTQA 1ZYQA 1FXXA 3TR8A 5J1EA 3PX4A 4DSKA 1RBTA 3LALA 4CJFA 3DLEA 3K58A 3CYMA 2IAJA 4O0JA 3OJUA 2OPQA 3HVRA 2YV0X 4HUFA 1HQEA 1DLOA 4CK1A 1KVAA 2BE2A 3VA3A 4KRFA 5E41A 3KLGA 1RT3A 3NCIA 1QE1A 1GOAA 2PYLA 3AA5X 1ITGA 3V9UA 3V9WA 1J5OA 5HRRA 4Z4HA 2XRIA 3OYJA 4Q5VA 1WSEA 1B92A 3SYZA 4E1MA 4DQQA 3SQ4A 3ZSXA 3VQ5A 1NK6A 3AA3A 4DFMA 4FZXC 3SZ2A 3TAFA 1RT7A 2AJQA 3O3GA 2YKMA 3V9SA 1T03A 5C25A 4E7LA 3RWUA 2A1RA 5C24A 4CHOA 1JXEA 3K57A 3C95A 3TI0A 1Y97A 3NBPA 1ASUA 3LP2A 1VSDA 4CEZA 1ZBFA 2X78A 3ZSRA 4CF1A 5SWMA 3HXMA 1O1WA 4F3TA 3KLIA 3OYIA 4BE1A 2JGUA 1HYZA 1W9HA 4CHPA 4M3UA 1S1WA 4FJ7A 4J2BA 1WN7A 4FJMA 1CZ9A 2YNIA 3DLBA 3MEGA 4B9UA 3LZJA 1W0HA 1NKEA 4E89A 4DSJA 3AVLA 4Y1CA 4I2PA 1JLBA 3HO1A 1RTDA 4RW6A 4CEAA 1JLGA 2O4GA 3IS9A 3KD1E 2XY6A 4B9NA 4E0DA 4ELVA 2FBVA 3S9HA 2BANA 2XY7A 2IOCA 2IDOA 2X6NA 4DTOA 1NJWA 4KHQA 4Z0UA 3TABA 3TAQA 4C8OA 1YTUA 1U4BA 4FM1A 1CZBA 1UA0A 3OYNA 3TAGA 3VQPA 1X9MA 2E6MA 4OPKA 1JL2A 1RBVA 4GVMA 4W5OA 4DTMA 3OVNA 1BISA 4DLGA 3OYCA 4FLWA 1C1BA 1CXUA 5T7BA 4DU3A 4FLXA 3LP0A 3NFAA 4K8ZA 4CJ5A 1VK0A 4CJQA 4M3YA 4HUGA 4H4OA 3U6FA 1NK9A 2ZE2A 2Z1JA 1RDBA 1KVBA 5SZTA 4FVMA 3RMAA 4W5RA 5HLFA 4CCHA 4KI6A 4DQIA 2Y1IA 3HYFA 2BGGA 2GUIA 1IO2A 3AVAA 1NK7A 3AVJA 3OYKA 1L3UA 4HCBA 2KW4A 4AILC 1VSJA 3ZT1A 4CGJA 1NKBA 1QTMA 1U04A 1WAFA 1BI4B 2FBTA 2DFHA 1NK4A 1S6PA 4CEDA 4DU1A 3QEWA 3JSMA 1IKWA 4FJGA 3T1AA 1D9FA 3HPHA 4OJRA 2HHWA 4Y1DA 5C42A 1ASVA 3MEDA 4CJLA 3K59A 4EP4A 3VQ6A 2P5OA 4C8LA 1TL1A 4CHQA 1U49A 2ETJA 1TK0A 1VSHA 4KTQA 1YVUA 2G8FA 3VQAA 3LZIA 2D0BA 3CFOA 4NYNA 3RMCA 3OYMA 4Q0BA 4OKJA 3NHGA 1I39A 1TV6A 1Q9YA 1JXBA 3D45A 2DFFA 3OJSA 4CJVA 4IKFA 3F73A 4B9MA 1WLJA 4PUOA 1HQUA 1TAUA 1T05A 3VQDA 3RMDA 4YNQA 3K5MA 1S1UA 5I42A 4AHVA 1A5WA 2R7YA 1VSLA 4EZ6A 2FC0A 1TKZA 1RBRA 1MU2A 3BGRA 4DS4A 3AA4A 5J2QA 1ZBLA 1SKSA 4B9LA 3QERA 1FKPA 2KFNA 4FJLA 4PWDA 3ULDA 4IDKA 3QO9A 3PX0A 1C1AA 1RTJA 2HNZA 4QAGA 4CF9A 3PV8A 1T7PA 2KTQA 5FRNA 3HPGA 4WE1A 4IFVA 1RBSA 3AVFA 4TSXA 4DTRA 3OYGA 5FROA 2HVHA 2YNGA 1B9FA 1BL3A 3EY1A 4W5TA 3AO4A 3MXMA 3ZT4A 4IG3A 5KGXA 4E3SA 4C8NA 1LWEA 3SQ1A 3ZT0A 4CIFA 1ZBHA 3HPOA 1RTIA 1VSIA 3DLRA 3WNHA 3MEEA 2QXFA 4BDZA 3DM2A 2P1JA 4FK2A 1SL0A 5JS1A 1IKYA 4O55A 3SV3A 1D8YA 4FJJA 4FLTA 4O0IA 3V6DA 4Z4FA 3AVBA 1RT2A 3OYHA 4FLYA 2QKBA 2FBXA 1RT1A 1SUQA 4LSLA 4PQUA 3NDKA 4CHYA 3RR8A 1NK5A 1TGOA 4K8XA 4J2DA 1FKOA 1RT4A 2KQ2A 3PO4A 3TAEA 1CLQA 3TAMA 4CJTA 4FJ5A 3MAQA 3AO5A 4FJNA 3G10A 4CJ4A 4B9SA 5J2NA 1T8EA 3AO3A 3KJVA 1J9AA 4CIGA 4HHTA 5HP1A 4DWIA 2HMIA 1WNSA 4IBNA 1N5YA 4KB0A 1RDCA 4M3XA 4CJPA 4JRPA 4FCYA 1TK8A 1RNHA 4KAZA 1HJRA 2HHSA 1G15A 2F8SA 4F2RA 4B8CA 5FDLA 3DLKA 3HP9A 3LWLA 3SJJA 1UA1A 3AO2A 2YNHA 1S9GA 3VQ4A 4CHNA 3I8DA 3V4IA 4ZTFA 1ASWA 3OS2A 1KLMA 1QHTA 1TAQA 2IS3A 3EZ5A 1U45A 5DK5A 4AHRA 3NF9A 4KHUA 4CJEA 1U48A 2G8IA 3VQ8A 4GW6A 3SPZA 4CK2A 4W5QA 5D3GA 5K14A 3MXJA 3AVIA 4CEEA 4CGDA 4B9VA 4FJIA 4OPJA 5FRMA 3D0PA 1BIZA 1KLNA 2RF2A 2OZSA 1KFDA 1LW0A 2D5RA 2Q3SA 1XHZA 4OLBA 4NCGA 2LSNA 1IKXA 4I9LA 1XWLA 3V1OA 1HNVA 1RT6A 3TAPA 4M3ZA 3K5NA 2YHAA 4KTWA 4DSFA 3F9KA 3WNFA 3S3MA 1VSKA 3ZSQA 1EX4A 3OYEA 1SL2A 4NCBA 2ITGA 3ZSVA 1NJXA 4CEBA 1RDDA 3M8QA 4JRQA 2HHQA 1XHXA 3LWMA 4DFPA 5KRTA 2W42A 1L5UA 2VWKA 2F8TA 2VG7A 3VQQA 1HYVA 1BI4A 1NOYA 3O3HA 3DLGA 1R0AA 1EKEA 2B5JA 1WSGA 1LW2A 2Z1GA 1NK0A 1QS4A 2P5GA 1SL1A 2PY5A 4FJHA 1NJZA 1VRUA 2XHBA 2E6LA 4OGEA 3QIOA 4CJWA 1BCMA 2VG5A 4CFDA 3NGIA 2ZQBA 4KO0A 2NUBA 3EYZA 4CECA 3OYFA 1JLAA 1GOCA 2HHXA 3QESA 4CGFA 1JL1A 4IG0A 4N56A 4KV8A 1KSPA 2VWJA 3LANA 4N41A 4CGHA 3LPUA 4BDYA 1Z25A 1SKWA 4CF0A 3CG7A 4PY5A 2RKIA 2B6AA 4CE9A 3M8PA 1QQCA 4OKKA 1S6QA 3VQ7A 3QNOA 4Z4CA 4DFKA 3LP1A 4CJSA 3DI6A 4HCCA 2X6SA 3TANA 1N6QA 2HNDA 4LH5A 5EU7A 3ZSOA 4E7HA 3ITHA 3QIPA 1SKRA 4C8KA 1QSLA 4DTNA 3MXIA 2XY5A 3UIQA 2P51A 1ZBIA 1SV5A 3C6TA 5KRSA 3OY9A 1X9SA 4CFBA 3K2PA 2XY8A 4RG8A 1TKXA 3JYTA 4FJXA 2OZMA 4KTZA 3CM6A 1IH7A 2Z1HA 3HP6A 1TKDA 4N76A 3K5OA 1QSYA 1BCOA 1JLCA 4KHYA 3ZSYA 3ZT3A 5CY4A 5J2MA 1X1PA 3OS0A 4JLHA 3KLHA 2G8WA 3KD5E 4H8KA 4AHTA 1XC9A 4DSIA 4O5BA 4FZYA 1VSMA 2YHBA 3PX6A 3SQ2A 1ZBUA 4CIEA 3OS1A 4CEQA 1TVRA 3V9ZA 4KFBA 3LPTA 4FLZA 2A1SA 3DOLA 4CJKA 1L3TA 4DG1A 4LSNA 3ZSWA 4M42A 4CFCA 3LAMA 3G0ZA 3CFPA 1D9DA 2G8KA 3RRHA 4DQPA 2BDPA 4KHWA 1NOZA 2IGIA 1C0MA 4EP5A 3QINA 2ATQA 3KK2A 3S3NA 3KIOA 1RDAA 4CJ3A 3IRXA 1BHLA 3QEIA 1D5AA 3AVCA 3VN5A 4DQSA 3LAKA 4CESA 1REVA 4BE0A 4DU4A 4H4MA 1Q9XA 1WSFA 3MECA 1F21A 4M3WA 3U3YA 2YNFA 4L8RB 3IG1A 3DLHA 4DTSA 3QNNA 1HPZA 4RW7A 4FW1A 2Y1JA 2G8HA 5KGWA 4LH4A 3DMJA 4E7IA 1I3AA 3B6PA 1A5XA 3NE6A 3I0RA 4ICLA 4LY7A 1KRPA 1C0UA 3QLHA 3B6OA 3TWHA 1VSEA 3L3UA 4I9QA 3NF6A 4OKEA 4M3TA 1S1TA 2D0CA 4NCAA 3CFRA 1CXQA 3P5JA 1KCFA 2KFZA 2DTUA 4MQ3A 4CEOA 3DOKA 2G8UA 3SUNA 5HRSA 1IKVA 4ZHRA 3V1QA 2HW3A 1C6VA 2JLEA 3ZCMA 1DTTA 3HVTA 3V1RA 4DFJA 4CF2A 3L2QA 3AVHA 3O4NA 1L3VA 3TARA 4ELUA 2KZMA 2PYJA 1DTQA 3NH1A 5HRNA 2Z1IA 2VG6A 3QEPA 1JLEA 4FYDA 4BWJA 4CGIA 2WONA 3DRRA 4HTUA 1YTAA 2HHVA 4BDPA 1HMVA 2EX3A 1QSSA 3RR7A 3LP3A 3NGYA 5KI6A 3NH2A 1C1CA 2GV9A 3SUQA 4AHCA 4NYFA 5CYQA 2XO7A 1U47A 4FLVA 3SI6A 1TL3A 3T3FA 3SUOA 1HRHA 3HSTB 2B4JA 3L2RA 4CERA 4KI4A 4B8AB 1BQNA 4CHZA 3VQ9A 4J2EA 1VRTA 3ALYA 3ZT2A 2FBYA 2GBZA 4ID1A 2OYQA 2DY4A 3KKSA 4I2QA 5HBMA 3VQBA 2G8VA 4Z4IA 4QCLA 5CZ1A 1UAXA 1B9DA 3OYAA 3ASMA 3NGZA 3KLFA 3M8RA 3V81A 3PO5A 1BIUA 1S9EA 4M45A 2I5JA 3C6UA 1NJYA 4M41A 4AHUA 4FK4A 1EETA 5JS2A 4CGGA 1KVCA 2E4LA 3KK3A 3ZSZA 4DSLA 2OPPA 3WNGA 1RILA 4FZZA 3AVNA 3SQ0A 3OYDA 4FLUA 4B08A 2EHGA 2QKKA 4EZ9A 3AA2A 4AH9A 4E7JA 3VQEA 3AVGA 3RTVA 1EXQA 2OPSA 4DTUA 4CEFA 1YT3A 4B9TA 4W5NA 1JLFA 2O4IA 3DRSA 1X9WA 4J2AA 4O4GA 3T19A 2OA8A 4FM2A 3O4QA 4CJUA 4DSEA 4FJ8A 3QETA 3NF8A 3VA0A 4DS5A 3OYLA 4CJRA 3THVA 2YKNA 4KHNA 4E7KA 3C94A 1LAWA 3ISNC 3HM9A 4OGCA 4RW9A 2QK9A 3E01A 4PA1A 3PY8A 3KK1A 2HNYA 1JKHA 1NK8A 2OPRA 5HRPA 1TKTA 4ZTJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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