3SUNA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dttp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 314
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
314
sequence length
895
structure length
895
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 314
structure length 895
sequence length 895
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sunA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sunA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sunA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sunA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sunA03
1DTTA 3QEVA 3CM6A 2FC0A 2HNDA 3AO1A 3NH2A 4DQIA 4BWJA 3VN5A 4B9SA 2D0CA 3M8PA 4E3SA 3SQ0A 4PUOA 2PZSA 4F3OA 1LWEA 3WNGA 4YFUA 4J2BA 4DF4A 1C1AA 4DQPA 1XHZA 4CGHA 4DS4A 1NK4A 4KO0A 4RW7A 4DTNA 1ASWA 3IG1A 2O4GA 3F9KA 3A2FA 3KJVA 3VQEA 3QNOA 3OVNA 1O1WA 3L8BA 1CXUA 4CK2A 3HYFA 4LH5A 1SL0A 3K2PA 4GVMA 4DG1A 1SL2A 4IG3A 2D5RA 3O3HA 3V9ZA 1T7PA 2G8UA 3QEIA 4CK3A 4FJIA 3RRHA 4IBNA 4CHOA 4KAZA 2ATQA 3KD1E 3F73A 1WSIA 1L3UA 3AO4A 1N6QA 1WNSA 4QAGA 4CJUA 1VSDA 3HP6A 3CG7A 3HP9A 2RF2A 2DFFA 3ZSRA 4FK4A 1VSKA 5HRSA 3P5JA 1LW2A 1QSYA 2F8SA 3RTVA 1S9GA 3OYDA 3K58A 4AILC 1A5XA 4NYNA 1HQEA 5EU7A 5C25A 4RW6A 3SYZA 4M3WA 4IKFA 1RBTA 1RBUA 2DFHA 2G8KA 3TAMA 4DLEA 3PX6A 3DLHA 5KGWA 3VQPA 2XHBA 1RTIA 4KTWA 4C8MA 4B9UA 1A5WA 4KTZA 4Q5VA 4DTRA 3OYHA 2FBTA 3OYLA 3K59A 3QETA 3AVBA 1RTDA 5J1EA 5CYMA 3MEDA 1ZYQA 4CEFA 3JSMA 4ELVA 1ASUA 3DYAA 3SV4A 4RW8A 3MEEA 3LWMA 1VSFA 3VQQA 2VG5A 3ZT3A 4KV8A 3SJJA 2XRIA 1SKSA 4CJSA 1TK0A 3RMCA 5HRPA 1D8YA 3ASMA 1GOCA 3NHGA 4CF0A 3V9SA 1YTAA 4XIUA 4JRQA 3KK3A 4KKOA 1U48A 4KHUA 4PA1A 1W0HA 4M3XA 2RKIA 1Y97A 4CHNA 4FM2A 1D9FA 4YNQA 4FJJA 3VQ7A 1FXXA 2G8FA 4ELTA 3SQ1A 3I0RA 3L3UA 4F3TA 1B92A 1U04A 3AA3A 3QINA 3NFAA 4HTUA 4FLTA 3PO4A 1Z26A 3M8QA 3LP1A 3IAYA 3DI6A 3AVJA 4RW9A 4M3UA 1BQNA 1VSEA 3I0SA 3TAQA 3KKRA 2YKNA 3DRPA 3TAEA 1TGOA 4M3TA 3V9UA 2PY5A 3HM9A 4OVLA 1EKEA 3ZT1A 1RT5A 3LPTA 3V9WA 3V9XA 4H8KA 4E7HA 4LD0A 3RMAA 4B08A 4L8RB 4NCGA 2YKMA 4OKEA 1NJWA 2IAJA 1S6QA 2LSNA 4E7KA 1WN7A 5DK5A 3OS1A 4MQ3A 2P1JA 3U6FA 4FJHA 1Z25A 2XO7A 4Y1DA 3QIOA 1BCMA 2WONA 1GOAA 4CJTA 4KPYA 5FRMA 3ZCMA 5FROA 2HHQA 3DLKA 4AHCA 1SL1A 2Z1HA 1FK9A 3KK1A 1N5YA 4FK0A 2B6AA 2I5JA 3S3OA 3B6OA 5J2MA 4DTXA 3E01A 4KTQA 4M3YA 3VQBA 3AO3A 3KKSA 3TWHA 4FJXA 4GW6A 3AVFA 3QLHA 2HHTA 5FDLA 2B4JA 1FKOA 3AVIA 3AA5X 1U49A 1NK5A 4B9VA 5FRNA 4KREA 3WNEA 1SV5A 3BDPA 3AVMA 2XY8A 3KLGA 4FLVA 4DTPA 5DMRA 1CZ9A 3ZSQA 4M3RA 4HUFA 3DOKA 4IFVA 1GOBA 1G15A 4W5RA 3ULDA 2PYJA 1RT7A 4N76A 4BDPA 3KLIA 3HVRA 4CEDA 2XY5A 5J2PA 1KCFA 3RWUA 3PV8A 4DSKA 4FZYA 1XHXA 1BCOA 1QQCA 2D0BA 4CEEA 3TARA 4FZZA 4AHUA 4FJNA 4AH9A 3JYTA 4CJFA 3QESA 1C0UA 2EX3A 4AHTA 2B5JA 3RR8A 1U4BA 4LH4A 2A1SA 1XI1A 1SKRA 3RRGA 2KZMA 1BL3A 1DLOA 3FFIA 3NH0A 3LP2A 4DQSA 4O44A 4AHSA 5E41A 4DSIA 2F8TA 3PO5A 1TV6A 4ID1A 4CJWA 1WAJA 4F4KA 1IG9A 4HVJA 1CZBA 4RG8A 2QK9A 1VK0A 3D45A 3OYGA 4M45A 4FCYA 2AJQA 1LWCA 3BGRA 1X9WA 4FJKA 4N5SA 3D0PA 3VA3A 5KRSA 4DQRA 2ITGA 2ZQBA 4KB1A 5CZ2A 4FLXA 1W9HA 4DTJA 4KHSA 3HPHA 3SUNA 3ITHA 4OGEA 2DY4A 4PWDA 3AO5A 3OYCA 1IH7A 4KI6A 3AV9A 1REVA 1YVUA 1NK6A 4DMNA 2IGIA 2KZZA 2O4IA 1EETA 1Q9YA 3P1GA 5J2NA 4JRPA 2QKKA 3M8SA 1JLGA 2QXFA 3DRRA 4CGDA 3IS9A 3DLEA 3DMJA 3TR8A 1C6VA 3C94A 4DSFA 2VWKA 3KD5E 2OPPA 1LW0A 3ZSXA 4CESA 1NJZA 1LWFA 4AHRA 4CJVA 1TK5A 2HHXA 3K5MA 4NCAA 4Q0BA 4KB0A 3SUOA 2YNIA 3AA4A 3MAQA 1B9FA 3NF6A 4HCBA 4E1NA 4N56A 1RTHA 4FM0A 3NDKA 3LP0A 3S3NA 4CEQA 1S1TA 1VSLA 4O55A 4B8CA 4DU3A 4J2AA 1IO2A 3MECA 4I2QA 4LSNA 2ETJA 3C6UA 4FZXC 1IKXA 5HBMA 4FYDA 4Z4FA 2YHBA 4OJRA 5SWMA 3SQ2A 3PX0A 4DTOA 3TANA 2HMIA 4Z4HA 2R7YA 4FJ7A 1RBSA 2G8HA 3RR7A 1RTJA 1NK0A 2E6LA 4UQGA 5KI6A 3RMBA 3ZSVA 4NCBA 4AHVA 2X6SA 4W5QA 3AVGA 1UA1A 1Q8IA 3VQ8A 3KLEA 1B9DA 1C0TA 3HPGA 3AO2A 4BDYA 1JKHA 1KLNA 2BDPA 2KFZA 3TAGA 3EYZA 2Y1JA 1Q9XA 2BANA 4CIEA 4FLWA 2G8WA 4CEOA 2G8IA 3VQCA 4DSLA 4OGCA 1RILA 1CXQA 4Z4CA 2GUIA 1XWLA 3V4IA 3NBPA 3U3GA 4E19A 3L2VA 3HPOA 3ISNC 4KHQA 2HNYA 1RT2A 4FJGA 3DOLA 4O0JA 1BISA 3V1RA 4KRFA 4DU1A 4F2SA 4KI4A 4Y1CA 3SV3A 4DTMA 3VQ6A 3ZSWA 3M8RA 1SKWA 1IKVA 3QEXA 3C95A 3T3FA 2KQ2A 2HB5A 4E1MA 4CK1A 1L3TA 1S1VA 1ZBLA 1T05A 4ID5A 4DS5A 1F21A 1WSFA 4FJ9A 1JXBA 4IG0A 4CE9A 3OJUA 1JLCA 4LSLA 4CJQA 2IS3A 1HRHA 3RMDA 1HQUA 1WSGA 2OPQA 1TK8A 4KHYA 2HVHA 3L2UA 3LWLA 1YTUA 4ZTJA 5HROA 3P83D 1IKWA 3VQ9A 4JS5A 3DRSA 3TABA 4CJKA 1VRTA 3LPUA 3DLBA 4M3ZA 1L3SA 3AA2A 1NKEA 3VQDA 1LAVA 2BE2A 4NYFA 4CHQA 4E7LA 1KVAA 2YNFA 3AVAA 3V6DA 3S3MA 4GMJB 4EZ9A 3MXIA 3ZSOA 4BACA 2ZE2A 1TKTA 2YNHA 1S6PA 4H4OA 3OYKA 4FVMA 2OA8A 3LANA 1TKDA 1FKPA 4O4GA 2HVIA 1BQMA 1KVBA 3OYIA 2P51A 2XY6A 4B8AB 5CZ1A 2HHVA 4CGGA 4I7FA 3CFRA 3LDSA 3CQ8A 4W5NA 1TVRA 2EHGA 3G10A 2FBXA 4I2PA 2OZMA 3THVA 3NF8A 4CIFA 4R5PA 1VSMA 1JLEA 3HK2A 3C6TA 4FJMA 3T19A 3HXMA 3QEPA 3PUFA 3SUPA 1UAXA 2D0AA 3K5NA 3SUQA 3ZSYA 3KLFA 5KGXA 3VQ4A 4K8XA 1BHLA 5CY4A 3KK2A 3LAMA 1TKZA 2W42A 3EY1A 3OS0A 4BDZA 4DU4A 2VWJA 1RDCA 4CJEA 4CGJA 2A1RA 2Z1IA 4FLUA 1IKYA 1BI4B 4O5BA 4B3OA 1HJRA 1BIZA 3KLHA 1ZBUA 1QTMA 4BWMA 4CFAA 4FK2A 3S9HA 3MXJA 3QO9A 3SZ2A 4B9TA 3CM5A 3V1OA 1J9AA 3CFPA 1RBVA 1TL1A 1BI4A 2WOMA 3VA0A 2HHUA 1X9MA 3QEWA 3TAPA 4CERA 3SPZA 4CEZA 4QOZB 4M42A 1BGXT 1K6YA 4CIGA 4DLGA 3DLRA 1RT4A 3QERA 3TAFA 4RW4A 3VQAA 4CJ3A 3O3FA 4E7JA 1L5UA 2G8VA 3L3VA 4E0DA 3LZIA 1D5AA 2DTUA 4CGFA 3I8DA 3LP3A 4W5TA 1D9DA 4CJLA 1RDDA 1RNHA 2IDOA 2X78A 5JS2A 2X6NA 1UOCA 1LV5A 4B9MA 2FBVA 2GV9A 3ZT4A 3G0ZA 2NUBA 4CFCA 5C42A 4B9NA 2ZD1A 3V81A 2HHWA 1ITGA 2GBZA 3O3GA 1RT1A 4BE2A 4DQQA 3HSTB 1JL2A 1TKXA 3NGYA 4FW1A 1CLQA 2BGGA 3SNNA 4CECA 2OYQA 4TSXA 4CF9A 1C1CA 1RT6A 2F96A 5HP1A 3LALA 3LZJA 4CHZA 2XY7A 5KRTA 3OYBA 3CFOA 1S1UA 4Z4IA 5JS1A 4ZTFA 3V1QA 3LAKA 2VG6A 4IDKA 1HNVA 5J2QA 4ZHRA 4JLHA 1HYVA 3B6PA 4FW2A 4IFYA 1NJYA 3H08A 2E4LA 2PYLA 4CHYA 1JXEA 3U3YA 3TI0A 2P5OA 5D3GA 1TL3A 3MEGA 3NF7A 3O4QA 4N47A 4O0IA 4E89A 4PQUA 4Z0UA 1NK9A 2YV0X 4C8NA 5T7BA 1QSLA 1JL1A 4CJPA 1KLMA 3WNFA 1S5JA 4F2RA 1JLAA 1RDAA 3L2QA 1QS4A 4CJ5A 1VSHA 3AVNA 3ZSZA 1VSIA 3OJSA 1TAQA 1NKCA 3HO1A 3AVLA 4BE1A 4FJLA 4H4MA 4EZ6A 4DFJA 2VG7A 4KHNA 4DF8A 3NAEA 1SUQA 1KRPA 5HRNA 2IC3A 1KTQA 2Z1JA 1UA0A 3OYEA 4HUGA 1VRUA 3O4NA 3PX4A 4DTUA 2QKBA 4CGIA 2FBYA 1KFSA 4OLBA 3CYMA 1QE1A 4EP5A 2IOCA 1RDBA 4DWIA 4PY5A 3EZ5A 2KFNA 1BIUA 1ZBFA 3AVKA 4DSEA 1KSPA 3KTQA 1J5OA 2E6MA 3K5LA 4DFPA 4ELUA 3QNNA 1MU2A 4CEAA 2YHAA 4I9QA 4FJ5A 4J2EA 1EX4A 2RN2A 3ZT0A 3HT3A 3MXMA 2OZSA 1NJXA 2HW3A 4KFBA 5C24A 3NH1A 1J54A 4CFDA 3L2RA 4OPJA 4FXDA 1WAFA 3SI6A 1DTQA 2JLEA 1KFDA 1A5VA 2YNGA 4OPKA 4OKKA 4CHPA 1QSSA 1HMVA 1NK7A 4MFBA 1EP4A 4CF2A 3T1AA 4C8LA 4KHWA 1HYZA 4DFMA 4Z4EA 4ICLA 4Z4GA 1UWBA 1L3VA 3ZT2A 1NK8A 2KW4A 4CF8A 3K5OA 2X74A 4I9LA 3IRXA 1ZBIA 3VQ5A 5KTQA 4CF1A 2P5GA 4FM1A 1WSHA 5HLFA 3NF9A 4W5OA 2Q3SA 4F8RA 4J2DA 5SZTA 2Y1IA 1C0MA 3QIPA 1WLJA 4CEBA 2KTQA 4EP4A 4BE0A 1NOYA 3SPYA 2JGUA 3OYJA 4HCCA 4M41A 1I39A 1X9SA 3WNHA 1ASVA 5CYQA 1I3AA 2HNZA 1S9EA 1LAWA 3DM2A 1RCHA 3OYFA 2DFEA 1JLFA 4FLZA 1R0AA 1RT3A 4LY7A 4N41A 3NGIA 2OPRA 4FJ8A 1KVCA 4CCHA 1EXQA 1HNIA 3OYAA 3OYNA 1TAUA 1WSJA 3NCIA 1U45A 3AVHA 1JLQA 4C8KA 1XC9A 5HRRA 3ALYA 1RBRA 4E7IA 4C8OA 1VSJA 4FLYA 4HHTA 4QCLA 3NGZA 4CJRA 3KIOA 1WSEA 1JLBA 1HPZA 3OY9A 1QHTA 1S1WA 1NOZA 3HJFA 3HVTA 1C1BA 4DTSA 4WE1A 4DSJA 4DFKA 1HYSA 4HUEA 1ZBHA 5I42A 2Z1GA 1YT3A 1X1PA 3NE6A 1S1XA 3HL8A 4CFBA 3UIQA 3OS2A 1J53A 3K57A 3SCXA 1T03A 4OKJA 2HHSA 3OYMA 4OLAA 3L2WA 5I3UA 2OPSA 4B9LA 1T8EA 3DLGA 4G1QA 3AVCA 3SQ4A 4CJ4A 1NKBA 5K14A 4JS4A 1U47A 4K8ZA 3PY8A 2RPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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