3SUNA

Rb69 dna polymerase (y567a) ternary complex with dttp opposite 2ap (at rich sequence)
Total Genus 314
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
314
sequence length
895
structure length
895
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the 2-Aminopurine-Cytosine Base Pair Formed in the Polymerase Active Site of the RB69 Y567A-DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 314
structure length 895
sequence length 895
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sunA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sunA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sunA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sunA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sunA03
1LW0A 4B9MA 3K5LA 4KTWA 4B9NA 4DQIA 5FROA 4DTUA 3IRXA 1TKTA 4DMNA 2ZE2A 3A2FA 4J2AA 3NH1A 1BIZA 1JLFA 3ZSOA 1ZBLA 3DRSA 4LY7A 1TAUA 2GV9A 3L8BA 2WOMA 1D5AA 1TL1A 3C6TA 1Q9XA 4GVMA 2KTQA 3RWUA 4AH9A 4CF0A 3KD5E 1T03A 2OA8A 3RRGA 1KFDA 4ZTJA 1QS4A 3I8DA 4E7LA 3AO2A 3NFAA 1J53A 3RR7A 2HHVA 4BDYA 2I5JA 4IFYA 4MFBA 2P1JA 2VG7A 1ZBUA 4DSFA 3PX6A 3NHGA 1TGOA 1JXEA 1RCHA 2EHGA 3NF7A 3NGYA 4OKKA 4AHUA 4ZHRA 1UA0A 4M42A 4DTNA 4MQ3A 3HPHA 3KIOA 1IKXA 3AVCA 4BDPA 1VSMA 4PWDA 3QNOA 4CF9A 4CESA 1IO2A 4B08A 4W5TA 5KRTA 3AO5A 3SUPA 5KGXA 3EY1A 3HXMA 1S1TA 2O4GA 1NOYA 1QSYA 1Z26A 1NK0A 3LZJA 4DQRA 3SQ0A 4HUEA 4E1MA 3QERA 3SJJA 3S3NA 2Z1JA 5J2PA 2HW3A 4CGFA 1RTIA 5KTQA 1KRPA 3KJVA 2GBZA 4CGJA 5T7BA 3ULDA 4Y1DA 4NYFA 4LH5A 4M45A 3HT3A 4DFMA 3DLHA 2HHQA 1JLEA 3LZIA 1RDAA 1NKBA 3QEXA 3T19A 4AHCA 3HVTA 3K5OA 4FJXA 1W9HA 3L2VA 3NF6A 2G8KA 4OKJA 4CJ4A 5HRNA 5J2MA 2IAJA 3SQ4A 4EP5A 3MXMA 1RBRA 3OY9A 5DMRA 4HHTA 1IKVA 4K8ZA 4H4MA 1RILA 3LP0A 4CF1A 1KTQA 4CCHA 4G1QA 4M3XA 1VRTA 4WE1A 3AVAA 1WNSA 3M8QA 2OPQA 4IG3A 2VWKA 4IG0A 4CJUA 1FKPA 2ITGA 1K6YA 3MXJA 3OYBA 4E7JA 4DS5A 3WNFA 3D45A 4FJ5A 4FZZA 4QCLA 3K5MA 3SQ2A 2IS3A 1EXQA 1WN7A 5J2QA 4BWJA 2B5JA 4CJKA 3RRHA 3DLRA 4O44A 1ASUA 3CYMA 1X1PA 4B9SA 4I9LA 4B9LA 3NCIA 4E7KA 1RT2A 2ETJA 4KV8A 5HRRA 1VSDA 1RBUA 1RNHA 1NK7A 3O4QA 3TABA 3HL8A 4FJLA 4CEBA 3OYDA 2FC0A 4DFPA 1SL2A 2P5OA 4M3UA 4DQSA 1EX4A 4KI6A 1RT4A 4FM0A 2YKMA 1HQUA 3P5JA 4HVJA 1BQMA 2X6NA 1L5UA 4F3TA 2BANA 1BI4B 4CGHA 3U6FA 3VQ9A 1WAFA 1JL1A 4H8KA 2D5RA 4N56A 1HNIA 2Z1IA 3IG1A 5DK5A 3VQPA 3L2WA 5I3UA 4H4OA 4ELVA 1TKZA 1NOZA 3DYAA 3S9HA 4NCBA 4RW7A 3LPTA 4DTRA 2EX3A 4EP4A 3NGIA 3KLIA 4CFBA 2X6SA 3JYTA 1C0TA 4QOZB 3D0PA 3JSMA 4GMJB 4RW9A 3NF8A 4CJSA 4F8RA 1S9EA 4DSJA 1C1BA 3OYGA 4OKEA 2XO7A 1ZBHA 3KKRA 4CEAA 3S3OA 4DTSA 2F96A 3SQ1A 1B9DA 2KW4A 2DTUA 3ZSVA 3BDPA 3VQ7A 4Z4CA 2E6LA 2R7YA 3SZ2A 2KFNA 1XHZA 1VSFA 1GOBA 3LP2A 2OZSA 4W5NA 4E19A 1BIUA 4KRFA 4OVLA 4FJ7A 4F2RA 5KGWA 1VK0A 3AA4A 3T3FA 3AVKA 4CK2A 3HO1A 1LW2A 3V1RA 4FJMA 4FLYA 3V9XA 1NJYA 4FJ8A 4GW6A 3QIPA 4C8LA 3HPGA 1YT3A 3CM5A 4EZ6A 3C95A 3SI6A 1KCFA 4RW8A 1L3TA 3PO4A 2BE2A 1FKOA 5C25A 1LWFA 2GUIA 3DRRA 3EZ5A 4DTJA 4CF8A 3HP6A 3OYCA 1TAQA 3O4NA 3B6PA 5EU7A 2G8VA 1UWBA 4FZXC 1S9GA 1VSEA 2YHAA 1RT5A 3AVHA 3DLGA 4KI4A 3HPOA 4KHUA 3LAKA 4UQGA 1B9FA 3KK1A 3PX0A 4BACA 1ZYQA 1NK4A 1RTDA 1HYSA 4OPJA 4BDZA 4DSKA 4JLHA 1HQEA 4I2PA 5KI6A 3KKSA 4CIFA 3AVIA 3V81A 3MXIA 3AVLA 2QKBA 3QEPA 3UIQA 4M3YA 3P1GA 1BHLA 1O1WA 3TAMA 4FJ9A 3VQCA 3DLBA 3TI0A 4PA1A 2YV0X 4NYNA 3KLGA 3EYZA 4ID1A 3ZT0A 3V1QA 4DG1A 3AO4A 3OYFA 4CGGA 1N6QA 1UOCA 2KQ2A 3HM9A 1F21A 4FLXA 3I0RA 3QIOA 4M3TA 4CFCA 3AV9A 1SL0A 1S6PA 4CJEA 1D8YA 3LPUA 1CZBA 2ZQBA 2KZZA 4CJRA 1Q9YA 1LWEA 1UAXA 4CJVA 3K59A 3VN5A 3VA3A 3KLFA 1N5YA 3G0ZA 2NUBA 3OYIA 4E7IA 2XY5A 3MEDA 2QXFA 4BWMA 4CEFA 1C6VA 3TAFA 3VQ8A 4CJFA 1JXBA 3OS0A 2Z1GA 3NH2A 1KFSA 4Y1CA 3SPZA 4Q0BA 3RMCA 1W0HA 1NJZA 3DLEA 2G8HA 3NBPA 4CJQA 3VQ5A 2YNGA 3CM6A 4O4GA 2ZD1A 4DTOA 1BQNA 3QEVA 3RR8A 4DTXA 1QSLA 2HHWA 3QEWA 4HCBA 3T1AA 1WSGA 1VSJA 3RMBA 1I39A 2Z1HA 2E6MA 1L3VA 4N76A 4CJTA 4ELUA 3QETA 4E1NA 2FBXA 3AA2A 4TSXA 3WNGA 3QINA 4RW6A 1KVCA 3VQ4A 1TL3A 1CLQA 3DLKA 4CEDA 2IC3A 3AVFA 4CERA 4CJWA 3KK2A 3SV4A 1HYVA 4DS4A 1JL2A 1LAVA 5C24A 3L2QA 1U48A 4B8CA 4AILC 4FLUA 4E3SA 3L3VA 4OGEA 5CZ2A 3AA5X 4CGDA 3CFPA 1TVRA 3TR8A 2PZSA 3WNEA 1EETA 4FW1A 1SUQA 3NDKA 1J54A 3G10A 2HB5A 3ZT2A 3TARA 2FBYA 4CE9A 2A1SA 4FZYA 2XY7A 4KHNA 2RPIA 4QAGA 4KHWA 1S1WA 4B8AB 2G8IA 3VQDA 4FK4A 1VSIA 4DF4A 4Z4EA 2VWJA 1IKYA 4N47A 4JRQA 4DF8A 1S5JA 4KTZA 2OPRA 4IKFA 3DOKA 1QE1A 2DFHA 4J2EA 2ATQA 3NAEA 4AHTA 4CHQA 1HJRA 3IS9A 4ZTFA 3AVBA 4B9TA 1S1UA 4CHNA 3RMDA 4BE0A 3K57A 3OYJA 4FLTA 3M8SA 1GOCA 4FJGA 2G8FA 4KKOA 4RW4A 2QKKA 2YHBA 3OJUA 3AO1A 5FRNA 5HP1A 1GOAA 4OLAA 4FK0A 2OPSA 2B6AA 3C94A 1EKEA 3F73A 4DU3A 3NE6A 3ZSWA 3LDSA 3K2PA 3V9ZA 3KK3A 3PO5A 1LV5A 1X9WA 3CFOA 2HHUA 3DOLA 1U04A 4FJJA 5KRSA 1T8EA 2PY5A 2BGGA 1Z25A 4OJRA 3DM2A 4JS4A 3THVA 3SUQA 2FBVA 4CIGA 3OYMA 1L3SA 4C8KA 3LP1A 4W5QA 2F8TA 1VSKA 4JRPA 4Z4FA 4B3OA 3DMJA 4CFDA 1XI1A 3NF9A 2PYLA 3RTVA 2PYJA 2YNHA 3OYHA 4FJHA 2AJQA 3M8PA 1VSHA 3AO3A 5HLFA 4PUOA 1T7PA 3L2UA 2IDOA 2OYQA 3K58A 3FFIA 4LD0A 3V1OA 4JS5A 3ZCMA 1TKDA 2QK9A 4R5PA 3P83D 4DQQA 4FK2A 1REVA 3NH0A 1DLOA 3IAYA 1RBTA 1SKSA 1CXUA 3V9WA 1SKRA 1HNVA 3SUNA 4F4KA 2DY4A 4M3ZA 3RMAA 3QNNA 4FLVA 4CIEA 1NK8A 1QTMA 3V9SA 4L8RB 1BI4A 2X78A 2YNFA 2YNIA 3SPYA 1RT6A 3ZT3A 2OZMA 1JLCA 1HRHA 2YKNA 3TAGA 3HSTB 4FW2A 4E7HA 1NK9A 3TANA 4N41A 2Y1IA 2HMIA 3VQEA 3V4IA 3QO9A 2HHXA 1SL1A 4Z0UA 1I3AA 1NJXA 2E4LA 4DQPA 4Z4GA 1S6QA 2P51A 2XY6A 2G8WA 3F9KA 1TV6A 1YTUA 4FVMA 2HHSA 5SWMA 4DLEA 1G15A 3M8RA 4KHQA 3KTQA 4CEEA 4J2BA 4CECA 1TK8A 4RG8A 4DLGA 1X9SA 2IOCA 4CHOA 3U3GA 3B6OA 4AHVA 5I42A 2D0BA 4KTQA 4CEOA 4B9UA 3AVNA 5HROA 1JKHA 3OVNA 4CJ3A 1BCOA 4HUFA 4E89A 2O4IA 3CG7A 1JLQA 4FJKA 2VG5A 3V6DA 1YTAA 4O0JA 4KAZA 3LWLA 1D9FA 1ASWA 4B9VA 1DTQA 1LWCA 4I9QA 3PV8A 3AVGA 1BCMA 1J5OA 2JLEA 2B4JA 3SNNA 3VA0A 3TWHA 4DU4A 3QLHA 5CYQA 3SYZA 3ASMA 3LAMA 2RN2A 1JLAA 4HTUA 5FDLA 1U49A 4CJPA 1TK0A 4C8NA 1QQCA 5CZ1A 3L3UA 4C8MA 3SV3A 1ITGA 3PX4A 2HHTA 4FJNA 1TK5A 3ZSXA 1VRUA 3H08A 4ELTA 1U45A 3SCXA 1BGXT 3PUFA 1TKXA 1JLGA 1KVBA 1LAWA 2Q3SA 1RDCA 3VQAA 4CFAA 4CK1A 4NCAA 1X9MA 2HNDA 1NKCA 3TAEA 2Y1JA 4EZ9A 4N5SA 4KREA 1C0UA 5C42A 4CHYA 1WLJA 1RTJA 2BDPA 1RBSA 3CFRA 2X74A 1HMVA 3OS2A 4DWIA 3ZSZA 4ID5A 1NJWA 4DU1A 3BGRA 4CGIA 4LSNA 1U47A 4FM1A 1HPZA 2RF2A 1UA1A 1XWLA 4DTMA 2OPPA 2FBTA 4Z4HA 2XRIA 4Q5VA 3ALYA 3TAQA 3ZSQA 3OYKA 2DFFA 5CYMA 1C1AA 2D0AA 4CJLA 3C6UA 4Z4IA 4KFBA 1CZ9A 2LSNA 2W42A 3TAPA 1A5WA 2A1RA 2XY8A 3ISNC 4HUGA 4AHRA 1KSPA 1YVUA 4BE2A 4DSEA 4KHSA 4KB1A 1U4BA 1RDDA 1ZBIA 3OJSA 2KFZA 3HP9A 5CY4A 4DSLA 4YNQA 3KD1E 3LALA 2XHBA 4F2SA 4F3OA 3KLEA 2G8UA 1WAJA 1WSHA 4ICLA 2DFEA 3LANA 3L2RA 2HVIA 1L3UA 4AHSA 3VQ6A 1B92A 4IFVA 1XHXA 3QEIA 3SUOA 1A5XA 3LP3A 1NKEA 2JGUA 1FK9A 3AA3A 4CK3A 4I7FA 3LWMA 2P5GA 1J9AA 3HYFA 1MU2A 1WSFA 5SZTA 3ZSYA 4FXDA 4IDKA 1IH7A 1Y97A 4DSIA 1FXXA 4LSLA 1BL3A 3OYAA 1RDBA 3V9UA 1KLNA 1IG9A 3OYEA 3NGZA 3S3MA 2WONA 4CEQA 3OS1A 4KHYA 4I2QA 3DRPA 1HYZA 1VSLA 4YFUA 3ZT1A 4FJIA 1RT7A 3WNHA 4J2DA 4W5RA 3MAQA 1R0AA 3KLHA 1IKWA 3MECA 3E01A 5HRSA 1ASVA 3QESA 4OPKA 2HNYA 5D3GA 3DI6A 1CXQA 4M3RA 4M41A 4W5OA 4DFJA 1D9DA 3MEEA 1RT3A 5JS2A 3AVJA 3CQ8A 1WSEA 2D0CA 1NK6A 1EP4A 1RTHA 3OYLA 4FYDA 4XIUA 4OLBA 2IGIA 3HVRA 1SV5A 3MEGA 3HK2A 1BISA 5FRMA 5HRPA 2KZMA 4PY5A 2RKIA 4NCGA 1KLMA 1KVAA 3VQBA 5E41A 3O3FA 4FLWA 4FLZA 1Q8IA 1S1VA 4O55A 4O5BA 3U3YA 4CHPA 4IBNA 3O3GA 4CEZA 4FCYA 4HCCA 5J1EA 1DTTA 1T05A 4K8XA 1QSSA 4DFKA 3K5NA 3ITHA 3PY8A 4KB0A 2F8SA 3HJFA 2HVHA 4E0DA 4KO0A 4LH4A 4C8OA 3I0SA 1SKWA 3VQQA 4CJ5A 1C0MA 1RBVA 2VG6A 1XC9A 4M3WA 3ZT4A 4DTPA 1ZBFA 4CHZA 4FM2A 4OGCA 1RT1A 5HBMA 3OYNA 4BE1A 1NK5A 1C1CA 5J2NA 3AVMA 4KPYA 4PQUA 1WSJA 4O0IA 5JS1A 1QHTA 4CF2A 1JLBA 2HNZA 3O3HA 1WSIA 1A5VA 5K14A 1S1XA 3ZSRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LL3 A;  4B9N A;  3K9J A;  3J81 O;  4WFA L;  1TKT A;  2I7N A;  5AZJ A;  4X65 K;  4J2A A;  5HOO A;  1ZBL A;  3KK7 A;  1VQ5 N;  3DRS A;  3TSP A;  3I8B A;  3L8B A;  1D5A A;  3CER A;  1QS4 A;  4E7L A;  1J53 A;  1K9M O;  3RR7 A;  4H0V B;  4MFB A;  2P1J A;  4DSF A;  1TGO A;  3NF7 A;  1JXE A;  1RCH A;  2EHG A;  4A59 A;  4MQ3 A;  1IKX A;  4BDP A;  1FZ6 E;  4PWD A;  3QNO A;  4CF9 A;  4OPA A;  5BPL A;  4LFA K;  1WBD A;  3AO5 A;  1S1T A;  4XH1 A;  1QSY A;  1NK0 A;  2YX6 A;  3SQ0 A;  4HUE A;  2WFB A;  3O80 A;  1X3N A;  4ILG B;  4C1N I;  1N1C A;  4CGF A;  1RTI A;  2VGN A;  4RCH A;  1KRP A;  4PL7 A;  1NMN A;  4PL8 A;  5T7B A;  3O6W A;  4LH5 A;  4M45 A;  3HT3 A;  4DFM A;  3DLH A;  2HHQ A;  3KZB A;  3QEX A;  2HD0 A;  3H6E A;  5AQJ A;  3NF6 A;  4EP5 A;  4LF4 K;  1RBR A;  1KTQ A;  4M3X A;  1VRT A;  3C7N A;  1WNS A;  5C2D A;  2UUB K;  1K6Y A;  5EVZ A;  3WNF A;  4CVN E;  3E4Y A;  3K5M A;  5J2Q A;  3BZK A;  1ATS A;  4O44 A;  1FZ8 E;  4A61 A;  4BVO A;  3NCI A;  2ETJ A;  4AKH A;  2FSN A;  3FR0 A;  4AM7 A;  3O4Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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