3C94A

Exoi/ssb-ct complex
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
470
structure length
458
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFASDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
publication title Structural basis of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein stimulation of exonuclease I.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 156
structure length 458
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3c94A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3c94A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3c94A01
1JLQA 4DFKA 4HHTA 3V81A 4KRFA 3KKRA 1LW0A 4OPKA 4FCYA 3SNNA 2EX3A 4AHTA 1JLEA 5D3GA 2D0BA 1KVCA 1RT4A 1EKEA 1RBSA 4LSLA 1TL3A 1Z26A 4O5BA 1LWFA 4LD0A 4OVLA 4DLEA 4HUFA 4E1NA 1VSDA 4IDKA 1D9DA 4CF1A 5CYQA 3KLHA 1B9DA 3FFIA 1XI1A 2VWJA 4KAZA 2QXFA 4J2AA 3TAEA 1VSIA 1Y97A 4CEZA 4O4GA 4C8LA 3KD5E 3O4QA 4DTNA 4ELTA 2ETJA 2Z1IA 4BDPA 2I5JA 4CHOA 3AVMA 3SI6A 3AO4A 3DLEA 3OVNA 3PUFA 4QCLA 3NF9A 4M3YA 4DQQA 3KJVA 1RBRA 1ZBFA 3AA2A 4DFJA 3HPHA 3TAPA 1L5UA 2OZSA 3C94A 1C1AA 3QEVA 1GOBA 1BI4A 3VQ9A 4CJUA 3WNHA 4CFCA 3K2PA 4ID5A 4JS5A 3I8DA 3T1AA 3NCIA 1YTUA 3AVGA 3HVRA 1K6YA 4DSEA 1KCFA 2ZE2A 1VRUA 3V9XA 4CJKA 1KLNA 1NK9A 4CJ3A 1S5JA 2FC0A 5CYMA 4CK2A 1YTAA 3SQ0A 2OZMA 3NAEA 2OA8A 1LWEA 3AVAA 5EU7A 1VSFA 1BQNA 3F9KA 1C0MA 3AVCA 3PX0A 3OYKA 4IFVA 2HW3A 5HLFA 3S3OA 4CFBA 3KK3A 4BDZA 3MXMA 3L2QA 4RW8A 2OYQA 3HSTB 1JL1A 4W5RA 4AHCA 5I3UA 5HRPA 4DTMA 1ITGA 5E41A 4QAGA 3VQQA 1BQMA 3ISNC 3DLHA 3OYNA 3RRGA 3AVFA 3WNFA 3K58A 4I9LA 3LP2A 3NFAA 4AILC 4KFBA 2O4IA 3QLHA 3AVKA 1LAVA 3LZIA 1ZBIA 2FBYA 3VQBA 4DLGA 3QESA 3RMAA 1J54A 3AA5X 4FJNA 2WONA 1EXQA 3B6PA 4WE1A 4IG0A 3V9UA 1TV6A 3RR7A 1NOZA 3DLGA 4Z4EA 3IRXA 2DFEA 4Y1CA 2W42A 2O4GA 1RNHA 1G15A 2GUIA 1NK5A 1TKXA 1JXBA 3ZSZA 3U6FA 3K5OA 3LPUA 1NKCA 2X6NA 4Z4HA 2F96A 5KGWA 1BGXT 4FW2A 4FLZA 4CEEA 2P5GA 3O3HA 2XY5A 3EY1A 3C95A 2HVIA 4O55A 4FJ7A 3KD1E 3TR8A 4LY7A 3NF8A 2RF2A 4DSKA 4DTUA 1J9AA 4CHNA 2PY5A 2YHBA 4GW6A 4W5QA 4CJEA 3KLGA 3KLFA 3PO5A 4NCBA 1WSFA 4KV8A 4CFDA 4N76A 4E7HA 4AHSA 1WSJA 2G8UA 3SUNA 4DTPA 2X74A 4OJRA 3ASMA 1X1PA 3V4IA 4RG8A 3WNGA 5HRSA 2ZD1A 4CGIA 1UWBA 3P1GA 1BI4B 1CXUA 4FW1A 3PV8A 1X9MA 4DWIA 4PY5A 1T7PA 4AHUA 2XRIA 2AJQA 3SQ2A 3A2FA 1QTMA 5J2NA 4W5OA 3IAYA 1ASVA 3KLIA 5DMRA 3HP9A 1U48A 4PWDA 4KTQA 2IC3A 3HP6A 1IH7A 4BWMA 1XHXA 4LSNA 5CZ2A 1SKSA 4C8NA 4EP4A 1X9WA 1WNSA 4HUGA 3PX6A 4DSJA 4H4OA 4B9TA 1NK8A 2PYJA 2P5OA 4Z4GA 4DTXA 1SL2A 4BACA 3S3NA 4DF4A 4OGEA 4DFPA 4I2PA 4CGDA 4CK3A 4DSLA 4CFAA 3AO1A 1UA0A 5K14A 1GOAA 3QO9A 5FRMA 2KZMA 2F8TA 3DOKA 1WSHA 3OS0A 3MEGA 3SZ2A 3TAGA 1TAQA 3ZSQA 2PYLA 1S6QA 3VQ7A 3DI6A 4M3UA 3OYFA 1SKWA 4KPYA 3OJSA 2HHUA 4FJ5A 4DMNA 4N56A 1Q9YA 1VSMA 1A5VA 1B9FA 4KB1A 4CECA 4F4KA 4DU1A 3P5JA 5KI6A 3AVNA 3I0SA 1N6QA 2NUBA 4O0JA 5JS2A 1Q8IA 4CIEA 1EETA 1QHTA 1LWCA 4RW7A 2DTUA 5HRRA 1VSLA 4FK2A 1BIZA 4M3WA 4M42A 4M3XA 1C1BA 4B9MA 4FXDA 1WSIA 2IS3A 3VQDA 4CJRA 3AO5A 1KLMA 3AVBA 5HP1A 3L3UA 3M8PA 4F3OA 3OYHA 1IKXA 1QS4A 4HUEA 4FLUA 4J2EA 2HHWA 4AHRA 3RMBA 1BHLA 1NOYA 1RBUA 2YKNA 5SWMA 3V1OA 4CGFA 1TKZA 1ZBUA 3CM5A 3M8QA 3O3GA 3V9ZA 4DTOA 2LSNA 3OJUA 3U3GA 4B8AB 3HL8A 3SQ1A 1KRPA 2VG5A 4DTSA 1ZBHA 4FYDA 1BL3A 1NK4A 4FZYA 2HHTA 5DK5A 3ZT1A 2KZZA 4AH9A 4B9VA 4PA1A 3LANA 2G8WA 1HYVA 1RT7A 2FBXA 3HPGA 1U04A 3ZT0A 4FJIA 5HRNA 2RN2A 1S9EA 1B92A 4FLXA 4PUOA 3AVHA 3LWLA 5FROA 3LPTA 1I39A 3LWMA 1WN7A 3IS9A 4KTWA 4JRQA 3KK1A 5J2QA 2YKMA 3SV4A 2KW4A 3OYIA 1HMVA 1WAFA 1CXQA 2JGUA 4G1QA 1UOCA 2EHGA 3MEEA 4BE1A 3QEIA 2E4LA 4EZ6A 4FJKA 3DLRA 3TWHA 4KI4A 1F21A 3LP1A 2E6MA 1A5WA 1TK8A 2DFFA 3D45A 4FM1A 4L8RB 3KLEA 3AVLA 1VSJA 1IKYA 1D9FA 4CCHA 3MXIA 3ZSRA 4B9LA 4EZ9A 1JL2A 1SKRA 4B9UA 4CF9A 3F73A 3P83D 2YNHA 2KFNA 3LAMA 4KREA 1S1UA 2G8KA 4M3RA 1WSEA 2B6AA 2IOCA 4HVJA 3RWUA 2HNYA 4FK4A 1HRHA 1XHZA 3V1QA 3AV9A 4CHPA 3DRRA 3RRHA 3DRSA 3L2RA 4KI6A 4YNQA 1S9GA 1CZBA 5CY4A 3OYBA 3KTQA 4CERA 4F3TA 4I7FA 4I9QA 3CG7A 3ZSOA 1BCMA 1ASUA 3DLBA 3PO4A 1Z25A 2YHAA 2G8VA 5KRTA 3L2VA 3VQ8A 1TK0A 2R7YA 3NH1A 1NKEA 3HM9A 1TVRA 1HJRA 1BIUA 2HNDA 3DLKA 4MFBA 4H4MA 3EZ5A 4Z4IA 2D0AA 3HYFA 1NK0A 4OLBA 3T19A 1KFSA 4ELUA 4KHUA 3E01A 1J53A 4DQPA 4J2DA 2X6SA 4KHNA 4CIGA 3AO2A 1NK7A 4E89A 1KVBA 2BANA 3AA4A 4DU4A 2YV0X 2HNZA 3DRPA 3L3VA 1ZYQA 2XO7A 3VA0A 4F2SA 4FJLA 1S1WA 3G10A 1C1CA 4CEBA 3V9WA 4DFMA 4ZTFA 3DYAA 4JRPA 5FRNA 1D8YA 1XWLA 2YNGA 2B5JA 4EP5A 4CF2A 4BDYA 1QSYA 4B3OA 4W5TA 1RTIA 2XY7A 3ZT3A 2BGGA 4KO0A 3SYZA 2F8SA 1S1XA 3O3FA 3NF7A 1JLCA 3L2WA 3CFRA 1BCOA 3I0RA 4C8MA 4CEDA 4DSFA 1C0UA 3TANA 3RMDA 1X9SA 4ICLA 5J1EA 3U3YA 1RDDA 3CM6A 3ZT4A 1GOCA 3CQ8A 3SCXA 1FKPA 3B6OA 3ZT2A 2Z1GA 1RBVA 3LP0A 5KGXA 4FLWA 1D5AA 2HHXA 3QNNA 1FXXA 3WNEA 1NJYA 2G8FA 1RTDA 3BGRA 4ZHRA 4E7LA 4DQSA 3OYAA 1DLOA 2P51A 3ZCMA 2Z1HA 4CF8A 3PX4A 1KVAA 1RDAA 4N5SA 3AVIA 1J5OA 1DTQA 3OY9A 4H8KA 4CJVA 4Y1DA 4DU3A 2YNIA 1L3TA 3K5NA 1QSLA 4FLVA 5HROA 4DQIA 1ZBLA 3EYZA 3SUQA 3OYEA 4HCCA 4F2RA 3KIOA 4M45A 4CHYA 1UAXA 1VSKA 1JLAA 2RKIA 3ZSWA 4CEQA 4UQGA 3LP3A 5JS1A 3THVA 1TGOA 4J2BA 1REVA 1WAJA 1YVUA 3OYGA 5J2PA 1VSHA 1C6VA 4BE2A 3QIOA 1RDCA 4RW9A 3LAKA 3K59A 3QEPA 4KHSA 2HB5A 5KTQA 3IG1A 1VSEA 4OKEA 2G8HA 4K8XA 4GVMA 4CJWA 4E19A 3NH0A 4Z4FA 4E1MA 1LW2A 3AVJA 4PQUA 1SUQA 4N47A 3HXMA 4K8ZA 1QQCA 4CGHA 4OLAA 4CHZA 3VQ5A 3V9SA 3K5MA 1EX4A 1CLQA 4Z4CA 3BDPA 3HO1A 4CJPA 3QNOA 3TARA 4FVMA 4B08A 2GBZA 2A1SA 4IBNA 2IGIA 2VG7A 4Z0UA 4FM0A 1U47A 1SL1A 1IKVA 1U4BA 2OPPA 1HPZA 2OPQA 5I42A 2KFZA 2FBTA 3SQ4A 4I2QA 4HCBA 1TK5A 1SL0A 2FBVA 4BWJA 4CJLA 4JS4A 3ALYA 4M3ZA 2GV9A 4CGGA 3QEWA 1RCHA 3PY8A 1KSPA 1QE1A 3S3MA 1IKWA 2D0CA 4CJ5A 3HT3A 4KB0A 3HPOA 4DTJA 4JLHA 3MAQA 4FZZA 4RW4A 3OYDA 2G8IA 3SUOA 3ZSYA 3S9HA 5KRSA 2IDOA 1S1VA 3JSMA 4KHYA 4Q0BA 1T05A 1RTHA 2DY4A 2XHBA 3G0ZA 4B9SA 2JLEA 2X78A 4NCGA 4Q5VA 4KHWA 3OYMA 1N5YA 3QETA 4DQRA 4XIUA 3LZJA 2RPIA 4DF8A 2DFHA 1IO2A 1IG9A 3HK2A 1RT5A 4FJ9A 4B8CA 2D5RA 3D0PA 2QK9A 3MECA 3QEXA 5C42A 1WLJA 3ZSXA 4OKJA 4CJSA 3K57A 1HQUA 1SV5A 3OS1A 4CJFA 1JLFA 4DTRA 3NHGA 4FM2A 3TAQA 3NF6A 3QIPA 1HQEA 3L2UA 2BDPA 4NCAA 2YNFA 1NKBA 1NK6A 3AA3A 1JKHA 4FJMA 3MXJA 1RT2A 5C24A 3VQ4A 3VQCA 4E7JA 3HJFA 4GMJB 4CEAA 1FKOA 3DOLA 4TSXA 1NJXA 3OYLA 1RT1A 2Z1JA 4B9NA 3SV3A 1TAUA 4O0IA 4AHVA 1JXEA 4IG3A 1EP4A 4FLTA 1S1TA 1TKDA 2VG6A 5CZ1A 3CYMA 4ELVA 4DSIA 2P1JA 1HNIA 3V1RA 2VWKA 3SJJA 4E7IA 2Q3SA 1U45A 3ITHA 4BE0A 1BISA 1ASWA 1S6PA 2B4JA 4IFYA 1TKTA 1JLGA 4CJQA 1RBTA 2E6LA 2OPRA 4NYNA 4FLYA 4DS4A 4KKOA 3MEDA 3TAFA 1DTTA 5HBMA 5SZTA 3JYTA 3M8SA 1T03A 4R5PA 4CJ4A 1VK0A 1RT6A 3TI0A 4OGCA 3OS2A 1A5XA 3NGZA 4OKKA 2XY6A 2PZSA 4IKFA 2HHVA 3SPZA 3OYJA 4RW6A 3VQPA 4W5NA 3H08A 3LALA 4QOZB 4C8KA 2QKKA 4E0DA 1RDBA 3TABA 5J2MA 2QKBA 1NJWA 3UIQA 4CE9A 1NJZA 4FJJA 4M3TA 3HVTA 3VQ6A 4E7KA 4HTUA 2HMIA 3QERA 3C6TA 4KHQA 4CHQA 2KQ2A 3NGIA 5T7BA 4FJHA 1KTQA 1W0HA 2IAJA 4ID1A 1QSSA 1FK9A 4N41A 2KTQA 1HNVA 4CEFA 4KTZA 4FJXA 3M8RA 2OPSA 3LDSA 3RR8A 4FJ8A 5C25A 2BE2A 1MU2A 1WSGA 3ULDA 1HYZA 4YFUA 4CF0A 1O1WA 3SUPA 2HHSA 1UA1A 1U49A 1TL1A 3VA3A 3T3FA 1LV5A 4FZXC 2Y1JA 3VN5A 2WOMA 3AO3A 2HVHA 4LH4A 3QINA 1RTJA 2ITGA 3NBPA 1RILA 1KFDA 4MQ3A 5FDLA 4CESA 3NH2A 3OYCA 4CK1A 4ZTJA 2ZQBA 4E3SA 2A1RA 4CGJA 4FJGA 3SPYA 1LAWA 3DM2A 3TAMA 4F8RA 1W9HA 4CEOA 3KK2A 1I3AA 3O4NA 1R0AA 4FK0A 1T8EA 4CIFA 2ATQA 1VRTA 1Q9XA 3NDKA 3VQEA 3K5LA 3VQAA 4O44A 3V6DA 4C8OA 2XY8A 1YT3A 1RT3A 3L8BA 1CZ9A 4DS5A 1L3SA 3NGYA 3RTVA 1XC9A 3RMCA 4CJTA 2HHQA 4M41A 1L3VA 3CFOA 3CFPA 2Y1IA 3KKSA 1L3UA 1HYSA 1JLBA 3DMJA 4LH5A 3NE6A 1C0TA 4OPJA 3C6UA 3ZSVA 4DG1A 4NYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YIJA 1JLQA 2IVOA 4C92E 1QQOA 3KKRA 3QBYA 4J9CA 5TKWA 2GTJA 4FCYA 1RAAB 3CCLA 2EX3A 2CH4W 4LXCA 2HEQA 4M7AC 4C92G 2DXCA 4LSLA 3WXIA 4O5BA 4LD0A 1LWFA 2E8AA 1C0GA 4DV4K 4HUFA 4IDKA 4CF1A 2UXBK 2LMJA 4GLKA 1B9DA 3FFIA 5JICA 2QXFA 2B8AA 1XI1A 1LOTB 1NZ9A 1WXTA 5CKDA 1M1FA 2VB6A 2Z1IA 2YHWA 2KRMA 4RUGA 3DLEA 2KYMA 3I8BA 4BC3A 3ZEHA 2F7TA 1L5UA 1G99A 3NVKA 5IXFA 3WVDB 4ANJA 3QEVA 1M2VA 1KHCA 2FRYA 3K2PA 3WXKA 3OGLB 3LDBA 2YLCA 3T1AA 4BQLA 2ZM6K 1K6YA 1XMGE 4DSEA 2IVNA 4HA8A 4BD3A 5CYMA 1YTAA 2OZMA 3CPFA 4Z89A 5EU7A 1OPLA 1QLYA 4J9IA 1BQNA 1JCEA 2QTDA 1TYQB 3QB0A 1WBDA 1Q82C 1FZIE 3CBMA 5HLFA 3S3OA 2V7YA 1YWPA 3L2ZA 2YCHA 5A0LA 2ZWHA 4RW8A 5EY4A 3SWNB 1PM3A 1JL1A 3O4WA 3RSEB 4W5RA 2BE9B 5HRPA 5I3UA 4DTMA 2A5XA 1U5SA 1M1KR 3MN9A 4QAGA 3DLLL 1QVGM 2C0TA 1OZ2A 4DR7K 3RRGA 2DPPB 3AVFA 3CCRQ 1OX8A 4BR9A 3CERA 3NFAA 4L6V5 1LAVA 1YJNA 1ESVA 5AZJA 4IT5A 3M4YA 3DWLA 1IXDA 2FBYA 2CP0A 4JUVA 3EN9A 3UE5A 1HNWK 1EXQA 1FZ0E 4CZFA 4C5GA 1TV6A 5J39A 2PFTA 4M77C 4MO5A 5GIOA 2FEIA 5AQWA 2V1RA 1X75C 3FZKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RSE B;  4W5R A;  2BE9 B;  5HRP A;  5I3U A;  4DTM A;  2A5X A;  1U5S A;  1M1K R;  3MN9 A;  4QAG A;  3DLL L;  1QVG M;  2C0T A;  1OZ2 A;  4DR7 K;  3RRG A;  2DPP B;  3AVF A;  3CCR Q;  1OX8 A;  4BR9 A;  3CER A;  3NFA A;  4L6V 5;  1LAV A;  1YJN A;  1ESV A;  5AZJ A;  4IT5 A;  3M4Y A;  3DWL A;  1IXD A;  2FBY A;  2CP0 A;  4JUV A;  3EN9 A;  3UE5 A;  1HNW K;  1EXQ A;  1FZ0 E;  4CZF A;  4C5G A;  1TV6 A;  5J39 A;  2PFT A;  4M77 C;  4MO5 A;  5GIO A;  2FEI A;  5AQW A;  2V1R A;  1X75 C;  3FZK A;  1YCY A;  3G6E Q;  2DL8 A;  2GUI A;  5GAG P;  3RKW A;  2L3Q A;  1XVB E;  1TKX A;  2LT4 A;  2R5A A;  3C6A A;  2COY A;  1K9M U;  1VQP T;  2F96 A;  3CCR N;  1S72 A;  1QVG A;  4ADO A;  4H0X B;  3SHW A;  4CC4 B;  4XEI A;  4JJN K;  5DLQ E;  1RAC B;  3MCP A;  2V52 B;  4FJ7 A;  3DKM A;  2K4Y A;  3KD1 E;  1RAH B;  2VXF A;  1WHG A;  4LY7 A;  2RF2 A;  4YDU C;  5GAO n;  2HHT A;  2PY5 A;  4NCB A;  2O8E B;  2Q2R A;  4CJE A;  1WSF A;  4KV8 A;  4CFD A;  4N76 A;  1E6G A;  2F2W A;  4E7H A;  2CT3 A;  3VKI A;  2QA4 Q;  1OV3 A;  3KWI A; 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