3C94A

Exoi/ssb-ct complex
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
470
structure length
458
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFASDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein stimulation of exonuclease I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 156
structure length 458
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3c94A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3c94A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3c94A01
4O5BA 4CECA 1I3AA 4CFAA 1RCHA 3AA5X 1DTQA 4M42A 4ICLA 3B6OA 3TARA 1EP4A 2YHBA 3OS1A 1RBVA 2D0BA 5J2MA 1X9WA 3RMDA 4I2PA 4CJLA 4K8ZA 3VQDA 1QSYA 5KRSA 2YNIA 4TSXA 1ASUA 3AVGA 4XIUA 1NJZA 3QETA 1TK0A 4J2BA 2RF2A 5KI6A 1U49A 4RW9A 4IFVA 2FC0A 4LD0A 1YT3A 4CK2A 1NKCA 2OZSA 4FJNA 4H4OA 4RW4A 3SNNA 3L3VA 3IRXA 4M3YA 4OGCA 3S3MA 3LWLA 4E0DA 2XRIA 4NCAA 3MEGA 5KRTA 4J2EA 5I3UA 3V1QA 3PO5A 1HNIA 1QQCA 4M3WA 3JYTA 2XY5A 3T3FA 4LSLA 4FJJA 1U4BA 5DK5A 2E6LA 3HP6A 1U04A 3KIOA 3KKRA 4MQ3A 2FBXA 1J54A 3AA3A 2Z1HA 3S3OA 2XY8A 1L3VA 2G8HA 3QIPA 3AVJA 1VSIA 3AVHA 3VQ7A 1BI4A 4FLUA 3V1RA 1QE1A 4B9LA 2IAJA 4PA1A 3K59A 3NBPA 4M3RA 1TKZA 1F21A 4BDZA 3EZ5A 1WSEA 4CGJA 3MAQA 3QEIA 3QNNA 3SCXA 1KRPA 2ZQBA 3ZT3A 4PWDA 3VQCA 4E3SA 4HCCA 2IDOA 3WNFA 1L5UA 1Q8IA 1RBUA 4DTUA 4DMNA 4B8CA 2A1RA 4DQIA 2HNYA 1XI1A 2VWJA 2ZE2A 3V1OA 3U3GA 2KFNA 2X74A 2HHSA 1W0HA 2KQ2A 3HPHA 4GW6A 3O4NA 1NKBA 4E1MA 4R5PA 3HT3A 3DLKA 4FJ9A 4C8OA 4KRFA 3LAMA 3K2PA 4CEBA 4CF9A 3SJJA 4EP4A 4OKKA 1RT7A 3MXJA 4CF1A 1NK7A 1RNHA 4OPKA 1GOBA 3VQ4A 1XHXA 4E7LA 4K8XA 4W5NA 1KVAA 1G15A 3T1AA 4CHYA 1FKOA 1TV6A 5JS2A 3OS0A 4CGHA 1RDCA 1GOCA 3NH0A 3HVRA 4HCBA 2Z1IA 4LH5A 3NF6A 4DLGA 3OYIA 2PYJA 4O4GA 4F3TA 2KZZA 1WAFA 2HHTA 4KHYA 1HQEA 4ELUA 4FM0A 2IC3A 1XHZA 3OJUA 4M3XA 4QAGA 1D9DA 4C8LA 4NYNA 4CJWA 1B9DA 1HPZA 4CF0A 1R0AA 4DSKA 2X6NA 4E7IA 1TK5A 4CJ3A 3SUNA 3PX4A 1IO2A 3K5MA 3LZIA 2HHQA 3B6PA 4M3TA 4CIFA 3K5LA 5CYMA 1T03A 1JLQA 1S6PA 4CF2A 1XWLA 1CXUA 2BANA 4O0IA 4L8RB 4FJ8A 4KHSA 2I5JA 4GVMA 4FZYA 3TR8A 1S1WA 3QEVA 3NGYA 4FM2A 4CIEA 1TVRA 3OJSA 2GUIA 3CM6A 5J2PA 3BDPA 1HNVA 1FXXA 1ZBUA 3AVAA 3SPYA 4Z4IA 3TANA 1RT2A 3V9UA 4CK3A 3OYCA 2PY5A 1WAJA 2G8UA 1LW0A 3S3NA 4DSIA 3QERA 3HL8A 3WNGA 5FRNA 1DTTA 1YTAA 4F4KA 1A5XA 4IDKA 3U6FA 3SYZA 4BWJA 3OYFA 3PX0A 1SL0A 1NK9A 1IG9A 3SV3A 4OLAA 4DFMA 3I0RA 3OS2A 1KSPA 1HQUA 3RR8A 1ASWA 3LP0A 4DSLA 4FXDA 3P1GA 4KREA 1KVBA 3FFIA 3QIOA 3F9KA 3HVTA 4IG0A 3IS9A 4N76A 2Q3SA 4N41A 1HYSA 1VRTA 1VRUA 1LWEA 3ITHA 1N6QA 3LANA 1S1VA 1WSJA 2D5RA 3AO1A 3RMCA 4KHNA 1IKYA 3G0ZA 2QKKA 5HLFA 4F2SA 5D3GA 1B92A 3OYBA 4QOZB 2P1JA 3MXIA 3NF9A 3VQAA 4CEZA 1TKXA 1RTJA 2OA8A 2HW3A 1LW2A 2AJQA 1WNSA 4BE2A 4LH4A 3ZSWA 1LV5A 4B9UA 4CJSA 4DFKA 3DI6A 4KFBA 3SZ2A 1SL1A 1VSJA 4DU3A 1JXBA 1Y97A 3DOKA 1LWCA 4FJLA 4IBNA 1J53A 1RBTA 1NJWA 3ZT1A 3HSTB 3HP9A 1Q9YA 4E7HA 3AVIA 1ZBHA 1C0UA 2WOMA 1IKVA 1VSFA 3C6TA 3KK3A 5J2NA 3NF7A 4O44A 4AH9A 1W9HA 4CIGA 3O3FA 4B9MA 4DWIA 4FVMA 4FJMA 4I7FA 1VSEA 4CFCA 4CK1A 4DSJA 3QO9A 4AHRA 2EHGA 3LPTA 4KTWA 3C6UA 4RW7A 3JSMA 4Z4CA 3OYDA 1UA0A 4EP5A 3M8QA 3ZT0A 3NH2A 4ELTA 3V81A 2O4GA 3P5JA 4DQPA 3OY9A 4F3OA 3CYMA 3ZSQA 4DFPA 4KKOA 3SUPA 5JS1A 1S9EA 2BE2A 1JL2A 4ELVA 2A1SA 1S1TA 3K5OA 2YKMA 4KO0A 4BWMA 4CHQA 3KLHA 4W5OA 4Z4FA 3D0PA 3KLEA 3L8BA 2KW4A 1CLQA 4C8KA 4CGIA 3NHGA 1WSHA 1NK8A 5KTQA 1D5AA 3DLBA 4M41A 3OYEA 4CGDA 1C0TA 1J9AA 3CM5A 1TGOA 2R7YA 3VQBA 4OKEA 3OYJA 4JS5A 4H4MA 2OYQA 4KAZA 4DF8A 3HO1A 4YFUA 2G8FA 4CCHA 3QEWA 4CJUA 1EKEA 2B6AA 3EYZA 4CF8A 2IOCA 3BGRA 5I42A 4E19A 3VA0A 2DTUA 2F96A 3LP1A 2OPPA 2OPQA 4JRQA 4KTQA 2Y1IA 2VG5A 3KLIA 3KK2A 5J1EA 1VK0A 4MFBA 1NK0A 3O4QA 3IAYA 2GV9A 4FK0A 2HNDA 3LP3A 3D45A 1RT3A 5HRRA 3V9WA 4NCBA 4FW1A 3VQ8A 2IGIA 1RBRA 3DLEA 1SUQA 1ASVA 1BIZA 1JLBA 1UAXA 3VQEA 4CFDA 3TWHA 4B8AB 4KHQA 3OYGA 1RT4A 4W5QA 3QNOA 3TAPA 3AVCA 3TAEA 4ZHRA 3KD1E 4KB0A 4PY5A 4DTRA 4F2RA 1JLEA 3VQQA 1FKPA 1IH7A 2VG6A 3HM9A 4BE0A 3KTQA 2HMIA 1EX4A 5FDLA 3SPZA 4AHUA 2ETJA 4CJKA 1T05A 1CZBA 4FLZA 1RDAA 1YVUA 5T7BA 3OYKA 1U47A 3QEPA 4DS5A 2OPRA 3L2UA 1JKHA 4M3UA 1KVCA 2DFFA 4KTZA 3SQ1A 3DYAA 1REVA 1KFDA 3DMJA 4FLVA 1HRHA 2KTQA 4KI4A 4M45A 3SQ4A 1UOCA 5K14A 4DG1A 3QEXA 4IKFA 1WSIA 3MEDA 4ID5A 3LDSA 4Q0BA 3RMBA 2G8KA 3CFOA 3KKSA 1BHLA 1X9MA 4B9SA 2HHXA 3THVA 4FJKA 4CJPA 2YNGA 3KLFA 3TAMA 3M8PA 2DFHA 1S9GA 2FBVA 5EU7A 2DY4A 2DFEA 2RKIA 4RW6A 1GOAA 1NK5A 4CHOA 1BI4B 1BISA 1SKSA 3K58A 3OYAA 5CZ2A 4O0JA 4CHPA 1VSDA 4OVLA 1NOZA 1TK8A 3S9HA 3VQ9A 4BDYA 2G8WA 1ZBIA 1QTMA 1XC9A 4NCGA 1JLFA 3CFPA 2P5GA 2XY7A 4N5SA 4B3OA 1QSSA 1TKTA 1JLAA 4J2DA 4OPJA 4C8NA 1N5YA 4CFBA 3C95A 3DRPA 4CJ5A 4DU4A 2G8VA 2QK9A 1C1BA 1KTQA 4CEEA 4UQGA 4M3ZA 5HRPA 4FLXA 4CERA 1QSLA 4KHWA 3K5NA 2YV0X 4KPYA 4DQSA 2PZSA 4FLYA 2D0AA 2X78A 4CGFA 3ZSOA 1C0MA 3M8SA 3NE6A 1D9FA 1T7PA 1JLGA 4GMJB 4DTNA 4CJEA 1BQNA 3DLRA 4C8MA 1RDDA 2XY6A 3TI0A 4J2AA 1ZYQA 1WSGA 3K57A 1RTDA 4BACA 3ISNC 3AA4A 3LPUA 1SL2A 1NJXA 1QHTA 4RG8A 1DLOA 2YNHA 4IFYA 3PO4A 5SZTA 4FM1A 5C42A 3EY1A 1VSHA 3ZCMA 1TKDA 2FBTA 2YNFA 1JL1A 4W5RA 3P83D 3F73A 4FZZA 3MEEA 3A2FA 1I39A 3MECA 1QS4A 4CESA 4Z4HA 3DRRA 4DF4A 4OLBA 3WNEA 3AVFA 3HPGA 5CY4A 1Z26A 4BE1A 4DLEA 3KLGA 2O4IA 2Z1GA 3NFAA 3V4IA 5SWMA 4B9TA 2RPIA 4DSEA 3VA3A 3MXMA 1RT5A 4IG3A 3DOLA 3AVNA 3ZT2A 3TABA 3KJVA 1X1PA 1BCMA 1RTIA 2IS3A 3AO5A 2W42A 3SQ0A 3HK2A 3C94A 3SI6A 4KHUA 1NK4A 3L2VA 3NGIA 3ZSRA 1L3SA 3VQPA 1BIUA 4HTUA 1ZBLA 1KLMA 2KZMA 3U3YA 3PX6A 2ATQA 3SUOA 1IKWA 4DTMA 1BGXT 1S1XA 3AVKA 3DM2A 3WNHA 1A5VA 3O3GA 1HYZA 4WE1A 4HUFA 1BL3A 3V9ZA 4RW8A 4Y1DA 1VSKA 2RN2A 4AILC 3TAQA 1U45A 3SQ2A 3RRGA 3NAEA 4I9QA 1LAVA 1UWBA 4AHTA 3KK1A 3V6DA 5KGWA 4CEAA 4KB1A 2ITGA 4AHVA 3L2QA 3AO2A 4DTPA 1O1WA 4CEDA 5HRNA 3DLHA 1Z25A 1RDBA 1KCFA 3L2RA 2QXFA 4CJVA 4E7KA 4FW2A 4CJFA 1NK6A 3RR7A 1B9FA 1LWFA 2BGGA 5DMRA 4FCYA 2OZMA 2HVIA 2EX3A 3ZSVA 3V9SA 4ZTFA 3AV9A 4CGGA 3RWUA 1SKRA 1TAUA 1TL3A 4LSNA 4DQQA 2E4LA 3OYNA 3OYHA 4BDPA 4NYFA 5FROA 5CYQA 3CQ8A 4OGEA 4B9NA 4FJ7A 5C24A 4DTOA 3UIQA 4FLWA 3ZT4A 4JS4A 1RT6A 2XHBA 1KLNA 3L2WA 4DTJA 4I2QA 4FK4A 2WONA 2X6SA 1RT1A 4OJRA 4CJQA 5HRSA 5J2QA 3PV8A 1D8YA 4FJIA 4FYDA 3I8DA 2HVHA 2VG7A 1C6VA 3HPOA 2F8SA 4JLHA 2ZD1A 4HVJA 4HHTA 2BDPA 4FJGA 3LALA 2Z1JA 4PUOA 4PQUA 4CHZA 1HYVA 4I9LA 3OYLA 2B5JA 4Q5VA 1CZ9A 3RRHA 4QCLA 3CG7A 3QESA 1EXQA 3QLHA 2D0CA 3VQ6A 4E89A 3IG1A 5C25A 4B08A 4DQRA 1EETA 2YKNA 1KFSA 1VSMA 4Z0UA 3O3HA 1VSLA 2Y1JA 1NJYA 4N56A 4CJ4A 3AA2A 4CJTA 3SV4A 2JGUA 4AHSA 4CHNA 2B4JA 4Z4GA 3AVLA 4H8KA 3V9XA 4JRPA 3RMAA 3TAGA 4CEFA 1C1CA 3LAKA 2HNZA 3RTVA 3HXMA 4YNQA 4F8RA 4Z4EA 1S6QA 5FRMA 1TL1A 5KGXA 2E6MA 1U48A 4FJ5A 1MU2A 4G1QA 3SUQA 2LSNA 4CEQA 4E7JA 3PY8A 4DTXA 3L3UA 1JLCA 1WN7A 4ZTJA 1L3UA 1S5JA 3PUFA 4CEOA 3QINA 1NKEA 4ID1A 3AO4A 1BCOA 4AHCA 1BQMA 3VN5A 3ZSZA 3VQ5A 2XO7A 2F8TA 2PYLA 2HHVA 5CZ1A 3NH1A 2JLEA 3LZJA 1JXEA 4CE9A 2FBYA 4DTSA 1Q9XA 3DLGA 3TAFA 3AO3A 5E41A 3T19A 3OYMA 4HUEA 2YHAA 1S1UA 4N47A 4EZ9A 1HJRA 4FJHA 1YTUA 3AVBA 4HUGA 4DSFA 1X9SA 1LAWA 2G8IA 3E01A 2VWKA 4EZ6A 2KFZA 4LY7A 2NUBA 1FK9A 1C1AA 3OVNA 3ZSYA 5HP1A 3KD5E 1J5OA 4KI6A 3DRSA 4FLTA 3LP2A 1RBSA 2HHWA 3NF8A 3NDKA 4FK2A 3ZSXA 3HYFA 1T8EA 4DFJA 2P51A 3HJFA 2P5OA 4KV8A 1RILA 4O55A 1TAQA 3ULDA 1SKWA 3M8RA 1L3TA 1ITGA 4Y1CA 1SV5A 1RTHA 1NOYA 4B9VA 5HBMA 4E1NA 4CJRA 3NCIA 3CFRA 1CXQA 5HROA 1K6YA 1IKXA 3H08A 1ZBFA 2GBZA 4FZXC 3AVMA 3NGZA 1WSFA 4OKJA 4DS4A 2QKBA 1HMVA 1UA1A 2OPSA 3ASMA 4DU1A 3I0SA 4FJXA 4W5TA 3G10A 3ALYA 1A5WA 2HHUA 3LWMA 1WLJA 2HB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV3K 5GAMe 1ZSZA 3AA5X 4N4IA 3F5TA 1M5Q1 4ICLA 2EWNA 3B6OA 2KK4A 4YORA 5CAIA 4D8DA 1RBVA 2D0BA 5J2MA 2QM1A 4C92C 1X9WA 4PJOB 4KGZB 4DEXA 2QQ9A 1WXUA 3QIIA 3JCMb 3OHRA 2L5QA 4BGAA 4F7UF 3CCSQ 1OPKA 1NGGA 4IO8A 3CCJN 2YNIA 2OAWA 4J2BA 3MPUB 3VS3A 3FZLA 1NJZA 2DXUA 4AT1B 3CCQT 2RF2A 3CQXA 4FPBA 4RW9A 4CK2A 1EWQA 3TU5A 2QWOA 1WJRA 2LCCA 4RW4A 2HHHK 3ZX3A 1JCEA 2DVEA 4CBWA 5CHIA 1SPKA 2RHUA 1NEGA 1RAHB 2FRWA 4OMNA 4BY6C 5KRTA 2P4TA 5A2QE 1HNIA 1QQCA 4H0VB 3UKRA 3SWNC 2OTJT 2E2QA 3WT0A 1U4BA 2QA4N 3TTFA 2CH4A 3RERA 2CH6A 2D8HA 1NGDA 1JCGA 1U04A 3OGLB 4K42A 4WCEL 2G8HA 4JKHA 2XY8A 5ADXH 3QYGB 1VSIA 2CP5A 1VQPA 4QNCA 2JHPA 2DVJA 1BI4A 3HKSA 1XUPO 4BQLA 3V1RA 4B9LA 5IT9O 4HXJA 3CCLA 3ZEUA 4PA1A 2MZWB 4QNDA 1E6GA 4Q5WA 4M7DA 2X3XD 2ZGWA 2H3JA 3M0PA 1F21A 1NZ9A 4AF1A 4CGJA 3CJ1A 3MN9A 3QEIA 4XU3A 4C1NK 1KRPA 4PWDA 4HT8A 1FWZA 5IXBA 1S72A 3WNFA 2X35A 4ISFA 1RAEB 4PJOF 5LJ3e 2DIGA 4M7DG 4DTUA 2COZA 4B8CA 2RO0A 1WFWA 5GMKi 2ZE2A 3V1OA 2X74A 2RJEA 3KUFA 4GW6A 4H5VA 1NKBA 3G4ST 3LX7A 4WFBL 2KAFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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