3SI6A

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mg2+
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3si6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3si6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3si6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3si6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3si6A03
3ZCMA 4FLVA 4FJNA 4E1NA 1WSGA 4OPKA 1C1BA 3KTQA 4CK1A 1ZBHA 3B6OA 2ITGA 3QETA 2D0CA 3LP0A 4DTUA 2D5RA 3ZSQA 2R7YA 1RBVA 1D9FA 4DSJA 1TKDA 4FK0A 2P5OA 2KFNA 4CJLA 4ZHRA 2KTQA 5I42A 1FXXA 1BISA 1Z26A 3QIOA 3S3OA 4C8KA 4M3WA 1WN7A 4CK2A 1EX4A 5HBMA 5KRTA 4BE2A 3DRPA 3VQ9A 3V9XA 5FROA 4DFJA 3CFRA 3NFAA 1KFSA 1GOCA 2FBTA 1A5VA 3K59A 1RT1A 4I7FA 3KK2A 3B6PA 3F9KA 2HB5A 4M45A 3SPYA 3L2VA 1L5UA 3V4IA 3DLKA 2YHBA 1LWCA 4IKFA 2XY7A 4CEEA 4KFBA 1TKZA 2ATQA 1ZBFA 1HQUA 4IBNA 1VK0A 4CGHA 2X6NA 4K8XA 3O4QA 4RW7A 1NK4A 4F2SA 3QLHA 4CFCA 1L3SA 1J54A 4FVMA 4FZZA 3OYFA 1I39A 2E6MA 3HO1A 1RTJA 1B92A 4ID1A 3AVKA 4CHQA 4HUEA 3NGZA 1KVAA 1RDAA 2XY8A 2HHVA 2FBYA 2ZD1A 1KVCA 3AVHA 4CJSA 4FJJA 1VSEA 3VQ7A 1U47A 3QIPA 4B8CA 3AO2A 2QXFA 3VA0A 4IG0A 3QESA 3RR8A 3TR8A 3P83D 4IFYA 4OKEA 1BGXT 3VN5A 2DTUA 4DFMA 4ELUA 3OY9A 4W5TA 4BE0A 2F8SA 5J2MA 4FZYA 4DTMA 3AA2A 4NYFA 3TWHA 4I9QA 2HW3A 2P51A 2PYJA 1RTIA 3K2PA 4DF4A 4FZXC 4DTJA 4LD0A 1IG9A 3VQEA 3HSTB 1YVUA 3NF9A 4BACA 5T7BA 5DMRA 4AHCA 3IS9A 1VSDA 4M3RA 1S1TA 2VG5A 4JRQA 2DFEA 1HQEA 1UA0A 1U45A 4E19A 1KLNA 4FJMA 1SKRA 3SZ2A 4LSLA 4M41A 3V9WA 2B5JA 4ID5A 3JYTA 3ISNC 5E41A 3I8DA 3OYKA 3LPUA 3QEVA 4FJHA 1WNSA 1F21A 2YNGA 4UQGA 2Q3SA 2X78A 1XC9A 3K5NA 1W0HA 2IOCA 4OGEA 3F73A 3L2WA 3VA3A 1HMVA 1NK5A 2RF2A 3OYDA 4YNQA 1NK7A 4CCHA 3DLHA 3RMCA 1CXUA 3HT3A 4E7IA 1IO2A 2G8WA 2HHXA 2I5JA 1LWFA 2EX3A 3AVMA 5J2PA 4PWDA 4FK2A 4DFKA 4TSXA 4N5SA 1C0MA 1JKHA 4CGDA 4B9NA 3T1AA 3LP1A 4AHUA 3NF8A 3ZT1A 4OPJA 3PX6A 2KFZA 1YT3A 3KK3A 4ELTA 1JLGA 3V9UA 1NK9A 3HPOA 3VQ6A 4B9TA 4CEFA 3IG1A 3LANA 4B9MA 3KLGA 2AJQA 2VWJA 4FCYA 1S6QA 3SQ1A 3MEGA 4FJ5A 4Y1DA 4KV8A 1ASWA 3OYIA 4L8RB 4CIFA 1TL3A 1REVA 4O55A 3SCXA 4B8AB 3TAQA 2VWKA 4DLEA 3TAMA 4DTRA 5HROA 3BDPA 3ZT3A 1QTMA 2HHSA 4DTXA 3LAMA 3MXIA 4FJ8A 4AHSA 3ALYA 3FFIA 4FJ7A 1JLFA 3CFPA 3SUQA 1UOCA 4DQIA 1YTUA 3L8BA 1RNHA 5J2QA 2YNFA 1WAJA 1NK8A 4EZ6A 4KB1A 3NF6A 2A1RA 3RRGA 4CHZA 2IAJA 1HPZA 4DTPA 1NJYA 4HCBA 2XY5A 3VQCA 1T8EA 4J2BA 3T3FA 1XWLA 3AVJA 3DYAA 4FYDA 3L2RA 2JGUA 1S1UA 3DI6A 3ZT2A 4MFBA 3RTVA 4BWMA 3L3VA 1Z25A 3HVTA 5I3UA 4KI6A 1VSJA 3QO9A 3NCIA 4CE9A 1J9AA 2E4LA 4OKKA 3KLFA 4RW8A 5CZ2A 1NKCA 3PO5A 3I0RA 3AVFA 3MECA 3HPHA 4FJGA 3HJFA 4CJ3A 2VG7A 1K6YA 1JXEA 4CEOA 1KCFA 4E89A 1L3UA 4LH5A 3AVLA 1WSIA 4KAZA 2OZMA 4FW2A 1ITGA 3HPGA 2OPPA 2YV0X 3NBPA 2BANA 4DSLA 3U3GA 3QINA 2HHQA 3S9HA 4N47A 1CXQA 4JS4A 3V1RA 3OS2A 3MXMA 4B9SA 1TGOA 4CGFA 4CJTA 3AA5X 1C6VA 1D5AA 1FKPA 1UAXA 4H4MA 4CEQA 3ZSWA 1BI4B 1NJZA 3HP9A 3LALA 2Z1JA 3QNOA 1W9HA 3VQ4A 1BIZA 1RT2A 1CZBA 1NJXA 4F2RA 3OVNA 3HYFA 4KPYA 2ETJA 4EP4A 3HXMA 4JS5A 3CM6A 1RT5A 4FJKA 4Z4CA 1CLQA 5KGWA 5J1EA 3U6FA 4CECA 3KLHA 4E1MA 4DU1A 2XHBA 4CHNA 1L3VA 4DS4A 2KW4A 1HJRA 1SL2A 2D0AA 4EP5A 2FBXA 2D0BA 3ZSRA 3TI0A 2RKIA 4ZTFA 2BGGA 1IKVA 4CFAA 4DG1A 3CYMA 2OPQA 3VQDA 2X74A 4CJ4A 1KTQA 4HUGA 4AHVA 4DU4A 4DLGA 5D3GA 4OLBA 3QEIA 4Z4IA 4FLXA 4CHYA 4J2DA 1VRUA 3C6UA 3OYMA 3SYZA 1RT4A 4KRFA 1KVBA 3MAQA 2ZE2A 1S1VA 5JS1A 2HNYA 4O0IA 4C8MA 4DMNA 4IG3A 3ZSOA 3K57A 2F8TA 1WAFA 4J2AA 2FBVA 4WE1A 1GOAA 1HNIA 3KKRA 1J53A 3NAEA 1JXBA 4W5QA 3QEWA 2X6SA 3TAPA 1RBSA 2G8VA 5FRMA 4FXDA 3SQ0A 4I2PA 4CFDA 3L2UA 3V9ZA 3OYGA 1SV5A 4M3XA 2OPRA 3OYHA 2G8UA 1TV6A 3TABA 2E6LA 1RT7A 4PUOA 4N76A 1U4BA 4C8NA 1TL1A 3TAFA 2W42A 4FLWA 1DLOA 1LAVA 5C42A 3V1QA 4ELVA 4FM0A 3VQPA 4DQRA 1A5XA 4JLHA 3V81A 4FM2A 1IH7A 3K5MA 3NE6A 3HP6A 1C0UA 4RG8A 2P1JA 4CGIA 5HLFA 1C1CA 4DU3A 1NKEA 4YFUA 3EZ5A 4CEAA 2HNZA 4M3TA 3ZT0A 3SJJA 4KREA 4CJQA 3PV8A 3EY1A 3DOKA 1RT6A 1NK0A 1LWEA 2LSNA 2ZQBA 4PQUA 1WLJA 1S1WA 3T19A 3PX4A 4M3YA 4CHPA 1TAQA 4CJVA 5KTQA 2XO7A 3S3NA 3DLRA 4CF0A 1XHXA 4GW6A 4F8RA 1VRTA 5CYQA 3QNNA 1SL1A 3RMBA 4KI4A 1B9FA 1GOBA 5HRNA 1S9GA 3DLEA 4G1QA 4F4KA 4F3TA 1QQCA 4CEDA 4CJKA 5KI6A 3RRHA 4HUFA 4F3OA 1TAUA 2GUIA 3ZT4A 3WNHA 1HRHA 3SI6A 2GV9A 1R0AA 1SKSA 4HTUA 4AHTA 2Y1JA 4PY5A 3V9SA 4CF2A 5C25A 1ASUA 2QKKA 2PY5A 3PO4A 4B9LA 4GMJB 4CJ5A 4DSIA 3DM2A 3K5LA 2HVHA 1Q9YA 4FLYA 4CGJA 2HVIA 1DTTA 2EHGA 3AVNA 3CM5A 5KGXA 5K14A 4KKOA 3ZSZA 1MU2A 4B3OA 3P5JA 3AVGA 4NCGA 1T7PA 3RWUA 2BE2A 3HVRA 4E7JA 1JL2A 1RDDA 2HHWA 4LH4A 1JLAA 3NH2A 2B4JA 1BIUA 2KZZA 5EU7A 4KHNA 1KFDA 3QERA 1ASVA 2IC3A 3AVAA 3K5OA 4KO0A 4GVMA 3AV9A 2G8FA 2IGIA 4Y1CA 1LW0A 3AVBA 2G8IA 3UIQA 1C0TA 1QSYA 3M8QA 5FDLA 3CQ8A 4DWIA 1IKWA 2WONA 4Z4GA 1N5YA 3TAGA 1U49A 4FJIA 1I3AA 4KTQA 1ZBLA 5HRPA 4ZTJA 3IRXA 3LP3A 4KTZA 4PA1A 4QAGA 3P1GA 3ZSVA 4CJWA 1SKWA 1TVRA 2OA8A 3M8PA 4AHRA 1ZBIA 4QCLA 1CZ9A 1RCHA 1ZBUA 4IDKA 3NH0A 3OS0A 1HYVA 3V1OA 2RPIA 4KHSA 4CK3A 4BE1A 5DK5A 4E0DA 3DRSA 2FC0A 1Q9XA 1S6PA 2OZSA 4OGCA 2RN2A 3H08A 3MEEA 3O4NA 4FM1A 3SNNA 1HNVA 4CHOA 4CERA 4FJXA 4M3ZA 4FLZA 2Z1HA 4O0JA 3LZJA 2G8HA 1FKOA 4NYNA 4RW4A 5JS2A 3NDKA 1N6QA 1WSEA 4CESA 2GBZA 2XY6A 4KB0A 4Z4FA 4OKJA 4HVJA 5CY4A 3OYEA 3MEDA 1TK5A 3HM9A 4Q5VA 3RR7A 2KZMA 3TAEA 2KQ2A 1TK8A 1Q8IA 1RDBA 1XHZA 4E7LA 2HMIA 1BL3A 4IFVA 1X9WA 3O3GA 3AVCA 3ULDA 3DLBA 2DY4A 3RMDA 2P5GA 4E3SA 3ZSYA 5SWMA 3OJSA 1JLQA 2Y1IA 2PZSA 4Q0BA 3SUNA 4NCBA 3NHGA 1NOYA 3NGIA 4I9LA 3TARA 3LWLA 4BDYA 1KLMA 1RTHA 2VG6A 4AH9A 4O4GA 1RDCA 3D0PA 4BDZA 4E7HA 1T05A 4JRPA 3PY8A 1DTQA 1QS4A 2Z1GA 3WNGA 4N56A 5HRSA 3SQ4A 1RBUA 4LY7A 5CYMA 3VQBA 1L3TA 4OLAA 1VSKA 3BGRA 3I0SA 3KLIA 4CFBA 5HRRA 1YTAA 1J5OA 3OYNA 3SV4A 2Z1IA 1RBTA 3AVIA 3AA3A 2IDOA 4RW6A 1BI4A 3NH1A 4DFPA 3RMAA 4J2EA 2OPSA 3AO4A 1TKTA 2G8KA 1KRPA 1IKXA 1QSSA 1BQNA 3VQ8A 3LZIA 3PX0A 2YKMA 3AA4A 3KJVA 2XRIA 3D45A 3KK1A 3KD5E 3VQ5A 3LPTA 1U04A 4CEZA 4CIEA 2YNIA 3VQQA 3EYZA 2QK9A 4KHUA 4DF8A 1EETA 1VSIA 4XIUA 4O44A 1RTDA 3SUPA 4DQSA 3LDSA 4M3UA 1NKBA 4W5RA 3SV3A 1UA1A 3LP2A 4DSKA 2HNDA 4CJEA 1JLEA 1WSHA 4KTWA 3M8SA 2HHTA 3M8RA 2PYLA 1Y97A 3C94A 4H4OA 5J2NA 1S9EA 3C6TA 1ZYQA 4CJRA 5HP1A 4B9VA 1SUQA 1TK0A 3NF7A 3QEXA 3VQAA 4FJ9A 1D9DA 1C1AA 1EKEA 3L2QA 2B6AA 3HK2A 1X1PA 3OS1A 3OJUA 3JSMA 4W5OA 1FK9A 3WNFA 2O4GA 4CEBA 3SQ2A 3K58A 3U3YA 4Z4HA 4CJPA 1X9MA 3KIOA 3O3FA 1RBRA 1VSHA 4FJLA 4DSEA 2QKBA 4FK4A 4MQ3A 4CJFA 1JL1A 3C95A 4EZ9A 1EXQA 3L3UA 3IAYA 1UWBA 2DFFA 3MXJA 1BQMA 3G10A 3KKSA 3OYCA 1SL0A 2BDPA 1S1XA 4BWJA 4NCAA 4CGGA 4DQPA 4HHTA 1WSFA 3OYLA 4OJRA 5FRNA 1O1WA 3E01A 4C8OA 4FLUA 3OYJA 4M42A 2IS3A 3AO5A 3DOLA 4KHWA 4FLTA 3ASMA 1BCOA 3AO3A 1QHTA 3O3HA 4KHYA 1IKYA 4DTSA 4DTOA 1G15A 4H8KA 3CFOA 3NGYA 4CF9A 4R5PA 2YKNA 4DS5A 3PUFA 3QEPA 1VSLA 4B08A 1WSJA 1RILA 3TANA 4OVLA 1U48A 4KHQA 2WOMA 4C8LA 4QOZB 4N41A 1LV5A 1TKXA 2A1SA 2NUBA 2YHAA 4DSFA 4DQQA 1JLBA 3OYBA 3HL8A 3THVA 1S5JA 1LAWA 3WNEA 1BHLA 5C24A 3LWMA 4B9UA 3S3MA 3SPZA 5KRSA 4I2QA 1D8YA 2F96A 5CZ1A 4CF1A 3V6DA 4LSNA 1HYSA 3KLEA 1NJWA 4AILC 1VSFA 2JLEA 3DLGA 3ITHA 4CIGA 4CJUA 3G0ZA 4W5NA 1HYZA 2YNHA 1BCMA 5SZTA 1VSMA 1QSLA 4Z4EA 2DFHA 4CF8A 1A5WA 2HHUA 1T03A 1B9DA 4Z0UA 3OYAA 1LW2A 4BDPA 1XI1A 4E7KA 4O5BA 3LAKA 4K8ZA 3KD1E 1NOZA 1KSPA 2OYQA 1QE1A 1X9SA 4DTNA 3DMJA 3SUOA 4FW1A 4RW9A 3ZSXA 1RT3A 2O4IA 3A2FA 3DRRA 3CG7A 4HCCA 1EP4A 3AO1A 1JLCA 1NK6A 4ICLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3ULD A;  3DLB A;  2DY4 A;  3RMD A;  2P5G A;  4E3S A;  3ZSY A;  5SWM A;  3OJS A;  1JLQ A;  2Y1I A;  2PZS A;  4Q0B A;  3SUN A;  4NCB A;  3NHG A;  1NOY A;  3NGI A;  4I9L A;  3TAR A;  3LWL A;  4BDY A;  1KLM A;  1RTH A;  2VG6 A;  4AH9 A;  4O4G A;  1RDC A;  3D0P A;  4BDZ A;  4E7H A;  1T05 A;  4JRP A;  3PY8 A;  1DTQ A;  1QS4 A;  2Z1G A;  3WNG A;  4N56 A;  5HRS A;  3SQ4 A;  1RBU A;  4LY7 A;  5CYM A;  3VQB A;  1L3T A;  4OLA A;  1VSK A;  3BGR A;  3I0S A;  3KLI A;  4CFB A;  5HRR A;  1YTA A;  1J5O A;  3OYN A;  3SV4 A;  2Z1I A;  1RBT A;  3AVI A;  3AA3 A;  2IDO A;  4RW6 A;  1BI4 A;  3NH1 A;  4DFP A;  3RMA A;  4J2E A;  2OPS A;  3AO4 A;  1TKT A;  2G8K A;  1KRP A;  1IKX A;  1QSS A;  1BQN A;  3VQ8 A;  3LZI A;  3PX0 A;  2YKM A;  3AA4 A;  3KJV A;  2XRI A;  3D45 A;  3KK1 A;  3KD5 E;  3VQ5 A;  3LPT A;  1U04 A;  4CEZ A;  4CIE A;  2YNI A;  3VQQ A;  3EYZ A;  2QK9 A;  4KHU A;  4DF8 A;  1EET A;  1VSI A;  4XIU A;  4O44 A;  1RTD A;  3SUP A;  4DQS A;  3LDS A;  4M3U A;  1NKB A;  4W5R A;  3SV3 A;  1UA1 A;  3LP2 A;  4DSK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E1N A;  1P8Z A;  2HD0 A;  4O8U A;  5LMU K;  3QET A;  1HNX K;  3ZSQ A;  2KFN A;  5I42 A;  3QIO A;  5H1S Q;  1WN7 A;  4CK2 A;  1EX4 A;  4IEI A;  5FRO A;  2JQT A;  4EAH D;  2FBT A;  3K59 A;  3B6P A;  4CD3 A;  1N1C A;  4M45 A;  1L5U A;  3L2V A;  1BG3 A;  1FZI E;  4JI1 K;  1X3N A;  4BRI A;  4CEE A;  3PLA A;  4KFB A;  5M1K A;  3SJH A;  4CGH A;  2IVN A;  1DEJ A;  3O4Q A;  1K8K A;  4FZZ A;  1XQS C;  4LF4 K;  1GLJ O;  1I39 A;  4H0P A;  2EWS A;  4LF9 K;  4ILJ A;  4X5N A;  3NGZ A;  1Z6R A;  4BGB A;  3AVH A;  3VER A;  2ITM A;  4B8C A;  3THY B;  2QXF A;  3VA0 A;  3SBG A;  4IFY A;  1BGX T;  2DTU A;  4EP9 A;  3OY9 A;  4BE0 A;  4X5M A;  4DR4 K;  4DTM A;  4IOA L;  2YJF A;  1FZ7 E;  4YOR A;  2PYJ A;  2O8F B;  3VQE A;  2W41 A;  1UA0 A;  3CCS N;  2VG5 A;  2DFE A;  1HQE A;  4FWL A;  3OGM B;  4FJM A;  4H5W A;  1HJO A;  4BRD A;  2F9W A;  4CBW A;  3VET A;  2O8D B;  3ISN C;  1NLV A;  2YJE A;  2YNG A;  3MWT A;  5FPN A;  4DV7 K;  2X78 A;  3MK6 A;  3J7Z O;  2IOC A;  2OVR B;  4GV9 A;  4FWR A;  4GKJ K;  3ID8 A;  2RF2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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