3SI6A

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mg2+
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3si6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3si6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3si6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3si6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3si6A03
2EX3A 1QSYA 3IAYA 1VSFA 1EX4A 2G8KA 4DQPA 3LZIA 3HPGA 1LWCA 4CGJA 1L3TA 4DS4A 4DFKA 1B9FA 4CEOA 1NK0A 1TGOA 4CJ3A 4CJRA 3CFPA 4HHTA 1RT4A 2DFEA 5I42A 1BQMA 2G8HA 3DM2A 1RDBA 4DFJA 2IC3A 4KTWA 1J5OA 3LAMA 1HNIA 3L3VA 4C8NA 4DSJA 3K59A 3PO5A 4LH5A 2KQ2A 4E7IA 1D5AA 4CK3A 1ZBFA 5FDLA 4C8MA 3P1GA 3DLBA 4CESA 3ZCMA 2DTUA 3BDPA 1B92A 4F4KA 4FLWA 2B5JA 4CERA 4CJTA 4O44A 5HBMA 4HUEA 3AA2A 4JRPA 2R7YA 4FJMA 4KHYA 4Q5VA 3KD1E 4O4GA 4IFYA 3ZT0A 4CJUA 3HXMA 3K58A 3C6TA 1QSLA 1TK0A 1C1CA 1MU2A 2Z1HA 3HPHA 3TANA 1HYSA 4B9SA 4KI6A 5CYQA 4FJ5A 4EZ6A 1BIUA 1RDDA 3ZSYA 4AHSA 3HK2A 1X9WA 1C0MA 4CJSA 1YTUA 4O0JA 3WNFA 1RBTA 4CFDA 1IH7A 4FYDA 2AJQA 4FJ9A 3EYZA 1QHTA 4F3TA 3VQCA 4PQUA 4M42A 2YHBA 3ZT4A 3QLHA 3JSMA 3SUQA 3CYMA 3AVHA 4FW2A 4FJKA 5KTQA 4HCCA 2D0AA 2ATQA 5KGXA 3QERA 1S9EA 3D45A 4IKFA 4CHOA 4CGFA 3AA4A 4BE0A 1RCHA 1RT2A 2BGGA 1L3SA 1KLMA 3SCXA 4K8ZA 1KCFA 3TAEA 3AVLA 3L2WA 3A2FA 1NKCA 3NH1A 1SUQA 1TKTA 2P5OA 3LZJA 3AA5X 2DFFA 1WLJA 1T8EA 3MECA 3KLGA 1KSPA 2G8WA 3VQEA 2QKKA 3U6FA 1NKBA 3NAEA 4FJHA 3ITHA 4W5QA 3SV3A 4CEFA 3QNOA 2XO7A 1BQNA 4DF4A 1BL3A 4KAZA 3G0ZA 1Z26A 1WN7A 4CJQA 1HQEA 4CK1A 3ZSRA 4CHQA 1W9HA 3ZSOA 1D9FA 2QKBA 1UOCA 3V9ZA 1WNSA 4LD0A 4CJVA 2A1SA 5EU7A 4CIFA 4N76A 4H4MA 3DOKA 3ZSQA 4B9TA 3I0RA 4DFPA 4TSXA 1C0UA 2FBXA 4CGHA 3SI6A 2HHQA 1UA0A 1VSIA 1WSIA 3ZSXA 3UIQA 2HHSA 2HVHA 2IGIA 1SL1A 3DRSA 1KLNA 3MXMA 4KPYA 1YT3A 3B6PA 3NGIA 3HL8A 3NF6A 3QEPA 3AVFA 4KTZA 3KLEA 1IKYA 3ZSZA 3V9SA 3AO1A 4DU3A 4W5TA 1L3VA 3SUOA 3PY8A 4GVMA 3LALA 1N5YA 2BANA 4DQSA 4CEZA 4BDPA 4FM2A 3PUFA 4LSLA 4FLYA 4N41A 4NYNA 1BI4A 5KGWA 1D8YA 3OYAA 1C0TA 4ICLA 4OPJA 3OJSA 4CJPA 1ASVA 3DRPA 4FLZA 4NYFA 2FBYA 4QOZB 4KHQA 4CJLA 1S1VA 4CEAA 4PUOA 1HJRA 1DTTA 4RW9A 1Z25A 2HNYA 2OPPA 1HNVA 4B9UA 1NJYA 4FJ8A 3HO1A 3MXIA 4CHPA 5C42A 4OLAA 3K57A 3TAQA 4C8LA 2B4JA 3ZSWA 4BDYA 3QNNA 3M8RA 2Y1IA 2YV0X 5JS2A 1J54A 4DSLA 1WAJA 1C1AA 4OVLA 3TAMA 1NK8A 1QSSA 1HRHA 4CJKA 3OYJA 4J2EA 1VRTA 1U48A 4KB1A 1RBUA 4B8CA 1A5XA 4W5OA 2Z1JA 2HHTA 4AILC 2HHUA 3QEXA 3O3FA 4DTUA 4E3SA 3PX6A 4F2RA 3SQ2A 4ELUA 1IO2A 2VG6A 4GW6A 3L2VA 2B6AA 5T7BA 1GOAA 3T3FA 2HHXA 4FJLA 2FC0A 3C95A 3SJJA 2PYLA 4QCLA 2P1JA 1LWEA 5DMRA 4AHTA 4B08A 3NCIA 2Y1JA 4G1QA 2FBTA 3AVJA 3AO2A 1JLCA 1DTQA 1KTQA 4Z4HA 4FM0A 1SKRA 4PWDA 4KTQA 3VQAA 1WSHA 2D5RA 4H8KA 3HYFA 4M3RA 3KKRA 3LP2A 3HSTB 4FW1A 1NK6A 1UAXA 3OYMA 4M45A 4B8AB 3EY1A 3IS9A 2WONA 3SZ2A 4C8KA 1J53A 4BWMA 4FJXA 2YNFA 1QTMA 4ZTFA 3M8PA 3TAGA 1HMVA 4DTPA 4FJNA 2WOMA 4CEDA 2E4LA 3O4NA 3I0SA 3T19A 4CGGA 2F8TA 3TAFA 1S1WA 3U3GA 4DLGA 4DS5A 1Y97A 4DQRA 3TARA 2E6MA 4KFBA 3EZ5A 4RW7A 3QETA 4BE2A 2X78A 3WNEA 3PX4A 5SZTA 5DK5A 1D9DA 4EZ9A 2P5GA 4OKKA 1VSLA 1XWLA 3RRGA 4ELVA 3CFRA 2BE2A 2Q3SA 4ZTJA 5FRNA 4DTSA 3T1AA 4HCBA 4DTMA 5C24A 2NUBA 1YTAA 3QEWA 1LWFA 4F8RA 2O4GA 1EXQA 1LV5A 1KVCA 3E01A 3M8SA 1KRPA 1JLAA 1KVAA 3AVGA 2DY4A 2X6SA 3K5NA 4DSFA 2I5JA 2OYQA 3KKSA 3AVAA 1TV6A 3NF9A 4RG8A 4B9MA 2OZMA 1KFDA 4DQIA 4Z4GA 3S3MA 2BDPA 2PY5A 3ISNC 3NGYA 2D0BA 5CY4A 1EETA 3SQ1A 2ZQBA 4CJ5A 1IKWA 3RMDA 4FLTA 1FK9A 1SL0A 4DWIA 4RW4A 3SPYA 4J2DA 4E7HA 2XY5A 3VQ7A 3SUNA 4FZXC 3WNGA 4DQQA 4KB0A 1WSGA 3MXJA 1TKDA 3V1OA 3OYFA 1QQCA 1BIZA 1Q9YA 1UA1A 2KW4A 3QEVA 4KHNA 1C6VA 1NK4A 1NJWA 4DTXA 2IS3A 3V1QA 2HNDA 1ASUA 1DLOA 2RN2A 4IBNA 3DOLA 4BACA 4FJGA 1BISA 3L2UA 1O1WA 3VQ9A 2JGUA 1CLQA 4FLVA 3DRRA 3C6UA 2YHAA 3P83D 3HP6A 4UQGA 4E7LA 1L3UA 3HJFA 2Z1GA 1RT3A 1FKPA 4DLEA 2PYJA 2VWJA 3D0PA 4DTNA 3SUPA 4JLHA 3KK2A 3KLHA 4JS4A 2XRIA 1CZ9A 4DSIA 1RT6A 1FXXA 4IG3A 4Y1DA 4B9NA 4DTRA 4M3ZA 3ZSVA 1WAFA 3OY9A 1KFSA 4DMNA 3F9KA 3KK1A 1ZBHA 2P51A 3JYTA 2YKNA 3L3UA 1JLEA 4N47A 1T03A 4CHYA 3QIPA 3DLRA 1GOCA 2OZSA 1VSDA 3HP9A 3L2RA 3V9UA 3FFIA 3V4IA 2F96A 3RR8A 1RTJA 5HRPA 4CFAA 3K5MA 1BCMA 3KLIA 5HRSA 2XY6A 4E0DA 1ITGA 4FK2A 3L2QA 4FK4A 3KIOA 5J1EA 3AO5A 3OYCA 4FK0A 1U45A 1L5UA 4IG0A 2VG5A 3NE6A 4AH9A 4CGIA 3QESA 3AA3A 3QINA 3LP0A 3OYIA 4DSKA 3RMCA 3ZT1A 2XY7A 2QK9A 4OGCA 1S5JA 4H4OA 3VN5A 3LP3A 1TAUA 4IDKA 4JS5A 3KTQA 4CJFA 1ZBIA 3OVNA 4CIEA 1QE1A 3AO3A 1S1TA 3V9WA 1NK7A 1GOBA 3PX0A 5FRMA 3DLGA 3CM6A 1NJZA 1RTHA 4QAGA 3QO9A 1LW0A 4IFVA 1VSKA 3V9XA 4E19A 4CFBA 4DSEA 3CQ8A 4CECA 3RR7A 4O5BA 4CF1A 3VQQA 4LH4A 4CFCA 3SQ4A 1JLFA 1JXEA 3ZT2A 4CEBA 4NCAA 4I9QA 5KI6A 2OA8A 4J2AA 1NK9A 3DLEA 3LP1A 4EP5A 1WSEA 2OPQA 2Z1IA 3OYKA 5CZ1A 4KKOA 4M3UA 2YNIA 1T05A 4KO0A 3OS1A 3ALYA 1XHZA 4M3WA 3CFOA 1ZBLA 1XHXA 3P5JA 2KZMA 1SKSA 4FZZA 1U04A 1TK8A 4B9LA 3F73A 3K5OA 2LSNA 3NH2A 4W5NA 4E89A 3C94A 2GUIA 1BHLA 4WE1A 2RPIA 1LAVA 4CF2A 3NGZA 3K2PA 2GV9A 2IDOA 2OPSA 4N56A 4FXDA 1JLQA 4DU1A 4I7FA 4KV8A 1RT5A 4ELTA 2FBVA 1S6QA 1TKXA 3LWMA 2F8SA 1NOZA 1U4BA 1NJXA 3KJVA 2HVIA 1JKHA 4Z4EA 2EHGA 5J2QA 4K8XA 1A5WA 5J2MA 4OJRA 3VQ6A 3MAQA 1SV5A 2IOCA 4EP4A 3MEGA 4FZYA 4CCHA 2ETJA 1IKXA 4N5SA 4CHZA 3AVMA 3OYHA 1BCOA 4DG1A 1TK5A 3VQ8A 4BWJA 3AVKA 4Z4IA 1RILA 2XY8A 2G8FA 3VQ5A 5J2NA 1T7PA 3AV9A 1Q8IA 4E1MA 3TI0A 4BDZA 3NFAA 1LAWA 2ZD1A 5HLFA 4FJIA 4M3YA 3DLKA 3OS2A 2JLEA 1REVA 2IAJA 3LDSA 3ASMA 3O3GA 5HROA 3ULDA 5HRNA 1RDCA 1KVBA 3SQ0A 1ASWA 2D0CA 3LANA 4CJEA 4NCBA 4O0IA 1VK0A 4CJWA 2KZZA 5I3UA 4FLUA 4FVMA 1I3AA 4O55A 2A1RA 1RBVA 4YNQA 5K14A 3S9HA 1JLBA 4CF9A 4CE9A 4F3OA 4OLBA 4LSNA 2X74A 4PY5A 3IRXA 4OGEA 4Z4CA 4BE1A 1JXBA 2ZE2A 2G8IA 4L8RB 3NH0A 1IG9A 4LY7A 5HRRA 4CIGA 3VQ4A 4HUGA 5HP1A 1R0AA 5D3GA 3DMJA 1RNHA 1JLGA 4CEQA 2O4IA 3NF7A 1TL1A 1HYZA 2RKIA 3AVCA 3HVRA 2HMIA 4KREA 3G10A 3SYZA 1CXUA 3H08A 3S3OA 3V81A 3O4QA 1JL1A 4XIUA 3OJUA 4FJJA 3V6DA 1XI1A 3SV4A 2XHBA 3VQBA 3VQPA 1Q9XA 1HYVA 4FJ7A 3CG7A 4CF0A 5KRSA 3I8DA 2RF2A 4DTJA 1TKZA 4KI4A 3AO4A 2HB5A 4CF8A 1A5VA 1VSEA 1RT7A 4AHRA 4FM1A 4JRQA 4HUFA 4DF8A 3PV8A 3RWUA 3IG1A 4B9VA 4OKJA 1IKVA 1YVUA 2DFHA 2QXFA 1CZBA 4CHNA 1BGXT 5CYMA 5C25A 3OYNA 3DLHA 4Q0BA 3RRHA 2HNZA 2YKMA 4I2PA 2YNHA 3HT3A 3DYAA 4PA1A 3WNHA 3RMAA 1BI4B 3DI6A 4YFUA 4E7KA 1ZBUA 3AVIA 4DFMA 1S1XA 3K5LA 1TAQA 2KFZA 3OYDA 4I9LA 1HQUA 1RBSA 4M3TA 4RW8A 4GMJB 2VWKA 5E41A 3KK3A 4J2BA 3VA3A 1EP4A 3OYGA 3NF8A 1HPZA 4RW6A 2G8VA 5CZ2A 3LWLA 4CJ4A 3TAPA 1I39A 3M8QA 1NOYA 4HVJA 1EKEA 1U49A 1J9AA 3TWHA 3ZT3A 1RTIA 3QIOA 3TR8A 5SWMA 4F2SA 3QEIA 3MEDA 2KTQA 1X9MA 2OPRA 4M41A 4E7JA 1S1UA 1WSJA 4CGDA 4ID5A 1W0HA 1C1BA 1S6PA 4CEEA 3SNNA 2ITGA 1B9DA 3KLFA 1JL2A 3NBPA 3V1RA 4FLXA 3U3YA 4Z0UA 3OYBA 1ZYQA 1X1PA 1U47A 3VA0A 1VSHA 4KRFA 1NKEA 4AHCA 4I2QA 3AVBA 4DTOA 4FCYA 3SPZA 5KRTA 4CK2A 4MQ3A 4OPKA 1RBRA 3VQDA 2HW3A 1VSMA 3CM5A 3O3HA 1VSJA 3OYLA 3HVTA 1NK5A 1QS4A 4B3OA 1G15A 2YNGA 4AHVA 1TL3A 3LPTA 1UWBA 2GBZA 1CXQA 3OS0A 3AVNA 3BGRA 2E6LA 4Y1CA 3L8BA 1FKOA 5J2PA 3LPUA 3MEEA 4AHUA 1S9GA 3S3NA 1XC9A 3PO4A 5JS1A 1LW2A 4KHWA 4NCGA 4R5PA 2X6NA 3NDKA 2G8UA 5FROA 4ZHRA 3KD5E 4M3XA 3RTVA 3THVA 2KFNA 3B6OA 1SKWA 3TABA 1VRUA 3HM9A 1SL2A 4C8OA 1RDAA 1TVRA 2W42A 4Z4FA 1X9SA 4E1NA 4ID1A 1N6QA 4HTUA 3NHGA 4KHUA 1K6YA 1WSFA 3LAKA 4OKEA 3OYEA 1RTDA 2PZSA 4W5RA 4MFBA 2HHWA 4KHSA 2HHVA 3HPOA 1F21A 2VG7A 4DU4A 3RMBA 1RT1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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