3SI6A

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mg2+
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3si6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3si6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3si6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3si6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3si6A03
3CFRA 4CHOA 3SV4A 1QQCA 1T05A 5FRMA 1WAJA 4K8ZA 2XY6A 4E7KA 4C8OA 1BHLA 3LWLA 4G1QA 4DMNA 4E7LA 1RDAA 1W0HA 3NF7A 5SZTA 1L5UA 2XY7A 4FLTA 3PX4A 4FLXA 3WNGA 3SYZA 1BCOA 1NJWA 2KFNA 5KI6A 4HHTA 4KRFA 1VRTA 1KRPA 4O0IA 1JL2A 5DK5A 4CECA 4JS4A 2IAJA 3L3VA 1EX4A 2QKKA 4DTUA 4KI4A 2E6MA 4DF4A 4CF9A 1LWEA 4F2RA 3HK2A 3KK3A 3TR8A 1FXXA 1HRHA 3V9SA 5J2PA 4YFUA 3RMDA 3O3GA 2QKBA 4PWDA 4FJJA 4CJ5A 2D5RA 4GVMA 3HXMA 1GOCA 2KQ2A 3C6TA 4O4GA 2HW3A 3OY9A 4QAGA 3NF6A 3K59A 4KREA 2Z1GA 4CFDA 4CJVA 2HHSA 3VQ5A 3CYMA 1TK0A 1RT5A 3DOLA 3DRSA 3LPTA 4AH9A 3T1AA 4CJEA 3OYLA 5J2QA 2ZQBA 4KHYA 4CF2A 3JYTA 3VQPA 4FXDA 3V6DA 2KTQA 2NUBA 1NK8A 3AA2A 2OZSA 1VRUA 3ZSZA 2A1SA 5KRTA 2YV0X 3LZIA 3OYNA 2G8WA 3SQ0A 4EZ9A 3ZT4A 1JL1A 3AA5X 4CEFA 1U4BA 3ZCMA 1TKZA 4JLHA 4M3XA 4FM2A 3AVMA 5KTQA 1L3VA 3ZSWA 4CEQA 4FYDA 4I2PA 3D0PA 3VQ7A 1S5JA 1RNHA 1WSFA 1Q8IA 3C6UA 3QIPA 4Z4FA 4CHPA 3MEEA 4OGEA 3ASMA 5E41A 4CHQA 2BDPA 2ZE2A 3M8RA 5CY4A 3LP1A 3U6FA 2VG6A 4KTWA 3P1GA 1S6PA 2X6NA 1T8EA 1L3TA 2DFFA 2HB5A 4DSFA 3QLHA 4CGHA 3AVCA 4LH5A 3SI6A 3K5MA 3PX0A 3NFAA 4L8RB 1ASVA 4NYNA 1MU2A 1VK0A 3K2PA 2D0BA 5CZ1A 1RDBA 3ZSVA 1ASWA 1K6YA 1RT1A 2Q3SA 3PX6A 4EZ6A 2OA8A 1HQEA 3V4IA 3IRXA 2HHQA 2F8SA 2HHUA 1KFSA 1TKXA 3CFOA 4H4MA 3HJFA 4RG8A 3TWHA 1U48A 3QINA 4FJKA 4FVMA 2G8KA 2RF2A 4DS5A 4NCGA 5HRPA 3KLGA 4C8KA 3V81A 4DTJA 2HMIA 4DFKA 4M3RA 3G10A 3LDSA 1XHZA 1ZYQA 4M45A 3L2RA 1WSEA 1Q9YA 4BACA 3CFPA 4CE9A 2F96A 2PZSA 4N5SA 1NK6A 1ITGA 3DMJA 4FM1A 4CERA 3OS1A 1BQMA 3I0SA 5JS1A 1T7PA 3PY8A 4CJWA 4ELTA 1RBSA 3VQQA 1WLJA 1W9HA 5FDLA 3VQ9A 3HL8A 1XI1A 3HO1A 2D0AA 3OYGA 4M3ZA 2IC3A 1S1UA 4RW4A 3NH0A 1JLQA 2E6LA 3MAQA 4ID5A 4AHCA 4DTMA 1LWCA 4CJSA 1WAFA 4PY5A 2ATQA 4DU3A 3V9ZA 4OKEA 3AO5A 2IS3A 4DTNA 4CFCA 4KTZA 3L2UA 3NDKA 3RMAA 1FK9A 1WSIA 3ITHA 4CESA 1J53A 1A5WA 1VSMA 3L2WA 3VQEA 4KB1A 3AA3A 3VA3A 4E7HA 4DQIA 3S3NA 4W5RA 4FJ5A 1BQNA 3TI0A 2Y1JA 1HMVA 4CF8A 5DMRA 3K5NA 4M3UA 3S3MA 1RT3A 2DFHA 1YTUA 4OPKA 3TANA 4FLZA 4KFBA 3EZ5A 3NH2A 4CEOA 2X6SA 4E1MA 4DWIA 3TAMA 4CGFA 4W5QA 1EP4A 1X9WA 3AVBA 2PYLA 4FLUA 4E19A 1IKXA 3QEPA 1JKHA 3AVNA 1ASUA 1LAVA 3IS9A 1QSSA 2XY8A 3KJVA 4ZTFA 4DQPA 2HHVA 3HT3A 4IKFA 3OJSA 2FBVA 2Z1JA 1N6QA 4HCBA 4E1NA 1WSJA 3RMBA 3FFIA 4IG0A 3HVRA 4DSKA 1WN7A 3CM6A 1HJRA 1C0TA 2HNDA 5EU7A 4E3SA 2OYQA 1C6VA 3ISNC 3LANA 4OKJA 4CJQA 1IKWA 1X1PA 4E7JA 4M3WA 1LWFA 1SL2A 1B92A 1EXQA 3VQ6A 1Z26A 1S6QA 4M3TA 2BANA 3RWUA 4CHNA 1U47A 1HNIA 1S9EA 1I39A 3G0ZA 3THVA 5J1EA 4KHNA 1VSHA 1XC9A 1TK8A 3NCIA 4HUFA 3S3OA 3ZSYA 1JLAA 4CIGA 4O55A 1VSJA 4B3OA 3QEIA 3AV9A 4DFMA 4KHUA 3LPUA 4PA1A 4BWMA 4DTPA 2KW4A 4CJFA 4CK3A 1IO2A 4R5PA 1JLBA 5KGWA 3T3FA 1D9DA 4HCCA 4Z4CA 1CXUA 1LAWA 2D0CA 2YKMA 3CG7A 4CJ4A 4IFYA 1GOAA 4FCYA 2X78A 1KVBA 2EX3A 4FW1A 3RR8A 4F2SA 3B6OA 3T19A 2B5JA 3AVAA 1RT2A 4KO0A 3AVFA 2I5JA 2G8UA 4FLWA 4N76A 4CJRA 4XIUA 3DRPA 4FLYA 2YNFA 5FRNA 2HVIA 4DTXA 4CEEA 3DRRA 3SUQA 2XHBA 3IAYA 2XRIA 3NBPA 5K14A 4CJPA 4W5TA 2G8VA 2QXFA 4PUOA 1YTAA 3WNHA 3CQ8A 4ELUA 1L3SA 2FBYA 2OZMA 1D9FA 1EETA 3KIOA 3MXJA 4Y1CA 4BE0A 3NHGA 1NKBA 2P1JA 3P5JA 4DLEA 2YNGA 4J2DA 3C94A 2X74A 3EY1A 4CJ3A 4CK1A 4KHSA 2A1RA 4KHWA 1B9DA 3AVLA 3BGRA 1HYZA 3NGYA 1D8YA 1QHTA 5SWMA 1HNVA 4N47A 4N41A 3AVJA 4IFVA 3KLHA 3ZSOA 4O0JA 4Y1DA 4C8MA 2G8IA 3DOKA 1QTMA 4F3TA 2E4LA 1HYSA 2Z1HA 3OYHA 3K57A 4AHTA 3ZSXA 5CZ2A 2YKNA 3V1OA 4UQGA 3HYFA 1TL1A 4J2AA 3B6PA 4DQQA 5D3GA 1BI4B 2VG5A 4KHQA 2ITGA 3SCXA 1J54A 3DI6A 4ID1A 5T7BA 4KTQA 1YT3A 3VA0A 1C0UA 4DQRA 4KPYA 4CCHA 1TGOA 3QNNA 3SPZA 1ZBFA 1XHXA 3H08A 4DFPA 1KCFA 3AO1A 3KKSA 1L3UA 4DSLA 4CF0A 3ZSQA 3EYZA 2KZMA 3RTVA 1TK5A 1JLFA 4J2EA 4Z4IA 1RBUA 1HPZA 1QE1A 1F21A 1JXEA 4GMJB 1X9MA 1HQUA 3M8QA 4FJ7A 5FROA 4NCAA 3OJUA 2F8TA 3LAKA 5HRNA 3LAMA 2R7YA 1C1CA 1C1AA 2B6AA 4CF1A 1RTDA 4OLAA 4CFBA 4CJUA 4MQ3A 1Y97A 4ICLA 3DLBA 3PO5A 4WE1A 5C25A 4F3OA 1N5YA 3AO4A 1IG9A 3L8BA 1JLCA 2OPPA 4RW9A 4H8KA 3V9UA 1NJZA 1QSLA 2BE2A 1QSYA 1IKVA 2DTUA 5CYMA 4E0DA 4HVJA 3AO3A 1Q9XA 4E7IA 4FZXC 4DFJA 3V1RA 2RKIA 4ZHRA 4OJRA 5HRSA 4AHSA 3HM9A 4OLBA 1VSFA 1VSDA 2DY4A 2FBXA 2WOMA 1TL3A 5C24A 4DSJA 3LZJA 1BCMA 4I9QA 1TV6A 3I8DA 2DFEA 1CZ9A 3QETA 2LSNA 3O4QA 3P83D 3WNEA 4EP5A 3CM5A 5HLFA 4CHZA 4Q5VA 2EHGA 1NJYA 4CGGA 4F8RA 4FJ8A 1LV5A 4H4OA 3D45A 4CGJA 4O44A 3DLKA 3SPYA 1D5AA 1RCHA 3KD1E 3HP9A 4B8AB 4DF8A 5KRSA 4JRQA 4Q0BA 4HUEA 3AVHA 3PUFA 2FC0A 5I3UA 4OKKA 3ALYA 3V9WA 4KB0A 3VQCA 3MXMA 2G8FA 4BE2A 4PQUA 4DG1A 3TAFA 1FKPA 1TKTA 3VQDA 4DSIA 4B8CA 4DS4A 4DU4A 4B9SA 1RBTA 3OYEA 4IBNA 1SKRA 3NF9A 3F73A 3NAEA 1GOBA 4AHUA 4B9UA 1IH7A 4FJNA 3QEWA 3ZSRA 3NGZA 2O4GA 4DTSA 3OYKA 4QCLA 4IG3A 1RT6A 2JLEA 3AA4A 4N56A 3K5LA 3M8PA 1NK9A 3QIOA 4I7FA 3QO9A 4KI6A 3AO2A 4EP4A 2RPIA 2VWJA 3NGIA 1C1BA 4KKOA 1TKDA 1NOYA 4LSLA 4BWJA 3ZT3A 3SZ2A 1RDCA 4QOZB 1C0MA 4M3YA 1VSIA 1U45A 1DTTA 4M42A 2O4IA 4I9LA 4FJLA 1CXQA 1JXBA 2GV9A 1B9FA 5HRRA 3OS2A 4FJHA 4CHYA 1ZBHA 2B4JA 3SQ1A 3HSTB 3KTQA 3SJJA 4B08A 4FJIA 4AHRA 1BGXT 1VSEA 3DLRA 4CGDA 1RTJA 3HVTA 2BGGA 4FJGA 3OYCA 5J2MA 3M8SA 2YHBA 3NH1A 3HPHA 2P5OA 1RTIA 1Z25A 4K8XA 3JSMA 1KSPA 3S9HA 3DLEA 4BDZA 3OYBA 2HNYA 3A2FA 3OYMA 5HROA 4W5NA 3AVKA 3C95A 4LH4A 2P5GA 4LY7A 1KVAA 3U3YA 3NE6A 3LALA 2PY5A 3F9KA 3IG1A 2WONA 4FK0A 1TVRA 2QK9A 4DLGA 4Z4HA 4B9LA 4CEAA 3PO4A 3OYDA 4Z4GA 3QERA 1RILA 4HTUA 3HPOA 1SKSA 4Z4EA 4J2BA 3RMCA 4MFBA 3O3FA 1KTQA 1S1XA 4C8NA 1RBVA 3V9XA 2ZD1A 4DQSA 4B9NA 4CIEA 1SUQA 4CJKA 1BI4A 1S1TA 4FM0A 2HNZA 2GUIA 2PYJA 3HPGA 4JRPA 4CJTA 2YNIA 3E01A 1RBRA 4FW2A 2VG7A 3QESA 5CYQA 5C42A 4CEZA 5KGXA 1NOZA 3SUPA 1WNSA 4FJXA 1G15A 3MEDA 1O1WA 3OS0A 3OYAA 3V1QA 4W5OA 2OPSA 2IOCA 4O5BA 4CFAA 3QEVA 1EKEA 3SNNA 4F4KA 4FK4A 2G8HA 1J9AA 4LSNA 3OYFA 4AILC 2HVHA 3ZT0A 1VSLA 2YHAA 5HBMA 4RW8A 3U3GA 1NK5A 1RDDA 3L3UA 4CEDA 4C8LA 1WSHA 1U49A 1BL3A 4DTRA 3AVGA 4DTOA 4AHVA 1SKWA 1DTQA 3NF8A 1KLNA 1KLMA 3QEXA 1NKCA 2HHTA 3LP3A 3UIQA 4RW7A 1HYVA 2KFZA 4RW6A 1RT7A 3LWMA 4FK2A 1BIUA 3PV8A 2W42A 1SL0A 4DSEA 1I3AA 3SQ4A 4Z0UA 5J2NA 3O4NA 3ZT1A 3RRHA 4ELVA 3KD5E 4B9VA 3L2QA 3VQBA 3TABA 1DLOA 2YNHA 1UA1A 3TAEA 4OPJA 4GW6A 4M41A 1CZBA 1TAQA 3TAPA 4ZTJA 2XO7A 4FZZA 3K5OA 4NYFA 4FLVA 1ZBLA 3LP0A 3VN5A 3KLIA 3KK2A 2ETJA 3MXIA 1VSKA 3KLFA 1A5VA 2P51A 1TAUA 3LP2A 1SL1A 2KZZA 5HP1A 2OPQA 3TAGA 2Z1IA 1QS4A 3RR7A 4YNQA 4JS5A 2HHWA 1NK4A 2IDOA 3I0RA 1ZBIA 5JS2A 3O3HA 1T03A 1S1WA 5I42A 3VQ4A 4LD0A 3TAQA 4DU1A 3SQ2A 1S1VA 1RT4A 3KKRA 3ULDA 1NK0A 1UA0A 1FKOA 3VQAA 3L2VA 1CLQA 3VQ8A 3KLEA 1J5OA 1UWBA 3MECA 3ZT2A 4B9MA 2AJQA 1KFDA 3DLHA 1REVA 3SUNA 1U04A 3AVIA 4BDPA 4NCBA 3SUOA 1UAXA 1JLGA 4B9TA 1KVCA 4CK2A 4KV8A 1XWLA 4CEBA 3RRGA 1IKYA 4HUGA 3DLGA 4TSXA 3KK1A 3QNOA 4FJ9A 1JLEA 2RN2A 4OGCA 1A5XA 1WSGA 3SV3A 1ZBUA 4OVLA 3TARA 3K58A 1YVUA 4CJLA 1RTHA 3OYIA 2GBZA 4I2QA 1S9GA 1UOCA 4BE1A 1NJXA 3DYAA 4BDYA 1BISA 4CGIA 4CIFA 3DM2A 2Y1IA 4IDKA 3OYJA 3HP6A 1X9SA 1LW0A 3BDPA 2FBTA 2IGIA 4FZYA 3OVNA 4E89A 4FJMA 2VWKA 2XY5A 2HHXA 1LW2A 3MEGA 1NK7A 1NKEA 2JGUA 2OPRA 4KAZA 3WNFA 1R0AA 1SV5A 1BIZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1S1V A;  1RT4 A;  3KKR A;  3ULD A;  1NK0 A;  1UA0 A;  1FKO A;  3VQA A;  3L2V A;  1CLQ A;  3VQ8 A;  3KLE A;  1J5O A;  1UWB A;  3MEC A;  3ZT2 A;  4B9M A;  2AJQ A;  1KFD A;  3DLH A;  1REV A;  3SUN A;  1U04 A;  3AVI A;  4BDP A;  4NCB A;  3SUO A;  1UAX A;  1JLG A;  4B9T A;  1KVC A;  4CK2 A;  4KV8 A;  1XWL A;  4CEB A;  3RRG A;  1IKY A;  4HUG A;  3DLG A;  4TSX A;  3KK1 A;  3QNO A;  4FJ9 A;  1JLE A;  2RN2 A;  4OGC A;  1A5X A;  1WSG A;  3SV3 A;  1ZBU A;  4OVL A;  3TAR A;  3K58 A;  1YVU A;  4CJL A;  1RTH A;  3OYI A;  2GBZ A;  4I2Q A;  1S9G A;  1UOC A;  4BE1 A;  1NJX A;  3DYA A;  4BDY A;  1BIS A;  4CGI A;  4CIF A;  3DM2 A;  2Y1I A;  4IDK A;  3OYJ A;  3HP6 A;  1X9S A;  1LW0 A;  3BDP A;  2FBT A;  2IGI A;  4FZY A;  3OVN A;  4E89 A;  4FJM A;  2VWK A;  2XY5 A;  2HHX A;  1LW2 A;  3MEG A;  1NK7 A;  1NKE A;  2JGU A;  2OPR A;  4KAZ A;  3WNF A;  1R0A A;  1SV5 A;  1BIZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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