3SI6A

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mg2+
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3si6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3si6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3si6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3si6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3si6A03
4B9UA 1O1WA 1C0UA 1BI4A 1RILA 4DSLA 3RWUA 1KLMA 2VG5A 4DQPA 1UA1A 1U47A 1DLOA 1KLNA 1ZBIA 1FKPA 1WSIA 3V4IA 3SPZA 3VQDA 1S1WA 3K59A 1JLGA 1GOBA 4O0JA 4E7JA 2P1JA 1XHZA 3IG1A 4FLXA 1IKVA 4W5QA 4ELTA 4AHCA 1KVAA 3QNNA 1JKHA 2VG6A 5J2NA 5C24A 1QSLA 4LSNA 2E4LA 1WSHA 3V1OA 3QLHA 4CFCA 3S9HA 3TAGA 3AVJA 4AHSA 4CFAA 2G8FA 3KK1A 5J2MA 5FRMA 3SPYA 3TAQA 5FRNA 2RF2A 1HQUA 4E1MA 4FZZA 1A5VA 2RN2A 4Q5VA 3DI6A 1YTUA 3AA5X 2HW3A 3UIQA 4PUOA 2IDOA 4FJXA 2DFHA 1JXEA 4DTOA 1HNVA 1IKYA 3V1RA 2P51A 3OS0A 3HXMA 4CFDA 5SWMA 4FLTA 4DLGA 3OYFA 3DRPA 1RT3A 4CEEA 1C1CA 1ZBUA 3O4QA 1TKZA 4KKOA 1WAJA 1EKEA 1RTJA 1J9AA 3PV8A 4FZXC 4IBNA 2ZE2A 4FW2A 1RBUA 4LH5A 4DTPA 1FK9A 3ZT3A 1SL2A 3RMCA 4FK2A 4KO0A 4RW4A 3QO9A 1Q9XA 4DG1A 4OPJA 4H4MA 3OYJA 4QOZB 4KREA 4EP5A 3PX6A 4C8MA 3TAPA 2O4IA 1EXQA 2DFEA 2ATQA 2HMIA 3NGYA 3DRSA 1QE1A 3KLFA 3ASMA 4F3OA 2Z1JA 3ZSXA 4PWDA 5FROA 3I0RA 2HHQA 1KVCA 3KKRA 1D9DA 2HHTA 3AA3A 2OPRA 3WNFA 3OYHA 4OKKA 1ASWA 4RG8A 3KK2A 1C1AA 1VSFA 4KTZA 4KFBA 4CF1A 1NJWA 4CJUA 1LAWA 4F2SA 3AVFA 2LSNA 4CE9A 2QKBA 4CHPA 1BISA 2O4GA 3SCXA 3VQ8A 3SV4A 2BDPA 3PO4A 3NHGA 3TWHA 1RBRA 4EZ9A 4OGEA 1S1UA 3C95A 1VRTA 5E41A 3OJSA 4FM0A 4B08A 3K5LA 3ULDA 2HHXA 1YT3A 4KI6A 4FK0A 3LALA 1NK7A 1RBVA 2B6AA 2X78A 4DQQA 4Z4EA 3IRXA 3BGRA 5CZ2A 3CYMA 5KI6A 1N5YA 4TSXA 5J1EA 4BDZA 2ZD1A 1K6YA 3OYGA 2XRIA 5HRSA 3L2QA 4MQ3A 4ID1A 5JS1A 4O55A 1BGXT 1I3AA 1RT5A 3O4NA 4AH9A 1BI4B 5I42A 3LWLA 3O3HA 4KHUA 1SKWA 4PY5A 1VSKA 2Z1IA 1CZ9A 1N6QA 1NK4A 4F3TA 3KLHA 1S9GA 4CERA 2E6MA 4B9VA 3TAFA 5I3UA 3RRGA 5K14A 2XHBA 3HL8A 3LDSA 2HVHA 4HTUA 2D5RA 5EU7A 4CJ5A 2Y1IA 4B9TA 1VSJA 2KZZA 3QNOA 4BDPA 1ZBLA 3VA0A 2B4JA 4E0DA 2FBTA 3OYAA 1XWLA 4QAGA 4CFBA 4DS5A 3NH1A 4DF4A 3OYIA 3MXMA 4NCGA 4K8ZA 4I2PA 1S1TA 1X9MA 1KFSA 2JLEA 4DU4A 1SL0A 4CJ4A 2OZMA 4WE1A 3MEGA 5DMRA 1FXXA 2Z1HA 3VQEA 1RDAA 2HNYA 4CF0A 3M8PA 4FVMA 4HVJA 1KSPA 3C6UA 4DTUA 1REVA 4ZTJA 2ZQBA 3LP1A 3MXIA 4DU3A 3DYAA 3HSTB 1HNIA 1MU2A 3T19A 4HCCA 2DY4A 1X1PA 2XO7A 4CK2A 3NFAA 3S3MA 4E3SA 4RW6A 4IG3A 3LZIA 3VN5A 3O3GA 1KCFA 3KK3A 4OGCA 4Z4FA 4DSFA 3V9ZA 1B9FA 3WNGA 1BIUA 3SQ4A 1IO2A 4LH4A 3L2WA 1HYVA 4G1QA 1CXUA 1B92A 3AVIA 4NYNA 3G0ZA 5C25A 1D8YA 4HUFA 2E6LA 3OYLA 1EETA 3AA2A 3WNHA 4M41A 4FCYA 4O5BA 1J5OA 2OPSA 2WONA 4CGDA 1TK5A 2GUIA 3DM2A 2KFZA 3C94A 3P83D 3TR8A 4M3XA 1RT2A 3DLBA 2XY8A 3VQQA 2VG7A 2IAJA 3L2UA 1VSEA 4I9QA 3SNNA 3AO1A 3F9KA 1UAXA 4Y1CA 4N5SA 3OY9A 4DSEA 4E7HA 3TARA 4GW6A 3LP3A 1CXQA 1DTTA 3ZSVA 3HYFA 4DTSA 3NF6A 2F8TA 5DK5A 4J2BA 3AO4A 3OVNA 4Z4HA 1RTIA 1JLAA 1SKRA 1TKDA 2P5GA 1BQMA 4FXDA 3HP9A 1Q9YA 1S1VA 5HRRA 5D3GA 4EP4A 1RDDA 3AVMA 1WNSA 3NAEA 3B6OA 3SQ2A 4N56A 4N41A 1GOCA 2RPIA 3NGIA 2BANA 1U4BA 1WSJA 4ELUA 4LD0A 2D0AA 3AVHA 4E7KA 3OYEA 4PA1A 3OYCA 1Z25A 3K5NA 4E7LA 1NK6A 4FJNA 3HPHA 5HROA 3JYTA 3QETA 3A2FA 3MXJA 4H4OA 2OA8A 1WAFA 3AO5A 3VQAA 4FLYA 1RT4A 1WLJA 2X6SA 4MFBA 3MEEA 4BE0A 4OJRA 1QHTA 4M45A 4YFUA 4ZTFA 3TAMA 3CM6A 4F8RA 4KB0A 2BE2A 1IG9A 3L3VA 4BWJA 3AVCA 3D45A 5KGXA 2QKKA 3T3FA 3AVNA 4NYFA 1ASVA 3VQCA 1BCOA 3KD1E 3LPTA 1TKTA 3HT3A 1HYZA 4E7IA 3OYDA 3U3YA 4DSKA 3L3UA 1ITGA 2IC3A 3DLGA 1RT6A 3AVBA 3TANA 1X9SA 4FJ7A 1BIZA 3AO3A 3M8RA 4AHTA 4B3OA 1VRUA 2YNHA 3RTVA 2QXFA 2OPQA 5HRPA 2QK9A 1NJZA 4CEOA 1VSDA 4E1NA 2PY5A 1XHXA 3P1GA 4KHQA 4W5NA 2EX3A 3DOLA 5JS2A 4CEFA 3JSMA 3VA3A 4DQRA 3PO5A 4DQIA 4KPYA 1NK8A 1HQEA 3M8QA 1ZBHA 4FJIA 4C8LA 1S6QA 4CJTA 4FJGA 3S3OA 3ZSWA 3RMDA 3MECA 1BCMA 3PY8A 4CGHA 4CEQA 3KJVA 2OPPA 2JGUA 4AILC 2GBZA 1TAUA 4CIFA 3K2PA 4B8CA 4CHZA 4KB1A 1C1BA 1G15A 3ZT0A 3V9UA 3SUOA 1Y97A 4DTMA 3H08A 3VQBA 3S3NA 1IH7A 3PUFA 3CFPA 1EX4A 4W5TA 5CYMA 2YHAA 1TV6A 1KTQA 2G8UA 4N76A 4BE1A 1NOYA 1HRHA 4DQSA 1JLFA 3RMBA 4KHSA 4OPKA 3QEXA 3ZT1A 3MAQA 1JLBA 4FLWA 5J2PA 4C8OA 4J2DA 3V9SA 4CJLA 1RT7A 1KFDA 2KQ2A 3K5MA 1BQNA 4CHQA 1TK0A 3LAKA 1WSFA 3PX4A 4CEBA 3HM9A 4KTQA 3KLIA 1NOZA 3AVGA 3PX0A 1SV5A 3VQ6A 1DTQA 2PYLA 4Z4CA 3I0SA 3QESA 4KHWA 4CJVA 3SQ1A 1IKXA 4BWMA 1VSMA 3ALYA 1S5JA 4BACA 1SKSA 1L3TA 4CCHA 4FJ9A 4DSJA 3ZSQA 2Y1JA 1KRPA 1CLQA 1I39A 2HHVA 2B5JA 4M3ZA 4BDYA 4FJJA 4ZHRA 4EZ6A 3KTQA 4IKFA 1WN7A 3NF7A 2AJQA 4DFMA 1LW2A 2YNIA 3BDPA 4OLBA 4J2EA 3SI6A 3SQ0A 1ZBFA 3ZT4A 1C6VA 1NKEA 2DTUA 5T7BA 2G8WA 1RDBA 4FJMA 3QEPA 4CIGA 4KHNA 1X9WA 3SV3A 4CJSA 4F2RA 4LY7A 4LSLA 4K8XA 4CHOA 4Z4GA 3DLRA 1T03A 4JS5A 3QIOA 1HJRA 3LPUA 3LP0A 5CY4A 4CJRA 4JS4A 3I8DA 3DMJA 4CEDA 1LWFA 2XY7A 1TK8A 2G8KA 3SJJA 4E89A 1U45A 4FJHA 3SZ2A 1NJXA 4DTRA 3QERA 2P5OA 2ITGA 4CK3A 1S1XA 2YNGA 2F8SA 2YKMA 1QS4A 4O44A 4W5OA 3CM5A 4DU1A 1TAQA 3B6PA 4W5RA 1ZYQA 2G8VA 1RBTA 4Z4IA 4O0IA 3K57A 2NUBA 3CFOA 1HYSA 1A5WA 4CJKA 5HBMA 2KFNA 4FLUA 1JXBA 3OJUA 4CF2A 2Z1GA 3EYZA 4I7FA 4ELVA 3NDKA 3HO1A 3NCIA 1KVBA 3TAEA 1ASUA 1J54A 2WOMA 3U3GA 4AHRA 3V6DA 1T8EA 4Y1DA 3OS2A 4NCBA 3TABA 4AHUA 3RR7A 2KW4A 4HHTA 4NCAA 1D9FA 3G10A 1RNHA 3E01A 4I2QA 4I9LA 4DTNA 3ZT2A 3NH0A 4CGFA 3P5JA 3HJFA 1J53A 4CHYA 1U48A 2OYQA 1FKOA 3AA4A 4JRQA 3KKSA 3QEIA 4DS4A 3DLKA 5HLFA 3T1AA 3WNEA 3VQ5A 1BL3A 3EZ5A 3HP6A 4HCBA 3NF9A 1TVRA 4KRFA 2A1SA 2IOCA 4J2AA 1JL2A 3SUNA 2VWKA 3NGZA 1WSEA 4F4KA 2HNZA 4DTXA 1TL1A 4CJWA 3NH2A 1NKCA 1Q8IA 4M3WA 2XY6A 1QSSA 4C8KA 1S6PA 2D0CA 1F21A 3SUPA 3QEWA 4Q0BA 1VSIA 4ID5A 5C42A 2A1RA 3IAYA 1T05A 3IS9A 1XI1A 2FC0A 4DWIA 4CGGA 3V81A 3KLGA 1B9DA 4H8KA 3SYZA 4KAZA 3KLEA 1WSGA 3DLEA 2G8HA 2BGGA 2I5JA 4CJEA 3QIPA 3VQ4A 1TGOA 4BE2A 3VQPA 2FBXA 4FW1A 4RW7A 4FZYA 2X6NA 1EP4A 4CF9A 5KRTA 2F96A 2PZSA 1NJYA 2VWJA 3NBPA 2X74A 4ICLA 3AVKA 1LV5A 4RW9A 5CYQA 4DFPA 2YKNA 3ISNC 1SUQA 4O4GA 3U6FA 1RT1A 1QTMA 5SZTA 3NE6A 4CJQA 3KD5E 1VK0A 5FDLA 4XIUA 3L8BA 2GV9A 4FM2A 4CHNA 1CZBA 2EHGA 4C8NA 4B9SA 4M3RA 3K5OA 4IDKA 1BHLA 4KI4A 2KTQA 3ZSZA 3SUQA 1LWEA 4JLHA 4N47A 4L8RB 2HHWA 3QEVA 3F73A 1W0HA 1HMVA 5HRNA 1XC9A 1QQCA 4DFKA 2HB5A 4M3YA 2XY5A 4OLAA 3LAMA 3HPOA 1C0MA 3HVTA 2PYJA 1JLCA 2IS3A 3VQ9A 3QINA 3V9XA 4M42A 4RW8A 4FJLA 4CJPA 3EY1A 3RR8A 3HPGA 4B9NA 4Z0UA 3ZSYA 1YVUA 3AV9A 4CECA 4DTJA 3LZJA 1LW0A 1SL1A 1W9HA 3O3FA 1RTHA 3LWMA 1TL3A 4DF8A 2YV0X 4M3TA 4KV8A 4R5PA 1L3UA 1UWBA 3CFRA 1RCHA 1L3VA 5CZ1A 3FFIA 4OKJA 1UA0A 4IFYA 3DOKA 2W42A 2FBYA 2D0BA 1L5UA 2HNDA 3HVRA 2DFFA 3M8SA 3DRRA 4GMJB 3ZSOA 1L3SA 1TKXA 1U49A 2KZMA 3KIOA 3C6TA 4M3UA 3ZSRA 1T7PA 2ETJA 5KGWA 5KTQA 3OYMA 3AVLA 3OYBA 1NKBA 2YNFA 3ZCMA 4FM1A 1Z26A 4UQGA 3VQ7A 1RDCA 3OS1A 3MEDA 1RBSA 4KHYA 1D5AA 1HPZA 1YTAA 1UOCA 3RMAA 4IFVA 4HUGA 2IGIA 3RRHA 3K58A 1VSLA 4DMNA 3LP2A 1IKWA 1LAVA 4AHVA 1A5XA 4CIEA 2OZSA 1S9EA 3NF8A 4KTWA 4CJ3A 3DLHA 5HP1A 4IG0A 4CESA 4DLEA 1RTDA 5KRSA 3V9WA 4JRPA 4DFJA 5J2QA 2HHSA 3THVA 3CG7A 1VSHA 3TI0A 4GVMA 4CK1A 3AVAA 2RKIA 1R0AA 1NK9A 3D0PA 4PQUA 4CEZA 1LWCA 1NK0A 2HHUA 1U04A 4B8AB 1NK5A 3CQ8A 4CEAA 4FLZA 4B9MA 1GOAA 2Q3SA 2HVIA 3OYNA 2YHBA 1JLQA 4OKEA 3HK2A 1JLEA 4FYDA 3LANA 4CGJA 4CJFA 4YNQA 4CGIA 4QCLA 4FJ5A 4OVLA 3L2RA 1QSYA 4CF8A 3OYKA 2FBVA 2R7YA 4FJKA 4FLVA 1C0TA 3ITHA 1JL1A 3L2VA 4DSIA 3V1QA 2G8IA 3AO2A 4B9LA 4FJ8A 4E19A 4HUEA 4FK4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4CZGA 4IEEA 1X1PA 4CK2A 4RW6A 2PFVA 3LZIA 5GIPA 3KK3A 4DSFA 5AQHA 5BPMA 2PFUA 2F9TA 1ATRA 1IO2A 3DWLA 2P9UA 4ISEA 4NYNA 5FPEA 5C25A 3AA2A 4FCYA 1QQOA 2OPSA 3O8MA 3U4LA 5GAEP 3VQQA 5BRFA 3VMFB 4OPAA 3SNNA 3OY9A 3GDQA 4JKDA 4GW6A 1LDKE 1DTTA 3SAGA 4DQ8A 5DM7L 3OTOK 3AO4A 3OVNA 4B9QA 1RTIA 4DR7K 1YXQA 1TKDA 1NGGA 4PKGA 3C6HA 3BY5A 4JK8A 4N56A 2QWRA 3SQ2A 3SBTA 3H1QA 3CC4N 2P9IB 2FF6A 1MA9B 2BANA 1WSJA 4LD0A 3OYEA 3G6EN 4PKIA 4E7LA 3O08A 4JI2K 1P8ZA 1OKJA 3QETA 3MXJA 3EKUA 1RT4A 4BE0A 3MEEA 4OJRA 4WQ5A 4F8RA 2HBMA 3TSQA 5AQSA 3J81O 3RVCA 4CD1A 3U3YA 3UKRA 1OVQA 3AVBA 1X9SA 2OVRB 3AO3A 2QXFA 1K8KB 1NJZA 4LFBK 1VSDA 3P4IA 2FSJA 3HSCA 2PY5A 3CCJN 1YAGA 2EX3A 4CEFA 3C6PB 4B1ZA 4I6MB 4AF1A 1NK8A 1T3VA 3SAHA 4FJGA 1VQ8N 4CGHA 4CEQA 3TSPA 4E1JA 5BR9A 2QA4N 4WQ5C 4CHZA 5LJWA 1G15A 3ZT0A 4H0VB 4DTMA 3S3NA 1KD1O 3CF5L 4BVOA 3PUFA 4W5TA 5CYMA 2G8UA 1P22A 4N76A 5F1XA 1XMHE 1IBMK 1JLFA 4KHSA 3ZT1A 3BZCA 4JKAA 1WOQA 3HRGA 2HBLA 4CHQA 1TK0A 3HI0A 3HM9A 4KTQA 2V51B 2P9KA 3BZKA 2PYLA 4Z4CA 4JHDB 1IKXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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