3SI6A

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mg2+
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 5'-D(*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3si6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3si6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3si6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3si6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3si6A03
1LV5A 5DMRA 1JXBA 1WSIA 4Y1DA 4W5QA 3QO9A 3VQEA 3U3YA 3ZT0A 3SUQA 1RT3A 2HHSA 3IG1A 1JLGA 3OYHA 4NCGA 4HVJA 4OKEA 3DOLA 3AA5X 4FJ9A 4NCAA 4XIUA 4FLWA 3MECA 4DS4A 4CJVA 4DS5A 2YNIA 1J5OA 4F2SA 3QEXA 3NF8A 4Z4HA 4C8KA 4FZZA 3LDSA 4CEAA 1TK5A 4KREA 1LW2A 1RTHA 4CEOA 4OVLA 4CJEA 1L3SA 4CHZA 2G8HA 3P1GA 3LP3A 3KK2A 1SL0A 4DF4A 1BISA 3HPGA 3HSTB 2GV9A 3PX6A 1EETA 1Z26A 4OKJA 3RRHA 1IKYA 4N76A 4FLZA 3TR8A 3ZSYA 1IKWA 5I42A 3O3GA 1KSPA 4CF2A 1RBVA 1W0HA 2DFEA 4I2PA 1D9FA 5KRSA 3K5LA 2I5JA 2YHAA 3LANA 3WNEA 4CGIA 1RBRA 2IC3A 5C25A 1SKRA 4N56A 4CJQA 3OYEA 3M8RA 3I8DA 1SKWA 3AVHA 4FK2A 2Q3SA 3NDKA 1BIUA 1VSMA 1WSFA 5KGWA 2XY8A 2B6AA 4CJFA 5J2MA 3EZ5A 4DU3A 1B9FA 2KFZA 4DTRA 2D0BA 4J2BA 4M3UA 2X6SA 3OYCA 4DQRA 3QLHA 3G0ZA 2KTQA 4OGEA 4CEQA 5CYMA 1C6VA 1WSHA 1TAUA 4ELTA 5E41A 3VQBA 1HMVA 3TARA 4ZTFA 4DLEA 1EX4A 4FZXC 1UWBA 3DLRA 4GW6A 2X74A 1U47A 3TAEA 1BI4A 4CJUA 1RBTA 2E6MA 2WOMA 4IG0A 1FXXA 5FDLA 3LWMA 4E7HA 1NKCA 4UQGA 4DTNA 4C8MA 1UAXA 3S3OA 3WNGA 2QKBA 4M3ZA 1T05A 2YV0X 1ZBLA 5JS1A 1D9DA 1U49A 4FW2A 4KRFA 3OYDA 1S9GA 1ZBFA 3DMJA 2YNFA 4JRPA 1TK0A 4ZHRA 4F2RA 4KB1A 2B4JA 1JLBA 2IDOA 2A1SA 3CM5A 4OLAA 3HYFA 2Z1HA 3NHGA 3VQCA 2RPIA 4I9LA 1YT3A 3M8QA 2HVIA 4K8ZA 1C0MA 4F8RA 2Z1IA 3KD1E 3AVMA 4CEBA 3MEGA 4CECA 3ZSWA 3AA3A 3ZSRA 3K58A 5HRSA 1XHXA 2IAJA 3LP2A 3KLGA 4Z4FA 1ASUA 1Z25A 4CGFA 3ZT4A 4FM2A 2GBZA 1VSIA 2DY4A 3KLHA 4CGJA 4OPJA 2GUIA 3SUNA 3SNNA 3C94A 3WNFA 1S6QA 1NK6A 1HQUA 3DLBA 2G8IA 3OYKA 3ULDA 4IBNA 3QIOA 2HNYA 1T7PA 1ZBUA 4BE0A 4KTWA 3BGRA 2WONA 5C42A 3DYAA 3SV3A 3PO5A 2OYQA 1HYVA 3HL8A 4B9MA 2HHXA 2DTUA 3OYGA 1Q9YA 3HK2A 5DK5A 5HBMA 2XY7A 3HPHA 4PWDA 4O44A 3HM9A 1IKXA 4IFYA 2XHBA 1JLFA 4DTJA 2D0AA 3AO4A 4FLYA 3TAFA 3K59A 4JS5A 4E7LA 4KI6A 4M3RA 4C8OA 1NK8A 4B9LA 1HNVA 4HCCA 1FKPA 2OZSA 4KFBA 4H8KA 4I2QA 3U3GA 3QIPA 3V9SA 1TGOA 2VWKA 1VRUA 4PY5A 2ITGA 4CHNA 2EHGA 4CFBA 1KLNA 1U48A 1WAFA 2NUBA 1KVAA 2YNHA 3S3NA 3NH1A 4FLTA 4ICLA 1TK8A 4LSNA 2HVHA 3D45A 3LPTA 2Y1JA 1LAWA 4W5OA 3SUPA 2ZE2A 5K14A 2IOCA 2X6NA 4OGCA 1NK9A 4W5NA 2OPPA 1TL1A 4O4GA 4CJ3A 1KFSA 4FZYA 4RW4A 1HJRA 1WSEA 5HRRA 4N5SA 3L2VA 3L2WA 3OVNA 5J2PA 5D3GA 3NGZA 4KKOA 3OS1A 3AVNA 3DLHA 1HYZA 1GOCA 1IO2A 3VQQA 3ZSQA 3NBPA 2G8FA 1U4BA 3K5MA 1A5WA 3TAMA 3AO2A 4CERA 3L2UA 4DQSA 4DTPA 3LPUA 1IKVA 4CJ5A 4LSLA 3ZT3A 4DG1A 4CIEA 2XY5A 1RTJA 3CQ8A 1SL2A 3HP6A 1HRHA 1VSLA 3HP9A 2BE2A 4J2AA 4DMNA 2A1RA 1RTDA 4QCLA 4CJRA 1RBSA 4E19A 2FBYA 3VQ7A 4JRQA 3F73A 3C6UA 2HMIA 4QAGA 2IGIA 3AO5A 3QEWA 1L5UA 4EZ9A 3V9XA 1ASVA 1TKDA 1YTAA 1TKXA 3DOKA 3BDPA 1B9DA 3SQ0A 4KO0A 4AHCA 3RR8A 3P5JA 3L3VA 4JS4A 3NE6A 3ALYA 4N47A 4Z4EA 3OYJA 3AVCA 4CJPA 3F9KA 4M45A 3VQ9A 4IFVA 1X9MA 4B3OA 1S1TA 3KD5E 2BDPA 2VG7A 3AVJA 1RT2A 2XY6A 1ITGA 5CZ1A 3SZ2A 2F8SA 1NOYA 4KTZA 2PZSA 1SV5A 1JL2A 1UOCA 2VG6A 1NKEA 2G8WA 2B5JA 1GOBA 1JL1A 3SJJA 4L8RB 1FKOA 4Z4GA 1LW0A 2RN2A 3TABA 1TV6A 3LAMA 3L2RA 1RDDA 4O0JA 3V4IA 2KZZA 1TL3A 3O4NA 3KLEA 4RG8A 1RNHA 2DFHA 2QXFA 1ZBHA 3TAPA 4DF8A 4HUFA 3IAYA 3AVIA 4FJMA 1CZBA 3SQ1A 4GVMA 3B6OA 1VSKA 3E01A 4CJLA 2RF2A 1BCMA 4CGGA 1Q9XA 3V1QA 3MEDA 3OYLA 3S9HA 4KHYA 4AHRA 3PX0A 4BACA 2QKKA 4FCYA 4DQPA 1DLOA 1RT4A 1JXEA 1D5AA 3FFIA 4JLHA 1QSLA 3PV8A 3MXMA 1LWCA 3DLEA 1JLCA 5CYQA 3U6FA 2JLEA 2FC0A 4G1QA 4E7JA 4B9SA 4DQQA 1LAVA 4B08A 4FJGA 4BDZA 3K5OA 2E4LA 1RDAA 4FJJA 3V9UA 4B9UA 3VQ5A 4FLVA 1CZ9A 3RTVA 4CEFA 1HNIA 4RW6A 4F3OA 4I7FA 4MFBA 3H08A 1VSHA 4DTSA 2E6LA 1VSDA 3QERA 2G8KA 4FJLA 3T3FA 3AA2A 1JLQA 3VQ4A 4FJNA 4KAZA 4DTOA 3DM2A 1UA1A 1TAQA 1L3VA 1QSYA 2YNGA 5KGXA 1JLAA 4DFKA 4KPYA 4Z4CA 1NK5A 3QNNA 4CK2A 1T8EA 1G15A 3ZCMA 4CEDA 3VQ8A 1J9AA 3NF7A 4LD0A 1EXQA 1D8YA 3MAQA 2HHQA 4DSJA 2EX3A 3KLIA 3TI0A 4GMJB 3OYAA 1XC9A 1QQCA 3JYTA 4DFPA 3KK3A 4KB0A 3V1OA 3VQAA 3NH0A 4CHQA 3VA0A 3SPYA 4W5RA 3PO4A 1VSJA 3THVA 3NF9A 5T7BA 2KQ2A 3RMCA 1WSGA 2OPRA 4RW8A 3T19A 4B9NA 1N5YA 4CJSA 1BIZA 1Q8IA 3M8SA 1VK0A 3SUOA 2PYJA 5FRNA 4J2DA 1WSJA 4CJTA 3HO1A 1A5XA 4B9TA 4DSKA 4EZ6A 2JGUA 4NYFA 3VQ6A 4E1MA 3QINA 4ID5A 4E3SA 1L3TA 3KKRA 3LALA 5HLFA 4QOZB 2DFFA 4RW9A 3V1RA 4HUGA 1YVUA 1W9HA 3AVKA 3G10A 4KHUA 3HT3A 4CF0A 4FK0A 4E1NA 4E7IA 3DRPA 5C24A 2ATQA 3OJSA 3MXIA 1L3UA 1K6YA 3SI6A 1GOAA 2KW4A 4IG3A 4IDKA 1NKBA 4PQUA 3LP1A 3TAGA 1NJXA 3AVAA 3VQPA 4CCHA 3HXMA 3PX4A 2FBXA 1UA0A 4LY7A 4W5TA 1NJYA 1RTIA 4CHOA 4KHSA 4C8NA 1I39A 4RW7A 1FK9A 4Q0BA 3OYFA 1LWFA 4AH9A 3OYIA 3TWHA 1ZYQA 3WNHA 2AJQA 1JLEA 1I3AA 2XRIA 3ISNC 5HRNA 1QTMA 1S1WA 4DFMA 1RT5A 2G8VA 4Z0UA 3D0PA 4KTQA 1BQNA 3ZSOA 4DTUA 3CFOA 3LP0A 2VG5A 3O3FA 1B92A 2OPQA 1WN7A 2HHVA 4HUEA 1WNSA 1KVBA 4CFAA 2YHBA 3SYZA 4DTMA 1EP4A 2OA8A 1BGXT 5HRPA 4R5PA 4EP4A 3L2QA 2ETJA 3HVRA 5FRMA 5CZ2A 1C0TA 3AVGA 4IKFA 2RKIA 3PUFA 4Y1CA 3I0SA 1NK0A 2X78A 3CFRA 1MU2A 4CEEA 1RBUA 3LZIA 2LSNA 4CF8A 4FVMA 3CG7A 4CGHA 3CFPA 1YTUA 4F4KA 3KLFA 2HHUA 4B9VA 3HVTA 3AVBA 4EP5A 3EY1A 2R7YA 4FJKA 3KJVA 4DLGA 4FJXA 4CFCA 3V6DA 4ZTJA 5SZTA 1NK7A 4H4MA 2O4IA 2ZD1A 3IRXA 3A2FA 1RT7A 4O0IA 4AHTA 1EKEA 3NFAA 1KVCA 2OPSA 3AVFA 3OS0A 3OY9A 4DWIA 3IS9A 4FXDA 2P1JA 1BCOA 2OZMA 2HW3A 3QEIA 3OJUA 1J54A 1RDCA 4FW1A 3NGYA 2XO7A 4BDYA 1NOZA 1NJZA 5I3UA 1IH7A 3QESA 3HPOA 2HNZA 4DSLA 2F96A 4FK4A 1QS4A 3MEEA 3QNOA 4CIFA 2FBVA 3LZJA 4KI4A 1BQMA 3RR7A 4HCBA 4BDPA 4DQIA 1RDBA 4B8AB 3AO3A 4WE1A 2BGGA 4H4OA 1T03A 1WAJA 3I0RA 3AA4A 2G8UA 3K57A 3L3UA 4DFJA 3NAEA 3T1AA 4CEZA 4J2EA 1CXQA 1SL1A 4LH5A 4KHNA 4TSXA 1S5JA 3SPZA 1S1XA 3TANA 1NK4A 2O4GA 4CF1A 2W42A 2PY5A 4BWMA 3SCXA 4CESA 3NCIA 1XHZA 4O55A 2HHWA 4YFUA 2Z1GA 3HJFA 4F3TA 1A5VA 1BI4B 4FLXA 3C95A 3LWLA 4CGDA 4C8LA 2Y1IA 4BWJA 4KHQA 1C1BA 4NYNA 1C1AA 3KK1A 3DLKA 3OS2A 1WLJA 4E7KA 3EYZA 4OKKA 1C0UA 2D5RA 4FJ7A 1CXUA 3S3MA 5CY4A 4DU4A 4CIGA 4E89A 4PUOA 3ZSZA 3KTQA 3ZSXA 5HP1A 4PA1A 4Q5VA 3DRSA 4FJ8A 4CE9A 4ELVA 3V9ZA 4MQ3A 4HHTA 3RRGA 1X9WA 5FROA 1X1PA 5J1EA 1QHTA 4I9QA 4K8XA 3RMBA 1DTQA 3AVLA 3LAKA 4CFDA 4CK3A 3OYBA 3K5NA 1R0AA 4CK1A 1RCHA 4AHUA 1XI1A 1KRPA 1S6PA 3V81A 1XWLA 2YKMA 1TVRA 1BHLA 1RILA 3ASMA 4OPKA 4LH4A 3JSMA 3RWUA 4M3TA 3OYMA 4FJHA 1VSFA 3VN5A 1Y97A 3VQDA 4B8CA 1SKSA 3P83D 1O1WA 4O5BA 1ZBIA 4KV8A 1KTQA 1DTTA 3NH2A 3V9WA 4M3WA 3QETA 3DI6A 4M3XA 2P5GA 1ASWA 3K2PA 4ID1A 4CF9A 1RT6A 4Z4IA 3NGIA 4N41A 2QK9A 3CM6A 1S1UA 1C1CA 5EU7A 4FM1A 4OJRA 4FJIA 4DSEA 4DTXA 1KCFA 4BE2A 3SV4A 1S1VA 4YNQA 1HPZA 3SQ4A 3QEVA 4FJ5A 4M3YA 2D0CA 3RMAA 2FBTA 3O4QA 1QE1A 2YKNA 1J53A 3DRRA 3TAQA 4AHVA 1REVA 4E0DA 1JKHA 1U45A 1VRTA 2P51A 2BANA 5KTQA 3O3HA 1TKTA 1N6QA 1CLQA 4DSFA 4DSIA 4FYDA 2Z1JA 3ZT1A 2PYLA 1BL3A 2HNDA 1HYSA 3ZSVA 4FLUA 2IS3A 4AHSA 1F21A 3CYMA 5KRTA 3VA3A 2F8TA 3AO1A 3C6TA 3DLGA 2HB5A 1NJWA 5JS2A 4M41A 2ZQBA 3L8BA 4OLBA 3NF6A 4ELUA 3KKSA 4CJ4A 3ITHA 4CHPA 4NCBA 5J2NA 1U04A 1TKZA 5J2QA 2P5OA 4M42A 3ZT2A 2KZMA 3PY8A 1KFDA 3QEPA 2HHTA 1HQEA 5SWMA 1VSEA 1SUQA 4HTUA 4FM0A 2VWJA 1QSSA 3KIOA 3SQ2A 4AILC 3OYNA 2KFNA 1LWEA 1KLMA 3M8PA 1IG9A 3UIQA 4KHWA 4CJWA 4DU1A 5KI6A 4CJKA 3MXJA 3B6PA 4CHYA 1RT1A 3RMDA 5HROA 1X9SA 3AV9A 1S9EA 4BE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1J53 A;  3DRR A;  3TAQ A;  4AHV A;  1REV A;  4E0D A;  1JKH A;  1U45 A;  1VRT A;  2P51 A;  2BAN A;  5KTQ A;  3O3H A;  1TKT A;  1N6Q A;  1CLQ A;  4DSF A;  4DSI A;  4FYD A;  2Z1J A;  3ZT1 A;  2PYL A;  1BL3 A;  2HND A;  1HYS A;  3ZSV A;  4FLU A;  2IS3 A;  4AHS A;  1F21 A;  3CYM A;  5KRT A;  3VA3 A;  2F8T A;  3AO1 A;  3C6T A;  3DLG A;  2HB5 A;  1NJW A;  5JS2 A;  4M41 A;  2ZQB A;  3L8B A;  4OLB A;  3NF6 A;  4ELU A;  3KKS A;  4CJ4 A;  3ITH A;  4CHP A;  4NCB A;  5J2N A;  1U04 A;  1TKZ A;  5J2Q A;  2P5O A;  4M42 A;  3ZT2 A;  2KZM A;  3PY8 A;  1KFD A;  3QEP A;  2HHT A;  1HQE A;  5SWM A;  1VSE A;  1SUQ A;  4HTU A;  4FM0 A;  2VWJ A;  1QSS A;  3KIO A;  3SQ2 A;  4AIL C;  3OYN A;  2KFN A;  1LWE A;  1KLM A;  3M8P A;  1IG9 A;  3UIQ A;  4KHW A;  4CJW A;  4DU1 A;  5KI6 A;  4CJK A;  3MXJ A;  3B6P A;  4CHY A;  1RT1 A;  3RMD A;  5HRO A;  1X9S A;  3AV9 A;  1S9E A;  4BE1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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