The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
96
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sequence length |
495
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structure length |
484
|
Chain Sequence |
KNNVPRLKLSYKEMLESNNVITFNGLANSSSYHTFLLDEERSRLYVGAKDHIFSFNLVNIKDFQKIVWPVSYTRRDECKWAGKDILKECANFIKVLEAYNQTHLYACGTGAFHPICTYIEVGHHPEDNIFKLQDSHFENGRGKSPYDPKLLTASLLIDGELYSGTAADFMGRDFAIFRTLGHHHPIRTEQHDSRWLNDPRFISAHLIPESDNPEDDKVYFFFRENAIDGEHSGKATHARIGQICKNDFGGHRSLVNKWTTFLKARLICSVPGPNGIDTHFDELQDVFLMNSKDPKNPIVYGVFTTSSNIFKGSAVCMYSMSDVRRVFLGPYAHRDGPNYQWVPYQGRVPYPRPGTCPSKTFGGFDSTKDLPDDVITFARSHPAMYNPVFPINNRPIMIKTDVNYQFTQIVVDRVDAEDGQYDVMFIGTDVGTVLKVVSVLLEEMTVFREPTTISAMELSTKQQQLYIGSTAGVAQLPLHRCDIY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Mus musculus
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| publication title |
Structure of the semaphorin-3A receptor binding module.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Semaphorin 3A
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| total genus |
96
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| structure length |
484
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| sequence length |
495
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01403 | Sema | Sema domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CN2 A; 1QNI A; 4GQB B; 4CZY A; 2HES X; 3UKU C; 4LGN A; 4GGC A; 3UR4 A; 2CO0 A; 4O9D A; 3EI4 A; 4IMM A; 4E5Z B; 4K3I D; 3PSC B; 3AL9 A; 2Q7Q A; 1JOF A; 5I5I A; 2W18 A; 3I8E A; 3JRO A; 1GP2 B; 5FQD A; 1JMX B; 3RN0 D; 3ULE C; 4GQ1 A; 2YMU A; 4O1Q D; 4J86 A; 3FRX A; 2PM6 B; 4KFM B; 1S4U X; 5EAL A; 3F3P A; 5EMM B; 3RFG A; 1PI6 A; 5TDH B; 5GXI A; 1TBG A; 4CY5 A; 4I79 A; 1L0Q A; 2CO0 C; 3MZL A; 2PM9 A; 3MKQ A; 4OWR A; 3SHF A; 5HE1 B; 4XEI C; 4ERY A; 3DXM C; 3PXS D; 5FKQ A; 3FGB A; 3OKY B; 2CNX A; 2H9L A; 3OKW A; 1RI6 A; 2QC5 A; 2YB8 B; 4GQ2 P; 3VA6 A; 3OW8 A; 4L3H D; 2Z2O A; 4J82 A; 1R5M A; 2I0T A; 4A08 A; 4JXM A; 3MXX A; 2OVQ B; 4QRJ A; 2AGL A; 3OL2 A; 3JZH A; 5TEE A; 3AH8 B; 3IIW A; 4Y7R A; 4BUJ C; 1SQ9 A; 2CE8 A; 3SJL D; 3I7L A; 2GC7 A; 4J79 A; 2IUV A; 5CYK B; 1PBY B; 1ERJ A; 4AEZ A; 3IIY A; 1JMZ B; 4U1E I; 3UKR C; 2O9K A; 1K32 A; 1NR0 A; 2YNO A; 3GFC A; 4A11 A; 4GGA A; 1FWX A; 4G56 B; 3L4M D; 2XYI A; 1K8K C; 3AL8 A; 3I7H A; 3ODT A; 2YBA A; 2AGZ A; 4GM3 A; 4FA9 D; 4A09 B; 3JZG A; 2OVP B; 3ZWL B; 3OKT A; 4UI9 R; 3SBP A; 4O45 A; 2I3S A; 3NVQ A; 3EI1 B; 4CY1 A; 5IJ8 E; 5CXC B; 4ZOZ A; 5AFU 3; 4O3T B; 4ES0 A; 2H6Q A; 3PVU B; 3DWL C; 4TZ4 A; 1A0R B; 3UVN A; 5A2Q g; 2I0S A; 4A2L A; 2G9A A; 4GGD A; 4E5Z A; 3BG1 A; 3CFS B; 2P9I C; 4Z8L A; 2IUR A; 3SXT D; 4AOW A; 2TRC B; 3N0E A; 3I7P A; 4FA1 D; 2BCJ B; 3C99 A; 4J0W A; 3W15 A; 4FA5 D; 3I7O A; 3IJ1 A; 5HE2 B; 5EM2 B; 3UVL A; 4A0A A; 4K3J B; 2Z2N A; 2J57 G; 4PSX B; 2H3X A; 2P9N C; 3IJ0 A; 4OZU A; 3K26 A; 2P9P C; 4J78 A; 3PXW D; 4A0B B; 2P9K C; 3RRM C; 3PSL A; 3VH0 A; 2OK6 A; 4PXW A; 3SBQ A; 4J0X A; 3JZN A; 4J8B A; 4PSW B; 3PVW B; 4CC9 A; 4U7A A; 2UZX B; 2QXV A; 5JWZ A; 4CI1 A; 2HKM A; 3KRX B; 4CZX A; 1NEX B; 3SCY A; 3P4F A; 4JSX C; 5IGO A; 5AJA A; 4BH6 A; 2H9M A; 4A7J A; 5H1M A; 4GM9 A; 3C5M A; 4CY2 A; 5FKR A; 3EI4 B; 4PC0 A; 5FA5 B; 2EBS A; 4ZN4 A; 2BBK H; 3EMH A; 5FKS A; 4ZOX A; 4QL1 A; 4A2M A; 2XL3 A; 3DM0 A; 2OVR B; 5IC7 A; 5EML B; 5IGQ A; 3RMZ D; 5HE0 B; 3I7N A; 3RN1 D; 5C2V B; 4J84 A; 2IUP A; 2PM9 B; 4EWR A; 4ZOV A; 1OMW B; 1U4C A; 4H5J A; 3I7K A; 4ZOY A; 3RSE C; 3BG0 A; 2OJY A; 4N14 A; 4A08 B; 4PBY A; 3PXT D; 2IAA A; 4QT8 A; 2H13 A; 4IA9 A; 3K27 A; 4E54 A; 3EI3 B; 5GXH A; 1XIP A; 3MMY A; 1B9Y A; 3BWS A; 5EM2 A; 5I5J A; 3V5W B; 3J81 g; 3SLE D; 5FLX g; 5AMS A; 2H9P A; 4L9O A; 4PBZ A; 2B5M A; 1OLZ A; 2H14 A; 4X60 B; 2AH0 A; 2HYE A; 3IJC A; 5C2W B; 4L3G D; 5EAP A; 4A11 B; 5TF2 A; 2B5N A; 2GNQ A; 3AL8 B; 1MG3 A; 4ERZ A; 4R7A B; 3U4Y A; 2H6K A; 5CXB B; 1GOT B; 4FAV D; 3I2N A; 3JAM g; 5K1C C; 4J77 A; 4J81 A; 4NSX A; 4X61 B; 5EMJ B; 1MG2 A; 3EG6 A; 3J80 g; 3UVM A; 4J73 A; 2J55 H; 5EMK B; 1PGU A; 5HQG A; 2HJ4 A; 4QQE A; 3UVK A; 2XL2 A; 4FA4 D; 2H68 A; 4Y5R D; 2AH1 A; 4FAN D; 3SVW D; 1PEV A; 3KRW B; 4CI8 A; 3C9C A; 4X63 B; 3CFV A; 3OKY A; 5GSA A; 3DXK C; 4JSP C; 5HYN B; 2H9N A; 3L4O D; 3EI2 B; 3I89 A; 5EAM A; 2MTA H; 3VGZ A; 2IWF A; 4A0A B; 3ORV D; 4GZ8 A; 2I0R A; 3NVN A; 4J87 A; 4GMB A; 4X3E A; 2OK4 A; 2P9L C; 4LG9 A; 5CYK A; 5FKT A; 5SXM A; 2AQ5 A; 2IWK A; 3V7D B; 4GM8 A; 3E0C A; 5H14 A; 2HXC A; 3GRE A; 4XYI A; 4FB1 D; 4JSV C; 4ERQ A; 3N0D A; 3JRP A; 4D0K A; 1GXR A; 3F3G A; 2P9U C; 3IKO A; 4XYH A; 1GG2 B; 1TYQ C; 2HKR A; 5THA A; 2YNN A; 2AGW A; 4ESG A; 5I5M A; 4A09 A; 1JJU B; 3CIK B; 4L1Q D; 3F3F A; 3A0F A; 2IUQ A; 4FHL A; 1N6F A; 1VYH C; 4JT5 C; 2PM7 B; 3C75 H; 4PNK B; 4LG8 A; 4H5I A; 3EI1 A; 2PBI B; 3AFC A; 3OTT A; 5C9Z B; 5IJ7 E; 1N6D A; 5CXC A; 3EU7 A; 1U2V C; 3EI3 A; 1MDA H; 3SMR A; 5FXY A; 5IT9 g; 4YVD A; 4JD2 C; 5EAR A; 5K19 A; 3HFQ A; 5TEF A; 2P9S C; 2AGY A; 3SWS D; 3RFH A; 4CI2 A; 3OL2 B; 2CE9 A; 5HE3 B; 2H47 A; 5B4W A; 2GC4 A; 2XU7 A; 3PE7 A; 4BL0 A; 2YNP A; 3MZK A; 5H17 A; 4J8G A; 3RLM D; 3JPX A; 4O3U B; 5CXB A; 1P22 A; 2H6N A; 3NVX A; 2OIZ A; 4CY3 A; 2G99 A; 3SFZ A; 1SHY B; 3SN6 B; 5KDO B; 2B5L A; 2AGX A; 1XHM A; 5GMK n; 4A0B A; 3I8C A; 2J56 H; 2UZY B; 3V9F A; 4JT6 C; 3B7F A; 2Z2P A; 1B9X A; 3UVO A; 4FWW A; 3MKS B; 1SQJ A; 2CN3 A; 2B4E A; 2I3T A; 3EWE A; 4CI3 A; 1Q47 A; 4MK0 B; 3FM0 A; 4D6V A; 3DSM A; 4HDJ A; 3EI2 A; 4CZV A; 3JB9 L; 1XKS A; 4JSN C; 1YFQ A; 4E54 B; 2HJB A; 3SBR A; 1N6E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CN2 A; 1QNI A; 4GQB B; 4CZY A; 2HES X; 3O4J A; 3UKU C; 4LGN A; 4GGC A; 3UR4 A; 2CO0 A; 4O9D A; 3EI4 A; 4IMM A; 4E5Z B; 3K71 A; 4K3I D; 3PSC B; 3AL9 A; 2Q7Q A; 4D9S A; 1JOF A; 5I5I A; 3NIF A; 2W18 A; 3I8E A; 5M5U A; 3JRO A; 1GP2 B; 5FQD A; 1JMX B; 3RN0 D; 3ULE C; 4GQ1 A; 2YMU A; 4O1Q D; 4J86 A; 3FRX A; 2PM6 B; 4KFM B; 1S4U X; 1O6F A; 5EAL A; 3F3P A; 5EMM B; 3RFG A; 1PI6 A; 5TDH B; 5GXI A; 1TBG A; 4CY5 A; 2VDN A; 4I79 A; 1L0Q A; 2CO0 C; 3MZL A; 2PM9 A; 3MKQ A; 4OWR A; 4WK4 A; 3MUO A; 3SHF A; 5HE1 B; 4XEI C; 4ERY A; 3DXM C; 3PXS D; 5FKQ A; 3FGB A; 3OKY B; 2CNX A; 4BP9 A; 1U8C A; 1VZ2 A; 2H9L A; 3OKW A; 4WK0 A; 1RI6 A; 2QC5 A; 2YB8 B; 4GQ2 P; 3GD1 I; 3ZE1 A; 3VA6 A; 3K72 A; 3OW8 A; 4L3H D; 4QAM A; 2Z2O A; 4J82 A; 1R5M A; 2I0T A; 4A08 A; 4JXM A; 3MXX A; 2OVQ B; 4QRJ A; 2AGL A; 3OL2 A; 3JZH A; 5TEE A; 3AH8 B; 3T3M A; 4UM9 A; 3IIW A; 4Y7R A; 4BUJ C; 1SQ9 A; 2CE8 A; 3SJL D; 3I7L A; 2GC7 A; 4J79 A; 4JHP C; 2IUV A; 3EQ9 A; 4MMY A; 5CYK B; 1PBY B; 1ERJ A; 4AEZ A; 3IIY A; 3ZE0 A; 2VDM A; 1JMZ B; 4U1E I; 3UKR C; 2VDR A; 2O9K A; 4AMZ A; 1K32 A; 1NR0 A; 2YNO A; 3GFC A; 4A11 A; 3EQ7 A; 4GGA A; 4DNU A; 4G55 A; 1FWX A; 4G56 B; 3L4M D; 1UOQ A; 1K8K C; 2XYI A; 3AL8 A; 3I7H A; 3IUM A; 3ODT A; 1UTC A; 2XZG A; 2YBA A; 2AGZ A; 3QHY B; 4GM3 A; 4FA9 D; 4A09 B; 3JZG A; 2XE4 A; 3IUN A; 1E8M A; 1H2Z A; 2OVP B; 5HDB A; 1A12 A; 3ZWL B; 4AX4 A; 3OKT A; 4UI9 R; 3SBP A; 4O45 A; 2I3S A; 3NVQ A; 1C9I A; 4G1E A; 5E6R A; 3EI1 B; 4CY1 A; 5IJ8 E; 5CXC B; 4ZOZ A; 5AFU 3; 4O3T B; 4ES0 A; 2EIE A; 2VDO A; 2H6Q A; 3PVU B; 3EQ8 A; 3DWL C; 4TZ4 A; 1A0R B; 3UVN A; 5A2Q g; 2QR5 A; 2I0S A; 4BP8 A; 4A2L A; 2G9A A; 4GGD A; 4WJK A; 5M5V A; 4E5Z A; 3ZDX A; 3BG1 A; 1K3I A; 3CFS B; 2VDQ A; 2P9I C; 4Z8L A; 2IUR A; 3SXT D; 4AOW A; 2TRC B; 3N0E A; 3I7P A; 4FA1 D; 2BCJ B; 2WQ8 A; 3C99 A; 4J0W A; 3W15 A; 4FA5 D; 3I7O A; 3IJ1 A; 5HE2 B; 5EM2 B; 3UVL A; 4A0A A; 4K3J B; 2Z2N A; 2J57 G; 4PSX B; 2H3X A; 2P9N C; 1H2X A; 3IJ0 A; 3IUR A; 4OZU A; 3K26 A; 2P9P C; 4J78 A; 3PXW D; 4A0B B; 2P9K C; 3RRM C; 3PSL A; 3VH0 A; 2OK6 A; 4PXW A; 4WK2 A; 3SBQ A; 4J0X A; 3JZN A; 4J8B A; 4PSW B; 3PVW B; 2VDP A; 1H2W A; 4CC9 A; 4U7A A; 3K6S A; 3IUQ A; 2UZX B; 2QXV A; 3V4P A; 5JWZ A; 5FFG A; 3NID A; 4CI1 A; 2HKM A; 3KRX B; 4CZX A; 1NEX B; 3SCY A; 3P4F A; 4L1M A; 4JSX C; 5IGO A; 5AJA A; 3V4V A; 4BH6 A; 2H9M A; 4A7J A; 5H1M A; 5C86 A; 4GM9 A; 3C5M A; 4DNV A; 4CY2 A; 4O02 A; 3EI4 B; 5FKR A; 5M5S A; 5FFO A; 4RE5 A; 4PC0 A; 5FA5 B; 2EBS A; 4ZN4 A; 2BBK H; 3EMH A; 5E6U A; 5FKS A; 3ZDY A; 4ZOX A; 1QFS A; 4NAA A; 4QL1 A; 3MVD K; 4A2M A; 2XL3 A; 3DM0 A; 2OVR B; 5IC7 A; 1TYE A; 5EML B; 5IGQ A; 1E5T A; 3RMZ D; 5HE0 B; 3QI0 A; 3I7N A; 3RN1 D; 5C2V B; 4G1M A; 4J84 A; 2IUP A; 2PM9 B; 3FCS A; 4EWR A; 4ZOV A; 5M61 A; 4DNW A; 1OMW B; 1U4C A; 4H5J A; 3I7K A; 4ZOY A; 4BCC A; 3RSE C; 1I2M B; 3BG0 A; 2OJY A; 4N14 A; 4A08 B; 4PBY A; 3PXT D; 2IAA A; 4QT8 A; 2H13 A; 4IA9 A; 3K27 A; 1E8N A; 4E54 A; 3EI3 B; 3VI3 A; 5GXH A; 1XIP A; 1UOO A; 3MMY A; 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4NBM A; 5CYK A; 5FKT A; 5SXM A; 2AQ5 A; 2IWK A; 3V7D B; 3IUL A; 4GM8 A; 2EID A; 3E0C A; 5H14 A; 2QZP A; 2HXC A; 3GRE A; 1VZ3 A; 4XYI A; 4FB1 D; 4JSV C; 4ERQ A; 3N0D A; 3JRP A; 4D0K A; 1GOH A; 1GXR A; 3F3G A; 2P9U C; 3IKO A; 4XYH A; 1GG2 B; 1TYQ C; 2HKR A; 4O2W A; 5THA A; 2YNN A; 2AGW A; 4ESG A; 5I5M A; 4A09 A; 1JJU B; 3CIK B; 2VZ3 A; 4L1Q D; 3F3F A; 3A0F A; 3ZE2 A; 2IUQ A; 4FHL A; 2VZ1 A; 1N6F A; 1VYH C; 4JT5 C; 4BCD A; 2PM7 B; 3C75 H; 4PNK B; 4LG8 A; 4H5I A; 3EI1 A; 2PBI B; 3AFC A; 3OTT A; 5C9Z B; 5IJ7 E; 1N6D A; 5CXC A; 3EU7 A; 1U2V C; 3EI3 A; 1MDA H; 3SMR A; 2VC2 A; 5FXY A; 4YVD A; 5IT9 g; 3VI4 A; 4JD2 C; 5E6S A; 5EAR A; 1GOF A; 5K19 A; 3HFQ A; 5TEF A; 2P9S C; 4AN0 A; 2AGY A; 1GOG A; 3SWS D; 3RFH A; 4CI2 A; 3OL2 B; 2CE9 A; 3KCI A; 5HE3 B; 2H47 A; 5B4W A; 3GC3 B; 2GC4 A; 2XU7 A; 3O4G A; 3PE7 A; 4BL0 A; 4UM8 A; 4RE6 A; 2YNP A; 3MZK A; 5M5R A; 5H17 A; 4J8G A; 3RLM D; 3JPX A; 3O4H A; 4O3U B; 5CXB A; 1P22 A; 2H6N A; 3NVX A; 5M5T A; 2OIZ A; 4AN1 A; 4CY3 A; 2G99 A; 3SFZ A; 1SHY B; 3SN6 B; 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