The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
126
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sequence length |
487
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structure length |
487
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Chain Sequence |
MAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVIALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDAKQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGNQPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNRKGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEELFARKFNALFAQGNYSEAAKVAANAPKGILRTPDTIRRFQSVPAQPGQTSPLLQYFGILLDQGQLNKYESLELCRPVLQQGRKQLLEKWLKEDKLECSEELGDLVKSVDPTLALSVYLRANVPNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Atomic structure of clathrin: a beta propeller terminal domain joins an alpha zigzag linker.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN (CLATHRIN)
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Rattus norvegicus
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| total genus |
126
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| structure length |
487
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| sequence length |
487
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01394 | Clathrin_propel | Clathrin propeller repeat |
| A | PF09268 | Clathrin-link | Clathrin, heavy-chain linker |
| A | PF13838 | Clathrin_H_link | Clathrin-H-link |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | Clathrin heavy-chain terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GD1 I; 1UTC A; 5M5U A; 1C9L A; 5M5V A; 5M5R A; 3GC3 B; 1C9I A; 4G55 A; 1BPO A; 5M5T A; 5M61 A; 5M5S A; 2XZG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H68 A; 2V8S E; 3A0F A; 3C9C A; 2CG2 A; 4LER A; 2CHZ A; 5FT9 A; 4GYO A; 1BI8 B; 3ZPJ A; 3Q9U C; 1HG2 A; 4FJZ A; 4CDN A; 4GZ3 A; 3RU0 A; 2J9Q A; 4ACK A; 4U63 A; 4ILG A; 2R02 A; 2R05 A; 4XKC A; 4O6F A; 4N3A A; 5T8I A; 4E54 B; 2FO1 E; 1LD8 A; 2J07 A; 3UVN A; 5CXB B; 1JWF A; 4LCT A; 1Z5S C; 3ZHE A; 2AGZ A; 1FPP A; 1BD8 A; 4MBG A; 3RN0 D; 3E37 A; 4CY3 A; 3J81 g; 3RMZ D; 1NR0 A; 2P9L C; 4KYO B; 4DX5 D; 5HRY A; 5FQ7 A; 3FTW A; 4CZX A; 2HO1 A; 3Q75 A; 3MV3 B; 3ZFW A; 3MZL A; 4M3O A; 3UM2 A; 2P2C P; 3QOU A; 2R03 A; 4GQB B; 4ZOY A; 4MMZ A; 4GTO A; 3OTT A; 4LSZ E; 3UMV A; 4ILH B; 2CHW A; 4BY6 A; 3MX3 A; 3KS2 A; 2CE8 A; 4DI3 A; 1HX8 A; 1XGW A; 4F3V A; 4A1S A; 2AVP A; 2Z2O A; 5M72 A; 4L2Y A; 2ETC A; 5FKT A; 4UQY A; 5B4W A; 3RSE G; 2P9P C; 4PBY A; 3IHV A; 3QAR A; 3U9W A; 2XPY A; 5ENP D; 2P9K G; 3CVW A; 1O5M A; 1O1T A; 2P9U C; 5AAR A; 5IGO A; 4YVQ C; 4OYS A; 2GRN B; 2LUH A; 5JHB A; 1H2W A; 5C2V B; 1N6F A; 1U3D A; 3IJE A; 3KSQ A; 2PL2 A; 5HQG A; 3CQG B; 4YVO A; 4FHK A; 4LNB A; 4D10 C; 1IQR A; 3LVR E; 4XI9 A; 4U8H A; 4XIF A; 2C2L A; 3JCK C; 4WK0 A; 3B7R L; 4BL0 A; 3IJ0 A; 3SBS A; 1EPU A; 1FCH A; 3HRA A; 2VZ1 A; 3J5P A; 1E8W A; 4JVS A; 5IT9 g; 4A55 A; 5M5T A; 4JA7 A; 4GTP A; 4CY2 A; 2AGX A; 2B5N A; 2VSO E; 5FXY A; 4DUI A; 3UUX A; 4U0U A; 1KT1 A; 2WXJ A; 5C92 A; 1L5J A; 1H2Y A; 3O4H A; 3I3N A; 4GMB A; 5AQ9 A; 3I7K A; 1UW4 B; 3PZ1 A; 1H6K A; 4O2W A; 4FUL A; 3CVQ A; 3C98 A; 3QKY A; 4UI9 C; 5C2Y A; 4NEN A; 1Z3X A; 4U04 A; 3TWW A; 1U2V C; 1M1X A; 2I2O A; 3S7F A; 2W18 A; 4JZY A; 5D66 A; 4XZ4 A; 5T4Y A; 3VTX A; 3QWP A; 2OVQ B; 3R9A B; 2YHC A; 4O02 A; 5EAR A; 4GA0 A; 4Z68 A; 4I79 A; 3HFQ A; 2JEK A; 3CHS A; 2YB8 B; 5BUZ A; 5EYL A; 5EID A; 4OWR A; 3U4T A; 3LCA A; 1QBQ A; 3ZU7 B; 3P4F A; 4UWG A; 2WXP A; 2WQ8 A; 1AWC B; 3CEQ A; 4AX4 A; 1OCO E; 3B95 A; 1TNZ A; 4JEU A; 4E5Z B; 5CEA A; 3I7O A; 4UUC A; 2WQ7 A; 4XEI C; 2ZIS A; 2X6I A; 3ZEF A; 4EBA G; 3D9O A; 2R5S A; 5FKQ A; 5THA A; 3EI3 A; 3LDZ A; 4GYY A; 3D9J A; 3ORV D; 3IKO A; 1QQE A; 4G24 A; 2F0Y A; 2QZA A; 4GTS A; 2WXF A; 4FP7 A; 2I1J A; 2B6C A; 1INZ A; 4G1T A; 3UVM A; 3UR4 A; 5GXH A; 5CXC A; 5CCL A; 3BUA A; 2BED A; 3ABK E; 3SBP A; 1K1A A; 2BTD A; 4AMZ A; 1E96 B; 2IFU A; 4WJK A; 2P9N C; 4LNG A; 5KBA A; 3FTX A; 3MV2 B; 4U0Z A; 3GZ2 A; 1HE8 A; 3ZDY A; 3UM1 A; 1BLX B; 3CVV A; 4JA9 A; 4WUY A; 4GTM A; 3Q9N C; 4G2V A; 1KLX A; 3U66 A; 3RRM C; 1D8D A; 3HDX A; 3T9K A; 1GG2 B; 4RG6 A; 3FU5 A; 4CT0 A; 1S64 A; 4YDW A; 2M63 A; 3MXX A; 3CIA A; 3IIY A; 1YR2 A; 4J0U A; 4IA9 A; 4BER A; 1S0P A; 3RFG A; 3PNL B; 3CGH A; 3V2O A; 3PXW D; 4FC8 A; 2NYJ A; 3VGZ A; 2A5U A; 4HOU A; 4AM9 A; 1NEX B; 3JB9 L; 4O9D A; 4N5C A; 4EQF A; 2LNI A; 4FLH A; 3VTY A; 3UIP C; 2FI7 A; 2RG8 A; 3CVU A; 2VDO A; 2EIB A; 5H17 A; 2X6J A; 1MDA H; 3KD7 A; 3JAM g; 3GFC A; 2AXZ A; 2J08 A; 1PY1 A; 4F1P A; 3VI3 A; 3OXL A; 3GW4 A; 4O1P A; 4EWR A; 4NSX A; 4A08 A; 4BX9 A; 2BKG A; 4A63 B; 3APC A; 4MRU A; 1OWM A; 1BPO A; 4UM8 A; 4G8K A; 2XE4 A; 3G2W A; 4GZC A; 2L6J A; 3PZD A; 4PS8 A; 1C9L A; 3ZDX A; 2QC5 A; 3NB2 A; 3DSW A; 4JW1 A; 2VZ3 A; 4APO A; 2I0S A; 2XEN A; 3QNK A; 4B93 B; 3EQ7 A; 4ERZ A; 1YMP A; 3AJI A; 3ABL E; 1E8M A; 5ANL A; 3PE4 A; 2H9L A; 1P22 A; 4GQ1 A; 2HXC A; 4EEC A; 1OLZ A; 3FRX A; 4FA1 D; 3KRX B; 3Q79 A; 4JC8 A; 2BKL A; 3V7D B; 2IEJ A; 2XPZ A; 1HXI A; 3HXB A; 5M5R A; 5KNH D; 1EYH A; 2AW6 A; 3AH8 B; 3HIZ A; 4EZJ A; 3J80 g; 2H9M A; 2QZP A; 3JPX A; 3ULQ A; 4O1Q D; 3AS8 A; 3FM0 A; 2BKK B; 4D6V A; 3ESL A; 3RRU A; 3NZS A; 4Y5R D; 2L0T B; 5EYP F; 4JSX C; 4GQ2 P; 3B7B A; 4JSV C; 3JYS A; 1JCQ A; 1IYG A; 5ARF A; 1JUQ A; 4X60 B; 3Q47 B; 3EHM A; 3L22 A; 3C72 A; 4ME2 A; 4ATZ D; 3CV0 A; 1MX4 A; 5H1M A; 4DX6 D; 4FA4 D; 3UM0 A; 4YDY A; 4BES A; 5JMN D; 4GU5 A; 3RKV A; 1TN7 A; 1TYQ G; 1MX2 A; 2I1K A; 4BTB A; 2GRR B; 2XEE A; 4Q94 A; 3AS4 A; 3JRP A; 2GC4 A; 4R7A B; 3IJ1 A; 5IGQ A; 5C2W B; 3E34 A; 5EML B; 1SW6 A; 4A0A B; 4IMM A; 2GW1 A; 2WXG A; 3DWL C; 5HI7 A; 3ASH A; 3TL5 A; 3FUD A; 4J8F A; 4KMO A; 1O1R A; 4TXR A; 4BET A; 2CN2 A; 1DCQ A; 5EMK B; 4ABN A; 3RN1 D; 1SVX A; 3ASN E; 3JQ0 A; 3DXK G; 4HFG A; 3AU5 A; 1JJU B; 4U96 D; 4HLL A; 3L16 A; 3Q49 B; 4MK0 B; 1B89 A; 5HQ8 A; 4E54 A; 2XYI A; 4I6G A; 3MMY A; 5CXB A; 1H2T C; 3CVL A; 4FHL A; 3QK0 A; 4NAA A; 4YVD A; 4RG9 A; 1U3C A; 2DZN A; 3PVW B; 1MX6 A; 3ZW3 A; 4O45 A; 3SD5 A; 4F7A A; 5I5J A; 5M61 A; 3PRZ A; 4NRH B; 5G04 C; 4LUN U; 1N94 A; 3L08 A; 5CBO A; 3UM3 A; 3OKT A; 1V54 E; 3FU3 A; 4HRL A; 4KZ0 A; 4V3I A; 2OVR B; 4N2Q A; 3L17 A; 2JLB A; 4NUR A; 3R9M A; 1R5M A; 1YFQ A; 1O1S A; 1Q2Z A; 4I9C A; 5CCM A; 4TV3 A; 3SVW D; 2ILR A; 4KVM A; 2HM8 A; 2Y69 E; 5TEE A; 3VI4 A; 4HRN A; 3FTU A; 4R7L A; 3B7S A; 4G1E A; 1K3I A; 1OCR E; 4CI1 A; 2C0L A; 1S4U X; 2PQR A; 4JPS A; 1NA0 A; 4I1M A; 1OCZ E; 3L4M D; 5EIL A; 3IUJ A; 3FTV A; 1S63 A; 3ONL A; 1LF8 A; 2O9K A; 3BEE A; 1TN6 A; 4B8C B; 4XI0 A; 1YYH A; 5BV1 A; 4ANV A; 3IUL A; 4LG8 A; 3SGH A; 4GM9 A; 5KJK A; 4PBZ A; 3GZS A; 1Q47 A; 5JJ7 A; 3CST A; 3S2A A; 2EQX A; 4ZOX A; 2ZIR A; 2LSU A; 3QI0 A; 2FF4 A; 4DX2 A; 4Q96 A; 3CHQ A; 3ZE0 A; 3JQ1 A; 1N0Q A; 1TYQ C; 2XS1 A; 4Z8L A; 4C9B B; 3FH8 A; 2ETA A; 1GP2 B; 2JAB A; 2CNX A; 3CVP A; 4J82 A; 4PH4 B; 1XKS A; 4B94 A; 4K5C A; 1OCC E; 4ERQ A; 4WNG A; 1MG2 A; 2UY1 B; 4TXQ A; 1G3N B; 3I4G A; 1TYE A; 5HYN B; 3SN6 B; 5M5U A; 1SHY B; 3CFV A; 4I43 A; 4EZL A; 1UG3 A; 1BI7 B; 4BCB A; 4U7E B; 2YNO A; 3LJN A; 3O4G A; 4L1Q D; 4N3C A; 3IUR A; 3ZKJ A; 1PEV A; 3W9G A; 4C0M A; 1IKN D; 3BWS A; 5T3R A; 3W9F A; 1B9Y A; 4J87 A; 2KCL A; 2YMU A; 2Y3A A; 3AU4 A; 2WVI A; 5G05 C; 4DRX E; 2VYI A; 5FKR A; 5IC7 A; 2P9S G; 1HH8 A; 5CER B; 4BT9 A; 4OVU A; 4G55 A; 2FBN A; 5CYK A; 3PZ2 A; 2CFU A; 3UKR G; 1MZC A; 4E5Z A; 3CQC B; 2Q7F A; 3KEA A; 3ZDZ A; 3AAA C; 3DST A; 5CMY A; 4I9E A; 3NVN A; 1H0A A; 4IUL A; 3UVK A; 3I7N A; 1UOQ A; 3MEK A; 3JZG A; 1TNO A; 3N0E A; 2MHK A; 3TWR A; 3I8C A; 2H6K A; 4PSX B; 1N95 A; 1JWG A; 1JTD B; 4G1M A; 5KCM A; 2KAT A; 2AJA A; 4K3J B; 3EIQ C; 4CC9 A; 4JSN C; 2V0P A; 4APF A; 3LEW A; 5E76 A; 2CO0 A; 3EDT B; 5KWD A; 5EX0 A; 4AJW A; 3SMR A; 5EDS A; 1FT1 A; 3WXX A; 4UI9 R; 4JL0 A; 1E8N A; 3K27 A; 2RKK A; 3ZE1 A; 2CE9 A; 1L5G A; 3SFX A; 3PVU B; 4JHR A; 3L9T A; 2HKM A; 5TDH B; 4CDM A; 3ASD A; 2NSZ A; 4JSP C; 5AJL A; 3RRN B; 1SZA A; 5EMJ B; 5AJA A; 5LCW C; 4ZOV A; 4UQZ A; 1K3Z D; 4CZV A; 3E33 A; 3RFH A; 3ULE G; 4QL1 A; 2XRZ A; 3I89 A; 5IJ8 E; 2YNP A; 1K8K C; 4CI3 A; 4C0E A; 2VDP A; 1EF1 C; 3ZNG A; 5H7P A; 4K0R A; 2QY7 A; 3APD A; 4UI9 J; 3UXG A; 3EI4 A; 3VH0 A; 4QQE A; 2H9P A; 3GC3 B; 2J56 H; 2XQ0 A; 5HE0 B; 2IY0 C; 4J73 A; 4IN3 B; 3K71 A; 4UWK A; 2A4Z A; 3FGB A; 3FTY A; 5IY5 E; 3Q5M A; 2KC7 A; 2KXP C; 2OOE A; 4IRZ A; 2XDW A; 3JUI A; 1N11 A; 4B8A A; 3ZWL B; 1KZO A; 4F6R D; 4ZFH A; 4HOS A; 3CK7 A; 2NXP A; 2YQ8 A; 4TRQ A; 3SF4 A; 3Q73 A; 4KBQ A; 3NBN B; 3UT4 A; 1QZ2 A; 1TNB A; 3MCX A; 3BU8 A; 2P9S C; 2HYZ A; 2WXH A; 5BW8 C; 3CKC A; 4WWN A; 4LGN A; 3ASF A; 4I1A A; 4AIF A; 2QXV A; 4UI9 K; 2R2L A; 4AEZ C; 5AMS A; 5G55 A; 4NBM A; 5CRV A; 2V5F A; 3TG5 A; 3F3G A; 5K19 A; 1N0R A; 4G56 B; 1QFS A; 1X81 A; 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