The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
98
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sequence length |
396
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structure length |
366
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Chain Sequence |
RVINEEYKIWKKNTPFLYDLVMTHALEWPSLTAQWLPDVTRPEGKDFSIHRLVLGTHTSDEQNHLVIASVQLPNKIEIEIKINHEGEVNRARYMPQNPCIIATKTPSSDVLVFDYTKHPSKPDPSGECNPDLRLRGHQKEGYGLSWNPNLSGHLLSASDDHTICLWDISAVPKEGKVVDAKTIFTGHTAVVEDVSWHLLHESLFGSVADDQKLMIWDTRSNNTSKPSHSVDAHTAEVNCLSFNPYSEFILATGSADKTVALWDLRNLKLKLHSFESHKDEIFQVQWSPHNETILASSGTDRRLNVWDLSKIGEEAEDGPPELLFIHGGHTAKISDFSWNPNEPWVICSVSEDNIMQVWQMAENIYN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis of Plant Homeodomain Finger 6 (PHF6) Recognition by the Retinoblastoma Binding Protein 4 (RBBP4) Component of the Nucleosome Remodeling and Deacetylase (NuRD) Complex
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PHD finger protein 6
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| molecule tags |
Gene regulation
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
98
|
| structure length |
366
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| sequence length |
396
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-08-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00400 | WD40 | WD domain, G-beta repeat |
| B | PF12265 | CAF1C_H4-bd | Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5EMJ B; 2H6Q A; 4EWR A; 3UVN A; 1L0Q A; 3AH8 B; 2CO0 A; 5FKS A; 4ZN4 A; 2Z2P A; 5IC7 A; 4L3G D; 2OJY A; 3ZWL B; 4FWW A; 5CXC B; 5CXC A; 3RRM C; 4PSX B; 4O1Q D; 3V7D B; 4CI3 A; 2P9U C; 2PM6 B; 3P4F A; 4I79 A; 5AFU 3; 4CC9 A; 4PXW A; 4J82 A; 2AGL A; 2IAA A; 4UI9 R; 3JPX A; 4LGN A; 2AGX A; 4IMM A; 3C9C A; 4L1Q D; 4GM3 A; 4FA4 D; 3DSM A; 4OZU A; 5HE3 B; 3IKO A; 4IA9 A; 3U4Y A; 3SJL D; 2I3S A; 1N6E A; 4QRJ A; 5SXM A; 3CFS B; 1OMW B; 5EAP A; 4CI8 A; 2PM9 B; 2QXV A; 2PM9 A; 1GXR A; 3NVX A; 3K27 A; 2TRC B; 2XL2 A; 1Q47 A; 5I5J A; 2H6N A; 4AEZ A; 2OIZ A; 3UVL A; 5FKQ A; 2IUQ A; 5K19 A; 4A08 B; 4A08 A; 5TDH B; 4J78 A; 2J57 G; 5KDO B; 5C2W B; 3AL9 A; 3ORV D; 3PSL A; 4E54 A; 1PEV A; 2OK6 A; 2P9S C; 4CY2 A; 3CIK B; 5IJ8 E; 3EMH A; 1B9Y A; 1MDA H; 2AQ5 A; 4U1E I; 4A7J A; 4CI1 A; 5H1M A; 3EWE A; 4H5I A; 3UKU C; 3N0E A; 5EAR A; 4XYI A; 4R7A B; 2MTA H; 3NVQ A; 2BBK H; 1QNI A; 4XYH A; 3SHF A; 5HYN B; 3MKQ A; 2Z2N A; 5IJ7 E; 4CY1 A; 3A0F A; 3I7K A; 5GXH A; 3JRO A; 4J8B A; 4FAV D; 5IGQ A; 1NEX B; 2AGY A; 4GGA A; 1PGU A; 4GMB A; 2CN2 A; 2EBS A; 4Y5R D; 3I8E A; 4J73 A; 2AGW A; 3CFV A; 4J77 A; 4GM9 A; 5GXI A; 2HXC A; 3VA6 A; 4FB1 D; 2XYI A; 5H17 A; 3PVU B; 3K26 A; 3NVN A; 2H68 A; 2CE9 A; 1NR0 A; 4J0W A; 1SHY B; 4X63 B; 4ZOV A; 3SCY A; 4ERZ A; 4JD2 C; 4FHL A; 2IUR A; 4O3T B; 1TYQ C; 2G9A A; 4ES0 A; 2H14 A; 3MMY A; 2H3X A; 5GSA A; 2W18 A; 2GC4 A; 4XEI C; 3JRP A; 4J81 A; 4JSX C; 4K3I D; 1K32 A; 4KFM B; 4GM8 A; 1JMZ B; 5FLX g; 3IIW A; 5EAM A; 4BH6 A; 5FQD A; 4A2M A; 3GFC A; 1R5M A; 4Z8L A; 3RN1 D; 3MZK A; 1MG2 A; 1JMX B; 2AH1 A; 3PXT D; 4A0A B; 4A0A A; 3UVM A; 4CZY A; 2GNQ A; 3I7H A; 3I89 A; 3GRE A; 1U2V C; 2YMU A; 4LG8 A; 4PBZ A; 5TF2 A; 2HKR A; 4O9D A; 4MK0 B; 5IGO A; 1JJU B; 5B4W A; 2I0T A; 4D0K A; 3I7L A; 1GP2 B; 5H14 A; 2PM7 B; 2H13 A; 1A0R B; 3V9F A; 3PE7 A; 4QQE A; 2YBA A; 3UR4 A; 3ODT A; 3EI2 B; 3EI2 A; 2IUV A; 3C5M A; 5TEF A; 3I8C A; 4ZOZ A; 2YB8 B; 3BWS A; 3IJ1 A; 2H9N A; 2Q7Q A; 2P9K C; 4JSN C; 4A2L A; 3J81 g; 3SBP A; 4H5J A; 1N6F A; 1B9X A; 3SBR A; 4JT5 C; 3RSE C; 2J55 H; 3EI1 B; 4AOW A; 4BL0 A; 3EI1 A; 4ESG A; 3OW8 A; 3JZH A; 4L3H D; 3OKW A; 3SVW D; 2B4E A; 3F3P A; 3JB9 L; 4ERY A; 1MG3 A; 4LG9 A; 4GQB B; 1P22 A; 4ZOY A; 4A09 B; 4A09 A; 3L4O D; 4J84 A; 3SWS D; 4PSW B; 5I5I A; 5HE0 B; 3N0D A; 4K3J B; 5THA A; 2Z2O A; 3MKS B; 3MZL A; 3V5W B; 3FM0 A; 3I7N A; 3DXM C; 3IJC A; 1XKS A; 4PBY A; 2HKM A; 4J8G A; 4E5Z B; 4E5Z A; 2UZY B; 4YVD A; 5HE2 B; 1GOT B; 4G56 B; 1XHM A; 2J56 H; 4JSV C; 3SBQ A; 4FAN D; 2YNN A; 2P9I C; 5HQG A; 2XU7 A; 4GGD A; 5FXY A; 4PC0 A; 4ERQ A; 2H9L A; 4JXM A; 3RMZ D; 2I3T A; 3PVW B; 3JZN A; 1ERJ A; 4CZV A; 3FRX A; 3KRW B; 4NSX A; 4CI2 A; 3F3F A; 5AMS A; 1VYH C; 4A11 B; 4A11 A; 4CZX A; 5EML B; 3OKT A; 4HDJ A; 2CN3 A; 3ULE C; 4J0X A; 5GMK n; 2OK4 A; 3RFH A; 3EU7 A; 5EAL A; 4FA9 D; 4O3U B; 4X61 B; 1YFQ A; 3DWL C; 1PBY B; 4FA1 D; 4JT6 C; 4TZ4 A; 3C99 A; 2O9K A; 4X3E A; 3B7F A; 3EG6 A; 2B5L A; 3BG1 A; 1JOF A; 4D6V A; 2IWK A; 3HFQ A; 3SLE D; 3EI4 B; 3EI4 A; 4GZ8 A; 3FGB A; 3PXS D; 1U4C A; 3OKY B; 3OKY A; 3PXW D; 2AH0 A; 5FA5 B; 4FA5 D; 2XL3 A; 5C9Z B; 1OLZ A; 2B5N A; 3SMR A; 5A2Q g; 2OVP B; 5FKT A; 3JZG A; 3I2N A; 2I0S A; 4JSP C; 5EM2 B; 2IUP A; 5EM2 A; 2B5M A; 2CNX A; 3AL8 B; 3AL8 A; 3JAM g; 5CXB B; 4O45 A; 5CXB A; 2GC7 A; 1PI6 A; 2P9N C; 4QT8 A; 4Y7R A; 3AFC A; 3IIY A; 3VGZ A; 3OTT A; 3UVK A; 3SFZ A; 3UVO A; 3BG0 A; 4GQ2 P; 5C2V B; 4E54 B; 2G99 A; 3RN0 D; 5EMM B; 2I0R A; 2HES X; 2HYE A; 1FWX A; 4CY3 A; 2H9M A; 2YNO A; 4GGC A; 4U7A A; 2BCJ B; 4N14 A; 5HE1 B; 5IT9 g; 3VH0 A; 3PSC B; 3UKR C; 3I7P A; 5I5M A; 3IJ0 A; 5AJA A; 2HJ4 A; 4OWR A; 5JWZ A; 2P9P C; 2CE8 A; 3SN6 B; 3L4M D; 3I7O A; 2OVR B; 4GQ1 A; 3DXK C; 2HJB A; 4ZOX A; 3RLM D; 2H47 A; 1TBG A; 2H6K A; 3DM0 A; 4BUJ C; 5TEE A; 3KRX B; 3MXX A; 1SQ9 A; 2CO0 C; 3SXT D; 2AGZ A; 4QL1 A; 2OVQ B; 1GG2 B; 2H9P A; 3E0C A; 4L9O A; 2QC5 A; 1RI6 A; 2IWF A; 5CYK B; 5CYK A; 5K1C C; 1SQJ A; 2P9L C; 5EMK B; 4J86 A; 4X60 B; 1S4U X; 4J79 A; 3OL2 B; 3OL2 A; 1XIP A; 2PBI B; 5FKR A; 3F3G A; 4CY5 A; 2YNP A; 4J87 A; 3EI3 B; 1N6D A; 3EI3 A; 1K8K C; 3J80 g; 3RFG A; 2UZX B; 4PNK B; 3C75 H; 3W15 A; 4A0B B; 4A0B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EMJ B; 2H6Q A; 4EWR A; 3UVN A; 1L0Q A; 4NBM A; 3AH8 B; 5C92 A; 2CO0 A; 5FKS A; 1L5G A; 4ZN4 A; 2Z2P A; 1E8N A; 5IC7 A; 4L3G D; 2OJY A; 3ZWL B; 3EQ8 A; 4FWW A; 5CXC B; 5CXC A; 3RRM C; 4PSX B; 4O1Q D; 3V7D B; 4CI3 A; 3QHY B; 4BP9 A; 3O4I A; 2P9U C; 3K6S A; 2PM6 B; 3P4F A; 4I79 A; 5AFU 3; 4CC9 A; 1YR2 A; 4PXW A; 4J82 A; 2AGL A; 2IAA A; 4IRZ A; 4UI9 R; 1K3I A; 3JPX A; 1QFS A; 4LGN A; 2AGX A; 3IUM A; 4IMM A; 1VE6 A; 3C9C A; 4L1Q D; 1UTC A; 4GM3 A; 4FA4 D; 4Z7O A; 3DSM A; 4OZU A; 5HE3 B; 3IKO A; 1E8M A; 4IA9 A; 3ZE1 A; 3U4Y A; 1I2M B; 3SJL D; 3V4V A; 4NEN A; 2I3S A; 1N6E A; 4QRJ A; 5SXM A; 3CFS B; 1OMW B; 5EAP A; 4CI8 A; 2XE4 A; 2PM9 B; 2QXV A; 2PM9 A; 4BP8 A; 1GXR A; 3NVX A; 3K27 A; 2TRC B; 2XL2 A; 1Q47 A; 1BPO A; 5I5J A; 2H6N A; 4AEZ A; 2OIZ A; 3UVL A; 5FKQ A; 2IUQ A; 3IUN A; 5K19 A; 2QZP A; 4A08 B; 4A08 A; 5TDH B; 5HDB A; 4J78 A; 2J57 G; 5KDO B; 5C2W B; 1UOO A; 3AL9 A; 3ORV D; 3ZDY A; 1TYE A; 3PSL A; 4E54 A; 1PEV A; 2OK6 A; 2VDN A; 2P9S C; 4CY2 A; 3CIK B; 5IJ8 E; 3EMH A; 1B9Y A; 1MDA H; 2AQ5 A; 4U1E I; 4A7J A; 1QFM A; 4CI1 A; 5H1M A; 3EWE A; 4BCC A; 4H5I A; 3MVD K; 3UKU C; 3N0E A; 5EAR A; 4XYI A; 1E5T A; 4R7A B; 2MTA H; 5FFG A; 3NVQ A; 2BBK H; 1QNI A; 4XYH A; 1O6G A; 3SHF A; 5HYN B; 3MKQ A; 2Z2N A; 5IJ7 E; 4AN1 A; 2EID A; 3EQ7 A; 4CY1 A; 3A0F A; 3I7K A; 5GXH A; 4BCB A; 3JRO A; 4J8B A; 3NID A; 4FAV D; 5IGQ A; 1NEX B; 1H2X A; 2AGY A; 3IJE A; 4GGA A; 1PGU A; 2VDO A; 4GMB A; 2CN2 A; 3GC3 B; 2EBS A; 1JV2 A; 4NC4 A; 4Y5R D; 3I8E A; 4J73 A; 2AGW A; 3CFV A; 4J77 A; 1VZ2 A; 4GM9 A; 3NIF A; 5GXI A; 4NAA A; 2HXC A; 3VA6 A; 4FB1 D; 2XYI A; 2WQ8 A; 1U8C A; 4DNU A; 4AX4 A; 4Z7N A; 5H17 A; 3PVU B; 5E6R A; 3K26 A; 3NVN A; 2H68 A; 2VDP A; 3MUN A; 5E6S A; 2CE9 A; 1NR0 A; 4J0W A; 1H2Y A; 1SHY B; 4X63 B; 4ZOV A; 3SCY A; 1C9I A; 4ERZ A; 2JKX A; 4JD2 C; 4FHL A; 2IUR A; 4O3T B; 1TYQ C; 2G9A A; 4ES0 A; 4JHP C; 3MMY A; 2H14 A; 2H3X A; 5GSA A; 2W18 A; 2GC4 A; 2VDL A; 4XEI C; 3ZDX A; 3JRP A; 4J81 A; 4JSX C; 3KCI A; 4K3I D; 1K32 A; 3ZDZ A; 4KFM B; 4RE6 A; 4GM8 A; 3K71 A; 1JMZ B; 5FLX g; 3IIW A; 5EAM A; 4BH6 A; 5FQD A; 4A2M A; 2VZ1 A; 3GFC A; 2HU8 A; 1R5M A; 4Z8L A; 3RN1 D; 3MZK A; 1MG2 A; 1JMX B; 2AH1 A; 3PXT D; 4DNW A; 4A0A B; 4A0A A; 3UVM A; 4O02 A; 4CZY A; 2GNQ A; 3I7H A; 5FFO A; 3I89 A; 3GRE A; 1U2V C; 2YMU A; 4LG8 A; 4PBZ A; 5E6U A; 4BCD A; 5TF2 A; 2HKR A; 4O9D A; 4MK0 B; 5IGO A; 1JJU B; 5B4W A; 2I0T A; 4D0K A; 3I7L A; 1GP2 B; 5M5V A; 5H14 A; 2PM7 B; 5M5T A; 2H13 A; 1A0R B; 4WJK A; 3V9F A; 3PE7 A; 4QQE A; 2YBA A; 3UR4 A; 3FCU A; 3ODT A; 3EI2 B; 3EI2 A; 2IUV A; 2HU5 A; 3C5M A; 5TEF A; 4G1M A; 3I8C A; 4DNV A; 4ZOZ A; 1M1X A; 2YB8 B; 3BWS A; 3IJ1 A; 2H9N A; 3ZE2 A; 2Q7Q A; 2EIE A; 2P9K C; 2EIB A; 4JSN C; 4A2L A; 3J81 g; 3SBP A; 3K72 A; 4H5J A; 1N6F A; 4G1E A; 4WK0 A; 1B9X A; 2VDK A; 3SBR A; 4JT5 C; 4UM9 A; 2HU7 A; 3RSE C; 2J55 H; 3EI1 B; 4AOW A; 4BL0 A; 3EI1 A; 4ESG A; 1UOP A; 3OW8 A; 3JZH A; 4L3H D; 3OKW A; 3SVW D; 2B4E A; 3F3P A; 5M61 A; 3JB9 L; 4ERY A; 1MG3 A; 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