The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
154
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sequence length |
1140
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structure length |
780
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Chain Sequence |
MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPKPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIETTALRPSASTQALSSSVSSSKLFEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQATADDLIKVVEELTRIH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Molecular Basis of Crl4(Ddb2/Csa) Ubiquitin Ligase Architecture, Targeting, and Activation
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein/dna
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1
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| total genus |
154
|
| structure length |
780
|
| sequence length |
1140
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-09-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03178 | CPSF_A | CPSF A subunit region |
| A | PF10433 | MMS1_N | Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase | ||
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 | Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3L4M D; 2G9A A; 2G99 A; 3F3P A; 4PNK B; 4FA4 D; 5A2Q g; 4J8B A; 4R7A B; 4PSX B; 1XIP A; 4ES0 A; 3EI4 A; 3JRO A; 3JB9 L; 4QT8 A; 3EI3 A; 4CC9 A; 3MKQ A; 3AL8 A; 3PE7 A; 1B9X A; 5EML B; 1PEV A; 5KDO B; 3C9C A; 3I89 A; 3BG1 A; 2AGX A; 3NVQ A; 4A08 B; 3DWL C; 3N0E A; 5HE2 B; 4AOW A; 3UVK A; 4GQB B; 4QL1 A; 2H68 A; 5C9Z B; 3I8E A; 4XYH A; 3SMR A; 4XEI C; 1N6E A; 4D0K A; 3RN0 D; 3OL2 B; 4EWR A; 4A0A B; 4GGD A; 2AGL A; 5H14 A; 3OTT A; 3L4O D; 5TF2 A; 3DXM C; 2GC7 A; 1YFQ A; 5FKQ A; 2IUV A; 4ESG A; 4ZN4 A; 2PM9 A; 4A09 A; 5I5I A; 2J55 H; 2HES X; 4TZ4 A; 5CXC B; 4J84 A; 4KFM B; 3EU7 A; 3JRP A; 3GRE A; 5CYK A; 5K1C C; 3RMZ D; 4CZY A; 5EM2 B; 2P9U C; 3I7K A; 4L3G D; 2AGZ A; 3ULE C; 4G56 B; 3J81 g; 2B5M A; 5TDH B; 1GP2 B; 3I7N A; 5GMK n; 4CI8 A; 4YVD A; 3IIW A; 4PBY A; 4U7A A; 4JT6 C; 4GQ2 P; 5HQG A; 4A7J A; 2HYE A; 2XL3 A; 2GNQ A; 4GQ1 A; 2AGW A; 5GSA A; 3E0C A; 1N6F A; 4QRJ A; 5IGQ A; 3C75 H; 2H9P A; 5IJ7 E; 1ERJ A; 2YBA A; 5HE0 B; 4LG9 A; 3EMH A; 5C2V B; 5FQD A; 3RFG A; 4J77 A; 2Z2N A; 2XYI A; 3IJ0 A; 4NSX A; 3V5W B; 5THA A; 3W15 A; 2QC5 A; 2H6N A; 2CE8 A; 4I79 A; 3JZN A; 3SBP A; 4JSN C; 3DSM A; 2IUQ A; 5HE1 B; 3HFQ A; 2YNO A; 1TBG A; 4LGN A; 4CI2 A; 4FHL A; 4GZ8 A; 5CYK B; 4Z8L A; 4BH6 A; 3EI1 A; 3I8C A; 3K26 A; 3SHF A; 4QQE A; 5IJ8 E; 2H9M A; 5I5M A; 2AGY A; 3MKS B; 3MMY A; 3V9F A; 4J0W A; 2OK4 A; 1R5M A; 1Q47 A; 3OKW A; 2H3X A; 1PI6 A; 3F3F A; 4A11 B; 1GXR A; 2AH0 A; 3I2N A; 2H14 A; 3JZH A; 1NR0 A; 3BWS A; 5I5J A; 3SVW D; 1SHY B; 4E54 A; 2B4E A; 2PM7 B; 4FA1 D; 2OVQ B; 2IAA A; 3I7P A; 4J79 A; 3A0F A; 2HXC A; 3MZK A; 4JT5 C; 4ERQ A; 3C99 A; 1VYH C; 3FRX A; 5B4W A; 3PXW D; 4FA9 D; 4L1Q D; 2BBK H; 4E5Z A; 2HKR A; 3CFS B; 3NVN A; 2H6Q A; 3SN6 B; 2CE9 A; 3JZG A; 5TEF A; 3PSL A; 3IJC A; 2CO0 A; 4PXW A; 5SXM A; 3SFZ A; 4BL0 A; 3EI2 A; 2UZX B; 2CN3 A; 3SLE D; 5AFU 3; 3I7O A; 5H1M A; 4CY1 A; 4H5I A; 1XHM A; 3SXT D; 4FAN D; 3AH8 B; 5EAR A; 3C5M A; 2B5N A; 5CXB A; 2HJB A; 5EAM A; 3SBR A; 1SQ9 A; 2IUP A; 3EI4 B; 2BCJ B; 2AH1 A; 2Z2O A; 3EI3 B; 4JSP C; 4J78 A; 1OLZ A; 2H13 A; 3B7F A; 3AL8 B; 2I0T A; 3IJ1 A; 5EMJ B; 1MDA H; 4LG8 A; 4X63 B; 4N14 A; 1FWX A; 2HKM A; 4GM3 A; 4A0B A; 1NEX B; 2IWF A; 4X3E A; 2Z2P A; 4K3J B; 1S4U X; 4AEZ A; 4J82 A; 3JAM g; 3ODT A; 5C2W B; 5HYN B; 3UR4 A; 2QXV A; 4GM9 A; 1QNI A; 5IGO A; 5EAL A; 4GGC A; 4J73 A; 2P9S C; 2XL2 A; 1K32 A; 4O3T B; 3NVX A; 4O1Q D; 1PGU A; 3UKR C; 4K3I D; 4IMM A; 2H9L A; 2P9K C; 4CZV A; 3BG0 A; 3SJL D; 2I0S A; 2PM9 B; 4A09 B; 2P9N C; 5JWZ A; 3OKY A; 3CIK B; 2IWK A; 5GXH A; 3OKT A; 2XU7 A; 1GOT B; 4J86 A; 3UKU C; 4ZOV A; 4HDJ A; 5AJA A; 2B5L A; 5IT9 g; 4JSV C; 2YNN A; 4FAV D; 3EWE A; 3KRW B; 5IC7 A; 2YB8 B; 1P22 A; 4GM8 A; 5EMK B; 1OMW B; 2H9N A; 3I7H A; 3SBQ A; 4O3U B; 4ERY A; 4GMB A; 5HE3 B; 1B9Y A; 3PXT D; 2OJY A; 4CY3 A; 2CO0 C; 3AFC A; 2OIZ A; 3I7L A; 4GGA A; 1U2V C; 5FLX g; 4L3H D; 2MTA H; 5K19 A; 1N6D A; 4Y7R A; 3OL2 A; 3MXX A; 3OW8 A; 2W18 A; 3UVO A; 4A0A A; 5FKT A; 3ORV D; 4J87 A; 4Y5R D; 2P9P C; 3UVM A; 4J8G A; 3U4Y A; 3PXS D; 3RLM D; 3SWS D; 5CXC A; 2H47 A; 2TRC B; 1JMX B; 5EM2 A; 4U1E I; 2PM6 B; 3J80 g; 3DXK C; 4JXM A; 3OKY B; 4J81 A; 4CY5 A; 1PBY B; 4A2L A; 3VH0 A; 1MG2 A; 3EI1 B; 3JPX A; 5TEE A; 2I3T A; 2HJ4 A; 4FWW A; 2OVP B; 3UVL A; 4D6V A; 3RSE C; 4X61 B; 1SQJ A; 1RI6 A; 2OVR B; 3RRM C; 3P4F A; 4E54 B; 3PVW B; 1XKS A; 4XYI A; 4CI1 A; 4A2M A; 3IIY A; 3FM0 A; 4ZOZ A; 3V7D B; 4FB1 D; 4OZU A; 5GXI A; 3RN1 D; 2YMU A; 4O9D A; 5EMM B; 4UI9 R; 4PSW B; 2J57 G; 4E5Z B; 4CI3 A; 1GG2 B; 2GC4 A; 4OWR A; 4ERZ A; 3IKO A; 3PSC B; 3PVU B; 5FA5 B; 2UZY B; 4JD2 C; 2PBI B; 3VGZ A; 3ZWL B; 4O45 A; 3RFH A; 3CFV A; 2YNP A; 5AMS A; 3K27 A; 2IUR A; 2P9L C; 1A0R B; 3MZL A; 1MG3 A; 4H5J A; 5FKR A; 4L9O A; 3DM0 A; 1JOF A; 5EAP A; 3EI2 B; 3F3G A; 5H17 A; 4A11 A; 1JJU B; 1L0Q A; 2OK6 A; 4FA5 D; 1K8K C; 1TYQ C; 2CNX A; 1JMZ B; 3FGB A; 4ZOY A; 1U4C A; 4X60 B; 3N0D A; 5CXB B; 2O9K A; 4CY2 A; 2J56 H; 4PBZ A; 3EG6 A; 3GFC A; 2CN2 A; 5FKS A; 4J0X A; 4ZOX A; 4A08 A; 2EBS A; 2P9I C; 4JSX C; 2AQ5 A; 4A0B B; 4MK0 B; 2I3S A; 2Q7Q A; 3SCY A; 3UVN A; 2H6K A; 3VA6 A; 2I0R A; 4CZX A; 3AL9 A; 5FXY A; 4PC0 A; 3KRX B; 4IA9 A; 4BUJ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L4M D; 2G9A A; 2G99 A; 3F3P A; 4PNK B; 4FA4 D; 3FCU A; 5A2Q g; 4J8B A; 4R7A B; 5FFG A; 2VDQ A; 4PSX B; 1XIP A; 4ES0 A; 5E6R A; 3EI4 A; 3JRO A; 5HDB A; 3JB9 L; 4QT8 A; 3EI3 A; 4BP8 A; 4CC9 A; 3ZUP A; 3MKQ A; 3AL8 A; 2ZZE A; 3PE7 A; 1B9X A; 5EML B; 5M5T A; 2ZOS A; 1PEV A; 3ZDY A; 5KDO B; 3C9C A; 3I89 A; 3BG1 A; 3RFN A; 2AGX A; 3NVQ A; 4A08 B; 3DWL C; 3N0E A; 5HE2 B; 4O2W A; 4AOW A; 3UVK A; 4GQB B; 4QL1 A; 2H68 A; 5C9Z B; 1VE7 A; 3I8E A; 2ZTG A; 4XYH A; 3SMR A; 4XEI C; 1N6E A; 2BKL A; 4D0K A; 3RN0 D; 3OL2 B; 1WXO A; 4JHP C; 4EWR A; 4A0A B; 4GGD A; 2AGL A; 5H14 A; 3EQ9 A; 3L4O D; 3OTT A; 3DXM C; 5TF2 A; 2GC7 A; 1YFQ A; 5FKQ A; 4WK0 A; 2IUV A; 4ESG A; 4ZN4 A; 2QZP A; 2PM9 A; 4A09 A; 3ZE1 A; 4G1E A; 5I5I A; 2J55 H; 2HES X; 2VDP A; 3OF7 A; 1JV2 A; 4TZ4 A; 5CXC B; 4J84 A; 4KFM B; 3EU7 A; 3JRP A; 3GRE A; 5CYK A; 5K1C C; 3RMZ D; 4CZY A; 5EM2 B; 2P9U C; 3I7K A; 4L3G D; 2AGZ A; 3ULE C; 4G56 B; 3J81 g; 1H2X A; 2B5M A; 5TDH B; 4WJK A; 5M5S A; 1GP2 B; 3I7N A; 5GMK n; 4ARF A; 4CI8 A; 4YVD A; 3IIW A; 4PBY A; 4U7A A; 4JT6 C; 4GQ2 P; 4O02 A; 5HQG A; 4A7J A; 1TKY A; 2HYE A; 2XL3 A; 4RE5 A; 2GNQ A; 4GQ1 A; 2AGW A; 3K71 A; 5GSA A; 3E0C A; 1N6F A; 4QRJ A; 5IGQ A; 3C75 H; 2EIB A; 3VI4 A; 2E1B A; 2JKX A; 2H9P A; 1NYQ A; 3ZU6 A; 3O4J A; 5IJ7 E; 1ERJ A; 2YBA A; 4DNU A; 5HE0 B; 4LG9 A; 3EMH A; 5C2V B; 5FQD A; 3RFG A; 4J77 A; 4BCC A; 2Z2N A; 1JTD B; 2XYI A; 3IJ0 A; 3ZE2 A; 5M5R A; 4AN0 A; 2VZ1 A; 4NSX A; 3V5W B; 5THA A; 4BCB A; 4NEN A; 3W15 A; 2QC5 A; 2H6N A; 3IUN A; 2CE8 A; 3IJE A; 3IVM A; 4I79 A; 1V7O A; 1GOH A; 3JZN A; 3SBP A; 4JSN C; 3DSM A; 2IUQ A; 5HE1 B; 4ARE A; 3HFQ A; 1H2Y A; 2YNO A; 1TBG A; 4LGN A; 4CI2 A; 4FHL A; 4GZ8 A; 5CYK B; 4Z8L A; 4BH6 A; 3EI1 A; 3I8C A; 3K26 A; 3O4H A; 3SHF A; 4QQE A; 5IJ8 E; 2H9M A; 5I5M A; 1QFS A; 2AGY A; 3MKS B; 3MMY A; 3V9F A; 4J0W A; 2OK4 A; 1E8M A; 1Q47 A; 1R5M A; 3OKW A; 2H3X A; 1PI6 A; 2VDL A; 3F3F A; 4NAA A; 4A11 B; 1GXR A; 2AH0 A; 3I2N A; 2H14 A; 3JZH A; 1NR0 A; 3BWS A; 2XE4 A; 5I5J A; 1SHY B; 3SVW D; 4E54 A; 2B4E A; 1TKG A; 2PM7 B; 4FA1 D; 2OVQ B; 2IAA A; 3I7P A; 4J79 A; 3A0F A; 2HXC A; 3MZK A; 3NIF A; 4JT5 C; 4ERQ A; 2EIC A; 3C99 A; 1VYH C; 3FRX A; 5B4W A; 2Y50 A; 3PXW D; 4FA9 D; 1TJE A; 4L1Q D; 2VDN A; 2BBK H; 4E5Z A; 2HKR A; 1TKE A; 3ZW7 A; 1GOF A; 3CFS B; 4MMY A; 1QF6 A; 3NVN A; 2H6Q A; 5C92 A; 3SN6 B; 2CE9 A; 4JHN A; 2ZZF A; 4UM8 A; 3JZG A; 1U8C A; 5TEF A; 3PSL A; 3IJC A; 2CO0 A; 4NC4 A; 4PXW A; 5SXM A; 1UOP A; 3SFZ A; 4BL0 A; 3EI2 A; 2UZX B; 2CN3 A; 3SLE D; 5AFU 3; 3EQ8 A; 4WK4 A; 3I7O A; 5H1M A; 3VI3 A; 4CY1 A; 5E6U A; 4H5I A; 4Z7N A; 1XHM A; 3SXT D; 4FAN D; 3AH8 B; 1H2Z A; 5EAR A; 2HU5 A; 3C5M A; 3QHY B; 5M61 A; 2IUT A; 2B5N A; 3MVD K; 5CXB A; 2HJB A; 5EAM A; 3SBR A; 4AR1 A; 1SQ9 A; 2IUP A; 3IUQ A; 3EI4 B; 4MMX A; 4AN1 A; 2BCJ B; 2AH1 A; 1V4P A; 2Z2O A; 4L1M A; 3EI3 B; 3K6S A; 4JSP C; 2VC2 A; 1OLZ A; 4J78 A; 2H13 A; 3B7F A; 3AL8 B; 2I0T A; 3IJ1 A; 1I2M B; 5EMJ B; 1MDA H; 4LG8 A; 4X63 B; 4N14 A; 1FWX A; 1BPO A; 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4G55 A; 4Y7R A; 3OL2 A; 3MXX A; 3OW8 A; 2W18 A; 1M1X A; 3UVO A; 4A0A A; 5FKT A; 3V4P A; 4G1M A; 5M5U A; 1K3I A; 3ORV D; 4J87 A; 4Y5R D; 2P9P C; 3UVM A; 4J8G A; 3U4Y A; 2IUS A; 3PXS D; 3RLM D; 1TYE A; 2HU7 A; 5CXC A; 3SWS D; 2H47 A; 2TRC B; 1E5T A; 1JMX B; 5EM2 A; 4U1E I; 2PM6 B; 3J80 g; 3DXK C; 4JXM A; 1A12 A; 4MMZ A; 3OKY B; 4J81 A; 4CY5 A; 3O4I A; 1PBY B; 4A2L A; 3VH0 A; 1MG2 A; 1C9I A; 2WQ8 A; 1L5G A; 5C86 A; 4AR9 A; 3EI1 B; 3ZDZ A; 3JPX A; 5TEE A; 2I3T A; 3NIG A; 2HJ4 A; 4FWW A; 2VDM A; 2OVP B; 3UVL A; 4D6V A; 1NYR A; 4AR8 A; 3RSE C; 4X61 B; 1SQJ A; 1RI6 A; 2OVR B; 3MUN A; 3RRM C; 2Y6I A; 3ZTY A; 3P4F A; 4E54 B; 3PVW B; 1XKS A; 4XYI A; 2XZG A; 4CI1 A; 3IUM A; 4A2M A; 3IIY A; 3FM0 A; 4ZOZ A; 3V7D B; 4FB1 D; 4OZU A; 4NBM A; 5GXI A; 3RN1 D; 2YMU A; 4O9D A; 4Z7O A; 5EMM B; 4UI9 R; 4PSW B; 2J57 G; 4E5Z B; 2EIE A; 4CI3 A; 1GG2 B; 2GC4 A; 2VDK A; 4OWR A; 3NID A; 4ERZ A; 4AMZ A; 3IKO A; 3PSC B; 3PVU B; 5FA5 B; 2UZY B; 2PBI B; 4JD2 C; 3VGZ A; 3ZWL B; 4O45 A; 3RFH A; 3CFV A; 2YNP A; 3T3P A; 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