The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
216
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structure length |
216
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Chain Sequence |
MINMTRKLYYEDAYLKEAKGRVLEIRDNAILLDQTIFYPTGGGQPHDRGTINGVEVLDVYKDEEGNVWHVVKEPEKFKVGDEVELKIDWDYRYKLMRIHTGLHLLEHVLNEVLGEGNWQLVGSGMSVEKGRYDIAYPENLNKYKEQIISLFNKYVDEGGEVKIWWEGDRRYTQIRDFEVIPCGGTHVKDIKEIGHIKKLKRSSIGRGKQRLEMWLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the AlaX-M trans-editing enzyme from Pyrococcus horikoshii
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
216aa long hypothetical alanyl-tRNA synthetase
|
| molecule tags |
Ligase, hydrolase
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
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| total genus |
45
|
| structure length |
216
|
| sequence length |
216
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| ec nomenclature |
ec
3.1.1.29: Aminoacyl-tRNA hydrolase. |
| pdb deposition date | 2006-10-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01411 | tRNA-synt_2c | tRNA synthetases class II (A) |
| A | PF07973 | tRNA_SAD | Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 | Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WXO A; 2ZZG A; 1WNU A; 3RHU A; 2ZZE A; 1TKY A; 1NYQ A; 1TJE A; 2ZTG A; 1V4P A; 3RFN A; 2ZZF A; 1NYR A; 3KEW A; 2E1B A; 1QF6 A; 1TKG A; 1TKE A; 3WQZ A; 1V7O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CP8 A; 1U2R A; 1W87 A; 2BV3 A; 2GJP A; 3CC4 B; 3B78 A; 4P12 A; 2ZXH A; 2X6X A; 1YIT B; 4A0B A; 2C4T A; 2EFG A; 5CDF A; 3RHU A; 1NRK A; 3GVK A; 4UZF A; 3QFS A; 3OKX A; 4DK0 A; 1J9Z A; 2YWH A; 4LC0 A; 4B4D A; 2Q6I A; 3OEH A; 5THX A; 2I1L A; 2X8K A; 2B7C A; 3CPX A; 5DS0 A; 1N05 A; 3CC7 B; 3P26 A; 1E3X A; 2W6J A; 2BGJ A; 2XZO A; 3CMM A; 1FX0 A; 4RDJ A; 2AHO A; 3OE7 A; 4AVZ A; 3ZZT A; 3ZX4 A; 4AR1 A; 4OOX A; 1DG1 G; 2HDN B; 1VQ8 B; 2WR8 A; 1S0U A; 3I7L A; 2QE7 A; 3BNW A; 4ASU A; 1A8P A; 3R6K A; 3H94 A; 3OP1 A; 4XOT A; 3W2H A; 2YWG A; 2Q6O A; 5KSW B; 1DAR A; 3CCR B; 3Q6Q A; 2C5H A; 4X7F A; 1DDI A; 2KVO A; 3W5H A; 2E1R A; 4C43 A; 3A8I A; 1OB0 A; 3BC9 A; 5A8A A; 2QTL A; 1EFR A; 4KKT A; 3BY1 A; 2F1M A; 3BY2 A; 4J0Q A; 1I18 A; 2NV4 A; 2VBV A; 4A09 A; 3KL9 A; 4X05 A; 1W2B B; 3Q39 A; 4TMW A; 2ZL5 A; 2ZL7 A; 3I55 B; 1R5B A; 2X53 S; 1PJ7 A; 1K28 D; 2R6H A; 3PUN A; 2ZBU A; 1QH0 A; 2BM1 A; 2VJI A; 2ZBV A; 3PUM A; 5DSZ A; 2VJJ A; 2X6Y A; 2EIX A; 3VNU A; 4Z4Y A; 4ROX A; 5BSX A; 1KZL A; 2CC2 A; 3PEN A; 4B47 A; 2OTJ B; 1FNC A; 1SKQ A; 2BSA A; 1H85 A; 4X0C A; 4P6Y A; 3WYA A; 3EI2 A; 4Z4W A; 1YX2 A; 5HZA A; 2IUU A; 3RFN A; 1UD5 A; 3OFN A; 1GJR A; 3V76 A; 2V7X A; 4XLF A; 4XR6 A; 2GPJ A; 2Z6B D; 1E1R A; 3G05 A; 2ZTN A; 1M1K D; 2XEX A; 1E1Q A; 4ZCM A; 3OEE A; 4JMQ A; 3WQZ A; 3ZW7 A; 3OPO A; 4LBV A; 4QHY A; 3PA2 A; 3VNV A; 1RQP A; 2JDI A; 4RLZ A; 4UAJ A; 3ZIA A; 3ZTY A; 1WU8 A; 3VR6 A; 4ZV4 A; 1BMF A; 5HKK A; 4RD1 A; 5JBQ A; 4RDK A; 4TT3 A; 5HZB A; 2BPO A; 4XN3 A; 2FVG A; 4C0S A; 1CNE A; 3VO1 A; 1F20 A; 3U6K A; 1W0J A; 2WZN A; 2GQF A; 2JIZ A; 1V4P A; 3RY8 A; 3PA1 A; 4F7D A; 1FRQ A; 1YJ9 B; 4A08 A; 3OZU A; 4P9S A; 1E3Z A; 1JA1 A; 1WDT A; 2D3N A; 1KK3 A; 4II2 A; 3AVW A; 4YAO A; 1VJS A; 2CK3 A; 4YEJ A; 1KK2 A; 4EH1 A; 5FL7 A; 4B3G A; 4TZ4 A; 3ES9 A; 2C5B A; 3BCF A; 4M53 A; 4RPB A; 5KNL A; 3LQ6 A; 1EP2 B; 1CNF A; 1I8D A; 4XLH A; 2C78 A; 1QGZ A; 1D1N A; 2PE3 A; 2WPD A; 4G7W A; 3JU4 A; 5TY0 A; 4FWT A; 2LZJ A; 4H9G A; 1FND A; 2D74 A; 1NYQ A; 2W6I A; 3AVV A; 2YWE A; 3ZTW A; 2X0K A; 1B2R A; 4XOP A; 4TMV A; 1VQK B; 4OPV A; 1JJ2 B; 5FQD A; 1JNY A; 2OK8 A; 4P1V A; 3CB4 A; 1D2E A; 1K9M D; 4M1K A; 1YIJ B; 3ZBU A; 1N07 A; 1HVX A; 2GK6 A; 4PAA A; 4RCZ A; 1XVI A; 1N0U A; 4E0F A; 1OGJ A; 4WZE A; 4Q7J B; 3T53 B; 4XQF A; 1AMO A; 3ZBT A; 1QG0 A; 1Q86 D; 3I7P A; 1QUF A; 4XN0 A; 3OOC A; 4RD3 A; 2QMU A; 1TTT A; 1PJ5 A; 3GVJ A; 3OAA A; 3PVD A; 3VMF A; 3CCL B; 2ZZE A; 4CI1 A; 2F1L A; 1VQ5 B; 1ZM2 A; 5FIU A; 5EMN A; 4YAF A; 2DOG A; 1DDG A; 4QUZ A; 2JN9 A; 1QVG B; 4DK1 A; 1W35 A; 4QVJ A; 4CI3 A; 1EP1 B; 2PLF A; 4B44 A; 3ZZ0 A; 2XOK A; 1GO2 A; 3SJZ A; 2QA4 B; 2OBR A; 2VBT A; 1N06 A; 1KMH A; 1Q82 D; 1W9X A; 3P27 A; 3OW2 B; 4PC7 A; 1NDH A; 4P3Y A; 1TKG A; 4UZE A; 1HZE A; 1M90 D; 4ZCI A; 4RDL A; 2BF4 A; 2VZL A; 1NBM A; 3NE5 B; 4Z4Z A; 2DET A; 2R9V A; 5TV2 A; 1KRH A; 4P6V F; 4WZL A; 1WSR A; 2ZZG A; 2XZL A; 3LQE A; 2GRE A; 4MYU A; 1IJF A; 5J3O A; 4WQM A; 2BM0 A; 2HCJ B; 1TJE A; 2ZTG A; 2CW5 A; 2XNC A; 1N0V C; 1QFY A; 1E43 A; 1FDR A; 1YJN B; 3GIR A; 3MMP A; 5GV7 A; 2V7U A; 1XB2 A; 2BGI A; 2OK7 A; 2GJR A; 5IYR A; 3G4S B; 3SLN A; 4B3X A; 1WPC A; 2PIA A; 5IYN A; 1VQP B; 3I7K A; 2PMD A; 3SKB A; 3I1F A; 2DER A; 1VQM B; 2OBS A; 1V0F A; 3OJW A; 3CW2 A; 4PAB A; 5GV8 A; 2JJ2 A; 5DN6 A; 5A88 A; 3QFC A; 4UZU A; 1WXO A; 3T51 B; 3W2I A; 1WOO A; 5F4O A; 2DIE A; 4TMZ A; 1BPL A; 2V7V A; 3ISX A; 3AVT A; 2C4U A; 4G6I A; 1WOS A; 1EFU A; 4XD7 A; 1CQX A; 4OPS A; 1EP3 B; 3ZZU A; 3CRZ A; 2B5L A; 1N08 A; 3W2E A; 3U6B A; 2OBT A; 4NCN A; 1WSV A; 3A1P A; 1ZM3 A; 1IJE A; 4AF6 A; 2B5M A; 1E64 A; 2X6W A; 2XNJ A; 3KEW A; 2CF4 A; 4CQJ A; 4NNJ A; 2C77 A; 3ASP A; 1ZUN B; 4WZT A; 1YJW B; 4PGO A; 1JA0 A; 2BMW A; 3WY9 A; 3GVL A; 3QFT A; 3ASS A; 1QGY A; 4XKV A; 5J35 A; 1ELO A; 1BX1 A; 3OZW A; 3CMA B; 3G71 B; 3I7N A; 4P22 A; 1IHM A; 4LBW A; 3CTA A; 3E0C A; 5FO0 A; 1H8H A; 4B3F X; 3GSI A; 4HIZ A; 3CCM B; 1QFJ A; 4RPD A; 3SJP A; 1FRN A; 1BJK A; 1S4M A; 1UD3 A; 3ONU A; 1G7T A; 2V31 A; 3Q6R A; 4MYT A; 5TR9 A; 2WJV A; 2ZZF A; 4Z4V A; 3MHP A; 1WZC A; 3I7H A; 2V7W A; 3CP2 A; 4P2N A; 3U2Q A; 3CXC B; 4DQK A; 5BSY A; 2E1B A; 1UMK A; 1Q7Y D; 1EFT A; 3WBK A; 3ZUG A; 1VQ7 B; 4Z4T A; 1QF6 A; 3LVB A; 3W2F A; 4GQN A; 2P3M A; 3AGP A; 4G1B A; 4B43 A; 2QGG A; 3ONY A; 4FXU A; 1K73 D; 5HXB A; 1BX0 A; 4X7C A; 4RD4 A; 5FO1 A; 3JQQ A; 4LBZ A; 1VF7 A; 1NB9 A; 3ZWK A; 3HAG A; 1E62 A; 1VLO A; 1MRZ A; 3B82 A; 3SLD A; 4Y9U A; 2QDX A; 3OZV A; 1NB0 A; 5E6T A; 3W5V A; 1P4M A; 1KD1 D; 1W0K A; 4Y9R A; 2CBX A; 5B6I A; 4FN5 A; 4XLC A; 4ACA A; 1VLY A; 4Z4S A; 5F4J A; 3ZPN A; 1QGA A; 2DYI A; 5TRD A; 1QVF B; 3FJO A; 5A89 A; 1MAB A; 1TUI A; 1XQB A; 2HMA A; 4YAW A; 1H42 A; 1EWY A; 2IUT A; 3V7A A; 5LMZ A; 4M4S A; 4P25 A; 2F4N A; 4XOR A; 3VO2 A; 4M0L A; 1EFC A; 2DEU A; 1ZM4 A; 3QSY A; 2VNI A; 2BVN A; 4E5Z A; 4RM0 A; 5F4M A; 4R71 A; 2OTL B; 1FNB A; 4B48 A; 1GAQ A; 1H8E A; 3CME B; 3AVY A; 2Q6K A; 2JJ1 A; 3W5U A; 4A11 A; 1Q81 D; 1FNM A; 3FKS A; 2GK7 A; 1VHO A; 4A0A A; 4G1V A; 1QUE A; 1WOP A; 3R6J A; 3AST A; 1TKY A; 1QX4 A; 1F60 A; 1HA3 A; 1XE1 A; 4OP7 A; 3I56 B; 2FX3 A; 4PC6 A; 3CCJ B; 3CCQ B; 3CCS B; 1VQN B; 2V7Q A; 4DNR B; 2F43 A; 1V0E A; 1UD2 A; 3AVX A; 2DY1 A; 3I8E A; 3CCU B; 2Y50 A; 2XND A; 1KQS B; 1COW A; 3T56 B; 2ZXI A; 1KK1 A; 4PC3 A; 1PJ6 A; 3LO8 A; 4LBY A; 4WZK A; 1VQ9 B; 1T6Z A; 1VQO B; 4NBS A; 2DCU A; 4ARE A; 1V5V A; 2VBS A; 3WXM A; 2Q6L A; 2VNK A; 1WNU A; 2VYQ A; 1G7R A; 3A3G A; 1UD6 A; 2GJK A; 4XNF A; 4AR9 A; 5AN9 A; 4TKO B; 4L8J A; 2M5S A; 4PC1 A; 3OW7 A; 1NYR A; 3MCA A; 3FPK A; 4IW3 B; 4PC2 A; 4FK8 A; 2D3L A; 3ASR A; 1RQR A; 2VBU A; 1G7C A; 4TMT A; 4XON A; 1YLO A; 1VHE A; 1BQE A; 1TVC A; 1I7P A; 1IB0 A; 3CCV B; 2D9R A; 3WND A; 2V7T A; 1KJZ A; 4P26 A; 2HLD A; 1WP6 A; 1QFZ A; 2B7B A; 3E1Y E; 5IYQ A; 4AR8 A; 1ZM9 A; 2IUS A; 4X7D A; 2ZZQ A; 4YHB A; 3A8J A; 4Z4U A; 4XMY A; 3EI1 A; 3BH4 A; 4N3N A; 2WZP P; 1OB2 A; 5IYW A; 3OJX A; 3D26 A; 3H9N A; 1E79 A; 4OOS A; 4X07 A; 1OGI A; 1W34 A; 4KKU A; 1GR1 A; 4RJL A; 1T6X A; 3A8K A; 3WBJ A; 1OB5 A; 4AC9 A; 4X06 A; 4OOV A; 3DDY A; 4Y7C A; 1KTV A; 1UD8 A; 3CES A; 1KC8 D; 3ASQ A; 4XM3 A; 2VNJ A; 1T5E A; 4ZGN B; 2QTZ A; 1TKE A; 3CD6 B; 3G6E B; 4XLA A; 1GAW A; 3CPW B; 2V4D A; 2XGJ A; 4DNT B; 3J81 k; 2BN4 A; 2WYR A; 2ZL6 A; 4TMX A; 2X85 A; 1PKV A; 1N8R D; 1SKY B; 1D8T A; 5L46 A; 4X7E A; 4QFM A; 1VQL B; 4HE5 A; 4DQL A; 4RD6 A; 3AGQ A; 4K1X A; 4ZGQ B; 1BLI A; 1WTH D; 2J7K A; 2CND A; 4RD2 A; 2X3U A; 4HE6 A; 3Q3A A; 4AF7 A; 4XLE A; 3I89 A; 4E54 A; 1R5O A; 3JQR A; 1NJI D; 1UD4 A; 5IYP A; 3CC2 B; 3A35 A; 3QE2 A; 4G7X A; 1Q9S A; 1XFO A; 3SEJ A; 4WWV A; 1Y0R A; 3ZUP A; 4P3I A; 3BQJ A; 1JB9 A; 3I8C A; 1OHH A; 1AIP A; 5KW9 A; 3WNC A; 3Q38 A; 4ARF A; 4XL9 A; 3EI3 A; 3WNB A; 2VNH A; 3ZWD A; 2HYE A; 3QFR A; 4TSF A; 4Z4R A; 3JQP A; 3LNN A; 1B23 P; 1VQ4 B; 1EXM A; 1WOR A; 3CCE B; 1R5N A; 4BPR A; 5H5J A; 4YAL A; 5FNZ A; 4II3 A; 2ZOS A; 3GQB A; 4ACB A; 2QEX B; 4G5G A; 2WJY A; 1KK0 A; 2OYN A; 4X8I A; 4YEL A; 3I7O A; 2XZP A; 2NPF A; 2Y3U A; 1YHQ B; 1TLL A; 5H59 A; 1YI2 B; 1Y0Y A; 4QV2 A; 1E63 A; 3ZC3 A; 4ZCL A; 3EI4 A; 5IK2 A; 4YAU A; 3ZX5 A; 2WSS A; 4RCY A; 4N3G A; 4TN1 A; 4KKS A; 2ZIT A; 4CI2 A; 2CRV A; 1GVH A; 2B5O A; 3W2G A; 3FPP A; 1K8A D; 3B8H A; 3A3B A; 4OPO A; 4RD0 A; 4QVA A; 5FA6 A; 3AVU A; 2YWF A; 4XKW A; 1VQ6 B; 2Y6I A; 4U9U A; 1G7S A; 1T6Y A; 1S72 B; 2C2W A; 1SM4 A; 4Z1M A; 4M2L A; 2RC6 A; 4YXW A; 2QN6 A; 3BCD A; 2RC5 A; 1V7O A; 3E20 A; 3ZU6 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1I8D A; 3CP8 A; 4XLH A; 4G7W A; 2WPD A; 3JU4 A; 3I7N A; 4AR8 A; 2GJP A; 2LZJ A; 4P22 A; 2ZXH A; 2X6X A; 4A0B A; 5CDF A; 2IUS A; 3RHU A; 2ZZQ A; 1NRK A; 3GVK A; 4DK0 A; 3E0C A; 1H8H A; 4B3F X; 1NYQ A; 2W6I A; 3EI1 A; 4XMY A; 3BH4 A; 4HIZ A; 2WZP P; 3OEH A; 2X8K A; 1E79 A; 1UD3 A; 2V31 A; 4XOP A; 2WJV A; 2ZZF A; 4KKU A; 5FQD A; 1E3X A; 2W6J A; 2XZO A; 3I7H A; 3CMM A; 1FX0 A; 3CP2 A; 3DDY A; 3OE7 A; 1HVX A; 2GK6 A; 4AVZ A; 1UD8 A; 3CES A; 4XM3 A; 2E1B A; 1QF6 A; 4AR1 A; 1T5E A; 4E0F A; 1TKE A; 3I7L A; 4GQN A; 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2Y3U A; 2JDI A; 3T51 B; 3ZIA A; 3VR6 A; 2DIE A; 1BMF A; 5HKK A; 4TT3 A; 1WNU A; 1BPL A; 4XN3 A; 3EI4 A; 5IK2 A; 3A3G A; 4G6I A; 1UD6 A; 2GJK A; 4XD7 A; 4XNF A; 2WSS A; 4AR9 A; 1W0J A; 4TKO B; 4L8J A; 2JIZ A; 1V4P A; 4KKS A; 2B5L A; 2M5S A; 4CI2 A; 3OW7 A; 1NYR A; 3FPP A; 4A08 A; 1E3Z A; 3A3B A; 2D3L A; 2D3N A; 4II2 A; 4XKW A; 2X6W A; 2B5M A; 2Y6I A; 1VJS A; 2CK3 A; 4YEJ A; 4XON A; 3KEW A; 5FL7 A; 4B3G A; 4TZ4 A; 4NNJ A; 4Z1M A; 3BCF A; 4YXW A; 5KNL A; 3BCD A; 2HLD A; 3GVL A; 1WP6 A; 1V7O A; 4XKV A;
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