The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
88
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sequence length |
405
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structure length |
380
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Chain Sequence |
SFDDAVEERVINEEYKIWKKNTPFLYDLVMTHALEWPSLTAQWLPDVTKQDGKDYSVHRLILGTHTSDEQNHLLIASVQLPSEDFGSVCGKIEIEIKINHEGEVNRARYMPQNACVIATKTPSSDVLVFDYTKHPCQPDLRLRGHQKEGYGLSWNPNLNGYLLSASDDHTICLWDINATPKEHRVIDAKNIFTGHTAVVEDVAWHLLHESLFGSVADDQKLMIWDTRNNNTSKPSHTVDAHTAEVNCLSFNPYSEFILATGSADKTVALWDLRNLKLKLHSFESHKDEIFQVQWSPHNETILASSGTDRRLHVWDLSKIGEEQSTEDAEDGPPELLFIHGGHTAKISDFSWNPNEPWIICSVSEDNIMQVWQMAENVYND
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of histone H4 recognition by p55.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription repressor
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| molecule keywords |
Chromatin assembly factor 1 p55 subunit
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| total genus |
88
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| structure length |
380
|
| sequence length |
405
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00400 | WD40 | WD domain, G-beta repeat |
| A | PF12265 | CAF1C_H4-bd | Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JRO A; 4A2M A; 4A08 A; 2CE9 A; 2G99 A; 4CY5 A; 4X61 B; 4LG8 A; 2HKR A; 3A0F A; 5I5M A; 5EAR A; 4G56 B; 4AEZ A; 5IJ8 E; 4J8G A; 3CIK B; 3OTT A; 3B7F A; 5GMK n; 2PM7 B; 3GFC A; 2IWK A; 4J86 A; 3C9C A; 3UVM A; 3CFV A; 1MG3 A; 2CO0 C; 5FKQ A; 1B9Y A; 5K1C C; 3PXT D; 2H9N A; 5I5J A; 4J84 A; 3NVX A; 2B5M A; 5CYK B; 5HYN B; 5AFU 3; 2OIZ A; 4ZN4 A; 1JOF A; 2QC5 A; 2OK4 A; 2W18 A; 5THA A; 3SXT D; 3PSC B; 3E0C A; 5FA5 B; 5SXM A; 4FAN D; 2AGL A; 4ZOZ A; 4UI9 R; 5HQG A; 5TEE A; 3BG1 A; 2P9I C; 3AL8 A; 5HE3 B; 4ERZ A; 3RRM C; 5CXB B; 3RN1 D; 5EM2 A; 3OL2 B; 3SJL D; 4EWR A; 3VA6 A; 2I0S A; 4N14 A; 4E5Z A; 3AFC A; 3SCY A; 3ORV D; 3FRX A; 2BBK H; 3UVK A; 3RFG A; 2P9U C; 2XYI A; 3DSM A; 5H1M A; 3NVN A; 4O3U B; 3SBP A; 4ESG A; 5CXC A; 4A11 B; 3SHF A; 4CC9 A; 4A2L A; 4PBZ A; 4CY1 A; 2YNO A; 5H14 A; 2I0T A; 2H6K A; 3V5W B; 5A2Q g; 4GM8 A; 4FA5 D; 3OKY B; 4J77 A; 4CY3 A; 3AH8 B; 4A0A B; 3UKR C; 2YNN A; 3MZL A; 1U2V C; 2EBS A; 3EI4 A; 2I0R A; 4J81 A; 4FHL A; 4HDJ A; 2H6N A; 5FXY A; 5EMM B; 2O9K A; 2IAA A; 2XL2 A; 3F3P A; 1JMZ B; 5FKT A; 4I79 A; 4JSP C; 4PSX B; 3DM0 A; 3I7K A; 5H17 A; 5HE0 B; 4LGN A; 4K3J B; 3EI1 B; 2GC7 A; 4CI3 A; 2AH0 A; 3ZWL B; 5IGO A; 3EI3 A; 3JRP A; 5EAP A; 1XHM A; 2B5L A; 3VH0 A; 3HFQ A; 5IC7 A; 5GXI A; 2CO0 A; 1MDA H; 5I5I A; 3W15 A; 3RMZ D; 3CFS B; 3BG0 A; 2AQ5 A; 2P9P C; 2IUV A; 4J78 A; 2OVQ B; 3EI2 A; 3ULE C; 3N0D A; 2YBA A; 3SBQ A; 4J0W A; 4XYH A; 4ERQ A; 4NSX A; 5TDH B; 3FM0 A; 3FGB A; 3JB9 L; 3SBR A; 1R5M A; 2HKM A; 3MZK A; 3UKU C; 1L0Q A; 4R7A B; 4JD2 C; 1P22 A; 1MG2 A; 3MKQ A; 5TF2 A; 3SVW D; 4IMM A; 4J79 A; 3DXK C; 4GQ1 A; 3EG6 A; 4CZX A; 3I7L A; 4D6V A; 2IUR A; 3PE7 A; 2P9N C; 4GQ2 P; 1TYQ C; 3F3F A; 2IWF A; 3GRE A; 1A0R B; 2AH1 A; 5EMJ B; 4A09 B; 4X3E A; 2H6Q A; 5IJ7 E; 1TBG A; 4J82 A; 5EAL A; 1YFQ A; 4FAV D; 3L4O D; 3SLE D; 4CY2 A; 1S4U X; 3PSL A; 3KRW B; 3I89 A; 2IUQ A; 3I7H A; 2H9M A; 2CNX A; 4PXW A; 4E54 B; 4XEI C; 2HJ4 A; 3ODT A; 3OL2 A; 2P9L C; 4GM3 A; 4BL0 A; 5B4W A; 5FKS A; 4QT8 A; 3PXS D; 5AMS A; 4L9O A; 2P9S C; 3OKT A; 4CZV A; 2I3T A; 4L3G D; 4JSX C; 1SHY B; 2OVR B; 2Z2N A; 2UZY B; 1PEV A; 4A0B B; 3F3G A; 5TEF A; 1PGU A; 3UVO A; 4A11 A; 3I2N A; 1JMX B; 3AL9 A; 2H14 A; 3OKW A; 2PM6 B; 2BCJ B; 5GXH A; 4CI1 A; 1K8K C; 3PVW B; 3OKY A; 4ZOX A; 4K3I D; 4Y5R D; 4OWR A; 4A0A A; 1RI6 A; 4QL1 A; 2PM9 B; 2QXV A; 4GGC A; 3V9F A; 2Z2P A; 1B9X A; 3SFZ A; 3DWL C; 3MKS B; 3I7O A; 3V7D B; 4O3T B; 4KFM B; 2TRC B; 2HJB A; 2CN3 A; 1PI6 A; 4JSN C; 2YNP A; 2YMU A; 3SWS D; 1VYH C; 3I8C A; 4GGD A; 4FWW A; 4JT5 C; 4GGA A; 3JZN A; 3C5M A; 3C99 A; 4J73 A; 2OVP B; 3SMR A; 1NEX B; 4LG9 A; 3UVN A; 4A08 B; 3EI1 A; 2OJY A; 3L4M D; 3MMY A; 2H9L A; 2Q7Q A; 4GM9 A; 2HXC A; 4BH6 A; 2PBI B; 2J57 G; 3RN0 D; 4O45 A; 4ZOV A; 3DXM C; 3KRX B; 5FQD A; 5IT9 g; 5GSA A; 3IIW A; 5C9Z B; 3VGZ A; 2H68 A; 2HYE A; 1K32 A; 5EML B; 1XKS A; 1SQ9 A; 4J0X A; 2H13 A; 3BWS A; 1SQJ A; 2GC4 A; 4PSW B; 2IUP A; 4QRJ A; 1GG2 B; 3IJ0 A; 1NR0 A; 1N6F A; 2AGW A; 3EMH A; 1JJU B; 3C75 H; 5AJA A; 4H5I A; 5CYK A; 3K27 A; 5HE2 B; 4PC0 A; 2G9A A; 2I3S A; 4QQE A; 3J80 g; 1GOT B; 2H9P A; 2B5N A; 4YVD A; 4FA9 D; 3AL8 B; 2CE8 A; 3MXX A; 4GZ8 A; 4ES0 A; 5EM2 B; 2P9K C; 4A09 A; 4H5J A; 2B4E A; 4E5Z B; 4O1Q D; 3EWE A; 3RSE C; 1FWX A; 5CXB A; 4JXM A; 3P4F A; 4L1Q D; 2J56 H; 2YB8 B; 2J55 H; 1GXR A; 3I8E A; 3UR4 A; 5K19 A; 4A7J A; 2AGZ A; 2CN2 A; 5CXC B; 3IKO A; 4E54 A; 1OMW B; 2AGY A; 3JPX A; 2GNQ A; 4J87 A; 1N6D A; 2XU7 A; 3JAM g; 4FA4 D; 4Y7R A; 4FB1 D; 1U4C A; 3J81 g; 5FLX g; 4X63 B; 4BUJ C; 4A0B A; 1OLZ A; 3I7N A; 3N0E A; 5KDO B; 3EI4 B; 4U7A A; 3IJC A; 4GQB B; 2XL3 A; 1N6E A; 2AGX A; 2MTA H; 3EU7 A; 4JSV C; 3OW8 A; 3NVQ A; 3RLM D; 1ERJ A; 4O9D A; 4D0K A; 4J8B A; 4XYI A; 4AOW A; 5IGQ A; 3I7P A; 2Z2O A; 3U4Y A; 5FKR A; 1PBY B; 2H47 A; 3PVU B; 5EMK B; 4CZY A; 2PM9 A; 4CI8 A; 1GP2 B; 3IJ1 A; 3PXW D; 4CI2 A; 3UVL A; 1QNI A; 4ZOY A; 5EAM A; 5JWZ A; 1XIP A; 4OZU A; 2HES X; 3EI3 B; 3RFH A; 5C2W B; 4TZ4 A; 5HE1 B; 2UZX B; 5C2V B; 4JT6 C; 4ERY A; 3SN6 B; 2H3X A; 4X60 B; 4FA1 D; 4IA9 A; 1Q47 A; 4MK0 B; 2OK6 A; 3JZH A; 3K26 A; 4GMB A; 4L3H D; 4Z8L A; 4PBY A; 4PNK B; 3EI2 B; 3IIY A; 3JZG A; 4U1E I; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JRO A; 4A2M A; 4A08 A; 2CE9 A; 2EID A; 2G99 A; 1C9I A; 4CY5 A; 5HDB A; 4X61 B; 4LG8 A; 2HKR A; 3A0F A; 4DNV A; 5I5M A; 5EAR A; 4G56 B; 3KCI A; 1QFS A; 4AEZ A; 5IJ8 E; 3ZDZ A; 4J8G A; 3CIK B; 3OTT A; 5C86 A; 1H2Y A; 4NBM A; 3B7F A; 5GMK n; 2PM7 B; 3GFC A; 3K71 A; 2IWK A; 4J86 A; 3FCU A; 5M5R A; 3C9C A; 2WQ8 A; 2VZ3 A; 3UVM A; 3CFV A; 1MG3 A; 1I2M B; 2CO0 C; 5FKQ A; 1B9Y A; 1H2Z A; 5K1C C; 3PXT D; 2H9N A; 4QAM A; 1E8N A; 5I5J A; 4J84 A; 3NVX A; 5M5T A; 2B5M A; 5CYK B; 4DNW A; 4Z7N A; 5AFU 3; 5HYN B; 2OIZ A; 4ZN4 A; 1JOF A; 2QC5 A; 2OK4 A; 2W18 A; 1M1X A; 5THA A; 3SXT D; 3PSC B; 3E0C A; 5FA5 B; 5SXM A; 4FAN D; 2AGL A; 4ZOZ A; 4UI9 R; 5HQG A; 5TEE A; 3BG1 A; 2P9I C; 3AL8 A; 5HE3 B; 4ERZ A; 5M5S A; 3RRM C; 5CXB B; 3RN1 D; 5EM2 A; 4L1M A; 3OL2 B; 3SJL D; 4EWR A; 3VA6 A; 2I0S A; 4N14 A; 4E5Z A; 3AFC A; 3SCY A; 3ORV D; 3FRX A; 4JHP C; 2BBK H; 4BCD A; 3O4G A; 3UVK A; 5E6S A; 3RFG A; 2P9U C; 1O6G A; 2XYI A; 3EQ7 A; 3DSM A; 5H1M A; 3NVN A; 4O3U B; 3SBP A; 4ESG A; 5CXC A; 4A11 B; 3SHF A; 4CC9 A; 4A2L A; 1VE6 A; 4PBZ A; 4CY1 A; 2YNO A; 5H14 A; 2I0T A; 2H6K A; 3V5W B; 5A2Q g; 2EIE A; 4GM8 A; 4FA5 D; 3OKY B; 3FCS A; 4J77 A; 4CY3 A; 3AH8 B; 4A0A B; 3UKR C; 2YNN A; 3IUN A; 3MZL A; 1U2V C; 2EBS A; 3EI4 A; 2I0R A; 4J81 A; 4FHL A; 4HDJ A; 3VI3 A; 2H6N A; 5FXY A; 5EMM B; 2O9K A; 2IAA A; 2XL2 A; 3F3P A; 1JMZ B; 5FKT A; 2XDW A; 2VDR A; 4I79 A; 4JSP C; 4PSX B; 3DM0 A; 3I7K A; 5H17 A; 5HE0 B; 4LGN A; 4K3J B; 3EI1 B; 2GC7 A; 4CI3 A; 2AH0 A; 3ZWL B; 5IGO A; 3EI3 A; 3JRP A; 2VC2 A; 5EAP A; 1XHM A; 2B5L A; 3VH0 A; 3HFQ A; 5IC7 A; 5GXI A; 1C9L A; 2CO0 A; 1MDA H; 3EQ8 A; 1GOG A; 2EIC A; 3W15 A; 4G1M A; 5I5I A; 2VDL A; 3IUL A; 3RMZ D; 2VZ1 A; 3CFS B; 3BG0 A; 2AQ5 A; 2P9P C; 1BPO A; 2IUV A; 4J78 A; 2OVQ B; 3EI2 A; 3ULE C; 3N0D A; 1K3I A; 2YBA A; 1JV2 A; 3SBQ A; 3O4I A; 4J0W A; 4XYH A; 4ERQ A; 4NSX A; 5TDH B; 2VDM A; 3FM0 A; 3O4H A; 3FGB A; 3JB9 L; 3SBR A; 1R5M A; 2HKM A; 3MZK A; 5FFG A; 3UKU C; 1L0Q A; 4R7A B; 3MUO A; 4JD2 C; 1GOF A; 1P22 A; 3NIF A; 1MG2 A; 3MKQ A; 5TF2 A; 1U8C A; 4WK0 A; 3SVW D; 4IMM A; 4J79 A; 3DXK C; 5C92 A; 3EQ9 A; 4GQ1 A; 3EG6 A; 4G1E A; 4CZX A; 3I7L A; 4D6V A; 1VE7 A; 4AMY A; 2IUR A; 3PE7 A; 1JTD B; 2P9N C; 1GOH A; 4GQ2 P; 4O02 A; 5E6U A; 1TYQ C; 3F3F A; 2IWF A; 3GRE A; 4G55 A; 1A0R B; 2AH1 A; 5EMJ B; 4A09 B; 4X3E A; 2H6Q A; 5IJ7 E; 1TBG A; 4J82 A; 5EAL A; 1YFQ A; 3IUQ A; 4FAV D; 4WK2 A; 3L4O D; 3SLE D; 4MMZ A; 4CY2 A; 1S4U X; 1H2W A; 3PSL A; 3KRW B; 5FFO A; 3I89 A; 2IUQ A; 3I7H A; 2H9M A; 2CNX A; 4PXW A; 4RE6 A; 3MVD K; 5M5U A; 3T3P A; 4E54 B; 4XEI C; 2HJ4 A; 3ODT A; 4WJK A; 3OL2 A; 2P9L C; 4GM3 A; 4BL0 A; 5B4W A; 5FKS A; 4QT8 A; 3PXS D; 5AMS A; 4L9O A; 1UOQ A; 3QHY B; 2P9S C; 3OKT A; 4CZV A; 2I3T A; 4WK4 A; 4BCB A; 4L3G D; 4JSX C; 1SHY B; 3T3M A; 2OVR B; 2Z2N A; 2UZY B; 1PEV A; 4A0B B; 3F3G A; 3ZE2 A; 5TEF A; 1PGU A; 3UVO A; 4AN0 A; 4A11 A; 3I2N A; 1JMX B; 3AL9 A; 2QR5 A; 2H14 A; 4Z7O A; 3OKW A; 2PM6 B; 2BCJ B; 2HU5 A; 5GXH A; 4CI1 A; 1K8K C; 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