The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
83
|
sequence length |
327
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structure length |
327
|
Chain Sequence |
ASGLFITNEGNFQYSNATLSYYDPATCEVENEVFYRANGFKLGDVAQSMVIRDGIGWIVVNNSHVIFAIDINTFKEVGRITGFTSPRYIHFLSDEKAYVTQIWDYRIFIINPKTYEITGYIECPDMDMESGSTEQMVQYGKYVYVNCWSYQNRILKIDTETDKVVDELTIGIQPTSLVMDKYNKMWTITDGGYEGSPYGYEAPSLYRIDAETFTVEKQFKFKLGDWPSEVQLNGTRDTLYWINNDIWRMPVEADRVPVRPFLEFRDTKYYGLTVNPNNGEVYVADAIDYQQQGIVYRYSPQGKLIDEFYVGIIPGAFCWKLEHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the surface layer protein BACUNI_02894 from Bacteroides uniformis, Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR193D.
rcsb |
| molecule keywords |
uncharacterized protein BACUNI_02894
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Bacteroides uniformis
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| total genus |
83
|
| structure length |
327
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| sequence length |
327
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-07-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H9N A; 3ULE C; 4BL0 A; 4A11 B; 2AGX A; 5EM2 B; 4J82 A; 4A08 B; 2OIZ A; 3KRW B; 4A0B B; 2P9P C; 4CY2 A; 3EI1 A; 4CI1 A; 1MG3 A; 4PBZ A; 4A2M A; 4OZU A; 4CY5 A; 4X63 B; 5IT9 g; 3SWS D; 3UVM A; 3VH0 A; 1B9Y A; 2UZY B; 3RRM C; 2QXV A; 4QL1 A; 2I3S A; 2YMU A; 3BG0 A; 3ZWL B; 2J55 H; 4U7A A; 2AGZ A; 1PI6 A; 3L4O D; 5EML B; 1PBY B; 2CN3 A; 4X3E A; 4L3H D; 2AGL A; 5EMK B; 3JAM g; 5AFU 3; 2CN2 A; 3J81 g; 3SHF A; 3I7L A; 4JSX C; 1N6E A; 2OJY A; 2PM6 B; 3PVU B; 2PBI B; 4O3U B; 2H3X A; 2G99 A; 2H6N A; 1Q47 A; 2HKM A; 3C9C A; 3BWS A; 5EM2 A; 3IJC A; 4N14 A; 2B5M A; 3DWL C; 3KRX B; 4ERZ A; 5HE3 B; 5TEF A; 3PSL A; 2J56 H; 3I7O A; 3EI2 A; 1SQJ A; 1YFQ A; 3RFH A; 4ERY A; 2H9L A; 2H47 A; 1SHY B; 3DM0 A; 2H14 A; 5EAP A; 4CZX A; 3UKR C; 3OKY B; 4XYI A; 2PM7 B; 3VA6 A; 5C2V B; 3I7P A; 3OL2 B; 3MMY A; 3PVW B; 4QRJ A; 4ESG A; 2H6Q A; 3SFZ A; 2P9S C; 3I7N A; 4JT6 C; 4J79 A; 5HE2 B; 3FGB A; 4X60 B; 4FAN D; 3EI4 B; 1MG2 A; 5GXI A; 5H1M A; 3RMZ D; 3JRP A; 4K3I D; 5I5M A; 2IUQ A; 3AL8 B; 5EAR A; 2J57 G; 5GXH A; 3JZG A; 4LG9 A; 1TYQ C; 2GC7 A; 1A0R B; 3V9F A; 5FXY A; 4H5I A; 4GM8 A; 4GQ2 P; 4A09 B; 1B9X A; 3SXT D; 2CO0 A; 4R7A B; 3PXT D; 2P9I C; 5IC7 A; 2H68 A; 5EAL A; 4JSV C; 2YB8 B; 4J8B A; 5FKR A; 3UVN A; 5FA5 B; 4AEZ A; 1U4C A; 3PXS D; 3OL2 A; 2YNN A; 3IJ0 A; 5C2W B; 4A2L A; 2HJB A; 3UR4 A; 3JZH A; 4GGA A; 2Q7Q A; 5TDH B; 3I8C A; 3AH8 B; 4H5J A; 5IJ7 E; 2Z2O A; 4E54 B; 3IKO A; 5IGQ A; 4K3J B; 2HJ4 A; 1ERJ A; 1FWX A; 3AL8 A; 4J77 A; 4JSN C; 2B4E A; 3OTT A; 4CY3 A; 4LG8 A; 2HES X; 3A0F A; 4KFM B; 3U4Y A; 5GMK n; 4A09 A; 2CO0 C; 2IAA A; 2P9K C; 4I79 A; 3DXK C; 1U2V C; 3UKU C; 5FKQ A; 3UVO A; 2IUR A; 3JPX A; 1GOT B; 1XIP A; 3SVW D; 3RN1 D; 1OLZ A; 4JXM A; 4LGN A; 2IUV A; 4GMB A; 4FA5 D; 4GQB B; 5SXM A; 5FKT A; 1L0Q A; 3RLM D; 3SBR A; 2H6K A; 3IIW A; 3SBP A; 4CZY A; 4A11 A; 5B4W A; 4BUJ C; 3F3G A; 2I0S A; 4A08 A; 2OVP B; 3UVL A; 4L9O A; 4E54 A; 4D0K A; 4A0B A; 4PSW B; 4E5Z B; 3P4F A; 2MTA H; 4FHL A; 3J80 g; 4ES0 A; 4J87 A; 3N0E A; 2AH0 A; 4J0W A; 4XEI C; 1OMW B; 4A7J A; 3E0C A; 3I8E A; 3HFQ A; 3I7H A; 4TZ4 A; 3MKQ A; 4IA9 A; 4EWR A; 3CIK B; 3C5M A; 1P22 A; 4ZN4 A; 1JMZ B; 2P9L C; 3SLE D; 4FB1 D; 4Y7R A; 4FA4 D; 4CY1 A; 2PM9 B; 3ORV D; 4FA1 D; 2AGY A; 2YNP A; 4PBY A; 4PC0 A; 5H17 A; 2Z2P A; 4L3G D; 2G9A A; 2OK4 A; 5HQG A; 5AMS A; 5CXB B; 3EI3 B; 4AOW A; 4J8G A; 2H9P A; 2UZX B; 3ODT A; 4QQE A; 5EMM B; 2AQ5 A; 4ZOZ A; 5CXC B; 3GRE A; 4O1Q D; 5A2Q g; 5FQD A; 4GGC A; 4CC9 A; 1SQ9 A; 3NVX A; 3JZN A; 5I5J A; 2H9M A; 4PXW A; 4CZV A; 1GG2 B; 3PE7 A; 3PXW D; 3C99 A; 1K32 A; 3OKW A; 4J86 A; 3EI1 B; 2QC5 A; 5GSA A; 5FKS A; 3AL9 A; 3OKY A; 1N6F A; 3RFG A; 4NSX A; 4JD2 C; 3EMH A; 3V7D B; 5JWZ A; 2CNX A; 2CE9 A; 3I89 A; 2B5N A; 1TBG A; 2BBK H; 4GM3 A; 2GNQ A; 3SJL D; 3F3F A; 3GFC A; 4O9D A; 4BH6 A; 4O45 A; 3I2N A; 2IWF A; 1GP2 B; 5HE0 B; 2EBS A; 3CFV A; 2XU7 A; 3JB9 L; 3FRX A; 3EI4 A; 4G56 B; 5CXB A; 3VGZ A; 3EI3 A; 2HYE A; 2GC4 A; 2O9K A; 4YVD A; 4ZOX A; 2OVR B; 4FAV D; 5CXC A; 3CFS B; 5THA A; 5KDO B; 2IWK A; 5CYK B; 1N6D A; 3DSM A; 1JMX B; 4Y5R D; 2YNO A; 4UI9 R; 1NR0 A; 5TF2 A; 3EG6 A; 4J84 A; 2OK6 A; 3EI2 B; 4X61 B; 4CI2 A; 4D6V A; 1R5M A; 2TRC B; 3MXX A; 4MK0 B; 2B5L A; 3EWE A; 5EAM A; 4J0X A; 4XYH A; 5HYN B; 3I7K A; 3FM0 A; 4L1Q D; 2W18 A; 4J78 A; 2XYI A; 2IUP A; 2XL2 A; 1S4U X; 1VYH C; 2I0R A; 5I5I A; 2XL3 A; 4U1E I; 4JSP C; 5IGO A; 3C75 H; 3MZL A; 5AJA A; 1NEX B; 1PGU A; 4QT8 A; 3K26 A; 4IMM A; 5K1C C; 4GZ8 A; 5CYK A; 3AFC A; 3UVK A; 1QNI A; 4FWW A; 3V5W B; 2Z2N A; 4PSX B; 1MDA H; 4ERQ A; 4JT5 C; 3PSC B; 3K27 A; 3SMR A; 3NVN A; 5H14 A; 3B7F A; 5TEE A; 2OVQ B; 2P9N C; 4PNK B; 3SBQ A; 3W15 A; 3SN6 B; 1GXR A; 3N0D A; 4GGD A; 2BCJ B; 2HKR A; 3BG1 A; 5HE1 B; 3OW8 A; 1PEV A; 1XKS A; 2HXC A; 3MZK A; 1JOF A; 1RI6 A; 3RN0 D; 2H13 A; 4A0A B; 5EMJ B; 4HDJ A; 4O3T B; 4J81 A; 3L4M D; 4E5Z A; 5C9Z B; 2I0T A; 3EU7 A; 4J73 A; 2I3T A; 4ZOY A; 3F3P A; 4OWR A; 1XHM A; 4CI3 A; 3DXM C; 2AGW A; 2P9U C; 3OKT A; 5K19 A; 5IJ8 E; 2AH1 A; 3IJ1 A; 3MKS B; 2PM9 A; 1JJU B; 3RSE C; 4GQ1 A; 1K8K C; 4ZOV A; 4CI8 A; 4FA9 D; 3IIY A; 5FLX g; 2CE8 A; 2YBA A; 4GM9 A; 3SCY A; 4A0A A; 4Z8L A; 3JRO A; 3NVQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H9N A; 3IUN A; 1I2M B; 3ULE C; 1E8N A; 5FFG A; 4A11 B; 4BL0 A; 2AGX A; 5EM2 B; 4J82 A; 3MUN A; 4A08 B; 2OIZ A; 2VZ1 A; 3KRW B; 4A0B B; 2P9P C; 4CY2 A; 3EI1 A; 4CI1 A; 1MG3 A; 4PBZ A; 4A2M A; 4OZU A; 4CY5 A; 4X63 B; 5IT9 g; 3SWS D; 3UVM A; 4BCC A; 3VH0 A; 1VE6 A; 1B9Y A; 2UZY B; 1H2Y A; 3RRM C; 2QXV A; 4QL1 A; 2VDO A; 2I3S A; 2YMU A; 1UOO A; 3BG0 A; 3ZWL B; 4G1M A; 2J55 H; 4U7A A; 2AGZ A; 1PI6 A; 3L4O D; 5EML B; 1PBY B; 2CN3 A; 1O6F A; 4X3E A; 4L3H D; 2AGL A; 5EMK B; 3JAM g; 4MMZ A; 1BPO A; 2CN2 A; 5AFU 3; 3SHF A; 3I7L A; 3J81 g; 1N6E A; 4JSX C; 2OJY A; 2PM6 B; 3PVU B; 2PBI B; 4O3U B; 2H3X A; 1O6G A; 2G99 A; 2H6N A; 1Q47 A; 2HKM A; 3C9C A; 4AN0 A; 3BWS A; 5EM2 A; 3IJC A; 3IUR A; 5C92 A; 4N14 A; 2B5M A; 2VDL A; 3DWL C; 3O4G A; 3VI4 A; 5M5U A; 4O02 A; 3KRX B; 5M61 A; 4ERZ A; 5HE3 B; 5TEF A; 3PSL A; 2J56 H; 3I7O A; 4Z7N A; 3EI2 A; 1SQJ A; 1YFQ A; 3RFH A; 4ERY A; 2H9L A; 2H47 A; 1SHY B; 3IUJ A; 3DM0 A; 3T3M A; 2H14 A; 5EAP A; 4CZX A; 2EIB A; 1GOH A; 3UKR C; 3OKY B; 4XYI A; 2PM7 B; 2WQ8 A; 3VA6 A; 5C2V B; 3I7P A; 3OL2 B; 1UOQ A; 3MMY A; 3PVW B; 4QRJ A; 4O2W A; 4ESG A; 2H6Q A; 3SFZ A; 2P9S C; 3I7N A; 4JT6 C; 4AMY A; 4J79 A; 5HE2 B; 3FGB A; 4X60 B; 4FAN D; 3EI4 B; 1MG2 A; 5GXI A; 5H1M A; 3RMZ D; 3JRP A; 4K3I D; 4NAA A; 5I5M A; 5M5V A; 2IUQ A; 3AL8 B; 5EAR A; 2J57 G; 5GXH A; 3JZG A; 1TYQ C; 2GC7 A; 4LG9 A; 1A0R B; 3O4H A; 2BKL A; 3K6S A; 3V9F A; 5FXY A; 4H5I A; 1M1X A; 2VDP A; 4GM8 A; 4NC4 A; 4GQ2 P; 4A09 B; 1B9X A; 1JV2 A; 3SXT D; 1H2X A; 2CO0 A; 4R7A B; 3PXT D; 2P9I C; 4G1E A; 5IC7 A; 2H68 A; 5EAL A; 4AMZ A; 3O4I A; 4JSV C; 2YB8 B; 4J8B A; 5FKR A; 3UVN A; 5FA5 B; 1VZ2 A; 4AEZ A; 1U4C A; 3PXS D; 3OL2 A; 2YNN A; 1K3I A; 3IJ0 A; 5C2W B; 4A2L A; 2HJB A; 3UR4 A; 3JZH A; 4GGA A; 2Q7Q A; 5TDH B; 3I8C A; 3AH8 B; 4H5J A; 4WK0 A; 5IJ7 E; 2Z2O A; 4E54 B; 3IKO A; 5IGQ A; 3IUM A; 1A12 A; 4K3J B; 2HJ4 A; 1ERJ A; 1FWX A; 3AL8 A; 4RE5 A; 5E6U A; 3ZDX A; 4Z7Q A; 1VZ3 A; 4J77 A; 4JSN C; 2B4E A; 3OTT A; 4CY3 A; 4LG8 A; 2HES X; 3A0F A; 4KFM B; 3U4Y A; 5GMK n; 4A09 A; 5E6S A; 2HU8 A; 4IRZ A; 3ZE1 A; 1JTD B; 2CO0 C; 2IAA A; 3GC3 B; 2P9K C; 1L5G A; 4I79 A; 3DXK C; 1U2V C; 3UKU C; 5FKQ A; 3UVO A; 2VDN A; 2IUR A; 3JPX A; 1GOT B; 1XIP A; 3SVW D; 3RN1 D; 1OLZ A; 4JHP C; 4JXM A; 5M5R A; 4LGN A; 2IUV A; 2JKX A; 4G55 A; 4GMB A; 4FA5 D; 4GQB B; 5SXM A; 5FKT A; 1L0Q A; 3RLM D; 3SBR A; 2H6K A; 3IIW A; 3SBP A; 4DNU A; 4CZY A; 4A11 A; 5B4W A; 4BUJ C; 3F3G A; 5HDB A; 3T3P A; 2I0S A; 4A08 A; 1C9I A; 2OVP B; 3UVL A; 4L9O A; 4E54 A; 5M5S A; 4D0K A; 4A0B A; 4PSW B; 4E5Z B; 1H2Z A; 2EID A; 2MTA H; 3P4F A; 4RE6 A; 4FHL A; 3J80 g; 4ES0 A; 4J87 A; 2HU7 A; 5FFO A; 2XZG A; 3N0E A; 2AH0 A; 3O4J A; 4J0W A; 4XEI C; 1OMW B; 4A7J A; 4JHN A; 3E0C A; 3MVD K; 3I8E A; 3HFQ A; 3I7H A; 4TZ4 A; 3FCS A; 3MKQ A; 4IA9 A; 4EWR A; 3CIK B; 3C5M A; 1P22 A; 3GD1 I; 4ZN4 A; 1JMZ B; 2P9L C; 3SLE D; 4FB1 D; 4Y7R A; 4FA4 D; 4CY1 A; 2PM9 B; 3ORV D; 3NIF A; 4MMY A; 3FCU A; 1T2X A; 4FA1 D; 2AGY A; 2YNP A; 3EQ7 A; 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