The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
149
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sequence length |
640
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structure length |
640
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Chain Sequence |
KEPVFSAEEGYVKMFLRGRPVTMYMPKDQVDSYSLEAKVELPTKRLKLEWVYGYRGRDCRNNLYLLPTGETVYFIASVVVLYNVEEQLQRHYAGHNDDVKCLAVHPDRITIATGQVAGTSKDGKQLPPHVRIWDSVTLNTLHVIGIGFFDRAVTCIAFSKSNGGTNLCAVDDSNDHVLSVWDWQKEEKLADVKCSNEAVFAADFHPTDTNIIVTCGKSHLYFWTLEGSSLNKKQGLFEKQEKPKFVLCVTFSENGDTITGDSSGNILVWGKGTNRISYAVQGAHEGGIFALCMLRDGTLVSGGGKDRKLISWSGNYQKLRKTEIPEQFGPIRTVAEGKGDVILIGTTRNFVLQGTLSGDFTPITQGHTDELWGLAIHASKSQFLTCGHDKHATLWDAVGHRPVWDKIIEDPAQSSGFHPSGSVVAVGTLTGRWFVFDTETKDLVTVHTDGNEQLSVMRYSPDGNFLAIGSHDNCIYIYGVSDNGRKYTRVGKCSGHSSFITHLDWSVNSQFLVSNSGDYEILYWVPSACKQVVSVETTRDIEWATYTCTLGFHVFGVWPEGSDGTDINAVCRAHEKKLLSTGDDFGKVHLFSYPCSQFRAPSHIYGGHSSHVTNVDFLCEDSHLISTGGKDTSIMQWRVI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure of Eml1 Reveals the Basis for Hsp90 Dependence of Oncogenic Eml4-Alk by Disruption of an Atypical Beta-Propeller Domain.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Structural protein
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source organism |
Homo sapiens
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molecule keywords |
ECHINODERM MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 1
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total genus |
149
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structure length |
640
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sequence length |
640
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2013-12-06 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00400 | WD40 | WD domain, G-beta repeat |
A | PF03451 | HELP | HELP motif |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase | ||
Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2P9S C; 3L4O D; 5EAL A; 5AFU 3; 3AFC A; 4OWR A; 5IGO A; 2H9N A; 4ERY A; 4QL1 A; 3RRM C; 2AGW A; 3I7P A; 2AH0 A; 3JZH A; 4ERZ A; 4K3J B; 2B5L A; 5C2V B; 5THA A; 2J57 G; 2PBI B; 3I7N A; 3OL2 B; 1SQJ A; 3F3F A; 2P9L C; 3KRW B; 5HE1 B; 2Z2N A; 3UVL A; 3J80 g; 4J81 A; 1NEX B; 2CE9 A; 3IJ0 A; 3DXK C; 3I7K A; 2OJY A; 3OTT A; 4J84 A; 4PSX B; 2HXC A; 4AOW A; 1GOT B; 2B5N A; 3DXM C; 2IUP A; 2CN3 A; 5EMM B; 3PVU B; 5CYK B; 3I2N A; 4JD2 C; 3EU7 A; 2I3S A; 2AQ5 A; 4J8B A; 2PM7 B; 4J0X A; 3RSE C; 2H3X A; 4X60 B; 4GQB B; 1JMZ B; 2I3T A; 3EG6 A; 4A09 B; 1B9X A; 4GM9 A; 4CY3 A; 5FKS A; 3DSM A; 3MXX A; 3NVQ A; 2P9N C; 4HDJ A; 4L1Q D; 3W15 A; 2G9A A; 3JPX A; 4CY2 A; 3SLE D; 4TZ4 A; 5CXB A; 4A7J A; 3K26 A; 5GSA A; 5TF2 A; 5CYK A; 3EI3 B; 3E0C A; 4A2M A; 2IWK A; 5I5M A; 1ERJ A; 2XU7 A; 5FA5 B; 3C5M A; 5I5I A; 2H13 A; 2OIZ A; 3UKU C; 4O3U B; 4JSV C; 1PI6 A; 1N6E A; 3SWS D; 1XHM A; 3FM0 A; 4O9D A; 3MMY A; 3PXW D; 2IWF A; 4CY5 A; 4FAN D; 4PXW A; 3EWE A; 3UVM A; 3N0D A; 3IJC A; 3EI3 A; 2OVP B; 2H9L A; 1SQ9 A; 2CN2 A; 2CE8 A; 3RFH A; 4UI9 R; 3SXT D; 1N6D A; 4NSX A; 1JJU B; 4MK0 B; 3SJL D; 4CC9 A; 1MDA H; 2AGY A; 4A11 B; 4FB1 D; 4FHL A; 3I8E A; 3BWS A; 5HQG A; 3SMR A; 1R5M A; 2H14 A; 5AMS A; 2TRC B; 5EAM A; 2IUQ A; 2H9P A; 3V5W B; 4X63 B; 4IA9 A; 5IC7 A; 3IIY A; 4JSX C; 2H6Q A; 4QT8 A; 5EM2 B; 4E5Z A; 4EWR A; 4J78 A; 3A0F A; 4J86 A; 5KDO B; 2GC4 A; 4R7A B; 2BCJ B; 4Y7R A; 3V9F A; 2GC7 A; 3JZN A; 3ORV D; 3EMH A; 4PBZ A; 4J8G A; 4PNK B; 4LGN A; 3I89 A; 2HKR A; 5H1M A; 4OZU A; 3PVW B; 5AJA A; 5IJ7 E; 5H17 A; 4PBY A; 2H68 A; 4YVD A; 2P9I C; 3KRX B; 3EI2 B; 5EM2 A; 5TEE A; 1N6F A; 4CI2 A; 4ZOY A; 4J0W A; 5FQD A; 5B4W A; 5HE3 B; 3RN0 D; 4FA4 D; 4Y5R D; 2P9P C; 3K27 A; 5EMJ B; 4A2L A; 4ESG A; 4GGA A; 3MKQ A; 2P9U C; 2J55 H; 4XEI C; 5JWZ A; 1XKS A; 3OL2 A; 5K1C C; 3IJ1 A; 2I0T A; 4J87 A; 3P4F A; 1L0Q A; 4O45 A; 1OMW B; 2XL2 A; 3MZK A; 3PSC B; 3OKY B; 4FA1 D; 5IGQ A; 1GP2 B; 5SXM A; 2AGL A; 4X61 B; 1PGU A; 3EI2 A; 4I79 A; 4FA9 D; 3IKO A; 3RFG A; 1NR0 A; 2G99 A; 1JMX B; 4A08 B; 3B7F A; 2MTA H; 4ZOZ A; 2OK4 A; 4A09 A; 1P22 A; 3GFC A; 4ERQ A; 2YNN A; 4G56 B; 4QRJ A; 4KFM B; 3MZL A; 3EI1 B; 3L4M D; 3MKS B; 3OKY A; 2B5M A; 3I7O A; 4CI8 A; 5C2W B; 4ZOV A; 5GXH A; 3I7L A; 4JT5 C; 3SCY A; 3ULE C; 3UVN A; 1TYQ C; 4CI3 A; 4GQ2 P; 2H47 A; 4D0K A; 3CFV A; 2UZY B; 4PC0 A; 2OVR B; 1PEV A; 2J56 H; 3FGB A; 4A08 A; 4XYI A; 4GMB A; 4J79 A; 3RN1 D; 4FA5 D; 3J81 g; 2B4E A; 5FKT A; 2H6N A; 4QQE A; 3UVK A; 1SHY B; 4D6V A; 4GM3 A; 4JT6 C; 3CIK B; 1QNI A; 4CZX A; 4AEZ A; 5FKQ A; 3CFS B; 2PM9 B; 5K19 A; 1Q47 A; 1OLZ A; 3DWL C; 3GRE A; 3EI4 B; 1B9Y A; 3N0E A; 4L3G D; 4A0B B; 2I0S A; 2GNQ A; 4BL0 A; 1XIP A; 1FWX A; 4JXM A; 3F3P A; 3PXT D; 1JOF A; 4XYH A; 3AH8 B; 3FRX A; 4CY1 A; 3VH0 A; 4A11 A; 5EML B; 1S4U X; 1GG2 B; 2HES X; 4J82 A; 3C75 H; 2IUV A; 2XL3 A; 2PM9 A; 2YMU A; 3I7H A; 3EI4 A; 3PXS D; 5TEF A; 4E54 B; 5EAR A; 4A0B A; 3NVX A; 2O9K A; 4LG9 A; 2CNX A; 5FXY A; 1A0R B; 3I8C A; 3JRO A; 4K3I D; 3U4Y A; 4BUJ C; 2HKM A; 3IIW A; 3SN6 B; 4LG8 A; 4CZY A; 4GGC A; 2Z2O A; 3JAM g; 3UR4 A; 5HYN B; 5GXI A; 3UKR C; 4PSW B; 4IMM A; 5CXB B; 2EBS A; 2W18 A; 4U7A A; 4Z8L A; 2HJB A; 2Z2P A; 2AGZ A; 3BG0 A; 4GM8 A; 2CO0 A; 4E54 A; 2OK6 A; 4GQ1 A; 4FAV D; 4GZ8 A; 3AL8 B; 3ZWL B; 3F3G A; 4ZOX A; 5FKR A; 1K32 A; 2Q7Q A; 4GGD A; 3SHF A; 5A2Q g; 4A0A B; 4J77 A; 2AH1 A; 2YNO A; 3OKT A; 3NVN A; 5TDH B; 3VA6 A; 3SVW D; 3SBR A; 5HE2 B; 4J73 A; 5IJ8 E; 3RMZ D; 3UVO A; 1RI6 A; 5EAP A; 4ZN4 A; 2QC5 A; 3OW8 A; 5CXC B; 3C99 A; 3RLM D; 1U4C A; 1GXR A; 2HJ4 A; 3OKW A; 1VYH C; 1K8K C; 3HFQ A; 4L3H D; 2XYI A; 2QXV A; 2YBA A; 3AL8 A; 4JSN C; 2CO0 C; 4O1Q D; 4A0A A; 1MG3 A; 3DM0 A; 4O3T B; 3JRP A; 5HE0 B; 3SFZ A; 5EMK B; 3PSL A; 3ODT A; 2H6K A; 4FWW A; 5I5J A; 2PM6 B; 2OVQ B; 3C9C A; 2AGX A; 5CXC A; 2UZX B; 1YFQ A; 2YB8 B; 5FLX g; 3SBP A; 3BG1 A; 4BH6 A; 3EI1 A; 4H5J A; 5H14 A; 4X3E A; 5IT9 g; 1MG2 A; 4E5Z B; 3V7D B; 2H9M A; 3PE7 A; 2YNP A; 3AL9 A; 5C9Z B; 4N14 A; 3JZG A; 4CI1 A; 4H5I A; 3SBQ A; 3JB9 L; 4JSP C; 1TBG A; 2BBK H; 4L9O A; 2I0R A; 2P9K C; 4CZV A; 1PBY B; 4ES0 A; 4U1E I; 2IUR A; 3VGZ A; 5GMK n; 2HYE A; 1U2V C; 2IAA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O4H A; 2P9S C; 3IUN A; 3L4O D; 5EAL A; 5AFU 3; 2VDK A; 3AFC A; 4OWR A; 2VDP A; 5IGO A; 1VZ2 A; 2XE4 A; 2H9N A; 4G1M A; 4ERY A; 4QL1 A; 3RRM C; 2AGW A; 3ZDY A; 5C86 A; 3I7P A; 2AH0 A; 3JZH A; 4ERZ A; 4K3J B; 2B5L A; 5C2V B; 3O4J A; 5M5R A; 5E6R A; 3ZDX A; 5THA A; 2J57 G; 3FCU A; 2VZ3 A; 2PBI B; 3I7N A; 3OL2 B; 4NBM A; 3ZDZ A; 1SQJ A; 3F3F A; 2P9L C; 3KRW B; 5HE1 B; 2Z2N A; 3UVL A; 3J80 g; 4J81 A; 1I2M B; 1NEX B; 2CE9 A; 3IJ0 A; 3DXK C; 3I7K A; 2OJY A; 3T3P A; 3OTT A; 4J84 A; 4PSX B; 2HXC A; 4AOW A; 1GOT B; 2B5N A; 3DXM C; 2IUP A; 2CN3 A; 5EMM B; 3PVU B; 5CYK B; 3I2N A; 4JD2 C; 3EU7 A; 3MUO A; 2I3S A; 2AQ5 A; 4J8B A; 4JHN A; 2PM7 B; 3QHY B; 4J0X A; 3RSE C; 2H3X A; 4X60 B; 4GQB B; 1JMZ B; 1JTD B; 2I3T A; 3EG6 A; 2VDR A; 3EQ9 A; 1E5T A; 1B9X A; 1H2W A; 4A09 B; 4GM9 A; 4CY3 A; 2QR5 A; 5FKS A; 3DSM A; 3MXX A; 3NVQ A; 2P9N C; 4G1E A; 4HDJ A; 4L1Q D; 4O2W A; 3W15 A; 2G9A A; 3JPX A; 4CY2 A; 3SLE D; 4Z7Q A; 4TZ4 A; 5CXB A; 4A7J A; 1M1X A; 3O4G A; 3K26 A; 4AMZ A; 4G55 A; 5GSA A; 5TF2 A; 5CYK A; 3EI3 B; 3E0C A; 4A2M A; 2IWK A; 4BP9 A; 5I5M A; 1BPO A; 1ERJ A; 2XU7 A; 5FA5 B; 3C5M A; 5I5I A; 2H13 A; 4NC4 A; 2OIZ A; 5HDB A; 3UKU C; 4O3U B; 4JSV C; 1PI6 A; 5M5V A; 4DNW A; 1N6E A; 3SWS D; 5M5S A; 1C9I A; 1XHM A; 3FM0 A; 1C9L A; 2HU5 A; 3MMY A; 4O9D A; 3PXW D; 2IWF A; 4CY5 A; 2VDM A; 4FAN D; 3NIF A; 4PXW A; 3EWE A; 3UVM A; 3N0D A; 1VE6 A; 3IJE A; 3IJC A; 3EI3 A; 1QFS A; 2OVP B; 2H9L A; 1SQ9 A; 3IUR A; 2CN2 A; 2CE8 A; 3RFH A; 4UI9 R; 3SXT D; 1N6D A; 4NSX A; 1O6F A; 1JJU B; 4MK0 B; 3SJL D; 4CC9 A; 3ZE1 A; 1MDA H; 3NID A; 2AGY A; 4A11 B; 4D9S A; 4FHL A; 4FB1 D; 4NEN A; 3I8E A; 3BWS A; 5HQG A; 3SMR A; 1R5M A; 2VC2 A; 2H14 A; 5AMS A; 2TRC B; 5EAM A; 4BP8 A; 2IUQ A; 4DNU A; 2EIC A; 2H9P A; 1UOQ A; 3V5W B; 4X63 B; 4IA9 A; 4UM8 A; 5IC7 A; 4AX4 A; 3IIY A; 4JSX C; 4WK2 A; 4Z7N A; 2H6Q A; 4UM9 A; 3OF7 A; 4QT8 A; 5EM2 B; 4E5Z A; 3NIG A; 4EWR A; 4J78 A; 2VZ1 A; 3A0F A; 1E8M A; 4J86 A; 5KDO B; 2GC4 A; 4R7A B; 2BCJ B; 4Y7R A; 2VDL A; 3V9F A; 2GC7 A; 3JZN A; 3ORV D; 3EMH A; 4PBZ A; 4Z7O A; 2VDQ A; 4J8G A; 4PNK B; 4LGN A; 4DNV A; 3I89 A; 1H2Y A; 3ZE2 A; 2HKR A; 5H1M A; 4OZU A; 3PVW B; 5AJA A; 5IJ7 E; 5H17 A; 4PBY A; 2H68 A; 4YVD A; 2P9I C; 3KRX B; 3EI2 B; 1UTC A; 5EM2 A; 5TEE A; 1N6F A; 1H2Z A; 4CI2 A; 4ZOY A; 4J0W A; 2JKX A; 5FFO A; 5FQD A; 3IUM A; 5B4W A; 5HE3 B; 3RN0 D; 1UOO A; 4FA4 D; 4Y5R D; 2P9P C; 2HU8 A; 3K27 A; 5EMJ B; 4A2L A; 2VDO A; 4ESG A; 4O02 A; 4GGA A; 1GOG A; 3MKQ A; 2P9U C; 5FFG A; 2J55 H; 4XEI C; 5JWZ A; 1XKS A; 3OL2 A; 5K1C C; 3IJ1 A; 2I0T A; 4J87 A; 3P4F A; 4RE6 A; 1L0Q A; 4O45 A; 1OMW B; 2XL2 A; 3MZK A; 3PSC B; 3IUL A; 3OKY B; 4FA1 D; 5M5T A; 5IGQ A; 1GP2 B; 5SXM A; 2AGL A; 4X61 B; 3K71 A; 1PGU A; 2BKL A; 3EI2 A; 4I79 A; 4WK4 A; 4FA9 D; 3IKO A; 3RFG A; 1NR0 A; 2G99 A; 1JMX B; 4A08 B; 4JHP C; 4MMY A; 3B7F A; 2MTA H; 4ZOZ A; 2OK4 A; 4A09 A; 1P22 A; 1E8N A; 3GFC A; 4ERQ A; 1QFM A; 2YNN A; 4G56 B; 4QRJ A; 3IUJ A; 4KFM B; 3FCS A; 3MZL A; 4NAA A; 3EI1 B; 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