The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
192
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structure length |
186
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Chain Sequence |
MDRVPIMYPIGQMHGTYILAQNENGLYIIDQHAAQERIKYEYFREKVGEVEPEVQEMIVPLTFHYSTNEALIIEQHKQELESVGVFLESFGSNSYIVRCHPAWFPKGEEAELIEEIIQQVLDSKNIDIKKLREEAAIMMSCKRHLRNDEIKALLDDLRSTSDPFTCPHGRPIIIHHSTYEMEKMFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the endonuclease domain of MutL: unlicensed to cut.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Bacillus subtilis
|
| molecule keywords |
DNA mismatch repair protein mutL
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| total genus |
53
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| structure length |
186
|
| sequence length |
192
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08676 | MutL_C | MutL C terminal dimerisation domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5B42 A; 1X9Z A; 3NCV A; 3GAB A; 3KDK A; 3KDG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PZD A; 2GEF A; 2DB5 A; 2Q9V A; 2PKT A; 3DOR A; 3MH6 A; 2OMJ A; 2HH2 A; 4DV6 H; 2RRM A; 3UOE A; 2I04 A; 2Q3G A; 2CWH A; 2D92 A; 1UJV A; 2LTL A; 1QAU A; 4X64 H; 2KQF A; 4K78 A; 3T1Y H; 4DR6 H; 2BA0 A; 2YUB A; 3PV2 A; 1UEP A; 1UM1 A; 2IWP A; 4DV4 H; 4E34 A; 2UXD H; 3NCV A; 4FLN A; 1HNW H; 2A1S A; 1I94 H; 2FNE A; 4K75 A; 1WH1 A; 1WI2 A; 2QG1 A; 2KJP A; 2H2C A; 2W4F A; 4JVY A; 4JJ0 A; 1ZZJ A; 1UM7 A; 4B8T A; 4NMP A; 2CTL A; 4LFB H; 1Z87 A; 2CPM A; 2E3U A; 1S03 G; 1RGW A; 3GCO A; 4DV3 H; 4NMT A; 1X45 A; 5EZ0 A; 2G5M B; 4NZT M; 1LCY A; 1FC9 A; 3QE1 A; 5I7Z A; 1HNX H; 4R2Z A; 1P1E A; 4NMQ A; 4KHP H; 5DT9 A; 2BL5 A; 3EGH C; 4JOP A; 2V1W A; 1IU2 A; 1J4W A; 2CSS A; 3J80 W; 2GZV A; 3BPU A; 5FB8 C; 1S20 A; 3GAB A; 2JIL A; 1U37 A; 2EEI A; 3GDS A; 2RCZ A; 2AWU A; 4N6X A; 3J7A K; 4NMS A; 2IWN A; 3FY5 A; 1V6B A; 1N99 A; 2LTM A; 5HFD A; 1XRH A; 3I0P A; 2JOA A; 1V8C A; 4OCH A; 3MH4 A; 2D90 A; 3SHU A; 3GR5 A; 4K6Y A; 2D8I A; 2EDZ A; 1XNR H; 5HET A; 3GGE A; 4KFW A; 2X06 A; 1W9E A; 2ZPL A; 3E17 A; 3LNX A; 1VCW A; 2UUB H; 2KPK A; 2JVZ A; 1P1D A; 5E11 A; 4G69 A; 1ZOK A; 3PS4 A; 2YQR A; 2VWR A; 2MJH A; 1ZTG A; 5DTH A; 4JJ3 A; 2H3L A; 1BE9 A; 2DKR A; 4LF8 H; 1NF3 C; 3PV4 A; 4O06 A; 2JE6 I; 2OPG A; 3T1H H; 4LF7 H; 1TE0 A; 3WKL A; 2UU9 H; 4AIM A; 2OPV A; 4P2A B; 2HH3 A; 2K1Z A; 1M5Z A; 5B6L A; 4JI4 H; 2EGN A; 5HDY A; 1X4M A; 4YHH H; 3KZE A; 2P2R A; 4DR4 H; 2EAQ A; 3EZJ A; 2EJY A; 2VZ5 A; 3DIW A; 5LMN H; 2M8W A; 3QJN A; 2P3W A; 2PKU A; 4G08 A; 3K50 A; 2F0A A; 1X9Z A; 2KBS A; 1V62 A; 3CBX A; 5JXB A; 3ZRT A; 3RF2 A; 5E22 A; 4WAN A; 2OPU A; 1I92 A; 5E21 A; 4JI3 H; 4DUY H; 2EEJ A; 2ANN A; 1OBY A; 1X6D A; 4Q2N A; 2I1N A; 5G1E A; 4AQY H; 4JOG A; 2HGA A; 4OAJ A; 4NBQ A; 1R6J A; 3I4W A; 2CS5 A; 5GLJ A; 5A2Q W; 1QAV A; 5F67 A; 4GHN A; 3DJ3 A; 3SB1 A; 2QND A; 2Z17 A; 3EGG C; 4NNM A; 1VA8 A; 2EDV A; 1GM1 A; 1XNQ H; 2AWW A; 2JRE A; 4Z8J A; 4FJS A; 2VSP A; 1PDR A; 1WTJ A; 1BFE A; 1WI4 A; 4Q2Q A; 5H3J A; 2EGO A; 1TP5 A; 3AXA A; 1OBX A; 2I0L A; 4JOK A; 1RZX A; 3QDO A; 2CSJ A; 3O46 A; 4B3S H; 1WVN A; 1K32 A; 2D9I A; 1TQ3 A; 3KDK A; 4JOE A; 4IC6 A; 2KPL A; 4JYA H; 2KV8 A; 5HJ1 A; 4KFV A; 3CH8 A; 5EYZ A; 3R0H A; 5B42 A; 3OTO H; 2AXY A; 2PA1 A; 4BA1 I; 2KJD A; 5HFB A; 3PDZ A; 1VBI A; 1UIT A; 1VAE A; 2HE2 A; 4P0C A; 2Z0S A; 1DTJ A; 1WF8 A; 4FJU A; 1ZZI A; 2KYL A; 4Q2P A; 3RL8 A; 3ID1 A; 3DJ1 A; 2I4S A; 2E5L H; 1QAV B; 4Q2O A; 4JL7 A; 2JZX A; 1ODH A; 2LUI A; 5A2P A; 3GSL A; 1Y8T A; 5HFE A; 1F0X A; 4JI0 H; 3GJ9 A; 3QJM A; 2UZC A; 2DAZ A; 3ID4 A; 3J81 W; 3OSS D; 4MPA A; 4NMO A; 1X4N A; 3L7Z C; 5LL6 b; 1MFG A; 2EGK A; 1U39 A; 2JXO A; 1T2M A; 1FCF A; 1N6D A; 3R69 A; 5F3X A; 1UEQ A; 3ID3 A; 3SOE A; 2KOM A; 1UF1 A; 4JOJ A; 1XZ9 A; 4EDJ A; 3DJA A; 1Q3P A; 3KHF A; 4LMM A; 1X5N A; 2YTW A; 4LFA H; 1UEW A; 1GQ4 A; 3STJ A; 2PT7 G; 3SFJ A; 2BYG A; 4WYU A; 4NMR A; 1U38 A; 2LOB A; 3CYY A; 3JAM W; 2PQU A; 1KEF A; 4NXP A; 3OET A; 2IWO A; 4JVH A; 3R68 A; 4JOH A; 2NN6 G; 3B76 A; 1V9N A; 1EC6 A; 4OEO A; 4E3B A; 5E6P B; 2G8Y A; 3TSW A; 1WG6 A; 4JI7 H; 4XHV A; 3VQG A; 2W7R A; 3QO6 A; 4X66 H; 4GKK H; 4NXN H; 2L97 A; 4DR3 H; 2AIN A; 2Z9I A; 3CBZ A; 1AN7 A; 4WAL A; 2R4H A; 2OSG A; 3K1R A; 1B8Q A; 1UFX A; 1X8S A; 1J5E H; 2ZPM A; 2M0V A; 1WFG A; 2FCF A; 2M0Z A; 1IBK H; 3KZD A; 1RY4 A; 2CTJ A; 2JA9 A; 5ILB A; 4JOR A; 3PDV A; 3TSZ A; 1QLC A; 1V5L A; 1KWA A; 2FN5 A; 1N7F A; 1IU0 A; 3QGL A; 2K20 A; 1OZI A; 1UJU A; 3NGH A; 2OS6 A; 2V90 A; 4Q6H A; 2EV8 A; 4K76 A; 4L8N A; 1UG8 A; 1VIG A; 2O2T A; 2M6Q A; 4GKJ H; 2I0I A; 1KY9 A; 4NXM H; 5G1D A; 2KOJ A; 4PQW A; 2M3M A; 4BA2 I; 4QMF B; 1FC7 A; 4FGM A; 1WFV A; 4GVC A; 3VQF A; 3SHW A; 4UU5 A; 2REY A; 4DV2 H; 2KOH A; 2KA9 A; 4NXQ A; 2UUA H; 1K1G A; 2LF0 A; 3K82 A; 2VQF H; 2DM8 A; 1XMO H; 4OO1 G; 4E9J A; 3TSV A; 2E7K A; 1MSZ A; 4NZR M; 1Z2I A; 4NXR A; 1N7E A; 3KDG A; 4LFC H; 3O5N A; 2QKV A; 2JSN A; 4DR2 H; 2UXC H; 5C0X G; 2O4C A; 2DLU A; 4JI8 H; 1D5G A; 4K72 A; 2JWE A; 3RLE A; 4DR1 H; 2QKT A; 2OQS A; 2VSV A; 2CTE A; 1RGR A; 2VPH A; 3HPM A; 2ANR A; 3OTP A; 5FHT A; 3SUZ A; 3L4F D; 4E35 A; 2EDP A; 3HPK A; 4YYX A; 4NMV A; 2YUY A; 2EEH A; 2MX6 A; 2LC7 A; 4NNL A; 1IBL H; 1GQ5 A; 1N34 H; 1N33 H; 2FE5 A; 2PNT A; 1WHD A; 2X7Z A; 2ENO A; 2H3M A; 1V5Q A; 1FC6 A; 4JOF A; 2EXG A; 3CBY A; 4JV5 H; 1G9O A; 4B3T H; 4JI6 H; 4LF5 H; 1WHR A; 3V69 A; 1ZUB A; 4GVD A; 2OCS A; 2CTK A; 4Z33 A; 5HFC A; 2LRR A; 4H8A A; 1N36 H; 1I16 A; 2DC2 A; 2JEB I; 5JEA G; 1N7T A; 2QKU A; 1NXU A; 2PDZ A; 4LF6 H; 1VB7 A; 2JEA I; 1KHM A; 2KJK A; 2CPQ A; 5IT9 W; 1UEZ A; 1DT4 A; 2M10 A; 1Q7X A; 2HE4 A; 4HOP A; 5IWA H; 1J5K A; 2OZF A; 5E1Y A; 3CC0 A; 1YBO A; 4H11 A; 2G2L A; 4K0K H; 4X65 H; 3QD7 X; 1NTE A; 2UUC H; 1MFL A; 2LC6 A; 1W9O A; 2F5Y A; 2EEG A; 2JIK A; 4B8C D; 2VQE H; 3I18 A; 4Q6S A; 3PV5 A; 1SEI A; 3JXT A; 4B3M H; 4Q3H A; 1UHP A; 1HR0 H; 4DV0 H; 3GCN A; 1Y7N A; 1W9Q A; 2AWX A; 4DR7 H; 2M0T A; 4YDP A; 5D13 A; 4LF9 H; 2DJT A; 2LA8 A; 1N6E A; 2FFM A; 4DV1 H; 5LMU H; 4LF4 H; 2H2B A; 5HED A; 1V1T A; 5IL9 A; 4REY A; 1U3B A; 1I6U A; 2JIN A; 2DGR A; 2K1H A; 1TP3 A; 1TUA A; 4DUZ H; 1X0A A; 1HNZ H; 2F4V H; 1FKA H; 1X5R A; 2FMR A; 2DLS A; 2PY9 A; 1WIF A; 5HF1 A; 4OX9 H; 1Q3O A; 2VRF A; 2KRG A; 2IWQ A; 3TMH A; 4DR5 H; 3GDV A; 2QT5 A; 1WF7 A; 4OD6 A; 5FLX W; 5K36 G; 1PQX A; 3AEV B; 1IHJ A; 4HOP B; 4WYT A; 4DV5 H; 4UU6 A; 5HFF A; 2HHH H; 4JI1 H; 4AMH A; 2L4S A; 3MH7 A; 4YY3 H; 1WE8 A; 1N6F A; 1UJD A; 3NFK A; 2KG2 A; 3CS0 A; 5HF4 A; 4LIJ A; 3QIK A; 3FAU A; 2ZQE A; 3ID2 A; 2R3Y A; 5BR8 H; 1SOZ A; 2VKC A; 4JI2 H; 4IFD G; 2L4T A; 1FJG H; 2KAW A; 5HEB A; 3U1K A; 1WJL A; 3HVQ C; 1L6O A; 2CWF A; 4DV7 H; 2YT7 A; 3RL7 A; 1WHA A; 2QBW A; 2OGP A; 2M0U A; 1VIH A; 2KL1 A; 2I6V A; 3I1E A; 4AM3 A; 1ZZK A; 1VJ6 A; 1X5Q A; 1Z86 A; 2CTF A; 4B3R H; 4PDB A; 4OEP A; 2DMZ A; 4F8K A; 2ZM6 H; 1N32 H; 4EC5 A; 2YT8 A; 5GND A; 2MHO A; 3WKM A; 1OBZ A; 2CTM A; 3OU0 A; 2Y3M A; 2FPH X; 4RI0 A; 1XMQ H; 2UXB H; 3LNY A; 2EHR A; 1MC7 A; 1IBM H; 3GDU A; 1SOT A; 4X62 H; 3VKE A; 3GKU A; 4JI5 H; 3NFL A; 2WL7 A; 5HEY A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2PZD A; 2GEF A; 2DB5 A; 2Q9V A; 2PKT A; 3DOR A; 3MH6 A; 2OMJ A; 4DV6 H; 2RRM A; 2I04 A; 2Q3G A; 2D92 A; 1UJV A; 1QAU A; 4X64 H; 2KQF A; 4K78 A; 3T1Y H; 4DR6 H; 2YUB A; 3PV2 A; 1UEP A; 1UM1 A; 2IWP A; 4DV4 H; 4E34 A; 2UXD H; 3NCV A; 4FLN A; 1HNW H; 1I94 H; 2FNE A; 4K75 A; 1WH1 A; 1WI2 A; 2QG1 A; 2KJP A; 2H2C A; 2W4F A; 4JJ0 A; 1UM7 A; 4NMP A; 4LFB H; 1Z87 A; 1S03 G; 1RGW A; 3GCO A; 4DV3 H; 4NMT A; 1X45 A; 5EZ0 A; 2G5M B; 4NZT M; 1LCY A; 1FC9 A; 3QE1 A; 5I7Z A; 1HNX H; 4R2Z A; 1P1E A; 4NMQ A; 4KHP H; 5DT9 A; 3EGH C; 4JOP A; 2V1W A; 1IU2 A; 2CSS A; 3J80 W; 2GZV A; 3BPU A; 5FB8 C; 3GAB A; 2JIL A; 1U37 A; 2EEI A; 3GDS A; 2RCZ A; 2AWU A; 4N6X A; 3J7A K; 4NMS A; 2IWN A; 3FY5 A; 1V6B A; 1N99 A; 5HFD A; 2JOA A; 4OCH A; 3MH4 A; 2D90 A; 3SHU A; 3GR5 A; 4K6Y A; 2D8I A; 2EDZ A; 1XNR H; 5HET A; 3GGE A; 4KFW A; 1W9E A; 2ZPL A; 3E17 A; 3LNX A; 1VCW A; 2UUB H; 2KPK A; 1P1D A; 5E11 A; 4G69 A; 1ZOK A; 3PS4 A; 2VWR A; 5DTH A; 4JJ3 A; 2H3L A; 1BE9 A; 2DKR A; 4LF8 H; 1NF3 C; 3PV4 A; 4O06 A; 2OPG A; 3T1H H; 4LF7 H; 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1F0X A; 4JI0 H; 3GJ9 A; 3QJM A; 2UZC A; 2DAZ A; 3ID4 A; 3J81 W; 3OSS D; 4MPA A; 4NMO A; 5LL6 b; 1MFG A; 2EGK A; 1U39 A; 2JXO A; 1T2M A; 1FCF A; 1N6D A; 3R69 A; 5F3X A; 1UEQ A; 3ID3 A; 3SOE A; 2KOM A; 1UF1 A; 4JOJ A; 1XZ9 A; 4EDJ A; 3DJA A; 1Q3P A; 3KHF A; 4LMM A; 1X5N A; 2YTW A; 4LFA H; 1UEW A; 1GQ4 A; 3STJ A; 2PT7 G; 3SFJ A; 2BYG A; 4WYU A; 4NMR A; 1U38 A; 2LOB A; 3CYY A; 3JAM W; 1KEF A; 4NXP A; 3OET A; 2IWO A; 3R68 A; 4JOH A; 3B76 A; 4OEO A; 4E3B A; 5E6P B; 3TSW A; 1WG6 A; 4JI7 H; 4XHV A; 3VQG A; 2W7R A; 3QO6 A; 4X66 H; 4GKK H; 4NXN H; 2L97 A; 4DR3 H; 2AIN A; 2Z9I A; 3CBZ A; 1AN7 A; 2R4H A; 2OSG A; 3K1R A; 1B8Q A; 1UFX A; 1X8S A; 1J5E H; 2ZPM A; 2M0V A; 1WFG A; 2FCF A; 2M0Z A; 1IBK H; 3KZD A; 1RY4 A; 5ILB A; 4JOR A; 3PDV A; 3TSZ A; 1QLC A; 1V5L A; 1KWA A; 2FN5 A; 1N7F A; 1IU0 A; 3QGL A; 2K20 A; 1OZI A; 1UJU A; 3NGH A; 2OS6 A; 2V90 A; 4Q6H A; 2EV8 A; 4K76 A; 4L8N A; 2O2T A; 4GKJ H; 2I0I A; 1KY9 A; 4NXM H; 5G1D A; 2KOJ A; 4PQW A; 2M3M A; 1FC7 A; 4FGM A; 1WFV A; 4GVC A; 3VQF A; 3SHW A; 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