2A1SA

Crystal structure of native parn nuclease domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
430
structure length
391
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLREPVTIPEDQKKFIDQVVEKIEDLLQSEENKNLDLEPCTGFQRKLIYQTLSWKYPKGIHVETLETEKKERYIVISKVDEEERKRREQQKHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLFLMRVMDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly(A)-specific ribonuclease PARN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 112
structure length 391
sequence length 430
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1sA01
3.30.1370.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 R3H-like domain 2a1sA02
4CHYA 4QOZB 4O5BA 4FLTA 1UAXA 3HSTB 1S1WA 3L2QA 3L2WA 3LPTA 2BE2A 1RBSA 2P51A 2AJQA 5SWMA 3F73A 3AO1A 2X6NA 4KTZA 2OA8A 2FBVA 4O44A 3CQ8A 1X9MA 1WSGA 3V4IA 4DSIA 2HNYA 4FJNA 1WN7A 1GOCA 1HYZA 4O55A 4BWMA 4UQGA 3OYNA 4KTWA 4FLZA 1EKEA 2IOCA 2KQ2A 3OYMA 1S1VA 1QS4A 4CGHA 4CJSA 1HMVA 3G10A 1VSMA 2G8HA 1HNVA 2HHQA 2KTQA 4KB0A 4C8MA 2IC3A 1KFSA 4AHRA 1S1UA 2HB5A 4LY7A 2QKKA 3PY8A 3JSMA 1ASWA 3MXIA 3ZSOA 3LWMA 1SKSA 3K58A 3DYAA 1VSIA 3SUPA 1JKHA 1C0TA 4N47A 3BGRA 3ITHA 2G8VA 1WSIA 1QTMA 1SV5A 2Z1HA 4Z4HA 3HVRA 1L5UA 1TAQA 4FJGA 2OPQA 3AO3A 3TAPA 4FJ5A 1JLGA 2E4LA 2I5JA 2YHAA 3HYFA 2LSNA 3T1AA 3VQ4A 3L2UA 2VWJA 2OPPA 1A5VA 4CGDA 3PX6A 2PZSA 4FZYA 4EP5A 4DSKA 3I0SA 4E7LA 4J2DA 4OVLA 4CEOA 2XHBA 3DLKA 3V9ZA 3SUOA 3SJJA 1DTQA 3MAQA 1TKZA 5HLFA 3TARA 4E1NA 3TANA 1VSFA 4W5NA 3LP3A 4EZ6A 4Z0UA 3OYDA 4FK0A 4BE1A 2CPMA 2FBYA 3NGYA 1NOYA 1C1AA 3HVTA 1BI4B 1LWCA 4RW9A 3T3FA 3VQQA 3QEIA 4KI4A 3I0RA 3L8BA 3HPHA 5EU7A 1EETA 2YNIA 3MXMA 3RR7A 2ITGA 3DLEA 1RTJA 4M3UA 3RR8A 2LRRA 1NK0A 1RTDA 3V1OA 4YFUA 4TSXA 3PO4A 4NCBA 3KIOA 2RF2A 4FLYA 5HP1A 3OS2A 3G0ZA 4CHPA 3AO4A 4JLHA 4OGCA 5C24A 3AVMA 3VQ8A 4DS5A 3DOLA 3DLRA 3JYTA 3NHGA 1BHLA 4W5RA 2G8KA 3KTQA 4DQPA 2DTUA 2B5JA 3EY1A 4CJFA 5KGXA 3A2FA 3KD1E 1IKXA 2ZE2A 4IBNA 4DSLA 1RBUA 4JRQA 3HM9A 2DY4A 3K5OA 1U04A 1LWFA 1NK7A 2B4JA 1D9DA 3QIOA 1VSKA 2ATQA 5CZ2A 3SCXA 5I3UA 1UWBA 4J2EA 3H08A 2Y1IA 3O3GA 3SNNA 3DLHA 3AVAA 1YTUA 1TKTA 4OLBA 1T03A 4I9QA 4E7JA 4C8OA 1Z25A 3QINA 3LZJA 4FJHA 4Z4CA 4CFDA 3RRHA 4FJMA 2HHSA 3K57A 1TGOA 4DMNA 2X78A 4W5OA 5J2NA 4DSFA 4F2RA 4CGJA 4CJQA 1NK8A 4B9SA 1VK0A 1ITGA 3RRGA 3WNHA 1BISA 1DLOA 1WSFA 1NK4A 2XY8A 3HXMA 1SL1A 3LZIA 1U47A 3VQ5A 5I42A 4FXDA 3AVBA 4CHNA 4CGFA 1WAJA 3K5LA 1XI1A 4C8KA 5D3GA 2Y1JA 3RWUA 1RBVA 4AILC 3NAEA 5JS2A 3MEEA 4CEAA 3D0PA 1ZBUA 4C8NA 1BQNA 2XRIA 4DTOA 1LV5A 1VRUA 1J5OA 1GOAA 1UOCA 3P5JA 2G8IA 1U45A 2F8TA 1NJZA 1TVRA 4FLXA 4M41A 4CFCA 4KI6A 3MEGA 4JS5A 4QAGA 1RCHA 1VSJA 4DQRA 3TAEA 3TABA 4FW2A 4IDKA 4DS4A 1RTIA 4IG0A 2BGGA 3O3HA 2QK9A 3NFAA 3ZSXA 4EZ9A 4PUOA 2WONA 2OPSA 2YNHA 3DMJA 4LD0A 3TAGA 1CZBA 1BCOA 1WSJA 3OYFA 3F9KA 3CG7A 3VQ9A 4DFKA 2A1RA 1KSPA 4CEBA 3NCIA 1FKOA 3MXJA 4HTUA 2PYLA 4CJTA 4PA1A 4M3YA 3M8SA 4FJLA 3VQBA 5KTQA 3VN5A 1LAVA 1HPZA 1IG9A 1C1BA 2EHGA 4B08A 1Q9YA 4KPYA 4R5PA 1IH7A 2HVHA 1HYVA 3T19A 4GVMA 1JL2A 4H4OA 3NH1A 4FJXA 5SZTA 1RT3A 4J2AA 1ZYQA 4FZZA 4QCLA 1RT7A 4ID5A 3AA2A 1EP4A 1J9AA 4B9LA 4B9NA 1LW2A 1REVA 4B3OA 3TAMA 1JL1A 2VG7A 2VWKA 4DFJA 4EP4A 1L3TA 3RTVA 3KLEA 3HT3A 5HRSA 3DRRA 1VRTA 4DLEA 1HRHA 2YKMA 4CJVA 2XY7A 3HPOA 4B9UA 3DI6A 1EXQA 4FM1A 3K5NA 3ULDA 2HMIA 4CJLA 2XY6A 1L3UA 3RMBA 1KVBA 1LAWA 3LP1A 2XO7A 4DF4A 4E7IA 3AA5X 5CY4A 3S3MA 4CESA 2P5GA 2YV0X 1X9WA 4BDPA 1BL3A 4FW1A 3KLGA 3SQ4A 1T8EA 1Q9XA 4KHNA 3V9UA 1B92A 3EZ5A 2F8SA 1ZBLA 1KFDA 1WSHA 3IS9A 2IS3A 3LP2A 4KV8A 1JLAA 4CE9A 4ZTFA 4DTNA 4Y1CA 1RT2A 3UIQA 2YNGA 4IFYA 2HHVA 1NKBA 4CEEA 3CM6A 4CK2A 5DK5A 2G8WA 3PV8A 2E6LA 4OKEA 1MU2A 1FKPA 4LSLA 4PWDA 4B9VA 2FC0A 4F3OA 4CEQA 4G1QA 1ASUA 3RMDA 4AHTA 1WAFA 4FJ8A 3LANA 4FLUA 4FJ9A 1FXXA 3SYZA 2YNFA 1ZBFA 4BE0A 3GKUA 1JLQA 4I9LA 1TV6A 3QIPA 5FRMA 1JXBA 2IAJA 4OPKA 4DTRA 2KFZA 4FM0A 4KKOA 4DQIA 3V1QA 1NJYA 2QKBA 1RT6A 3DOKA 4H4MA 1B9DA 3LALA 2KW4A 3ZSVA 4FZXC 4CJPA 1S9EA 3OYLA 3V9XA 2OZSA 4H8KA 1B9FA 2OZMA 1JLCA 1K6YA 1KVAA 3LAKA 3V1RA 3HJFA 3V9WA 3SQ0A 1DTTA 4CIFA 3M8PA 4CF9A 2YKNA 1ZBHA 3QO9A 5CZ1A 1W9HA 2BDPA 1UG8A 5JS1A 1JLBA 1FK9A 1Q8IA 3FFIA 1RNHA 5HRNA 3S3NA 5HRRA 4ELTA 1YTAA 3P83D 3O3FA 5HRPA 1UA1A 1TKDA 4AHVA 4J2BA 1IKYA 2B6AA 1A5XA 4DLGA 3SQ1A 3D45A 2DFHA 3O4QA 4DF8A 4BE2A 1C0UA 2FBXA 3KK2A 3NH2A 4N76A 4KHSA 4ELVA 1L3SA 1S6QA 1RT5A 1VSLA 4CJWA 1NJXA 4NCAA 5K14A 1ASVA 4CHQA 2X74A 2PY5A 4RW7A 3K2PA 3QNNA 3KK1A 2ETJA 4FM2A 3AVLA 5FRNA 1JLEA 2BANA 4FLWA 4M42A 4KRFA 4HCBA 1LW0A 4GW6A 5C42A 1O1WA 3L2RA 3THVA 4OKKA 3OYJA 2KFNA 3OYCA 3K59A 4KFBA 3PUFA 4GMJB 4CJKA 1U48A 4KHYA 4I2PA 4LH4A 3OYHA 4Z4FA 1SKWA 4M3ZA 4Q5VA 4BACA 3L2VA 3OVNA 4DTMA 1XC9A 2HW3A 2DFFA 3NDKA 3DRSA 2GUIA 3AVGA 4CHOA 3MEDA 4KO0A 4M3XA 4DSEA 4Z4IA 1JXEA 3KLIA 4CIEA 3V9SA 3VA3A 1C0MA 3OS0A 3KKRA 3RMAA 3AVJA 1QHTA 3L3VA 3CM5A 3TAFA 3QEVA 3SQ2A 1RTHA 3HP9A 1BGXT 1D5AA 4NCGA 3VQEA 3U3YA 3NF8A 3AO2A 4HVJA 4DTSA 3HO1A 3NF9A 3OJUA 3NE6A 4CGIA 4BDYA 2HVIA 1MSZA 3AVHA 1I3AA 1RDDA 2D5RA 3KLFA 4HHTA 4DTUA 3U6FA 3SUNA 3AA4A 3NH0A 2KZZA 3OYBA 1S5JA 2XY5A 1TL1A 1BIZA 4E7HA 3ZSQA 1L3VA 4ID1A 1D9FA 4IFVA 4M3TA 3CFRA 1NK6A 1BI4A 4I7FA 3DLBA 3I8DA 1S6PA 3OYKA 1QQCA 2HNDA 3ZSWA 3O4NA 3DRPA 5J2QA 3HL8A 1BIUA 4YNQA 1HYSA 4B8CA 3U3GA 1TK0A 3OYGA 1W0HA 1WNSA 3C6UA 1JLFA 3ISNC 4DFPA 4W5TA 4FJJA 4ZHRA 3TWHA 4F8RA 4O0IA 1BQMA 2OPRA 1ZBIA 3WNGA 1WLJA 1NKEA 2GBZA 3CFPA 2ZD1A 3AVKA 1U49A 3AV9A 1RDAA 3LAMA 3SPYA 2X6SA 3NBPA 3ZT4A 1T7PA 1KVCA 2ZQBA 4B9MA 1HQUA 1XHZA 1TK8A 3V81A 4KHUA 2WOMA 1NK9A 3NF6A 1CZ9A 3DLGA 3ZSRA 2IDOA 3MECA 4DTXA 4E89A 4CK3A 3L3UA 3AVCA 1S1TA 2HNZA 4FLVA 3OS1A 2KZMA 5CYMA 1HJRA 2Z1JA 3CFOA 3RMCA 4F2SA 3P1GA 1EX4A 4OJRA 5DMRA 4B8AB 3PX4A 4DTJA 4DFMA 1XWLA 2W42A 5FDLA 4DSJA 2VG5A 3K5MA 4N56A 1KCFA 3SV4A 3QEPA 1N5YA 3KKSA 2PYJA 2D0BA 4KTQA 3C94A 1QSYA 2GV9A 4LSNA 1RBRA 3DM2A 3LPUA 3VQDA 4JS4A 4E1MA 4FK4A 2QXFA 3QESA 4DQQA 1SKRA 3KK3A 4MQ3A 3ZT3A 3M8QA 4CEFA 4ICLA 3ZCMA 4KAZA 4L8RB 1QE1A 5KGWA 2NUBA 3IG1A 4M3RA 4CGGA 5J1EA 3KJVA 1WSEA 4AHSA 1VSDA 4FCYA 3SV3A 1R0AA 2G8FA 4CK1A 4PQUA 2P1JA 4RG8A 1IKVA 2Z1GA 2YHBA 1J53A 3WNEA 4F4KA 4HCCA 4K8XA 2RPIA 4HUFA 5FROA 1S9GA 3ZT2A 4CF2A 1NOZA 2A1SA 3C95A 1C1CA 3AA3A 1TKXA 2Z1IA 5KRSA 4AHUA 5KRTA 1NJWA 3HPGA 1WHRA 4HUEA 2P5OA 1VSHA 1TL3A 3QEWA 4XIUA 5HBMA 1KLNA 4IKFA 3VQAA 2EX3A 4M45A 4CJ5A 4N5SA 3LP0A 3EYZA 1RT1A 3VQ6A 1HNIA 4OPJA 1Z26A 3QLHA 2R7YA 1KTQA 1C6VA 1QSLA 4C8LA 5T7BA 3ZSZA 2VG6A 3VQPA 4CF0A 4K8ZA 4HUGA 3CYMA 1RILA 3VQCA 1HQEA 4W5QA 3OYEA 2HHWA 3ALYA 5C25A 2E6MA 4RW4A 4Y1DA 3VA0A 4CFAA 2F96A 4IG3A 2HHUA 3IAYA 2HHTA 3SI6A 4FJIA 3E01A 3HP6A 3QEXA 1D8YA 3HK2A 3LDSA 1I39A 4CJRA 3NGZA 3AVFA 4WE1A 2O4GA 3BDPA 1A5WA 2DFEA 5HROA 4DTPA 4KB1A 3B6PA 4FYDA 1TAUA 1X1PA 3AO5A 3ZT0A 3ASMA 4LH5A 4RW8A 2FBTA 4B9TA 4F3TA 4CERA 1CXUA 3SPZA 4CJUA 4PY5A 1N6QA 3PO5A 4CHZA 3NGIA 4DG1A 4DU1A 4OKJA 1F21A 2G8UA 5E41A 1BCMA 4ZTJA 3VQ7A 1UA0A 1X9SA 3NF7A 4CJ3A 4Z4GA 4RW6A 4BWJA 1YVUA 1CLQA 1RT4A 3OJSA 3QNOA 4KHWA 4CECA 2JGUA 3OY9A 4O0JA 1RBTA 2JLEA 4CF8A 3WNFA 4CJ4A 4OGEA 4CCHA 5J2PA 2RN2A 5CYQA 5J2MA 3QETA 4FK2A 4E0DA 1IKWA 1SL2A 4Z4EA 3SUQA 4FJKA 2D0AA 4AHCA 3KLHA 1KLMA 3AVNA 4NYNA 3KD5E 3OYAA 4I2QA 3TR8A 3TAQA 2Q3SA 4DU3A 4DU4A 2IGIA 3PX0A 4KREA 1YT3A 4CEDA 2OYQA 4MFBA 1RDCA 1TK5A 4Q0BA 3SZ2A 1SL0A 4JRPA 3AVIA 1GOBA 3IRXA 3QERA 4CIGA 4E19A 1U4BA 4ELUA 2HHXA 4CEZA 1QSSA 1S1XA 4E7KA 1SUQA 4FVMA 3ZSYA 3S9HA 3B6OA 1NKCA 4OLAA 1IO2A 3C6TA 3M8RA 1RDBA 2RKIA 3LWLA 1NK5A 3V6DA 4O4GA 5KI6A 4E3SA 4N41A 4NYFA 4CF1A 2O4IA 4FJ7A 4AH9A 4KHQA 4CFBA 3S3OA 4BDZA 1LWEA 1G15A 1VSEA 1XHXA 1Y97A 2D0CA 1KRPA 4M3WA 3ZT1A 4CJEA 1CXQA 3OYIA 4DWIA 1T05A 4DQSA 3TI0A 1J54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSPA 4PL7A 3LDQA 1S1WA 3L2QA 1ATRA 3IFRA 1RBSA 2P51A 4JI3H 3MWTA 4CBWA 5SWMA 2X6NA 4KTZA 2HH3A 3U1KA 1X9ZA 2FBVA 2UUAK 4FPBA 4O44A 1WSGA 4DSIA 1WN7A 2YJEA 4O55A 1ZTGA 4KTWA 4FLZA 2IOCA 2KQ2A 4CGHA 4CJSA 4FO0A 3G10A 2HBMA 1BUPA 4CZMA 4DR1K 4AHRA 2UUBK 4LY7A 5JICA 3ZSOA 3LWMA 1BWFO 3K58A 1J5EH 3KDKA 4A5AA 1JKHA 4JD2B 1C0TA 1XMQH 3L4QA 2D0PA 2G8VA 2JEAI 4DV1K 3G25A 3AO3A 3TAPA 2E4LA 4CZFA 2VWJA 3CJ7A 3PX6A 4FZYA 5K36G 4WANA 5AQKA 5KPTA 5JVGL 2E88A 3TANA 1N36K 3U8XA 3MMVA 3QFPA 3HVTA 1BI4B 2PT7G 3I0RA 5FPNA 1I94H 5EU7A 2YCHA 1OH5A 3JS6A 5AZJA 4C23A 4FLYA 2JA9A 2ASOA 4DV7H 3G0ZA 1N33K 5C24A 3SQ4A 3AVMA 3NHGA 4DQPA 4LFAK 2UU9K 1M90O 3QFUA 2E2OA 3I56N 5BR9A 1JJ2M 2DY4A 4JK9A 5I3UA 3SCXA 4CI6A 2M8WA 2HSTA 1C0GA 3BF1A 4WFAL 4B8TA 1YTUA 2CH6A 4Z4CA 1S3XA 2NRVA 3RRHA 4FJMA 4DMNA 2X78A 3BP8A 3R9PA 3SAFA 5E26A 4DSFA 4F2RA 3IMXA 5AQLA 1ITGA 3TSUA 1BISA 2NRWA 4FPAA 4M7XA 4IOAL 1U47A 3EEQA 3O6WA 4CHNA 1WAJA 4AILC 4IFEA 1ZBUA 4C8NA 1BQNA 3L7ZC 2XRIA 1J5OA 1BU6O 3G4SN 2F8TA 4LF5K 4KI6A 3TAEA 4DQRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4CHY A;  4QOZ B;  4O5B A;  4FLT A;  1UAX A;  3HST B;  1S1W A;  3L2Q A;  3L2W A;  3LPT A;  2BE2 A;  1RBS A;  2P51 A;  2AJQ A;  5SWM A;  3F73 A;  3AO1 A;  2X6N A;  4KTZ A;  2OA8 A;  2FBV A;  4O44 A;  3CQ8 A;  1X9M A;  1WSG A;  3V4I A;  4DSI A;  2HNY A;  4FJN A;  1WN7 A;  1GOC A;  1HYZ A;  4O55 A;  4BWM A;  4UQG A;  3OYN A;  4KTW A;  4FLZ A;  1EKE A;  2IOC A;  2KQ2 A;  3OYM A;  1S1V A;  1QS4 A;  4CGH A;  4CJS A;  1HMV A;  3G10 A;  1VSM A;  2G8H A;  1HNV A;  2HHQ A;  2KTQ A;  4KB0 A;  4C8M A;  2IC3 A;  1KFS A;  4AHR A;  1S1U A;  2HB5 A;  4LY7 A;  2QKK A;  3PY8 A;  3JSM A;  1ASW A;  3MXI A;  3ZSO A;  3LWM A;  1SKS A;  3K58 A;  3DYA A;  1VSI A;  3SUP A;  1JKH A;  1C0T A;  4N47 A;  3BGR A;  3ITH A;  2G8V A;  1WSI A;  1QTM A;  1SV5 A;  2Z1H A;  4Z4H A;  3HVR A;  1L5U A;  1TAQ A;  4FJG A;  2OPQ A;  3AO3 A;  3TAP A;  4FJ5 A;  1JLG A;  2E4L A;  2I5J A;  2YHA A;  3HYF A;  2LSN A;  3T1A A;  3VQ4 A;  3L2U A;  2VWJ A;  2OPP A;  1A5V A;  4CGD A;  3PX6 A;  2PZS A;  4FZY A;  4EP5 A;  4DSK A;  3I0S A;  4E7L A; 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