The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
174
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sequence length |
693
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structure length |
659
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Chain Sequence |
AMNKIRKTFQYGKHEVTFETGEMARQATGAVVVRMGDTVLLVSVVAKKEAEEGRDFFPLTVNYQEKTYAAGKIPGGYFKRERPTEKETLTSRLIDRPLRPLFPKGFTNEVQVIATVLSVDSKVPTDIPAILGASAAIGLSGIPFNGSLGAARVGYRGGEYLLNPSLDELKDSALDLVVAGTRDAVLMVESEAQELPESVMLGAVLHGHQAMQVAIQAIAEFIQEAGGAKWEWEPPTVNTALEKWVVEKSEAPLKKAYQIQEKTARQAQIQAIRDQLLADRAAEREGEENAVNEHELAVIFHELERRIVREQILTGQPRIDGRDTKTVRPITVKVGVLPRSHGSALFTRGETQALVVTTLGTERDAQSIDDLDGDRQEEFIFHYNFPPFCVGEVGFMSGPKRREIGHGRLAKRAVVPVVPTLDKFPYVIRVVSEILESNGSSSMASVCGSSLALMDAGVPTKAPVAGIAMGLIKENDKYAVLSDILGDEDHLGDMDFKVAGTSNGVTALQMDIKIEGITKEIMEQALDQAKEGRLHILSIMNKVLDKPRSQVSDLAPQYVTMKINPEKIRDVIGKGGVVIREITEATNCAIDISDDGTIKIAAHTTEEGEAAKRRIEELTAEGTVKFGAFVQILPLVISQIAQERVDYVKVIQGRVRLSM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
|
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Coxiella burnetii
|
total genus |
174
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structure length |
659
|
sequence length |
693
|
chains with identical sequence |
B, C
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ec nomenclature |
ec
2.7.7.8: Polyribonucleotide nucleotidyltransferase. |
pdb deposition date | 2013-10-23 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00013 | KH_1 | KH domain |
A | PF00575 | S1 | S1 RNA binding domain |
A | PF01138 | RNase_PH | 3' exoribonuclease family, domain 1 |
A | PF03725 | RNase_PH_C | 3' exoribonuclease family, domain 2 |
A | PF03726 | PNPase | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | GHMP Kinase, N-terminal domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | GHMP Kinase, N-terminal domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | K Homology domain, type 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1R6M A; 2CTK A; 2Z0S A; 3VKE A; 3H36 A; 2BA0 D; 2JE6 B; 4OO1 A; 2HH3 A; 4IFD G; 1X4M A; 5JEA B; 5K36 B; 4IFD E; 1OYP A; 1R6L A; 5JEA D; 3AEV B; 4NBQ A; 1UDN A; 4IFD A; 3KRN A; 1EC6 A; 2CTF A; 1ZZJ A; 1E3P A; 2JEB B; 2OPV A; 2P2R A; 2AXY A; 2PO2 A; 4BA1 A; 3L7Z C; 3M7N G; 2PO0 B; 3V69 A; 1WHU A; 1ZZI A; 1E3H A; 2MJH A; 5C0X B; 2OPU A; 2C37 A; 1KHM A; 5C0X D; 3GLL A; 4OO1 F; 4OO1 C; 1DTJ A; 1J4W A; 4OO1 G; 4AM3 A; 2BA0 G; 4OO1 E; 2BA1 D; 2QND A; 2C39 B; 2PY9 A; 2JEA B; 5JEA F; 4IFD F; 5JEA G; 4IFD C; 2BA0 A; 5JEA E; 2PQU A; 5K36 D; 2PNZ B; 2NN6 B; 5JEA A; 4BA2 B; 2E3U A; 2BR2 A; 2NN6 D; 1UDO A; 2HH2 A; 2WP8 B; 3CDI A; 4BA1 I; 2C38 B; 2CPQ A; 1J5K A; 3M85 G; 4LIJ A; 1UDS A; 2PO1 B; 2YQR A; 4JVH A; 2WNR B; 2JVZ A; 4WAN A; 3GCM A; 1VIG A; 2PO0 A; 3CDJ A; 4QMF B; 2BA1 G; 2CTJ A; 2ANR A; 3B4T A; 5K36 F; 5JEA C; 5K36 G; 2FMR A; 2C39 A; 5K36 E; 2JEA A; 2JE6 A; 5K36 A; 4BA1 B; 3DD6 A; 3H1C A; 3GME A; 4BA2 A; 1ZZK A; 3L7Z B; 1K1G A; 1TUA A; 1X4N A; 2C37 B; 2JEB A; 2WNR A; 4JVY A; 5C0X F; 2DGR A; 1OYS A; 5C0X C; 4OO1 B; 1WVN A; 5C0X G; 1ZTG A; 1OYR A; 5C0X E; 4OO1 D; 1VIH A; 2JZX A; 2JEA I; 5C0X A; 2BL5 A; 4IFD B; 2JE6 I; 4AID A; 2BR2 B; 4IFD D; 2ANN A; 2JA9 A; 5K36 C; 4BA2 I; 1UDQ A; 2NN6 F; 2NN6 C; 2NN6 G; 3U1K A; 4WAL A; 2PO2 B; 2NN6 E; 3HKM A; 2JEB I; 2PNZ A; 2NN6 A; 3M85 D; 2WP8 A; 2CTL A; 2C38 A; 4B8T A; 3M7N D; 3L7Z A; 4AIM A; 1DT4 A; 2CTM A; 2CTE A; 2PO1 A; 1WE8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MLG A; 3T1H H; 4YY3 I; 1TWC J; 3CJR B; 4AIJ A; 2O7O A; 2OUM A; 2VPR A; 3I3L A; 4U88 A; 1BOB A; 2W82 A; 4LLL A; 1P4A A; 3CMY A; 1IXC A; 5K36 B; 1ZGA A; 3F8N A; 1B9N A; 2QEN A; 4ZDP A; 4BHC A; 4NC8 A; 1WJF A; 2R3V A; 2ZSH B; 3ABL H; 1XXE A; 3J80 Z; 3OYN A; 2QSF X; 1R5H A; 1G4D A; 2DOF A; 2JRM A; 4DR7 I; 1SEI A; 3AL0 B; 3F0C A; 4GKK H; 4XOT A; 1V8C A; 2EK5 A; 1VQ5 I; 4GYG A; 2L9N A; 3HOY J; 1XGN A; 1U3E M; 5CVV A; 3LSM A; 4OO1 C; 2IA0 A; 2LOO A; 1IBK I; 2GA2 A; 1VI7 A; 1ETY A; 1P6R A; 2E7X A; 5LD2 C; 2BYV E; 4IHT A; 4XLF A; 4IFD F; 4E7K A; 4MQV A; 4MQY A; 2E5L E; 2UUB I; 3GEZ A; 2RNJ A; 5FJ8 J; 5K36 D; 2XAJ A; 2R92 J; 1P9Q C; 1HOM A; 4BXU A; 1PVG A; 1KGS A; 1ON1 A; 1XTA A; 5E20 A; 5CQE A; 1XDS A; 4NZT M; 1KU7 A; 3K1N A; 2RQQ A; 1A6I A; 3BC8 A; 5J8F A; 5FLX W; 2MLK A; 4MFD A; 1T38 A; 1D1B A; 3B82 A; 4H0E A; 1G6N A; 4OX9 E; 1P2F A; 1Q1H A; 2XUB A; 3QT7 A; 2NAZ A; 1SFK A; 3ECO A; 4NC6 A; 1IN4 A; 1BIB A; 1FBU A; 3J81 C; 3HOX J; 1IBM H; 4V19 K; 4LFA H; 1WCM J; 1WJA A; 1YG2 A; 4CIC A; 2UXC H; 4MHG A; 1T0F C; 3VYR B; 3L09 A; 4GO1 A; 3SFI A; 2A5W A; 2VJ4 A; 3SDG A; 4CXF A; 1Z59 A; 1N77 A; 3DPT A; 5GPA A; 4LCH A; 2Z5C A; 2OA4 A; 2Q8K A; 4KIT B; 1UMQ A; 1FP2 A; 1MX0 A; 3ISP A; 3OR2 C; 2VKE A; 4YFN F; 3JTG A; 2PJR A; 2K85 A; 1F1Z A; 3IUO A; 4URL A; 1GUU A; 3HPG A; 2HPI A; 2HFU A; 1SD7 A; 2BXZ A; 3E3V A; 3JRB A; 3BTC A; 1X4O A; 2XAH A; 3HUG A; 1AWC A; 2EA2 A; 2CQX A; 1XMA A; 4LG0 A; 2QUF A; 4EAT A; 1F43 A; 2Z1D A; 1O7F A; 4Q5S F; 3T1Y E; 3GTG J; 2ANN A; 3EET A; 3Q6N A; 2EIJ H; 1S29 A; 3LSI A; 2R7U A; 2FUG 2; 5J40 A; 4AVZ A; 3ABT A; 3K0L A; 2KFD A; 2FNP A; 1ETO A; 2ECC A; 3JRH A; 1Z1D A; 5LGN A; 2HU9 A; 1XSX A; 3IHU A; 4HF0 A; 1FC3 A; 2OCC H; 3ZR8 X; 2RVC A; 2R5Y A; 1R9T J; 2C38 A; 3OTO I; 2NOJ B; 2JZY A; 1H89 C; 1LNW A; 1Z6T A; 4BU2 A; 5DM6 F; 4FX4 A; 2AE8 A; 5CKT A; 2CTM A; 4A5N A; 1QGP A; 4LOM A; 4YII A; 4XLP F; 4DR6 I; 2MBF A; 1FIP A; 1POG A; 4E7I A; 1CF7 B; 3KFW X; 5HOO A; 4WF2 A; 4A3K J; 4UUS B; 1SEU A; 3W2V A; 4J19 A; 1N36 E; 2AQF A; 1VQK I; 2LY1 A; 2DMU A; 3M1C A; 3LQR A; 4DYC A; 5LEJ A; 1Y0N A; 4MU1 A; 4K0K I; 2E1M B; 1MSZ A; 2B0L A; 1MH3 A; 4DPT A; 1ZZJ A; 2F4O B; 3SZG A; 1R4N B; 2JEB B; 2VES A; 1YLF A; 1FMV A; 2KZG A; 3N97 A; 2E5L H; 2PO2 A; 1L0O C; 2ADU A; 3D5R C; 5JLX A; 2E2H J; 4OCH A; 4C3H J; 2ZME C; 2VOO A; 3FIS A; 3QPL A; 3TGN A; 4CZZ A; 4F7Z A; 4CZC A; 3IRQ A; 3FXU A; 1Z91 A; 3Q0W A; 1D5V A; 4ISA A; 4DR5 H; 2GZW A; 5AON A; 3DPU A; 2WAD A; 4DGW B; 2W84 A; 1IXR C; 3JR9 A; 5F0F A; 1ENH A; 2VBW A; 1QZZ A; 2D2W A; 1OLT A; 1Z0V A; 4RAZ A; 3CCM I; 1Z3Y A; 5JEA E; 4DR4 H; 4EJO A; 3PQJ A; 2A68 F; 2F5D A; 3L9F A; 3TED A; 1G3T A; 1FKA E; 1UDO A; 2LYC A; 1SAX A; 3CDI A; 2IOP A; 1G59 A; 5K1Y A; 2FBH A; 2P4W A; 5TJJ A; 4B3R I; 1K6O A; 3REO A; 3JCU C; 4DR1 E; 3H0G J; 9ANT A; 1J5K A; 2LF0 A; 4LFB I; 2LLK A; 2XAU A; 4X65 I; 1YS6 A; 5IYD J; 1W5C C; 2XAS A; 1HR0 E; 4JI4 I; 4G08 A; 2Z3Y A; 3GCM A; 2DYR H; 5D8L B; 3OY9 A; 4M9S A; 1RR8 C; 4DV2 I; 5ILS A; 3A01 A; 2X1D A; 5KHD A; 4JYA I; 1TW2 A; 1U5T A; 1X4P A; 3S3N A; 5K36 G; 2CW7 A; 2ESN A; 2IRF G; 2MH9 A; 3M8E A; 4A0X A; 1XCV A; 3Q5F A; 1SC7 A; 2M45 A; 3KZZ A; 4Y52 J; 3WU2 C; 3VSK A; 3V5R A; 3HHG A; 3M8F A; 2WV0 A; 4FX0 A; 1ZM9 A; 2DEI A; 2IGM A; 1WUU A; 1BR4 A; 2A3S A; 3WTU C; 3CTA A; 2E34 A; 3DCF A; 3ZKD A; 1R6R A; 4S05 A; 4L0Z B; 2F4V H; 5BR8 I; 1HW1 A; 2X6W A; 4X62 I; 1IJW C; 1VND A; 3M07 A; 5HLG A; 5EDN A; 1RR9 A; 2BM1 A; 2RN7 A; 5K7H A; 1R23 A; 2XGC A; 2M30 A; 1KTV A; 5C0X A; 2JE6 I; 4LF9 H; 4E7H A; 1Z6R A; 1SMY F; 1QZY A; 3VOD A; 3CUO A; 1FX7 A; 2J5P A; 4HSR A; 4PGG A; 2HEO A; 5B5E C; 1I6H J; 2FPH X; 3GTQ J; 2NN6 E; 1OMI A; 2ZKZ A; 3F6O A; 3C2B A; 3K10 A; 1N36 H; 4LK0 F; 1MU5 A; 5F64 A; 3TQN A; 3FKJ A; 3VYT B; 4DR3 E; 4B8T A; 5HDN A; 3U21 A; 5EYR A; 1DT4 A; 2COM A; 4KT5 C; 2K9L A; 3DV8 A; 2A07 F; 1R6M A; 2DMN A; 2NS7 A; 4JI2 E; 4DR2 H; 3GYH X; 2BA0 D; 3BG7 A; 2QF7 A; 4U3D A; 4B3A A; 2EIL H; 4DV7 E; 3AEV B; 1MMG A; 1V54 H; 3V4G A; 2JSC A; 4RB0 A; 3HOU J; 2CTF A; 3MEX A; 3QRF F; 5DCF A; 4XQF A; 4HF1 A; 1E3P A; 2EPF A; 5ILV A; 4OMZ A; 1I94 I; 3I56 I; 3UOE A; 3A0B C; 2Y2Z A; 4IRH A; 2H8R A; 5A2Q Q; 1MMA A; 4EV0 A; 2D9I A; 2XSJ C; 3F8B A; 2M4K A; 3WE3 A; 2ZNY A; 2OAZ A; 3IRR A; 3SJM A; 2F4M B; 3KLN A; 3PM1 A; 3FXO A; 1KHM A; 2UU9 H; 1Z05 A; 3DEE A; 1I6X A; 3ESW B; 1ETW A; 2XV4 S; 2ZJ2 A; 3VYU B; 2XRL A; 2E19 A; 2H27 A; 1TQM A; 2L7K A; 1FMW A; 2BY2 A; 4JG4 A; 1BR1 A; 4GQU A; 1U9O A; 1DPR A; 4YFX F; 4UUS A; 5LL6 b; 4R79 A; 2VON A; 2UUA I; 2NN6 D; 2VC1 A; 3MD2 A; 1V3F A; 5LBQ A; 2HFS A; 1UHW A; 2OJE D; 1S16 A; 4DV0 I; 4CCK A; 1UEL B; 4LF8 H; 4N9I A; 4BUP A; 3OYC A; 1LB2 A; 5A2Q Z; 1Z77 A; 5C4J J; 1KQ0 A; 2LDU A; 4MTE A; 5K7F A; 2YQR A; 3F21 A; 2MAB A; 1QU3 A; 3DEW A; 2G9W A; 4XRS G; 1VQ4 I; 2ZJQ F; 4UTG A; 3MKL A; 1IV6 A; 4AC0 A; 2RV8 A; 3P7N A; 4CHU A; 4I0A A; 2VT3 A; 4XON A; 2RGV A; 3OS2 A; 4QPQ A; 2ZQE A; 1NHI A; 4RB2 C; 2CMP A; 4NNJ A; 4GGG A; 4CA0 A; 2TDX A; 1RRE A; 5H6Q A; 4XTJ A; 5ICC A; 4R1H A; 5FO5 A; 1ZM2 A; 2F48 A; 5DNL A; 2CRG A; 2MC4 A; 2ISY A; 1FJG I; 4GKJ E; 3CC4 I; 4X64 H; 1Y39 A; 2BXY A; 1K1G A; 3FM3 A; 4XMY A; 1MBE A; 1MND A; 4DUZ E; 3DPL C; 1X4N A; 1V55 H; 4BJ6 C; 1HST A; 3O3K A; 1ZN2 A; 1HSJ A; 3RKY A; 3ABM H; 4AQY I; 5H6R A; 1L3L A; 3RKW A; 3TW6 A; 2XKP A; 3I9V 2; 3FX3 A; 1P42 A; 2FJ1 A; 1OYY A; 4L5E A; 1FIA A; 3RZO J; 1HNW H; 2ESH A; 3HSF A; 3IH4 A; 2JZX A; 1OR7 A; 3WTS C; 2J7K A; 2IAI A; 2OZU A; 3DKX A; 3LSK A; 4HOB A; 5IY5 H; 3L2R A; 4Z7Y A; 1YS7 A; 1N78 A; 5L3C A; 2J5O A; 4IFD D; 3PNT A; 4CYC A; 3M9A A; 1RPW A; 2P81 A; 3OL3 A; 5J1U A; 1K7A A; 2EBI A; 2VBX A; 4BKX A; 5H20 A; 3CUQ B; 1W0U A; 1H73 A; 1TWG J; 4AD9 A; 2D45 A; 2DMQ A; 4E7L A; 4XKV A; 2CGP A; 4WAL A; 3P9I A; 3BZK A; 5DRP A; 4G94 A; 1XDU A; 1LEA A; 5CVJ A; 3BR6 A; 4DV7 H; 5CVU A; 5DTD A; 3PJR A; 3OMY A; 4KMU X; 4HRI A; 5GP9 A; 2E1R A; 3DEU A; 1IBM I; 3GZ6 A; 3WU6 A; 5K7Z A; 3MZ8 A; 4NXM E; 2VKC A; 1RUN A; 1IDZ A; 4Q4Z F; 1WQ2 A; 4HZF A; 1DU6 A; 2DI3 A; 1JTX A; 2CTK A; 3JAM W; 3ZKB A; 2WY8 Q; 4GXO A; 1FZP B; 3A2K A; 4IZK A; 5GAG J; 4JQF A; 2HYF A; 2HKJ A; 2VKD A; 1Y8R B; 1SAN A; 3ZQL A; 4KHP I; 2HVQ A; 1W5T A; 2XRN A; 3U9G A; 1EKE A; 1IDY A; 2KMU A; 2G0E A; 3IWZ A; 1IBK H; 2HYJ A; 3S15 J; 5LRR A; 3ZOB A; 2IVM A; 3ERE D; 2PLY A; 2OD5 A; 3SB1 A; 1P4X A; 1FYL A; 2O3F A; 2VJ5 A; 2UUB H; 2JMW A; 1XB4 A; 1B1B A; 1VI0 A; 3ASO H; 2VB6 A; 2HZD A; 3OWT A; 2Y0S N; 4PK4 A; 4B3S E; 4EEF G; 2F4I A; 1KQ9 A; 2BA0 G; 4FCY A; 1IN8 A; 2LKP A; 3SFZ A; 2VF3 A; 2XAG A; 4FW7 A; 2L5Q A; 3HRS A; 4B1R A; 5TGT A; 3ZMV A; 3K69 A; 2DDA A; 1X19 A; 2ZXW H; 1EH8 A; 5EZH A; 1S72 I; 2AS5 F; 5DCM A; 4U7B A; 4M1K A; 1LDK B; 1MDM A; 4NC7 A; 1KA8 A; 2E7W A; 4S04 A; 3GTK J; 1U0J A; 5EG0 B; 2HOE A; 1ZRF A; 4XM3 A; 1P4W A; 4LMY A; 1UDS A; 3LSJ A; 2ZNZ A; 1SAU A; 2DOD A; 2ELH A; 3E7L A; 4GKJ H; 4N4O B; 5FKN A; 3LA3 A; 3S1R J; 3B78 A; 1J7K A; 2GO3 A; 1IZ1 A; 2NXN B; 4QSH A; 3LSG A; 2E5L I; 2ANR A; 5D5X B; 2DK5 A; 1I5Z A; 4CCN A; 4ZJZ A; 1DP7 P; 2JRT A; 4LGW A; 4FAS D; 2VKH A; 4P9U A; 2XF5 A; 5LHG A; 2P5V A; 4A3I J; 3PYE A; 2XPV A; 1ZRE A; 2JWT A; 3IC7 A; 4P7A A; 1ZAO A; 5FD5 A; 2V9P A; 1MMS A; 3J80 W; 2NVQ J; 3HKZ A; 5J1Y A; 4OX9 I; 3AL0 C; 2K9S A; 4IQJ A; 3BG6 A; 1FTT A; 3I4N J; 4ZC3 A; 5C0X F; 2EQR A; 2CZ9 A; 1U5T C; 3VDX A; 3FMR A; 4UNO A; 4BJT A; 1QHH D; 3RTR A; 1Z7L A; 2V4J C; 4JI1 E; 3RZD J; 3VEP A; 2L7F P; 2IPQ X; 3OTO H; 1FPQ A; 1S7O A; 2XEX A; 2CFO A; 2LH9 A; 5EEG A; 3G4S I; 1LEB A; 4OIN F; 1MBG A; 3FXR A; 5BQT A; 3JTH A; 4DR6 H; 4A12 A; 1YJW I; 5M3F J; 3MKY B; 3AAF A; 3ZQI A; 1ITY A; 4MDT A; 1Z0B A; 1ZYR F; 1F4K A; 2XGX A; 4OD6 A; 2QA4 I; 1N33 E; 2JPB A; 1JKP C; 3KET A; 1XMO E; 2UXD E; 2R7D A; 2A2C A; 3MN2 A; 2M7B A; 4A2U A; 5L3E A; 4JV5 E; 2NRA C; 4U0W A; 5EF6 A; 5LRS A; 2V2V A; 4IL6 C; 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