The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
158
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sequence length |
468
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structure length |
445
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Chain Sequence |
NITLKIIETYLGRVPSVNEYHMLKSQARNIQKITVFNKDIFVSLVKKNKKRFFSDVNTSASEIKDRILSYFSKQTQTYNIGKLFTIIELQSVLVTTYTDILGVLTINVTSMEELARDMLNSMNVAVVSSLVKNVNKLMEEYLRRHNKSCICYGSYSLYLINPNIRYGDIDILQTNSRTFLIDLAFLIKFITGNNIILSKIPYLRNYMVIKDENDNHIIDSFNIRQDTMNVVPKIFIDNIYIVDPTFQLLNMIKMFSQIDRLEDLSKDPEKFNARMATMLEYVRYTHGIVFDGKRNNMPMKCIIDENNRIVTVTTKDYFSFKKCLVYLDENVLSSDILDLNADTSCDFESVTNSVYLIHDNIMYTYFSNTILLSDKGKVHEISARGLCAHILLYQMLTSGEYKQCLSDLLNSMMNRDKIPIYSHTERDKKPGRHGFINIEKDIIVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Polymerase Translocation with Respect to Single-Stranded Nucleic Acid: Looping or Wrapping of Primer around a Poly(A) Polymerase
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription, transferase/rna
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| source organism |
Vaccinia virus wr
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| molecule keywords |
Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
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| total genus |
158
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| structure length |
445
|
| sequence length |
468
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.19: Polynucleotide adenylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2008-10-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF03296 | Pox_polyA_pol | Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain |
| B | PF12629 | Pox_polyA_pol_C | Poxvirus poly(A) polymerase C-terminal domain |
| B | PF12630 | Pox_polyA_pol_N | Poxvirus poly(A) polymerase N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ERC C; 2GA9 D; 3ER9 B; 2GAF D; 3ER8 C; 3OWG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 7ICN A; 4UAY A; 5IIN A; 2EFK A; 3D2F A; 1RPL A; 4GXJ A; 2ISO A; 4KLF A; 1TQW A; 2JNS A; 2Q13 A; 4M0A A; 4E3C A; 4IQT A; 2WYI A; 1UET A; 1ZQG A; 4YD2 A; 9ICL A; 5CFU A; 5IIM A; 3JPQ A; 1XSP A; 8ICP A; 7ICV A; 7ICK A; 4KIK A; 8ICZ A; 1TQT A; 1ZQD A; 4I2H A; 2WIN M; 5CB1 A; 3OUY B; 1W9M A; 1YWM A; 4WQK A; 4NXW A; 4UDY X; 4EZN A; 4WQL A; 2O0I 1; 5J2C A; 4NLK A; 3B52 X; 3BUP A; 1MQ3 A; 1OA1 A; 3C2L A; 3BVU A; 2N3K A; 4OAG A; 8ICS A; 1GNT A; 8ICG A; 9ICV A; 1SUF A; 4UBB A; 5J2D A; 1R8A A; 4X4U A; 9ICS A; 5DEC A; 2YIA A; 4IM3 A; 4FHY A; 2DR8 A; 4M2Y A; 4EZU A; 8ICX A; 1BPE A; 2RT6 A; 5J2J A; 7ICM A; 3CKD A; 4Z6C A; 4M04 A; 1ZQE A; 3OVA A; 4Z6D A; 1ZQQ A; 1GN9 A; 4AZI A; 7ICO A; 3BVT A; 1R89 A; 3H37 A; 2GWS A; 9ICT A; 3HJ1 A; 3MCR A; 3B0X A; 4TUR A; 4LZG A; 3ER9 B; 1SU8 A; 4R66 A; 3CZS A; 4NM1 A; 1DKZ A; 1WDZ A; 3PHZ A; 1MQ2 A; 4KLE A; 4RQ6 A; 2Q66 A; 2PY6 A; 4M47 A; 3UQ2 A; 4KLJ A; 1TFW A; 1VFG A; 4AT8 A; 2PFO A; 4H6I A; 4O5C A; 3RJH A; 2F7P A; 3H39 A; 2F1A A; 3WFR E; 4DCN C; 4EZQ A; 4I2F A; 7ICF A; 4M9N A; 4UB4 A; 4N7R A; 5J0U A; 2HHP A; 3OVB A; 3DX3 A; 4IWQ A; 4RWO A; 3DDG A; 4EBJ A; 4K9A A; 4XRH A; 4NM2 A; 4WC4 A; 1WOT A; 4E7X A; 5DB8 A; 3UQ0 A; 3TFS A; 8ICQ A; 4K96 A; 2EWF A; 2X3X A; 4GXK A; 1ZQB A; 4XJE A; 4R5L A; 4RQ3 A; 4IG8 A; 3DX4 A; 2Z0N A; 2BE3 A; 4UD4 A; 4RT2 A; 4BNE A; 1R34 A; 4QZG A; 3AUO A; 4KLG A; 2P66 A; 3JPP A; 4RQ2 A; 2ND0 A; 5CJ7 A; 4AZG A; 1ZQM A; 1O7D B; 5J2K A; 4RPX A; 5D62 A; 1UEU A; 2ZXQ A; 2QFF A; 4IW0 A; 2PXI A; 4I2A A; 1QWN A; 4NPH A; 4UB5 A; 4WC2 A; 3LMF A; 5J2A A; 2D1L A; 4I28 A; 3JPT A; 4R5G A; 3BUQ A; 1E2U A; 3HAJ A; 2YI9 A; 3HAI A; 5HRB A; 2F7Q A; 5HRF A; 3B0Y A; 4I2D A; 1UPX A; 1ZWW A; 5HRG A; 5D49 A; 4DOC A; 3C66 A; 4JLZ A; 5FIG A; 2BPC A; 5DDY A; 5HRH A; 5DBA A; 5FLE X; 3F7W A; 3VEB A; 4AZC B; 3JYY A; 5D46 A; 5J2B A; 3GI7 A; 1R8B A; 2HN1 A; 3QA8 A; 4ATB A; 2F1B A; 4WC1 A; 1ZQN A; 2C08 A; 4K4H A; 4KLO A; 4RQ0 A; 3ISC A; 4DOA A; 4MFF A; 2ZH5 A; 3ZED A; 3K75 D; 4H6H A; 5C5B A; 8ICA A; 3T48 A; 8ICU A; 3A98 A; 4FZP A; 3BUD A; 4G6Q A; 4AT9 B; 2M2T A; 1HXK A; 4QZB A; 2V0O A; 3ISD A; 4M9L A; 2Z0V A; 4HYB A; 2NRK A; 2O5A A; 3RJE A; 3DX1 A; 3BVW A; 1JMS A; 1ZQT A; 1MJG A; 9ICE A; 3JPR A; 7ICP A; 4X0B A; 1HWW A; 5IIK A; 4JNE A; 3QNI A; 1OA0 A; 4WPC A; 4JWM A; 1JQK A; 2RAJ A; 1ZQP A; 8ICH A; 4AZH A; 2BBJ A; 4FH5 A; 3QWE A; 2ZH9 A; 4LEZ A; 7ICU A; 3C7N A; 2ND1 A; 4PGY A; 4RPZ A; 1E1D A; 4UB1 A; 4WC3 A; 3C18 A; 2X5C A; 4X4O A; 1ZQY A; 4EZT A; 3HWT A; 1MIW A; 4FHV A; 1DKX A; 4EV6 A; 3HAH A; 2DR9 A; 1O7D C; 1MIV A; 1XSN A; 2BPG A; 3EJS A; 3EF2 A; 2IHO A; 4S3N A; 5D61 A; 4KLM A; 4F5R A; 5J0X A; 4GXI A; 2B4V A; 3ERC C; 4MFC A; 2ZH7 A; 2M2V A; 3RV0 A; 2F7R A; 5J0Y A; 4UAZ A; 4HY9 A; 3NKU A; 4K8V A; 4QZI A; 3OV7 A; 4YN4 A; 4JN4 A; 4K4G A; 1Q78 A; 4FHW A; 2GF4 A; 3ABH A; 3T47 A; 4YCX A; 5CA7 A; 4P4M A; 2FMP A; 3H3A A; 4I27 A; 5J0Q A; 9ICQ A; 5DB6 A; 5J0W A; 3PML A; 4AKV A; 1TQS A; 2PBE A; 4UAW A; 4R5I A; 4RQ1 A; 3SOG A; 4RT3 A; 4X4R A; 3T49 A; 1E9V A; 1GPJ A; 4K4I A; 1R5E A; 3CK6 A; 5J29 A; 3RJI A; 5B3P A; 1TV9 A; 4I2G A; 4OAF A; 1SU7 A; 1ZQV A; 3WFO A; 4R65 A; 4PHD A; 4X4V A; 2ZH1 A; 4JWN A; 4LEW A; 3B53 X; 5DKW A; 4PH5 A; 3LLL A; 4ATM A; 3M3W A; 3DX2 A; 9ICG A; 4KLS A; 3CAZ A; 4WCW A; 5J2F A; 3UXP A; 5BOL A; 4MFA A; 4LVS A; 3LVT A; 3DPQ A; 1JAJ A; 4O5K A; 2RAI A; 4K99 A; 1LQ7 A; 5D63 A; 4DOB A; 4UB3 A; 2BCS A; 4WC6 A; 3JPO A; 5JTG A; 2DVI A; 4AT7 A; 4M9H A; 1BPD A; 3UXN A; 3HX0 A; 2FMS A; 9ICH A; 9ICU A; 9ICA A; 3WFP A; 2KHO A; 4QZH A; 4KLL A; 2ALW A; 5CP2 A; 2FMQ A; 1ZQS A; 4WPE A; 4PHE A; 8ICR A; 2OW6 A; 4M5D A; 7ICJ A; 3RH4 A; 4KIK B; 4HR1 A; 4EZS A; 3WFQ E; 1ZQJ A; 4O5E A; 1HTY A; 5DDM A; 3AU6 A; 1HUZ A; 2ZHB A; 3D4Z A; 3JCF A; 2YLL A; 4QZ9 A; 3JPS A; 2I9G A; 3RJF A; 4X4N A; 1F5A A; 4WC7 A; 7ICL A; 4I2E A; 4UD5 A; 4JLC A; 2IUB A; 3MDC A; 4I2J A; 3UIT A; 2BCR A; 5HRD A; 3OGU A; 2DR7 A; 9ICP A; 3EJR A; 4I1Q A; 8ICK A; 4JWI A; 1TFY A; 3T4A G; 3C2K A; 4R5J A; 8ICL A; 7ICS A; 2YI8 A; 2F18 A; 5CR0 A; 4NY8 A; 4LEV A; 5E84 A; 4XQ7 A; 4PPX A; 4YMM A; 4JWC A; 1JN3 A; 4X4P A; 4O69 A; 3DPO A; 4D8J A; 2RAK A; 2X3W A; 1ZQI A; 4Z6E A; 4AVM A; 5J0O A; 2PFN A; 4EEB A; 7ICH A; 3T46 A; 5J0P A; 4NKU A; 5DB9 A; 3K7D A; 1ZQW A; 4NXT A; 4IQU A; 5CHE A; 5IIJ A; 4M0M A; 4YD1 A; 4WC5 A; 8ICN A; 2EFL A; 4X4S A; 1R33 A; 1ZQZ A; 5DBC A; 4JLX A; 3V72 A; 9ICJ A; 4JNF A; 3V7J A; 4EZW A; 1SU6 A; 4AT8 B; 4EED A; 4QZF A; 4NLZ A; 4WOY A; 9ICM A; 4F5Q A; 1Q79 A; 4UBC A; 4JWE A; 3RPM A; 1ZQX A; 2FCL A; 5CFT A; 8ICW A; 7ICR A; 3D2E A; 4X5V A; 4QZC A; 5J2E A; 3RH6 A; 3VEA A; 7ICI A; 4R63 A; 3NVO A; 5J0S A; 3BUI A; 4NXV A; 3KDR A; 2OBM A; 5IIO A; 3KAW A; 4EBK A; 4RQ8 A; 8ICJ A; 4IM0 A; 2JNK A; 3OUY A; 4F5O A; 1JQR A; 2FIC A; 3O3O B; 3QE6 A; 3PLT A; 3NYB A; 4NQI A; 2Z0O A; 9ICX A; 4O67 A; 3VKH A; 4YMO A; 4DO9 A; 4X4Q A; 4HX0 A; 4KLU A; 1BPX A; 1ZYL A; 1ZQF A; 4EZX A; 3D4Y A; 1MIY A; 2WYH A; 3C2M A; 4F5N A; 5HC9 A; 2BPF A; 4M9G A; 1OAO A; 3ER8 C; 4NKT A; 1UEV A; 3JPN A; 4PGX A; 4WC0 A; 8ICB A; 2GA9 D; 1ZQU A; 4F5P A; 8ICM A; 5DED A; 2PFQ A; 4LEY A; 9ICW A; 3AQK A; 5HR9 A; 1GNL A; 4PO2 A; 4FH3 A; 5DBB A; 3O3M B; 2IHM A; 2Z8Y A; 3BVV A; 4UDX X; 8ICO A; 2YL6 A; 3DPP A; 4ATB B; 2PFP A; 1NO5 A; 1OU5 A; 4P4O A; 1V4A A; 2BCQ A; 4E8F A; 3I01 A; 4O68 A; 4QZE A; 5C5B B; 1KDH A; 2OZN B; 5EOZ A; 1VJ7 A; 2B51 A; 8ICT A; 3NWI A; 3L9D A; 3QNJ A; 3I39 X; 1TQV A; 4PHP A; 2ZH4 A; 4M9J A; 4O6A A; 4Z6F A; 3BLB A; 2BCU A; 7ICE A; 2M2W A; 4PHA A; 1X04 A; 3OK8 A; 3BVX A; 8ICV A; 4X4T A; 3PMN A; 3KAV A; 1NOM A; 4FO1 A; 3AQL A; 4NXZ A; 4E81 A; 2YIB A; 1QX1 A; 4E80 A; 4RQ7 A; 4MF8 A; 4KLT A; 2LXY A; 3D50 A; 5CWR A; 3Q84 A; 1ZQH A; 3ISB A; 3MDA A; 1HUO A; 3DDF A; 5J2I A; 4EZZ A; 3LK9 A; 5DB7 A; 4KLD A; 2OW7 A; 4WBZ A; 3D52 A; 3AU2 A; 4RWQ A; 3BUB A; 5TZV A; 3UPQ A; 4NXU A; 8ICF A; 3FD9 A; 4RWP A; 4UB2 A; 2ZH2 A; 2YKT A; 2YLA A; 1I49 A; 4AZ5 A; 1RZT A; 3D51 A; 4B9Q A; 3GDX A; 5B3Q A; 4KM5 A; 3EJP A; 5HRE A; 1ZQC A; 4I0U A; 3PNC A; 4K97 A; 2ZHA A; 1BPY A; 4NLN A; 4K98 A; 2OBL A; 3L3O M; 3ACO A; 1BPB A; 4YMN A; 2B56 A; 3OVS A; 4EZP A; 4TUP A; 2EWR A; 4WH5 A; 4FO6 A; 1TQU A; 1ZJM A; 3UPS A; 4MKP A; 2ZH3 A; 1KNY A; 1ZQA A; 3I04 A; 9ICI A; 4JWD A; 4IWO A; 4FZO A; 4I2B A; 1KEJ A; 5F2V O; 4AZC A; 1PS3 A; 5J0T A; 4QZA A; 5IIL A; 4K9B A; 3CV5 A; 4FZS A; 4RPY A; 9ICN A; 4KLQ A; 2Q12 A; 4AZ7 A; 3EJU A; 4WBY A; 4I2I A; 4F01 A; 4IWP A; 4O9M A; 2BBH A; 3HJ4 A; 4R5K A; 5J2H A; 1I4L A; 1URU A; 4AT9 A; 4EGW A; 5BOM A; 4RQ4 A; 5HRK A; 2ZH8 A; 1ZJN A; 4DYL A; 4KB6 A; 8ICY A; 2FYV A; 4JL9 A; 3OHX M; 7ICG A; 2LM0 A; 3MGI A; 2F7O A; 3UXO A; 2D4C A; 4RQ5 A; 1I4D A; 4IQV A; 3CVR A; 5TKY A; 4KLI A; 5D4B A; 4LT6 A; 3EJQ A; 2YIV X; 1I4T A; 4P2H A; 3TFR A; 3SYV A; 4EZR A; 1X03 A; 2GAF D; 3G9G A; 9ICC A; 3DX0 A; 1ZQL A; 2NCZ A; 1PX5 A; 8ICI A; 3MGH A; 4EZO A; 3EJT A; 4LZD A; 4NXX A; 2ISP A; 5HHI A; 3C5F A; 4AT7 B; 1ZQR A; 2DRB A; 7ICQ A; 3AQN A; 4EZV A; 2ELB A; 3V7K A; 3CZN A; 4KLH A; 2OO2 A; 9ICB A; 1DKY A; 2YL5 A; 7ICT A; 3RJK A; 4AZ6 A; 5III A; 8ICC A; 4XUS A; 3RV1 A; 9ICR A; 2DRA A; 4HR1 B; 3O3N B; 3LQC B; 3JZ0 A; 5HHH A; 3I2W A; 5J0R A; 2W9M A; 4FHP A; 1XSL A; 4IQW A; 4RWN A; 9ICF A; 1Y2O A; 2YL8 A; 2X3V A; 3RJJ A; 4MF2 A; 4OAH A; 2ZH6 A; 3B51 X; 3C5G A; 4QZ8 A; 4IM2 A; 5HRL A; 4F00 A; 3RJG A; 1QWU A; 3AQM A; 5CFS A; 2MI7 A; 2VAN A; 4PGQ A; 4EP7 A; 2EX3 B; 8ICE A; 3OWG A; 2O1P A; 5BPC A; 3MBY A; 2PMR A; 1U00 A; 4AZB A; 2RFF A; 4TUS A; 1ZQK A; 4H8S A; 3V7L A; 5J2G A; 4NSW A; 5HRI A; 4XA5 A; 4XQ8 A; 4EZY A; 3H38 A; 3RH5 A; 4P4P A; 4OAI Z; 2BCV A; 3WFS C; 4FHX A; 4TUQ A; 1ZQO A; 4QZD A; 4R64 A; 1YLQ A; 2M2U A; 9ICK A; 2ID1 A; 4X0A A; 2DR5 A; 3L3P A; 1R8C A; 5CHG A; 3DYT A; 2YL9 A; 2HN2 A; 2QXL A; 4FM3 A; 3HIY A; 5KBP A; 4I29 A; 1FA0 A; 3HW8 A; 1BPZ A; 9ICO A; 1TVA A; 3Q0K A; 4I2C A; 2QKW A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4NXU A; 3D2F A; 3FD9 A; 3UIT A; 3ZED A; 4H6H A; 4JWI A; 2JNS A; 4B9Q A; 3T48 A; 3A98 A; 4G6Q A; 3T4A G; 5B3Q A; 4KM5 A; 4R5J A; 2YI8 A; 4K97 A; 4E3C A; 4K98 A; 2OBL A; 3L3O M; 4HYB A; 4LEV A; 5E84 A; 4JWC A; 2B56 A; 4O69 A; 1MJG A; 5CFU A; 3DPO A; 4D8J A; 4EZP A; 4KIK A; 2EWR A; 4WH5 A; 3T46 A; 4MKP A; 4JNE A; 1OA0 A; 2WIN M; 3I04 A; 1W9M A; 4WQK A; 4NXW A; 1JQK A; 4JWD A; 4IWO A; 3K7D A; 4NXT A; 4UDY X; 4EZN A; 5CHE A; 4WQL A; 4LEZ A; 3C7N A; 3B52 X; 4M0M A; 1OA1 A; 2ND1 A; 4K9B A; 2N3K A; 4OAG A; 1E1D A; 4JLX A; 1GNT A; 2X5C A; 1SUF A; 4JNF A; 4EZT A; 1SU6 A; 4EZW A; 4F01 A; 1DKX A; 4IWP A; 4WOY A; 2YIA A; 4IM3 A; 4R5K A; 4JWE A; 4EZU A; 3EF2 A; 2RT6 A; 2FCL A; 2IHO A; 5CFT A; 3D2E A; 5D61 A; 4KB6 A; 4JL9 A; 3OHX M; 3ERC C; 2LM0 A; 3VEA A; 2B4V A; 4NXV A; 3KDR A; 2OBM A; 3RV0 A; 3KAW A; 1GN9 A; 5TKY A; 4HY9 A; 3NKU A; 4IM0 A; 4K8V A; 2YIV X; 4JN4 A; 3MCR A; 3T47 A; 3ER9 B; 3O3O B; 1SU8 A; 4EZR A; 2GAF D; 1DKZ A; 3PHZ A; 2PY6 A; 2NCZ A; 3VKH A; 4O67 A; 4R5I A; 4EZO A; 4HX0 A; 4NXX A; 1ZYL A; 3T49 A; 1E9V A; 1GPJ A; 4EZX A; 4H6I A; 5B3P A; 4EZV A; 1SU7 A; 4OAF A; 1OAO A; 1DKY A; 4EZQ A; 3ER8 C; 4N7R A; 4LEW A; 3RV1 A; 3B53 X; 2GA9 D; 4IWQ A; 4HR1 B; 3O3N B; 4LEY A; 4K9A A; 1GNL A; 4PO2 A; 3O3M B; 2Z8Y A; 4UDX X; 4K96 A; 3DPP A; 2EWF A; 4XJE A; 4R5L A; 3DPQ A; 4OAH A; 3B51 X; 4K99 A; 4IM2 A; 5D63 A; 4F00 A; 5CFS A; 2ND0 A; 3I01 A; 4O68 A; 2EX3 B; 5D62 A; 3OWG A; 2QFF A; 4IW0 A; 4NPH A; 1U00 A; 2B51 A; 3LMF A; 3QNJ A; 3I39 X; 4R5G A; 4O6A A; 1E2U A; 2KHO A; 2YI9 A; 4EZY A; 4OAI Z; 1UPX A; 3KAV A; 4HR1 A; 4KIK B; 4EZS A; 4FO1 A; 4E81 A; 2YIB A; 4JLZ A; 5FIG A; 5FLE X; 3F7W A; 3VEB A; 2QXL A; 4FM3 A; 4EZZ A; 3GI7 A; 3QA8 A; 4JLC A;
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