5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
1X9JA 1XC3A 3F9MA 3CJ9A 4BVOA 5JLFA 5BN8A 4H5TA 3VEZA 3FZKA 5AQOA 2QWLA 3L4IA 4H0YB 3VERA 3FLCO 4BREA 5TKYA 3VGMA 3IDHA 4A2AA 1KAXA 5JICA 5AFUH 4LC9B 4BRNA 2V7ZA 4DB3A 3DPPA 3DXKB 3MCPA 1GLEG 1CZAN 4JNFA 3QICA 4FPBA 2A41A 1SQKA 2GWJA 4IJAA 2AP1A 3ZEUA 2FSJA 1P8ZA 1R59O 1YXQA 3CQYA 1DGKN 4CBXA 3UKUA 1NGDA 4K41A 3QDKA 3EN9A 4PKIA 3RSEA 5AQQA 4IWVA 3T49A 4JWCA 5CE3A 5AFUA 5F2RA 5EOYA 5AQSA 4CZEA 3GL1A 3ZETB 4PO2A 2FF3B 5KPRA 1Q5LA 4FO0A 2BPRA 3FGUA 7HSCA 1V4TA 1CKRA 3UKRA 4EZUA 2ASPA 4RTFD 3ZEUB 2GUPA 3T46A 1Z05A 4M7YA 2VYPA 1QHAA 3L3OM 3UKUB 3VEXA 2CH5A 4K43A 1NGGA 3RSEB 4WQ4A 4BRIA 1C0GA 1LOTB 4HTLA 4CZFA 2PAVA 1MWKA 1NGIA 3AAPA 4BR4A 4BR7A 3WXKA 3UKRB 3ENHA 1NGEA 4MLHA 4WV5A 3LM2A 1QQNA 5B8HA 4FOIA 2PBDA 3DWLA 4EZZA 4BC4A 3D7EO 4QS7A 2EWSA 3CI5A 4QS9A 4QS8A 1NWKA 5AQFA 4J8FA 5BPNA 1X3NA 4FWSA 3ULEA 4B1YB 3OHXM 1NGBA 3EKUA 2P9UA 1NM1A 3AAQA 1GLFO 3O1WA 5AR0A 4EHTA 5AQIA 5F1XA 4F00A 4FWMA 2J4RA 3ZX2A 5EXWA 3BP8A 4CD3A 4BVPA 4BGBA 4XH5A 2E2OA 4XH4A 4A62A 2P9SA 1E4FT 1NMDA 3HI0A 3CJCA 1QZ6A 3LL3A 2F9TA 2IVPA 3HTVA 3FZLA 3ULEB 3SK3A 1BG3A 1JCEA 2GELA 1BUPA 2CH6A 1H1VA 2ZWHA 5AQTA 3LDPA 4FWQA 3QB0A 4HYBA 2Q2RA 5AQHA 4XEIA 2H3GX 3O6WA 3VGLA 4DCHA 2YHWA 1DKZA 3B8AX 4WV7A 1BA0A 4BC3A 2QWPA 4EIAA 4E81A 4H03B 3S41A 1TYQA 1NGHA 3MMVA 3M6GA 2P9SB 3WQTA 1SAZA 1S22A 4CZGA 3CJAA 3SLCA 3H46O 2AA4A 4H6HA 3A5OC 5JLHA 2GWKA 4HWIA 5AQXA 5FPEA 3A5NC 1K8KB 1ATNA 2WINM 5BPMA 3FZFA 2Q1NA 2ZGZA 5AQYA 3AY9A 4R5GA 1TYQB 2Q31A 1Y64A 5ADXH 4IXCA 4BG8A 2IIRA 2E1ZA 2P9LA 1DG4A 1Z6RA 4BR5A 3ZETA 3FZHA 4DQ8A 3SMPA 3LDQA 5EY4A 4CD1A 4R5LA 1JCGA 3L0QA 1NBWA 4H0TB 5ADXA 2CGJA 1KXPA 4Z94A 4BR2A 4IZ9A 5LJWA 2HOEA 2P9LB 4B1WB 3H1QA 4RCHA 4CZLA 4H0XB 3VEOA 4FWNA 1ZBSA 2UYTA 2A5XA 3QMLA 2V51B 4ISEA 3LDOA 1KAYA 4GY2B 4FSVA 2Q97A 2CGLA 2P9NB 1T6DA 4PKHA 2QXLA 1G99A 2YI1A 3H1VX 2I7PA 4F9OA 3VETA 3GDQA 1NGFA 2DPNA 3WQUA 1GLBG 3D2FA 1IG8A 3QBWA 1QZ5A 5BRDA 5AQZA 4F01A 3KVGA 3UB5A 3H3NO 3JS6A 3JXUA 4GNIA 4BRMA 4CZJA 1ZXOA 3HZ6A 3M3ZA 4EZOA 4Y0WA 3HBTA 1BDGA 4FWLA 4BRCA 5BR9A 2QWQA 5EX5A 3I33A 5BN9A 3VGKA 2WUSA 2I7NA 4PL7A 3EKSA 1ZC6A 3EO3A 4FPAA 5LJVA 4DHYA 2E1YA 4M63C 3TU5A 3ENOA 3DPQA 1HPMA 4CZIA 3FZMA 1J6ZA 3QFPA 4ISGA 3VF6A 1EQYA 3D2FB 3GE1A 2QWOA 3ZX3A 3SMSA 3DXMA 4AM6A 1GLLO 1T6CA 2FSKA 3MN7A 3WXIA 2BTFA 3LM9A 1MWMA 1YAGA 3VF2A 2QFFA 3O08A 3HM8A 3IFRA 5AQJA 3DAWA 1U6ZA 3VEVA 3QBXA 4WQ5C 4MLEA 1ATRA 4NO7A 2BUPA 1HLUA 1MDUB 3DXMB 4MO5A 3TPQA 2D0PA 4EZVA 4BRQA 3CJ7A 4H0VB 3R6MA 3A5LC 2A42A 3M1FA 5KQDA 5KPTA 4BRFA 4BRKA 4CJ7A 4H0OA 5FPDA 1K8KA 2Q36A 3CJ1A 5AQWA 3FFKB 3I8BA 3CQXA 3H3OB 3MK6A 4FWPA 4KBOA 4PKGA 5AQPA 1BWFO 1X3MA 1HKCA 1BA1A 4FWKA 3EL2A 3WT0A 3WXLA 3DQGA 4R5JA 1YUWA 4EZXA 3ATVA 3BEXA 1GLCG 2A3ZA 3WUHA 4JHDA 4EAHD 5E26A 2IVNA 2E2PA 2YJFA 3LDLA 4BGAA 4RWTA 1BU6O 1DKGD 4CZHA 3VOVA 2HF4A 1ATSA 4BRGA 1BOTO 1LCUA 3IUCA 2YHYA 1GLAG 3BF1A 2Q0RA 2YJEA 3FE1A 3KHYA 5AQLA 2W40A 4JWIA 4JHDB 4EZQA 3CETA 3H45C 3UE5A 3CJBA 4H6IA 5F0XA 2V7YA 3EZWA 2HF3A 4WYBA 5LY3A 1RFQA 3H6EA 1DEJA 3U4LA 5KQ8A 2W41A 3A0IX 2P9NA 2QM1A 5AZIA 2E88A 1NGJA 4HY9A 1TUUA 4C23A 5AQMA 2ASMA 4BRDA 3GOIA 4BR9A 2OANA 4E1JA 4BROA 2FF6A 1T44A 4H5VA 3T47A 3O4WA 5AQGA 4JN4A 4A61A 2D4WA 3T4AG 4BC2A 1NGCA 3SJHA 1HUXA 2D1KA 3L6QA 4BC5A 1HKGA 1XQSC 1DKYA 2QWRA 3KZBA 3VEYA 2QW9A 4FWOA 3P4IA 4H5RA 4XH1A 4I6MA 5AZIB 2P9KB 4H5NA 4FWRA 3QNJA 4BRHA 1JCFA 2ZGYA 5BREA 3CERA 4O8KA 5AQRA 1YVNA 3MN9A 1IJJA 4EZSA 2FLOA 3VENA 1GLDG 4AM7A 3A5MC 4JNEA 4B9QA 4EZPA 3N8EA 1Q18A 2F9WA 1D4XA 1HKBA 2FSNA 3HSCA 4B1ZA 2P9IA 4JWDA 4EZRA 2ITMA 5ELZA 4CZMA 1S3XA 3W0LA 5AQVA 1WOQA 2GTDA 5BPLA 3WEEA 4I6MB 4CI6A 2YHXA 4JD2A 3O80A 3VESA 5BRFA 4M7XA 1BO5O 4PL8A 3J8AA 5EVZA 2V52B 5AZJA 1BPRA 5AQNA 2NLXA 3U8XA 2HMPA 2FXUA 2P9IB 1HX1A 2QWMA 1RGIA 3CHWA 1RDWX 4EZTA 2IVOA 3C0BA 3MDQA 4WQ4C 4WQ5A 3WEEB 1ESVA 4YDUA 3FR0A 3H0XA 5BRHA 1U2VA 3D2EA 3MN6A 4L3QA 3ID8A 3R9PA 5AQKA 3BF3A 4JD2B 1SZ2A 3R8EA 4B1UB 2P9PA 4BR0A 2VWBA 4EFHA 3DJCA 4YDUC 2NZTA 5AZJB 1QQOA 4EZYA 4JWEA 5FPNA 3U9ZA 1NLVA 4BQLA 1OKJA 3QFUA 1HJOA 3W3DA 2ZF5O 3AARA 4A2BA 1QQMA 4B1XB 3CIPA 4BG9A 2D0OA 4EZWA 3VPZA 3DOBA 4BQZA 5I9EB 5JMVA 4K25A 2A40A 2E20A 4BRLA 2GEMA 4CBWA 3VEWA 1MA9B 4MO4A 2OP6A 1U2VB 3D2EB 3OHRA 3DPOA 4O5FA 3G25A 3LDNA 2NRHA 2P9PB 3BUZB 3IMXA 3C7NA 2VCPA 4R5KA 5AQUA 1E4GT 2E2QA 3O1BA 5FPMA 4BRAA 2QWNA 4FOEA 4H5WA 1C0FA 2P9UB 1NGAA 3ATUA 3A8YA 4EHUA 1XUPO 1V4SA 3O5BA 3T48A 1DKXA 4IO8A 2Q0UA 5E84A 5KPZA 4FL9A 1WUAA 4K42A 3C7NB 3GG4A 4R5IA 3WXJA 2A6AA 4B1VA 4ISFA 4BRPA 3O8MA 3GBTA 4NB4A 3MN5A 3ZX0A 2YCHA 4EZNA 4IJNA 2CGKA 2E8AA 1TUYA 1KAZA 2E2NA 3DXKA 4JAXA 2ASOA 4H0PA 4CBUA 1GLJO 3VF4A 4CZKA 3U9DA 1U00A 2P9KA 2KHOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SNNA 3I04A 4BEBA 3LAKA 3LDSA 2EX3A 4BVOA 4CVNE 4DR5K 2ZXQA 5AQOA 2OW7A 4AZHA 4BREA 5JICA 3IDHA 5AFUH 1IKVA 4FM2A 3S3OA 2G8VA 1YITN 5KRSA 2YL5A 3KAWA 4N76A 3MCPA 4FPBA 4JNFA 4X65K 2A41A 2GWJA 5HRRA 2AP1A 2W00A 3SUPA 4JEPA 1P8ZA 1YXQA 3CQYA 3CZSA 1NK0A 2OW6A 4K41A 4LFAK 3OYBA 3HOTA 4B9TA 5AQQA 3CCQN 3E01A 3CKDA 3QEWA 4FYDA 3ZETB 2X74A 3WNFA 3ITHA 4AZ6A 4ATMA 1TVRA 2BPRA 1KRPA 3AVHA 1TL3A 1X03A 2OYQA 2O8FB 4DMNA 1RBUA 3SI6A 2F8TA 3SJJA 4DV6K 1OH5A 3L3OM 3V1RA 3AGRA 5KGXA 3VEXA 4K43A 5KRTA 4DSIA 4KH5A 1JL1A 1P90A 2NRTA 2UU9K 3VQQA 4BR7A 3WXKA 3UKRB 3ZSOA 4YNQA 2HSTA 3LM2A 5B8HA 4FOIA 1LWFA 3TAPA 4EZZA 4BC4A 4DV2K 4JI1K 1NOZA 2EWSA 4QS9A 4QS8A 4G9ZA 1NK6A 1VSJA 3RR8A 4OVLA 4FWSA 2HHWA 4DQSA 2F96A 1NGBA 1TKXA 2P9UA 4FZXC 3BUIA 1XHZA 1RT3A 5GAGP 5JENA 4KAZA 4Z4GA 4IOCL 1C1AA 1T05A 1FXXA 5AQIA 4F00A 3O3MB 3ZX2A 1W2BM 1S9EA 4XH5A 4A62A 3HI0A 1QZ6A 4NXNK 3BUPA 4CERA 1M90O 3KK7A 2IVPA 3N4PA 3NH1A 3HOSA 3ULEB 3CMEN 1EETA 3NH0A 4IM2A 1BUPA 1H1VA 3OYMA 3LDPA 4FWQA 3QB0A 4AHCA 1ZYQA 3VGLA 4NXMK 1C1CA 1K73O 2NUBA 4ILGB 4BC3A 4WV7A 3CFOA 3RRGA 4AHSA 3M6GA 4A57A 4M41A 3WQTA 4JK9A 4GW6A 3F7WA 3VQ7A 2AA4A 4H6HA 1O7DC 1S1UA 4HWIA 5AQXA 3ERCC 5FPEA 1VQ9N 1VQ5N 3K5OA 1RT6A 2C1IA 3D6RA 5KI6A 3QNOA 1D9DA 5AQYA 3DYTA 3AY9A 3QIOA 2YNIA 1L3UA 1Y64A 1SKWA 4JKGA 5ADXH 4Q0BA 2HHHK 4E1NA 1NJIO 1QHTA 3LP3A 3SBTB 3FFIA 3DDFA 3EJQA 2QXFA 4KB1A 1FJGK 2NRZA 4I2PA 2B5JA 4JKBA 4PUOA 2VWKA 2YHAA 5LMUK 4CD1A 3B51X 3PX4A 2XRIA 1VSEA 5JS2A 4DUYK 4AZ7A 3T69A 3T19A 4DU3A 4H0TB 1RBRA 2JGUA 3SUNA 4MQDA 4Z94A 4W5RA 3OYNA 2HOEA 4FZOA 2P9LB 3PX6A 2NRWA 1C0TA 4CZLA 1U47A 4H0XB 3VEOA 1I94K 1ZBSA 2YHBA 2V51B 4CJPA 3LDOA 4ZTJA 3L2WA 2Q13A 2Q97A 2CGLA 4FJ8A 4PKHA 4MQ3A 2I7PA 3WQUA 3KKSA 4E89A 3QBWA 1QZ5A 1IO2A 4LD0A 3RRHA 3H3NO 3LP2A 2Z0VA 3JXUA 2O4IA 3Q84A 5JVHL 4EZOA 1NKBA 1U04A 2QWQA 2PZSA 5BN9A 2O8EB 3VGKA 2YNFA 4OPKA 4FK2A 4FPAA 1Z26A 3KKRA 4DHYA 2E4LA 1ZBLA 1X9MA 4M63C 4J2BA 4DV7K 3ENOA 3DPQA 1I3AA 3QFPA 3VF6A 4FZZA 3GE1A 3DLKA 1LWEA 3EE9A 3ISNC 1T6CA 2FSKA 4NQIA 2KKZA 4ILJA 1OVQA 4I1QA 2VG7A 1Q81O 3HM8A 3IFRA 4CHZA 3DAWA 1S1XA 1E1DA 3K58A 1J5EK 3DOLA 1CLQA 3B52X 3ENBA 1MDUB 3DXMB 4CESA 3ALYA 2D0PA 1TL1A 4E3CA 2Q3SA 3K0SA 3EJRA 4BRFA 4CJ7A 1RTJA 1SL2A 5AQWA 4RW6A 3OK8A 4DS5A 5AQPA 4B9SA 4JS5A 1T03A 1TQVA 2ETJA 1GOCA 1E9VA 5HOOA 1VQ7N 4E72A 1X1PA 4JI8K 4W5QA 1L3TA 2Z1IA 4G6QA 1HTYA 5E26A 1FW6A 4J2AA 3AVCA 2F7QA 2IVNA 3VQAA 1WSFA 3VOVA 4DQIA 4GV6A 1TAUA 3VQ4A 3PLAA 5HP1A 3PY8A 4KH6A 2Q0RA 3IS9A 2OZSA 4O55A 1S6PA 3MEGA 4EZQA 3H45C 3CC7N 4H6IA 3L3VA 2F7PA 3PO5A 2V7YA 4OGCA 4CJVA 3ER8C 1HYVA 3H6EA 3VEAA 5KQ8A 3U4LA 2B6AA 3TARA 1VQLN 3QEIA 4IDHA 1OVYA 2E88A 4HY9A 3J80O 1EWRA 4DTJA 1UA1A 3S9HA 3LPTA 3AGKA 4HVJA 2X5CA 2FF6A 3QERA 2Y1JA 4H5VA 2D4WA 2OPRA 1NGCA 3O9UA 1HUXA 1XQSC 4IOAL 4FJ7A 3CYMA 2ITGA 5I42A 4AVMA 1TAQA 5LMNK 4CJWA 4CGHA 3ASMA 4FWRA 4BRHA 2ZGYA 3THXB 3CERA 1I4LA 3HK2A 4O8KA 4KIKA 3S5TA 3VQ9A 1IJJA 4KHYA 1ASWA 4X66K 4YFUA 4JNEA 4E7LA 5A2QO 1D4XA 2FSNA 4EZRA 1O13A 2ITMA 5ELZA 3J7YP 3MXMA 4C8LA 2KZMA 1YWMA 1WOQA 2OPPA 1J53A 4CEBA 2PY6A 3OYHA 3ID6A 4PY5A 3QWEA 2YHXA 2Z1GA 3VN5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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