5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
5E84A 4JN4A 3BP8A 3M3ZA 4EZNA 4PKGA 5JMVA 4FWMA 2Q0UA 4H0VB 4EZVA 5EY4A 4CZMA 5AQHA 3DXKA 1XC3A 1TYQA 3HZ6A 2P9SA 4B1XB 1BDGA 1NGIA 2WINM 1QQOA 3H1VX 1Y64A 1GLBG 1DGKN 4BRDA 1RDWX 2ASMA 3CI5A 3ULEA 5JLFA 1TUUA 2E1YA 3LDLA 1KXPA 4EZQA 3A5NC 3FZFA 3P4IA 3U9ZA 1YUWA 3CETA 1V4TA 4ISGA 4BRPA 3RSEA 4FPBA 4WQ4C 3VEVA 3VPZA 4BR0A 4CBXA 5ADXH 3H45C 1NGAA 4JWIA 3ZEUA 2P9NA 5CE3A 4MO5A 1U2VB 5B8HA 3EZWA 3LDQA 2WUSA 3O8MA 3CIPA 3JXUA 3HBTA 4R5JA 1LOTB 1P8ZA 5AQUA 2FF3B 4IZ9A 5BRDA 4JD2A 3QNJA 1NGGA 3UB5A 1T6CA 5BR9A 5AQSA 1HKGA 1NGFA 1QQMA 2P9KB 4MLEA 1YVNA 1XQSC 2VCPA 4M7YA 4EZPA 3DPOA 2QWLA 3FR0A 3RSEB 1BA0A 3BEXA 3MK6A 2ASPA 1C0GA 3M1FA 1D4XA 2H3GX 5BN8A 3VEZA 3BUZB 2QWMA 4GY2B 4IO8A 4FWNA 2YI1A 5AZJB 2V7YA 3UKRA 3R8EA 1G99A 5AQTA 4CI6A 2FXUA 2QM1A 3BF3A 2YHYA 3EL2A 3EKUA 4LC9B 2KHOA 4EZUA 1NLVA 3ZETB 3EKSA 4BQLA 1JCEA 2D1KA 4BR5A 2PAVA 3DXMA 5F0XA 4ISFA 2V51B 1H1VA 3SLCA 1CZAN 4FOEA 1NM1A 4EFHA 3ATUA 3ZEUB 4JD2B 2QWPA 4FWRA 2ITMA 4K41A 4CZEA 3FLCO 5EX5A 3DPPA 3VF2A 4BR2A 3HM8A 2QWOA 2HF4A 3TPQA 3QBXA 4BQZA 4BROA 2YJEA 3LDPA 3VOVA 3H46O 3L4IA 3VGKA 2Q1NA 2W41A 3DWLA 3B8AX 3M6GA 3UKUB 4DCHA 5KPRA 4DB3A 7HSCA 1E4FT 5F2RA 1ZC6A 3WXJA 3DJCA 4YDUA 1BPRA 3WXIA 2QWNA 3I33A 1ZBSA 4FWSA 4HY9A 2P9LB 2QW9A 3ENOA 3VGMA 3O80A 1TUYA 4H0YB 3EN9A 5KQDA 3LM2A 3VESA 2D4WA 4EZOA 2E1ZA 4GNIA 5AQOA 4I6MB 2I7PA 3EO3A 2IVNA 3ENHA 3ID8A 3UKUA 1SQKA 5AQWA 3I8BA 4IWVA 2FLOA 3O4WA 4H0TB 4C23A 4RWTA 3VENA 1MWKA 1YXQA 5AQJA 3T4AG 3QFUA 4WYBA 1DG4A 2IVOA 5AQGA 2QWRA 1MWMA 4EHUA 4A62A 2P9LA 2P9PB 2GEMA 5BPNA 2QWQA 3ZX0A 4H5NA 3JS6A 3VEXA 4EZSA 1GLCG 1HLUA 5KPZA 1ZXOA 4H03B 3AAQA 4AM6A 3SK3A 2GUPA 2E20A 2A3ZA 4RTFD 5AQNA 4BG9A 3A5MC 4BRNA 5AQRA 1E4GT 1GLJO 5AFUA 2QFFA 3W3DA 1NBWA 3VEOA 5ADXA 2FSKA 3L6QA 2ASOA 1ATNA 2ZGYA 3D7EO 2A42A 3FFKB 4EHTA 4F01A 2I7NA 3FZKA 3QFPA 4EZXA 3C7NB 2E2NA 3CJ7A 3ZETA 3GL1A 4FWQA 3D2EB 1OKJA 1QZ5A 1XUPO 2P9PA 4IJNA 4EZZA 4BR4A 3S41A 3O1BA 4WQ5C 1BOTO 4H5WA 4H0XB 4BRMA 3KHYA 3WUHA 5EXWA 2ZF5O 1TYQB 5BPLA 4HYBA 1KAYA 4BG8A 1WOQA 4FSVA 2P9IB 4CZIA 3FE1A 3CQYA 4JAXA 3SMPA 3MN5A 1YAGA 4BRHA 1NGJA 3DQGA 3ULEB 4BC3A 5AZIB 3D2FB 3CJBA 2GTDA 1Z05A 5JLHA 5AQFA 5AQQA 3G25A 3WQTA 3FZMA 5KPTA 2P9UA 3D2EA 4QS9A 1S22A 3O1WA 3WXLA 4O5FA 2HOEA 1X3MA 2E88A 1U2VA 2A40A 1ATSA 2ZWHA 2D0PA 3KVGA 1NMDA 2Q36A 2A41A 1X9JA 5AR0A 4E1JA 1GLLO 4Y0WA 5EOYA 4BR7A 4BVPA 1QQNA 3FZHA 1DKYA 4M7XA 4F00A 1KAXA 4AM7A 2P9IA 3QICA 1EQYA 4O8KA 3WXKA 2E2OA 3MN9A 1NGDA 3KZBA 4EZTA 1BO5O 4J8FA 4B1UB 2P9KA 3DOBA 1QHAA 3TU5A 3WEEA 4CZFA 1U00A 2E2PA 4K25A 4QS8A 1S3XA 3U9DA 4BRKA 1U6ZA 3DXMB 3AARA 3T48A 4BVOA 3VF6A 5I9EB 1R59O 3AAPA 3H3NO 4MO4A 2CGJA 4IXCA 2FSNA 4JHDA 3H0XA 2NRHA 3CERA 4BRCA 4MLHA 2OP6A 3C0BA 4BRIA 3UE5A 1NWKA 4DQ8A 4ISEA 3O6WA 4BC5A 4B1YB 1HKBA 3U8XA 5TKYA 4B1WB 4A2BA 4BR9A 3IMXA 3MN7A 5BN9A 4PL7A 4EAHD 3J8AA 3HSCA 3FZLA 4H5VA 3ZX3A 1NGBA 4BC2A 1MA9B 3VETA 1ESVA 2EWSA 4PL8A 4CZJA 3WQUA 2BUPA 1DEJA 1GLAG 1HUXA 2HF3A 3GDQA 4H5TA 2AP1A 5BRHA 1DKZA 2J4RA 2V52B 5BREA 3QDKA 4FWLA 2QXLA 4CZKA 3HI0A 1NGEA 1HPMA 4CBUA 2A6AA 1C0FA 1SAZA 4B9QA 3ATVA 1K8KA 4CD1A 3VGLA 1BG3A 4A61A 3CJ1A 2GELA 4K43A 5BPMA 1JCGA 1JCFA 4CZLA 4YDUC 3GBTA 2D0OA 3CJCA 4JNEA 2IVPA 5AFUH 1HX1A 3GG4A 2BTFA 2NZTA 3LDNA 4EZRA 4JNFA 4BRLA 1RGIA 3T49A 4PKIA 4B1VA 4FWOA 4BGBA 2PBDA 2W40A 4BRGA 3OHXM 1NGCA 5AQLA 1BUPA 1T44A 4FWPA 1MDUB 2CH5A 3N8EA 3A5OC 3LDOA 4PO2A 1QZ6A 5LJWA 4WQ4A 1BWFO 3GOIA 1LCUA 3H3OB 4BC4A 5AZJA 1T6DA 3GE1A 1IG8A 3LL3A 4R5GA 5AZIA 2F9TA 3UKRB 4BGAA 4BREA 4BRQA 1J6ZA 5EVZA 4XH4A 2OANA 2Q31A 1GLEG 4R5IA 4FL9A 4FOIA 4K42A 2AA4A 2Q97A 4XH5A 3HTVA 4WV7A 3A0IX 4QS7A 3LM9A 3MN6A 4NO7A 1V4SA 4BRFA 4M63C 2Q2RA 3T46A 3T47A 4B1ZA 1DKXA 2GWJA 3QB0A 2VYPA 3F9MA 2DPNA 2IIRA 4FPAA 3W0LA 5AQMA 3DAWA 5FPNA 3WEEB 3C7NA 5LY3A 4HWIA 5AQKA 3FGUA 4H6HA 1BU6O 3IDHA 4CZHA 2BPRA 3H6EA 2NLXA 3DPQA 2GWKA 3MDQA 4H6IA 3MCPA 4FO0A 4H0OA 3H1QA 5ELZA 4CBWA 4A2AA 2A5XA 3SMSA 3ZX2A 4F9OA 1SZ2A 4R5KA 4IJAA 5FPEA 3WT0A 4CZGA 4JHDB 5AQYA 3U4LA 3VERA 1Q5LA 4H0PA 3D2FA 1X3NA 2E8AA 1KAZA 1NGHA 2E2QA 3MMVA 3R6MA 1IJJA 5AQXA 4L3QA 4DHYA 5AQIA 1HJOA 2P9UB 3CHWA 2Q0RA 1DKGD 5F1XA 5BRFA 5JICA 2FF6A 4KBOA 4PKHA 2YHWA 4JWEA 2CH6A 2YJFA 2FSJA 4RCHA 5AQZA 5LJVA 2UYTA 4HTLA 4XEIA 1Z6RA 4I6MA 4H5RA 3VEYA 3O08A 3BF1A 4EZWA 5E26A 4EIAA 4NB4A 5KQ8A 1Q18A 5FPMA 1BA1A 3AY9A 3O5BA 3VF4A 4FWKA 1K8KB 2YCHA 3A8YA 2CGKA 3QBWA 4E81A 1GLDG 4JWCA 4R5LA 3DXKB 2HMPA 2P9SB 3OHRA 1WUAA 1HKCA 3QMLA 1RFQA 3CQXA 4JWDA 2P9NB 3L3OM 2VWBA 4BRAA 3R9PA 5FPDA 5AQVA 4CJ7A 3IFRA 4Z94A 4WV5A 1GLFO 1CKRA 2CGLA 2F9WA 3L0QA 2YHXA 1ATRA 3IUCA 4CD3A 3A5LC 4WQ5A 2ZGZA 3CJ9A 3VEWA 4EZYA 3CJAA 2V7ZA 5AQPA 3SJHA 4XH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ELBA 4JN4A 1LW2A 5CZ2A 4AH9A 2XO7A 4O0IA 1REVA 1YTAA 3QIPA 1TYQA 2VGMA 3DRRA 4X62K 3TAEA 3RR7A 4CCHA 1BDGA 2VWJA 4IM3A 1Y64A 3PX6A 1YT3A 1DGKN 3KAWA 5JLFA 1TUUA 4HUEA 5M1PA 3OYIA 1V4TA 4ISGA 1ZBUA 3OA9A 2I5JA 3V1QA 1J53A 1NGAA 4JWIA 3ZEUA 4MO5A 1IV0A 4KH6A 3DDFA 4IG3A 4ICLA 1NJYA 3EZWA 3HPGA 3O8MA 3CD6N 1XMQK 3CIPA 2VG5A 3K0SA 4YNQA 4IZ9A 4DKWA 3LPTA 2RN2A 4I43A 4M3YA 4MLEA 4NSWA 3M8PA 1XQSC 4BE1A 2QWLA 3NHGA 4AF1A 4B3MK 2ASPA 4M3UA 1I94K 2H3GX 3CCQN 4IEEA 1VQMN 3KDRA 3BUZB 4GY2B 4A59A 1YVUA 3DLRA 5AQTA 2GV9A 4CI6A 3RR8A 3MECA 3TANA 3EKUA 3T1HK 4FLYA 1SV5A 5DM6L 1NLVA 4AHCA 4BR5A 5F0XA 1JLFA 4ISFA 4LF6K 1H1VA 4FOEA 4M41A 1BQNA 4EFHA 1XWLA 4J2BA 4FWRA 4NXNK 3PX4A 4GV9A 4CZEA 4U67L 5EX5A 3ZSQA 5HP1A 1HNIA 4DV7K 3NGZA 3HM8A 2QWOA 1VQON 3TPQA 3ZEDA 2YJEA 3LDPA 1E1DA 2YKNA 1VQLN 3L4IA 3K5MA 2Q1NA 3B8AX 3MEGA 3P83D 1QSSA 3V1RA 1GN9A 1WSGA 7HSCA 3AVHA 1SKSA 1TQVA 3RRHA 3EJPA 1BPRA 4M45A 2QWNA 4O8UA 3HAHA 3NBPA 1WBDA 4DG1A 1R5EA 2F96A 3ENOA 1KVCA 1S1VA 3OYGA 4W5RA 2OZNB 3QEXA 5KQDA 3THYB 4EP4A 3BGRA 4EZOA 5LMNK 4HVJA 4CFDA 4ZTJA 1R33A 5LMUK 4I6MB 5HLFA 4YHHK 2I7PA 3DLHA 1VSHA 3EO3A 4NYFA 1W9HA 3BVXA 4IWPA 1SU8A 2D0AA 3I8BA 4DV1K 2EWFA 1EXQA 1RT7A 3DMJA 4C23A 4H0TB 1JXBA 2GUIA 2JWKA 1MWKA 3NF7A 4I2QA 1YXQA 1SL1A 1N36K 3L2WA 4CGHA 4W5QA 5CY4A 5AQGA 4EHUA 4DFJA 4BACA 3DRPA 4CGIA 1C0MA 2QWQA 1L3TA 4N41A 3JS6A 1KFSA 1GLCG 2E5LK 3ASMA 1ZXOA 4AM6A 3VQBA 1CXQA 3SK3A 2ZM6K 4DUYK 1WNSA 2Z8YA 2GUPA 1D9FA 2A3ZA 4WPCA 4F8RA 3LZJA 3L4QA 4WPEA 2QFFA 1NBWA 3P39A 4CEZA 3L6QA 3ACOA 2Z1JA 1IBLK 2O8FA 2F7OA 2I7NA 4EZXA 1BL3A 2B5JA 2ZJPL 3SYVA 1T7PA 3ZT0A 2HVIA 3NCIA 4CEOA 1OKJA 1XUPO 1JL2A 3I0RA 4H5WA 3VQPA 4CHQA 4KPYA 1BISA 4CF0A 3NGYA 3NH1A 4HYBA 5KGXA 1KAYA 2EFLA 3ISNC 4BG8A 1WOQA 2P9IB 2XY6A 4MQ3A 4Z4HA 2Z1HA 2W00A 1LV5A 4IOCL 4AHUA 4CHYA 3U3GA 1NGJA 2HB5A 3DQGA 3BVTA 1C6VA 4Z4IA 4B9TA 1M1KO 1TL3A 5JLHA 3QWEA 2JGUA 1BCMA 3WQTA 3FZMA 1IBMK 1S6PA 2P9UA 4CGGA 3HYFA 1QE1A 3KK1A 3EJQA 1E3MA 4AZCB 4GVEA 3WXLA 2O8EB 1U2VA 3CG7A 3KVGA 1ATSA 3AO2A 5CYQA 2A41A 4E1JA 2ZJRL 2KW4A 5I42A 4V19S 4CJUA 3DX4A 1O7DB 3KLHA 3HT3A 2X3VA 2HNYA 3QICA 4CJFA 1TKXA 1QSLA 4IOAL 2E2OA 3MN9A 4BE7B 4CJ4A 3V4IA 3DOKA 2OPSA 2KTQA 5C10A 4KI6A 4JI6K 1LW0A 1X1PA 3OYKA 1U00A 5E41A 4K25A 2ZE2A 1U6ZA 2YNFA 3TAMA 4CEQA 3AARA 3T48A 1SS6A 5EU7A 4IWQA 1R59O 3KK7A 4KFBA 2CGJA 3QEPA 2FSNA 3OJSA 3LP3A 2GBZA 4MLHA 3UE5A 3AVBA 4CHNA 3AVCA 3AA2A 1HKBA 3KTQA 3ALYA 1OH8A 5BN9A 3ERCC 4GVMA 3OYLA 1NGBA 4BC2A 1MA9B 1ESVA 1HJRA 4JI8K 3WQUA 1WAFA 5A2QO 5C0YA 1HUXA 3GDQA 2HF3A 2OCEA 1NK9A 1C0TA 4X65K 1HQUA 4CIEA 4EZ9A 2J4RA 3S9HA 1RT2A 2V52B 2X6SA 2UUCK 4CZKA 1NGEA 4CBUA 3PO4A 2A6AA 1C0FA 5GAHP 2IAJA 1K8KA 3ZT1A 4CD1A 2NRXA 3VTIA 3LALA 5BPMA 1A5XA 4FJ5A 1JCGA 4O5BA 3CPWM 3GBTA 2IVPA 3SOGA 2BTFA 1I4DA 4N76A 4EZRA 3CC4N 1FW6A 3BUIA 2ND0A 4ILJA 3T49A 1LWCA 2RE2A 3ULDA 2PBDA 2BDPA 2DY4A 1NGCA 2FBTA 1T44A 1KLMA 1X9SA 2E4LA 1RT3A 1YJ9N 5LJWA 3KKRA 4LSNA 4WQ4A 4WFNL 3V81A 3R3LA 4M3WA 1EWRA 4BC4A 3CC7N 2G8HA 1VQ7N 1KD1O 5AZIA 2F9TA 4BRQA 3CCUN 4XH4A 1WDZA 2BE2A 3OYHA 5T7BA 1VQ4N 4O0JA 3HTVA 3EJSA 1N34K 3O3MB 3K57A 4DFKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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