5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
4IJAA 2P9KB 1QQNA 3KVGA 4WV7A 1S3XA 2IVPA 2PAVA 4EZRA 1GLCG 4IWVA 1GLLO 7HSCA 3CJ1A 3DXKB 2V51B 2ASPA 1H1VA 1V4SA 4M7YA 3CQXA 2E2QA 3OHXM 2CH5A 3C7NA 3I33A 4K43A 3VEVA 4CZKA 1NBWA 2IVOA 4GNIA 4I6MA 1MWKA 1T44A 3A5OC 5AQWA 4DB3A 4Y0WA 4HYBA 3HBTA 2P9UA 4CZGA 2W41A 1HUXA 3LDPA 4H5WA 1X3NA 3IDHA 3O8MA 4EAHD 2H3GX 3CIPA 4FSVA 2P9LA 3EZWA 1XUPO 5AQKA 1HKGA 1NM1A 2E2PA 3AAQA 2P9SA 3CETA 4CZMA 4EFHA 2UYTA 2P9NB 5FPMA 3QFPA 4KBOA 1U00A 5JICA 4CJ7A 3DJCA 3DPPA 3FR0A 5KPZA 3A5NC 4BRFA 3ID8A 4CZIA 4H6HA 2I7NA 3VOVA 4FWLA 3CJBA 2QFFA 4DHYA 3QNJA 5AZIA 4MO5A 4MO4A 1ZXOA 4XH5A 3G25A 3ZEUB 4M7XA 1IJJA 1NGFA 4ISEA 1BA1A 2V52B 1KAYA 2ITMA 2IIRA 2FLOA 3ZETB 4BRLA 3DPOA 3RSEA 3W0LA 3BF1A 1EQYA 2I7PA 3O1BA 5BN8A 2HMPA 3HTVA 3L4IA 4JAXA 3AY9A 2E8AA 3BP8A 4BRQA 2ZGZA 3UKUB 4EHTA 2HOEA 2ZF5O 3EN9A 4FOEA 1NGAA 3CJAA 5FPDA 3O80A 3L3OM 1JCGA 2D0PA 2Q31A 2YHWA 4BRGA 2VYPA 3VEYA 1YXQA 5EVZA 1NLVA 3FE1A 3IFRA 2YCHA 5CE3A 3LDQA 2EWSA 2QWRA 3VEOA 4BG9A 4CD3A 1BWFO 2P9IB 1DKGD 2BPRA 3N8EA 2F9WA 4FWMA 4EZOA 5AR0A 4BROA 4BQZA 1YUWA 5B8HA 1U2VA 1DKZA 3D2FA 2D0OA 2P9PA 3VGLA 2ZGYA 3WQUA 3WXIA 1ZBSA 3O5BA 4HTLA 4BRIA 5AZJB 4JNFA 1E4GT 4H03B 4NO7A 2ASMA 1ATNA 4IO8A 1CKRA 2FSKA 4E81A 2YHYA 5I9EB 4FL9A 1NGJA 4PKGA 2IVNA 3H1QA 5AQRA 3VF2A 5AQLA 2ASOA 3H1VX 3FFKB 4BG8A 2D1KA 4WYBA 1HPMA 3MCPA 1SQKA 1RDWX 5JLHA 2F9TA 4JD2B 1Z05A 1QQMA 4JN4A 1E4FT 2QWNA 3DAWA 4EZYA 3F9MA 4B1YB 4H0TB 4BREA 3CERA 3D2EA 4FWRA 3ZX0A 4CZHA 3U4LA 4CBXA 2E2NA 1IG8A 1HX1A 5JLFA 3LDLA 4EZVA 2AP1A 4LC9B 1Y64A 3DQGA 1WOQA 1CZAN 1LOTB 2Q2RA 3A5MC 2A3ZA 2QM1A 3W3DA 1ATRA 1WUAA 3TPQA 3WEEB 1Z6RA 5E84A 5AQOA 3LDOA 4K42A 4MLEA 2V7YA 4BR0A 1BA0A 4EZWA 1MA9B 1BDGA 3DOBA 2VWBA 4RTFD 3OHRA 3GOIA 1P8ZA 4F00A 3H6EA 5AQYA 4PL7A 3LDNA 1NMDA 1J6ZA 5AZJA 3FZLA 4L3QA 4CD1A 2GWJA 5AQXA 4DQ8A 1K8KB 3T49A 1GLDG 1NGDA 4FWOA 4XH4A 4CBUA 2WINM 4B1XB 4WQ5A 3DXMB 4JHDA 2BTFA 3BEXA 3SMPA 4R5GA 2V7ZA 3VETA 4PO2A 2Q1NA 1DKXA 1KXPA 4FPBA 3B8AX 1HKBA 3ULEB 4A2BA 3O1WA 4ISFA 3H46O 1TYQA 4PKIA 2QWQA 4BRMA 3QFUA 2P9KA 4BC2A 1XQSC 4QS7A 5BPNA 2E1ZA 5AQJA 1BU6O 1QHAA 3JS6A 4HY9A 3S41A 4EZZA 4XH1A 3DXKA 1NGCA 3DWLA 3QICA 3KZBA 4R5LA 3VGKA 3ENOA 1SAZA 4H0XB 4BRKA 4MLHA 4FWPA 1GLBG 1Q18A 4AM7A 4FWKA 3T4AG 2OANA 3HM8A 4JWIA 2GEMA 3CHWA 5AQPA 3H3OB 3P4IA 1U6ZA 4BVOA 4BRPA 2QWMA 2DPNA 1ATSA 3T47A 1BPRA 3CJCA 3UKRB 4C23A 4QS8A 5KQ8A 2E20A 4R5KA 3QMLA 1QQOA 4BR2A 4BRDA 4CZFA 1K8KA 4JWDA 2P9NA 2QXLA 3SMSA 1HKCA 3M1FA 4BVPA 1GLEG 3VEWA 2CGLA 3MN5A 4O8KA 4E1JA 1G99A 2A5XA 4CBWA 3M3ZA 5BPMA 3QDKA 4YDUA 5LJVA 3JXUA 4NB4A 2OP6A 4YDUC 3UE5A 5TKYA 5AQSA 3SJHA 4H0PA 5BREA 3MDQA 3VGMA 4A2AA 5BRFA 3ZEUA 4HWIA 1X9JA 4H0YB 4R5IA 5AQQA 3R9PA 3C7NB 5AQFA 3T46A 2GTDA 2Q0UA 4F9OA 3QBWA 1DKYA 2FSJA 2NLXA 4I6MB 5BR9A 4Z94A 3C0BA 1BUPA 3ZETA 3SLCA 3VESA 4H5RA 3MN7A 3WQTA 4BRCA 4H6IA 4QS9A 3QBXA 2Q0RA 3IMXA 2P9UB 4GY2B 5AQGA 1ESVA 2A6AA 5EOYA 3UKUA 2P9LB 3EKUA 4EZPA 1XC3A 3VENA 3GL1A 5F2RA 3H3NO 2P9SB 2FXUA 3HSCA 5F0XA 5BPLA 3VPZA 3CJ7A 3HI0A 2D4WA 3MN9A 4B1ZA 1BO5O 4B1UB 3O08A 2Q97A 4DCHA 5ADXA 4BRAA 3HZ6A 4BR7A 3LL3A 1KAZA 5BN9A 2FF6A 1LCUA 3A5LC 5AQIA 1RGIA 2P9IA 5AQZA 3FGUA 3VEZA 2YI1A 5KQDA 4FPAA 4EIAA 2W40A 3D7EO 3H0XA 1GLAG 5AQUA 3FZFA 3AARA 1QZ5A 5AZIB 3FZKA 2GWKA 3SK3A 1DEJA 2GUPA 4R5JA 1X3MA 3MK6A 3GE1A 3M6GA 2YJFA 3ZX3A 1DG4A 4BR9A 3ATUA 4JWCA 3VF4A 3WT0A 4EZUA 1NGIA 4H5NA 3RSEB 2CH6A 4FOIA 3TU5A 5AFUA 5BRDA 4FWQA 2NZTA 2BUPA 5KPTA 3MN6A 4ISGA 4RCHA 4WQ5C 3VEXA 5AQHA 4H0VB 2ZWHA 2PBDA 3I8BA 4BRNA 2QWPA 5ADXH 4B9QA 1NGBA 2FF3B 3CI5A 5EY4A 2VCPA 5EXWA 3ENHA 3GDQA 4JD2A 4WV5A 5AQVA 4JWEA 2WUSA 5KPRA 3KHYA 1NWKA 3DPQA 1JCEA 3MMVA 4J8FA 1RFQA 3U9DA 1TUUA 5AQNA 5FPNA 3UB5A 3L6QA 1C0FA 1D4XA 3EL2A 3WEEA 4RWTA 1GLFO 3BF3A 1U2VB 3EO3A 4FWSA 3CQYA 3D2FB 4AM6A 2P9PB 4FO0A 4IXCA 3FZHA 2KHOA 3LM2A 4H5VA 4O5FA 4BC4A 3GBTA 5AFUH 3BUZB 5LJWA 1QZ6A 3WUHA 1BOTO 4EZQA 4K25A 5JMVA 3ZX2A 1ZC6A 2QW9A 1NGEA 4EZSA 3O4WA 4PL8A 3WXJA 5LY3A 2CGJA 3T48A 4BGBA 3L0QA 5AQTA 3EKSA 4BR5A 1TUYA 1OKJA 3DXMA 1MWMA 4IZ9A 1DGKN 1SZ2A 4PKHA 1YAGA 5ELZA 3VERA 2QWLA 3A8YA 2CGKA 1S22A 4CZEA 1NGHA 2YHXA 3R6MA 2QWOA 4EZNA 1BG3A 3ULEA 2Q36A 5BRHA 2YJEA 3WXLA 3D2EB 4WQ4A 4WQ4C 4BRHA 4FWNA 4A61A 3LM9A 4K41A 1NGGA 3AAPA 4CZJA 1T6DA 4BC5A 4M63C 3VF6A 1C0GA 4B1WB 2A41A 1MDUB 1R59O 4XEIA 2E1YA 5EX5A 3WXKA 3GG4A 3U9ZA 4IJNA 4B1VA 1HLUA 3ATVA 4H5TA 2J4RA 1GLJO 4CI6A 4A62A 3CJ9A 3J8AA 1HJOA 4JNEA 5F1XA 3QB0A 3U8XA 4BGAA 2E88A 5FPEA 2AA4A 5E26A 3H45C 4BC3A 2E2OA 4BQLA 3FLCO 3IUCA 4EZXA 3UKRA 2HF4A 4JHDB 1KAXA 3O6WA 2A42A 4CZLA 1YVNA 3A0IX 2GELA 4EZTA 1V4TA 4BR4A 2FSNA 2NRHA 4F01A 5AQMA 3R8EA 4EHUA 1JCFA 2A40A 2HF3A 1TYQB 1Q5LA 4H0OA 3FZMA 1T6CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4GA 3HM9A 1N5YA 4LF6K 3KVGA 4IG0A 3BGRA 3O9QA 1GLCG 4IWVA 4IWQA 4CHQA 3B53X 3DXKB 4CHPA 4KH4A 1NJZA 1JLEA 3CQXA 2E2QA 4JS5A 3I33A 3VEVA 4KIKB 4DV7K 1VSKA 2IVOA 3PY8A 4KTWA 1WAFA 3KDRA 4IOXA 1T44A 4CJFA 4DSIA 4OPKA 5AQWA 4DB3A 1YF5L 2QK9A 4HYBA 2P9UA 5HL7L 4H5WA 3SBSA 4EAHD 2VGMA 3SQ1A 3QERA 4DUZK 3THWB 1RDAA 3PIOL 3AAQA 3I55N 4PWDA 3B6OA 3CETA 2G8FA 3OBWA 3K0SA 4HCCA 4DV3K 3ZLJA 2ZXQA 3ZCMA 3OVNA 3SI6A 2RKIA 4E19A 1YJWN 1RDBA 4H6HA 4YORA 1OH5A 2OPQA 3CJBA 4CJSA 3C94A 4DHYA 3QNJA 2Y1JA 1YIJN 1KVCA 2IC3A 3KWGA 4MO4A 1ZXOA 3ZEUB 1NGFA 4CFBA 1BA1A 3VQ8A 2HHIA 4V19S 4G9ZA 2V52B 4AHVA 4NCGA 3VTHA 3D50A 1KQSM 4BRLA 3RSEA 1WDZA 4DFJA 1LAWA 4FLXA 2HMPA 4JAXA 4KAZA 4FLUA 5HRNA 2YL8A 4B9MA 3BVXA 3CV5A 4M3XA 1I4LA 2HOEA 1NGAA 1IBMK 2O8DB 3L3OM 1JCGA 4LF9K 2FICA 2VYPA 4JRPA 1YI2N 1UA0A 4AZ5A 2C08A 4X62K 1PS3A 2PYJA 4FZYA 3LP2A 4CGDA 1TK0A 2QWRA 1XNRK 2BPRA 3N8EA 4EZOA 1KTQA 3EZ5A 3PO4A 4CIFA 5B8HA 2A1RA 1L3UA 1DKZA 3D2FA 1IKVA 2HBJA 3VGLA 4OPAA 3WXIA 3QNOA 3KJVA 1RCHA 4JNFA 1E4GT 2YI8A 5GIPA 1X9MA 3EJPA 1JLBA 3ZSWA 4JL9A 2ZQBA 4PKGA 1YTAA 4X66K 1S9GA 5C10A 4DTPA 4B8CA 1HQEA 4IG3A 2ASOA 3P5JA 1RBVA 5KBPA 4DQQA 2D1KA 4CESA 4DQIA 2B6AA 2F9TA 4JD2B 3KD5E 1QQMA 3DI6A 4CZHA 3D2EA 4CBXA 5JLFA 4IOAL 2PZSA 3DQGA 4IFYA 1CZAN 3VQCA 1Y97A 1JL2A 3HPHA 3SCXA 2P5OA 1SU8A 4H8SA 3QEXA 1TQWA 3CCVN 3KLEA 2F7TA 3O9RA 1HR0K 4Y1CA 4KRFA 4MLEA 4BR0A 2F4VK 2UUBK 3IG1A 4F00A 5JS2A 2BGGA 4AZCA 4PL7A 2OTJN 1HXKA 5CZ1A 2Z0NA 4I9QA 1EWQA 1J6ZA 5AZJA 3FZLA 3P83D 3QLHA 4CD1A 3HL8A 4FZPA 4DQ8A 1GLDG 2O8FA 1NGDA 1ITGA 2WINM 3K58A 3SMPA 4HTUA 1ILYA 4BEBA 3VETA 4PO2A 2Q1NA 3OBYA 4YOWA 3B8AX 3ULEB 4KHNA 3VKHA 3Q7CA 4ISFA 4YNQA 1EETA 1KC8O 4PKIA 1ZYLA 3ZT2A 4CJWA 2HW3A 2E1ZA 3HVRA 1BU6O 1GOCA 4QAGA 3ZSOA 3CM5A 3MEDA 2ND1A 5TKWA 3VGKA 2N3KA 2KZMA 1D9DA 4BRKA 3QNNA 1Q18A 3AVAA 3WNGA 5GINA 1VQMN 3T4AG 3CVRA 4R5PA 5LL6Z 4JWIA 3P4IA 2W6KA 1GOBA 4OVLA 3UKRB 3TAPA 4JK7A 5CYQA 2GA9D 4AHTA 2E20A 4N76A 4JWDA 2P9NA 2QXLA 2VWJA 3DLKA 1HKCA 1GLEG 3CXCM 3MN5A 4JYAK 4E1JA 2OZNB 4KHYA 4CGIA 4KHSA 3O4QA 2X74A 3THYB 5HRRA 1QTMA 1L3VA 2OP6A 4YDUC 4KH6A 4DV6K 2FBXA 4ILHB 1ASUA 3M8PA 3TABA 5HROA 2O8CA 5M1PA 4LF8K 1Z25A 3R9PA 2DFEA 3A2FA 3V6DA 2GTDA 1DKYA 1F21A 3VQ9A 4B9SA 4KB0A 1BUPA 4ILGB 4K8XA 3B6PA 3CFOA 1S5JA 3G10A 3MN7A 4BRCA 3NH2A 3BUIA 4GY2B 1BCOA 1WSEA 2HSTA 2RPIA 2XY7A 2O4GA 5EOYA 3UKUA 4FM3A 2P9LB 1NMNA 1B9FA 4OLAA 4J2BA 4B8AB 3H3NO 2FXUA 3HSCA 5DK5A 3PX4A 4CEEA 3NCIA 4IEEA 4H4MA 5AJ3K 3MN9A 3OYJA 4CEZA 4B1UB 4R79A 4DCHA 3P1GA 4LF7K 5HBMA 2OBMA 3HZ6A 3DX1A 4DFKA 5AQIA 3EY1A 2D0AA 3VEZA 2YI1A 3NGYA 2W40A 4KTZA 4J2AA 3SV4A 3EE9A 4U7BA 3BY5A 1DEJA 4N41A 3GE1A 4CGFA 4RW6A 4IW0A 2YJFA 3ZX3A 4CEAA 4NXNK 3FFIA 1VQLN 3HK2A 3ATUA 4DTRA 3AO5A 4H5NA 4CJTA 5BRDA 4FOIA 3TU5A 1RBRA 4DR3K 2BUPA 2Q13A 1J54A 4ISGA 4KTQA 4LD0A 3VTIA 3T1HK 4H0VB 4RW4A 4BRNA 2E4LA 4CF9A 3CI5A 1R34A 3ENHA 3ZSXA 1JLFA 4M3WA 5KPRA 4DLGA 3S5TA 1IH7A 1ZYQA 1JCEA 3MMVA 2KFZA 1K6YA 4B3SK 1TKZA 1XNQK 2LSNA 1YJNN 2HBMA 3QINA 1TKDA 1M90O 1X04A 1B92A 3LP3A 3BF3A 4PUOA 2P1JA 3EO3A 2HHXA 4AM6A 3LWMA 4BC4A 2OBLA 2JNKA 4YFUA 3HPOA 2X3XA 5LJWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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