5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
4F9OA 4AM7A 1WUAA 3W3DA 4DHYA 5BRDA 1HUXA 1BA0A 5AQJA 1NWKA 4MLEA 5F0XA 4CZLA 5TKYA 2Q0UA 4H0VB 4PL8A 3ATVA 1C0FA 3VPZA 2ZWHA 2GEMA 2E88A 3C7NA 4R5GA 4O8KA 2BPRA 4CBWA 3ENHA 4I6MB 3FGUA 3D7EO 3T48A 2QWMA 1ZC6A 2QM1A 3A0IX 1XC3A 4R5JA 3FE1A 5BREA 4M7XA 3FZHA 2QW9A 3HZ6A 2GUPA 4MO5A 2CGLA 3MN6A 3QB0A 3WXKA 1NGHA 3MN7A 3ATUA 2F9WA 1ZXOA 2E2NA 3HSCA 3O8MA 5AZIB 3AY9A 2NRHA 3SK3A 4B1WB 4R5LA 2VYPA 3FZMA 2P9SB 4YDUA 5F2RA 2HF3A 2FSNA 4FWNA 3KZBA 4FWQA 4MLHA 4BVOA 3T49A 2BUPA 4BRAA 3LDLA 4FWMA 3FLCO 3P4IA 4HY9A 4FWOA 4WYBA 2FF3B 3IDHA 4H03B 5ELZA 3WEEA 4FWKA 4FOEA 4K41A 4H0YB 3HTVA 4BQZA 4H5NA 5CE3A 1HPMA 4ISFA 3DPOA 4BR2A 5AQSA 3ULEB 4H6IA 3ZETB 3BEXA 4BQLA 3QICA 2P9KA 4PO2A 1YUWA 2V7YA 3SMPA 5KPZA 3FZLA 3MCPA 1ESVA 2UYTA 1ATRA 4HWIA 4FWPA 3AARA 3EL2A 4JD2B 2IVNA 4H0TB 2ASPA 3CI5A 4R5KA 5LJWA 2P9UB 3AAPA 4FL9A 3DQGA 1XUPO 3MDQA 4EZRA 3ZEUA 2GWJA 4BROA 5F1XA 1EQYA 1K8KB 3T47A 3QNJA 2YCHA 1BO5O 1KAYA 2IVPA 2WUSA 2YHYA 3ENOA 5KQ8A 3GE1A 3JXUA 3SJHA 4BRKA 2A6AA 2CGJA 3B8AX 1JCEA 3O1WA 3H6EA 3DAWA 4E81A 3VEWA 1BOTO 4WQ4A 5AFUH 5AQQA 3VF6A 2YHWA 2YI1A 3CETA 4EHUA 5ADXH 2P9IA 1X3MA 4C23A 3J8AA 4LC9B 4DCHA 1RGIA 5AZJA 3VGLA 1NGJA 2QWLA 5AQGA 4B1XB 4H5VA 3DPPA 3GDQA 1P8ZA 4FPAA 4XH5A 3M6GA 1JCGA 3EO3A 3AAQA 2FF6A 2E2OA 2GELA 3CERA 3QFPA 5AQRA 3U8XA 1E4GT 3D2EA 5ADXA 5AFUA 5AQZA 4RWTA 3I33A 4B1ZA 3DWLA 4K43A 1HKCA 2A42A 4QS7A 3IUCA 3I8BA 4JWDA 3N8EA 4BR7A 3FZKA 4HYBA 4BRPA 2Q2RA 4H5RA 1BA1A 3CIPA 4EZQA 3MMVA 4FO0A 3DOBA 1HKGA 2D0OA 4BR0A 4I6MA 3UKUB 4QS8A 5B8HA 4XH1A 5AQLA 5BRFA 5KPRA 4WV7A 3O5BA 2V52B 4IJNA 4B1YB 1Y64A 1T6DA 3W0LA 4EZPA 3H1QA 3ZX0A 1SZ2A 1HLUA 3VETA 1BG3A 2VWBA 3LDOA 2E20A 4H6HA 5AZIA 2P9LB 4F01A 2Q0RA 2P9SA 1QQOA 3R6MA 5E84A 3UKRB 2I7PA 2AP1A 4H5WA 4KBOA 4H0PA 4EHTA 4O5FA 2CH5A 3WXIA 3LL3A 4WQ5A 2P9NB 4FPBA 4JNEA 1MDUB 4ISEA 4BRMA 3CJBA 4EZUA 3L4IA 3ULEA 3ZETA 4A2BA 4CZIA 5BPNA 3O08A 4CI6A 2VCPA 4BRHA 5BPLA 1DEJA 4EZTA 1Q18A 4EZVA 3GOIA 3L0QA 4K25A 3VF4A 3BF3A 4EZOA 1XQSC 5EVZA 4J8FA 3O1BA 3DXKB 3WT0A 4JD2A 3GL1A 1T44A 5KPTA 3QMLA 4JNFA 2F9TA 4EFHA 1YXQA 4A61A 4JWEA 3VEXA 2P9UA 7HSCA 4B1UB 3SLCA 4CZJA 4EZSA 4WV5A 3ZX3A 1BU6O 1TUUA 5BN9A 5AR0A 4HTLA 4FWLA 1K8KA 4BC3A 4AM6A 4EZXA 1NGCA 2E1YA 1NGAA 2QWOA 3LM9A 4IWVA 1DKZA 2ZF5O 3M3ZA 1SQKA 2CGKA 3G25A 3H3OB 3HBTA 3D2FB 3QFUA 3U9ZA 4Z94A 4CZHA 2IIRA 2PAVA 1GLEG 2FSKA 1G99A 4IXCA 4A2AA 4BRIA 3CQXA 4E1JA 1HJOA 1ZBSA 1GLCG 2H3GX 3OHXM 4BC4A 3LDQA 4DQ8A 2Q36A 4CZFA 3QBWA 4IJAA 3TU5A 2YHXA 3VOVA 4QS9A 4B1VA 4BG8A 5BN8A 1TUYA 1NLVA 1DKGD 4YDUC 3CJ7A 1IJJA 1S22A 5AQVA 2HF4A 5LJVA 3A8YA 4CBXA 2Q1NA 3VF2A 4BRNA 4JAXA 1MWMA 1RFQA 3ZX2A 4EZZA 2NZTA 5AQKA 3UKUA 5JICA 3SMSA 3GBTA 2OP6A 4EIAA 3L6QA 3TPQA 4BRLA 2HMPA 3A5OC 1GLBG 3CJAA 3H3NO 3VGKA 4DB3A 4L3QA 5AQMA 3VEYA 4CZGA 4FOIA 2E2PA 3CJCA 5BPMA 4JWIA 2P9LA 3KHYA 4JWCA 1C0GA 1DG4A 1CZAN 5AQWA 4RTFD 3UKRA 1TYQB 1X3NA 4EAHD 4CD1A 1NBWA 3C0BA 1Z6RA 2D0PA 4BGBA 2P9NA 3BUZB 1QQMA 1BWFO 5FPDA 2ZGZA 5JLHA 1ATSA 3H46O 3M1FA 5AQFA 3H1VX 1D4XA 2Q31A 1JCFA 3O6WA 2A3ZA 1KXPA 1H1VA 5EXWA 2QXLA 2W40A 1U00A 3DXMB 3OHRA 4WQ4C 3EKUA 5FPNA 2KHOA 3GG4A 1V4TA 3DXKA 5E26A 4RCHA 4BR4A 2V51B 3MK6A 3CQYA 4F00A 1NGEA 2AA4A 1U2VB 1HX1A 1Z05A 1BPRA 2V7ZA 3T4AG 4JHDB 1DKXA 4BC2A 1QZ5A 2J4RA 2EWSA 4GY2B 1NM1A 1YVNA 3RSEB 1GLLO 1DKYA 2GTDA 1GLDG 1BUPA 1GLAG 3WUHA 3A5MC 4M7YA 2I7NA 4XH4A 5AQXA 1GLFO 4IO8A 2ZGYA 3VESA 3D2FA 3T46A 4R5IA 1QHAA 2DPNA 3HM8A 4H5TA 2ITMA 4BGAA 1MA9B 1S3XA 3QBXA 5AQTA 3C7NB 1U6ZA 2YJFA 5LY3A 3R9PA 1KAXA 4GNIA 1BDGA 3H45C 3JS6A 2QWQA 4XEIA 3VEOA 3WQTA 3QDKA 4IZ9A 4BC5A 1IG8A 5EOYA 1V4SA 1NGGA 3UE5A 1SAZA 1KAZA 5KQDA 1HKBA 3IMXA 1NGFA 5BR9A 4MO4A 4FWRA 4BR5A 1T6CA 2FLOA 4PKIA 4EZYA 2ASMA 1DGKN 1RDWX 2QWPA 3BP8A 3MN9A 4H0XB 3CJ9A 4A62A 3KVGA 4BRFA 4M63C 5JLFA 4CBUA 4WQ5C 2QWRA 3VENA 4FSVA 4CZKA 4FWSA 1QZ6A 4EZNA 3A5NC 3WEEB 1LCUA 3O4WA 3DJCA 5EY4A 5FPMA 5JMVA 5AQUA 1QQNA 1X9JA 3WXLA 5FPEA 3S41A 2A41A 2P9KB 5AQOA 4H0OA 2QWNA 3H0XA 3DPQA 2IVOA 2D4WA 4PKGA 3VEZA 1NGDA 3WXJA 2D1KA 3IFRA 3EZWA 4BRCA 3A5LC 4BR9A 1TYQA 5BRHA 4NB4A 1R59O 4BRDA 3LM2A 2CH6A 4BRGA 2W41A 3U9DA 4BRQA 2FXUA 3ZEUB 1ATNA 3CJ1A 2E8AA 4ISGA 4PL7A 1CKRA 1GLJO 3ID8A 4BVPA 1LOTB 3HI0A 1NMDA 2PBDA 3BF1A 5I9EB 1WOQA 2YJEA 3FZFA 3EN9A 5AQYA 4JN4A 1YAGA 3L3OM 3DXMA 3U4LA 4K42A 3UB5A 2GWKA 3FR0A 2OANA 1MWKA 4BG9A 4BREA 2HOEA 3LDNA 2P9PA 3LDPA 4CJ7A 5AQHA 3F9MA 4CZEA 4EZWA 2P9IB 3CHWA 5EX5A 1J6ZA 2NLXA 4Y0WA 2BTFA 3R8EA 3EKSA 3FFKB 5AZJB 1NGBA 1U2VA 5AQNA 1E4FT 5AQIA 3O80A 3MN5A 2E2QA 2WINM 4JHDA 2QFFA 3VGMA 4B9QA 4CZMA 1OKJA 2E1ZA 2FSJA 3D2EB 3RSEA 2A40A 4PKHA 1Q5LA 5AQPA 3VERA 1NGIA 2ASOA 3WQUA 3VEVA 4CD3A 2A5XA 2Q97A 4NO7A 2P9PB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F9OA 2YNFA 4CGIA 5BRDA 4ATMA 4CJSA 2GBZA 1RBVA 1RTDA 2XY8A 3S3OA 1S6QA 5TKYA 5HP1A 1RCHA 3CCRN 4AHSA 4CJQA 1S1UA 4CFBA 3VQ9A 3C7NA 3CCMN 2KZMA 2RAKA 3JYTA 1O7DC 1HNIA 3ENHA 4CK1A 3R3LA 1S1WA 1Y97A 2G8KA 4PY5A 2QWMA 4CJVA 4K0KK 4WFBL 1NK9A 4OJRA 4B9LA 3LALA 3A0IX 1XC3A 5BREA 3QEIA 3VEBA 3F73A 3MN6A 1NGHA 4OPHA 2F9WA 3SUOA 1ZXOA 2E2NA 3HSCA 4RW8A 4OLAA 3SK3A 4B1WB 3FZMA 4BE7B 2VWKA 3J7ZO 1Q86O 4FWNA 4FWQA 4MLHA 4DG1A 4JI7K 3T49A 2BUPA 3NGYA 1VQNN 3LDLA 4CHQA 4DTUA 2V0OA 1R5EA 1SL0A 1HNXK 4G9ZA 3F5TA 4FWOA 1BQNA 4WYBA 4DQIA 4H03B 1OH7A 1NKEA 1F21A 1RBRA 4BQZA 3NBPA 1T05A 3PO5A 2YL9A 3ZSOA 4BR2A 3HAIA 3ULEB 3VQEA 3BEXA 4PO2A 4DMNA 1YUWA 3MCPA 1ESVA 4LF4K 3DOKA 3VQ7A 2YHBA 2F7OA 1S1TA 1TK8A 4FWPA 1ASVA 3DX4A 3L3PA 5M1PA 4GVMA 1LV5A 1U47A 4CIGA 3ZEDA 4EZRA 1HQUA 2GWJA 4BR5A 2GA9D 3T47A 1K8KB 3EJTA 5BR8K 5KQ8A 3DLEA 3CV5A 1FKOA 1VRUA 4Y1DA 1IG9A 2CGJA 3B8AX 4CGJA 4CFCA 3LP3A 4ELVA 1BOTO 4K8XA 4FM2A 5HRRA 5ADXH 5AQQA 3NAEA 4LH5A 4DLGA 3EE8A 4B3TK 4M3RA 3CXCM 1BL3A 3GDQA 4XH5A 4AZIA 1JCGA 4QCLA 1TAUA 2GELA 5AQRA 4DR3K 4CIEA 3OYEA 1E4GT 3KK3A 1NK8A 5AQZA 3IG1A 2KFNA 4B1ZA 3DWLA 3S5TA 1HNWK 1HKCA 2A42A 4QS7A 4E19A 4KFBA 4PUOA 4DR2K 4NYNA 5M1QA 5KRSA 4DFMA 3AO2A 3MXMA 2HHQA 1IV0A 4B8AB 1JLAA 3VQPA 3MMVA 1SS6A 1YIJN 4MFBA 1WSEA 4BR0A 4V19S 5FRNA 1SU6A 1T6DA 3ZSQA 3TI0A 4EZPA 4BDPA 2QEXN 2O8EA 2UU9K 2YIVX 3QLHA 4DQPA 4ID1A 3IKMA 4LF7K 5AZIA 1HR0K 4F01A 2ZJQL 3RTVA 2Q0RA 3R6MA 4F3OA 5E84A 3B51X 1ZBHA 4CHOA 4ELTA 4H5WA 4O5FA 1B9FA 3WXIA 3ZSZA 3I01A 2P9NB 2QK9A 4JNEA 1MDUB 5MLCQ 3VTIA 4BRMA 3OW2M 1SKSA 2WTUA 4EZUA 3L4IA 4M3ZA 1OA0A 3O3OB 2LSNA 3PY8A 3CFOA 4JI5K 3U3YA 2F7TA 4G1QA 3ZETA 3DX1A 2VCPA 1SKWA 1JJ2M 3L0QA 3VMFB 4IWPA 3ZT2A 1A5WA 3THXA 1YI2N 1N5YA 4NLCA 1NKBA 5EVZA 3CZNA 3G0ZA 3PLAA 4KIKA 2W00A 2YNGA 3GL1A 4CJTA 2A1RA 3QINA 2DTUA 5CR4A 4CJLA 4A61A 3VEXA 2P9UA 3TTFA 1ILYA 1DLOA 2HSTA 2PYLA 1BU6O 4AZ5A 1TUUA 2RHKA 2Y1JA 4HTLA 4AM6A 4RW6A 3VQ5A 4IOAL 2QWOA 4DU4A 4E3CA 4IWVA 1DKZA 3G25A 3H3OB 4CHZA 4DFKA 4YOYA 4DU1A 1VQKN 4A2AA 3A2FA 3NFAA 2G8WA 5M1OA 3HL8A 3SV3A 4DV1K 2PZSA 1GLCG 3V9XA 4D8JA 4X62K 1J5EK 2Z1GA 4CZFA 1DTTA 2X3WA 3TU5A 1TAQA 3NF7A 3J7YP 3T1YK 2RF2A 3CFRA 4LF5K 4QS9A 4B1VA 1TQTA 4BG8A 1T3VA 1RBUA 3THWA 1LWFA 1DKGD 4Z4GA 4YDUC 4JS4A 3DLKA 1RDAA 4IFYA 3VQ8A 3VF2A 3ZT3A 3SI6A 3O9SA 1D9DA 1RFQA 1YTUA 1B92A 5JICA 4LF9K 3S9HA 3VEAA 4KH5A 4DSJA 3L6QA 1K73O 3SBTB 3THVA 1R33A 3H3NO 4OGCA 3WNEA 2O8CA 2KQ2A 5JS2A 2E2PA 1W97L 5GAEP 4JWIA 4M3YA 4E72A 1BI4B 1BCMA 4CEEA 1DG4A 1CZAN 5AQWA 2YLAA 4RTFD 1VSIA 1X3NA 3P38A 1YF5L 2GF4A 4CD1A 4EAHD 3OS2A 1XMOK 1KFSA 1S1VA 1QQMA 5HRNA 2ZGZA 3NF9A 4N76A 3VQCA 5JLHA 3HRGA 3VQBA 3CM5A 3SUPA 1OVYA 2A3ZA 3LWMA 1WLJA 3SAGA 2ZD1A 2HNYA 4WQ4C 5FPNA 5M1FA 3DXKA 5E26A 3EY1A 4CF1A 3SZ2A 1I49A 4F00A 2AA4A 3OA9A 5K14A 4C8OA 4X64K 3U3GA 4AVMA 1WN7A 2ATQA 1P90A 5KBPA 3BZKA 1DKXA 4MQ3A 5GIOA 1UPXA 2EWSA 3VQAA 4GY2B 3KLFA 1QS4A 4FZZA 2D0AA 1GOAA 4DSIA 4DTRA 3A5MC 4M7YA 3AVJA 4FLTA 2I7NA 2ALWA 1T7PA 2ZGYA 1C0MA 3VN5A 4FLXA 2DPNA 4R5IA 3NMUA 4H5TA 3V9UA 3TSPA 3OYKA 4IFVA 1CZ9A 2YJFA 3G4SN 5KGXA 3R9PA 4DTPA 1IBMK 3H45C 3SQ0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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