5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
2ZGZA 3H46O 3WEEA 3MDQA 2FSNA 4JNEA 3CJ7A 4BREA 1E4FT 3GE1A 4BRGA 4FO0A 1GLAG 4FOEA 4WV7A 4IJAA 5E26A 5AQMA 4R5KA 3T47A 5BPNA 1BG3A 2CGJA 4FWQA 3IMXA 3WXIA 4HYBA 3WUHA 5F1XA 1TUYA 3IDHA 3A5NC 2W40A 4QS9A 3U8XA 2A6AA 5AZIB 3D2FA 4AM6A 3OHRA 3KZBA 3C0BA 3CI5A 4RTFD 1IG8A 2E2PA 4EAHD 3DQGA 1HKGA 4FPBA 5JMVA 4JWCA 4BG8A 3WXKA 2V7ZA 5AQOA 2HF4A 4BVPA 2F9WA 2P9IA 3UKRA 4CI6A 4F00A 3A5LC 1ATSA 4BR4A 4MLEA 4BROA 4CZKA 2E2QA 3H6EA 4R5LA 3VGLA 4IXCA 2ZWHA 3O5BA 2D0PA 5AR0A 3RSEA 4BRIA 3BF1A 4I6MB 4HY9A 3FR0A 4FWMA 2FLOA 5AQNA 5AQJA 2Q2RA 1NGEA 3FE1A 3F9MA 2P9PA 4H0OA 2YHWA 3ENHA 1RFQA 2QWRA 4BRCA 3G25A 3VF4A 1K8KA 4JWEA 3BEXA 4FWRA 1DEJA 5EXWA 3VOVA 5AQPA 2E1ZA 2GUPA 1BPRA 1H1VA 2YHXA 3HM8A 4H0VB 4BRFA 4CBUA 4HTLA 4CZEA 5BRFA 4H5VA 3J8AA 3ULEB 3U9DA 3ZEUB 1BDGA 5KQ8A 3QFUA 2PAVA 5ADXA 2OANA 3D7EO 4IO8A 1XQSC 1QZ6A 3AAPA 2E2OA 2P9NA 3A5OC 3VPZA 5AFUA 3JS6A 5AQRA 2QM1A 4WQ5A 2P9UA 5AQKA 4CZMA 2P9KA 2CGLA 2CH5A 3SLCA 2IVNA 4BRKA 4K43A 2P9SA 2J4RA 2I7NA 3W3DA 2BUPA 3GG4A 4M7YA 5ADXH 4H5RA 3MCPA 4H0PA 3QNJA 1GLEG 3EO3A 5AQGA 3DOBA 4DHYA 4EZYA 3FGUA 2A3ZA 4ISGA 5BRHA 5AFUH 4H0YB 2GWJA 4PL7A 4H6IA 1OKJA 4EZVA 2IIRA 4AM7A 3VEWA 3IFRA 3L6QA 3LDOA 3AARA 5KQDA 2I7PA 1RDWX 4BRHA 4DQ8A 5FPNA 1MWMA 3QBWA 3CQYA 3AAQA 5BN9A 3HZ6A 2FSKA 2E88A 3O1WA 3LDNA 3TU5A 4B1ZA 4NO7A 1BU6O 3UB5A 3C7NA 2KHOA 1S22A 1GLBG 3EL2A 1NGDA 3WT0A 4J8FA 3O4WA 5EX5A 3L4IA 2NRHA 4CBXA 3LDLA 3KHYA 3VF2A 2Q1NA 1YXQA 5BREA 4BC5A 2QWQA 5EVZA 4WV5A 2Q31A 4H5NA 4H03B 5KPZA 4B1XB 1KAZA 3TPQA 1Q5LA 1ATNA 3C7NB 3VEYA 2GWKA 3DJCA 4MO4A 1G99A 4R5IA 4B1VA 1Z6RA 1T44A 5KPTA 3BP8A 3M6GA 1BWFO 2YCHA 3U9ZA 3GL1A 3VGMA 5AQIA 3W0LA 4BR7A 4EZNA 2V7YA 1R59O 1QQNA 3BUZB 4IZ9A 4FPAA 4EFHA 4PL8A 5BR9A 5F0XA 1NGCA 4BR2A 5AQSA 4BRNA 2PBDA 4JHDA 3DXKB 5AQXA 1EQYA 1GLJO 2D1KA 2FXUA 4RCHA 3ATUA 3ZX2A 3MN6A 3WEEB 4BVOA 3B8AX 1ZC6A 2NLXA 3UKUA 2BTFA 3GOIA 2YHYA 3N8EA 2QWMA 2WINM 4IJNA 3VEVA 5LJWA 3I8BA 4F9OA 1X9JA 4BGBA 3SMSA 3FLCO 3CQXA 3P4IA 3D2FB 3A0IX 3VEZA 4BC3A 3SJHA 3VENA 1TYQA 3UE5A 5KPRA 1HJOA 4DB3A 4WQ4A 4C23A 3WQUA 3S41A 3SK3A 3HBTA 2A5XA 2FF3B 2P9IB 5JLFA 3UKRB 4XEIA 1ZBSA 3FZFA 3D2EA 5AQWA 3HI0A 4R5JA 3LDQA 5LY3A 1YVNA 5AQQA 3SMPA 1GLDG 2ZF5O 1HUXA 3QDKA 4XH4A 5BPLA 4WQ5C 4JWDA 3RSEB 4FOIA 1QQMA 4FWKA 3CERA 2H3GX 1U2VA 2UYTA 3R9PA 3L3OM 2P9PB 2AA4A 4E81A 3FZMA 4K25A 3CHWA 4BQLA 4E1JA 5AQLA 1XC3A 5E84A 3A5MC 3IUCA 5BPMA 4BRDA 1K8KB 2P9LA 1IJJA 3VESA 3DAWA 3D2EB 1Q18A 3MN9A 2QFFA 3H3OB 1HKBA 5LJVA 3WQTA 4ISEA 3CJBA 3FZKA 1JCGA 4B9QA 1KXPA 4JD2A 3DXMA 1U2VB 1TUUA 3L0QA 3ZETA 1NGHA 1U00A 4EZOA 3QMLA 1WUAA 3H1VX 4K42A 2A40A 2F9TA 2VYPA 4H0TB 2P9NB 4M7XA 4EHTA 2P9UB 3CJ9A 3T46A 2P9KB 7HSCA 1HX1A 4EZTA 5F2RA 2P9SB 4K41A 5AQTA 5TKYA 5B8HA 5FPDA 4EHUA 1NGFA 1C0GA 2YJEA 1YUWA 3M1FA 1GLLO 1BUPA 1T6DA 3ZX3A 3EN9A 3O08A 4B1YB 3JXUA 5BN8A 3LL3A 4BQZA 2QWPA 1X3MA 1C0FA 3VETA 3R8EA 1CKRA 3DPOA 3FFKB 4PKIA 4JNFA 2D4WA 3O80A 2D0OA 4BRLA 4CZIA 3ID8A 1SZ2A 1DKZA 3T49A 2A42A 1JCEA 1DGKN 1U6ZA 3CIPA 3GDQA 4LC9B 4A62A 2E1YA 4FWNA 4BGAA 4BR0A 4FWOA 2E20A 4B1WB 1BA0A 1NBWA 2OP6A 2VWBA 4JAXA 3VEOA 3LM2A 4H6HA 1HKCA 2FF6A 2ASOA 1RGIA 4WYBA 4CD1A 4FL9A 5JICA 2ITMA 3ZX0A 4CD3A 2VCPA 3EKSA 4M63C 4CZGA 4H5WA 4ISFA 5AZIA 2QXLA 1SQKA 2Q0UA 4O5FA 1DKGD 4FWLA 1NGGA 4JWIA 4KBOA 3O1BA 1MDUB 4BG9A 4EZZA 1HPMA 1P8ZA 4EZQA 2Q36A 3O6WA 3HSCA 3H0XA 4BR9A 1QHAA 3WXLA 4WQ4C 2E8AA 4CBWA 4PKGA 2Q0RA 4EZUA 1D4XA 4IWVA 1DG4A 4JHDB 1X3NA 1J6ZA 2GEMA 1NGBA 2IVOA 4GNIA 4H5TA 4MO5A 5FPEA 1NMDA 3AY9A 4CJ7A 1DKXA 2A41A 4I6MA 3DPQA 1NWKA 4DCHA 2ZGYA 4L3QA 3VGKA 3UKUB 1BO5O 3QB0A 2CGKA 4EIAA 2GTDA 3O8MA 4BC4A 4HWIA 2YI1A 1NGAA 2V51B 5AQYA 4NB4A 1ESVA 4F01A 2HF3A 2Q97A 4JN4A 1NGIA 3H45C 4A2BA 3DWLA 3CJAA 2AP1A 2QWLA 1LOTB 3ULEA 1TYQB 2HOEA 4EZPA 3ZEUA 3H1QA 2FSJA 1NGJA 4RWTA 1SAZA 3EZWA 4BC2A 2V52B 3ATVA 2WUSA 3MN7A 2BPRA 5EY4A 4CZHA 1HLUA 1QQOA 4A61A 4EZWA 3QBXA 4YDUC 1KAYA 1CZAN 3I33A 2ASMA 1NM1A 3DPPA 3M3ZA 1GLCG 1ZXOA 2QWNA 4BRPA 1Y64A 4CZLA 1E4GT 2HMPA 5AZJA 1GLFO 4QS8A 4Y0WA 3MK6A 3MN5A 4H0XB 2ASPA 3FZHA 1BA1A 1DKYA 1MA9B 3T4AG 5AQUA 4YDUA 5ELZA 4XH1A 4B1UB 4EZXA 1V4SA 2P9LB 4O8KA 5JLHA 1NLVA 2EWSA 4FWPA 3ENOA 2IVPA 2E2NA 5AZJB 3T48A 4JD2B 1WOQA 3DXMB 4PKHA 3CJCA 5FPMA 3ZETB 3VERA 5BRDA 1LCUA 4BRMA 1S3XA 4BRQA 4CZJA 1Z05A 2W41A 3VEXA 1V4TA 3QFPA 5AQHA 3VF6A 4CZFA 3LDPA 3GBTA 5I9EB 4EZSA 5AQZA 4XH5A 2QW9A 3U4LA 3FZLA 3OHXM 3H3NO 2CH6A 4BR5A 1QZ5A 3KVGA 5EOYA 1YAGA 2GELA 1KAXA 3QICA 3CJ1A 3A8YA 5CE3A 2NZTA 2DPNA 4Z94A 4EZRA 3R6MA 3HTVA 4PO2A 2QWOA 3MMVA 4MLHA 4QS7A 3CETA 4GY2B 3WXJA 5AQFA 3EKUA 1T6CA 3LM9A 4BRAA 1XUPO 1JCFA 1MWKA 1ATRA 1BOTO 2YJFA 3BF3A 3DXKA 4R5GA 4FSVA 4A2AA 4FWSA 5AQVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9UA 2ZGZA 3MDQA 3IKMA 3KLHA 4KHPK 2RAKA 3AVHA 3VQBA 3K5OA 4B3RK 3T47A 1JQKA 4F3OA 2OPPA 4Q0BA 5FDLA 3OYFA 3I2WA 3IDHA 2HBKA 1BI4B 3O4QA 1HRHA 3C94A 2A6AA 5AZIB 3V1QA 3CI5A 1IG8A 1UOCA 2WYHA 5JMVA 2YX6A 4JWCA 4KIKA 2X3XA 3WXKA 2V7ZA 4UQGA 1JL2A 4CF2A 5DK5A 2ITGA 3PX0A 5J2QA 1JJ2M 4F00A 2X78A 1HWWA 3A5LC 4BR4A 2HHTA 4BROA 3LVTA 1QHTA 3ZSWA 3SJJA 2E2QA 4DTOA 3O9TA 2ZWHA 4FZXC 2OA8A 2F7RA 5AR0A 2ZJQL 4FWMA 3SAGA 3FE1A 4LF7K 4DV5K 2QKKA 1S6QA 2YHWA 4U67L 3NH1A 2QWRA 4BRCA 3PO4A 3G25A 4W5RA 4JWEA 4FWRA 3WNGA 1TK8A 5JS1A 5EXWA 5AQPA 2YHXA 1Z26A 3HM8A 3NFAA 1ASWA 1NOZA 1Y97A 3MAQA 4CBUA 4YY3K 4ZTFA 3FFIA 3HSTB 4WFNL 4JI2K 5KQ8A 3AVJA 4Z4HA 1NK6A 4CJEA 3ZT2A 1C0TA 4IO8A 4KRFA 5KBPA 4AILC 1RTIA 1XQSC 3AAPA 2F7PA 2E2OA 2ZXQA 1BIUA 1SV5A 2QM1A 4HR1A 4BRKA 1VQLN 2IVNA 4K43A 2NRTA 2E6MA 3W3DA 5ADXH 1DLOA 3ZEFA 2GBZA 2VG7A 3EO3A 3LMFA 1NK7A 3DOBA 3DRRA 3TR8A 4EZYA 4DQIA 3I0RA 4KV8A 1E3MA 2O4GA 2A3ZA 1VQNN 5BRHA 4I2PA 4H0YB 1Q9YA 4AM7A 3LDOA 2I7PA 3DLBA 4BRHA 5FPNA 1MWMA 3UITA 3QBWA 3QEXA 3HZ6A 3WXMB 4NXNK 1EETA 3CCSN 2D4CA 4ILHB 2KHOA 1I4LA 1P90A 3EL2A 4RW8A 4JKHA 4J8FA 4E7KA 1HNXK 5FLEX 1A5WA 1J9AA 2NRHA 3JAMO 4G1QA 1D8YA 1U04A 3KHYA 2D0AA 3LPTA 5GAEP 5H1SQ 4CCHA 2G8VA 4BC5A 2KKZA 5KPZA 4FLZA 4B1XB 3S9HA 2ZM6K 3K9JA 3VEYA 4JKDA 4B9LA 4DS4A 4EP4A 2YV0X 3DJCA 4LH4A 3HP9A 4RG8A 1N36K 4AZ5A 3WNHA 1Z6RA 3G71N 4Z4IA 3DX0A 4BR7A 3W0LA 3CCVN 4DV0K 3AA5X 3PIOL 1R59O 1QQNA 4IZ9A 2A1SA 3L8BA 4PL8A 4W5QA 1NJIO 2YL5A 4LD0A 4BR2A 3AO3A 2G8HA 2OCEA 2PBDA 1TAUA 4E7HA 4FLYA 1EQYA 4KHUA 2FXUA 5LMUK 2F7OA 2EWFA 1WN7A 3MN6A 4IFYA 5KTQA 1RT3A 3NVMA 1XHXA 3QEWA 1SUQA 2Z1IA 4IG3A 4JI4K 2JWKA 4DU1A 3N8EA 1U47A 1J53A 4M41A 2WINM 5LJWA 3LWMA 1QQCA 3CD6N 3I8BA 3SAFA 4F9OA 1CZBA 4BGBA 3CQXA 3P4IA 2YI9A 2YI8A 4IOAL 3G10A 3VEZA 1FW6A 4CHQA 5KPRA 3SUQA 1HJOA 4NPHA 1LAVA 3CFOA 2E4LA 4DB3A 3E66A 3KAWA 4KIKB 4C23A 3V4IA 4AHVA 1T3VA 1HYSA 4E19A 2FF3B 4M3ZA 4KH5A 3I56N 2O8FA 3K0SA 5AQWA 3S5TA 3HI0A 1HYVA 4DLEA 3O3MB 5AQQA 1HNVA 3QDKA 1VSJA 3AVLA 4FOIA 4JYAK 4DQPA 4DTMA 3FZMA 3L3OM 1VSFA 4K25A 2QXFA 5KI6A 4YFUA 3RMDA 2HW3A 1T8EA 3AVIA 3DAWA 4N5SA 3DOKA 2I5JA 2QFFA 1HKBA 1KQSM 3A2FA 1CXQA 2NUBA 4DLGA 1S9GA 1JCGA 3HK2A 4IWQA 1KXPA 3DXMA 4OPKA 5I42A 1U2VB 1TUUA 3ZETA 1NGHA 3C65A 3EE8A 2OBMA 2VYPA 1S1WA 1TAQA 4H0TB 1TGOA 3HM9A 2WBNA 4HR1B 3P5JA 3CC7N 4QCLA 3VKHA 5AQTA 5TKYA 1Q86O 4JI7K 3O3OB 3SQ1A 2QKWA 2OPSA 3RPMA 1N33K 2YJEA 4AHUA 1QVGM 3F5TA 3EY1A 3EN9A 5BN8A 3LZIA 3SV4A 4BQZA 4DU3A 1K6YA 5CYMA 4DYLA 1CZ9A 3R8EA 1NK5A 4NYNA 3VQDA 4CGIA 1XNRK 2Z1GA 3OWGA 1VQKN 1IO2A 4BRLA 4HUGA 1TKXA 3T7ZA 1DKZA 3T49A 3GDQA 3CIPA 4CEBA 1RTDA 4FWNA 3M8SA 4YOTA 4AZGA 2HNDA 1BA0A 3RMCA 3CV5A 4DQRA 2VWBA 1WLJA 4JI1K 4BNEA 4YOXA 2YKTA 1HKCA 3CCJN 4FJMA 1RGIA 3NH0A 4FCYA 3K57A 2UUBK 2VCPA 4M63C 4R5PA 4CZGA 4ISFA 2Y1IA 3IS9A 2FBVA 2Q0UA 1BIZA 1NGGA 1IBKK 4JWIA 4KBOA 4ELTA 4K0KK 4AKVA 4B3MK 2KTQA 2WTUA 4EZQA 3KKRA 3THVA 1KC8O 3CQ8A 1URUA 3WXLA 1VQ6N 3FD9A 4PKGA 3K5LA 4BDYA 1D4XA 1DG4A 1NJWA 1X3NA 3DLEA 1UAXA 2IVOA 4CF1A 2ZJRL 2X3WA 1NJZA 3AY9A 4BWMA 2A41A 3BGRA 3DPQA 5DM7L 4DCHA 2ZGYA 2GX9A 3SQ0A 5HROA 3QB0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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