5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
1MDUB 3T4AG 3MN5A 4FWQA 1KAXA 5AQMA 4CD3A 1DKGD 4BRLA 3CJ7A 2IIRA 1V4SA 1BOTO 2QM1A 4QS9A 4EZXA 2F9WA 4BREA 1BDGA 3VF2A 1U2VB 3CJCA 5ELZA 2YJFA 3MDQA 3H1VX 5BREA 2ZGZA 4CZGA 3M3ZA 3WEEA 4Z94A 3GDQA 1QZ5A 3C7NA 2ITMA 4EZQA 1GLCG 2P9UA 2PAVA 4J8FA 3WXJA 1QQMA 2E88A 1WOQA 2YHYA 2PBDA 1U2VA 3FZLA 1G99A 1KAZA 2A5XA 2WINM 3O8MA 4F00A 5AZJB 3FE1A 4CBXA 1TYQB 4CZKA 1GLFO 2YJEA 4YDUC 4PL8A 1E4GT 3C7NB 3I8BA 3L0QA 5AQUA 3SMSA 5EOYA 3U9ZA 2P9IB 1GLJO 4JWIA 4FPAA 5AQFA 1JCGA 3VEZA 3ULEB 4A62A 4BROA 4ISEA 2FF6A 3DXKB 3ZEUA 5BPLA 1T6CA 4IJNA 1NGCA 2VYPA 1NLVA 2ASPA 3ZX2A 4CD1A 1ATRA 1NGFA 4FL9A 3LDOA 4I6MA 4BRQA 2DPNA 1ATSA 4BR4A 4DHYA 2NRHA 4CZFA 1YXQA 1KAYA 5TKYA 1SAZA 3D2EB 4H0PA 1U00A 3M6GA 4BR2A 2KHOA 2ZGYA 4FWKA 1NGHA 1WUAA 3BUZB 3VESA 3IDHA 2QWNA 3VERA 1X3NA 5BN8A 2E20A 3O4WA 3VGLA 3DQGA 4EHTA 3GL1A 3LDLA 5AR0A 2Q1NA 4RCHA 3S41A 5AZIA 3WQTA 1GLEG 5KPZA 3IMXA 2V7YA 2CGJA 1TYQA 1LOTB 3RSEA 1DG4A 2CGLA 5EY4A 3VENA 4FSVA 4H5NA 1QHAA 3T47A 4HYBA 1QQOA 4BC3A 1MWKA 4K41A 1Q18A 3QBWA 1BG3A 2GWJA 4QS8A 1GLBG 2P9IA 1QQNA 4JHDB 4BRHA 4CI6A 2D0OA 4BRNA 4BC2A 1ESVA 2QXLA 3LM2A 2IVPA 1KXPA 4H0YB 4O8KA 4EZVA 3DXMB 5FPMA 5ADXA 3D7EO 4BRPA 3CJ9A 1ZBSA 1U6ZA 3H45C 4EZYA 3MN6A 4H0TB 3HM8A 4EZSA 3H46O 4HY9A 1EQYA 3UKRA 3WQUA 3WXLA 4EHUA 4BRCA 3OHXM 4ISFA 3TU5A 3SK3A 4IO8A 5AQHA 4BG8A 4KBOA 3SJHA 3BF1A 3O1BA 3D2FA 3DPQA 2FSJA 1HKBA 4R5GA 3FLCO 1BPRA 4PKHA 3JS6A 3UKUB 4R5IA 2P9SB 4EZWA 1H1VA 3VOVA 5AQIA 3R9PA 1TUUA 3WXIA 5AQXA 2OP6A 1QZ6A 5AQQA 1C0FA 1NWKA 2CH5A 4CBUA 1MWMA 3RSEB 2E1YA 3D2FB 1RGIA 3W0LA 3ZETA 1JCFA 5EXWA 5AZJA 4FWMA 4EZOA 4GNIA 7HSCA 2HMPA 2E2PA 4A2AA 2P9UB 2QWRA 4M7YA 5JMVA 1BUPA 4CZEA 4R5JA 3WUHA 4BRKA 5BRFA 1NGGA 1E4FT 2Q36A 2FF3B 5BPMA 5AQGA 4BRMA 4JHDA 4F01A 2VCPA 3T49A 4CZHA 5B8HA 4BVOA 2A42A 2V52B 5KQDA 2D1KA 5KQ8A 3DXKA 3ZEUB 5AQZA 3LM9A 3DAWA 5AQWA 4A2BA 5BRHA 1YAGA 2OANA 2I7PA 4BR5A 4FPBA 2P9PB 5LJWA 3AAPA 4BC4A 1OKJA 5AQRA 4JNFA 4NB4A 4B1VA 2HF4A 5EVZA 4H5VA 4E81A 1XC3A 3DPOA 3M1FA 3J8AA 2QWMA 3LL3A 2YI1A 3W3DA 4FOIA 4BC5A 1ATNA 2A6AA 2Q0UA 4MLEA 4BRDA 4XH4A 1YVNA 3UKUA 4FWRA 1NBWA 2E8AA 1NGBA 4JWEA 4XH1A 3QNJA 3R8EA 4JNEA 4JD2A 3CQYA 4BR0A 1K8KB 1P8ZA 4YDUA 3WXKA 3LDNA 3SMPA 4H0XB 3OHRA 5AQTA 1V4TA 4DQ8A 1HX1A 4RWTA 4FWNA 3VF4A 4HWIA 3VF6A 1T6DA 1SZ2A 3U8XA 5AQKA 2QFFA 1GLAG 4BRGA 5F0XA 4HTLA 2HOEA 3VGKA 5FPDA 5CE3A 3KVGA 3MMVA 4B1YB 1NGDA 2IVOA 4FWOA 1NGIA 4LC9B 4PO2A 2V51B 1DKZA 2FSNA 3CJAA 3FGUA 2P9KB 2P9PA 2YHWA 5I9EB 3F9MA 3QFPA 4FWPA 5AQSA 3T48A 3KZBA 1CZAN 3A0IX 4RTFD 1T44A 5KPRA 4NO7A 3ZX0A 4H6IA 2F9TA 3A5NC 4JAXA 5EX5A 1J6ZA 3H0XA 1X9JA 4R5KA 2H3GX 3HZ6A 3QICA 5AQJA 3U4LA 4Y0WA 4EIAA 4K25A 3GG4A 5BPNA 3UKRB 3KHYA 3TPQA 2W41A 2J4RA 4L3QA 5AQVA 2ASOA 4BG9A 2A3ZA 1S3XA 2VWBA 2GELA 5E26A 4AM7A 3VETA 2CH6A 3EN9A 3AARA 3GE1A 3ZX3A 3VEVA 1JCEA 3ENOA 4H5TA 4EZPA 5AQOA 1ZXOA 5BN9A 3CIPA 4M63C 2YCHA 3CI5A 2BUPA 3A5MC 1BWFO 2NLXA 2E2QA 4K43A 1NM1A 5AFUH 3VEOA 3O6WA 3ATVA 2AP1A 1Z05A 4M7XA 2V7ZA 1YUWA 1IG8A 4H5WA 4WV5A 1XUPO 4WQ4A 5JICA 3VEYA 2GEMA 2QWOA 2UYTA 5KPTA 2Q2RA 1HLUA 3H1QA 1DKYA 3AAQA 3CJBA 1NGAA 3FZKA 5LJVA 5AFUA 1HPMA 4JWDA 4F9OA 3GOIA 3CJ1A 5AQNA 1ZC6A 4A61A 2QWQA 4XH5A 5F1XA 4B1XB 2IVNA 3EZWA 3ATUA 3L3OM 4PKGA 4JN4A 2I7NA 2P9LA 4PL7A 3O1WA 2BPRA 1HJOA 1NGEA 5AQLA 1BO5O 3N8EA 5FPNA 4H5RA 1BA1A 3CQXA 2BTFA 3LDPA 1HKCA 4FWLA 2ASMA 1DKXA 3DOBA 3QBXA 3ENHA 1K8KA 2WUSA 4BQLA 5FPEA 1BU6O 4MO4A 4R5LA 4O5FA 3VPZA 3WEEB 4B9QA 2A40A 4IZ9A 1X3MA 3HSCA 3FZMA 3FZFA 4WQ4C 3T46A 4BGAA 4H6HA 4DB3A 3A5OC 2Q0RA 1GLDG 4BR7A 2QW9A 2QWLA 1Z6RA 1LCUA 4H0OA 1NMDA 4CJ7A 1NGJA 3QB0A 5AZIB 3CETA 4EZRA 1XQSC 2E2OA 2FSKA 3A8YA 4FWSA 1Q5LA 5AQPA 3O08A 4CZLA 4H0VB 3IUCA 3CERA 3VEWA 5ADXH 2P9KA 3FZHA 4EZUA 2D4WA 2CGKA 3IFRA 4BVPA 1C0GA 2P9SA 3HI0A 2P9LB 5JLFA 3SLCA 4EZTA 3H3NO 4BRAA 2ZWHA 4IJAA 3UB5A 2NZTA 4FOEA 5AQYA 4B1UB 4DCHA 3DJCA 3JXUA 3EKSA 2GTDA 4EZZA 4CBWA 2YHXA 3BEXA 3DXMA 4EAHD 3H6EA 4B1WB 4WQ5C 4WYBA 3A5LC 3EO3A 3EKUA 3ID8A 4BR9A 3DWLA 4I6MB 5JLHA 5F2RA 3VGMA 3GBTA 4MO5A 1CKRA 4PKIA 1Y64A 3H3OB 1IJJA 3D2EA 4JWCA 1BA0A 2FXUA 4FO0A 4QS7A 3DPPA 3FR0A 3L4IA 2E2NA 5BRDA 3HTVA 3O5BA 4IWVA 1HKGA 1SQKA 1D4XA 3P4IA 3QDKA 2QWPA 4K42A 2GUPA 3C0BA 3BP8A 1MA9B 1RFQA 4BRFA 2GWKA 3G25A 4WQ5A 2E1ZA 3MCPA 4H03B 3MN7A 2P9NB 3UE5A 4WV7A 1DGKN 5E84A 3BF3A 1HUXA 3HBTA 4BRIA 2Q31A 3AY9A 3EL2A 1R59O 5BR9A 4EFHA 3QFUA 3U9DA 1RDWX 3LDQA 4CZIA 1GLLO 4ISGA 1TUYA 2Q97A 3WT0A 4BQZA 4GY2B 4JD2B 3VEXA 2HF3A 3QMLA 4E1JA 2P9NA 4CZMA 3L6QA 3MK6A 3I33A 3B8AX 4AM6A 3O80A 4C23A 3MN9A 3CHWA 4MLHA 4XEIA 4B1ZA 3ULEA 3R6MA 1DEJA 2D0PA 4EZNA 2EWSA 2FLOA 2ZF5O 2A41A 4BGBA 2AA4A 3ZETB 4IXCA 4CZJA 1S22A 2W40A 3FFKB 5LY3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FFIA 5AQMA 4CD3A 4HVJA 4M3TA 1Q81O 2IIRA 4CF8A 1V4SA 3CCSN 4QS9A 2G8WA 3HT3A 4FM2A 3QIPA 3L2WA 4CFAA 3ENBA 5ELZA 3MDQA 4FM3A 3C95A 1KVAA 2YI8A 3THYA 2YL6A 2I5JA 3C7NA 1WSHA 1U48A 2W00A 1GLCG 2B5JA 4GV6A 2NRTA 1WOQA 2YHYA 4CFDA 1KAZA 2A5XA 5AZJB 1TKTA 5HOOA 3TTCA 4KFBA 4K8XA 4JWIA 4CGJA 3VQ6A 4BE0A 3RMDA 2VG5A 3ID6A 4LFAK 1JLAA 4CK3A 3DOLA 3DXKB 1L5UA 1UAXA 2VYPA 3AVKA 4IJNA 3D45A 3S3MA 4J2EA 1YI2N 1OAOA 2O8CA 2IAJA 5C2DA 4DR6K 2XRIA 4DSJA 1VQPN 3V9UA 3HVRA 3R1XA 1RILA 3LDOA 1KFSA 1X9WA 1ZBFA 4ICLA 3KAWA 4DR4K 1MJGA 4O0IA 1YXQA 1KAYA 3AVAA 1U00A 4BR2A 4ELTA 4FWKA 1WUAA 3BUZB 3IDHA 1UA1A 1JKHA 1X3NA 4ILHA 1YJWN 2WONA 4DU1A 4BDYA 4KIKB 3OYFA 4H8KA 2HB5A 1BIUA 1W7AA 3SCXA 4KH5A 2V7YA 1VQ5N 1LOTB 2F7PA 4OPAA 4H5NA 4BC3A 3MEGA 1LWFA 4IM2A 3AVIA 2GWJA 2P9IA 4CI6A 1BQNA 4YOYA 4BC2A 1GNTA 4AZGA 2QXLA 3QEWA 5SZTA 3SBTB 3U6FA 4H0YB 4O8KA 4HTUA 3KLIA 3D7EO 1U6ZA 4W5NA 4EZYA 3MN6A 3H46O 4NPHA 4DQSA 4FW1A 4A5BA 1QWUA 4CGDA 4BRCA 4NQIA 4LF8K 1VRTA 3TU5A 1RT2A 1EP4A 2G8IA 2OPPA 4AHTA 1N36K 4DYLA 2ZD1A 4KBOA 1WAFA 2W6KA 2FSJA 3FLCO 1ASVA 3VQ8A 4FM0A 4PKHA 4DS4A 1VSEA 3VOVA 4KKOA 3OYCA 4KTWA 1TUUA 5AQXA 3V9WA 2HHXA 1RT7A 3EJSA 3G10A 1C0FA 5AQQA 1NWKA 2HHUA 3BUDA 3NGYA 1RGIA 1JCFA 3SAGA 5H1SQ 3CCQN 4FWMA 4CJRA 4DUZK 2YL9A 4DTRA 4KI6A 1S1VA 4CZEA 4BRKA 1LQ7A 2Q36A 4TSXA 5C42A 3PSFA 1YJ9N 3AVNA 3KKSA 5AQGA 4JS4A 4NXNK 4J2DA 1VK0A 3WNFA 3V1OA 1O7DC 4BVOA 2A42A 2V52B 5KQDA 3ER9B 1HMVA 1S5JA 3BY5A 2D0BA 4GKJK 4JKFA 4DTNA 5AQWA 3EE9A 4FLTA 3QNOA 4G6QA 3SPZA 1HNVA 1XI1A 5FROA 2P9PB 3P39A 3JAMO 3MECA 4BC4A 5AQRA 1KLNA 4JYAK 4JNFA 4LSNA 4NB4A 4JKDA 1BQMA 4DF8A 3Q7BA 2NRVA 4H5VA 3M1FA 3L3PA 3W3DA 4NXMK 2YI1A 1ATNA 4XH4A 1YVNA 4KH6A 1QHTA 4CK1A 1TK8A 2QKKA 2GBZA 1HR0K 2QK9A 4JWEA 1O1WA 3O3GA 4XH1A 1QQCA 3TABA 3NDKA 4BR0A 1K8KB 1TL1A 4JK7A 4YDUA 3LDNA 1SS6A 3SMPA 4L8RB 2YKMA 4DQ8A 2O8CB 3DOKA 3F7WA 1JLGA 4FWNA 1ZBUA 2O8EA 1DLOA 5HP1A 4HTLA 1HQUA 4AILC 1WBDA 3BUQA 4IBNA 5CE3A 2W42A 2NCZA 1EKEA 1I4DA 3MMVA 2KFNA 4HHTA 1J5OA 2Z0NA 4LC9B 3F73A 4C8NA 3OJSA 2P9KB 5HL7L 1QSLA 4J2AA 2YHWA 5I9EB 3F9MA 3QFPA 4DU4A 4OPJA 1QSSA 5HLFA 2IC3A 4CEZA 3A0IX 5GINA 4RTFD 5KPRA 4JAXA 3A5NC 1VQLN 1X9JA 1NG9A 1HRHA 3VEBA 4R5KA 3NGZA 3O9UA 3HZ6A 3QICA 4KO0A 5AQJA 2ZXQA 3U4LA 4CJVA 2RT6A 3KHYA 2J4RA 4GKKK 1QX1A 1XMQK 2GX9A 4UDYX 5E26A 2YL8A 2YNGA 3AARA 4GVEA 3C6AA 3IKMA 4H5TA 3S5TA 1R34A 1ZXOA 3B6PA 3CIPA 3LP2A 3VMFB 1VQ8N 5HROA 3B52X 4K43A 4GV9A 3NVKA 2Z1GA 2EWFA 4E7KA 3CFPA 4WQ4A 2HVHA 5JICA 3VEYA 4OPHA 3CXCM 1CXQA 4U7BA 1HYVA 5C15A 2HHIA 1SKWA 1IKWA 3H1QA 1DKYA 2HNYA 5LJVA 3O3MB 1HPMA 3NGIA 4DUYK 3DLKA 1HYSA 2FC0A 3BZKA 4CJUA 1RDBA 4AH9A 2EX3A 1FJGK 2RF2A 3NF7A 4PKGA 5GADP 4JN4A 2P9LA 2NUBA 4PL7A 2Q13A 4RW7A 2G8VA 5I42A 4YOUA 4AHUA 3CVRA 4JKEA 4C1NI 1RBUA 2WUSA 4BQLA 3SOGA 4CHOA 3HPOA 5KGWA 4DTXA 5E41A 5FDLA 3VQQA 4IZ9A 3HSCA 3T46A 4AZ6A 3Q0KA 4H6HA 3P1GA 2DFHA 3HP6A 2G8HA 1GLDG 1RBSA 3V9SA 1KFDA 4IEIA 4CJ7A 3QO9A 5AZIB 1ZWWA 4JI8K 1EXQA 4FWSA 1Q5LA 2EHGA 5AQPA 4M3UA 4E72A 3IUCA 3CERA 1E1DA 2D4WA 3IFRA 3BUIA 1GOBA 2P9LB 3H3NO 1YT3A 1JQKA 1WN7A 3UB5A 3SUQA 4LF9K 4Z4GA 4IWQA 1CZBA 4DCHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KD5 E;  1TKX A;  2B6A A;  4NSW A;  1ZBI A;  4C8O A;  1CKR A;  2NRZ A;  2HNZ A;  3ITH A;  4I2P A;  3AV9 A;  4JWC A;  2FIC A;  1KD1 O;  3AO4 A;  3L4I A;  3EJQ A;  3HTV A;  4IWV A;  4ILG B;  1HKG A;  1SQK A;  3P4I A;  4YFU A;  3OS1 A;  2HBJ A;  3C0B A;  3ZED A;  4KI4 A;  4KIK A;  4BRF A;  2ZJP L;  5C0Y A;  2XY7 A;  1W9H A;  4WQ5 A;  1SL2 A;  4WF9 L;  3TWH A;  2P9N B;  3VTH A;  1DGK N;  4ILG A;  3BF3 A;  1E3M A;  3QIO A;  4AZ7 A;  3AY9 A;  3EL2 A;  3R3L A;  1GNL A;  1RDW X;  1D9D A;  3WNH A;  3VA3 A;  4ISG A;  3ZT0 A;  1FXX A;  4GY2 B;  3LMF A;  4NLC A;  5KGX A;  4N41 A;  4B3O A;  3J7Z O;  1KCF A;  1X03 A;  4NCG A;  1NK8 A;  1KTQ A;  1XC9 A;  4AKV A;  4DCN C;  3CHW A;  4MLH A;  3O3H A;  3OYN A;  4OX9 K;  2O8F A;  2D0P A;  4KTZ A;  4EZN A;  1LV5 A;  2ZF5 O;  2A41 A;  4BGB A;  3V4I A;  2Z1J A;  4IXC A;  1N5Y A;  3IRX A;  1BWF O;  3D52 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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