5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
3LDOA 4EZOA 2P9IA 3SLCA 3L6QA 3AAPA 5KPTA 4H5NA 5AQWA 3ZX2A 3AAQA 1NGCA 4FSVA 3EKSA 1SZ2A 3CJAA 3G25A 4M63C 4BRAA 5BPNA 4JWDA 4DB3A 4EAHD 3D2FB 4BR4A 2P9SB 4YDUC 3LDQA 1TUUA 3GE1A 1YXQA 4WQ5A 4H0PA 1DKZA 3DXMB 4XH1A 1IJJA 1DKXA 4BRCA 3CI5A 3CJ9A 5AQNA 1BU6O 3DOBA 4HWIA 2P9UA 2P9IB 4WYBA 3SMSA 2DPNA 3J8AA 3VENA 5AQHA 4CZFA 2FLOA 3LDNA 1TYQB 3BUZB 1YAGA 4FPBA 3VF4A 3WQUA 4QS7A 2IIRA 4B1YB 4CBXA 2QWLA 3C7NA 3VEXA 3DWLA 2AP1A 2YJEA 1C0GA 3VF6A 1JCEA 3DXKA 1BWFO 2CH5A 5EY4A 4FWLA 4EZUA 4F01A 1NMDA 5AQFA 5KQDA 4BR2A 1XC3A 5F2RA 4RWTA 2E2PA 3FZHA 1Z6RA 4BC5A 3U9DA 1XQSC 5E26A 3IMXA 3FE1A 3VERA 2FXUA 2KHOA 3W0LA 4EZRA 3U4LA 3LM2A 5FPDA 1T6CA 3MN9A 2EWSA 2YCHA 4BRHA 2A3ZA 4BGBA 4BRGA 1TUYA 3FLCO 4EZZA 1HKCA 3QFUA 2CGJA 3O6WA 3T47A 5BRDA 1ESVA 2H3GX 3TPQA 1RDWX 3O80A 2P9NB 4B1VA 1NGEA 5AQYA 1GLDG 1WOQA 4QS8A 2IVOA 4IJNA 1MWMA 3MN5A 4XEIA 2W40A 4PKHA 2CH6A 3KVGA 1NGAA 4CZMA 1GLCG 4WQ4C 4F9OA 3BEXA 3L0QA 4EZSA 3A0IX 3BF3A 2GWJA 3UE5A 4YDUA 5AFUA 3EKUA 5B8HA 4H03B 3MN6A 4M7YA 3ENOA 5BN9A 5AQRA 4C23A 1NGHA 1NGGA 4I6MA 7HSCA 2GUPA 3C0BA 4BC3A 1NGJA 3VESA 4K42A 3IFRA 3MK6A 1NGIA 4CZLA 4BC4A 1Z05A 3OHXM 3O8MA 2ZWHA 4BREA 2D1KA 4FWRA 4PL8A 1J6ZA 4EZTA 2F9WA 2E1ZA 2YI1A 3U9ZA 3EL2A 4BR7A 4A62A 3M1FA 3ULEA 1MWKA 1U00A 3ENHA 4JD2A 3ZEUB 1S3XA 4H5TA 3EZWA 4FWOA 1YVNA 4CZEA 4ISFA 3BF1A 3UKUB 4EHTA 5LY3A 5AFUH 3KZBA 1DG4A 4FPAA 4BQLA 5AQZA 2NRHA 3T48A 2UYTA 1DKYA 1DEJA 1MDUB 2W41A 4EZWA 4CI6A 2A41A 2Q2RA 4IJAA 4BR0A 3DJCA 4BG9A 2Q0RA 4JHDA 3VEVA 3WQTA 1JCFA 5AQMA 4H0TB 1WUAA 1HX1A 1KAYA 1BOTO 1RGIA 4HTLA 4IXCA 3FZKA 3CQXA 4KBOA 1QQNA 1BDGA 1GLAG 3QBXA 2E2OA 2ASOA 1HKGA 1CKRA 2QW9A 3LM9A 1KXPA 3WUHA 2GELA 4AM6A 5JMVA 1CZAN 3A5MC 3WEEA 1S22A 3CQYA 4WQ4A 4CD3A 4BRIA 3M3ZA 4JHDB 4R5GA 1Y64A 1BPRA 5AQQA 5KQ8A 2GEMA 4JAXA 4EZPA 3QICA 2QWMA 1V4TA 3ZETA 3QB0A 1ZC6A 4HYBA 3DPOA 4IZ9A 4R5IA 1HUXA 2OANA 4BVOA 4RCHA 1SQKA 2P9UB 1ZBSA 3VGLA 3VGKA 3VEWA 1GLFO 2CGKA 4BRDA 4EZNA 3VF2A 4WV7A 4E1JA 3HBTA 4O8KA 2AA4A 4K25A 1GLEG 4BRNA 4H5RA 2E20A 4EZVA 1OKJA 2P9KA 1NLVA 1LCUA 3H3OB 3H45C 4FOIA 4FWSA 3WT0A 3ZX0A 2FSKA 3C7NB 4H0OA 4BRPA 4EFHA 1X9JA 5EVZA 1K8KA 3DXKB 3FFKB 5AQUA 3RSEA 4A61A 3A5LC 4PKGA 5AZIA 3SK3A 4DQ8A 3CETA 1SAZA 3SJHA 5KPRA 3O5BA 5AQVA 1E4FT 2FSNA 4IWVA 2GTDA 3F9MA 4MO4A 1KAXA 2E1YA 4WQ5C 3LL3A 2VYPA 3WXIA 2ZF5O 5AQXA 3JS6A 4E81A 3H1VX 5LJWA 4CBUA 2Q0UA 4QS9A 4AM7A 2WINM 5AQGA 4R5LA 5AZIB 3L3OM 2QWOA 4O5FA 5AQPA 1DKGD 3ATUA 4EZYA 4BG8A 3ID8A 5AQSA 5BPLA 2A6AA 5KPZA 2BUPA 2CGLA 1RFQA 3FZMA 4BVPA 3HSCA 3GBTA 3HZ6A 1R59O 2ASPA 3CJBA 4JWIA 4FWNA 4EHUA 3P4IA 1Q5LA 4M7XA 2V51B 3QDKA 2VCPA 4J8FA 4B1ZA 3SMPA 4FWMA 4R5KA 1QQOA 4BRFA 1BG3A 4H5WA 3UKRA 3IUCA 4Z94A 5JICA 4I6MB 3UB5A 4BC2A 2YHWA 4EIAA 5BRFA 3N8EA 2QXLA 3S41A 4BRMA 2V7ZA 3GL1A 5AQOA 2NZTA 2D4WA 1T44A 3HTVA 1X3MA 4BRLA 3GDQA 1NM1A 4CZGA 3H0XA 1HJOA 3D2FA 5AQJA 3FZLA 2P9SA 1NGFA 3T46A 4EZQA 4CJ7A 5AZJA 3AY9A 3O1BA 4NB4A 4H6HA 2A5XA 2HOEA 2V52B 1NGBA 4BROA 1HPMA 5LJVA 3DXMA 3FR0A 3ZX3A 1NBWA 3DAWA 3ULEB 3UKRB 3H1QA 3W3DA 1GLJO 2VWBA 2FF6A 4ISEA 4JD2B 5F1XA 4GNIA 1HKBA 3VEOA 3WXJA 4B1WB 3VEYA 4BRKA 3IDHA 3R6MA 3BP8A 2Q97A 3CJCA 4BR5A 3B8AX 1TYQA 3R8EA 2HF4A 2Q36A 3HI0A 2D0PA 5AZJB 1ZXOA 3U8XA 5I9EB 5EXWA 1GLBG 3DQGA 3GOIA 3HM8A 3JXUA 3O1WA 5AQTA 4B9QA 4MLEA 1H1VA 1NWKA 3CERA 4L3QA 3CJ1A 3VGMA 2A40A 3MN7A 2IVPA 1KAZA 4CZIA 1LOTB 1ATRA 2BTFA 5AQIA 2QFFA 5BREA 2E88A 3QMLA 1ATSA 1MA9B 2F9TA 4H0XB 2A42A 1U6ZA 2QWPA 4CBWA 5JLFA 4EZXA 3WEEB 5BR9A 2ASMA 5AQLA 5JLHA 3T49A 1GLLO 2Q31A 2WUSA 2D0OA 1QHAA 3MDQA 3WXLA 4K41A 3OHRA 4XH4A 3FZFA 2IVNA 4FWPA 2BPRA 2PBDA 3WXKA 4RTFD 4PKIA 1BA1A 5ADXA 4CZJA 3ZETB 3D7EO 3M6GA 4FWKA 4H6IA 4DCHA 4FOEA 2P9NA 5AR0A 4CZKA 3AARA 4CZHA 4JWEA 1V4SA 1HLUA 3D2EA 5FPEA 5E84A 5AQKA 3A5OC 2GWKA 2Q1NA 3T4AG 3H6EA 4FWQA 5EOYA 2YHYA 4MLHA 4XH5A 1U2VA 2P9KB 1D4XA 3LDPA 1BO5O 4DHYA 5BN8A 4HY9A 4LC9B 3VETA 1QZ5A 4BQZA 1Q18A 5EX5A 3I8BA 3GG4A 1K8KB 4H0YB 4B1UB 4PL7A 4H5VA 3DPPA 3RSEB 4FO0A 3MMVA 4GY2B 1BA0A 2ITMA 2YJFA 2OP6A 3FGUA 2E8AA 5BRHA 3D2EB 2ZGZA 5BPMA 4JNFA 2ZGYA 4BRQA 4NO7A 1XUPO 1BUPA 3H3NO 3TU5A 2QWRA 5ADXH 3QBWA 5FPMA 3DPQA 1QZ6A 3CIPA 3EN9A 1U2VB 5F0XA 5FPNA 2J4RA 4JNEA 1T6DA 3VEZA 2NLXA 2P9LA 1X3NA 2QWQA 2P9PA 4B1XB 3O4WA 1EQYA 4JN4A 3LDLA 4ISGA 4R5JA 3VOVA 3EO3A 2FF3B 1P8ZA 3VPZA 3ZEUA 4A2AA 4IO8A 2FSJA 3QNJA 3UKUA 3KHYA 3ATVA 1G99A 2I7PA 3I33A 2E2NA 4PO2A 3QFPA 2HF3A 2YHXA 2HMPA 3CHWA 1ATNA 2I7NA 3A5NC 4MO5A 3O08A 5ELZA 3A8YA 1C0FA 4WV5A 1YUWA 1NGDA 4K43A 4F00A 2QWNA 2E2QA 1QQMA 2P9LB 1JCGA 2P9PB 3CJ7A 4JWCA 3H46O 2QM1A 4CD1A 1E4GT 2PAVA 5TKYA 1DGKN 3L4IA 4FL9A 4Y0WA 1IG8A 3R9PA 4BR9A 4BGAA 2V7YA 4H0VB 4A2BA 3MCPA 5CE3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NG9A 3CKDA 3LWMA 4N56A 4DTPA 4ZTFA 3WNEA 3CJAA 3G25A 5I3UA 4BRAA 3M8RA 4K8ZA 2Z0OA 1JL2A 1YI2N 3EJUA 3D2FB 2P9SB 3LDQA 1TUUA 3SUQA 1YXQA 5HL7L 4I43A 1VSFA 1S9EA 3EYZA 1D9FA 3DXMB 3KKSA 1OVYA 3DLHA 3PX0A 3LAMA 4WFNL 3DOBA 2P9UA 4DS4A 3NVKA 4WYBA 3A98A 4A5AA 2D0CA 4JKBA 1NK9A 5GAGP 1WNSA 3C6AA 3V81A 2HHXA 1FK9A 3BUZB 3VF4A 2HMIA 2LSNA 3WQUA 4B1YB 4JK9A 1XNRK 4KRFA 2AP1A 2YJEA 4CVNE 3MX2A 5EY4A 4BDPA 5AQFA 3K2PA 2Q13A 4BEBA 1Z6RA 4BACA 1XQSC 2D0AA 4Z0UA 4FJJA 4AH9A 2OYQA 2FXUA 1SKSA 4YOVA 3U4LA 5FPDA 1T6CA 4IW0A 4RW4A 3ZEFA 3K9KA 1TUYA 3FLCO 1EETA 3O3GA 3KLFA 3RV0A 3QO9A 4F8RA 3QFUA 4BY9C 3O3OB 2CGJA 3O6WA 1JLQA 3AO2A 1ESVA 2H3GX 4ELUA 3TWHA 5IWAK 2P9NB 4HUGA 1CXUA 4DFKA 3VQEA 1TK5A 3OK8A 3OYAA 4E89A 3MN5A 3OS0A 2W40A 3CZNA 4WQ4C 2B4JA 3BEXA 4BECA 2KW4A 3D50A 4GMJB 1RCHA 3A0IX 4YY3K 2DFEA 3ZT3A 2YLAA 4CCHA 3EKUA 5B8HA 5JENA 2KFNA 4WPCA 4H03B 4C23A 2X74A 1NGHA 4I6MA 3T1AA 4DU1A 4K42A 3IFRA 3NH0A 3HK2A 1MU2A 2E6MA 4BC4A 1HYVA 3OHXM 4FK0A 3O8MA 1X9SA 1J6ZA 4IWOA 2F9WA 3EL2A 1LQ7A 3WNFA 4A62A 1NJZA 2PFUA 1XMQK 1U00A 2IOCA 4H5TA 4CZEA 3DLBA 3UKUB 4EHTA 5LY3A 4R79A 2I5JA 4JI8K 1IG9A 1DKYA 4FM3A 2W41A 2NRTA 3OW2M 2DTUA 2Q2RA 4BG9A 4DF4A 1VQON 1D5AA 1QSYA 1OA0A 4H8KA 2YL9A 1B9FA 3NCIA 3WNGA 1BIZA 4H0TB 3KLIA 3CFRA 3SUOA 1BOTO 4IXCA 3FZKA 1Y2OA 4KBOA 3TTDA 1W9HA 4E72A 3I2WA 4IM0A 1HKGA 4R5PA 1YTUA 2QW9A 1KXPA 1XWLA 3C94A 3WEEA 2P51A 1YITN 2O8EB 4OPHA 5SWMA 3PLAA 2W6KA 1BI4A 4CGIA 5SZTA 3M3ZA 2PY5A 1X1PA 1N6QA 1K6YA 4WF9L 4B8CA 2XY7A 4J2AA 3SAFA 1ZC6A 4R5IA 3TI0A 2OANA 1Q81O 4JKAA 4DV3K 2FYVA 3VGLA 3VGKA 4N76A 1UOCA 4CEDA 2P5GA 1VQLN 4KAZA 1NOYA 1QWUA 2QXFA 4FLVA 1CZ9A 1N32K 5KGWA 4YOYA 1C0UA 2ZXQA 4EZVA 2PMRA 4FZYA 3H3OB 3H45C 3LZJA 1KSPA 4DWIA 2NRWA 5HRPA 4Z4EA 4IEEA 1U48A 3C7NB 2YIAA 3KK1A 4M3RA 1X9JA 3VN5A 4AF1A 3OYDA 3RSEA 4HR1B 5FIGA 4DQ8A 2HB5A 3I01A 1LW2A 5KPRA 4JI3K 1E4FT 2FSNA 5GINA 1HR0K 2GTDA 3F9MA 1HTYA 2YHBA 5AQXA 3V6DA 4E81A 5LJWA 2D1LA 4CK2A 4CBUA 4DQQA 1LWCA 4DU4A 3RWUA 3B53X 4CEQA 2WINM 1QX1A 5AQGA 1IBLK 4LF9K 5AZIB 5DM6L 2KKZA 3ATUA 4BG8A 3ID8A 5BPLA 3HSCA 3BVTA 2BANA 4KHQA 1I4LA 3NF9A 4IOXA 3ZT0A 4AZIA 3OY9A 3CZSA 3KLGA 3CCRN 3RMCA 3L2RA 3NE6A 4HCBA 1WAJA 2E4LA 2A1RA 1XHXA 3UKRA 2VGMA 4Z94A 5JICA 2MI7A 4BC2A 4GVEA 5DK5A 4M45A 2EFLA 1JLFA 3P83D 3VQ4A 3E9OA 1QSSA 4FCYA 3OYJA 4BRLA 1X3MA 3TAGA 4AZHA 1RBVA 3GDQA 4O0JA 4FJNA 1VSJA 3CD6N 4JYAK 3T46A 4EZQA 1RTDA 4KFBA 3EJPA 3O1BA 4NB4A 3SV3A 2V52B 1IBMK 1HPMA 2V0OA 1G15A 4IOCL 3FR0A 3ZX3A 1RT5A 3DAWA 2HHUA 1C0TA 2FF6A 4JD2B 2EX3A 4GW6A 4C8NA 2WYIA 1JXEA 3HRGA 3TSUA 4W5OA 4CGJA 2O4IA 4L8RB 3BP8A 2Q97A 4DTJA 2FBTA 2HF4A 4CESA 2D0PA 1ZXOA 3GOIA 3JXUA 3O1WA 5AQTA 2WONA 3PUFA 4B9QA 4JS4A 3K9JA 4UQGA 3ZLJA 1H1VA 4WCEL 4L3QA 5FLXO 1JLGA 4E7IA 4LH5A 2QK9A 1QVGM 3VQ7A 3QLHA 4GV6A 1Q82O 4K0KK 1ATRA 2BTFA 4KTZA 1N5YA 2QFFA 4QOZB 3P5JA 4ILIA 4FM0A 2A42A 3V9UA 3HYFA 1A5VA 4EZXA 5JLFA 3PY8A 2ASMA 4KIKA 1WSEA 3AO4A 4LH4A 3T7ZA 3T49A 4A57A 2Q31A 3FFIA 4CF2A 1SL0A 3SJJA 1QHAA 4B9MA 3MCAB 3OHRA 4B9VA 3O9RA 3TAEA 2ND0A 2PBDA 4KB0A 1OH8A 1JLBA 4OVLA 3D7EO 3M6GA 4FWKA 4H6IA 4IM3A 2X6NA 4QAGA 3ZSOA 3DX4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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