4JNEA

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
molecule keywords Hsp70 CHAPERONE DnaK
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jneA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jneA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jneA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jneA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jneA03
3VENA 1RDWX 3H6EA 3JXUA 4FSVA 3EL2A 4A62A 4CBUA 3QMLA 2I7PA 4BROA 4FWLA 4GNIA 3HI0A 1MWMA 4MO4A 5LJWA 4JWDA 3ULEB 3CJ1A 3O1WA 3DQGA 1BWFO 1NGEA 4FWOA 3T4AG 4AM6A 2V7YA 3CJBA 1ATNA 2E2NA 2WUSA 4FWPA 1K8KB 3TPQA 4MLHA 4BRDA 2A6AA 4R5JA 4RWTA 1J6ZA 1WOQA 3HTVA 1BU6O 4Z94A 3QNJA 3HBTA 4L3QA 4H5TA 1KAYA 2A42A 2BTFA 4K42A 3O1BA 1TUYA 3FGUA 3WXJA 3ZETA 4EZVA 1G99A 2E8AA 2P9PA 3A5LC 3KZBA 3I33A 4EZRA 3C0BA 2GUPA 3R9PA 3T48A 3W0LA 2ASOA 4JAXA 3VGMA 4ISEA 4JD2B 4BRLA 3MK6A 3WUHA 4CI6A 3SLCA 2A5XA 3BP8A 3C7NB 4PL8A 2Q97A 1DKYA 4BC2A 2IIRA 2E2PA 4FO0A 4XH1A 5AZJB 2P9IB 3IMXA 3B8AX 5FPMA 4DB3A 3VEXA 1QZ6A 2Q31A 2VWBA 1NGDA 3CHWA 5CE3A 4JNFA 4NB4A 1GLBG 4FWKA 4BRMA 3VGKA 1T44A 3ZEUA 4EZUA 3CJ7A 1LCUA 4BRKA 2QFFA 3H3NO 2CH5A 2QXLA 2EWSA 3ZX0A 4XEIA 5BRFA 4IXCA 1NLVA 3O8MA 4H5NA 3LDQA 3IFRA 4CZGA 1Z6RA 1Q5LA 3WXLA 5F0XA 3L0QA 3MN7A 5JICA 4FOIA 3VOVA 4B1WB 1MA9B 1NBWA 4IJNA 5BN8A 2F9TA 4JHDA 4EHUA 3H0XA 1BA1A 3GBTA 4DQ8A 3ZETB 5AQIA 3QFPA 3QBXA 1Q18A 3EZWA 3R6MA 3IDHA 5AFUA 2QM1A 4O8KA 1KAZA 3UKRA 2QWOA 3A5MC 3O08A 4Y0WA 4BRCA 1ATRA 4CZJA 4BR4A 2W40A 5AZIA 1E4FT 3H46O 2VCPA 3VEYA 4QS8A 5AQSA 2HF3A 3H1QA 3VF2A 3T49A 3ENHA 5AQGA 2BUPA 4WQ4C 4YDUC 5TKYA 1TUUA 1GLAG 3CETA 4M7YA 2IVOA 3ZEUB 4BRIA 4BVPA 4EHTA 4JNEA 4QS9A 1YAGA 5AR0A 4M63C 2FSJA 4H0PA 3QB0A 4H0TB 1DG4A 4BGAA 5AQKA 5BPNA 4IWVA 2V7ZA 2P9UA 4FWRA 2QWLA 3A8YA 1U00A 2P9KA 2YHWA 3LL3A 2FXUA 4WV5A 3GE1A 4JHDB 1RFQA 3EKUA 4BRFA 4BGBA 4JN4A 3DXMA 1DKGD 4WV7A 3HZ6A 2D4WA 2QWRA 3UKRB 1YUWA 3VEWA 4QS7A 3CJAA 5F1XA 3T47A 1IG8A 3HSCA 5AZIB 4BR7A 4PO2A 2GEMA 4FWSA 4XH5A 1QHAA 2FF3B 5ELZA 3BF1A 1GLDG 1QQMA 1YVNA 5AQHA 2GWKA 3FFKB 2H3GX 3LDOA 3DJCA 3DPQA 2V52B 3DWLA 1BO5O 3DXKA 3WQTA 3J8AA 5AQTA 2PAVA 3BUZB 1R59O 2ZGYA 3IUCA 3CIPA 4F00A 3D2EB 5AQFA 4R5KA 4EZNA 4H0YB 1TYQA 4MLEA 3BEXA 2P9UB 5BREA 3MMVA 2E2OA 3DAWA 2YCHA 3KVGA 2P9KB 3GL1A 1LOTB 5BRDA 1DEJA 1NGJA 1QZ5A 4H0OA 4K41A 3R8EA 4CZHA 1JCFA 3DXMB 4HWIA 3UKUA 3VEZA 3D2FB 2V51B 2E20A 3GG4A 1DGKN 5AQJA 4CZEA 1S22A 7HSCA 1GLLO 2YJFA 3O80A 4BG9A 5B8HA 2AA4A 1X9JA 3L3OM 2I7NA 3ENOA 2OANA 2PBDA 3QFUA 4B1VA 4C23A 3ID8A 3DXKB 4B9QA 4B1YB 4EZPA 2ZWHA 4BC3A 5KQDA 5KPRA 1HKGA 4EZXA 2QWQA 2ITMA 2AP1A 1NGFA 3LDPA 3QDKA 4RTFD 4EZQA 4BR2A 3VETA 5AQLA 1OKJA 1TYQB 2W41A 2ZF5O 2P9NA 5AQMA 1BA0A 3TU5A 3CERA 3VF6A 5KQ8A 4XH4A 1WUAA 1NGIA 2Q0UA 3FZMA 2DPNA 4CD3A 2Q0RA 2NRHA 4WQ5A 1Y64A 5EY4A 1ZXOA 3UE5A 1ESVA 3SMSA 3UB5A 2NZTA 3AARA 4K25A 4FPAA 3G25A 4EAHD 4BC5A 3W3DA 3MN9A 5F2RA 2QWPA 2HMPA 2P9PB 3VEOA 4CBWA 1HX1A 1T6CA 4EZZA 2YHYA 1GLFO 2P9SA 3AAQA 3U8XA 1XC3A 3VPZA 1CKRA 3DOBA 1U2VA 3EN9A 2P9LA 3D7EO 3WEEA 5FPEA 1ATSA 2E88A 1BOTO 3M6GA 3FE1A 1XQSC 4FOEA 5AQXA 1BPRA 5BRHA 1BG3A 4BG8A 3FZFA 3U9DA 1D4XA 2CGLA 4PKHA 2HOEA 5AQWA 4K43A 5I9EB 5KPTA 5LY3A 3WXKA 4H0XB 4BQLA 2Q2RA 1H1VA 2D0OA 5BR9A 3WT0A 2BPRA 3A5NC 2IVNA 4B1ZA 1GLEG 1GLJO 5JMVA 4R5IA 4DHYA 4IJAA 4PKIA 4EZSA 3CJCA 1HKBA 4BREA 2E1ZA 1V4TA 3L6QA 4BR0A 4BRQA 2CGJA 4BRPA 2YI1A 5AQYA 4R5GA 2QW9A 1SZ2A 4H6IA 4BQZA 2KHOA 1NGBA 2OP6A 4R5LA 2NLXA 5EX5A 2FSNA 4EZTA 4I6MA 2GWJA 1K8KA 3SK3A 1SQKA 4BRNA 4BRGA 2F9WA 4CJ7A 4AM7A 1NMDA 4JWIA 4FWNA 5BPMA 3HM8A 4JWCA 4F01A 4H5VA 1YXQA 4BR5A 1HJOA 3CI5A 4J8FA 4A2AA 3LDLA 3O6WA 3QBWA 4HYBA 1DKZA 1HKCA 3VF4A 2D0PA 2CGKA 3DPOA 4JD2A 3BF3A 2VYPA 4M7XA 1ZC6A 1KXPA 4EZYA 3H45C 4BVOA 2P9IA 5AZJA 4FWMA 1MWKA 4FWQA 2A40A 2E2QA 2Q36A 4FPBA 1QQOA 5ADXH 4I6MB 4BR9A 3OHXM 4CZKA 4CBXA 1X3NA 4FL9A 4LC9B 4RCHA 3ZX3A 3P4IA 4ISGA 5AQQA 3F9MA 4H5WA 1QQNA 3S41A 3SMPA 3AY9A 1HUXA 2A41A 3WQUA 2IVPA 3U4LA 4E81A 2QWMA 4H0VB 4BC4A 3N8EA 3OHRA 4CZLA 4PL7A 3GDQA 1X3MA 3GOIA 3SJHA 1Z05A 1U6ZA 2FF6A 3CQXA 4KBOA 4O5FA 5AQVA 4CD1A 2ZGZA 3A0IX 3LM2A 3FZLA 1HLUA 1RGIA 3UKUB 5AQPA 4A2BA 5E84A 5AQZA 2QWNA 4CZMA 2Q1NA 4WQ5C 3VGLA 1E4GT 3FLCO 3O4WA 2HF4A 3LDNA 4BRHA 3DPPA 4GY2B 4B1UB 4A61A 3M1FA 5EXWA 4BRAA 1SAZA 4JWEA 4H6HA 4IZ9A 5KPZA 5JLHA 3ZX2A 5EOYA 3CQYA 1JCEA 1NGGA 1EQYA 1DKXA 4EFHA 3AAPA 2P9NB 3FZKA 1BUPA 4ISFA 2D1KA 5FPNA 1JCGA 1CZAN 3U9ZA 3QICA 2UYTA 4NO7A 1V4SA 5FPDA 3MN5A 5BPLA 3FR0A 3L4IA 4CZFA 5E26A 2GELA 4E1JA 2CH6A 3EO3A 3ATVA 4WQ4A 4H03B 5AQRA 3A5OC 3M3ZA 3JS6A 4MO5A 3LM9A 4IO8A 4EZWA 4YDUA 3ATUA 3FZHA 1C0GA 4EZOA 5LJVA 2YJEA 3RSEA 3I8BA 1KAXA 2P9SB 1NM1A 1U2VB 5ADXA 3MN6A 1HPMA 2P9LB 3MDQA 5EVZA 3WEEB 2ASMA 3H3OB 1NGAA 5JLFA 3D2EA 3WXIA 2J4RA 4HY9A 1BDGA 2A3ZA 2FSKA 3T46A 1T6DA 2E1YA 3KHYA 3ULEA 1S3XA 1NGCA 3H1VX 5AQNA 4F9OA 5AQOA 3VERA 4WYBA 4B1XB 2FLOA 3MCPA 4H5RA 2ASPA 3D2FA 3VEVA 1IJJA 3VESA 4CZIA 4EIAA 5AQUA 1NGHA 3O5BA 1C0FA 2GTDA 4DCHA 1GLCG 3EKSA 5AFUH 1MDUB 2WINM 4HTLA 4PKGA 1P8ZA 5BN9A 1NWKA 1XUPO 1ZBSA 3CJ9A 3RSEB 2YHXA 3C7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SL0A 3NVMA 4DR3K 2A1RA 3O4QA 3T1HK 1WDZA 2VWJA 3U6FA 1C0TA 4MO4A 5LJWA 1L3SA 1NGEA 3T4AG 2PMRA 2E2NA 5J2MA 4BRDA 2A6AA 3I8DA 2C1IA 4RWTA 3OYBA 1NJWA 3S3NA 1WOQA 3DX3A 5CYQA 3CCEN 3HTVA 1BU6O 2X5CA 1Y97A 4Z94A 1S1UA 3OYEA 4M0MA 3HBTA 3PO5A 1KTQA 2E5LK 4L3QA 1KAYA 3O1BA 3DX2A 4CIFA 3A5LC 3KZBA 1FKPA 4DV0K 2GUPA 3NGZA 2IC3A 3T48A 2ASOA 1XNRK 4NSWA 3M8SA 2ELBA 4DQRA 1D5AA 3SLCA 3C7NB 1DKYA 3IG1A 4FJ7A 4DSEA 4DB3A 3KK3A 1XHXA 1QZ6A 2VWBA 4YOUA 4E7IA 3CHWA 3D4YA 4A5AA 4E89A 4BRMA 4E72A 2KZMA 2HBJA 4W5TA 3D0PA 1T44A 4CW7B 2G8HA 1LCUA 4DSFA 4LFCK 4YOVA 2EWSA 5CYMA 3PSIA 1NLVA 3O8MA 4H5NA 2XY7A 3IFRA 1Q5LA 5F0XA 3DI6A 4G6QA 2HBKA 4PWDA 1R0AA 2IS3A 4E7LA 1NBWA 1OH7A 4WPCA 4X65K 1RT2A 5AQIA 2KFNA 3EZWA 3R6MA 3T3FA 4O8KA 4HCCA 2QWOA 1VQ8N 4A5BA 4BRCA 4N47A 3JYTA 4CJQA 2W6KA 3CCMN 5HRSA 2OA8A 2HF3A 4CJEA 2ATQA 1OA1A 2Z8YA 4JLCA 3ENHA 4WQ4C 3KK7A 4YDUC 4JI6K 5TKYA 3O3FA 3EJTA 4KH4A 3NCIA 4JNEA 1KFSA 3CF5L 4IWPA 4ID5A 2FSJA 3O3NB 4H0TB 3VQ4A 4XIUA 2P9UA 3K59A 1E2UA 1X03A 3L4QA 4CJVA 2Z1JA 2P9KA 2GUIA 4BDPA 2FXUA 1RFQA 1TQSA 2JNSA 3PSFA 1DTQA 2F7PA 2XRIA 3U3YA 2PZSA 3DXMA 1DKGD 1WAJA 3ABHA 2QWRA 4Z4HA 3VEWA 2XHBA 5F1XA 4F3TA 4FZSA 3T47A 4Y1DA 2UXDK 1W97L 4NYNA 1I94K 3TSPA 2Z0OA 4FWSA 2YIAA 3CC4N 3S5TA 2GF4A 4LF4K 4FZYA 3BLBA 3KKRA 3DRPA 4B9SA 2YX6A 2WYHA 3RRGA 3IAYA 1SKSA 3L2WA 1N34K 3DXKA 3V1OA 1BO5O 1VSHA 3AVGA 3ZLJA 1BISA 3ZT4A 2O0I1 3HOTA 3AVBA 4HHTA 1T8EA 1RDBA 2YIBA 1R59O 3BUZB 4CF1A 4DTRA 2HVIA 3KAVA 1S6PA 4FLZA 3I01A 1BCOA 2P9UB 4IG3A 2P9KB 4RW9A 1Q81O 3GL1A 3EYZA 4KI6A 4GW6A 1HPZA 1QZ5A 3R8EA 1NK0A 4HCBA 2D0AA 2HHSA 1JCFA 3DXMB 4PQUA 3UKUA 3VEZA 3ID6A 2BH1A 2V51B 5GIPA 1IKVA 4YNQA 4MQ3A 1TV6A 2EHGA 3LWMA 1N6QA 5MLCQ 3ITHA 5AQJA 5C25A 3LMFA 3ZT3A 5FRNA 2QKKA 2KTQA 2F7RA 1X9JA 3CC7N 4ID1A 3AV9A 2O8FA 3CC2N 2PBDA 3QFUA 4FCYA 3PIOL 3N4PA 3DXKB 3P39A 1VQLN 3CMAN 3LP3A 4EZPA 3Q7BA 4BC3A 5KQDA 4CF8A 1VSEA 2QWQA 1RTHA 1LW2A 3LDPA 1JLBA 5AQLA 4BACA 1K73O 5AQMA 3TU5A 5KQ8A 3CERA 4FLYA 3KTQA 4W5QA 3QNIA 2ALWA 4DQPA 4CD3A 3K5MA 2ZJPL 1Y64A 4GVMA 3SUNA 2OBMA 1NKEA 3UB5A 5CR4A 3TARA 4FPAA 4EAHD 1ITGA 3MN9A 5GAGP 4J2AA 4G9ZA 3M5RA 4DR6K 4CBWA 4EZZA 2B4JA 3AAQA 3U8XA 3AA2A 4PHTX 2FBYA 4C8LA 4B8AB 4CFBA 3EN9A 2O8FB 2P9LA 1ZBUA 1ATSA 1BOTO 5J1EA 2B6AA 1KLMA 3DLBA 5AQWA 3ULDA 1IKXA 3MXJA 1HYZA 4FJ5A 3WXKA 4BQLA 2R7YA 2HB5A 4O0JA 1RBRA 1H1VA 3RVCA 4ICLA 2BPRA 3A5NC 3G71N 2OYQA 2YI9A 4IM2A 2P51A 4CJLA 2FYVA 4CK3A 1YJNN 2IVNA 4OX9K 1GLEG 3ZT0A 5JMVA 4KTZA 4FK2A 4I7FA 2EWFA 3SNNA 1HKBA 1NJIO 2ND0A 3L6QA 4BR0A 3F2KA 2KQ2A 2CGJA 4BRPA 2YI1A 3OYJA 4AZGA 3AVJA 1ASWA 1OVYA 5T7BA 1SZ2A 1VRUA 2EFLA 4DTMA 2KHOA 1TAQA 2OP6A 1B9FA 5EX5A 4CJUA 4ILIA 1E3MA 2E6MA 4B3TK 3TWHA 4BRNA 1D9DA 3SYVA 3CYGA 4BRGA 2IGIA 3O3MB 2WC9A 1VSIA 2GA9D 3P5JA 3VA0A 1TGOA 3QNOA 2E4LA 2OO2A 2OW6A 4H5VA 4AHTA 1CXQA 3LDLA 3CYMA 3EJPA 3SQ2A 1OH8A 1D8YA 2CGKA 1NOYA 2C1GA 5KRTA 4EP5A 4IG0A 4FZXC 4WCEL 2VYPA 4H4OA 4DV5K 1L3VA 3J7YP 1NK7A 4U7BA 3H45C 4BVOA 1SL1A 4DV1K 1KRPA 2QK9A 3HJFA 1MWKA 4ILHA 3CFRA 4B9LA 1Z26A 3CCLN 1QQOA 5ADXH 4CHQA 1WB9A 4FJXA 2KW4A 4CHPA 3LLLA 1VQ6N 1X3NA 4FL9A 4LC9B 4KREA 3FD9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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