4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
2GWKA 3G25A 2A42A 2AP1A 3LDPA 1DG4A 2E2QA 4JHDA 3O1WA 2D4WA 3R8EA 1U2VA 1ESVA 4H6IA 3CQYA 3IUCA 3C7NB 4FL9A 3F9MA 1K8KA 1Q5LA 3QNJA 1NGGA 5ELZA 5EY4A 1HKGA 5AQYA 3VETA 3LDQA 1T6CA 1HKBA 3R9PA 2A3ZA 3U9DA 4CD3A 4B9QA 1GLJO 4B1WB 2QM1A 3A0IX 2YCHA 3WEEB 4J8FA 1U00A 2OANA 2GWJA 1KAYA 3GG4A 3WEEA 4B1ZA 2ASOA 2WUSA 4IJAA 4EZQA 1GLBG 2AA4A 1NGHA 3HBTA 4BR9A 3DQGA 2P9NB 5BRDA 1GLAG 2CGJA 3P4IA 4WQ4C 1YUWA 2HOEA 4L3QA 3W3DA 4JNEA 2E8AA 1OKJA 4BRIA 1CZAN 4XEIA 2QWPA 2BPRA 3VF6A 1BA0A 2QWLA 1DKYA 2Q2RA 3SJHA 4BR5A 3C0BA 4JD2B 1QQOA 2P9UA 1GLDG 4EZPA 1ZBSA 4BR7A 4CBXA 4NO7A 3QBWA 4JD2A 4XH1A 4BC4A 4CD1A 3O5BA 4MLEA 3T48A 3VEWA 2P9UB 4R5JA 3WQUA 3DXMB 1SQKA 4EZSA 4CI6A 2HF3A 3CERA 3T49A 2ASPA 3MDQA 5AQIA 4F01A 3CJ9A 3H1QA 2I7PA 3QDKA 2YHYA 5LY3A 5JLFA 2HMPA 4EZOA 4BR4A 4WQ4A 2I7NA 2QWOA 2D1KA 3ZX0A 1YAGA 1NLVA 4H5RA 2A40A 4JAXA 2ITMA 3LL3A 5BRFA 3M1FA 3A8YA 1WOQA 2P9IA 3DXKA 4H5VA 4CZGA 2QWMA 3M6GA 3MCPA 4EAHD 3ZX2A 3WXJA 2Q1NA 3D2FB 2V52B 3O1BA 1MWMA 3OHRA 3JS6A 2ZF5O 3BP8A 1KXPA 4H0XB 4FWKA 3R6MA 3QICA 2DPNA 4ISEA 4MO4A 3D2EA 2P9NA 3T46A 3VGLA 1E4GT 1GLCG 3B8AX 2ZGZA 1MA9B 2OP6A 2A5XA 1IJJA 2QWNA 4BRKA 2PAVA 2P9LA 3UKRB 1YVNA 3DAWA 4EZVA 2PBDA 3D7EO 1P8ZA 3FR0A 3O8MA 5KPTA 2BUPA 4CZJA 1DGKN 4K25A 3WQTA 1ZXOA 3T47A 5AZIB 4A2BA 4B1XB 3UE5A 1DKXA 3W0LA 3AAPA 2J4RA 3MN6A 2UYTA 2NZTA 3GE1A 5BN8A 1K8KB 5B8HA 1MWKA 2P9PB 5AQGA 3SMPA 3MK6A 2P9KB 4DB3A 3UB5A 4EZNA 3EO3A 2CGLA 3QB0A 4CZIA 3FZFA 2FXUA 3KZBA 5I9EB 1BPRA 2CH6A 4FWQA 5AQOA 3ZX3A 3FZHA 3WXIA 1J6ZA 3T4AG 2FF6A 4BQZA 4EIAA 1QHAA 5BPNA 1R59O 5E84A 3U4LA 5AZJB 4H03B 2VCPA 1RDWX 3FLCO 3N8EA 5EXWA 3ZETB 4EZRA 1TYQB 4BRGA 3VPZA 4EZYA 5AFUH 3WUHA 4AM7A 1CKRA 2GUPA 1V4TA 4EZWA 2CGKA 1TYQA 3H6EA 1LCUA 4H0TB 4LC9B 4EZTA 3VEYA 4BR0A 2ZWHA 4PL8A 1GLLO 1RFQA 5F1XA 4M7YA 1HKCA 1GLEG 5AQHA 4PL7A 1ZC6A 5EOYA 4DQ8A 3WT0A 2VYPA 7HSCA 2QXLA 3CJAA 4FWPA 4IWVA 4RTFD 4H6HA 3O80A 4CZHA 2Q36A 2V7YA 4H5NA 4AM6A 3CJBA 3QFUA 4EZXA 5ADXH 5AQTA 1QQMA 2NLXA 3H3OB 1BG3A 3DXMA 3ZEUA 5JICA 3TU5A 4BRFA 3DPQA 2H3GX 3IMXA 3CETA 2P9KA 3HM8A 4QS9A 3VERA 3U8XA 3EKUA 4QS8A 3FGUA 3DXKB 1KAZA 1HLUA 4BROA 4CZFA 3CJCA 3EKSA 2E2OA 2FSKA 1JCGA 4FWRA 4ISFA 4JWDA 4JN4A 1ATNA 5AQWA 3UKUA 4EFHA 4MO5A 1SAZA 2GTDA 2KHOA 3HZ6A 2QW9A 4Y0WA 5CE3A 4JWCA 1NGBA 3I8BA 1LOTB 5KPRA 1NGFA 3L3OM 1TUYA 4K41A 3GDQA 2YHXA 3GL1A 4R5LA 2P9SA 3RSEA 2GEMA 4Z94A 2GELA 3VOVA 5LJWA 1JCFA 4H0VB 5BREA 4WQ5A 4EZUA 3J8AA 4CJ7A 3O6WA 4M63C 3IFRA 3DJCA 4BVOA 1XQSC 1H1VA 4A62A 1G99A 5FPDA 1NWKA 3MMVA 2E1YA 2NRHA 3A5LC 4WYBA 3L4IA 4I6MB 4BRHA 4RWTA 1V4SA 2HF4A 3FFKB 3QBXA 1NGEA 2D0OA 3WXKA 1XC3A 3FZKA 5BPMA 2WINM 5AFUA 1DEJA 3H46O 3H1VX 4JWIA 5FPNA 1D4XA 1NGDA 3LDLA 1RGIA 4XH5A 5JMVA 4FOEA 3GOIA 5JLHA 4HYBA 1BWFO 1WUAA 1T44A 4JNFA 1NGIA 4FWNA 4H0PA 1Z6RA 4YDUA 3ATVA 1S3XA 2YI1A 5AQQA 3D2FA 1GLFO 3CJ7A 3VF4A 3H0XA 1E4FT 4HWIA 3VEVA 4KBOA 5AQLA 2CH5A 2FSNA 4XH4A 3SLCA 2A41A 1U2VB 5AQZA 5AZIA 2ZGYA 2E2PA 1HPMA 3M3ZA 3EN9A 1HX1A 3FE1A 3CHWA 3UKRA 4BQLA 4BRAA 4JHDB 4BC5A 1DKZA 1ATRA 4IXCA 4BRPA 4F9OA 4WV7A 2ASMA 4FPAA 4NB4A 3L6QA 5EX5A 1C0FA 1U6ZA 2FSJA 1IG8A 3MN5A 3BEXA 3BF1A 1YXQA 2IIRA 1X3MA 2E88A 1HUXA 3CIPA 4B1VA 3KVGA 3ENHA 2W40A 3MN7A 5AQXA 4CZEA 5TKYA 5AQJA 3OHXM 4YDUC 2Q0UA 4FPBA 1NGCA 2EWSA 5BPLA 3LM2A 4GNIA 4R5KA 5ADXA 3FZLA 3BF3A 5BRHA 3LM9A 1X9JA 4M7XA 3FZMA 3BUZB 4E1JA 2F9TA 2F9WA 4CZMA 3AAQA 2IVNA 3VEXA 3DWLA 2FF3B 2P9IB 4A61A 3ATUA 5AQPA 1X3NA 3CJ1A 4BGBA 2D0PA 5AR0A 5F2RA 3LDOA 5AZJA 4BRLA 4BRNA 3HSCA 4EHTA 3GBTA 3DOBA 4F00A 3H3NO 4FWMA 1Z05A 5FPEA 3VESA 3SMSA 4CZLA 4E81A 1Q18A 5AQNA 4BRDA 2P9LB 1BA1A 3O4WA 3VGMA 2Q0RA 4BR2A 3IDHA 4B1UB 5F0XA 1QZ5A 3QMLA 4CBWA 2YHWA 4BRMA 1BUPA 3JXUA 1T6DA 4IZ9A 4FO0A 2BTFA 4IJNA 2E20A 1ATSA 1KAXA 3VF2A 2W41A 3A5OC 1C0GA 4FSVA 5AQVA 4A2AA 5E26A 3A5MC 3CQXA 2IVPA 4FWOA 1SZ2A 3WXLA 1TUUA 4WQ5C 3H45C 4BRCA 3O08A 4C23A 2E2NA 2V51B 2YJEA 4PKIA 2QFFA 1EQYA 2YJFA 5EVZA 5BN9A 4BGAA 1BU6O 3SK3A 4K42A 4O8KA 4BVPA 1XUPO 4BREA 5AQUA 4EZZA 2FLOA 2P9SB 2QWRA 3UKUB 2Q97A 5AQMA 2IVOA 3S41A 4GY2B 3A5NC 3KHYA 3MN9A 4K43A 3DPOA 3AARA 1S22A 3HI0A 5AQRA 4FWLA 3D2EB 4MLHA 5FPMA 1JCEA 4JWEA 4H5TA 4QS7A 3C7NA 3EZWA 1NM1A 2VWBA 4HY9A 3RSEB 4WV5A 4PKHA 4H0OA 1DKGD 4FWSA 3QFPA 3CI5A 2P9PA 4ISGA 3TPQA 3VEZA 2QWQA 3ENOA 3ZEUB 4RCHA 2A6AA 4FOIA 1QQNA 2V7ZA 5AQFA 1HJOA 4DHYA 3VGKA 4PKGA 5BR9A 4IO8A 2Q31A 4O5FA 3ULEA 4CZKA 4DCHA 1NGJA 4B1YB 4BC2A 4I6MA 1BO5O 3VENA 4BG9A 5KQ8A 1NGAA 3ULEB 1MDUB 5KPZA 3VEOA 3ID8A 3LDNA 1Y64A 1NBWA 3AY9A 3U9ZA 5AQKA 4BRQA 4EHUA 4BC3A 1QZ6A 4CBUA 2E1ZA 4R5IA 1BDGA 1NMDA 3I33A 3L0QA 3EL2A 3ZETA 4PO2A 4H5WA 3DPPA 4HTLA 1BOTO 3HTVA 4BG8A 5KQDA 4R5GA 5AQSA 4H0YB 5LJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CXUA 2GWKA 1WN7A 2ETJA 2QKKA 2A42A 4JI4K 2E5LK 1X03A 5C24A 4DTOA 5IT9O 3VQQA 4B3TK 3C6AA 3O1WA 3QNNA 2D4WA 5CZ1A 3ITHA 4FJMA 4CW7B 4B3RK 1VQ9N 1Q5LA 2NRRA 1HKGA 3TTFA 2D5RA 3EJUA 4FLXA 4DV7K 3PLAA 4CK2A 4KHNA 4V19S 4FZPA 4KO0A 3V9XA 5GAGP 3G10A 1U00A 3CM5A 3HVTA 4E7KA 4M3ZA 2GWJA 4E3CA 2Y1IA 2VWKA 4B1ZA 2ASOA 3ERCC 3RRHA 3THXB 1B92A 3DLGA 1NGHA 1RBUA 3VQ5A 3DQGA 2D4CA 4AHCA 1GNLA 2YIAA 2G8FA 1IKVA 4WQ4C 2HOEA 2NUBA 2E6MA 5HRSA 4JNEA 4AZBA 4O0IA 1CZAN 2BPRA 3VF6A 1BA0A 3OYCA 1YTAA 2YHBA 3C0BA 2IOCA 1QTMA 3AVHA 4EZPA 4KI4A 4CESA 2P9UB 3SUQA 3DXMB 1SQKA 3CERA 1OA0A 3T49A 3HM9A 2YL8A 3D50A 3I55N 3RWUA 4MDAA 1QE1A 3PX4A 3SI6A 3OYMA 5J1EA 4M3RA 1LW2A 3DX2A 1NLVA 3CZSA 2A40A 4JAXA 2ITMA 5BRFA 4B3SK 1TKTA 3AVMA 4IDHA 4CE9A 5SZTA 4JLHA 3VA0A 3M6GA 3L4QA 4EAHD 1S1WA 2Q1NA 3D2FB 3C94A 4CEQA 2V52B 3O1BA 3PSIA 3JS6A 3SBTA 1LV5A 1U04A 4CERA 3VGLA 1HNIA 2PZSA 1GLCG 3NH2A 2NRXA 2OP6A 4BWMA 2A5XA 1IJJA 2QWNA 4BRKA 2YKNA 3UKRB 3KK7A 3FR0A 5KPTA 3KD5E 2EX3A 3HK2A 3THWB 3WQTA 1ZBUA 4N47A 1ZXOA 4CJ5A 3CCEN 4B9TA 5AZIB 4A2BA 3W0LA 1DKXA 1DT9A 4FLTA 3THVA 2NZTA 5BN8A 4AHSA 2OPPA 2ZQBA 3HAHA 3FD9A 1ITGA 5AQGA 3D4YA 3MK6A 3KLEA 4M3TA 2HHTA 3CCSN 1RBSA 4EZNA 2CGLA 3TR8A 4PA1A 4CZIA 3FZFA 3AVLA 3KZBA 1JLEA 5I9EB 1BPRA 2JGUA 3ZX3A 3WXIA 3U3YA 4DTPA 3ID6A 2YNHA 1HTYA 3P39A 1KVCA 2JNSA 3THXA 4H03B 2B5JA 3CC7N 4OO1J 1RDWX 1JLBA 3FLCO 5EXWA 2PY5A 1SUQA 1T05A 1XNQK 3H08A 5KGXA 5BR8K 1RT7A 5J2PA 2HNDA 5C2FA 1KFSA 4B08A 3ZYYX 1VSKA 3WUHA 3ZLJA 1V4TA 4EZWA 3BUDA 3BZCA 2X6SA 4BR0A 1UA1A 5FLEX 4CHQA 5HL7L 2A1RA 2JWLA 5AQHA 4JI6K 1GLEG 3G9GA 1C1BA 5EOYA 3LP0A 1I4LA 2VYPA 1F21A 3BY5A 3J7ZO 4IO9L 3PO4A 4CEDA 3NHGA 1KD1O 4IBNA 3MX5A 4IWVA 4N5SA 1NK4A 1KSPA 2V7YA 3NVKA 5ADXH 3D0PA 3ER8C 2O8DA 3KK2A 3LMFA 4FJXA 4BRFA 3T69A 2H3GX 2YL6A 4DYLA 3OBYA 3L3VA 4KREA 3V9SA 1VSEA 3EKUA 4QS8A 3DXKB 4CJFA 4BROA 3EKSA 4J2BA 3K59A 4JKCA 4C8LA 4WFAL 2WC9A 3NF8A 4FZXC 1SAZA 1NK6A 2PYLA 4Y0WA 5KBPA 4DCNC 5KPRA 2YL9A 2QI2A 3M8QA 3KLFA 2KFZA 3ACOA 2IAJA 3DLEA 4IM2A 4I9LA 4W5NA 2OTLN 4Z94A 3VOVA 1JCFA 4H0VB 3P38A 4CJ7A 3O6WA 4AHUA 3HYFA 4PHTX 4JI5K 4NLBA 1H1VA 4B9MA 1G99A 5FPDA 1KLNA 2F7PA 3TSUA 1TKXA 4RWTA 1OVYA 3G4SN 1V4SA 4D8JA 1I4DA 2D0OA 3R3LA 2HSTA 2RAJA 3WXKA 3T1AA 3I8DA 4F3OA 3RMDA 4OLBA 3MWTA 3T7ZA 5A2QO 5C25A 3SAGA 3H46O 2YNGA 4CHNA 4Z4IA 3BGRA 4KHSA 5FPNA 1MJGA 1RGIA 4J2DA 4HYBA 1WUAA 4CHZA 3IS9A 1N5YA 1T44A 3D6RA 4HHTA 3V81A 3THYB 3RV0A 1YHQN 2O8BA 3CJ7A 2C08A 3VF4A 3H0XA 1Q8IA 3OYAA 3VEVA 3OBWA 1JKHA 4AQYK 3AA5X 3SLCA 5C12A 2KLAA 3EJSA 2E2PA 1JLAA 1HPMA 3TTCA 1HQUA 3M3ZA 5C15A 3DLLL 3UKRA 4BQLA 1U48A 4KHUA 1ATRA 3G6EN 4AHTA 1FW6A 3QNIA 4PQUA 4KAZA 1SU8A 4AH9A 4NB4A 3V1OA 3SBGA 1WDZA 3MN5A 4YOVA 3CIPA 2DFHA 2W40A 1ZWWA 3OHXM 5AQJA 4YDUC 2OCEA 4W5OA 3NE6A 2W42A 4RW6A 1SL0A 3CVRA 2ZXQA 3KKSA 4IWPA 1X9JA 4M7XA 3L3UA 2Z1JA 2F9TA 4CZMA 4LF6K 4DR4K 3ATUA 1VSFA 1RDUA 5JENA 4X65K 1X1PA 3CJ1A 1VQ7N 4PUOA 1IV0A 3HSCA 4JI1K 4F2RA 1NK9A 4K0KK 3RR8A 4ICLA 4IEIA 1RBTA 4E89A 5FPEA 4E81A 4LF4K 5AQNA 4DTUA 3S3MA 4BE1A 3VGMA 1QZ5A 2FBVA 4I7FA 4ELUA 1BUPA 3ZSXA 1OH8A 1KRPA 3C6HA 3I04A 2O8CA 3SJJA 4G9ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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