4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
4WYBA 3B8AX 1DEJA 3CI5A 3F9MA 2A40A 3MN6A 3ZEUA 5AQKA 3LDQA 4CZMA 3GG4A 1LCUA 4BR2A 2V7YA 4PO2A 2QWQA 5AQGA 3JXUA 2V51B 4CZLA 4JWCA 4HYBA 4BR5A 4R5GA 1HPMA 4FWOA 5EY4A 1T44A 4YDUC 3VERA 3IMXA 3GL1A 4EZSA 1S3XA 4PL7A 5KPZA 2IIRA 3GDQA 4BROA 1BUPA 4BRDA 3LM2A 2P9SB 1C0FA 3QBWA 4BRAA 2P9IB 4RCHA 1Y64A 2QM1A 1YAGA 4GY2B 4JN4A 5AQLA 1K8KB 4WV5A 4BRQA 5BPLA 1BDGA 4O5FA 4R5KA 4EZOA 2YJFA 1D4XA 4DQ8A 4IO8A 3BUZB 5F0XA 1CKRA 1C0GA 1V4SA 1X3NA 2GWKA 1U2VB 4B9QA 1Z6RA 3MMVA 2YHYA 2GWJA 3H3NO 4XH1A 3MDQA 4JNFA 2CGLA 4EIAA 3WXLA 4BRMA 1QZ6A 1E4FT 2OANA 3HSCA 4H5RA 5FPEA 4H6IA 5BRHA 3C7NB 1MWMA 3EKUA 3ZETA 3EZWA 3ID8A 3IUCA 3VEXA 2CH5A 2OP6A 3FR0A 3SMPA 4B1YB 3HM8A 3ENHA 3VF2A 3QFUA 2PAVA 4JHDA 5F1XA 2HOEA 3VPZA 5AQOA 3OHRA 5I9EB 3I33A 3CJAA 3J8AA 3ATVA 4ISFA 3VGMA 4BGAA 4I6MA 3M1FA 4FO0A 4CZJA 4E1JA 4XEIA 3DXKA 3G25A 5BRDA 1ATRA 1QQMA 4ISGA 1RDWX 2A41A 3DWLA 3IDHA 5AZIA 4XH5A 3CERA 3P4IA 1NGCA 2QWNA 3RSEB 2W41A 3EKSA 3A0IX 1T6CA 1NGGA 1X3MA 2CGJA 3LDLA 5ELZA 1ATSA 3ATUA 2P9KB 1MWKA 5JMVA 5BN9A 4A62A 3T4AG 2E8AA 3O6WA 3D2EA 3FZLA 5AQYA 2Q2RA 3H3OB 3WEEA 4BR7A 1HKBA 1U00A 2F9WA 4BG8A 4CZEA 4HY9A 1TUUA 3FZMA 4H0YB 5FPMA 1GLJO 5BR9A 1CZAN 1ZBSA 4K25A 5E84A 1GLCG 4H0TB 2E1YA 4FWQA 4EZQA 1HJOA 4FOIA 2P9PA 4BR4A 5EOYA 4IZ9A 3LDPA 3S41A 3D2FA 1TYQB 4FWSA 4EZRA 2BUPA 4BGBA 4NO7A 5ADXH 2NZTA 4C23A 1XUPO 3N8EA 2ASOA 1IJJA 2E1ZA 3O1BA 1SQKA 3MK6A 2DPNA 2FSNA 1NGIA 4A2BA 2D0PA 3D2EB 3WXKA 2P9LA 5AQWA 5FPNA 2IVPA 2ZF5O 2HMPA 5AQVA 3W3DA 1WOQA 3U4LA 3VEZA 2BTFA 5LJVA 2QWMA 4L3QA 3FE1A 3H45C 3T49A 2E2QA 4BRPA 4K43A 3UKRA 3VEWA 4EZPA 1RGIA 1NGAA 1IG8A 2FSKA 4XH4A 3LDOA 3DQGA 3BF1A 3WQTA 3EN9A 5AR0A 3O80A 3TU5A 1YXQA 1S22A 2V7ZA 2WINM 1JCFA 2Q0RA 3QFPA 3ULEA 1DKYA 2EWSA 2H3GX 3DJCA 1XQSC 4IJNA 3ZX2A 4DHYA 4GNIA 3VEOA 4BC4A 4EZYA 4H5TA 4EAHD 3L3OM 3T47A 2D0OA 3SLCA 1KXPA 3O8MA 3WXJA 5KPTA 2NLXA 3O5BA 4WQ4C 3DPPA 1QHAA 2ZGZA 4Z94A 5BN8A 4M7XA 3JS6A 3DXMB 4QS8A 3UKUB 1ESVA 2QWLA 3GOIA 1NGHA 3D2FB 2VCPA 2V52B 5AZJA 4Y0WA 4JWIA 4BRKA 2P9UB 3AAQA 4FWRA 3SJHA 3T48A 3LL3A 2YI1A 3AARA 3CJBA 1DKZA 1NM1A 5AZJB 3ZETB 1Q18A 5LY3A 2W40A 4BVOA 2AP1A 3CJ9A 3MCPA 4FWPA 1GLDG 3FZKA 3HBTA 1NMDA 4QS7A 3L4IA 3L0QA 4CD3A 4WQ5C 4B1WB 1BO5O 1DKXA 4PKHA 1NGBA 4CBXA 2E20A 5AQZA 1K8KA 1V4TA 1ATNA 3HTVA 2NRHA 2FF6A 4BR0A 4BREA 4BC2A 4EZZA 2FF3B 2UYTA 3CJ7A 3UKRB 3WQUA 2FLOA 1H1VA 4EFHA 4I6MB 1ZC6A 4H0XB 2Q31A 3BEXA 3QDKA 1NGEA 5EVZA 5JICA 5AQMA 5AZIB 1DKGD 4H5VA 3M6GA 3TPQA 1RFQA 3BP8A 3CHWA 2ZWHA 4H5NA 3M3ZA 4A2AA 3ZEUB 1MDUB 3H0XA 3QB0A 1BWFO 3AY9A 4FWKA 4BRFA 1E4GT 4BVPA 1J6ZA 3R9PA 2E88A 4B1XB 3VEYA 2P9PB 1BPRA 4B1UB 5KQDA 1MA9B 2I7PA 2ITMA 1QZ5A 1GLBG 4H0PA 2IVOA 1P8ZA 3EO3A 3QBXA 3U9DA 3KVGA 1NGJA 2FXUA 4AM6A 1G99A 4EHTA 4RWTA 5AQFA 1XC3A 3H1QA 3CETA 4EZVA 1X9JA 3I8BA 2YHXA 3CJ1A 4JAXA 5AQQA 5AFUH 2I7NA 3HI0A 3UKUA 4CBUA 4BC5A 2P9NA 2KHOA 1BG3A 3SK3A 5FPDA 3BF3A 4BRNA 4BR9A 4FWMA 1DGKN 2P9KA 5BRFA 2Q1NA 4PKGA 1Z05A 3QNJA 1NGDA 3WUHA 2QFFA 4MO4A 3ULEB 2QWOA 4EZWA 1HKCA 4H03B 3RSEA 5EXWA 2GUPA 2VYPA 4IJAA 2QXLA 4WQ4A 3L6QA 3FLCO 1GLEG 4EZXA 1EQYA 5AQTA 4F9OA 3A5OC 5ADXA 5AQSA 2ASMA 3OHXM 3LM9A 5EX5A 4BC3A 4FWLA 4B1ZA 4FPAA 2E2OA 3VGKA 1WUAA 3DAWA 3O1WA 4HTLA 4KBOA 5JLHA 2WUSA 4M7YA 5KPRA 4F01A 7HSCA 1NBWA 2GTDA 3MN5A 3VESA 4H0OA 1KAXA 1GLFO 1HLUA 4A61A 4JHDB 2P9LB 3MN9A 4CJ7A 3T46A 1BOTO 2D1KA 3VETA 2IVNA 4K42A 5AQUA 3IFRA 3VF4A 1U2VA 2A6AA 4QS9A 4WQ5A 1GLAG 3WXIA 4WV7A 1TYQA 4CZIA 4JD2B 3ZX3A 4HWIA 4DCHA 3KZBA 3O4WA 2A5XA 2QWRA 2ZGYA 1NGFA 1JCEA 3R6MA 2VWBA 2Q97A 1YUWA 4FSVA 3MN7A 1BU6O 4RTFD 5F2RA 2QWPA 1ZXOA 2E2NA 1DG4A 4NB4A 3WEEB 2CGKA 5AQHA 1JCGA 1SZ2A 5CE3A 2HF3A 5AQJA 2P9IA 3H1VX 1Q5LA 3A8YA 3VENA 5AQIA 1QQOA 2E2PA 4BQLA 4M63C 4BG9A 5BREA 2Q0UA 3WT0A 3VGLA 5KQ8A 3ZX0A 2D4WA 5AFUA 5AQPA 4PL8A 1T6DA 4EZTA 4YDUA 4JNEA 5AQRA 4H0VB 3EL2A 3SMSA 5BPMA 3DXKB 5AQNA 3QICA 3A5MC 4BRGA 1KAZA 4PKIA 3DPQA 4JWDA 4IXCA 4O8KA 3H6EA 4J8FA 1NWKA 4CZGA 4CZFA 1LOTB 5TKYA 3A5NC 1QQNA 1BA0A 4B1VA 2YJEA 5AQXA 4F00A 4FL9A 2AA4A 4H5WA 4BRLA 5BPNA 4JWEA 2Q36A 3VOVA 3CJCA 3ENOA 3CQXA 3VF6A 4CZHA 3R8EA 3LDNA 1YVNA 1R59O 3U8XA 4FOEA 4LC9B 4BRIA 3C7NA 4DB3A 3CIPA 4BQZA 4CI6A 3W0LA 4FWNA 2P9NB 3A5LC 4CBWA 2GEMA 5JLFA 3D7EO 4CZKA 2QW9A 3FZFA 2A42A 5E26A 2GELA 4EHUA 3GBTA 2A3ZA 1BA1A 2CH6A 4JD2A 4ISEA 3UB5A 4R5IA 1U6ZA 2YHWA 4H6HA 3C0BA 2ASPA 3FFKB 1GLLO 3O08A 4FPBA 4BRHA 4MO5A 1TUYA 1KAYA 3CQYA 2P9SA 3U9ZA 4R5LA 2P9UA 1SAZA 3DPOA 4E81A 3GE1A 4IWVA 3VEVA 2BPRA 4EZUA 3UE5A 4CD1A 1NLVA 4AM7A 3DXMA 3AAPA 4MLHA 1HX1A 2PBDA 4K41A 2YCHA 4MLEA 1OKJA 3H46O 3QMLA 5LJWA 1HUXA 5B8HA 2J4RA 2FSJA 3FZHA 3FGUA 4EZNA 2F9TA 1HKGA 2HF4A 4BRCA 4R5JA 3HZ6A 3DOBA 3KHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ6N 4KHPK 4DSFA 1SKWA 3QO9A 3BUDA 1NK8A 5AQKA 3LDQA 2B5JA 4CZMA 4DV3K 2V7YA 1S6PA 4HTUA 3AA2A 1D8YA 4H8SA 4DR5K 2V51B 4G1QA 3G71N 4N47A 4BR5A 3ZSVA 1HPMA 4I2QA 1T44A 2JWLA 3GL1A 4EZSA 1CXUA 3ZT1A 4BROA 1BUPA 3O9QA 3LM2A 3QBWA 5J1EA 1EWQA 4CHOA 1TAQA 4KHNA 1Y64A 2QM1A 1YAGA 4F8RA 1NK5A 4JN4A 4GKKK 4J2EA 3S5TA 4IKFA 1RTJA 5F0XA 1X3NA 3QE6A 4B9QA 4A5AA 2VWKA 3JYTA 4E7KA 1LW0A 3P38A 3MDQA 2OPSA 2CGLA 4IM0A 3C95A 3TTDA 4EIAA 3TAEA 4BRMA 3JAMO 2DTUA 3C7NB 3CCUN 3ZT3A 2HHIA 1YT3A 2LSNA 3EKUA 3ZETA 3IUCA 3LAKA 4B1YB 3HOSA 3AA4A 3ISNC 2HBMA 4NCGA 3OBYA 2VQEK 3L4QA 1OA0A 3LAMA 3ZSWA 1ASUA 1W7AA 3NGZA 1YITN 1HYZA 3J8AA 1EP4A 1WSFA 4E1JA 4O44A 3DXKA 3G25A 4BWMA 5D3GA 3ZSYA 2WTUA 4DV4K 3NFAA 1QQMA 4IFYA 3TARA 1RDWX 3I55N 3DWLA 3IDHA 3NAEA 1UOCA 3CKDA 2UU9K 4FJ8A 1KLMA 2ITGA 3EKSA 2VGNA 5J2MA 3V1OA 1O7DB 1NGGA 1X3MA 3K9KA 2CGJA 4GMJB 3M8PA 4CJPA 3THYB 2P9KB 1MWKA 3T4AG 3PIOL 3I2WA 3O9SA 3D2EA 3FZLA 3V9ZA 4LY7A 1HKBA 3M3WA 3ER8C 3RMBA 4IDHA 4DF8A 5FPMA 4CGIA 1I4DA 2NRZA 1CZAN 1HQEA 5JS1A 3G0ZA 3TAPA 4NXNK 2OCEA 5KI6A 4FOIA 5EOYA 4DQSA 1M90O 4LF7K 2BUPA 4FJJA 4JS4A 2NZTA 1XUPO 1WNSA 2ASOA 3KKSA 1SQKA 2WC9A 1ZYLA 4KHUA 2FSNA 3ZEDA 2YL8A 4A2BA 3D2EB 3THWA 4NLBA 3BVUA 4F3OA 1IH7A 2P9LA 4U7BA 2X5CA 1NOZA 3VEZA 2AJQA 3KK2A 2GBZA 4X62K 4W5OA 3NBPA 4ELVA 4DUYK 3HO1A 3HAIA 1C1AA 3ZSQA 1PS3A 4KO0A 3VEWA 2O8BA 2NRTA 4CHPA 3HRGA 1RGIA 4FZXC 1A5XA 1IG8A 2VG5A 2FSKA 1S9GA 3V9WA 3DQGA 5AR0A 3O80A 4JI5K 1YXQA 5KTQA 4Z4CA 4YORA 1ZBIA 1XI1A 1RDDA 2Q0RA 3HVRA 1DKYA 2O8DA 4DHYA 3NVMA 4IM2A 1VQ5N 1VHXA 3VEOA 3ACOA 4EAHD 3V9UA 3WXJA 4CJKA 3VQQA 4AZ5A 1QHAA 4M7XA 1NG9A 3JS6A 2XY6A 1ESVA 3SAHA 5AZJA 1XWLA 4BRKA 3V81A 2F8SA 3OS1A 1JLBA 4FZSA 3KK7A 3HXMA 3AARA 2ZJQL 1DKZA 1Q81O 2YL5A 5JVGL 5AZJB 4IWOA 5LY3A 1I94K 5C2FA 1VQPN 1NJYA 4JI2K 1QHTA 4FWPA 2Q13A 3AGKA 3MEGA 4CGGA 2ZXQA 1L3SA 2Q3SA 1TAUA 2GA9D 3L0QA 4CD3A 4CHNA 4WQ5C 1BO5O 4AZCA 3PSIA 4FJHA 1KVBA 1HJRA 4B3TK 2X3WA 3M8QA 2E20A 4CBXA 5A2QO 3HP9A 4DTMA 1Q86O 2GF4A 1YTAA 2IAJA 5AQZA 3TTFA 3K5NA 4IDKA 4AZHA 4DQRA 3LMFA 1ATNA 3HTVA 2UXDK 4CF2A 4BC2A 2XY5A 2FF3B 2JLEA 5IWAK 5MLCQ 1C0MA 3SCXA 1TVRA 4H0XB 1KVCA 3HJFA 2Q31A 3BEXA 3KLFA 3SV4A 5JICA 3T19A 1NJIO 5AQMA 4AVMA 1RTDA 5LL6Z 2R7YA 4DSJA 3M6GA 2PFUA 3B6PA 1RFQA 3CHWA 3AVLA 1KCFA 3M3ZA 3ZEUB 2G8IA 3CCVN 3VKHA 3H0XA 1B92A 4Z4EA 1C1CA 3L2WA 4DTXA 3NF7A 2JWKA 4JKCA 4M3ZA 3ZCMA 4BRFA 4BVPA 4M3YA 3R9PA 2E88A 1BPRA 3BZKA 3KD1E 2FBXA 3G6EN 3F7WA 3QBXA 3U9DA 1TQUA 4CGJA 4RWTA 2FYVA 2XHBA 4DYLA 4FK2A 3D50A 2HHHK 2FBYA 1HXKA 4YNQA 3CETA 3IG1A 3D52A 1D5AA 2YHXA 4JAXA 5AQQA 1F21A 3DLHA 3HI0A 3P1GA 4CBUA 4BC5A 2HHUA 2PY5A 3VQPA 1YF5L 1L5UA 4EZ6A 3WNFA 3ER9B 4CEDA 3BF3A 2BANA 1DGKN 5BRFA 4M3RA 1HR0K 3ULEB 2ZE2A 2QWOA 3KWGA 1B9DA 1T7PA 3RSEA 2O8CB 2ELBA 3MEDA 4KI4A 3CV5A 1TK8A 3TAMA 1GLEG 4EZXA 4NLCA 3KLIA 4F9OA 4CJSA 3ZSRA 1N34K 2OPQA 5AQSA 5ADXA 4YOVA 2ASMA 3LM9A 3VN5A 5EX5A 5HRNA 3O3FA 4HCCA 2E2OA 1O7DC 3TANA 1WAFA 3A98A 5KPRA 2E5LK 1NBWA 1W97L 3DLKA 1HLUA 4JHDB 2P9LB 4B9LA 3NH2A 3T46A 4WFNL 1OH8A 2PMRA 2F96A 2IVNA 4K42A 3IFRA 4NCBA 3DRRA 1Q82O 2I5JA 3C94A 1HNXK 1HYSA 1TQSA 3WXIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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