4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
b'GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
1TUUA 1E4GT 3QFPA 3D7EO 3I33A 2CGJA 4ISEA 3GE1A 1QZ6A 4B1VA 2ZGYA 4DHYA 1JCEA 3O80A 3B8AX 2V7YA 4CZFA 2P9KA 1LCUA 2P9LA 3A5LC 1TUYA 4BR5A 4B1UB 4B1ZA 1ATNA 2F9TA 3R9PA 3GBTA 2VWBA 5ADXA 1LOTB 3FLCO 1QQNA 2V7ZA 3AAQA 3VGLA 5FPNA 1NGJA 1Z6RA 4FWPA 4EZZA 3H3OB 1MA9B 4R5LA 5TKYA 5AZIB 4EZUA 4EIAA 4M7YA 4WYBA 3QBWA 2GWJA 4H5TA 4JHDA 4EHUA 3BUZB 3IFRA 3FZMA 3LDLA 4EZSA 4CBUA 3R8EA 2HMPA 4JWDA 5AQGA 5KQ8A 4Z94A 3O08A 2BUPA 4QS8A 3FZHA 3EKSA 4BR9A 2FF6A 1NGHA 1NBWA 3M6GA 4C23A 1NGDA 1X3MA 5LY3A 1WUAA 4E81A 3H3NO 3U4LA 4EZTA 2A3ZA 3CJBA 3FZFA 2Q31A 4QS9A 1HKBA 2CGKA 3VOVA 4BRDA 5JICA 3R6MA 5AQMA 4DCHA 1BPRA 1C0FA 4XEIA 2HF3A 3RSEB 2A41A 3O8MA 4WV5A 3M1FA 2H3GX 3ENHA 4KBOA 1U00A 1S3XA 4YDUC 1ESVA 3AAPA 3DPOA 4H5RA 5KPRA 4JN4A 2DPNA 3EKUA 4CZLA 1DKZA 1GLEG 1DGKN 4BR0A 1XQSC 2QWMA 3W0LA 1MDUB 4BR4A 4YDUA 3VESA 1JCFA 3IUCA 4H0TB 4H0XB 5AQNA 3FFKB 3VPZA 4JD2B 1P8ZA 3WXJA 1QZ5A 2IVOA 5EY4A 4RTFD 3L6QA 4H0VB 2ITMA 4B1YB 3DWLA 1YVNA 4EZXA 4FOEA 3QBXA 3H0XA 2P9SA 1GLJO 5BN8A 3O6WA 5AQOA 4EZYA 3WXLA 5ADXH 5JLHA 1HUXA 4R5GA 3VF4A 2ZGZA 1GLFO 4JD2A 3T4AG 4K41A 1U2VA 4MLHA 4CZHA 4CZEA 1QHAA 5BREA 3D2EA 1NGIA 4FSVA 5KPZA 2GWKA 3HSCA 5EVZA 5AQZA 3DJCA 4HTLA 1BUPA 2Q2RA 1QQOA 3SJHA 4H03B 5BRHA 3A8YA 2BPRA 4I6MA 4BROA 5ELZA 4ISFA 3IDHA 4O8KA 2GUPA 4A62A 4DQ8A 4CD3A 4BQZA 4HWIA 2Q0RA 4CZMA 4JNFA 4MLEA 4Y0WA 2D0OA 3A0IX 4CD1A 3UE5A 1NGCA 4PKIA 2P9KB 5AQYA 4BRNA 4B1WB 2NRHA 3GDQA 4PL7A 4GY2B 3ZEUA 3LM9A 1ATSA 1E4FT 1HJOA 4BC2A 1NGEA 1XC3A 3ATUA 5BPNA 5BPLA 2GTDA 4QS7A 4FL9A 1HKCA 2E8AA 1RDWX 3C7NB 3CJ1A 3T47A 4JHDB 3EO3A 4BRFA 3CI5A 3WXKA 2IIRA 2VCPA 2FF3B 3O5BA 2P9UB 5F0XA 3W3DA 1HKGA 4FPAA 4LC9B 2ZF5O 3L4IA 2PBDA 3LM2A 1QQMA 1JCGA 3DOBA 3FE1A 3ZX2A 2V51B 4WQ5C 5FPDA 2GELA 2E2PA 3ENOA 3C7NA 2Q36A 4H5VA 3DQGA 1KAYA 1GLBG 4BRQA 4WQ4A 2P9UA 4GNIA 4PKGA 4WQ5A 4BRIA 3FZLA 2P9IB 5LJVA 2BTFA 4HYBA 1D4XA 3N8EA 2J4RA 3EL2A 1U6ZA 3O1BA 2P9NB 1BWFO 5AZJA 4B1XB 3QB0A 4BRCA 4EAHD 4BRLA 3MN7A 4H0PA 1S22A 1YAGA 2P9IA 3UB5A 3U9DA 2GEMA 3ULEA 4AM7A 2KHOA 3KZBA 1TYQB 3MDQA 1ZXOA 4BRPA 2D4WA 4FWSA 4JAXA 1X9JA 1KAXA 2P9NA 2F9WA 3I8BA 3MCPA 4BRHA 4FO0A 4H6IA 3OHXM 2ZWHA 3SLCA 3U8XA 5B8HA 2FXUA 2QWPA 2E20A 2YHWA 2P9SB 1Q18A 2YI1A 3IMXA 4E1JA 5AFUA 3VEVA 4BR2A 1TYQA 4BRAA 3C0BA 1OKJA 5AQHA 3SMSA 3UKRA 2FSJA 3ZETA 1U2VB 4H0YB 2QFFA 4R5KA 2NLXA 2ASOA 3D2FB 5AQJA 2E1ZA 3H1VX 3LL3A 3D2EB 3CJCA 3GL1A 2NZTA 4JNEA 1NGAA 1T44A 3KHYA 4L3QA 1V4SA 1YXQA 2D0PA 3T48A 5AQWA 4H6HA 4BRMA 4EZOA 5AR0A 3CQXA 2ASPA 1GLCG 5EX5A 1MWMA 3AARA 3QFUA 3ZX0A 2Q1NA 4I6MB 3CIPA 4IWVA 2A5XA 3EN9A 1RGIA 2VYPA 3VENA 5AQXA 2YJFA 4EFHA 3D2FA 2IVPA 4RCHA 3BP8A 1Y64A 1NWKA 3F9MA 5BR9A 5JMVA 4FWMA 3AY9A 2PAVA 4EZVA 3BEXA 1DEJA 1GLAG 3WT0A 4XH1A 3GOIA 4EZQA 4H5NA 1HLUA 3DXKB 4FWRA 3U9ZA 3ZX3A 4CJ7A 2FLOA 4BGAA 4BQLA 3H45C 1RFQA 5AQFA 4O5FA 4J8FA 3ZEUB 3WXIA 1SAZA 3BF1A 3ID8A 4MO4A 3VEXA 3SMPA 1GLLO 5AQUA 1ATRA 3FGUA 3T49A 3OHRA 3CETA 4FWOA 4H0OA 2E2QA 1DG4A 3DPQA 4BC4A 1X3NA 1DKXA 3EZWA 5EOYA 2WUSA 1WOQA 1K8KB 3DXKA 5AQRA 2E2NA 3DXMB 5AQPA 3CJAA 1J6ZA 3VEYA 2HF4A 4R5IA 4BC5A 3UKUB 1T6CA 3H6EA 2A42A 2E88A 2HOEA 3DAWA 1DKGD 4BRKA 3H1QA 3WQUA 3J8AA 2QXLA 4PO2A 2QWQA 3LDPA 5AFUH 4K43A 4XH5A 3VEZA 1K8KA 1SQKA 2AP1A 2QWRA 3DXMA 3S41A 4BC3A 3HM8A 3UKUA 3HZ6A 5BRFA 4A2BA 4CBWA 4CI6A 5FPEA 3L3OM 4BVOA 5CE3A 1GLDG 4PL8A 1YUWA 4WQ4C 1DKYA 5AZJB 3KVGA 3QMLA 5AQVA 1H1VA 4FWQA 5AQTA 4IJNA 2QW9A 2AA4A 1KAZA 4FWLA 1NGGA 3ULEB 5JLFA 5KPTA 2ASMA 3JXUA 5E84A 1Z05A 1R59O 1NMDA 5AQSA 1BA0A 2FSKA 2W41A 5KQDA 2CGLA 3FZKA 3TPQA 1NGBA 1EQYA 1NGFA 3GG4A 3LDQA 3A5OC 4CBXA 3ATVA 3G25A 5AQLA 4BGBA 4K25A 2YCHA 3MMVA 3VEWA 4F01A 1G99A 3CHWA 3QICA 3WUHA 3UKRB 2D1KA 3ZETB 5AZIA 1KXPA 3LDOA 3MN6A 3VETA 4BRGA 5AQQA 3A5NC 4ISGA 1BA1A 4FPBA 1V4TA 2EWSA 2OANA 3VGKA 4HY9A 2E1YA 2I7PA 5AQIA 5BN9A 4CZKA 1BG3A 4H5WA 5LJWA 1XUPO 4CZIA 5EXWA 4PKHA 5F1XA 4A61A 4F00A 3QDKA 3MK6A 3TU5A 2E2OA 2P9PB 2Q0UA 5BPMA 3LDNA 4IXCA 2I7NA 2QWNA 1NLVA 1Q5LA 4DB3A 1BDGA 3P4IA 1C0GA 4CZGA 3CERA 2QWOA 5FPMA 4EZWA 4EZNA 4IZ9A 3RSEA 2A6AA 4EZRA 3FR0A 2P9PA 1BOTO 4FOIA 4CZJA 3HBTA 5F2RA 3WEEB 3JS6A 5BRDA 3HI0A 4M63C 3SK3A 3O1WA 4F9OA 3DPPA 4EHTA 3CQYA 4EZPA 4M7XA 2YHYA 2QWLA 3MN9A 1ZC6A 3VEOA 2V52B 4JWEA 3L0QA 4A2AA 4NO7A 4BR7A 1T6DA 2OP6A 2W40A 4IO8A 2Q97A 1SZ2A 5AQKA 3VF2A 1IG8A 2IVNA 4BG9A 4K42A 3WEEA 1HX1A 4BREA 2WINM 3A5MC 4JWCA 3BF3A 2UYTA 1ZBSA 4WV7A 3O4WA 4FWNA 2CH6A 4XH4A 3VF6A 4R5JA 4AM6A 3T46A 7HSCA 4IJAA 1BU6O 1NM1A 1MWKA 3M3ZA 2CH5A 2YHXA 1IJJA 1HPMA 3HTVA 2A40A 3MN5A 3CJ7A 3WQTA 4FWKA 4B9QA 4BG8A 4MO5A 5E26A 2FSNA 3H46O 3CJ9A 3QNJA 1CKRA 4NB4A 2P9LB 4JWIA 4BVPA 5I9EB 3VGMA 3VERA 4RWTA 2QM1A 1BO5O 1CZAN 2YJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT2A 4ELUA 3D7EO 1HMVA 1TL1A 3I33A 4FJMA 4FZYA 5HOOA 4OPAA 4FJHA 3EE9A 3MXIA 3BVTA 1JCEA 3QESA 3O80A 4CJ5A 4DR2K 1TUYA 4OLAA 2KZZA 3DX0A 1TAQA 2VWBA 1IO2A 4Z4HA 1QQNA 1Z6RA 4HUFA 3QINA 3KTQA 2NRXA 3OYGA 3KD1E 4KIKA 3H3OB 1MA9B 4FJLA 4R5LA 5AZIB 2OYQA 2AJQA 4EZUA 4M7YA 2GWJA 3EYZA 5E41A 4KH5A 3OBWA 2FYVA 4NXNK 2HMPA 3AVGA 4Z4CA 2FF6A 3U3GA 1NKEA 3M6GA 1FKPA 2Q3SA 3F5TA 4CF0A 1S9EA 4EZTA 2A3ZA 1HKBA 2CGKA 3C94A 3VOVA 4BRDA 1T03A 4CFAA 4FK4A 2HHWA 3TAGA 5JICA 2QK9A 2JGUA 3OTOK 1C0FA 2Y1JA 4RW7A 3RSEB 3DLKA 3M1FA 1U00A 3A98A 1VSJA 2RN2A 4KB0A 1ESVA 3AAPA 3DPOA 1T8EA 3SNNA 4ILGA 4BR0A 1GLEG 3V9XA 4YDUA 4H0XB 4OPHA 4JI5K 5AQNA 3VPZA 4JD2B 1N36K 4RTFD 4K8XA 3HRGA 4IG3A 2FBTA 4NCBA 3SQ1A 5CY4A 1VRTA 5AQOA 1WBDA 2KFNA 4IFYA 5KGWA 2QA4N 3THXA 1U2VA 4LF6K 4MFBA 1U45A 3AA5X 3AVIA 4CZEA 4Z4EA 5BREA 3CM5A 3U6FA 3CC2N 1IKVA 1BISA 1VSLA 1RCHA 3HSCA 5EVZA 1N5YA 3DJCA 1BUPA 4AZBA 1TGOA 2Q13A 2BPRA 3OA9A 4YORA 3OYKA 3IDHA 1IV0A 4A62A 1RT1A 1VSIA 4CECA 1W7AA 3C6TA 2HBKA 2JWLA 4NPHA 2ITGA 3AV9A 1KQSM 4B3OA 4Z4GA 2D0OA 1URUA 3CFOA 3RRGA 1TK5A 2VG7A 2P9KB 5AQYA 4CVNE 4B1WB 1QSSA 3CM6A 2F1BA 1ZBUA 4GY2B 3ZEUA 5GIPA 4I2PA 4JI1K 3HK2A 3BUQA 4L8RB 3I01A 2G8FA 3ITHA 4KO0A 1U47A 4CJEA 2E8AA 4DF4A 3T47A 1VQKN 1EWQA 3EO3A 1W9MA 3CI5A 3CC4N 3NGYA 3VQBA 1JXBA 3NF8A 3EJUA 4LC9B 4DTJA 1L3VA 4E7JA 2FBYA 3NH2A 3LM2A 4NSWA 2QKKA 4CEEA 1I94K 1WAFA 3FE1A 1NU0A 2V51B 2GELA 4JS4A 1RBSA 3OS1A 1IBLK 3P38A 1KAYA 3M8PA 4W5RA 1RTHA 1GLBG 4E19A 4BRQA 4CFDA 1VQ9N 4GNIA 2NRRA 1J53A 4ILJA 4BRIA 4CJKA 1J9AA 1LWFA 5HLFA 3L3VA 4ILIA 3SBGA 1HRHA 3KK3A 2ALWA 2YNHA 2YI8A 4DTMA 1U6ZA 2E4LA 4DTXA 4B1XB 3QB0A 4BRCA 3UIQA 3ISNC 1S22A 1YAGA 5I42A 3AVFA 3P83D 1QVGM 3U9DA 2KHOA 2GF4A 1WSEA 3T1YK 4Y1CA 4FWSA 3J7ZO 3LLLA 3DLHA 1IBMK 2P9NA 1KAXA 1NJWA 3Q84A 2HHVA 4B3RK 3SLCA 4KTQA 1TKZA 1KVAA 1VHXA 3S3MA 2YI1A 5HBMA 3H08A 4CJUA 4E1JA 5AFUA 4CK3A 2YHBA 2Z1HA 1OKJA 4YFUA 1QQCA 1RTIA 2P1JA 2UXDK 3ZETA 1QSLA 2QFFA 3LL3A 3D2EB 3CJCA 1NJXA 3KHYA 4L3QA 4IOAL 1V4SA 2D0PA 4ID1A 3RV0A 2VG6A 4JYAK 4MDAA 3HAIA 3CQXA 3CKDA 4FVMA 3SJJA 3CIPA 2ZXQA 3LVTA 2A5XA 3EN9A 3VENA 3SQ2A 2YJFA 2ND1A 1EXQA 3ZT1A 1QS4A 2ND0A 1XHZA 4QCLA 3HSTB 3S3NA 3ZEDA 4FZPA 2EFKA 4JRPA 1RNHA 4HUGA 1WBBA 4M3RA 3ID8A 3VEXA 1YJ9N 3OYMA 3HO1A 2VG5A 3CMAN 1HXKA 4AZ6A 3QNIA 1HJRA 3ABHA 3D45A 3CETA 4FWOA 2WTUA 4D8JA 1DG4A 2E2QA 3SUOA 1NKCA 5EOYA 4KPYA 3NE6A 1BIUA 5AQRA 3DXMB 5AQPA 4F3TA 3VEYA 4JKBA 1VSFA 4R79A 1XHXA 4R5IA 4BC5A 4BE2A 1J54A 2HNZA 1I49A 1Z25A 4YOUA 3DI6A 2YIAA 3PSFA 4F3OA 1A5WA 3PIOL 3LDPA 3T7ZA 3DRSA 2AP1A 3LP3A 4KHWA 3ZT3A 3EY1A 4CIFA 4A2BA 2QI2A 3L3OM 3L4QA 5IT9O 4OJRA 4AKVA 1W0HA 1D5AA 4CJWA 2ZJPL 3KWIA 5AZJB 4WE1A 1H1VA 2OCEA 4FWQA 4IJNA 2QW9A 4FLXA 3OYFA 1KAZA 1IG9A 3OYIA 3CCSN 3AA2A 3EE8A 3ULEB 5JLFA 4E72A 3SBSA 5HP1A 4JKGA 3CCRN 1Z05A 3V9ZA 1NK4A 3IRXA 3BUBA 4CIGA 4A5BA 4HUEA 1TQUA 4FLUA 1OH6A 4DV5K 3FZKA 3TPQA 1NGBA 1NGFA 4CBXA 3ATVA 3G25A 4NLBA 1X03A 4F2RA 2YCHA 3MMVA 3VEWA 3E1YA 4CERA 3CHWA 2X3VA 3QICA 2ZE2A 2E6LA 2QKBA 2C1IA 2YKTA 1C0MA 2D1KA 2O8EB 2PY6A 1OAOA 4FW1A 3S3OA 1I3AA 5AZIA 4XJXA 2JWKA 3LDOA 4ILHB 3CYMA 2UUAK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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