4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
1KXPA 4JD2B 3EZWA 3VENA 3O1BA 3VEVA 3IFRA 4FWSA 2D4WA 3U8XA 2A40A 4PKHA 3IMXA 2P9NA 1V4TA 1U00A 4MO4A 3FGUA 2I7NA 4JN4A 5KQ8A 5AQMA 1QQNA 5AQHA 5AQZA 2QWPA 3UKRA 4BRKA 1QZ5A 3WEEB 3SMPA 4WYBA 4HYBA 3GG4A 1GLJO 2QFFA 3QFPA 3ZETB 3ZEUA 4FWLA 4M63C 3U9ZA 5EX5A 1NGEA 4EZZA 4BREA 3L3OM 3HI0A 5JLHA 4F9OA 4HWIA 4B1XB 3FFKB 3D7EO 3L4IA 2ZF5O 3A5OC 3FZHA 4CBXA 3WT0A 1V4SA 3R9PA 2PBDA 4R5GA 2P9KA 3AARA 3CQYA 3GBTA 1Q18A 4H0TB 2V51B 1DKZA 4BC2A 4B9QA 5I9EB 3VF2A 4CD3A 1YAGA 4BR4A 5BRDA 3CJBA 1TUUA 4CBUA 2GWJA 4RCHA 1IJJA 1DG4A 3QBWA 3FZLA 4RTFD 3A5LC 1NWKA 3R8EA 2YHXA 3BF3A 4IZ9A 1T6DA 1TYQA 3RSEA 7HSCA 3R6MA 4BR7A 3QB0A 3VEXA 2E88A 1DKGD 4GNIA 5AZJA 4IWVA 3EO3A 2W40A 1OKJA 4H6HA 4JWEA 4LC9B 4FOEA 3VOVA 4FWNA 4IXCA 2P9NB 3VEWA 5BREA 3DXMA 4FL9A 4BC3A 3I8BA 4BVOA 3VGKA 4BR9A 3LDPA 1SZ2A 2D0OA 1NLVA 4NB4A 3UKRB 1Z05A 2D1KA 4CZFA 5ELZA 5AQWA 1WUAA 3HSCA 2YHWA 3C7NB 4H5WA 4BC5A 4B1YB 5ADXH 5FPEA 2P9UA 3ZEUB 3L0QA 3DJCA 4EIAA 1IG8A 3VF4A 4CZJA 1NGIA 3A8YA 4R5KA 2BTFA 4H5TA 5B8HA 1EQYA 1NM1A 2QWLA 2QWMA 3VETA 1S22A 1BPRA 1E4GT 4O5FA 5BRHA 2OP6A 5AQGA 2P9KB 1NGDA 5BN8A 4R5IA 2ASMA 4XEIA 5EXWA 5EY4A 2Q0RA 3EN9A 3P4IA 4PL8A 5ADXA 2BPRA 4H0YB 4FWQA 2FLOA 4B1WB 4BC4A 3CI5A 1XQSC 3H0XA 5AQUA 5EOYA 2NZTA 4CZMA 2CGLA 5BN9A 1HUXA 4C23A 2QM1A 3UE5A 2FSJA 4BG9A 4EZQA 1TYQB 3RSEB 3LM9A 4FSVA 3LDQA 5BPMA 3OHXM 1U2VA 3IUCA 2IIRA 5AZJB 3CJ7A 1CZAN 3BEXA 1BU6O 1GLBG 4FPBA 2E1ZA 4O8KA 4EZWA 5KPRA 3AAQA 2IVOA 2VWBA 4B1ZA 3CJCA 5AQLA 5F1XA 3HZ6A 1BA0A 3DXMB 4L3QA 5AFUA 3BP8A 1U6ZA 3CJ1A 4BR2A 3FR0A 4MLEA 4A61A 2YCHA 4EZOA 1QQOA 3LDOA 3TPQA 3ZX0A 2V7YA 2E1YA 3KZBA 4QS7A 4WQ4A 2P9UB 3CIPA 2QWRA 2ZGZA 5BPLA 4IJNA 2HF3A 1ATNA 1HPMA 4BRGA 4CZHA 4CZEA 4H0XB 4JNEA 2BUPA 3JS6A 1NGJA 3C7NA 3MN9A 2FXUA 4H0VB 2Q31A 1NGAA 4B1VA 4BQLA 4EHUA 2AA4A 1BDGA 4Y0WA 1X3MA 3TU5A 4K41A 4WQ4C 2GUPA 2J4RA 4BRPA 4EZYA 3CHWA 3ATUA 3QBXA 2E2NA 4BRAA 2ZGYA 1R59O 1KAYA 3GOIA 3H1VX 3U9DA 2QWOA 5AQVA 2GELA 3N8EA 1BUPA 4PO2A 3QICA 2Q2RA 4XH4A 1SQKA 4PL7A 2AP1A 1DKXA 3FZFA 3J8AA 4QS9A 5TKYA 1U2VB 3AY9A 2Q1NA 3O6WA 3ZX3A 4BR5A 4DHYA 3UKUA 1NGCA 2F9TA 3QMLA 5LY3A 4EZUA 1XC3A 3CJAA 1ZXOA 1XUPO 4BRMA 2QXLA 5FPMA 3HBTA 4EAHD 4FOIA 5JMVA 1RDWX 4A2AA 1DKYA 4CZGA 4EZNA 3DOBA 1NGBA 3W0LA 1MWMA 4B1UB 4EHTA 1GLEG 2IVNA 5E84A 3F9MA 4JHDA 1NBWA 3O8MA 4IJAA 4JWCA 1BOTO 4FO0A 3LDLA 1JCFA 2V7ZA 1WOQA 3WXKA 1DEJA 4CI6A 3T4AG 4WQ5A 4IO8A 5AZIA 1ZC6A 2A42A 5KQDA 1KAZA 1SAZA 4J8FA 1LOTB 5F0XA 3KVGA 2Q97A 4WV5A 2WUSA 1LCUA 4H0OA 5CE3A 5BR9A 3DPOA 2YJFA 4WQ5C 3H45C 1ATSA 1HLUA 3ATVA 3GDQA 4H5NA 3ID8A 4CBWA 3HM8A 4BGAA 2OANA 3D2FA 1CKRA 1X9JA 4BROA 3O1WA 4A2BA 5KPZA 2IVPA 1Z6RA 3LL3A 3MMVA 4F01A 1HJOA 3WQTA 4EZPA 1G99A 4F00A 4JWDA 4FWOA 4BRCA 4CZLA 1QHAA 3JXUA 2P9LA 3MN6A 1GLDG 5F2RA 4MO5A 5AQPA 3ZX2A 3T49A 2P9IA 2P9PA 5AQNA 3UKUB 4H6IA 5AQJA 3WXLA 4H5VA 1ESVA 4FWKA 4BRQA 3HTVA 3QDKA 3VERA 4EZRA 2Q0UA 2P9SA 3CERA 3G25A 1GLCG 2ASOA 4E1JA 1HKBA 4FWMA 1KAXA 2A6AA 2FF3B 3DXKB 1NGFA 3O08A 2YJEA 2ASPA 4JHDB 4HY9A 4EFHA 1YUWA 1YXQA 3QFUA 1J6ZA 1BA1A 3EKSA 3VEYA 2A5XA 3WXIA 4FWPA 1X3NA 2VCPA 2ZWHA 4H5RA 5AZIB 4BQZA 2HF4A 2VYPA 2PAVA 3VGMA 4BRDA 4E81A 2CGKA 2E2OA 1E4FT 2GWKA 2GTDA 4BRNA 3SK3A 3BUZB 3M3ZA 2UYTA 4JAXA 3CQXA 4H03B 4ISGA 3MN5A 1JCEA 3U4LA 1T44A 1MA9B 2A3ZA 3D2FB 4I6MA 5AQTA 4A62A 2YHYA 1ZBSA 1T6CA 3FZKA 5FPDA 1GLLO 2E2QA 4PKGA 2CGJA 3SLCA 3VF6A 3O5BA 3SMSA 2E20A 2HOEA 3VPZA 2P9LB 1MDUB 4BG8A 3IDHA 3FE1A 2NLXA 3VEOA 4RWTA 3DPQA 5AQKA 2P9IB 2P9PB 4K25A 3T48A 3T46A 3OHRA 4K42A 5FPNA 5AR0A 3B8AX 3D2EA 4AM7A 3A5NC 2QWQA 1NMDA 4DB3A 3H3OB 3T47A 4EZSA 4NO7A 2P9SB 3CETA 1C0FA 4JNFA 1K8KA 1GLFO 1TUYA 4HTLA 5AQOA 3DAWA 3SJHA 2D0PA 4YDUA 2V52B 1RFQA 1HKCA 3A5MC 4ISFA 3O4WA 1Y64A 5LJVA 2QW9A 2ITMA 3MK6A 4K43A 4M7XA 1Q5LA 4JWIA 3BF1A 2WINM 3AAPA 3DXKA 2CH5A 5E26A 3H46O 5BPNA 3O80A 1GLAG 2NRHA 3WXJA 2CH6A 4R5JA 1BO5O 3VESA 5AQYA 4YDUC 3QNJA 5EVZA 4CJ7A 1C0GA 4DCHA 4BRIA 5JICA 3ULEA 3UB5A 4ISEA 4EZVA 3MCPA 4M7YA 3KHYA 4MLHA 4PKIA 3M6GA 2I7PA 1H1VA 5AQRA 1JCGA 2GEMA 4JD2A 4I6MB 4FPAA 4H0PA 4KBOA 3EL2A 1QQMA 2Q36A 4XH5A 3H3NO 5AQQA 5AQIA 3GE1A 3M1FA 3VGLA 3WUHA 2H3GX 2FSKA 4BR0A 2A41A 3LM2A 3CJ9A 4AM6A 4FWRA 2YI1A 2F9WA 5AQSA 4BRFA 1ATRA 2FSNA 3WEEA 3DQGA 3WQUA 1D4XA 2W41A 3DPPA 3MDQA 4EZXA 3D2EB 1MWKA 3S41A 5AQXA 2HMPA 3ZETA 4BRLA 2E2PA 1NGGA 5BRFA 1DGKN 3H1QA 3GL1A 3LDNA 4CZIA 1YVNA 4DQ8A 1K8KB 3DWLA 3ENHA 1P8ZA 4QS8A 3C0BA 5AQFA 3H6EA 4CZKA 3VEZA 1NGHA 4R5LA 4BRHA 4GY2B 4EZTA 4WV7A 1BWFO 1QZ6A 3I33A 5AFUH 3A0IX 2EWSA 2FF6A 1BG3A 2E8AA 5LJWA 1RGIA 3L6QA 3MN7A 1HX1A 5JLFA 1S3XA 3ENOA 4Z94A 2KHOA 1HKGA 4CD1A 3EKUA 3FZMA 4BGBA 4BVPA 2QWNA 2DPNA 3ULEB 3FLCO 4XH1A 3W3DA 5KPTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VENA 2IC3A 3WNHA 4GKJK 1VQLN 3AGRA 5GIOA 3VEVA 3JYTA 4DQRA 4JKAA 3D0PA 3MEEA 2D4WA 2A40A 3IMXA 3O3NB 2P9NA 4AHSA 4MO4A 4GV3A 4M45A 1RDAA 3MX5A 2YNGA 1HNZK 5MLCQ 4B8AB 1SL1A 4GV6A 3WEEB 3SMPA 4CEDA 2Z1HA 1NKEA 3QFPA 2BGGA 3N4PA 4GMJB 4FWLA 2YL9A 2NRTA 4ELVA 4H8KA 5GINA 1YT3A 1S9EA 2WC9A 4FLXA 3L3OM 5JLHA 4B8CA 4B1XB 3SQ4A 3KLFA 4J2EA 3AA2A 3OWGA 2HBKA 2ZF5O 4O8UA 3O3MB 3IS9A 3LZIA 1N5YA 3R9PA 4PQUA 4DCNC 1VSLA 3CFOA 3AARA 4NPHA 1B9FA 1Q18A 2E5LK 4M0MA 3AVJA 4B9QA 1JLEA 4DTRA 3EJPA 4BR4A 5BRDA 2FICA 1TUUA 1S9GA 2GWJA 1E9VA 4FCYA 1IJJA 1DG4A 3QBWA 2GBZA 2NNWA 1J5EK 3PO5A 4KH5A 3DI6A 2F7TA 5HBMA 4KFBA 1OA1A 2YHXA 3BF3A 3VQ9A 3CZSA 1TYQA 3RSEA 4DTNA 3R6MA 3QB0A 3HO1A 4IEEA 4IWVA 3EO3A 4HUFA 1ZBFA 4JWEA 1ILYA 4IXCA 2HW3A 3DRPA 4YOTA 3DXMA 3I8BA 1ASUA 4AHTA 1S1TA 4B9TA 1Y97A 4NB4A 3C6TA 2D1KA 5ELZA 2RT6A 2UUAK 4JL9A 3C7NB 2X78A 4H5WA 3CCLN 2P9UA 1NOYA 3DJCA 4DKWA 4EIAA 2C08A 1U49A 1VQ9N 3VEBA 3VF4A 4CF2A 4OVLA 3SBTA 3KJVA 4UQGA 1EP4A 3BUDA 1HQEA 1GOCA 1S22A 1ZYLA 1YJ9N 2VQEK 1GOBA 1BI4B 2GF4A 2Q0RA 3P4IA 4X65K 3MCAB 4LFCK 4H0YB 4B1WB 3KK1A 1YTAA 4CZMA 1FJGK 5HRNA 2X6SA 4FJIA 4EZQA 4FSVA 1W2BM 3SPYA 1Z25A 1U2VA 3AO4A 2IIRA 3SUPA 3M8RA 4BY9C 1GLBG 2OPQA 1O7DB 3AAQA 4B1ZA 2FBYA 2VWBA 5AQLA 3CMAN 2G8KA 4PUOA 2Z0OA 1BA0A 3DYTA 3AVLA 1D9DA 5AFUA 3D4ZA 1D5AA 1ZBUA 1KQSM 3S3MA 4A59A 4JI5K 1LAVA 3LDSA 4O55A 2YCHA 1VRUA 3THXA 1QQOA 1DLOA 1IKXA 5SWMA 3ALYA 4JI8K 1OH8A 2DTUA 3QERA 3AVGA 2HF3A 1ATNA 4BRGA 1BL3A 1YIJN 2C1IA 3OBWA 5C2DA 4JNEA 4I2QA 4KTZA 2YNHA 2ALWA 3SPZA 1R33A 1X9WA 1YJWN 3BVVA 4GW6A 1BDGA 4Y0WA 4EZYA 3ATUA 4YOVA 1K9MO 1ASWA 2IDOA 1C1AA 1R59O 3PY8A 3H1VX 3IAYA 4OKEA 3BUQA 2GELA 3M3WA 4FLTA 3R1XA 4WPEA 4OPAA 2RPIA 3RRHA 1IKVA 1YTUA 1SQKA 4DV5K 1BGXT 3PLTA 5H1SQ 4FJKA 4Z4CA 3TAFA 1UA1A 4AQYK 3HXMA 3CZNA 3VA3A 2EWFA 4DHYA 3S3OA 3CMEN 1U45A 2NRWA 2WYIA 1HYZA 5AJ3K 1IKYA 1XUPO 4BRMA 2UUCK 4BACA 4EAHD 4FOIA 5JMVA 1RDWX 4A2AA 2YV0X 2IVNA 5E84A 4OJRA 3F9MA 4JHDA 3KD1E 1VQKN 2GV9A 3U3GA 3KD5E 2YLAA 3NGYA 3TTDA 1J54A 3SOGA 3CFPA 4CHYA 3DRSA 3L2QA 1YWMA 4CJVA 4E3CA 1LOTB 1C0TA 4E19A 3SQ1A 2Q97A 3QNIA 2F1AA 4DS4A 2O8FA 4PHTX 4H0OA 5C24A 5BR9A 3DPOA 2YJFA 4WQ5C 3GDQA 4H5NA 4CBWA 4CGDA 4MQ3A 3D2FA 4BROA 3F2KA 4NXNK 4A2BA 4YOYA 2IVPA 2YLLA 4KI4A 4F01A 5C15A 2OBMA 4CFDA 2HHQA 4JWDA 4C1NK 3MN6A 1GLDG 3CPEA 4RW7A 1FXXA 2JNKA 4A57A 4I9LA 4DQSA 4DR4K 3CXCM 4BRQA 2F96A 2B4JA 3C6HA 3H08A 2OBLA 2YIAA 2Q0UA 4LF8K 3VQQA 3G25A 3PSIA 4DTMA 3ZLJA 1HKBA 4FWMA 3MXJA 1KAXA 2A6AA 1NGFA 1O1WA 4KPYA 2ASPA 1DT9A 1BQMA 3V9SA 4HY9A 1JLCA 1YXQA 1RDBA 3KKRA 3CCEN 2KFNA 4NYNA 4FVUA 3K9JA 2YIBA 2A1SA 3AO2A 5GAGP 2XHBA 1S1WA 1WSIA 2HF4A 2XO7A 1J9AA 4AHUA 1GOAA 4JKGB 2BH1A 1KSPA 3NVMA 5CYMA 2DFFA 4ILIA 4JAXA 3KKSA 3CQXA 4LD0A 4H03B 4ISGA 2RKIA 4F3TA 4G9ZA 2F7PA 4E7IA 3CVRA 1KD1O 1B92A 3MN5A 3EJRA 4KHSA 2BANA 4I6MA 3CPWM 3BVWA 4A62A 2VG5A 3PX0A 1T6CA 3FZKA 3CCJN 3OYKA 4FZSA 2FC0A 3SLCA 3VPZA 3O5BA 1VSKA 2HOEA 2IOCA 4JI4K 3E9OA 4BG8A 1TKZA 3F7WA 3VEOA 4CE9A 2P9IB 1JLBA 3SAFA 3OYMA 3QE6A 3LWLA 4J2DA 3O3GA 1TQUA 5FPNA 3T1YK 4YOWA 3O4QA 1X1PA 4AM7A 3A5NC 1NMDA 3E1YA 4B3OA 3CCSN 3AVMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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