4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
5FPNA 3O1WA 1GLAG 4WV5A 5F0XA 4YDUC 3KZBA 2P9UB 1DKGD 4XH4A 4XH1A 3U4LA 4EHTA 3EL2A 1S22A 5EX5A 1J6ZA 4PKIA 4EZWA 1ZBSA 2ITMA 2GELA 3OHRA 4FWMA 1BA1A 5KQ8A 2NRHA 2Q2RA 5LY3A 4K43A 3H45C 4BR2A 3LDLA 4A2AA 3DXKB 1KAYA 4H6HA 3ULEB 3LM9A 4EZVA 4BR5A 3BUZB 1DKYA 4B1XB 1TUUA 3MCPA 4PKHA 4XEIA 3UB5A 4WYBA 3VEZA 3TU5A 4EZSA 4BQZA 3UE5A 4EFHA 3WT0A 2VCPA 2D4WA 3KVGA 3DXKA 2A5XA 3J8AA 5CE3A 1HPMA 4JHDB 3O6WA 2YJEA 3EN9A 1QQNA 3ULEA 2AA4A 2QXLA 4I6MB 1GLLO 1GLEG 1CKRA 4M7YA 3QB0A 2P9LA 1Z05A 1NM1A 4B1ZA 3O08A 2E8AA 4CZLA 1ESVA 1NGHA 2I7NA 4H0OA 1X9JA 3AARA 5FPDA 3BEXA 4JHDA 1ATSA 5I9EB 2E88A 1BDGA 4BR7A 2KHOA 4DCHA 1NBWA 2D1KA 4QS8A 1ATNA 4I6MA 3FZLA 4BR0A 1YUWA 4E1JA 2E2PA 3SMSA 3TPQA 4Z94A 2CGLA 2QWQA 2P9PA 1E4GT 7HSCA 4MO4A 3ZX3A 1GLJO 3CHWA 3ZETB 3WXKA 3EO3A 1QZ5A 1DKZA 3A5LC 3O1BA 4AM6A 1BOTO 3ZEUB 1YVNA 4CZGA 3A5NC 4FWQA 3GBTA 4GY2B 3U9DA 4JD2B 5AQUA 3QMLA 4BRGA 4WQ4C 4FWSA 3VERA 3H1QA 3ZETA 5ADXH 3CIPA 2PBDA 1H1VA 4EZQA 1TUYA 3ZEUA 3HZ6A 4PL8A 2Q0RA 3L4IA 3ID8A 3WQUA 3HTVA 4EAHD 3VF6A 2HOEA 4F00A 4NB4A 3D2FB 4R5GA 4B1VA 2PAVA 3FGUA 4H5TA 1C0GA 4FOIA 2Q36A 4K42A 5JICA 4BG9A 5BRHA 4BRKA 3CJCA 4BRNA 5LJVA 5EY4A 5BRFA 3VEOA 2ASOA 5AQXA 3BP8A 3H3OB 4HTLA 5AQMA 1BO5O 4RTFD 5KPZA 3D2FA 2GUPA 3VF4A 3SJHA 3P4IA 4J8FA 3IMXA 1S3XA 3EZWA 4RWTA 3HM8A 1HUXA 3GDQA 3LDQA 1RDWX 1NGEA 1MWKA 1Y64A 3M6GA 2WUSA 4NO7A 1GLFO 4BC2A 5AFUH 2GWKA 2V7YA 1BA0A 3C7NB 3H6EA 3LDPA 4CD3A 5AQLA 4FSVA 5AQZA 4IO8A 4ISGA 3D2EB 3L6QA 5F1XA 5F2RA 1QQMA 4FWRA 5JMVA 2EWSA 1NLVA 3O8MA 3MMVA 3WUHA 2UYTA 3VESA 3O4WA 5BRDA 2IIRA 4O5FA 2QM1A 1K8KB 3F9MA 3C7NA 2ASMA 5TKYA 4B1YB 3I33A 2VWBA 3D2EA 3BF3A 4HWIA 4BROA 5AFUA 4PO2A 1KAXA 2A3ZA 4MLEA 5AQWA 3R9PA 1HX1A 5FPMA 4M63C 1RGIA 3CJBA 3M3ZA 1K8KA 3H0XA 2GWJA 2CGKA 3MDQA 4QS7A 4FWLA 1BWFO 2W40A 4JWCA 4Y0WA 2Q1NA 2P9LB 3IDHA 1V4SA 2F9WA 2YJFA 2YHWA 3O80A 2ZF5O 5BPMA 5AQHA 3CQYA 4BC5A 3A0IX 4BR9A 2CGJA 1OKJA 3ENOA 3AAQA 2P9PB 2V51B 4HY9A 4FWNA 4DB3A 1NGFA 4BG8A 5BR9A 1HJOA 3ATVA 4EZPA 3D7EO 2A41A 2V52B 4FWOA 4B1UB 2FXUA 5AR0A 4PL7A 3IFRA 2E20A 1EQYA 3FZHA 2WINM 3LDOA 5E84A 3A8YA 3DPOA 4EIAA 1C0FA 4EZZA 1WOQA 1Z6RA 5E26A 3WXJA 4C23A 2D0OA 1XUPO 2FF3B 2ZGYA 4H0VB 4FPBA 4DHYA 1P8ZA 4BC4A 3OHXM 1HLUA 4E81A 3L0QA 2YHYA 4IWVA 2HF3A 3CJ1A 5KPRA 3T48A 3BF1A 2IVPA 3CJ7A 4IZ9A 4H6IA 3QFUA 5AQIA 3KHYA 1V4TA 5AQGA 4FWPA 1NGIA 1MWMA 3JXUA 2P9IB 1KXPA 2A42A 4BRDA 3GE1A 2QWMA 1NGJA 4PKGA 4BREA 4BRHA 3LL3A 2FF6A 2CH6A 4CBWA 3T49A 2P9KA 3ZX2A 2P9SB 4CZJA 4JN4A 1CZAN 4R5IA 2P9IA 3EKUA 1BG3A 1MDUB 4DQ8A 3FR0A 4ISEA 4CJ7A 5KPTA 1WUAA 5BREA 3CQXA 1IJJA 2E2NA 2F9TA 1G99A 5AQTA 5AZJB 2I7PA 2W41A 2YCHA 4H0TB 2AP1A 3IUCA 2BTFA 3DWLA 5AQOA 5AZIA 2VYPA 4F01A 4CBXA 3CETA 2P9SA 3G25A 1YAGA 4A62A 4MLHA 4BRPA 3M1FA 3VOVA 1YXQA 1HKBA 1X3MA 3AY9A 4LC9B 3I8BA 4B1WB 4BR4A 3VF2A 3DOBA 4CZFA 1Q18A 2Q0UA 4XH5A 5AZJA 5JLFA 2OANA 4RCHA 4QS9A 1GLDG 2GEMA 3GL1A 4KBOA 1LCUA 3EKSA 3H3NO 4WQ4A 3MN6A 1NGBA 5AQKA 4BRAA 1E4FT 2QWRA 1Q5LA 2GTDA 4M7XA 4JNEA 5AQPA 3ATUA 4EZNA 2HF4A 1T6DA 3MK6A 3VETA 3MN5A 2BUPA 4EZRA 2YI1A 3SLCA 4CBUA 3U9ZA 4BGBA 4BRIA 3R6MA 4CD1A 3A5OC 5AQSA 3FZFA 3HI0A 3RSEA 3U8XA 4BRQA 3UKRB 3QFPA 3WXLA 3CJAA 2NZTA 5KQDA 1JCFA 3WXIA 4A2BA 4WQ5A 4FL9A 4H0XB 4H5VA 3S41A 3VGMA 4IXCA 1X3NA 1SZ2A 1JCGA 2A6AA 3AAPA 3DJCA 2FSKA 2HMPA 5AQFA 3T47A 1NGCA 4MO5A 3MN7A 2QWOA 3UKRA 4H5NA 1BU6O 3GG4A 3FZKA 4H5WA 4CZEA 3HBTA 4K25A 2P9UA 3FE1A 4F9OA 4A61A 2DPNA 2E2OA 4FPAA 3UKUB 4H0PA 3VEYA 1DKXA 3MN9A 2V7ZA 3WQTA 2CH5A 4R5JA 4JAXA 3WEEB 1KAZA 2E1ZA 1MA9B 1SQKA 4O8KA 3QDKA 4GNIA 3FZMA 1QZ6A 1IG8A 5AQRA 1DEJA 1U00A 2QW9A 3UKUA 4BVPA 1ATRA 3JS6A 2A40A 1NGGA 1HKCA 3FFKB 3FLCO 3L3OM 4YDUA 4BRLA 4BVOA 1GLBG 3DQGA 3CERA 3N8EA 4JWIA 4K41A 3WEEA 5AQNA 3H1VX 4WV7A 4B9QA 3VEXA 3LM2A 1SAZA 5AQJA 2BPRA 1U2VB 4R5KA 4FOEA 5AQYA 1R59O 2NLXA 4ISFA 3T46A 4R5LA 3DPPA 2FSJA 2QWPA 4CZKA 5B8HA 2ZWHA 4CZMA 3DAWA 4H03B 4JWEA 5ELZA 2P9KB 5JLHA 3ZX0A 2QWLA 1DGKN 5AQQA 3T4AG 2YHXA 1U2VA 3QBWA 2IVNA 2Q31A 3SMPA 3LDNA 1JCEA 4IJAA 1NWKA 4H5RA 4IJNA 1QHAA 4BRCA 3DXMB 3DPQA 2P9NB 3O5BA 5AZIB 1BUPA 1DG4A 3VPZA 5EVZA 3SK3A 5BPNA 1U6ZA 4BRFA 5LJWA 4BQLA 1ZC6A 1RFQA 2E2QA 3W0LA 2QWNA 1NMDA 1XC3A 1XQSC 1ZXOA 4JD2A 1GLCG 1NGAA 2J4RA 3DXMA 1TYQB 2P9NA 2IVOA 2QFFA 4L3QA 4H0YB 3VENA 3QNJA 4BC3A 4JNFA 4WQ5C 4BGAA 5FPEA 2ZGZA 2FLOA 5EXWA 4CZIA 2OP6A 4EZOA 5BPLA 5AQVA 2Q97A 3VEWA 4CZHA 5ADXA 4EHUA 3B8AX 3GOIA 1LOTB 5EOYA 1QQOA 4EZYA 5BN9A 1TYQA 3VGLA 3VEVA 1BPRA 2H3GX 3C0BA 1NGDA 1D4XA 4HYBA 1T44A 4EZXA 1T6CA 1HKGA 4EZUA 2ASPA 4BRMA 3CI5A 4FO0A 4FWKA 3RSEB 4EZTA 3CJ9A 3ENHA 5BN8A 3H46O 2D0PA 3HSCA 2E1YA 3W3DA 3A5MC 2FSNA 3R8EA 4CI6A 3VGKA 3QBXA 3QICA 4AM7A 4JWDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJLA 5FPNA 5CZ1A 2YV0X 4CIGA 2D0CA 4YDUC 4KH4A 4IM3A 2P9UB 1DKGD 2PY5A 4EHTA 5EX5A 4PHTX 4AZIA 1ZBSA 2ITMA 4FWMA 2Q2RA 2WC9A 3H45C 2G8KA 3EEQA 3ISNC 1OAOA 1S6QA 4DQIA 4OKKA 4H6HA 3MCPA 4PKHA 4XEIA 3MXIA 3TU5A 3MWTA 2OZSA 4DTPA 3ENBA 3HP9A 4AH9A 4EFHA 3WT0A 2VCPA 3KVGA 3WNEA 4DTOA 1HPMA 4JHDB 4NLCA 3TAGA 1XHXA 3ULEA 1EWQA 1QX1A 1JLFA 3HM9A 2A1RA 5CYMA 1ZBUA 1RT6A 5JENA 1NM1A 4CZLA 1SKRA 3OTOK 1HTYA 4WCEL 3V81A 1X9JA 3DDFA 1ATSA 3BZCA 4IWQA 4WF9L 3BUDA 1ATNA 4Z94A 2X3XA 1E4GT 2YLAA 1GLJO 3CHWA 3ZETB 5FDLA 1NK0A 3Q0KA 1TL1A 3MXJA 1DKZA 1Q9YA 3IS9A 4MDBA 4FWQA 1BHLA 3U9DA 3HVRA 4DTJA 3CC7N 4IOAL 1GN9A 4K0KK 4WQ4C 2BH1A 2ZE2A 1ZYLA 3CIPA 4UY8O 4EZQA 3SQ1A 4OO1J 1U47A 1EXQA 4WFNL 1QTMA 2Q0RA 3U6FA 5CYQA 3I8DA 5EU7A 3VF6A 2OPSA 4B9MA 3EJRA 3ZSOA 1C0GA 2WONA 2P51A 5K14A 4JI2K 1UA0A 3AO1A 4BRKA 3KTQA 4J2BA 5LJVA 3VEOA 4I2PA 3O3GA 5KPZA 2GUPA 4FXDA 1KFDA 2X3WA 2G8WA 3IAYA 1QWNA 4J2EA 3CF5L 5FIGA 1HUXA 3IKMA 1KRPA 4CF9A 4WPEA 3E01A 2EHGA 5JS2A 3QNOA 1NGEA 5DK5A 1X04A 1GLFO 3P31A 4H8SA 4CJVA 1SU8A 1YJNN 2GWKA 2V7YA 5CHIA 3NGYA 4E72A 1HNZK 3NVKA 2YKMA 4HR1B 4FSVA 5AQZA 5FRMA 4CF8A 4DV3K 4FWRA 3O8MA 3TSPA 2UYTA 1RT3A 1HNVA 3VESA 3C6UA 1NKBA 5BRDA 4AF1A 5M1PA 4ZHRA 4O5FA 2ND0A 1E3MA 3R1XA 4CHZA 2G8UA 2HVHA 3C7NA 2W6LA 1PS3A 3AVLA 4OGCA 4IM0A 4B1YB 3A98A 2P5OA 2VWBA 1MJGA 3JAMO 2HB5A 4OPJA 3OYFA 3VQ9A 2A3ZA 4MLEA 5AQWA 3LP3A 5FPMA 4BE2A 3G9GA 3THVA 1HYVA 4Z4GA 4AZHA 1SU7A 3H0XA 1JKHA 4CK1A 4Z4EA 3DLBA 3QEIA 2BGGA 4Q0BA 4OPHA 2W40A 2Z8YA 4Y0WA 1QSYA 4RW8A 2F9WA 2YJFA 5J2PA 1RBSA 1YWMA 1NJYA 4FJIA 1NKEA 3SQ4A 4DSJA 4DSIA 1VK0A 4I2QA 3K0SA 4JRQA 3O9QA 4W5NA 1WSJA 2V51B 4CJWA 3CCRN 3LANA 4EZPA 2O8FB 4FWOA 4DLEA 4RW4A 3OYGA 4Z4CA 2NRRA 4PL7A 4A5AA 1EQYA 4NXMK 3HSTB 5E84A 1WOQA 2OO2A 5E26A 2DFEA 2C08A 3K9KA 4DR2K 3TTDA 2BDPA 3OYHA 3DDGA 2X5CA 1P8ZA 1I3AA 2F96A 3RR8A 3L0QA 4IWVA 1OH5A 1JLQA 3I56N 4FZSA 3AVNA 5JVGL 4DU3A 5GAEP 3VMFB 4CE9A 5AQIA 3L2VA 1C0TA 3HT3A 3OBWA 1KVAA 3HOTA 4KIKA 1RT7A 3CAZA 4IWOA 2OCEA 4BRDA 4DR4K 3CCQN 3DX2A 4BRHA 3M8QA 2W6KA 3OYNA 3E9OA 3DOLA 4OX9K 2Q13A 4CEZA 2X6NA 4LSNA 3ZX2A 2EX3B 3KLFA 2P9SB 1JLCA 2HBKA 3EKUA 4CFDA 1RILA 1WBBA 4CJ7A 4GVMA 2HNDA 1TKZA 3AV9A 1SKSA 3SAHA 1G99A 5AQTA 4DTRA 1FW6A 2I7PA 3OJUA 2YCHA 2AP1A 3SBTB 1OA0A 1DLOA 4AZGA 5AZIA 4E7LA 4F01A 3BUQA 2HHQA 3G25A 4MLHA 3VOVA 4H4MA 1TQUA 4HUGA 1HKBA 3LZIA 4LC9B 4O0JA 4B1WB 4GW6A 3DOBA 4C8OA 3TAMA 4CZFA 3CCVN 4OLBA 3OYEA 5AZJA 2F7TA 5JLFA 4M42A 1SV5A 4K8ZA 4LFAK 3H3NO 3CCLN 3CMAN 4FLZA 2QWRA 1BI4A 1VSHA 4M7XA 4IDHA 3VEBA 2RAJA 2G8FA 3ZT1A 5HRRA 2B4JA 4CBUA 3SJJA 3MECA 1J5EK 1VRUA 3P83D 3R6MA 5AQSA 3DRPA 3FZFA 3LP0A 4FLYA 4BRQA 2X3VA 1TV6A 4CEBA 2KZMA 1Y2OA 1SKWA 2HBMA 5SZTA 1P90A 4YOTA 3AVHA 4AHRA 3QEPA 5HROA 4IXCA 2KTQA 1JCGA 2PYJA 1GOBA 2QK9A 2FSKA 4ID5A 4B8AB 3V1RA 2Z1JA 3MN7A 2QTDA 2HNZA 1TVRA 5KI6A 1BU6O 3GG4A 2OPPA 3FZKA 4CZEA 2P9UA 4C8MA 2HHHK 3ABHA 4FPAA 4H0PA 3VEYA 4DS5A 3MN9A 4KI6A 3PIOL 2V7ZA 4DFKA 4FK0A 3JYTA 4W5TA 3TAPA 1JL2A 2OTLN 4JAXA 1YI2N 1SQKA 4FVMA 3QDKA 1IG8A 4ZTFA 1DEJA 3THYB 4FCYA 3RRHA 1NGGA 3FLCO 4Q5VA 3ZT4A 1CXQA 1GLBG 2HHIA 2D5RA 4JWIA 3L3UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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