4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Chaperone
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
3GBTA 2E2NA 1SZ2A 4BR7A 1HLUA 2D0PA 1OKJA 2P9LA 2GWJA 2AA4A 2FLOA 4F01A 3DXMA 4FO0A 1HX1A 2VCPA 2QWPA 3RSEB 1DKYA 1KXPA 5FPMA 3ZEUB 4NB4A 3U8XA 4M7XA 3U9DA 1NBWA 3MN6A 3WT0A 3SK3A 4HY9A 5F1XA 4DCHA 4GNIA 4EZPA 3LDOA 4BRAA 4BC3A 1NWKA 3CIPA 5BR9A 5LY3A 1YVNA 3EL2A 2YJEA 4A2BA 3VEOA 2P9IA 3VERA 4JHDA 2ZF5O 4Z94A 4YDUA 4F9OA 4FPBA 5LJVA 3CJBA 3CJ9A 1E4GT 3VF2A 4EZWA 4DQ8A 2E1YA 3O08A 4CZGA 5JLFA 3N8EA 3CETA 4O5FA 2GTDA 2P9UB 1BPRA 3O4WA 3ID8A 3ZEUA 4BG8A 3S41A 3WXJA 1H1VA 3L4IA 3M1FA 2P9KA 4FWMA 2BTFA 2A41A 4H5RA 2QWOA 3T49A 1P8ZA 2NZTA 3VOVA 4CBWA 4R5GA 5KQDA 4NO7A 2CGLA 1GLDG 5AQPA 5AQJA 3QNJA 2YHWA 3HBTA 1MWKA 2CGJA 1C0FA 4WQ5C 2V51B 2BPRA 4QS8A 5B8HA 3O5BA 1JCGA 2FXUA 2CH5A 2E8AA 5BREA 3T46A 1MDUB 3C0BA 4BQZA 5JLHA 4CJ7A 5EXWA 3G25A 3DQGA 1V4SA 3VPZA 4BVPA 3VGKA 4E1JA 7HSCA 1T6DA 4JN4A 1QQNA 4IJNA 2A42A 3ATVA 2P9UA 5EOYA 3VF4A 2GUPA 1WOQA 5AZJB 4CI6A 2ASMA 2QXLA 3CERA 3A5MC 3OHRA 4EHUA 5E84A 2CH6A 1BUPA 3L3OM 3QB0A 3O1WA 4MLHA 2V7YA 2FSNA 5E26A 2P9SB 3DPOA 1DKXA 4EZTA 1MA9B 2I7NA 4H03B 4H6HA 4JWDA 5AQWA 4B1UB 4CZKA 3LDNA 4H0TB 3ZETB 3FR0A 3TU5A 4CZJA 3CQXA 1QZ6A 5KQ8A 1YXQA 1RDWX 2HF3A 3AY9A 3KHYA 5KPRA 4BRCA 3H0XA 4EZSA 3LL3A 2W40A 3H3NO 1MWMA 3A5LC 2ZGZA 4BRQA 3ATUA 3WUHA 1KAYA 5EX5A 5BRDA 5TKYA 5FPEA 4H5NA 5AQVA 3DPQA 1HJOA 4FWLA 3DXKA 3VGMA 3OHXM 3ENHA 2EWSA 3U4LA 4AM6A 2A3ZA 4BVOA 3LDLA 3DWLA 4IJAA 4R5IA 2P9NB 4EZNA 4JD2A 3MMVA 3ZETA 4IWVA 5AQXA 1NGCA 3L0QA 1TYQB 3CJ1A 2FF3B 2IVPA 4AM7A 3LM9A 3MN5A 1DKGD 1D4XA 1SQKA 4JNFA 4PL8A 4WQ4A 1U00A 2ITMA 5AQIA 5ADXH 4R5LA 4H5VA 5BRHA 3VETA 4EFHA 3KZBA 3H1QA 3M3ZA 4LC9B 1NGGA 3DPPA 3WXLA 2IVOA 3DAWA 4B1XB 4B9QA 5AQOA 3O80A 4EZVA 1BG3A 3FE1A 2D1KA 2HOEA 1RGIA 3O8MA 4K42A 4PKGA 4XH1A 3ZX0A 1QQMA 4BRMA 4B1WB 3QBXA 3GL1A 2P9PB 4HWIA 5ELZA 2CGKA 2ASPA 1TYQA 3I8BA 2FF6A 4CD1A 4WQ5A 3AAQA 1TUUA 3VEZA 3CJCA 3MCPA 3D2EB 1ESVA 2E88A 4J8FA 4CZMA 3DOBA 3RSEA 4WV5A 2V52B 5I9EB 3DJCA 4JWIA 1XQSC 3D2FB 1Q18A 2Q2RA 2A6AA 3AARA 1IJJA 4PKHA 2WINM 4B1YB 1XUPO 4DB3A 4B1VA 3T4AG 2FSJA 1HKBA 3GOIA 2V7ZA 4O8KA 3HTVA 5AZIB 3UKRB 5F0XA 4A2AA 1BDGA 2PBDA 1NGIA 4BQLA 2YJFA 3FZLA 2E20A 4FWNA 3UKUB 1T6CA 4C23A 2D4WA 2QW9A 5AQNA 2GWKA 2F9WA 3H1VX 4BR2A 4QS9A 2FSKA 2H3GX 4CZEA 3FLCO 4H6IA 4EZUA 3CHWA 2YI1A 4F00A 5BPNA 4KBOA 3D2EA 4BRDA 5EVZA 3SJHA 2E2PA 1ZBSA 4B1ZA 3IUCA 2VWBA 1C0GA 3U9ZA 5BPMA 3TPQA 4RWTA 1GLJO 3KVGA 3ENOA 4BR0A 3EZWA 5AQGA 1JCEA 3WQTA 3IMXA 4CD3A 3JS6A 4CZHA 1T44A 4BGAA 2QWMA 3ZX3A 3BEXA 4JWEA 4WV7A 1J6ZA 1NGBA 2GELA 5AQZA 4FOEA 5AZIA 3UKRA 3UB5A 4JAXA 2Q36A 2DPNA 1WUAA 4EZQA 1GLFO 3SLCA 4EZRA 4MO5A 3UKUA 3R6MA 4H5WA 5AQYA 3VEWA 4XH5A 3EKUA 4HYBA 4M7YA 4PL7A 4ISEA 5ADXA 4EZZA 1NGDA 5AQHA 4BRKA 2ZWHA 1QQOA 2KHOA 1Z05A 3MN7A 1S3XA 2J4RA 3O6WA 4Y0WA 5KPZA 2WUSA 5AZJA 3FZMA 1HPMA 1CKRA 4CZFA 2QM1A 2AP1A 1Q5LA 4FWSA 3EN9A 4IZ9A 3QBWA 1NLVA 3FFKB 1SAZA 1ZXOA 3EKSA 4PO2A 3A5NC 1NGFA 4H0OA 2P9SA 3QDKA 3SMPA 5FPNA 2Q31A 1GLAG 1E4FT 2I7PA 2BUPA 2QWRA 4BRHA 3BF1A 5AQTA 3VESA 2OP6A 3R8EA 3IFRA 1ATSA 2Q0UA 4FWQA 4HTLA 1R59O 3LDQA 3W3DA 3WEEB 4E81A 2HMPA 4BRFA 1NGJA 1U6ZA 3W0LA 1RFQA 1TUYA 4H0VB 4BRPA 3BF3A 5AQQA 5JMVA 1DKZA 3T47A 3VF6A 4K25A 5EY4A 1GLLO 5F2RA 4H0YB 1DEJA 3L6QA 2VYPA 3BP8A 4DHYA 1BO5O 3QFUA 3F9MA 3HSCA 4FWPA 4R5JA 3QFPA 1HUXA 4H0XB 3UE5A 4FWRA 4CZLA 3BUZB 1Y64A 2A40A 4K43A 3GG4A 1JCFA 1BOTO 3MN9A 4GY2B 1DGKN 2A5XA 2E2OA 2P9NA 2PAVA 4XEIA 4BRLA 2HF4A 1BA0A 2GEMA 3AAPA 2D0OA 4BRNA 4H0PA 3GE1A 3A0IX 2P9KB 3J8AA 3CJ7A 2Q0RA 1EQYA 3JXUA 3WEEA 1CZAN 3CQYA 2QWQA 1NMDA 4IXCA 3IDHA 1QHAA 1QZ5A 4EHTA 2W41A 1ATRA 4RTFD 5AR0A 4WQ4C 1V4TA 5AFUA 4FL9A 3QMLA 3C7NB 4A62A 1S22A 1U2VB 2QFFA 4EZYA 4BR4A 5BN9A 4BC2A 3SMSA 4EAHD 2YCHA 1X3MA 5AQKA 4I6MB 1X9JA 2P9PA 2IIRA 1BA1A 4H5TA 4FOIA 1K8KB 3CJAA 3M6GA 5AQMA 3P4IA 5AQRA 1LCUA 1BWFO 1KAZA 4BR5A 5LJWA 4M63C 3FZKA 3MDQA 1NM1A 3HM8A 5CE3A 3H46O 4YDUC 4BROA 1IG8A 3D2FA 2QWLA 3QICA 3ULEB 1GLBG 3MK6A 3GDQA 5BN8A 3CI5A 1YAGA 3O1BA 1XC3A 4FWKA 3VEYA 3C7NA 4WYBA 4BGBA 1NGAA 3LM2A 4FSVA 1ATNA 1U2VA 4RCHA 3H45C 1GLEG 5AFUH 5JICA 3VGLA 3WXKA 4PKIA 4ISFA 3VEXA 1DG4A 3FZFA 2ZGYA 3ZX2A 4CBXA 1NGEA 5AQFA 4FPAA 4I6MA 1G99A 3WQUA 5AQLA 5BPLA 1K8KA 4EZOA 4BREA 4A61A 1Z6RA 2E2QA 3DXKB 3VEVA 3A8YA 4JNEA 2Q97A 4JWCA 3HZ6A 1ZC6A 4EIAA 3R9PA 4ISGA 2UYTA 4IO8A 3T48A 3B8AX 4JD2B 1LOTB 3ULEA 3VENA 3HI0A 3I33A 3A5OC 4BRGA 1KAXA 2NLXA 4EZXA 3H6EA 2IVNA 2P9LB 5BRFA 2QWNA 4BRIA 3DXMB 1X3NA 5FPDA 2YHYA 1HKGA 4BG9A 4MLEA 3EO3A 1HKCA 2Q1NA 3WXIA 4BR9A 4CBUA 4QS7A 3FGUA 2ASOA 2YHXA 4BC4A 4K41A 4L3QA 1NGHA 2E1ZA 1BU6O 5AQUA 4CZIA 1YUWA 5AQSA 3FZHA 3H3OB 5KPTA 4FWOA 2F9TA 4MO4A 3D7EO 4XH4A 2NRHA 2P9IB 2OANA 1GLCG 3LDPA 4JHDB 4BC5A 4R5KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GBTA 4AKVA 2E2NA 4JI5K 4OKEA 4V19S 3I0RA 2P9LA 4CJRA 3KKRA 3NH0A 4F01A 4OLAA 1X03A 1DKYA 5FPMA 3WNFA 1BISA 4NB4A 3U8XA 4BDPA 5KI6A 1S1VA 1S9GA 3PX6A 1L5UA 4CK1A 3V1RA 2HHWA 4GNIA 3QETA 4O5BA 2F18A 3E9OA 3ZT0A 4BRAA 4KHWA 4OGEA 3BZCA 4HTUA 4A2BA 2YJEA 3ZCMA 2GA9D 4JHDA 4ILGA 1WBBA 4Z94A 3LPUA 4Z4FA 3QIOA 3P31A 4F9OA 1E4GT 3R3LA 2X78A 4JLHA 3JSMA 1HPZA 4Z4CA 3AVJA 3THVA 2W42A 3L4IA 2YI8A 3M1FA 4CFAA 4FWMA 3JAMO 1FW6A 4H5RA 3T49A 5KQDA 2UU9K 3MCAB 1JXBA 3IKMA 3IAYA 5AQJA 1BQMA 1D8YA 1MWKA 1C0FA 3N4PA 1VSIA 5B8HA 3GI7A 3TAMA 3BDPA 3O5BA 4FJ8A 1JLQA 3HOSA 2E8AA 3RMAA 3C0BA 1MDUB 3E01A 4BQZA 1RT1A 4E1JA 2WC9A 4PHTX 2ZJPL 1T6DA 2QK9A 3KLEA 2ZD1A 4IDHA 4OKJA 3P5JA 3L2RA 1JJ2M 1WOQA 4WFAL 3HPOA 2ASMA 4CVNE 2QXLA 1HMVA 3NMUA 1GNTA 1QWUA 4WFNL 4O55A 3SAGA 5BR8K 2CH6A 1Z25A 4GV9A 3O1WA 4MLHA 4LFCK 4JS4A 4E72A 4CHZA 3UIQA 4H03B 3RR8A 4CZKA 3CCVN 3O9SA 4H0TB 5C2FA 3TU5A 3EJRA 4CJTA 4CZJA 3VN5A 1QZ6A 5KQ8A 1S72N 4RG8A 3O3NB 2HF3A 3KHYA 5KPRA 2GBZA 4BRCA 2XHBA 1TL3A 3V9XA 4DLGA 3A5LC 3DYAA 2ZGZA 3VQPA 3WXMB 1DTTA 3ATUA 5C0YA 2UUAK 4H5NA 3OYNA 3RRGA 1YJWN 3DDGA 4AILC 4NLBA 3ENHA 3U4LA 5JVGL 4JI0K 4G1QA 3F5TA 2A3ZA 4AZBA 4IBNA 3VMFB 3LDLA 3NGZA 3DWLA 4IJAA 4KIKA 5J2MA 4AVMA 2VWJA 1JLFA 4WFBL 4ZHRA 2FF3B 3PX0A 4AM7A 5HRPA 1DKGD 4HCBA 4WQ4A 1U00A 1VSHA 3NVKA 4DR2K 1U45A 3OA9A 3ID6A 3NGIA 4B3OA 1BHLA 4LSNA 4ILJA 1E2UA 4WE1A 4FLZA 4LSLA 4DQRA 2OPSA 1RDUA 3M8SA 3D45A 4DR6K 4CFDA 3DAWA 2FBYA 2X3VA 5K14A 4CE9A 1OAOA 4JS5A 5J1EA 2KLAA 5GAEP 3DLBA 1RT4A 1RGIA 3L3VA 3RPMA 3BGRA 4BRMA 3QBXA 2P9PB 4CEAA 4CEQA 3I8BA 2FF6A 3MXIA 3MCPA 3QLHA 2KFZA 4CW7B 2OYQA 3G9GA 5KRTA 1I94K 1KSPA 4JWIA 3ZT3A 1IJJA 4B1YB 3M8QA 3T4AG 3E66A 1RT6A 2X6NA 4HR1A 2WOMA 1VRTA 3CC2N 4KH6A 2B5JA 2YIVX 2PBDA 2HHVA 4BQLA 4JEPA 4A59A 3C94A 3FZLA 4DS5A 5I42A 1XI1A 4FWNA 4W5TA 1HTYA 1LQ7A 2D4WA 5AQNA 2F9WA 1OH8A 3H1VX 4BR2A 1O7DB 1VSMA 4YOYA 4H6IA 4E0DA 3QIPA 3TTFA 3ZT2A 3S3NA 3OS0A 5EVZA 3LMFA 3P38A 4B1ZA 3IUCA 2X74A 5BPMA 1C0GA 1VQMN 1GLJO 4M41A 3RMBA 4KI4A 3ZSWA 3EZWA 1HXKA 4JLCA 3KK7A 4CD3A 4CZHA 3KLHA 4BY9C 3VQ9A 1SL0A 4N76A 4B8AB 4JWEA 4NCAA 1NGBA 2V0OA 5AQZA 3CM6A 4FOEA 3HXMA 3EJTA 1W9HA 2HNZA 3KJVA 1RDDA 1I4TA 5C10A 4JI7K 4H5WA 5AQYA 3B6OA 3VEWA 3DRSA 4UDXX 3EKUA 3CMAN 2BGGA 3VKHA 1NGDA 2ZWHA 3CCLN 2X5CA 2O8BB 3MN7A 4CJEA 1Y2OA 4NQIA 4C8MA 5KPZA 2WUSA 5D3GA 3FZMA 1HPMA 3K5OA 2YL6A 4CESA 4FWSA 4IZ9A 3VQ5A 3FFKB 1LAVA 2O8EA 3LANA 4Q5VA 2E4LA 1VSEA 2EX3B 3A5NC 2Q31A 1E4FT 4DTMA 4EP5A 3F9KA 2OW7A 3IS9A 2YNHA 3VESA 2OP6A 3F2KA 3BVVA 1JLEA 3LDQA 1RBUA 4IOXA 4O44A 2UUCK 3W0LA 3LLLA 4DU3A 1I3AA 2OZNB 1RFQA 2KW4A 2GAFD 1TUYA 2Y1IA 5AQQA 2O8BA 1FKOA 1TVRA 1Z26A 3QEPA 3OK8A 3NGYA 3T47A 4NCBA 2VYPA 3BP8A 4FM0A 3UE5A 3HSCA 4R5JA 2RHKA 3QFPA 3VQ4A 3CPWM 1LW0A 2YNGA 1Y64A 3GG4A 3I8DA 1EO1A 2RPIA 1GOBA 2EX3A 2FBXA 4CEDA 4JI2K 1GOCA 4RW6A 4FZOA 3AO1A 4RW4A 3TAPA 1RDAA 2D0CA 4C1NI 3J8AA 5HRSA 3EJSA 4DSLA 3HPHA 4OPHA 3HM9A 3VA0A 2UXDK 1TQUA 1VSDA 4AHUA 2DFFA 4DG1A 1YF5L 5A2QO 4AZ6A 4EHTA 1L3VA 5LMNK 4HUGA 4M3RA 4RTFD 4WQ4C 2FBVA 2Z1GA 1V4TA 4CEEA 1K6YA 4CJ4A 4GKKK 4KHPK 1ZBLA 3KTQA 2HB5A 4L8RB 1X04A 4M3WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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