The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
133
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sequence length |
468
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structure length |
457
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Chain Sequence |
NITLKIIETYLGRVPSVNEYHMLKSQARNIQKITVFNKDIFVSLVKKNKKRFFSDVNTSASEIKDRILSYFSKQTQTYNIGKLFTIIELQSVLVTTYTDILGVLTIKAPNVISSKISYNVTSMEELARDMLNSMNVAVVSSLVKNVNKLMEEYLRRHNKSCICYGSYSLYLINPNIRYGDIDILQTNSRTFLIDLAFLIKFITGNNIILSKIPYLRNYMVIKDENDNHIIDSFNIRQDTMNVVPKIFIDNIYIVDPTFQLLNMIKMFSQIDRLEDLSKDPEKFNARMATMLEYVRYTHGIVFDGKRNNMPMKCIIDENNRIVTVTTKDYFSFKKCLVYLDENVLSSDILDLNADTSCDFESVTNSVYLIHDNIMYTYFSNTILLSDKGKVHEISARGLCAHILLYQMLTSGEYKQCLSDLLNSMMNRDKIPIYSHTERDKKPGRHGFINIEKDIIVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Domain-level rocking motion within a polymerase that translocates on single-stranded nucleic acid.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Vaccinia virus wr
|
| molecule keywords |
Poly(A) polymerase catalytic subunit
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| total genus |
133
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| structure length |
457
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| sequence length |
468
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.19: Polynucleotide adenylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03296 | Pox_polyA_pol | Poxvirus poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain |
| A | PF12629 | Pox_polyA_pol_C | Poxvirus poly(A) polymerase C-terminal domain |
| A | PF12630 | Pox_polyA_pol_N | Poxvirus poly(A) polymerase N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GAF D; 3ER8 C; 3ERC C; 3ER9 B; 3OWG A; 2GA9 D; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FH3 A; 4UB1 A; 1MIY A; 1OU5 A; 8ICE A; 1HUO A; 1ZQL A; 5HRL A; 5HRK A; 4EZT A; 3ER9 B; 4JWC A; 3BVV A; 4EZN A; 4AZI A; 4M2Y A; 4IQU A; 3K7D A; 4DOA A; 4UAW A; 2F7Q A; 5CHE A; 4UB3 A; 8ICG A; 1KNY A; 2ZXQ A; 2BBJ A; 4NXT A; 3EJS A; 4WH5 A; 1BPX A; 4RPX A; 4MF2 A; 2F7R A; 4IW0 A; 3G9G A; 8ICP A; 9ICF A; 1ZQD A; 3HJ4 A; 3QWE A; 3D50 A; 4Z6C A; 4Z6E A; 4NSW A; 5EOZ A; 8ICI A; 3BUQ A; 4I1Q A; 1V4A A; 3TFS A; 3D52 A; 4K8V A; 4KM5 A; 4X4N A; 4IWP A; 4RQ3 A; 4Z6D A; 4PHP A; 4X4Q A; 4FHY A; 2B51 A; 2ZH3 A; 4QZA A; 3ISD A; 2OO2 A; 4OAG A; 4PH5 A; 1TQV A; 2PFN A; 3DX3 A; 4IWQ A; 4RT3 A; 4M9J A; 4IG8 A; 5FLE X; 2RAI A; 1ZQH A; 3SOG A; 3D2E A; 4ATB A; 3RJF A; 7ICU A; 4WQL A; 3FD9 A; 7ICM A; 4WC0 A; 4I2I A; 2Z0N A; 4P4O A; 4EZW A; 3RJE A; 4WC3 A; 3ISB A; 5IIJ A; 3B0X A; 4O69 A; 5IIO A; 4IWO A; 4E80 A; 4O5C A; 2PFP A; 1TQW A; 5HRF A; 4O68 A; 8ICQ A; 1W9M A; 3DPQ A; 4XA5 A; 2YI9 A; 4NXZ A; 3I2W A; 5D46 A; 4WPE A; 5J2K A; 5D4B A; 1ZQJ A; 9ICK A; 5J2G A; 2YL5 A; 7ICE A; 4LT6 A; 2JNS A; 1BPZ A; 8ICH A; 4EZY A; 2M2W A; 4QZI A; 2ND1 A; 4GXJ A; 4M04 A; 8ICW A; 1ZQG A; 1ZWW A; 1SU8 A; 2QFF A; 2KHO A; 5JTG A; 4AT8 A; 4UAY A; 2ZH7 A; 1HUZ A; 5DBB A; 5DBC A; 1R89 A; 4RWP A; 4X4R A; 3OUY A; 3WFP A; 3BUI A; 9ICX A; 4XUS A; 3C5G A; 9ICA A; 2PBE A; 4TUP A; 4WPC A; 5J2I A; 4H8S A; 4X5V A; 2IHO A; 1NO5 A; 3WFO A; 3MGH A; 4NLZ A; 1ZQR A; 7ICI A; 3V72 A; 1MIW A; 4KLH A; 1R5E A; 4H6I A; 5IIN A; 4EGW A; 2FMP A; 4FH5 A; 4QZF A; 5HRB A; 4EZQ A; 5DB9 A; 5HC9 A; 4S3N A; 3MDA A; 4X4V A; 3C2K A; 4M9L A; 4IM0 A; 1BPD A; 3KAV A; 5J0X A; 4EV6 A; 3C5F A; 4QZC A; 1DKZ A; 2EWR A; 3H38 A; 4RPZ A; 4RT2 A; 3BVW A; 4EZO A; 2EX3 B; 2GA9 D; 4DOC A; 5CB1 A; 3OVS A; 1UEV A; 4FHV A; 1I4L A; 3DX4 A; 4AZB A; 3HJ1 A; 3WFQ E; 3BVU A; 2ZH4 A; 2RAJ A; 1YLQ A; 2ISO A; 5J2B A; 4UD4 A; 1PS3 A; 1E1D A; 4MF8 A; 5F2V O; 4LEY A; 5DDY A; 1QWN A; 4NXX A; 4E3C A; 1QWU A; 5CA7 A; 4KIK B; 3RH6 A; 4Z6F A; 5J0U A; 2YIV X; 2FYV A; 2YI8 A; 3M3W A; 4I2G A; 3V7K A; 4LEV A; 2GWS A; 3RJH A; 4I2A A; 1R8A A; 4F5R A; 9ICH A; 3AQK A; 1GNT A; 4P4P A; 2OBL A; 9ICG A; 7ICG A; 4WQK A; 3PHZ A; 4E7X A; 4X0B A; 2ZH6 A; 3NYB A; 4M9G A; 9ICE A; 5IIM A; 3DDG A; 5CP2 A; 4RWO A; 1MQ3 A; 5HHI A; 5CJ7 A; 1F5A A; 4WBY A; 4XRH A; 3HAH A; 4F5Q A; 2YKT A; 4FZS A; 3JZ0 A; 4DO9 A; 4KLD A; 3HAI A; 2Z0O A; 7ICN A; 4OAI Z; 3OK8 A; 1ZQC A; 2IUB A; 1GN9 A; 3TFR A; 5DEC A; 5DKW A; 3PMN A; 1FA0 A; 1ZQS A; 5DDM A; 4O9M A; 1UET A; 9ICR A; 1ZQO A; 1OA1 A; 3I04 A; 3AQL A; 2YL8 A; 4NQI A; 2IHM A; 4MFF A; 4PHA A; 3RPM A; 3EJT A; 1WOT A; 1XSL A; 3Q0K A; 3JPT A; 1URU A; 3PNC A; 3JYY A; 4K4H A; 5J0P A; 7ICS A; 3QE6 A; 8ICU A; 3PLT A; 3UXO A; 4JWD A; 7ICR A; 2V0O A; 3D4Y A; 4QZG A; 4FO1 A; 2EWF A; 3GI7 A; 7ICO A; 3DX1 A; 2F1A A; 3VKH A; 4GXI A; 3EJQ A; 5TKY A; 4KLU A; 5DBA A; 5C5B A; 5IIK A; 4NKT A; 7ICH A; 3AUO A; 4IM2 A; 4WCW A; 4UAZ A; 4EP7 A; 3ACO A; 3JPR A; 5BPC A; 4UBB A; 2VAN A; 1WDZ A; 2LM0 A; 2O0I 1; 1PX5 A; 4PHD A; 2B4V A; 2RFF A; 4IQW A; 2NCZ A; 2WYH A; 5J0T A; 4EEB A; 3JPQ A; 8ICL A; 2YLA A; 4AT7 A; 3JPO A; 4K99 A; 1GNL A; 3JCF A; 3VEB A; 3RJG A; 4JWN A; 2ISP A; 3CVR A; 1SU6 A; 5HRH A; 3LK9 A; 4X0A A; 4YD2 A; 3BVX A; 2I9G A; 2F18 A; 4QZB A; 4JNF A; 4LVS A; 3RJK A; 2Q12 A; 4AT8 B; 3BUP A; 4EZS A; 1I49 A; 3OUY B; 3UXN A; 4PGX A; 8ICB A; 9ICS A; 3I01 A; 4PGQ A; 1ZQM A; 4YMO A; 4I2J A; 2X3V A; 4UB2 A; 4M47 A; 2WIN M; 4QZE A; 4NLN A; 1TFW A; 4M9N A; 4PPX A; 2EFK A; 3T49 A; 1JMS A; 3HWT A; 4I2H A; 5HRD A; 7ICV A; 1X03 A; 2X3X A; 4YD1 A; 4I2C A; 2N3K A; 1E2U A; 7ICP A; 2GF4 A; 4R5L A; 1JN3 A; 4KB6 A; 3UPS A; 4AT9 A; 3A98 A; 4KLO A; 3ER8 C; 2YLL A; 4K98 A; 3EJP A; 4HYB A; 4WC4 A; 3OVB A; 4AZ7 A; 3VEA A; 3AQN A; 8ICM A; 3C2M A; 4XQ7 A; 1ZJM A; 1ZJN A; 4NXW A; 3LVT A; 4I2D A; 4EBJ A; 3JPN A; 5J2F A; 3CAZ A; 4JL9 A; 4IM3 A; 4NPH A; 2Z8Y A; 2FCL A; 3UXP A; 9ICJ A; 1VJ7 A; 1Q78 A; 5CWR A; 3QNJ A; 4WC7 A; 2OW7 A; 2D1L A; 2HN1 A; 3Q84 A; 4X4O A; 3NVO A; 4RWN A; 4I2F A; 3MDC A; 2RAK A; 4QZ8 A; 1ZQN A; 3O3O B; 4F5O A; 4JLX A; 4OAH A; 4I2B A; 1ZQY A; 2ID1 A; 3RJJ A; 3B51 X; 4OAF A; 2PMR A; 3ZED A; 4WC2 A; 2BCU A; 4G6Q A; 1HTY A; 3DPP A; 1R8B A; 2FIC A; 3NKU A; 5CR0 A; 1RZT A; 2YIA A; 4NKU A; 2B56 A; 5J29 A; 4UDX X; 4KLM A; 3T47 A; 4EZU A; 4RQ6 A; 2F1B A; 5IIL A; 8ICO A; 4FHP A; 4RQ0 A; 2ND0 A; 3KDR A; 3V7L A; 4X4U A; 2ELB A; 3L3O M; 4WC5 A; 3T4A G; 4AKV A; 4DOB A; 4WOY A; 4I27 A; 8ICA A; 4AZ6 A; 1R33 A; 4UD5 A; 5J0S A; 1ZQF A; 2M2T A; 5E84 A; 8ICT A; 3UQ0 A; 2YIB A; 2ZH2 A; 4RPY A; 3F7W A; 2BCR A; 2RT6 A; 4QZH A; 1XSN A; 4AZ5 A; 3C2L A; 3OVA A; 9ICP A; 4YCX A; 5CFT A; 1DKY A; 2BCV A; 1ZQZ A; 7ICT A; 9ICQ A; 3SYV A; 3AU6 A; 4X4T A; 4EZV A; 4FZP A; 1UPX A; 4I2E A; 4HX0 A; 3OHX M; 4FHW A; 1ZQI A; 2PFO A; 8ICC A; 3B0Y A; 1TFY A; 2HHP A; 4MKP A; 4R5K A; 4I0U A; 2Q66 A; 4JLC A; 4KLQ A; 3AU2 A; 2O5A A; 1BPE A; 4RQ7 A; 3EF2 A; 4JWM A; 4TUS A; 9ICB A; 4NLK A; 5CHG A; 4AZG A; 4AVM A; 4HR1 A; 3MBY A; 5TZV A; 5D61 A; 3B53 X; 5CFU A; 4RQ5 A; 4KLL A; 4WC6 A; 5J2A A; 4KIK A; 3H37 A; 4M0A A; 8ICS A; 9ICL A; 7ICK A; 2DRA A; 1X04 A; 4AZC A; 2P66 A; 1Q79 A; 5CFS A; 4MFA A; 8ICY A; 3C66 A; 3K75 D; 4R64 A; 1ZQA A; 4KLJ A; 4N7R A; 3B52 X; 3AQM A; 4LZG A; 4MFC A; 1VFG A; 5HRE A; 3D51 A; 2NRK A; 4F00 A; 4XQ8 A; 1JAJ A; 1JQK A; 5III A; 2M2U A; 3WFR E; 1HWW A; 3CV5 A; 4ATB B; 4AT7 B; 4RQ1 A; 3T48 A; 8ICJ A; 1NOM A; 4K96 A; 4EZR A; 4QZD A; 4K4I A; 3UQ2 A; 1QX1 A; 4M0M A; 2BPG A; 2X3W A; 4NM2 A; 2PFQ A; 1TV9 A; 3H3A A; 4UBC A; 4KLI A; 4FM3 A; 1E9V A; 4JNE A; 1KDH A; 4O67 A; 4DCN C; 2DR8 A; 8ICN A; 9ICN A; 3O3N B; 1BPB A; 7ICQ A; 5J2D A; 2HN2 A; 4K9B A; 4R5I A; 3GDX A; 4K97 A; 4RQ4 A; 3DDF A; 4K9A A; 4ATM A; 2BCS A; 1ZYL A; 4F5P A; 2QKW A; 5HRI A; 4E81 A; 2BPF A; 3CK6 A; 3RV1 A; 2OZN B; 1I4D A; 3T46 A; 3OGU A; 4EED A; 3NWI A; 2F7P A; 9ICM A; 2YL9 A; 4EZZ A; 1ZQQ A; 3DYT A; 1DKX A; 2DR7 A; 4JWE A; 3PML A; 1ZQX A; 1ZQB A; 4AT9 B; 3DPO A; 2ZH1 A; 2FMS A; 4O6A A; 4UB5 A; 3L9D A; 3ISC A; 2C08 A; 4TUR A; 1ZQE A; 4BNE A; 4M9H A; 5HRG A; 4GXK A; 3D4Z A; 3O3M B; 5DB8 A; 3HIY A; 4R65 A; 4NXV A; 2MI7 A; 3ERC C; 1O7D B; 3OWG A; 1BPY A; 3HX0 A; 3WFS C; 3LQC B; 2ZH5 A; 1R34 A; 5J2H A; 2Z0V A; 4FZO A; 4HY9 A; 5BOM A; 2ZH9 A; 2QXL A; 4F5N A; 5J0O A; 3KAW A; 4KLE A; 8ICK A; 1XSP A; 3C7N A; 3BUB A; 5B3Q A; 2EFL A; 4R63 A; 3RH5 A; 3RV0 A; 3L3P A; 4KLG A; 3BUD A; 2BBH A; 3DX2 A; 1OA0 A; 4LEW A; 1OAO A; 5D63 A; 5HR9 A; 4RQ2 A; 4KLS A; 3BVT A; 4FHX A; 4M5D A; 1Y2O A; 4JN4 A; 3LLL A; 1ZQV A; 3RH4 A; 4NXU A; 2JNK A; 3C18 A; 1MJG A; 5DED A; 4I28 A; 2OBM A; 4EZP A; 3H39 A; 3CZS A; 5KBP A; 1U00 A; 4KLT A; 3BLB A; 2O1P A; 2PXI A; 3EJR A; 1HXK A; 1ZQK A; 1ZQP A; 3DX0 A; 4FO6 A; 4UDY X; 4PO2 A; 4JLZ A; 3QNI A; 2M2V A; 4IQT A; 9ICU A; 4E8F A; 9ICT A; 2D4C A; 2X5C A; 2ZHB A; 2LXY A; 1TVA A; 4K4G A; 1TQS A; 8ICR A; 4O5K A; 4P2H A; 3MGI A; 2WYI A; 3D2F A; 2BCQ A; 8ICX A; 3HAJ A; 5J0W A; 5DB7 A; 5B3P A; 1ZQT A; 1TQT A; 4O5E A; 1TQU A; 4YMM A; 2BPC A; 4UB4 A; 4YN4 A; 3ABH A; 4WC1 A; 3V7J A; 7ICF A; 4D8J A; 8ICF A; 9ICI A; 2ZHA A; 4PHE A; 1ZQW A; 2YL6 A; 1JQR A; 4B9Q A; 1MQ2 A; 3JPS A; 8ICV A; 3LMF A; 4TUQ A; 9ICW A; 1LQ7 A; 4X4P A; 2PY6 A; 5J0Q A; 5J0Y A; 5BOL A; 2DRB A; 1UEU A; 1SU7 A; 3MCR A; 4NM1 A; 5D49 A; 5J2C A; 2OW6 A; 2GAF D; 4EBK A; 2DVI A; 4LZD A; 4HR1 B; 4DYL A; 1R8C A; 8ICZ A; 9ICC A; 5HHH A; 4JWI A; 4AZC B; 1YWM A; 7ICL A; 4WBZ A; 4RWQ A; 1I4T A; 1O7D C; 2W9M A; 5FIG A; 3HW8 A; 1SUF A; 9ICV A; 1MIV A; 4YMN A; 4IQV A; 3RJI A; 2DR9 A; 7ICJ A; 4X4S A; 1ZQU A; 3UPQ A; 4LEZ A; 2ALW A; 1KEJ A; 4NY8 A; 5J0R A; 5C5B B; 2Q13 A; 5D62 A; 4PGY A; 2DR5 A; 5J2J A; 2F7O A; 3OV7 A; 5J2E A; 4KLF A; 4R5G A; 4R5J A; 3UIT A; 3QA8 A; 4XJE A; 4QZ9 A; 5DB6 A; 3JPP A; 3EJU A; 4F01 A; 2BE3 A; 4EZX A; 4RQ8 A; 3CZN A; 4R66 A; 1RPL A; 3CKD A; 3I39 X; 2FMQ A; 9ICO A; 2ZH8 A; 4H6H A; 4I29 A; 1GPJ A; 4P4M A; 4AZH A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4KIK B; 3DPO A; 3QNJ A; 4O6A A; 2YIV X; 4EZT A; 3ER9 B; 2YI8 A; 4JWC A; 4EZN A; 4LEV A; 3O3M B; 3O3O B; 1GNT A; 2OBL A; 3K7D A; 4JLX A; 4NXV A; 3ERC C; 4OAH A; 4WQK A; 3PHZ A; 5CHE A; 3OWG A; 3B51 X; 4NXT A; 4HY9 A; 2QXL A; 4OAF A; 3KAW A; 3ZED A; 4G6Q A; 3DPP A; 3NKU A; 3C7N A; 5B3Q A; 2YIA A; 2B56 A; 4UDX X; 3RV0 A; 4WH5 A; 3T47 A; 1OA0 A; 4LEW A; 1OAO A; 4IW0 A; 4EZU A; 4OAI Z; 5D63 A; 1GN9 A; 4JN4 A; 4NXU A; 4K8V A; 4KM5 A; 2ND0 A; 1MJG A; 2OBM A; 3KDR A; 4IWP A; 3L3O M; 1OA1 A; 3I04 A; 4EZP A; 2B51 A; 3T4A G; 1U00 A; 4WOY A; 4OAG A; 4IWQ A; 5FLE X; 4UDY X; 5E84 A; 3D2E A; 4PO2 A; 4JLZ A; 2YIB A; 4WQL A; 3FD9 A; 3F7W A; 2RT6 A; 2X5C A; 4JWD A; 4EZW A; 4FO1 A; 2EWF A; 3GI7 A; 5CFT A; 1DKY A; 3D2F A; 4O69 A; 3VKH A; 4IWO A; 5TKY A; 4EZV A; 1UPX A; 4HX0 A; 3OHX M; 1W9M A; 3DPQ A; 4O68 A; 5B3P A; 2YI9 A; 4IM2 A; 4MKP A; 4R5K A; 2FCL A; 2JNS A; 4JLC A; 2LM0 A; 4EZY A; 2ND1 A; 2B4V A; 3EF2 A; 4D8J A; 1SU8 A; 2NCZ A; 2KHO A; 2QFF A; 4HR1 A; 5D61 A; 3B53 X; 5CFU A; 4B9Q A; 4KIK A; 3LMF A; 4K99 A; 1GNL A; 3VEB A; 2PY6 A; 3MCR A; 1SU7 A; 2IHO A; 5CFS A; 1SU6 A; 4N7R A; 3B52 X; 2GAF D; 4JNF A; 4HR1 B; 4H6I A; 4F00 A; 4EZS A; 1JQK A; 3I01 A; 3T48 A; 4EZQ A; 4K96 A; 4JWI A; 2WIN M; 4EZR A; 4IM0 A; 3KAV A; 5FIG A; 1SUF A; 4M0M A; 3T49 A; 1DKZ A; 2EWR A; 4FM3 A; 1E9V A; 4JNE A; 4O67 A; 4LEZ A; 3O3N B; 2N3K A; 1E2U A; 4EZO A; 4K9B A; 2EX3 B; 2GA9 D; 4R5L A; 4R5I A; 5D62 A; 4K97 A; 4KB6 A; 4K9A A; 3A98 A; 1ZYL A; 3ER8 C; 4E81 A; 4K98 A; 4HYB A; 4R5J A; 4R5G A; 3UIT A; 3QA8 A; 4XJE A; 3RV1 A; 1E1D A; 3VEA A; 4LEY A; 4F01 A; 3T46 A; 4EZX A; 4NXW A; 4NXX A; 4E3C A; 3I39 X; 4EZZ A; 4H6H A; 4JL9 A; 1DKX A; 4IM3 A; 1GPJ A; 4JWE A; 4NPH A; 2Z8Y A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
