The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
124
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sequence length |
441
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structure length |
441
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Chain Sequence |
KPVFSEVTVHDPSIIKANGTYYVFGSHLASAKSTDLMNWTQISSSVHDGNPLIPNVYEELKETFEWAESDTLWAPDVTQLEDGKFYMYYNACRGDSPRSALGLAVADDIEGPYKNKGIFLKSGMDGISNDGTPYDATKHPNVVDPHTFFDQNGKLWMVYGSYSGGIFILEMDKKTGFPLPGQGYGKKLIGGNHSRIEGAYILYHPETQYYYLYMSFGGLAADGGYNIRVARSKNPDGPYYDAEGHAMIDVRGKEGTLFDDRSIEPYGVKLMGNFSFNNKNGYVSPGHNSAFYDEKSGKSYLIFHTRFPGRGEEHEVRVHQLLMNKQGWPVVAPHRYAGEKLEKVKKSDVIGDYELVRHGKDISADIKESKEIRLNQNGKITGAVAGTWKNTGHNKIELKIDGKTYDGVFLRQWDAASERKVMTFSALSREGDAVWGSSLKR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the glycoside hydrolase, family 43 YxiA protein from Bacillus licheniformis.
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Bacillus licheniformis
|
| molecule keywords |
Glycoside hydrolase YxiA
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| total genus |
124
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| structure length |
441
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| sequence length |
441
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-02-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04616 | Glyco_hydro_43 | Glycosyl hydrolases family 43 |
| A | PF16369 | GH43_C | C-terminal lipocalin-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin | ||
| Mainly Beta | 5 Propeller | Tachylectin-2; Chain A | Glycosyl hydrolase domain; family 43 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ADD A; 3WPZ A; 3OM4 A; 1GYD B; 2YFS A; 2QQV A; 3C2U A; 4COT A; 3QZ4 A; 3NQH A; 4N2R A; 1VKD A; 1OYG A; 5GLQ A; 5FKC A; 3C7G A; 3VSR A; 4N1I A; 3VSF A; 3LIH A; 5AYC A; 5JOZ A; 3C7H A; 1YIF A; 5GLR A; 4AK6 A; 2AC1 A; 3LIG A; 5AY9 A; 5FMC A; 2YFR A; 3U75 A; 3AKF A; 3SC7 X; 2B4W A; 4U6B A; 3BYJ A; 3CU9 A; 5GLP A; 3WAT A; 1UV4 A; 4D47 A; 4O8P A; 3AKH A; 4N2Z A; 5B6S A; 1SMP I; 3BYN A; 3WN1 A; 3LV4 A; 3QEF A; 4FFF A; 5GLK A; 2VDT A; 2RN4 A; 1Y4W A; 5JOW A; 4KCB A; 2AEY A; 4FFG A; 4FFI A; 5JOX A; 2EXK A; 3WAS A; 1W2T A; 4QQS A; 3VT1 A; 5FLW A; 3WN2 A; 1WL7 A; 3U14 A; 4UDJ A; 3WMY A; 4EQV A; 3ZXL A; 3R4Y A; 2YFT A; 5JOY A; 3ZXJ A; 3WMZ A; 5FK8 A; 5GLM A; 2X8T A; 4PVA A; 3PIJ A; 3VT2 A; 4AK7 A; 2X8F A; 4O8N A; 5ANN A; 4UDK A; 3RWK X; 2OXB A; 1ST8 A; 4PVI A; 5FMD A; 3VSS A; 3BYK A; 3KF3 A; 3QED A; 3OM2 A; 3PIG A; 4O8O A; 2XQR A; 5GLO A; 3UGH A; 3D61 A; 3LDK A; 3OM5 A; 4MLG A; 5GLL A; 3ZXK A; 1Y9M A; 3OM7 A; 1GYE B; 4KMI A; 4KC8 A; 5B6T A; 3VSZ A; 3WPV A; 3P2N A; 3WN0 A; 3KST A; 4U6D A; 3C7E A; 2X8S A; 3LF7 A; 5FMB A; 5AYD A; 3KF5 A; 3LEM A; 3TAW A; 5FKB A; 3K1U A; 4AK5 A; 5C0P A; 1PT2 A; 3R67 A; 2AEZ A; 3C7F A; 3OM6 A; 5FK7 A; 1GYH A; 2EXI A; 3R4Z A; 4N4B A; 5A8C A; 3LFI A; 3D60 A; 4UDK E; 3D5Z A; 4KC7 A; 3WPY A; 1YI7 A; 2EXJ A; 1YRZ A; 1JIW I; 2QQW A; 3AKI A; 5A7V A; 3WPU A; 2QQU A; 3C7O A; 1UYP A; 3VT0 A; 4NOV A; 5FIX A; 3UGG A; 4ONZ A; 1W18 A; 5AYE A; 4KCA A; 2EXH A; 3BYL A; 4UDI A; 5GLN A; 3LDR A; 5A7V B; 5A8D A; 3AKG A; 1Y7B A; 3D5Y A; 2ADE A; 4UDG A; 3UGF A; 3WAU A; 4FFH A; 1Y9G A; 3QEE A; 3QC2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A8G A; 1K3B A; 2R56 A; 2IZB A; 4O9S A; 4PSQ A; 1BSO A; 2M4L A; 3BU1 A; 4AZO A; 1FEM A; 2RTG B; 1IFC A; 3VSR A; 1SWP A; 1STS B; 4YBU A; 4QGW A; 1DZP A; 2JU7 A; 3WJE A; 2IZF B; 4FBO A; 4XMH A; 4TKB A; 1A57 A; 5GLK A; 3F8A A; 2AH7 X; 1I9H A; 4BX7 B; 2DJF A; 2HKD A; 3PPT A; 4WBK A; 1W2T A; 3U14 A; 1NQM A; 1OBU A; 1ZRY A; 3FEL A; 3KQ0 A; 2KW1 A; 1VWA B; 2QOM A; 4QNI A; 1U18 A; 2ACP X; 4OEL A; 3LDK A; 4MLG A; 3JQO A; 3NPO A; 1RBP A; 4ZCB A; 3T6L A; 1VWR B; 3TGC A; 1L6M A; 3C7E A; 4UU3 A; 1GT1 A; 1DF3 A; 4DQ4 A; 2EXI A; 4UDK E; 2XST A; 4YCH A; 1WBI A; 1VWN B; 5F1E A; 3WZO A; 2NNE A; 4QGV A; 4MVE A; 2X56 A; 4UDG A; 4FFH A; 1DZM A; 1SRE A; 4YKM A; 1GT3 A; 1BRQ A; 2MWH A; 3C2U A; 4A1Y A; 2G7B A; 3BLG A; 5GLQ A; 2L67 A; 4HPD A; 2CM9 A; 4YMY A; 1SWA A; 2HZR A; 5CSE A; 3WAT A; 4O3W A; 3D95 A; 5B6S A; 1ZNG A; 1MEP A; 3KFI A; 3E3C A; 1JMX A; 3QEF A; 4ZJ0 A; 1G5W A; 3BS2 A; 4Y5D A; 3DSZ A; 3Q6L A; 5F2B A; 3WMY A; 3EMM A; 3F9D A; 4NYQ A; 3WJD A; 1E02 A; 4OS0 A; 1NGL A; 1STP A; 3P02 A; 3FIQ A; 2ACO A; 4GD9 A; 3TZS A; 1VPR A; 4GET A; 4DNE A; 3O2Y A; 2OL8 O; 2IZE B; 1GKA A; 3LEM A; 2KT4 B; 1PTS A; 4AK5 A; 1ALB A; 3R67 A; 3I17 A; 4CPF A; 1IFB A; 3C77 X; 2CZU A; 1CBI A; 1GX3 A; 5A7V A; 4O3Z A; 2CBR A; 1UYP A; 4CPE A; 1BBP A; 1FDQ A; 1VYF A; 1AB0 A; 2OFB A; 3KVN A; 4KCA A; 5CE4 A; 2VDF A; 1SWR A; 3NP1 A; 2FR2 A; 2RTP B; 3PED A; 2OY7 A; 1MX7 A; 5FQ7 E; 2OF8 A; 5L8O A; 1U0X A; 1SWH A; 5KID A; 3APV A; 3C7G A; 3C7H A; 1SWQ A; 4AK6 A; 1N9Y A; 4GE1 A; 3RY2 A; 5LJH A; 1UV4 A; 4D47 A; 4XMG A; 3STM X; 1EAL A; 3HWE A; 3C78 X; 1Z24 A; 3P24 A; 4ODD A; 4KCB A; 4FFG A; 1Y52 X; 3ZI8 A; 3S60 A; 3FEN A; 4PVA A; 2RQ0 A; 3O19 A; 4XMD A; 4EKV A; 4QRL A; 4AK7 A; 3FDC A; 4O8N A; 2MM3 A; 2MO5 A; 1OBP A; 1SWK A; 4IMO A; 3KF3 A; 5HTE A; 3VE1 A; 4U8U M; 4ZHD A; 3ZXK A; 3JSQ A; 3SAO A; 1UYO X; 3EBW A; 3CKG A; 1OEJ A; 4GRJ A; 1EPB A; 3LF7 A; 1HXL A; 2Z4H A; 4CDF A; 1G85 A; 2AT3 X; 2JU3 A; 1GKA B; 3MX7 A; 4Y0S A; 2WR6 A; 4I6S A; 2AVI A; 2JW1 A; 1O8V A; 4YVB A; 2Y32 A; 3B2J A; 3EW2 A; 3VHM A; 2OFM X; 3BX7 A; 4AZR A; 2W2F A; 4NV8 A; 1QY2 A; 1DC9 A; 4NNS A; 4ID2 A; 4ORS A; 3ZW1 B; 5A7V B; 2NP1 A; 3B2I A; 2R73 A; 3UGF A; 1O1V A; 3QEE A; 2A3F X; 3T6F A; 4LKP A; 2FS6 A; 1EW3 A; 4I95 A; 1LDO A; 1NDJ A; 1X8U A; 1VWL B; 3DTQ A; 1LKE A; 2QQV A; 3FID A; 3ZWE A; 3FR5 A; 1IJ8 A; 2UZ2 A; 1VKD A; 1HY2 A; 4B55 A; 1E2T A; 4MVK A; 3HWG A; 4NV7 A; 2FWV A; 2AC1 A; 3ELZ A; 5FQ6 E; 1DZK A; 3BX8 A; 4U6B A; 3PEC A; 2RTB B; 2AT6 X; 4WFU A; 5IRA A; 3SZJ A; 2OL6 O; 2VDT A; 3BU9 A; 1JYD A; 1DF8 A; 4MEE A; 1WL7 A; 4L3R A; 1SRI A; 1LIC A; 3P6F A; 1QY1 A; 1SXW A; 4N7D A; 3T2X A; 1R0U A; 5AJB A; 3WMZ A; 3NAD A; 2C1S A; 2YMS A; 1BSQ A; 2A13 A; 4BX6 B; 3SLT A; 5H9K A; 1LCV A; 3VE2 A; 1G7N A; 5B10 O; 5HA1 A; 2RTO B; 1FEN A; 5GLO A; 2FKG A; 1VWE B; 4YDB A; 1SWG A; 3WN0 A; 5F58 A; 5D45 A; 4Z27 A; 1H91 A; 3AUM O; 4ZHH A; 1PT2 A; 4YDA A; 3FYF A; 1ICN A; 5A8C A; 4GJV A; 4I3C A; 2YG2 A; 4YGZ A; 1KT7 A; 3RE5 A; 2QOS C; 5D4A A; 1OBQ A; 3RY1 A; 3V8U A; 1KT6 A; 2AMM X; 3VT0 A; 4O4O A; 1VWI B; 4UDI A; 4JGL A; 4Y0Q A; 3D5Y A; 1KQW A; 4CPH A; 2X32 A; 2GH7 A; 1ZNK A; 4Y0P A; 4YGH A; 3Q34 A; 1A3Y A; 2HMB A; 5B5G A; 1DZJ A; 1GYD B; 2YFS A; 3D4R A; 1ZNH A; 1TOU A; 3RDQ A; 2WPU A; 4M6S A; 4N2R A; 1SRH A; 4MVI A; 2OVA A; 1HMR A; 5LJC A; 1B0O A; 3ZQ3 A; 2CZT A; 4GNY A; 2Q2P A; 3CU9 A; 4DQ3 A; 2G79 A; 3NQ3 A; 4O8P A; 5HA0 A; 5FEN A; 3P6G A; 5AEO A; 2QMI A; 4I9S A; 1B4M A; 1D2U A; 2MF6 A; 3TGB A; 1E06 A; 1QY0 A; 3AEH A; 1SLF B; 5FMD A; 1STR B; 3IFB A; 3VHH A; 1PEE A; 3WZP A; 2Y3E A; 2A2U A; 4IAX A; 3RKG A; 3WVM A; 1WUB A; 4JNJ A; 4U6D A; 2X8S A; 5AYD A; 1ERX A; 3WJF A; 2IZL B; 4YFP A; 5DPQ A; 5C0P A; 3FR2 A; 3OM6 A; 4ES7 A; 3I0A A; 3WYP A; 3R4Z A; 4KC7 A; 4TLJ A; 5EDB A; 4IB8 A; 2AKQ A; 3BDR A; 1SWO A; 2QQW A; 4O3Y A; 3VG4 A; 1TVQ A; 1SWJ A; 4ORR A; 4ZHG A; 5FIX A; 4GGT A; 1ML7 A; 5GLN A; 1O1U A; 5IO7 A; 3WYQ A; 4OMW A; 3QC2 A; 1T8V A; 2WQ9 A; 4I3B A; 5HZQ A; 4CPH B; 4I60 A; 4FGI B; 4QQ1 A; 4A8Z A; 1ZNE A; 2KTD A; 3L4R A; 1SWL A; 2HNX A; 2F73 A; 1AEL A; 5H9N A; 1JJU A; 5HTD A; 1G74 A; 1EUO A; 1SWE A; 1RXK A; 2I5Z O; 4YH0 A; 1NC9 A; 1QQS A; 4XME A; 5D48 A; 3VG5 A; 1HXZ A; 2WEX A; 4FFF A; 3G7X A; 5LJE A; 1LID A; 2AEY A; 4U8U N; 3UEW A; 3P6E A; 5CYB A; 1NBX A; 5GLM A; 2X8T A; 3PIJ A; 2GTL O; 1RSU B; 2KTS A; 4ZGU A; 1VWM B; 5HWZ A; 3BYK A; 4TQ2 A; 4Z2V A; 1SWT A; 1W6F A; 2Z4I A; 1GYE B; 3MG5 A; 1YIV A; 4AYH A; 3QQ2 A; 3K1U A; 4FBV A; 3RDU A; 3C7F A; 4GGZ A; 3D5Z A; 1GGL A; 5LJB A; 1KT5 A; 4KT5 A; 2ZAG A; 2IZG B; 3TGA A; 2L68 A; 5F7G A; 5HCC C; 5BYP A; 3NQH A; 2ZAI A; 1SY2 A; 1URE A; 3PQU A; 5B29 A; 3CBC A; 4AZM A; 3EYC A; 5AY9 A; 3VU1 A; 3U75 A; 1D3S A; 1JV4 A; 5JD2 A; 1ICM A; 1SMP I; 3UEX A; 3MM0 A; 1FTP A; 3N91 A; 3VGW A; 4JO6 A; 4YFR A; 2L5P A; 2GTF X; 5JOX A; 5HZ8 A; 3WN2 A; 1QG5 A; 1SWC A; 3PDF A; 1HQP A; 3OJY C; 3EBK A; 1VYG A; 2Y3F A; 4ARH A; 2X45 A; 3WZQ A; 2OXB A; 1VWP B; 1BLR A; 1PBY A; 3OM2 A; 4EXZ A; 1GX8 A; 1VWQ B; 2RTD B; 4A1H A; 4IB6 A; 3NBX X; 4IB9 A; 1VWK B; 2FT9 A; 3TAW A; 1GT5 A; 2ANS A; 1IW2 A; 3ZUO A; 3B2L A; 4ORW A; 4CDE A; 3WPY A; 4HPC A; 2EXJ A; 5JR8 A; 2E4J A; 1JIW I; 4QZT A; 1W18 A; 3LDR A; 1Y7B A; 1YWA A; 1FE3 A; 5IO5 A; 1SLG B; 1KQX A; 2FS7 A; 1NP1 A; 2WEW A; 1BSY A; 3PH6 A; 4BCS A; 1A18 A; 4HWM A; 1KT4 A; 4OEM A; 3RE6 A; 4GK9 A; 1PBO A; 3CBS A; 3P6C A; 4GKC A; 2YFR A; 2B4W A; 1MUP A; 1SWN A; 3OD9 A; 1JYJ A; 3AKH A; 3WOV A; 3CR6 A; 4IB7 A; 1CBQ A; 3VPJ E; 2JMB A; 3SZH A; 4CDC A; 4QQS A; 3VT1 A; 3RSW A; 3MVF A; 1HN2 A; 2QM9 A; 3R4Y A; 4XMF A; 2RTM A; 4YCE A; 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