The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
129
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sequence length |
492
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structure length |
485
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Chain Sequence |
VRGFYLRFGEGVSEEANRRALALAEALLRAPPPGLLDAVPAYGVLYLEYDPRRLSRGRLLRLLKGLPRVVEIPVRYDGEDLPEVASRLGLSLEAVKALHQKPLYRVYALGFTPGFPFLAEVEPALRLPRKPHPRPRVPAHAVAVAGVQTGIYPLPSPGGWNLLGTSLVAVYDPHRETPFLLRPGDRVRFLEAEGPTPPEPRPLELLPEEPRLPALLVEEPGLMDLVVDGGRFLGGHLGLARSGPLDAPSARLANRLVGNGAGAPLLEFAYKGPVLTALRDLVAAFAGYGFVALLEGEEIPPGQSFLWPRGKTLRFRPRGPGVRGYLAVAGGLEVRPFLGSASPDLRGRIGRPLWAGDVLGLEALRPVRPGRAFPQRPLPEAFRLRLLPGPQFAGEAFRALCSGPFRVARADRVGVELLGPEVPGGEGLSEPTPLGGVQVPPSGRPLVLLADKGSLGGYAKPALVDPRDLWLLGQARPGVEIHFTS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of TTHA0988 from Thermus thermophilus, a KipI-KipA homologue incorrectly annotated as an allophanate hydrolase
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Thermus thermophilus
|
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein TTHA0988
|
| total genus |
129
|
| structure length |
485
|
| sequence length |
492
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-08-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02626 | CT_A_B | Carboxyltransferase domain, subdomain A and B |
| A | PF02682 | CT_C_D | Carboxyltransferase domain, subdomain C and D |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Cyclophilin | Cyclophilin-like | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Cyclophilin | Cyclophilin-like | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Gyrase A; domain 2 | Gyrase A; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BGW A; 4N1M A; 5LUD A; 4IPZ A; 4TOT A; 4J59 A; 2MZU A; 1XO7 A; 3O7T A; 4YUP A; 2OJU A; 1B4B A; 4YUL A; 2X2A A; 2OSE A; 1E3B A; 1EK8 A; 4S1E A; 1QNH A; 5KV4 A; 1CWM A; 1XXA A; 1X7F A; 2HQJ A; 1A33 A; 2K7N A; 4EYV A; 4YUK A; 5CCQ A; 2WFJ A; 1XXB A; 3R59 A; 1NMK A; 4YUI A; 3BKP A; 4YUN A; 1CWH A; 3RDC A; 1QNG A; 3RCK X; 2C3B A; 1WIH A; 1CWF A; 4S1J A; 1ZKC A; 1MZW A; 4JCP A; 5KUW A; 5CYH A; 1AWU A; 3K0R A; 2XCO A; 2X2C K; 2X2D B; 4ZSD A; 3S6M A; 1AWV A; 4N1S A; 3RD9 X; 5KUN A; 3ICH A; 1DYW A; 4N1Q A; 5KUO A; 5JHE A; 3VA7 A; 2RGR A; 2N0T A; 3ICI A; 4E1Q A; 4N1R A; 1BCK A; 3T1U A; 4GFQ A; 5F66 A; 3K0M A; 4N1O A; 3QYU A; 1CWK A; 4DGD A; 1BJT A; 2RMA A; 5KV3 A; 4HY7 A; 5KV1 A; 1AK4 A; 3FOE A; 2Z6W A; 1E8K A; 4G0U A; 2X7K A; 1A58 A; 5CBU A; 1IS1 A; 5A0E A; 5CCS X; 4YUJ A; 1CWL A; 5KV6 A; 4J3N A; 1M9C A; 3PMP A; 1WQG A; 1J2A A; 1IST A; 5KUU A; 4KDD A; 1V9T A; 1AWS A; 3L4J A; 1ISE A; 1VBS A; 1CWB A; 5KV5 A; 2XGY B; 4DGC A; 1C5F A; 3CAG A; 2HAQ A; 3ODL A; 1CYN A; 4ZSC A; 1VBT A; 4DDQ A; 2CMT A; 2P5M A; 4O8I A; 1OCA A; 4DGA A; 4O8H A; 3CYH A; 4R3E A; 1M9Y A; 3L4K A; 4FRV A; 2B71 A; 3V4G A; 3BO7 A; 3R54 A; 4G0V A; 2MVZ A; 1MF8 C; 5KUL A; 1AWT A; 2CK1 A; 2POE A; 2HQ6 A; 4DGB A; 1M9X A; 4I9Y A; 3RFY A; 2R99 A; 3RDB A; 5CCN A; 3LAJ A; 1YND A; 1CWO A; 3EOV A; 3K0P A; 4KC6 A; 1M63 C; 4J5A X; 3RCI X; 2ZFZ A; 3ODI A; 1AWR A; 1W8V A; 2CYH A; 2HE9 A; 5KUS A; 3CYS A; 1FGL A; 2BIU X; 2MS4 A; 2XCR B; 4G0W A; 3K0Q A; 2QER A; 5KV7 A; 2Y3P A; 3ERE D; 5JVO A; 1RMH A; 5CCR A; 1W74 A; 5CBW A; 2OK3 A; 4YUH A; 1Z81 A; 3LAP A; 4KB2 A; 5KUQ A; 2X25 B; 2ALF A; 3R57 A; 4J5D X; 4N1N A; 3BUE A; 3FHZ A; 4YUM A; 1ZKF A; 3OEP A; 5CBT A; 4KAW X; 3RCG A; 2PLU A; 4J5E X; 2POY A; 3ORE A; 1IHG A; 3FOF A; 2X83 B; 3LPX A; 3RDA X; 3R49 A; 2NUL A; 4KB4 A; 4R3F A; 1CLH A; 3NUH A; 2PHC B; 1ZVU A; 4YUG A; 1DD5 A; 4LQW A; 3RCL A; 1H0P A; 2RMC A; 1GE9 A; 5KUZ A; 5KV2 A; 2ZP2 A; 2RS4 A; 1MIK A; 4DGE A; 1VAI A; 2FU0 A; 2XCQ A; 4FM9 A; 5KUV A; 5DUD A; 1B4A A; 5CBV A; 2WLW A; 4CYH A; 2IGV A; 4N1P A; 4XNC A; 1VDN A; 5KUR A; 4YUO A; 1WQF A; 4JJM A; 2CPL A; 1AWQ A; 3RDD A; 1W8L A; 1CWA A; 2IGW A; 2KWA A; 1XWN A; 1XXC A; 3MML B; 1WQH A; 1IIP A; 2A2N A; 3JB9 d; 1F9N A; 3RCF A; 1LOP A; 3R4G A; 1W8M A; 2CFE A; 2BIT X; 3MML A; 2P0O A; 1M9D A; 1EH1 A; 1CWJ A; 3OPF A; 1ZMF A; 3QX3 A; 1XYH A; 1QOI A; 4J5B A; 3K0O A; 3BT8 A; 3R56 A; 1AB4 A; 5KV0 A; 1CWI A; 2ESL A; 1M9F A; 2GW2 A; 2WFI A; 5CJ9 A; 3K2C A; 4J5C X; 1XQ7 A; 3UCH A; 4FRU A; 1M9E A; 4J58 A; 2MC9 A; 3K0N A; 2RMB A; 1CWC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S16 K; 1BGW A; 3EQL A; 4KAT A; 5IYD C; 3GTO K; 3GDZ A; 2E2I K; 2NVQ K; 3X27 A; 1TWH K; 4QIW D; 4N1M A; 1TWC C; 4C3I K; 5LUD A; 4IPZ A; 2WB1 L; 1IE0 A; 4Q5S A; 2BE5 A; 4A3M C; 2ZUE A; 4TOT A; 3GTG C; 4J59 A; 1TWF A; 2MZU A; 1XO7 A; 3O7T A; 2V6T A; 4YUP A; 4XLN A; 4GTD A; 4A3C C; 3CQZ C; 2OJU A; 1B4B A; 3GTJ A; 1EFW A; 4YUL A; 2X2A A; 4C3J C; 2OSE A; 2YU9 K; 1E3B A; 2NVT K; 1EK8 A; 4S1E A; 5IYC K; 3S1Q C; 4LK0 A; 4KMH A; 3GTQ A; 1O2A A; 1ZYR A; 1QNH A; 3DXJ A; 5KV4 A; 3GTM A; 4BY7 K; 1O2B A; 4GTL A; 5IP7 C; 1CWM A; 1XXA A; 3A8K A; 1X7F A; 3PO2 K; 2HQJ A; 1XPP A; 3GTK A; 3S1N C; 2NVY C; 1A33 A; 3S15 C; 2K7N A; 2W7V A; 4A93 K; 1WOO A; 1EI6 A; 3BP3 A; 1WOP A; 3HOZ K; 3S16 C; 3GTO C; 4LJZ A; 4EYV A; 4YUK A; 5CCQ A; 1O29 A; 1YX2 A; 4KAR A; 2WFJ A; 1TWH C; 1XXB A; 2E2I C; 2NVQ C; 4G7O A; 4C3I C; 4A3D K; 3R59 A; 1NMK A; 4YUI A; 4XLP A; 1ZX8 A; 2KA0 A; 3N0C A; 3GTG A; 2FQO A; 3BKP A; 4OIP A; 4YUN A; 1CWH A; 3RDC A; 1WCM C; 1QNG A; 3CQZ A; 3RCK X; 4YFK A; 3S1M K; 4Y52 K; 2JA5 K; 3S2H K; 1O27 A; 4P9S A; 4BY1 K; 2C3B A; 3PO3 K; 1WIH A; 4BLA A; 2Y0S D; 2YU9 C; 1CWF A; 4S1J A; 1HI9 A; 2NVT C; 1ZKC A; 1MZW A; 5IYC C; 1SFO K; 4MEX A; 4JCP A; 2JA8 K; 5KUW A; 4A3J K; 3S17 K; 5CYH A; 4BY7 C; 1AWU A; 3K0R A; 2PA8 L; 2XCO A; 2X2C K; 1O24 A; 2X2D B; 2V6U A; 3I4N K; 4ZSD A; 3S6M A; 3K7A K; 2NVY A; 1AWV A; 4N1S A; 3PO2 C; 4C2M K; 3RD9 X; 5EGH A; 5KUN A; 1Y1V K; 4YG2 A; 3ICH A; 4A93 C; 3GTO A; 5TJ3 A; 1DYW A; 3HOZ C; 1TWH A; 4N1Q A; 3I4M K; 4KM9 A; 5FLM K; 1PJ5 A; 5KUO A; 5JHE A; 3VA7 A; 4A3D C; 4PAB A; 2RGR A; 2N0T A; 3ICI A; 4P5A A; 4E1Q A; 4N1R A; 1BCK A; 4A3F K; 3T1U A; 2NVX K; 3GTL K; 1JOE A; 4GFQ A; 1JVI A; 5F66 A; 1BS2 A; 1C0A A; 3S1M C; 3K0M A; 4BKW A; 4Y52 C; 1VJE A; 4N1O A; 2JA5 C; 4OIQ A; 3S2H C; 3S0X A; 3QYU A; 4G7H A; 4BY1 C; 1CWK A; 2R92 K; 2WAQ D; 3PO3 C; 4DGD A; 1BJT A; 1J6X A; 2RMA A; 2E2H K; 5KV3 A; 4HY7 A; 1WOR A; 5KV1 A; 1AK4 A; 4KMD A; 3GTP K; 3FOE A; 2Z6W A; 1O26 A; 1E8K A; 5TMF A; 3HXA A; 2X7K A; 1SFO C; 4G0U A; 2PMZ D; 1A58 A; 2JA8 C; 4A3J C; 3HOW K; 5CBU A; 3S17 C; 1IS1 A; 1J6V A; 3I4N C; 5A0E A; 3T00 A; 1Y1W C; 3K7A C; 1O25 A; 1YNJ A; 4C2M C; 5C4X K; 1Y1V C; 1IL2 A; 1USO A; 5CCS X; 2WB1 D; 4YUJ A; 1CWL A; 3I4M C; 5KV6 A; 4J3N A; 5FLM C; 1K83 K; 1XZQ B; 1M9C A; 3PMP A; 1SMY A; 1TWG A; 1WQG A; 1J2A A; 1IST A; 5KUU A; 4KDD A; 5E68 A; 3N3Y A; 1XZP B; 4A3F C; 4BXX K; 5L46 A; 2NVX C; 3SZZ A; 1V9T A; 2EBB A; 3GTL C; 1AWS A; 1WCM K; 2JA7 K; 2JA5 A; 3L4J A; 1ISE A; 4LR2 A; 1VBS A; 1F7U A; 1CWB A; 1V5V A; 4OIR A; 4GZY A; 1DCH A; 5KV5 A; 3H3V L; 2ZUF A; 2R92 C; 2XGY B; 4DGC A; 1R9T K; 4QJV A; 1XZQ A; 1C5F A; 2E2H C; 1J98 A; 3CAG A; 3GTP C; 2HAQ A; 1XZP A; 1TWA K; 3TTG A; 3ODL A; 1CYN A; 4ZSC A; 1I3Q A; 3GEE A; 1VBT A; 3HOW C; 4DDQ A; 2CMT A; 2P5M A; 4O8I A; 1OCA A; 4DGA A; 4GTB A; 3HOX K; 4O8H A; 3S14 K; 3CYH A; 4R3E A; 2A6H A; 5C4X C; 1M9Y A; 2VUM A; 1PJ6 A; 4Q4Z A; 3L4K A; 4FRV A; 2B71 A; 3V4G A; 1IBA A; 3HKZ L; 3BO7 A; 1TWC A; 4C3H K; 1K83 C; 1VGX A; 3R54 A; 4G0V A; 2MVZ A; 1MF8 C; 5C44 K; 3AH5 A; 4A3B K; 5KUL A; 1AWT A; 2CK1 A; 4A3I K; 2POE A; 2NVX A; 2HQ6 A; 4DGB A; 4M1X A; 5C4J K; 1M9X A; 4BXX C; 3H0G K; 2JA7 C; 3GEI A; 4O2D A; 2RH6 A; 4I9Y A; 3RFY A; 4KN7 A; 2R92 A; 2R99 A; 3RDB A; 5CCN A; 4PAA A; 5IYB K; 1R9T C; 3GTP A; 3JST A; 4LK1 A; 2PA8 D; 3IPJ A; 4A3L K; 4KN4 A; 3LAJ A; 4XSX A; 1IQ0 A; 5TMC A; 4FZB A; 4KAS A; 1YND A; 1TWA C; 1CWO A; 1RU0 A; 3A8I A; 3EOV A; 3K0P A; 4KC6 A; 1ZBS A; 5M5W K; 1M63 C; 5C3E K; 1Y1W K; 1TWF K; 4OIN A; 3HOX C; 3S14 C; 4J5A X; 3RCI X; 5M3F K; 2ZFZ A; 1F93 A; 4BLB A; 1USM A; 3TFH A; 2E2I A; 1K83 A; 3ODI A; 4GT9 A; 1G51 A; 1AWR A; 1W8V A; 2CYH A; 1O2F B; 4C3H C; 2HE9 A; 5KUS A; 2B63 K; 3CYS A; 1FGL A; 2BIU X; 2MS4 A; 3Q3Q A; 4GTF A; 5C44 C; 2XCR B; 4A3I C; 4G0W A; 4A3B C; 5M3M K; 3K0Q A; 2QER A; 1WCM A; 2JA7 A; 5C4J C; 1WSR A; 3H0G C; 5KV7 A; 3S1R K; 2Y3P A; 1WSV A; 3GTK K; 3ERE D; 5JVO A; 2YU9 A; 1RMH A; 5EGE A; 2V6S A; 5IYB C; 5CCR A; 4A3L C; 1W74 A; 1TWA A; 5CBW A; 3HOY K; 2FQT A; 4G7Z A; 2OK3 A; 3S2D K; 2CFA A; 2A69 A; 4YUH A; 5C3E C; 1Z81 A; 3LAP A; 4KB2 A; 1TWF C; 3M3Y C; 2D6F C; 4WJ4 A; 1VRQ C; 3AQP A; 5KUQ A; 3BP8 C; 4KM8 A; 2X25 B; 2ALF A; 3R57 A; 2JH3 A; 3GSI A; 4J5D X; 4N1N A; 3BUE A; 4MEY A; 1O28 A; 3FHZ A; 4YUM A; 1EQR A; 1ZKF A; 4QJV B; 4GTC A; 2CW0 A; 3OEP A; 2B63 C; 5CBT A; 2WAQ L; 1IW7 A; 1ZXO A; 4KAW X; 3RCG A; 4GTE A; 2PLU A; 4J5E X; 1JQW A; 3H3V D; 2POY A; 2A68 A; 3ORE A; 1IHG A; 4P5B A; 3RZD K; 3FKI K; 3FOF A; 2PMZ L; 4AYB L; 3S1R C; 4C45 A; 2X83 B; 3LPX A; 3GTK C; 2R93 K; 1BDF A; 1L0W A; 4BBR K; 3RDA X; 3R49 A; 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