The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
316
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structure length |
316
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Chain Sequence |
KNSVSVDLPGSMKVLVSKSSNADGKYDLIATVDALELSGTSDKNNGSGVLEGVKADASKVKLTISDDLGQTTLEVFKSDGSTLVSKKVTSKDKSSTYELFNEKGELSLKYITRADKSSTYELFNEKGELSLKYITRADKSSTYELFNEKGELSEKKITRADKSSTYELFNEKGELSLKYITRADGTRLEYTGIKSDGSGKAKEVLKGYVLEGTLTAEKTTLVVKEGTVTLSKNISKSGEVSVELNDTDSSAATKKTAAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTSSNTITVQQYDSNGTSLEGSAVEITKLDEIKNALK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular mechanism of thioflavin-T binding to the surface of beta-rich peptide self-assemblies
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Outer Surface Protein A
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| molecule tags |
Membrane protein
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| source organism |
Borrelia burgdorferi
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| total genus |
66
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| structure length |
316
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| sequence length |
316
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00820 | Lipoprotein_1 | Borrelia lipoprotein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | C1 set domains (antibody constant domain-like) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Outer Surface Protein A; domain 3 | Outer Surface Protein A; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Outer Surface Protein A; domain 3 | Outer Surface Protein A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OY8 A; 2OL6 O; 2G8C O; 2FKJ A; 3CKF A; 5B11 O; 5B3M O; 5B2A O; 2OYB O; 3AUM O; 1OSP O; 1RJL C; 3CKG A; 2HKD A; 2I5V O; 2PI3 O; 2OL7 A; 3EC5 A; 1FJ1 E; 1P4P A; 2OY5 O; 5B10 O; 2OY1 O; 2I5Z O; 2OL8 O; 2FKG A; 2OY7 A; 2AF5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KQW A; 3CXC E; 1YUP A; 1Z24 A; 2X32 A; 1HXZ A; 4I3D A; 4ZGU A; 3VG3 A; 3WVM A; 3EBW A; 3NX2 A; 1NQN A; 4KC8 A; 4CV7 A; 2X8F A; 5IXG A; 3CCL E; 4WHI A; 3WBG A; 3RDU A; 4YMY A; 3X00 A; 1HBQ A; 3NPO A; 2FLJ A; 4QQ1 A; 4TKJ A; 4LQZ A; 2HLV A; 3STM X; 2WQA E; 5HCC C; 1EI5 A; 2RTE B; 4CPE A; 4GET A; 5F2B A; 3FA8 A; 2G7B A; 1YWA A; 1NJI G; 1KT6 A; 4QGW A; 3CQN A; 1DZP A; 2CZT A; 4WFA E; 4FGI B; 2X55 A; 2IZG B; 2RTQ B; 4JNJ A; 2P8G A; 5L8N A; 1JYJ A; 4GJS A; 3WZO A; 2HZR A; 5GAH G; 1XKI A; 4NV7 A; 1LIE A; 3JQO A; 5KIC A; 3EBK A; 1I4U A; 1N9Y A; 1HY2 A; 1SWU A; 2X34 A; 3CCU E; 3V8U A; 5FQ7 E; 2OZQ A; 1ZNE A; 1LCW A; 1VQ5 E; 4BQU A; 1LUQ A; 2OVE A; 5CHK A; 1NGL A; 1A2D A; 3O22 A; 3VPJ E; 4U3Q A; 2FR2 A; 2G78 A; 4O3Z A; 3RKG A; 1HQP A; 4QGX A; 1HBP A; 1T0V A; 1KL4 A; 2A2U A; 3G71 E; 2G8C O; 3P6C A; 1MUP A; 2OF8 A; 3PP6 A; 3VHH A; 2BHV A; 4Z28 A; 5HTE A; 1XCA A; 1EPA A; 4YGG A; 1IJ8 A; 4JHQ A; 4N7D A; 3IFB A; 3B2J A; 2ZJP E; 4AZP A; 1SWT A; 2X8T A; 4ZCB A; 2RN4 A; 5B2A O; 4BGF A; 3LV4 A; 5L3Y A; 5BYP A; 4TLJ A; 2Y32 A; 3PDF A; 2BSZ A; 1K3B A; 1BRP A; 4UY8 G; 1RAV A; 3OJY C; 1VQ4 E; 2FKJ A; 4BBO A; 4HPD A; 4Z6J A; 3Q6L A; 1VWE B; 2AL0 X; 1VQ8 E; 3IG9 A; 1AVG I; 1W6F A; 4A60 A; 3AKN A; 3SLO A; 3OE3 A; 4MEE A; 1VWH B; 2HKD A; 1KGL A; 3I56 E; 3WJC A; 3BU1 A; 5B5G A; 2RTL A; 2DM5 A; 3P6F A; 3AEH A; 1U18 A; 2FWV A; 1VWR B; 1MK5 A; 1QFT A; 3MM0 A; 3NQK A; 3PQU A; 3B2K A; 1Q86 G; 4ZHD A; 3PH6 A; 1VWJ B; 3RDO A; 4U67 E; 3O19 A; 3J7Z G; 1JJJ A; 5AJC A; 2UZ2 A; 1MEP A; 4TNN A; 2FHN X; 4NP1 A; 2N93 A; 3WZQ A; 1CBI A; 1WBI A; 5EPQ A; 2RTK A; 1QY0 A; 1E06 A; 1SWC A; 3TGB A; 4EKV A; 3HWD A; 4ORS A; 2DJG A; 4IB6 A; 3RY2 A; 3ELX A; 1SRH A; 5LJB A; 1SLG B; 3G4S E; 1LFO A; 3HTY A; 3RDM A; 1JV4 A; 3RDX A; 1VQ6 E; 2UYW A; 3Q34 A; 1VWF B; 1SRJ A; 2GJ5 A; 1SRE A; 3SLJ A; 1MOY A; 2BC3 A; 3CBC A; 3RDQ A; 5CYB A; 3OW2 E; 3QQ2 A; 2GC9 A; 2IZD B; 2AT0 X; 1W4T A; 3RSW A; 3KFF A; 2F01 A; 1QWD A; 4HWM A; 1GT3 A; 1VWB B; 4K19 A; 4U8U N; 1CRB A; 1ML7 A; 5DM7 E; 4CPF A; 1X8P A; 2ZAG A; 5LKE A; 1X8U A; 1SWG A; 1QAB E; 3WOV A; 3BX8 A; 4D6B A; 5LJD A; 4IB7 A; 4WCE E; 1GX9 A; 2I5Z O; 4YGZ A; 3ZW2 A; 5H9A A; 1A57 A; 4AZM A; 4HPA A; 1MX7 A; 4QNI A; 4XMG A; 4IBA A; 1N4J A; 2Q39 A; 1K9M G; 3U03 A; 1Q7Y G; 5K06 A; 3EW2 A; 1HQQ A; 1SXU A; 2Q2P A; 1I9H A; 3HPE A; 4CK4 A; 2KT4 B; 1HMR A; 1LCV A; 2IZE B; 1SXY A; 4ORW A; 3CC2 E; 1MDC A; 1X89 A; 1Y9T A; 5B11 O; 4CDE A; 5FAZ A; 2BLG A; 3F6Z B; 1AQB A; 3WJG A; 2GTL N; 1D3S A; 1Y55 X; 1EUO A; 4DNE A; 4YFP A; 3D95 A; 3CKF A; 4PSQ A; 4NLI A; 3DSZ A; 2ASN X; 1VQM E; 5AN9 B; 4ZGF A; 3EYC A; 4AZQ A; 1GX8 A; 4I9R A; 1ZRY A; 2YG2 A; 2A3F X; 3MX7 A; 2FS6 A; 4MVK A; 1T68 X; 5HL7 E; 2OY8 A; 3TGA A; 1OEJ A; 2ZSC A; 3KFH A; 1VPR A; 1RJL C; 1VWC B; 4ARH A; 3PPT A; 4M7M A; 1URE A; 3CCQ E; 2WQ9 A; 2C1Q A; 1VWD B; 2Z4I A; 3CD6 E; 1G85 A; 3FDC A; 1BM5 A; 1FEM A; 3D97 A; 5HCD C; 2CZU A; 3ZUI A; 2DJF A; 5HWZ A; 3GAQ A; 1QY1 A; 4ZR2 A; 2MM3 A; 2MF6 A; 2XKL A; 4OS0 A; 3ZW0 A; 1B0O A; 4IAX A; 1NQM A; 4N7C A; 2ZAI A; 1BEB A; 4MVL A; 1GKA A; 5EEE A; 2QCB A; 2GTL M; 1SLE B; 1SWR A; 2JN3 A; 1D2U A; 3B2H A; 3TGC A; 4TKB A; 4YFR A; 1BBP A; 3FEL A; 3LTW A; 1G5W A; 5IO5 A; 5IO6 A; 5L8O A; 4I3B A; 4U9C A; 3STN A; 2X4M A; 4TQ2 A; 4BJ8 A; 1K8A G; 2IZC B; 2OYB O; 1SY1 A; 5IO7 A; 1VWL B; 1FE3 A; 2CBR A; 1I05 A; 5L8I A; 4GRJ A; 4BX7 B; 1YJ9 E; 1DF8 A; 2BT9 A; 1DZM A; 3STK A; 3EMM A; 5CSE A; 1SWP A; 2RCQ A; 3FLL A; 5AQ6 A; 1STR B; 1KL5 A; 1W2B E; 4RUU A; 2RTC B; 2OVD A; 1ADL A; 1KQS E; 4XMC A; 3NQ3 A; 1DZK A; 3PED A; 1EW3 A; 4WFU A; 1VQ7 E; 1LPJ A; 3S5X A; 3APX A; 2RCT A; 4KII A; 1LIB A; 2IZJ A; 3EC5 A; 4BX5 B; 1E02 A; 3BX7 A; 1VYG A; 1Y0G A; 4MIR A; 2Q4N A; 2RTB B; 2OFM X; 5IRU A; 3VG6 A; 2RD7 C; 1SXX A; 4TKH A; 1OBP A; 5JR8 A; 1PBY A; 2WEW A; 2Z4H A; 4WF9 E; 5CE4 A; 3IGE A; 2AF5 A; 2QOS C; 1QVG E; 2A13 A; 4ORX A; 3FID A; 1YP7 A; 3RBY A; 2RTO B; 2NNQ A; 4GU8 A; 3BLG A; 4HFO A; 2QO6 A; 5HZ8 A; 1ACD A; 3HOE A; 4BVM A; 1ZNK A; 2OY5 O; 3FMZ A; 3NX1 A; 1OEK A; 4O3Y A; 4YVB A; 3O2Y A; 4I6S A; 3RWX A; 1KT5 A; 1IW2 A; 3VE1 A; 1SWD A; 3CQR A; 3HWG A; 2M4L A; 4YFQ A; 2BS5 A; 4FBR A; 2OVS A; 2AH7 X; 1YHQ E; 1S7D A; 1S44 A; 5FQ6 E; 1O1V A; 3HK1 A; 1KD1 G; 1T8V A; 4BOE A; 1SY2 A; 4PJ2 A; 3BY0 A; 3CCR E; 5B3M O; 3RDS A; 3BS2 A; 4HPC A; 5AEO A; 2IZB A; 3ZWE A; 4YDA A; 3AKM A; 5HTD A; 4EEJ A; 1JYD A; 3WJD A; 1GT4 A; 1U0X A; 3EM0 A; 4Y0P A; 1MX8 A; 1UYO X; 4O4U A; 4ON1 A; 3CPW E; 4A1H A; 1YIT E; 1PBO A; 1VWI B; 2W2F A; 1EIO A; 3BU9 A; 4YKM A; 3ZW0 B; 3PIP E; 1KZX A; 1SWO A; 2X45 A; 2F09 A; 1VYO A; 1WUB A; 1N9M A; 2MO5 A; 5HAE A; 4IOA E; 1GKA B; 2CQL A; 2IZK A; 2POA A; 2RTH B; 4MVE A; 2A5B A; 3TF6 A; 4AW8 A; 1EXS A; 3NP1 A; 4O9S A; 2OF9 A; 3WXQ A; 4JO6 A; 2LB6 A; 2AVI A; 2RTP B; 1SWL A; 3PQS A; 1IFB A; 1YWD A; 3KFI A; 3P6H A; 1E2T A; 1KQX A; 2JU3 A; 3ZQ3 A; 1CBR A; 4NW4 A; 2WWP A; 2RTR B; 5D4A A; 1TVQ A; 1IKE A; 4Y0R A; 4ORU A; 4WFB E; 2ANS A; 3DTQ A; 1B8E A; 3VG7 A; 1VQP E; 1SRI A; 4O49 A; 1PM1 X; 2QM9 A; 1SXW A; 3RE5 A; 2Q2M A; 4GE1 A; 4LKT A; 2OL6 O; 4O4O A; 3D96 A; 3GE2 A; 2VFC A; 1X8Q A; 5K68 A; 3VHI A; 4OMW A; 4DCB A; 2RTG B; 1ZNL A; 1M1K G; 1SLD B; 4EFG A; 1GM6 A; 1KZW A; 2JOZ A; 3KQ0 A; 1CBQ A; 3T2X A; 4COT A; 4R0B A; 3WJB A; 3H3I A; 1SWF A; 2LFO A; 4BX7 A; 1QFV A; 4GGZ A; 2FT9 A; 4KC7 A; 1QVF E; 3KFG A; 1NP1 A; 3DLL E; 2FGS A; 3NBX X; 4ES7 A; 1W5R A; 1BSQ A; 1PEE A; 1VWM B; 4CPI A; 5HZQ A; 4HPB A; 4GDZ A; 1OBQ A; 2FKG A; 4OS8 A; 4YCH A; 1X8N A; 3CCE E; 1SWJ A; 1VWA B; 3VU1 A; 5F7G A; 1EII A; 2IFB A; 5H9N A; 1IFC A; 2K23 A; 4JGL A; 3AUM O; 4O4X A; 3BDR A; 1ZNG A; 3CF5 E; 1CBS A; 4BX5 A; 1U17 A; 4GNW A; 5D47 A; 4ALO A; 5FQ8 E; 1AVD A; 4GGR A; 5LJE A; 1VQ9 E; 5EDB A; 3ELZ A; 3P02 A; 3VG2 A; 5DM6 E; 1JJ2 E; 2AMM X; 3HWF A; 1YJN E; 4IAB A; 2QO5 A; 3FEK A; 5MLC H; 1GX3 A; 2ACP X; 3FA9 A; 1BRQ A; 4YCE A; 4MIS A; 2LA7 A; 3SOT A; 1RST B; 2KD2 A; 3B2I A; 4BCS A; 3C77 X; 5HA0 A; 2IZA A; 2RTN B; 4LKP A; 4C5P A; 4CPH A; 5HBS A; 4A8Z A; 4FBO A; 5DPQ A; 2OL8 O; 5DG4 A; 4A1Y A; 5LJH A; 1ICN A; 5LJC A; 2RTA A; 5IRA A; 4QZU A; 3CWK A; 3KVN A; 2O62 A; 1ERX A; 4WFV A; 2OTL E; 1VYF A; 1FDQ A; 4GKC A; 4QGV A; 4Z2P A; 3T1D A; 4ZHF A; 4GUZ A; 2CAM A; 1LF7 A; 4U8U M; 1BLR A; 3D4R A; 1G74 A; 3E3C A; 3ZZV A; 3D9W A; 4Y59 A; 2L9C A; 4XMH A; 3I55 E; 4GZV A; 4TJZ A; 3CMP A; 2VDF A; 1TOW A; 3FIQ A; 2WPU A; 1S2P A; 3UEX A; 2VFB A; 4IAW A; 4OEM A; 4I95 A; 4GK9 A; 3N91 A; 1ICM A; 1AVE A; 4OKA A; 5JD2 A; 5BVS A; 2R74 A; 3WJE A; 5H9K A; 4EQA C; 1KT4 A; 1JMZ A; 3K3L A; 2WEX A; 4L3R A; 1YIJ E; 2OY1 O; 4OEL A; 1RL6 A; 1KXO A; 1GXA A; 3U9P C; 3P6E A; 5KID A; 1BSO A; 2QEX E; 3SAO A; 4ALB A; 3QKG A; 4ML7 B; 1EAL A; 3CCM E; 1O1U A; 2RTJ A; 4ORY A; 3C78 X; 1DC9 A; 3FA6 A; 4CDF A; 5HZ6 A; 3T6F A; 5F58 A; 4XMF A; 1SWA A; 3ZI8 A; 2RTF B; 2OTJ E; 2JGS A; 1NP4 A; 3SZJ A; 3CC7 E; 4NLJ A; 1FJ1 E; 1RXJ A; 1KFF A; 4Z2V A; 4CDD A; 1E00 A; 1DFV A; 3JS1 A; 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1LDO A; 3VG5 A; 3VGW A; 4O3X B; 5EDC A; 1HN2 A; 2MHD A; 1SWN A; 3OD9 A; 2CBS A; 2E4J A; 2A0A A; 3WZP A; 3CBS A; 3BSZ E; 2ZJQ E; 1NC9 A; 5EED A; 1KT7 A; 4B55 A; 3IA8 A; 4GDA A; 3VE2 A; 5F6Z A; 3MG5 A; 2RTM A; 4KCA A; 1H91 A; 2OL7 A; 1JIW I; 4YBP A; 5F6B A; 1P4P A; 2G5L A; 1RXH A; 2FS7 A; 2QO4 A; 1YP6 A; 2C4I A; 5D45 A; 2LBV A; 1RXK A; 4AZR A; 1SMP I; 4D6A A; 1N7Y A; 1QY2 A; 1Q82 G; 1ALB A; 5K67 A; 1BSY A; 4Z2O A; 2AT3 X; 4EDE A; 1MM9 A; 1SRF A; 4IOC E; 2JMB A; 1AEL A; 4O4S A; 1OPB A; 1JQP A; 1AB0 A; 3APV A; 2EU7 X; 1HMT A; 2IZH B; 2PY1 A; 1SWK A; 2HNX A; 4ZH9 A; 5EZ2 A; 3FR5 A; 1JMX A; 1Y52 X; 2GTF X; 2RTD B; 1VWN B; 3ZW1 A; 3SZH A; 4ZJ0 A; 3WYP A; 4GNY A; 3JSQ A; 2KTS A; 4MVI A; 4QYP A; 3WZN A; 1ZND A; 3FEP A; 4IO9 E; 1QG5 A; 1LCZ A; 2NND A; 4IB8 A; 2AT8 X; 1SA8 A; 1PTS A; 3P6D A; 3PIO E; 4NV8 A; 1CJ5 A; 1DV9 A; 1LIC A; 3F9D A; 3RY1 A; 1KC8 G; 5IRW A; 4NYQ A; 3RE6 A; 3HOL A; 1DF3 A; 3CKG A; 1IIU A; 1FEN A; 3C76 X; 4RUN A; 2A5C A; 5GAD G; 2W2B A; 1OBU A; 4BX6 B; 3G6E E; 4ZH6 A; 2Y3E A; 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