The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
|
sequence length |
215
|
structure length |
214
|
Chain Sequence |
APAAVDWREKGAVTPVKDQGQCGSCWAFSTIGNIEGQWQVAGNPLVSLSEQMLVSCDTIDFGCGGGLMDNAFNWIVNSNGGNVFTASYPYVSGNGEQPQCQMNGHEIGAAITDHVDLPQDEDAIAAYLAENGPLAIAVDATSFMDYNGGILTSCTSEQLDHGVLLVGYNDASNPPYWIIKNSWSNMWGEDGYIRIEKGTNQCLMNQAVSSAVVG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
THE high resolution structure of rhodesain, the major cathepsin L protease from trypanosoma brucei rhodesiense, illustrates the basis for differences in inhibition profiles from other papain family cysteine proteases
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Trypanosoma brucei rhodesiense
|
| molecule keywords |
Cysteine protease
|
| total genus |
64
|
| structure length |
214
|
| sequence length |
215
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.15: Cathepsin L. |
| pdb deposition date | 2007-03-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00112 | Peptidase_C1 | Papain family cysteine protease |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DJF B; 2R6N A; 3ZUA A; 4HWY A; 2DCA A; 4YYU A; 2DCC A; 5JA7 A; 1U5I A; 2HHN A; 1TLO A; 4RY2 A; 2BDZ A; 1CB5 A; 2ATO A; 2XU1 A; 2DC8 A; 1XKG A; 3CH2 X; 5F02 A; 3OIS A; 2Y6E A; 2DCD A; 1SNK A; 1U9V A; 3V6E A; 2H7J A; 3E1Z B; 3IMA A; 1AU3 A; 1PPO A; 4BSQ A; 1PE6 A; 3LXS A; 1ITO A; 3BOW A; 1KHP A; 1Y08 A; 3C9E A; 4W5B A; 2O6X A; 3D6S A; 4Q8H A; 2FO5 A; 2F7D A; 3MTN A; 1QDQ A; 2P86 A; 1AIM A; 2OZ2 A; 1KFU L; 1KXR A; 4BS5 A; 4MZO A; 4PAD A; 2AYO A; 4YV8 A; 1ZCM A; 3S3Q A; 2FUD A; 2P0R A; 1STF E; 3K24 A; 1SP4 B; 1ME4 A; 1PCI A; 5A24 A; 3MHH A; 2WBF X; 2OP3 A; 5CVM A; 1GMY A; 1NB5 A; 1QOL A; 1VSN A; 4YYW A; 2ACT A; 3MHS A; 4MZS A; 1AU2 A; 1F2A A; 2AYN A; 4QH6 A; 3MOR A; 4P6E A; 2DC9 A; 4PI3 A; 1AU4 A; 3AI8 A; 2XU4 A; 1BGO A; 3KSE A; 1NQC A; 3KFQ A; 2HD5 A; 4KLB A; 4W5C A; 1HUC B; 2AUX A; 4MSX A; 2P7U A; 2Y5B A; 1QXP A; 2B1M A; 3H8C A; 2R9F A; 7PCK A; 4QRG A; 2FTD A; 1NPZ A; 1MHW A; 3K8U A; 4DMY A; 3PNR A; 4BPV A; 2JQF R; 3RVX A; 4K7C A; 5JH3 A; 3CBK A; 1ZIV A; 2F1G A; 1PXV A; 1YK7 A; 5EGW A; 3HD3 A; 1QMY A; 1EWL A; 2R9O A; 2PNS A; 2XU5 A; 4N4Z A; 3B79 A; 3N3G A; 1KHQ A; 4BS6 A; 2C0Y A; 3KWB X; 3WXE A; 3O1G A; 2E00 A; 1Y4H A; 1FH0 A; 4CZW A; 4W4U A; 2R9C A; 4BQV A; 1YAL A; 2FRA A; 1F2C A; 2XU3 A; 2YJ2 A; 1GEC E; 3U8E A; 1BP4 A; 3M99 A; 1U9Q X; 1NB3 A; 3CH3 X; 3QT4 A; 1CJL A; 1CV8 A; 1KFX L; 3BCN A; 3N4C A; 2DCB A; 2YJ9 A; 3USV A; 1U9X A; 2DC7 A; 4DMX A; 2YJC A; 3V6C A; 4X6I A; 1X9Y A; 4QBB A; 4G54 A; 2YJB A; 1YK8 A; 1O0E A; 4N79 A; 4CDC B; 1MEM A; 3H7D A; 1S4V A; 2FYE A; 1JQP A; 4OEM A; 1AU0 A; 3LFY A; 4N8W A; 1ME3 A; 4AXM A; 4FK5 A; 4Q8G A; 1PPN A; 1GCB A; 1YVB A; 2E01 A; 1AYW A; 1F2B A; 1VJV A; 3HHA A; 2FT2 A; 3H6S A; 3IEJ A; 1F29 A; 1ICF A; 1PIP A; 1PPP A; 2DZZ A; 4YYR A; 4I07 A; 2NQG A; 4CDE B; 5K16 A; 3P5X A; 3IHP A; 1AYV A; 3OF8 A; 3P5U A; 3F5V A; 1PBH A; 4XUI A; 1CPJ A; 1MS6 A; 3CBJ A; 1IWD A; 2NQI A; 3DF0 A; 2AUZ A; 1EWM A; 3O0U A; 2GHU A; 4WA6 A; 2BDL A; 1Q6K A; 1ATK A; 2G7Y A; 4I05 A; 1AYU A; 4YVA A; 4FJC A; 3OVX A; 1EWP A; 1CQD A; 2VHS A; 3PW3 A; 3H89 A; 4XR7 A; 6PAD A; 3S3R A; 5PAD A; 4X6H A; 3HWN A; 5CVN B; 5J94 A; 3WXG A; 2E03 A; 4YYS A; 3BPF A; 2IPP B; 2FQ9 A; 3K9M A; 4YYV A; 2AIM A; 3IOQ A; 3HHI A; 4P6G A; 1A6R A; 4FIP A; 1CS8 A; 2ARY A; 3WXF A; 3ERV A; 3KWZ A; 3IV2 A; 1DEU A; 2PRE A; 3BPM A; 2AVW A; 2VHF A; 2JQG R; 3P5V A; 4AXL A; 1CTE A; 4CDD B; 2NQA A; 8PCH A; 3IUT A; 4PP1 A; 1THE A; 1CVZ A; 3RVW A; 4ZUX U; 2PBH A; 1NLJ A; 1TU6 A; 3I06 A; 3OF9 A; 2CIO A; 1CSB B; 2FRQ A; 5FPW A; 2PAD A; 1EF7 A; 1BQI A; 4QRV A; 3BC3 A; 3KX1 A; 3RVV A; 1EWO A; 3GCB A; 3N3K A; 1MEG A; 2HXZ A; 1U9W A; 1NL6 A; 1TL9 A; 1YT7 A; 3I3T A; 4CDF B; 2AU1 A; 3QSD A; 1AEC A; 9PAP A; 2DC6 A; 1BY8 A; 4YYQ A; 1GLO A; 2R9M A; 3BWK A; 3H8B A; 3KKU A; 3F75 A; 2IBI A; 1PAD A; 2E02 A; 2G6D A; 5CVO B; 1PPD A; 3P5W A; 1M6D A; 3KW9 A; 2B1N A; 1DF0 A; 2AS8 A; 4I04 A; 2DZY A; 3NHE A; 2DJG B; 4QRX A; 2GFO A; 1K3B B; 2G8E A; 4PP2 E; 3TNX A; 3OVZ A; 1MIR A; 5CHT A; 2R9N A; 4X6J A; 2OUL A; 2NQD B; 3PBH A; 2CB5 A; 3PDF A; 3QJ3 A; 4OEL A; 5CHV A; 2HH5 A; 5EF4 A; 1POP A; 2YJ8 A; 2G8J A; 1MDW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DJF B; 2R6N A; 3ZUA A; 4HWY A; 2DCA A; 5JZE A; 4XZX A; 4YYU A; 5EZQ A; 2DCC A; 4A5U A; 5JA7 A; 1U5I A; 2HHN A; 1TLO A; 4RY2 A; 2BDZ A; 1CB5 A; 4D8E A; 2ATO A; 2XU1 A; 2DC8 A; 1XKG A; 3CH2 X; 5F02 A; 2J7Q A; 3OIS A; 2Y6E A; 2DCD A; 1SNK A; 2DOS A; 1U9V A; 2JTC A; 3V6E A; 2H7J A; 3E1Z B; 3IMA A; 1AU3 A; 1PPO A; 4HXD B; 4D8B A; 4BSQ A; 2JRI A; 1PE6 A; 3LXS A; 1ITO A; 3BOW A; 1KHP A; 1Y08 A; 3C9E A; 3TRK A; 4W5B A; 3PRP A; 2O6X A; 3D6S A; 3MJ5 A; 4Q8H A; 2FO5 A; 2F7D A; 3MTN A; 4MM3 B; 1QDQ A; 3MP2 A; 4BOQ A; 2P86 A; 3PRM A; 1AIM A; 2OZ2 A; 1KFU L; 2BU3 A; 3C0R A; 1KXR A; 4BS5 A; 4MZO A; 4PAD A; 2AYO A; 4YV8 A; 1ZCM A; 5E6J A; 3S3Q A; 2FUD A; 2P0R A; 1STF E; 3K24 A; 1SP4 B; 1ME4 A; 3PSE A; 1PCI A; 5A24 A; 3MHH A; 2WBF X; 2OP3 A; 4ZTB A; 5CVM A; 1GMY A; 1NB5 A; 1QOL A; 3B21 A; 5EZS A; 1VSN A; 4YYW A; 1YZB A; 2ACT A; 3BY4 A; 3MHS A; 4MZS A; 1AU2 A; 1F2A A; 2AYN A; 4QH6 A; 3MOR A; 4P6E A; 2DC9 A; 4PI3 A; 1AU4 A; 3AI8 A; 2XU4 A; 1BGO A; 3KSE A; 1NQC A; 4WUR A; 3KFQ A; 2HD5 A; 4KLB A; 4W5C A; 1HUC B; 2AUX A; 4MSX A; 2HWK A; 2P7U A; 2Y5B A; 1QXP A; 2B1M A; 1UKF A; 3H8C A; 2R9F A; 7PCK A; 4QRG A; 2FTD A; 1NPZ A; 1MHW A; 3K8U A; 4DMY A; 3PNR A; 4BPV A; 2JQF R; 3RVX A; 4K7C A; 5JH3 A; 3CBK A; 1ZIV A; 2F1G A; 3PHU A; 1PXV A; 1YK7 A; 5EGW A; 3HD3 A; 1QMY A; 4IUM A; 1EWL A; 4REZ A; 4M0W A; 2R9O A; 2PNS A; 2XU5 A; 4N4Z A; 3B79 A; 3PT2 A; 2BTW B; 3N3G A; 1KHQ A; 4BS6 A; 2C0Y A; 3KWB X; 3WXE A; 3O1G A; 2E00 A; 1Y4H A; 1FH0 A; 4CZW A; 4W4U A; 2R9C A; 4BQV A; 1YAL A; 3W31 A; 2FRA A; 1F2C A; 2XU3 A; 2FE8 A; 4RNA A; 2YJ2 A; 1GEC E; 4RF0 A; 3U8E A; 1BP4 A; 3M99 A; 1U9Q X; 1NB3 A; 3CH3 X; 3QT4 A; 1CJL A; 1CV8 A; 1KFX L; 3BCN A; 3N4C A; 2DCB A; 2YJ9 A; 3USV A; 1U9X A; 2DC7 A; 4DMX A; 2YJC A; 3V6C A; 4X6I A; 1X9Y A; 4QBB A; 3MTV A; 4G54 A; 2Z84 A; 2YJB A; 1YK8 A; 4OVZ B; 1O0E A; 4N79 A; 4CDC B; 1MEM A; 3H7D A; 1S4V A; 2FYE A; 1JQP A; 4OEM A; 1AU0 A; 3LFY A; 4N8W A; 1ME3 A; 4AXM A; 4FK5 A; 4Q8G A; 1PPN A; 1MDW A; 1GCB A; 1YVB A; 2E01 A; 1AYW A; 1F2B A; 1DKI A; 1VJV A; 3HHA A; 2FT2 A; 3H6S A; 3IEJ A; 1F29 A; 4OW0 A; 4RKX A; 1ICF A; 1PIP A; 1PPP A; 3PHX A; 2DZZ A; 4YYR A; 4I07 A; 2NQG A; 4CDE B; 4BOP A; 5K16 A; 3P5X A; 2J7Q C; 4MI7 A; 3IHP A; 1AYV A; 3OF8 A; 3RNV A; 3P5U A; 3F5V A; 1PBH A; 4XUI A; 1CPJ A; 1MS6 A; 3CBJ A; 1IWD A; 2NQI A; 3DF0 A; 2AUZ A; 1EWM A; 3O0U A; 2GHU A; 4WA6 A; 2BDL A; 1Q6K A; 1ATK A; 2G7Y A; 4I05 A; 4PT5 A; 1AYU A; 4YVA A; 4R3D A; 4FJC A; 5KO3 A; 3OVX A; 1EWP A; 1CQD A; 2VHS A; 3PW3 A; 3H89 A; 4XR7 A; 6PAD A; 3O65 A; 3S3R A; 5PAD A; 3ZNH A; 4X6H A; 3HWN A; 5CVN B; 5J94 A; 3WXG A; 3W30 A; 2E03 A; 4YYS A; 3BPF A; 2IPP B; 2FQ9 A; 3K9M A; 3PHW A; 4YYV A; 2AIM A; 4BOS A; 3IOQ A; 3HHI A; 4GUA A; 4P6G A; 1A6R A; 4FIP A; 1CS8 A; 2ARY A; 3WXF A; 4D8I A; 3ERV A; 3KWZ A; 3IV2 A; 1DEU A; 2PRE A; 3BPM A; 2AVW A; 2VHF A; 2JQG R; 3P5V A; 2BTW A; 4AXL A; 1CTE A; 4CDD B; 2NQA A; 8PCH A; 3IUT A; 4PP1 A; 1THE A; 3TMP A; 1CVZ A; 3RVW A; 4BOU A; 4ZUX U; 2PBH A; 1NLJ A; 1TU6 A; 3I06 A; 3OF9 A; 2CIO A; 1CSB B; 2FRQ A; 5FPW A; 4RF1 A; 2PAD A; 1EF7 A; 1BQI A; 4QRV A; 3BC3 A; 3KX1 A; 4IP3 A; 3RVV A; 1EWO A; 3GCB A; 3N3K A; 1MEG A; 2HXZ A; 1PVJ A; 1U9W A; 1NL6 A; 3BB7 A; 1TL9 A; 1YT7 A; 3I3T A; 4CDF B; 2AU1 A; 3QSD A; 1AEC A; 9PAP A; 2DC6 A; 1BY8 A; 4YYQ A; 1GLO A; 2R9M A; 3BWK A; 3H8B A; 3KKU A; 4OVZ A; 3F75 A; 4BOZ A; 2IBI A; 1PAD A; 2E02 A; 3E9S A; 2G6D A; 5CVO B; 1PPD A; 3P5W A; 1M6D A; 3KW9 A; 2B1N A; 1DF0 A; 2AS8 A; 3OQC A; 2AGA A; 4I04 A; 2DZY A; 3NHE A; 2DJG B; 4QRX A; 2GFO A; 1K3B B; 2G8E A; 4PP2 E; 3TNX A; 3OVZ A; 4P16 A; 1MIR A; 3IFU A; 5CHT A; 2R9N A; 4X6J A; 2OUL A; 2NQD B; 3PBH A; 2CB5 A; 3PDF A; 3QJ3 A; 4OEL A; 5CHV A; 2HH5 A; 5EF4 A; 1POP A; 2YJ8 A; 2G8J A; 2UZJ A; 3BBA A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2DJF B; 2R6N A; 3ZUA A; 4HWY A; 2DCA A; 4YYU A; 2DCC A; 5JA7 A; 1U5I A; 2HHN A; 1TLO A; 4RY2 A; 2BDZ A; 1CB5 A; 4GUZ A; 2ATO A; 1W4T A; 2XU1 A; 2DC8 A; 1XKG A; 3CH2 X; 5F02 A; 3OIS A; 2Y6E A; 2DCD A; 1SNK A; 1U9V A; 3V6E A; 2H7J A; 3E1Z B; 3IMA A; 1AU3 A; 1PPO A; 4BSQ A; 1PE6 A; 3LXS A; 1ITO A; 3BOW A; 1KHP A; 1Y08 A; 3C9E A; 4W5B A; 2O6X A; 3D6S A; 4Q8H A; 2FO5 A; 2F7D A; 3MTN A; 1QDQ A; 2P86 A; 1AIM A; 2OZ2 A; 1KFU L; 1KXR A; 4BS5 A; 4MZO A; 4PAD A; 2AYO A; 4YV8 A; 1ZCM A; 3S3Q A; 2FUD A; 2P0R A; 1STF E; 3K24 A; 1SP4 B; 1ME4 A; 1PCI A; 5A24 A; 3MHH A; 2WBF X; 2OP3 A; 5CVM A; 1GMY A; 1W5R A; 1NB5 A; 1QOL A; 1VSN A; 4YYW A; 2ACT A; 3MHS A; 4MZS A; 1AU2 A; 1F2A A; 2AYN A; 4QH6 A; 3MOR A; 4P6E A; 2DC9 A; 4PI3 A; 1AU4 A; 3AI8 A; 2XU4 A; 1BGO A; 3KSE A; 1NQC A; 3KFQ A; 1GX3 A; 2HD5 A; 4KLB A; 4W5C A; 1HUC B; 2AUX A; 4MSX A; 2P7U A; 2Y5B A; 1QXP A; 2B1M A; 3H8C A; 2R9F A; 7PCK A; 4QRG A; 2FTD A; 1NPZ A; 1MHW A; 1E2T A; 3K8U A; 4DMY A; 3PNR A; 4BPV A; 2JQF R; 3RVX A; 4K7C A; 5JH3 A; 3CBK A; 1ZIV A; 2F1G A; 1PXV A; 1YK7 A; 5EGW A; 3HD3 A; 1QMY A; 1EWL A; 2R9O A; 2PNS A; 2XU5 A; 4N4Z A; 4B55 A; 3B79 A; 3N3G A; 1KHQ A; 4BS6 A; 2C0Y A; 3KWB X; 3WXE A; 3O1G A; 2E00 A; 1Y4H A; 1FH0 A; 4CZW A; 4W4U A; 2R9C A; 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